MODUL

REKOMBINASI dan TRANSPOSISI

Diajukan untuk memenuhi tugas mata kuliah Biologi Molekuler

Dosen Pengampu : ALMIRA ULIMAZ, S.Si., M.Pd.

Program Studi : Penddidikan Biologi

Disusun Oleh : Kelompok 12

Armiyani Yoha (3061624063)

M. Hidayatullah (3061624023)

SEKOLAH TINGGI KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

PERSATUAN GURU REPUBLIK INDONESIA

(STKIP-PGRI) BANJARMASIN

TAHUN AKADEMIK 2018/2019

MATERI POKOK:

Adapun materi pokok yang akan dipelajari tentang Rekombinasi dan

transposisi yaitu:

1. Rekombinasi Homolog
2. Rekombinasi Model Meselson-Radding
3. Rekombinasi Khusus (SiteSpecific Rcombination)
4. Rekombinasi Genetik
5. Rekombinasi Meiotik
6. Rekombinasi Membutuhkan Enzim Spesifik
7. Gen Imunoglobulin Dirakit Deengan Rekombinasi
8. Transposon Potong-Tempel
9. Transposon Replikatif
10. Makenisme Transposisi
11. Transposon Pada Manusia

i
 I .REKOMBINASI
Rekombinasi adalah proses dimana potongan DNA yang rusak dan
digabungkan untuk menghasilkan kombinasi baru alel.

Proses rekombinasi ini menciptakan keragaman genetik pada tingkat gen

yang mencerminkan perbedaan dalam urutan DNA dari organisme yang
berbeda.Pengertian Rekombinasi

Pada sel eukariotik, yang adalah sel-sel dengan inti dan organel, rekombinasi
biasanya terjadi selama meiosis. Meiosis adalah bentuk pembelahan sel yang
menghasilkan gamet atau sel telur dan sperma.

Selama fase pertama meiosis, pasangan homolog kromosom ibu dan ayah
menyelaraskan. Selama penyelarasan, lengan kromosom dapat tumpang tindih dan
untuk sementara menyatu, menyebabkan saling silang. Saling silang menghasilkan
rekombinasi dan pertukaran materi genetik antara kromosom ibu dan ayah.

Akibatnya, keturunan dapat memiliki kombinasi yang berbeda dari gen dari
orang tua mereka. Gen-gen yang terletak jauh terpisah pada kromosom yang sama
memiliki kemungkinan lebih besar mengalami rekombinasi, yang berarti mereka
memiliki frekuensi rekombinasi yang lebih besar.

1
 1.Rekombinasi Homolog
Rekombinasi homolog menyebabkan terjadinya pertukaran antar molekul
DNA yang mempunyai homolog urutan nekleotida cukup besar. Ciri khusus
rekombinasi homolog adalah bahwa proses tersebut dapat terjadi pada setiap.
Rekombinasi yang terjadi melalui proses pemotongan untaian DNA yang
kemudian dilanjutkan dengan proses penggabungan dengan proses-proses
kromosom. Proses rekombinasi tidak dapat dilakukan satu kali basa nukleotida
yang hilang atau ditambahkan ke dalam kromosom rekombinan. Proses
pertumbuhan tersebut menyebabkan terbentuknya struktur yang dapat terlihat
sebagai kiasma (chiasma) pada waktu meiosis. Kiasma merupakan tempat
pemotongan dan penggabungan kembali untaian DNA. yaitu campuran dua
kromatid yang berbeda (non-sister chronatds terpotong dan tergabungkan satu
sama lain.

2
 2. Rekombinasi Model Meselson-Radding
Dalam model rekombinasi seperti yang diusulkan oleh Holliday,
diasumsikan terjadi dua pemotongan pada posisi yang saling berhadapan pada
untaian DNA homolog. Asumsi semacam ini nampaknya sulit untuk dapat terjadi
mengingat kemungkinan terjadi dua potongan seperti itu sangat kecil. Oleh karena
itu, Matthew Meselson dan Charles Radding pada tahun 1975, mengusulkan model
alternatif untuk menjelaskan proses rekombinasi. Dalam model ini, diasumsikan
terjadi replikasi pada daerah takik (nick) salah satu untaian DNA yang
menyebabkan terjadinya penggusuran DNA untaian. Untaian DNA yang tergusur
tersebut selanjutnya menginvasi untaian DNA homolog dan berpasangan dengan
salah satu untaian DNA sekaligus menggusur untaian DNA homolog yang lain

3
DNA yang tergusur tersebut kemudian membentuk D-loop. D-loop yang terbentuk
tersebut akhirnya akan dihilangkan sehingga terjaadi migrasi cabang barulah
kemudian terbentuk persimpangan Holliday (Hidy junction). Radding juga
mengusulkan bahwa selain mekanisme tersebut juga daapat belangng mekanisme
alternative yaitu adanya celah (gap) pada salah satu untaian DNA menyebabkan
terjadinya pasangan antara DNA dupleks yang mempunyai celah dengan salah satu
salah satu untaian DNA dupleks yang lain. Invasi salah satu untaian DNA ke
untaian DNA homolog tersebut kemudian diikuti dengan replikasi. Seeetelah
terjadi replikasi kemudian akan diikuti olh migrasi cabang dan akhirnya terbentuk
persimpangan Holliday.

Selain itu model rekombinasi Meselson-Radding pada bakteri Escherichia

coli diketahui ada suatu variasi model tersebut yang dikenal dengan nama jalur
(path way) RecBCD karena melibatkan protein RecBCD yang merupakan hasil
dari ekspresi gen recC, dan recD. Protein yang membuat suatu takik pada
daerahdekat ujung 3 yang disebut sebagai sisi chi (x) yang mempunyai urutan
nukleotida 5’- GCTGGTGG- 3 '.Urutan sisi chi terdapatpada genom E.colisetiap
rata-rata 5.000 pasangan basa.

