IDENTIFIKASI VARIASI IKATAN DISULFIDA

Ditujukan untuk Memenuhi Tugas Kelompok Bioteknologi

Oleh Dosen : Dr. A. Anita Artarini

Ratna Anisa Utami, M.Si.

Disusun :
Ahmad Jamaludin Amin (2404113051)
Ai Nurhizjah (2404113052)
Cindy Zaharah Maharani (2404113056)
Devi Delimavi (2404113058)
Gina Apriantina (2404113067)
Raida Widyani (2404113084)
Sintya Hapsari Nugraha (2404113091)
Siti Nuraeni (2404113092)
Wina Winarti (2404113097)
KELAS 6B

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS GARUT

2016
PROTEIN

A. PENGERTIAN

Kata protein berasal dari kataYunani, proteios yang berarti pertama. Dalam kehidupan
sehari-hari, protein terdapat dalam telur, kacang-kacangan, rambut, kulit, wol, darah, dll.

Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, dan nitrogen. Beberapa

mengandung besi, mangan, tembaga, daniodin. Molekul protein sangat besar, massa molekul
relatifnya berkisar 10.000 sampai beberapa juta sma.

Jika protein dalam air dididihkan dalam suasana asam atau basa encer atau menggunakan
katalis enzim tertentu dalam pencernaan, maka molekul-molekul protein dihidrolisis menjadi
asam-asam amino. Jadi, protein merupakan polimer dari asam amino.

B. KONFORMASI PENGGOLONGAN PROTEIN

1. Struktur Primer

Struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan
melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan
temuan metode penentuan deret asam amino pada protein, dengan penggunaan beberapa enzim
protease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu, menjadi fragmen peptida yang lebih
pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas kromatografik. Urutan asam amino
menentukan fungsi protein, pada tahun 1957, Vernon Ingram menemukan bahwa translokasi
asam amino akan mengubah fungsi protein, dan lebih lanjut memicu mutasi genetik.

Struktur primer menyatakan urutan asam-asam amino pada rantai protein dan letak ikatan
disulfida bila ada. Karena protein dapat mengandung 100 atau lebih residu asam amino sehingga
sulit menggambarkan rumus bangunnya. Oleh karena itu digunakan singkatan 3 huruf untuk tiap
asam amino. Misalnya: Glu – Ala – Lys – Gly – Tyr – Ala

Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis protein
dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino ditentukan dengan
instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan
degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan (4)
penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
 Struktur primer protein ditentukan oleh ikatan kovalen antara residu asam amino yang
berurutan yang membentuk ikatan peptida. Urutan, macam dan jumlah asam amino yang
membentuk rantai polipeptida, adalah struktur polimer protein. Untuk mengetahui struktur
primer suatu protein diperlukan cara penentuan bertingkat: (1) Penentuan jumlah rantai
polipeptida yang berdiri sendiri dari protein, (2) Pemutusan ikatan antara rantai polipeptida yang
satu dengan yang lain, (3) Pemisahan masing-masing rantai polipeptida, dan (4) Penentuan
urutan asam amino dari masing-masing rantai polipeptida dengan metode Sanger.

2. Struktur Sekunder

Struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam
amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder
misalnya ialah sebagai berikut:

 alpha helix (a-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk
seperti spiral;
 beta-sheet (ß-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari
sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol
(S-H);
 beta-turn, (ß-turn, "lekukan-beta"); dan
 gamma-turn, (γ-turn, "lekukan-gamma”)
3. Struktur Tersier

Struktur Tersier terbentuk karena adanya pelipatan membentuk struktur yang kompleks.
Pelipatan distabilkan oleh ikatan hidrogen, ikatan disulfida, interaksi ionik, ikatan hidrofobik,
ikatan hidrofilik.

Struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur
tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa
ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan
membentuk struktur kuartener.
 4. Struktur Kuarterner

Struktur Kuartener terbentuk dari beberapa bentuk tersier, dengan kata lain multi sub unit.
Interaksi intermolekul antar sub unit protein ini membentuk struktur keempat/kuartener.Suatu
protein dikatakan mempunyai struktur kuarterner bila protein terdiri atas 2 rantai polipeptida atau
lebih disatukan oleh gaya dispersi (ikatan hidrogen). Protein seperti ini dinamakan oligomer,
sedangkan asam amino yang menyusunnya disebut monomer.

C. Jenis Ikatan pada Protein

1. Ikatan Peptida

Ikatan peptida merupakan ikatan yang terbentuk ketika atom karbon pada gugus karboksil
suatu molekul berbagi elektron dengan atom nitrogen pada gugus amina molekul lainnya. ikatan
peptida hanya terdapat pada protein.

