REVIEW JURNAL WET LAB

Judul Jurnal : Engineering RGB color vision into Escherichia coli

Penulis Jurnal : Jesus Fernandez-Rodriguez1,2, Felix Moser1,2, Miryoung Song1
& Christopher A Voigt
Direview oleh : Ardiansah (FT 2015)

Tujuan dari penelitian dalam jurnal ini adalah memberi Escherichia coli kemampuan
untuk membedakan antara cahaya merah, hijau, dan biru (RGB) dan meresponsnya dengan
mengubah ekspresi gen. Subjek penelitian ini adalah bakteri Escherichia coli. Sistem RGB
adalah gen 18 gen sintetis, 46-kilobase-pasangan program genetik yang dibagi ke dalam 4
subsistem, yaitu barisan sensor yang menerima sinyal cahaya, sirkuit yang memproses sinyal-
sinyal cahaya tersebut, pengalokasi sumber daya yang menghubungkan output rangkaian ke
aktuator, dan akuator yang menerapkan fungsi biologis yang merupakan output rangkaian.

Barisan sensor terdiri dari gabungan sensor cahaya yang merespons panjang gelombang
yang berbeda-beda. Sensor merah dan hijau didasarkan pada phytochromes, dengan
phycocyanobilin (PCB) chromophores yang diproduksi oleh jalur metabolisme dua gen (pcyA
dan ho1) 4-6. Cahaya merah direspon oleh sebuah chimeric histidine kinase (Cph8 *) yang
dinyalakan oleh cahaya inframerah (705 nm) dan dimatikan oleh cahaya merah (650 nm).
Sensor lampu hijau didasarkan pada Synechocystis CcaSR, yang dinyalakan oleh sinar Hijau
(535 nm) terang dan dimatikan oleh cahaya merah panjang (672 nm). Sensor cahaya biru
menggunakan chimeric histidine kinase (YF1) yang mengandung kromofor flavin
mononukleotida (FMN) yang dimatikan dengan lampu 470 nm dan menyala saat tidak ada
cahaya. Setelah pemrosesan sirkuit, sinyal merah, hijau, dan biru menyala mendorong promoter
Pλ, PcpcG2-172, dan PPhlF. Promotor ini terhubung ke ekspresi aktuator melalui sistem
alokasi sumber daya. Setelah penggabungan sumber daya, lampu merah, hijau, dan biru
mendorong promotor PK1F, PCGG, dan PT3. Sebagai kontrol, setiap sensor cahaya tersingkir,
dan ini membatalkan respons terhadap panjang gelombang yang sesuai. Warna merah, hijau,
dan biru dihasilkan dengan mengekspresikan glukuronidase (GusA), β-galaktosidase (LacZ),
dan monooxygenase yang mengandung Methylophaga flavin (bFMO). Salah satu penerapan
sistem RGB adalah menerapkan umpan balik sehingga warna cahaya yang berbeda dapat
mengendalikan fluks melalui jalur metabolisme. Hal ini diaplikasikan pada bakteri E. coli
dengan mengendalikan fluks menjadi asetat, yang merupakan hasil sampingan bersama dari
proses-proses biologis.

Pada sistem ini memiliki sejumlah kelebihan diantaranya penerapan sensor cahaya ini
dapat digunakan untuk mengendalikan jalur secara jarak jauh dalam bioreactor, menginduksi
lisis, dan menerapkan pengarsipan genom, dan juga memiliki aplikasi biomedis. Sementara
dari kekurangannya yakni penggunaan kembali suku cadang/bagian, yang dapat menyebabkan
rekombinasi homolog.