Protein RecBCD juga mempunyai aktivitas helikase yang digunakan untuk

membuka lilitan DNA dan menghasilkan ujung untai-tunggal. Ujung untai-tunggal
ini akan ditempeli oleh protein RecA dan SSB(single strand binding) yang dapat
digunakan untuk membuat molekul DNA yang sudah menjadi untai-tunggal tidak
membentuk dupleks lagi. Protein RecA berfungngsi untuk membantu proses invasi
oleh ujung untai- tunggal ke dalam DNA untai-ganda dan mencari daerah
homologi.

4
 Jika ujung untai-tunggal itu sudah menemukan daerah homologi, maka akan
terjadi takik pada daerah D-loop. Takiik tersebut memungkinkan protein RecA dan
SSB untuk membuat ujung baru yang dapt berpasangan dengan daerah celah pada
DNA yang lain. Selanjutnya ezim DNA ligase akan menutup kedua takik tersebut
sehingga dihasikan persimpangan Holliday. Migrasi cabang akan terjadi dengan
bantuan protein RuvA dan RuvB. RuvB memiliki kegiatan ATPase sehingGA
proses migrasi cabang dapat dilakukan dengan menggunakan sumber energi berupa
ATP. Kedua DNA yang membentuk persimpangan Holliday selanjutnya akan
mengalami pembentukan takik untuk menguraikan persimpangan Holliday. Hal ini
dilakukan dengan menggunakan aktivitas protein RuvC. Secara skematis, jalur
RecBCD dalam proses rekombinasi.

5
 3.Rekombinasi Khusus (Site-Specific Recombination)
Berbeda dari proses rekombinasi homolog, rekombinasi khusus hanya terjadi
pada tempat khusus didalam segmen DNA. Pertukaran materi genetik dilakukan
oleh protein khusus yang mengkatalisis pemotongan dan penggabungan molekul
DNA secara tepat pada tempat terjadinya rekombinas. Proses rekombinasi
semacam ini tidak tergantung pada protein rekA.

Rekombinasi khusus memiliki beberapa ciri yaitu

a. Proses rekombinasi terjadi di tempat khusus pada kedua fragmen DNA

b. Rekombinasi berlangsung timbal balik (resiprocal), arti keduanya adalah
hasil pertukaran genetic tersebut dapat diperoleh kemali
c. Rekombinasi terjadi secara konservatif , artinya proses pertukaran genetic
tersebut dilakukan perpotongan dan penyambungan kembali bagian DNA
yang berekombinasi tanpa ada sintesis nukleotida baru
d. Bagian yang mengalami rekombinasi tersebut mempunyai homologi dalam
hal urutan nukleotida

Proses rekombinasi khusus dimulai dengan terjadinya pemotongan bagian DNA

yang akan berekombinasi pada daerah yang mempunyai homologi sehingga
hasilkan ujung lekat (sticky end). Kedua ujung lekat pada kedua fragmen DNA
yang berekombinasi tersebut kemudian mengalami pertukaran unti DNA sehingga
akan terbentuk konfigurasi rekombinan.

Salah satu contoh penting rekombinasi khusus adalah integrasi dan pemotongan
materi genetik bakteriofag lisogenik, misalnya bakteriofag lambda, ke dalam dan
ke luar dari kromosom bakteri inang. Dalam siklus lisogenik bakteriofag lambda,

6
molekul DNA lambda disisipkan atau diintegrasikan ke dalam kromosom bakteri
sehingga terbentuk profag. Tahap tersebut kemudian dilanjutkan dengan represi
untuk mencegah sentesis protein bakteriofag yang dapat menghambat atau
mematikan bakteri inang. Integrasi DNA lambda tersebut ke dalam kromosom
Escherichia coli terjadi pada tempat khusus, yaitu di antara operon gal dan operon
bio (biotin), yang disebut sebagai tempat pengikatan lambda (lambda ottachment
site, att). Pada umumnya hanya ada satu tempat integrase pada hampir semua
bakteriofag temperate. Skema dasar mengintegrasikan DNA lambda ke dalam
kromosom E. coli .

7
8
 4. Rekombinasi Genetik
Rekombinasi genetik adalah proses pertukaran elemen genetik yang dapat
terjadi antara untaian DNA yang berlainan (interstrand), atau antara bagian-bagian
gen yang terletak dalam satu untaian DNA (intrastrand). Dalam pengertian yan
lebih sederhana, rekombinasi genetik didefinisikan menjadi penggabungan gen dari
satu atau lebih sel ke sel target. Sel yang disisipi atau dimasuki gen dari luar atau
dari sel lain disebut biakan rekombinan. Penyusunan kembali informasi genetik
dalam dan antara molekul DNA yang meliputi berbagai macam proses yang
terletak secara kolektif dibawah rekombinasi genetik.

a. Fungsi rekombinasi genetik

9
 Fungsi dari rekombinasi genetik bervariasi tergantung mekanismenya.
Beberapa fungsi rekombinasi genetik adalah memelihara perbedaan genetik, sistem
perbaikan DNA khusus, regulasi ekspresi gen tertentu, dan penyusunan kembali
genetik yang diprogram selama perkembangan.

b. Tipe rekombinasi genetik

1) Rekombinasi homolog/ umum,

2) Rekombinasi khusus (site-specific recombination)
3) Rekombinasitransposisi/replikatif.