Reaksi yang terjadi merupakan reaksi kondensasi, hal ini ditandai dengan lepasnya molekul
air ketika reaksi berlangsung. Hasil dari ikatan ini merupakan ikatan CO-NH, dan menghasilkan
molekul yang disebut amida. Ikatan peptida ini dapat menyerap panjang gelombang 190-230 nm.

Ikatan peptida dapat dirusak atau diputus dengan melakukan hidrolisis. Ikatan peptida
terbentuk dari protein yang mempunyai kecenderungan untuk putus secara spontan ketika
terdapat air. Dari hasil pemutusan tersebut, dilepaskan energi sebesar 10 kJ/mol. Namun, proses
pemutusan terjadi sangat lambat. Pada umumnya, organisme menggunakan enzim untuk
membantu proses pemutusan atau pembentukan ikatan peptida untuk mempercepat reaksi.

2. Ikatan Disulfida

Ikatan disulfida merupakan ikatan yang terkuat dalam mempertahankan struktur tersier
protein.

Cara mendeteksi keberadaan variasi ikatan disulfide

1. SDS-PAGE

SDS-PAGE atau Elektroforesis gel poliakrilamida-Sodium Dodesil Sulfat adalah teknik

elektroforesis gel yang menggunakan poliakrilamida untuk memisahkan protein yang bermuatan
berdasarkan berat molekulnya saja. Sodium Dodesil Sulfat (SDS) merupakan deterjen ionik yang
dapat melarutkan molekul hidrofobik yang memberikan muatan negatif pada keseluruhan
struktur protein. Cara kerja SDS-PAGE adalah dengan menghambat interaksi hidrofobik dan
merusak ikatan hidrogen. Metode SDS-PAGE digunakan untuk memisahkan protein demi
keperluan biokimia, genetika forensik, dan biologi molekuler.

Metode ini diawali dengan preparasi sampel untuk membuat sampel bermuatan sama
sehingga muatan tidak memengaruhi pergerakan komponen sampel dalam gel. Preparasi
dilakukan dengan cara mendenaturasi protein menggunakan SDS dan memutus ikatan disulfida
pada struktur protein menggunakan beta-merkaptoetanol, bila perlu denaturasi didukung dengan
memanaskan sampel. Selanjutnya gel poliakrilamida dibuat menggunakan cetakan gel
membentuk lembaran segiempat dengan ketebalan tertentu. Setelah sampel dimasukkan dalam
sumur gel, gel dialiri arus listrik sehingga komponen yang terdapat dalam sampel akan terpisah
melewati matriks gel berdasarkan berat molekulnya.

Sampel positif mengandung ikatan disulfida ditandai dengan terbentuknya dua pita pada gel
elektroforesis pada sampel yang direduksi dengan beta-merkaptoetanol.

2. HPSEC (High Performance Size-Exlucion Chromatography)

Size exclusion chromatography (SEC) disebut juga gel permeation chromatography (GPC),
gel filtration chromatography (GFC), merupakan metode kromatografi yang menggunakan
partikel berpori untuk memisahkan molekul dengan ukuran yang berbeda. Teknik SEC pertama
kali ditemukan oleh Grant Henry Lathe dan Colin R Ruthven.

SEC umumnya diaplikasikan untuk kompleks makromolekuler seperti protein dan industri
polimer terutama digunakan untuk memisahkan molekul biologis, untuk menentukan bobot
molekul dan distribusi bobot molekul dari polimer. Molekul yang lebih kecil dari ukuran pori
dapat memasuki partikel dan mempunyai jalur dan waktu transit yang lebih panjang
dibandingkan molekul besar yang tidak dapat memasuki partikel. Semua molekul yang lebih
besar dari ukuran pori tidak tertahan dan terelusi bersama. Molekul yang memasuki pori akan
mempunyai waktu tinggal dalam partikel yang tergantung pada ukuran dan bentuk molekul.
Molekul yang berbeda mempunyai waktu transit yang berbeda untuk melewati kolom.

Sampel protein yang positif mengandung ikatan disulfida akan ikut terelusi bersama eluen
melewati kolom, sedangkan yang tidak memiliki ikatan disulfida akan menempel di dalam
kolom karena ukuran molekulnya lebih kecil disbandingkan dengan protein yang mengandung
ikatan disulfida.
 DAFTAR PUSTAKA

Sulistiani. 2016. PROTEIN. http://staff.uny.ac.id/sites/default/files/pendidikan/sulistyani-msi/5b-

protein.pdf (10 Juni 2016)

Wikipedia. 2016. PROTEIN. https://id.wikipedia.org/wiki/Protein (10 Juni 2016)

Anonim. 2012. Kromatografi Ekslusi. http://haiyulfadhli.blogspot.co.id/2012/01/size-exclusion-

chromatography-sec.html (10 Juni 2016)