Rekombinasi homolog menyebabkan terjadinya pertukaran antarmolekul

DNA yang merupakan homologi urutan nukleotida cukup besar. Ciri khusus
rekombinasi homolog adalah bahwa proses tersebut dapat terjadi setiap titik di
daerah homologi. Rekombinasi terjadi melalui tahap pemotongan untaian DNA
yang kemudian diikuti dengan proses penggabungan kembali. Rekombinasi
antarkromosom melibatkan proses pertukaran secara fisik antara bagian-bagian
kromosom. Proses rekombinasi terjadi secara akurat sehingga tidak ada satupun
pasangan basa nukleotida yang hilang atau ditambahkan ke dalam kromosom
rekombinan. Proses pertukaran tersebut menyebabkan terbentuknya struktur yang
dapat terlihat sebagai kiasma (chiasma) pada waktu meiosis. Kiasma merupakan
tempat pemotongan dan penggabungan kembali untai DNA, yaitu ketika dua
kromatid yang berbeda (non-sister chromatids) terpotong dan tergabungkan satu
sama lain. Rekombinasi homolog dimulai ketika dua kromosom homolog terletak
berdekatan satu sama lain sehingga urutan nukleotida yang homolog dapat
dipertukarkan. Kontak antara dua pasang kromosom tersebut, disebut sebagai
proses sinapsis, terjadi pada awal meiosis yaitu pada profase.

10
 Rekombinasi genetik homolog melibatkan pertukaran genetik antara dua
molekul DNA (atau segmen molekul yang sama) yang mendiami wilayah yang
luas dengan susunan homolog. Susunan basa yang sebenarnya pada DNA tidak
sesuai sepanjang susunan dua DNA yang sama. Daerah rekombinasi khusus
berbeda dalam hal pertukaran yang hanya terjadi pada susunan DNA yang
terdefinisi. Perubahan DNA adalah berbeda dalam hal perubahan ini melibatkan
segment pendek DNA dengan kapasitas yang luar biasa untuk berpindah dari satu
lokasi kromosom ke lokasi yang lain. “gen hopping” ini merupakan gen yang
pertama kali diamati pada maizena oleh Barbara McClintock pada tahun 1950.
Tambahan lagi tentang kelas terkarakterisasi ini, ada jarang yang lebar penyusunan
kembali yang tidak biasa dimana tidak ada mekanisme dan tujuan yang diajukan.
Pembahasan dari mekanisme rekombinasi harus selalu menyertakan stuktur DNA
yang luar biasa. Pada rekombinasi genetik homolog, dua molekul DNA
berinteraksi dan meluruskan susunannya yang sama pada beberapa tahapan reaksi.
Proses pelurusan ini bisa melibatkan formasi DNA menengah barudima tiga atau
bahkan empat strand dilepaskan. Cabang struktur DNA juga ditemukan sebagai
rekombinan menengah. Pertukaran informasi antara dua makromolekul helix besar
sering melibatkan jalinan strand kompleks.

11
Skema rekombinasi menurut Holliday. Rekombinasi dimulai dengan adanya
pemotongan pada salah satu dari dua untaian DNA homolag (langkah 3) yang
diikuti oleh invasi pada untaian DNA homolog (langkah 4-6), sampai
akhirnya terbentu persimpangan Holliday

12
c. Rekombinasi genetik homolog memiliki fungsi

Rekombinasi genetik homolog (juga disebut rekombinasi umum)

dihubungkan secara kuat dengan divisisel pada eukaryotik. Proses yang
terjadi dalam frekuensi tinggi selama meiosis, proses yang mana sel
germline dengan dua pasangan kromosom yang cocok (sel diploid) membagi
untuk memproduksi satu set gamet—sel sperma atau ovum pada eukaryotik
yang lebih tinggi masing-masing gamet memiliki satu anggota untuk
masing-masing pasangan kromosom (sel haploid). Proses pada meiosis
dimulai dengan replikasi DNA pada sel germ sehingga masing-masing
molekul DNA ada pada empat salinan. Sel kemudian berkembang sepanjang
proses dua divisi sel meiotik yang mengurangi kandungan DNA pada level
haploid pada masing-masing empat sel inang. Setelah DNA direplikasi
selama profase I (profase divisi meiotik pertama), hasil salinan DNA
terasosiasi dengan sentromernya dan disebut sebagai kromatid saudara.
Masing-masing set molekul DNA homolog disusun sebagai dua pasang
kromatid. Informasi genetik ditukar antara kromatid genetik homolog
terdekat pada tahap meiosis dengan alat rekombinasi genetik homolog.
Proses ini melibatkan kerusakan dan penggabungan kembali DNA.
Pertukaran juga disebut pindah silang, pindah silang menghubungkan dua
pasang kromatid saudara bersama-sama pada titik yang disebut chiasmata
(tunggal, chiasma). Hal ini secara efektif menghubungkan keempat kromatid
homolog bersama-sama, dan hubungan ini sangat esensial untuk segregasi
kromosm yang tepat pada divisi sel meiotik berikutnya. Pendekatan awal,
rekombinasi atau pindah silang dapat terjadi dengan kemungkinan yang
sama pada hampir semua titik sepanjang kromosom homolog. Frekuensi
rekombinasi pada daerah yang memisahkan dua titik pada kromosom

13
 sebanding dengan jarak antar titik. Fakta ini digunakan selama penerapan
dekade untuk memetakan posisi relatif dan jarak antara gen; rekombinasi
homolog merupakan proses molekuler yang underpin banyak penerapan
ilmiah genetik.

Pada bakteri yang tidak menjalani meiosis, rekombinasi genetik terjadi pada
proses seperti konjugasi, perkawinan dimana kromosom DNA ditransfer antara dua
sel bakteri yang berhubungan secara dekat, hal ini dapat terjadi dalam sel tunggal
antara dua kromosom homolog, ada selama atau setelah replikasi.

Tipe rekombinasi ini menyediankan setidak-tidaknya tiga fungsi yang bisa

diidentifikasi :

1) tipe rekombinasi ini berkontribusi terhadap perbedaan genetik pada populasi

2) pada eukariot menyediakan penghubung sementara antara kromatid yang
secara nyata mengoreksi urutan segregasi pada kromosom ke sel inang pada
divisi sel meiotik pertama
3) berkontribusi untuk memperbaiki beberapa tipe kerusakan DNA.

Fungsi pertama dan kedua sering menjadi bahan yang menarik bagi ilmuan
untuk studi tentang sel, dan rekombinasi homolog sering dijelaskan sebagai sumber
perbedaan genetik. Namun, fungsi perbaikan DNA merupakan peranan yang paling
penting pada sel. Perbaikan DNA seperti yang dijelaskan disebut pada fakta bahwa
luka DNA pada satu strand dapat diperbaiki secara akurat karena informasi genetik
dijaga di dalam strand saling melengkapi yang tidak rusak. Pada tipe luka tertentu,
seperti luka pada strand ganda, strand ganda tautan silang, luka yang ditinggalkan
strand tunggal setelah replikasi strand komplementer rusak atau tidak ada. , ketika
hal ini terjadi, informasi yang dibutuhkan untuk perbaikan DNA yang akurat harus

14
berasal dari kromosom homolog yang terpisah dan perbaikan yang melibatkan
kromosom homolog. Jenis luka ini umumnya berasal radiasi ionisasi dan reaksi
oksidatif, dan perbaikannya mengoreksi produksi gamet eukariot yang bisa hidup
dan keberadaan bakteri setiap harinya. Perbaikan yang dimediasi oleh rekombinasi
genetik homolog disebut perbaikan rekombinasi (recombinational repair).

Kontribusi penting untuk memahami rekombinasi homolog adalah model

yang diajukan Robin Holliday pada tahun 1964. Ada empat cirri kunci dari model
ini:

1) DNA homolog dibentangkan dengan mekanisme umum

2) salah satu strand dari masing-masing DNA dirusak dan digabung dengan
yang lain untuk membentuk struktur penyeberang (crossover) yang disebut
Holliday intermediate
3) daerah dimana strand molekul DNA yang berbeda diperbaiki disebut hetero
duplex DNA, diperluas oleh cabang migrasi dan
4) dua strand Holliday intermediate dibelah dan yang rusak diperbaiki untuk
membentuk produk rekombinan

Rekombinasi homolog dapat bervariasi dalam berbagai detail dari satu

species ke species yang lain, namun sebagian besar dari tahapannya umumnya
terdiri dari beberapa bentuk. Holliday intermediate telah mengamati in vivo pada
DNA bakteri dan bakteri fage. Perlu diperhatikan bahwa ada dua cara mebelah atau
“memecah” Holliday intermediatesehingga prosesnya conservative , yakni dua
produk mengandung gen sama yang terhubung pada urutan linear yang sama
seperti dalam substrat. Jika pembelahan dilakukan denga satu cara, DNA yang
mengapit daerah heteroduplex direkombinasi: jika pembelahan dilakukan dengan
cara yang lain, DNA yang mengapit tidak direkombinasikan. Hasil dari kedua cara

15
tersebut diamati in vivo pada eukariot dan prokariot. Rekombinasi homolog
merupakan proses yang sangat rumit dengan konsekuensi molekul halus. Untuk
memahami bagaiman proses ini mempengaruhi perbedaan genetik, perlu
diperhatikan homolog tidak berate identical (identik). Dua kromosom homolog
yang direkombinasi bisamengandung gen linear kesatuan yang sama, tetapi
masing-masing kromosom bisa memiliki perbedaan susunan basa pada beberapa
gen ini. Pada manusia, satu kromosom bisa mengandung gen normal untuk
hemoglobin, sementara yang lain bisa mengandung gen hemoglobin dengan mutasi
sickle sel. Perbedaan ini menunjukann tidak ada yang tidak berubah pada sebuah
atau dua pasangan basa diantara jutaan pasangan basa yang identik. Meskipun
rekombinan homolog tidak mengubah kesatuan linear gen, rekombinan homolog
dapat menentukan yang mana dari versi berbeda (atau allel) gen dihubungkan
bersama dalam kromosom tunggal.

Berbeda dari proses rekombinasi homolog, rekombinasi khusus hanya terjadi

pada tempat khusus di dalam segmen molekul DNA. Pertukaran materi genetik
dilakukan oleh protein khusus yang mengkatalisis pemotongan dan penggabungan
molekul DNA sekara tepat pada tempat terjadinya rekombinasi. Proses
rekombinasi semakam ini tidak tergantung pada protein recA. Rekombinasi khusus
mempunyai beberapa kirri, yaitu: (i) proses rekombinasi terjadi di tempat khusus
pada kedua fragmen DNA, (ii) rekombinasi berlangsung timbal balik (reciprocal),
artinya kedua hasil pertukaran genetik tersebut dapat diperoleh kembali, (iii)
rekombinasi terjadi sekara konservatif, artinya proses pertukaran genetik tersebut
dilakukan melalui pemotongan dan penyambungan kembali bagian DNA yang
berekombinasi tanpa ada sintesis nukleotida baru, dan (iv) bagian yang mengalami
rekombinasi tersebut mempunyai homologi dalam hal urutan nukleotida. Proses
rekombinasi khusus dimulai dengan terjadinya pemotongan bagian DNA yang

16
akan berekombinasi pada daerah yang mempunyai homologi sehingga dihasilkan
ujung lekat (sticky end). Kedua ujung lekat pada kedua fragmen DNA yang
berekombinasi tersebut kemudian mengalami pertukaran untai DNA sehingga akan
terbentuk konfigurasi rekombinan.

Skema jalur RecBCD dalam proses rekombinasi

5.Rekombinasi Meiotik

Rekombinasi meiotik adalah proses rekombinasi yang terjadi pada jasad

eukaryotik pada saat terjadi proses meiosis. Dalam beberapa hal mekanisme

17
 rekombinasi meiotik menunjukkan kemiripan dengan proses rekombinasi
homolog pada bakteri meskipun beberapa tahapan awalnya berbeda. Proses
rekombinasi meiotik pada eukariot dimulai dengan adanya pemotongan dua untai
DNA (double-strand break) yang ada pada salah satu kromosom.

6. Rekombinasi Membutuhkan Enzim Spesifik

Enzim telah diisolasi pada prokariot dan eukariot yang menunjukan satu atau
lebih tahapan rekombinasi homolog. Proses identifikasi dan memahami enzim-
enzim tersebut ditunjukan oleh E. coli. Enzim rekombinasi penting dikode oleh gen
recA, B, C, dan D dan oleh gen ruvC. Gen rec B, C, dan D mengkode enzim
RecBCD yang dapat menginisiasi rekombinan dengan melepaskan DNA dan
kadang-kadang menyayat satu strand. Protein RecA mempromosikan semua
tahapan sentral pada proses pemasangan dua DNA, formasi Holliday intermediate,
dan cabang imigrasi seperti yang dijelaskan berikut. Kelas baru nukleus yang
menyayat secara spesifik Holliday intermediate juga diisolasi dari bakteri dan
yeast. Nukleus tersebut sering disebut resolvases; resolvase E. coli merupakan
protein RuvC.

Enzim RecBCD berikatan dengan DNA linear pada salah satu ujung dan
menggunakan energi ATP untuk berpindah sepanjang helix, melepaskan DNA
didepan dan melepaskannya kembali dibelakang. Pelepasan kembali lebih lambat
dari pelepasan sehingga gelembung strand tunggal segera terbentuk dan membesar.
Strand tunggal dalam gelembung segera dipotong saat enzim bertemu susunan
tertentu yang disebut chi ((5’)GCTGGTGG(3’). Ada sekitar 1000 dari sususna
tersebut pada genom E. coli, dan berpengaruh meningkatkan frekuensi rekombinasi

18
pada daerah dimana rekombinasi itu terjadi. Susunan yang meningkatkan frekuensi
rekombinasi diidentifikasi pada beberapa organisme.

Protein RecA tidak bisa telibat dalam metabolisme DNA karena bentuk aktif
enzim ini merupakan perintah, filament helix yang memasang secara kooperatif
pada DNA dan mampu melibatkan monomer RecA. Formasi filament ini secara
normal terjadi pada DNA strand tunggal seperti yang diproduksi oleh enzim
RecBCD. Filamen juga akan terbentuk pada DNA duplex dengan gap strand
tunggal, dimana monomer RecA berikataan pertama kali dengan DNA strand
tunggal dalam gap dan kemudian kumpulan filament menyelimuti dupleks
tetangganya.

Paradigma in vitro yang berguna untuk aktivitas rekombinasi filament RecA

adalah reaksi yang disebut pertukaran DNA strand. DNA dalam filament
dibentangkan dengan DNA duplex kedua, dan strand ditukar antar dua DNA untuk
membentuk heteroduplex DNA. Pertukaran yang terjadi antara tingkatan 3 sampai
6 pasangan basa dan berkembang menjadi arah yang unik, 5’_3’ yang berkaitan
dengan DNA strand tunggal didalam filament, reaksi ini dapat melibatkan tiga
sampai empat strand, dan pada kasus berikutnya struktur Holliday merupakan
intermediate dalam proses. Susunan yang lengkap dari setiap peristiwa,
memperkenalkan dua cirri tambahan dari protein RecA-memediasi tiga reaksi
pertukaran strand. Pertama, jajaran dua DNA bisa melibatkan dua formasi dari
struktur DNA yang tidak biasa, dimana tiga strand dilepaskan. Detail struktur
masih belum diketahui. Kedua, harena DNA merupakan struktur helix, pertukaran
strand membutuhkan perintah rotasi untuk dua DNA yang berjajaran. Hal ini
menimbulkan aksi gelondong (spooling) yang memindahkan titik cabang
sepanjang helix. ATP dihidrolisis dengan protein RecA seperti reaksi ini
berlangsung.
19
 Ketika intermediate Holliday terbentuk, enzim yang terlibat dalam
melengkapi rekombinasi termasuk topoisomerase, resolvase, dan nuclease yang
lain, DNA polymerase I atau III, dan DNA ligase. Protein RuvC (Mr20.000) pada
E. coli menyayat intermediate Holliday. Banyak detail dari reaksi ini yang
dilaksanakan oleh enzim rekombinasi dan koordinasi dari enzim ini belum banyak
diketahui.

7.Gen Imunoglobulin Dirakit Dengan Rekombinasi

Contoh yang penting dari peristiwa rekombinasi terprogram yang terjadi
selama perkembangan adalah generasi gen Imunoglobulin dari segmen gen yang
dipisahkan pada genom. Imunoglobulin (atau antibody), diproduksi oleh B
lymphocytes, merupakan prajurit dari sistem imun vertebrata-molekul yang
berikatan dengan agen menular dan semua substansi asing bagi organisme.
Mamalia seperti manusia mampu memproduksi jutaan antibody dengan perbedaan
ikatan khusus. Namun, genom manusia mengandung hanya 100.000 gen.
Rekombinasi membiarkan organisme untuk memproduksi perbedaan yang luar
biasa dari sejumlah kecil kapasitas DNA-coking. Vertebrata umumnya
memproduksi kelas ganda immunoglobulin. Untuk mengilustrasikan bagaimana
keanekaragaman antibody digenerisasi, akan di fokuskan pada kelas
immunoglobulin (IgG) pada manusia.

Imunoglobulin terdiri atas dua cincin polipeptida berat dan dua cincin
polipeptida ringan masing-masing cincin memiliki daerah tidak tetap dengan
susunan yang sangat berbeda dari satu immunoglobulin dengan immunoglobulin
yang lainnya. Ada dua family berbeda dari cincin polipeptida ringan, yaitu kappa
dan lambda, yang bebeda pada susunan daerah konstannya. Masing-masing dari
tiga tipe cincin polipeptida tersebut (cincin berat, cincin ringan kappa, dan

20
lambda), perbedaan dari daerah variablenya digenerasi dengan mekanisme yang
sama. Gen untuk polipeptida ini dibagi menjadi segmen dan tandan yang
mengandung versi ganda dari masing-masing segmen yang ada pada genom. Satu
versi dari masing-masing segmen digabungkan untuk membentuk gen lengkap.

II. TRANSPOSISI
Transposisi adalah suatu proses perpindahan elemen genetik dari satu lokus
dalam suatu kromosom, plasmid, atau genom virus, ke bagian lain kromosom yang
sama, atau bahkan ke suatu lokus dalam kromosom lain.

Kebanyakan gen terletak pada sebuah lokus atau posisi spesifik pada
kromosom. Akan tetapi, sejumlah gen atau set gen yang teratut erat bisa
memerantai pergerakannya sendiri dari satu lokasi ke lokasi lain. Gen tersebut juga
bisa terdapat dalam banyak salinan (terkadang ratusan atau ribuan) yang tersebar di
sepanjang genom. Unsur-unsur tersebut telah diberi berbagai sebutan, yaitu “gen
melompat”, “elemen bergerak (mobile)”, “sekuens insersi”, “kaset”, dan
“transposon”.

Transposon merupakan elemen genetik yang berpindah dapat berupa satu

gen atau beberapa gen yang bertaut (linkage) sehingga disebut juga elemen genetik
yang dapat bertransposisi (transposable genetic elements) atau unsure
transposable. Transposon disebut juga dengan gen loncat (jumping genes), elemen
genetik bergerak (mobile genetic element), sekuensi insersi, dan kaset.

Elemen genetik yang dapat bertransposisi tersebut ditemukan baik dalam

prokaryot, eukaryot, maupun dalam bakteriofag. Semua transposon membawa

21
kode genetik untuk satu atau lebih dari satu protein yang diperlukan untuk
transposisi. Di samping itu, beberapa transposon juga membawa gen lain yang
menghasilkan fenotipe tertentu, misalnya ketahanan terhadap antibiotik tertentu.

Dalam beberapa hal, proses transposisi mirip dengan proses rekombinasi

khusus, yaitu melibatkan proses pemotongan untai DNA baik pada molekul DNA
donor maupun DNA target pada tempat khusus. Proses tersebut kemudian diikuti
dengan penggabungan ujung-ujung transposon ke molekul DNA target yang sudah
terpotong. Walaupun demikian, ada perbedaan mendasar antara proses transposisi
dengan proses rekombinasi khusus. Ciri penting transposisi adalah proses
transposisi tidak tergantung pada ada atau tidaknya hubungan antara urutan
nukleotida pada DNA donor dengan DNA target, baik hubungan fungsional
maupun, misalnya, hubungan asal-usul. Dalam proses rekombinasi khusus,
pemotongan dan penyambungan molekul DNA donor dan DNA target tidak
disertai dengan sintesis molekul DNA baru. Sebaliknya, proses transposisi
melibatkan sintesis molekul DNA baru yang dikendalikan oleh sistem reparasi atau
replikasi. Selain itu, selama transposisi, molekul DNA donor tidak disusun kembali
seperti bentuk tipe alami pra-transposisi.

Transposisi dapat menyebabkan terjadinya penyusunan kembali

(rearrangement) genom suatu jasad. Hal ini dapat terjadi, misalnya karena ada dua
duplikat (copy) transposon yang sama pada lokasi kromosom yang berbeda
sehingga dapat menyebabkan terjadinya rekombinasi antarduplikat transposon
tersebut. Rekombinasi semacam itu dapat membawa implikasi terjadinya delesi,
penyisipan, inversi, atau translokasi. Transposisi mempunyai peranan dalam proses
evolusi beberapa plasmid bakteri. Sebagai contoh, integrasi plasmid F yang berasal
dari E. coli ke dalam kromosom bakteri seringkali terjadi melalui proses

22
rekombinasi antara suatu transposon yang ada di dalam plasmid dengan transposon
yang homolog di dalam kromosom bakteri.

Gambar Transposisi (Gerakan Transposon)

McClintock menemukan bahwa transposon bertanggung jawab untuk berbagai

jenis mutasi gen, biasanya berupa:

a. penyisipan,
b. penghapusan, dan
c. translokasi (Kimbal).

23
 Perubahan dalam genom bisa, misalnya, menyebabkan perubahan warna biji
jagung. Sekitar 50% dari total genom jagung terdiri dari transposon (elemen
Ac/Ds). Pada bakteri, ditemukan elemen IS yang pertama kali ditemukan pada gen
Escherichia coli oleh James Shapiro pada tahun 1968. Dirangsang oleh laporan
Shapiro tersebut, tindak lanjut penelitian biologi molekular tentang keterlibatan
dalam berbagai fenomena transposon DNA mobile terkait pada bakteri, tanaman,
dan serangga. Penemuan Barbara McClintock yang sebelumnya pada jagung diberi
pengakuan yang luas di antara ahli biologi. Akhirnya, McClintock memperoleh
pengakuan berupa penghargaan Nobel di bidang Fisiologi atau Kedokteran pada
tahun 1983. Jadi, butuh waktu sekitar 40 tahun bagi para ilmuwan lain untuk
sepenuhnya menghargai pentingnya penemuan McClintock.

Dalam mengembangkan jaringan somatik seperti biji jagung, mutasi yang

mengubah warna akan diteruskan ke semua sel keturunan. Ini menghasilkan pola
beraneka ragam yang begitu dihargai di “jagung India” (Kimbal). Satu keluarga
transposon pada lalat buah Drosophila melanogaster disebut unsur P. transposon
tampaknya memiliki pertama kali muncul di satu-satunya spesies di pertengahan
abad kedua puluh. Dalam 50 tahun, mereka telah menyebar melalui setiap populasi
spesies. P buatan elemen dapat digunakan untuk menyisipkan gen ke Drosophila
dengan menyuntikkan embrio (Kimbal).

Pada masa kini, transposon dianggap sebagai relik (peninggalan) evolusi

dari masa lalu dan dianggap sebagai sisa-sisa virus yang telah terintegrasi ke dalam
genom suatu organism (Citizendium). Pada mulanya, transposon diduga sebagai
fragmen yang tidak berguna atau disebut “sampah” DNA dan “egois” DNA hingga
akhirnya diketahui bahwa transposon ternyata memiliki peranan penting dalam
perkembangan organism. “Sampah” DNA karena tidak ada manfaat yang jelas bagi

24
inang mereka. Sedangkan, “egois” DNA karena transposon tampaknya hanya
berfungsi untuk membuat salinan bagi diri mereka sendiri.

Mengatakan bahwa transposon mempunyai peranan penting dalam evolusi

dan organisasi genom jasad hidup. Pada beberapa jasad, misalnya jagung,
transposon terkonsentrasi pada daerah DNA di antara gen yang secara total
meliputi lebih dari setengah (50%) genom jagung. Pada Drosophila, transposon
terdapat pada heterokromatin maupun eukromatin dan diketahui ada sekitar 90
famili transposon pada genom Drosophila. Pada Drosophila, transposon diketahui
terlibat dalam proses evolusi genom melalui proses penyusunan ulang genom
(genom rearrangement).

Transposon juga diketahui sebagai salah satu penyebab terjadinya mutasi

pada banyak organisme. Misalnya, pada Drosophila, mutasi pada gen white
(bertanggung jawab pada pembentukan warna mata) disebabkan oleh penyisipan
beberapa macam transposon. Penyebaran elemen transposon yang luas pada genom
jasad memberikan gambaran bahwa elemen genetik tersebut mempunyai peranan
dalam proses evolusi jasad hidup.

Berdasarkan mekanisme perpindahan (transposisi), transposon dapat di

kelompokkan menjadi tiga kategori, yaitu transposon potong-tempel, transposon
repliktif, dan retrotransposon.

25
 1.Transposon Potong-Tempel

Transposon potong-tempel (cut-and-paste transposon) dapat berpindah dari

satu lokus ke lokus lain dengan cara dipotong dari satu lokus pada kromosom dan
ditempelkan pada lokus lain yang dapat terletak pada kromosom yang berbeda.

2. Transposon Replikatif
Transposon replikatif (replicative transposon) mengalami transposisi dengan
melibatkan proses replikasi elemen DNA transposon. Enzim transposase yang
dikode oleh elemen genetik tersebut berperan di dalam proses interaksi dengan sisi
tempat penyisipan transposon. Dalam interaksi tersebut, elemen DNA transposon

26
direplikasi dan salah satu turunan (copy) disisipkan pada sisi baru, sedangkan
elemen DNA aslinya tetap berada di sisi semula.

Retrotransposon

27
 Retrotransposon disebut juga jenis transposon kelas I yang dapat
digambarkan sebagai copy and paste. Retrotransposon menyalin dirinya dalam dua
tahap, pertama dari DNA ke RNA dengan transkripsi. Kemudian, dari RNA
kembali ke DNA oleh transkripsi balik. Salinan DNA ini kemudian dimasukkan ke
genom pada posisi baru. Transkripsi balik dikatalisis oleh enzim transkriptase yang
sering dikodekan oleh transposon sendiri.

Menurut Yuwono (2005) bahwa retrotransposon dapat mengalami trasposisi

dengan cara melakukan proses transkripsi balik (reverse transcription) untuk
mengubah elemen genetik berupa RNA menjadi DNA. Proses ini dikatalisis oleh
enzim transkriptase balik (reverse transcriptase). Setelah DNA terbentuk,
dilakukan penyisipan ke dalam sisi target. Beberapa elemen genetik yang
mengalami transposisi dengan cara ini mempunyai kaitan dengan retrovirus
sehingga transposon semacam ini sering disebut elemen yang mempunyai
retrovirus (retrovirus-like elements).

3. Mekanisme Transposisi

Mekanisme transposisi secara detail sampai saat ini belum diketahui dengan
jelas. Namun, pada prokaryot, misalnya E. coli, transposisi terjadi melalui dua
cara, yaitu replikatif dan konservatif (nonreplikatif).

Mekanisme transposisi beberapa transposon dapat dilihat pada Tabel berikut ini.

Penggolongan transposon berdasarkan mekanisme transposisi

28
Kategori Contoh
Transposon Organisme
I. Transposon * Elemen IS (Insertion
sequence, Bakteri

potong-tempel misalnya: IS50)

* Transposon komposit Bakteri

(misalnya: Tn5)

* Elemen Ac/Ds Jagung

* Elemen P Drosophila

* Elemen
mariner Drosophila

* Elemen hobo Drosophila

* Elemen Tc1 Nematoda

II. Transposon replikatif Elemen

Tn3 Bakteri

III. Retrotransposon

1. Elemen serupa *
Ty1 Khamir

retrovirus (disebut * copia

29
 Drosophila

juga long terminal * gypsy

Drosophila

repeat, LTR).

1. Retroposon * Elemen F, G, dan I

Drosophila

* Retroposon yang
spesifik Drosophila

pada telomer

* LINE (misalnya L1) Manusia

* SINE (misalnya Alu) Manusia

Transposisi secara replikatif akan dibentuk duplikat elemen transposon

pada tempat yang baru dan satu duplikat transposon pada tempat yang lama.
Sedangkan, transposisi secara konservatif tidak terjadi replikasi sehingga disebut
nonreplikatif, transposisi terjadi dengan cara pemotongan elemen transposon dari
kromosom atau plasmid dan transposon tersebut kemudian diintegrasikan ke
tempat yang baru.

Transposisi secara replikatif ada dua model antara dua plasmid, yaitu model
simetris (model Shapiro) dan model asimetris. Model tranpososisi secara simetris,
yaitu tranpososisi terjadi melalui pembentukan elemen genetik lingkar yang
merupakan gabungan antara kedua plasmid (cointegrate) dan mengandung dua

30
duplikat tranpososon dengan orientasi yang sama. Cointegrate tersebut kemudian
akan diuraikan lebih lanjut sehingga akan dihasilkan dua elemen plasmid baru
yang masing-masing akan mengandung satu tranpososon. Dalam model ini,
pembentukan cointegrate merupakan suatu keharusan. Sebaliknya, menurut
asimetris, pembentukan cointegrate tidak merupakan keharusan namun hanya
merupakan salah satu kemungkinan hasil antara yang dapat terjadi. Tranpososisi
secara replikatif tersebut dapat terjadi misalnya pada bakteriofag Mu dan Tn3.

Gambar Mekanisme Transposisi secara Replikatif pada Tn3

31
 Gambar Mekanisme Transposisi secara Neureplikatif

4.Transposon Pada Manusia

Hasil penentuan urutan nukleotida (DNA sequencing) kromosom manusia
menunjukkan bahwa paling tidak sekitar 44% DNA manusia berasal dari elemen
transposon, termasuk elemen yang menyerupai virus (8% dari genom yang sudah
disekuen), retroposon (33%), dan beberapa family transposon yang mengalami
transposisi dengan mekanisme potong tempel (3%). Salah satu transposon yang
dominan adalah elemen1 (retroposon) yang merupakan sekuens kelompok LINE
(long interspersed nuclear element). Elemen L1 yang lengkap berukuran sekitar 6

32
kb, mempunyai promoter internal yang ditanskripsi oleh RNA polymerase II, dan
mempunyai dua ORF, yaitu ORF1 (mengkode protein pengikat DNA) dan ORF2
(mengkode endonuklease dan transcriptase balik) genom manusia mengandung
sekitar 3.000 sampai 5.000 elemen L1 yang lengkap. Selain itu, ditemukan juga
ada sekitar 500.000 elemen L1 yang tidak lengkap karena terpotong ujung 5’
sehingga tidak mampu ditransposisi.

Elemen L1 merupakan retroposon yang otentik. Transposisi elemen ini

melibatkan proses transkripsi elemen L1 menjadi RNA yang kemudian diikuti
dengan proses transkripsi balik menjadi DNA. Kedua proses tersebut terjadi di
dalam nukleus, meskipun sebelum ditranskripsi balik elemen tersebut ditransfer ke
sitoplasma untuk ditranslasi menjadi polipeptida yang terikut sampai ke dalam
nukelus. Endonuklease yang dikode oleh ORF2 berfungsi untuk mengkatalisis
pemotongan DNA untai ganda pada sisi yang prospektif untuk digunakan sebagai
tempat penyisipan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah elemen L1 yang
aktif mengalami transposisi hanya sedikit. Selain itu, juga diketahui bahwa
beberapa penyakit pada manusia disebabkan oleh mutasi karena penyisipan oleh
elemen L1. Misalnya, mutasi pada gen faktor VIII yang menyebabkan hemophilia.
Genom manusia juga mengandung elemen LINE yang lain, yaitu L2 (315 kopi),
dan L3 (37.000 kopi).

Elemen lain selain LINE yang juga banyak terdapat pada genom manusia
adalah SINE (shortinterspersed nuclear element) yang berukuran sekitar 400
pasang nukleotida dan tidak mengkode suatu protein. SINE mengalami transposisi
melalui proses transkripsi balik. Enzim yang digunakan untuk proses transkripsi
balik (enzim transcriptase balik) tersebut tampaknya disintesis dari elemen LINE.
Dengan demikian, proses perbanyakan SINE tergantung pada elemen LINE.

33
Genom manusia mengandung tiga famili SINE, yaitu elemen Alu, MIR, dan
Ther2/MIR3 meskipun yang mengalami transposisi secara aktif hanya elemen Alu.

Genom manusia mengandung lebih dari 400.000 sekuens yang berasal dari
elemen yang menyerupai virus. Seperti halnya elemen LINE dan SINE yang tidak
aktif, hampir semua elemen yang menyerupai virus pada genom manusia
merupakan “fosil genetik”.

34
 KESIMPULAN

1. Rekombinasi adalah proses dimana potongan DNA yang rusak dan

digabungkan untuk menghasilkan kombinasi baru alel. Rekombinasi
Homolog, Rekombinasi Model Meselson-Radding, Rekombinasi
Khusus (SiteSpecific Rcombination), Rekombinasi Genetik,
Rekombinasi Meiotik, Rekombinasi Membutuhkan Enzim Spesifik, dan
Gen Imunoglobulin Dirakit Deengan Rekombinasi.

2. Transposisi adalah suatu proses perpindahan elemen genetik dari satu

lokus dalam suatu kromosom, plasmid, atau genom virus, ke bagian
lain kromosom yang sama, atau bahkan ke suatu lokus dalam
kromosom lain. Transposon Potong-Tempel, Transposon Replikatif,
Makenisme Transposisi, dan Transposon Pada Manusia.

Daftar Pustaka

https://kamriantiramli.wordpress.com/tag/rekombinasi-khusus/

https://books.google.co.id/books?id=zosAg6HQAF4C&pg=PA224&lpg=PA22
4&dq=Rekombinasi+model+khusus&source=bl&ots=Dg43Lg3WzD&sig=A5
mHxfbdJ6R6i02E1x7_qfaP-b8&hl=id&sa=X&ved=2ahUKEwiX9bX-
7vrdAhXLOI8KHXDjDikQ6AEwC3oECAAQAQ#v=onepage&q=Rekombina
si%20model%20khusus&f=false

https://www.scribd.com/document/345938909/MAKALAH-BIOMOL

http://epta86.blogspot.com/2009/08/rekombinasi.html

35