ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA

Oleh :
Nama : Dhea Nur Khomala Sari
NIM : B1A017155
Rombongan : VII
Kelompok :B
Asisten : Dyah Retno Annisa

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2018
 HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Gambar 1. Elektroforesis Gel Agarosa

Keterangan:
1. Hasil running
2. DNA marker
B. Pembahasan

Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA

berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya. Gel yang
biasa digunakan antara lain agarosa. Dengan gel agarosa dapat dilakukan pemisahan
sampel DNA dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (pb).
Prinsip kerja eletroforesis gel agarosa dimulai saat makromolekul yang bermuatan
listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut akan
bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang
terkandung didalamnya (Magdeldin, 1992). Molekul-molekul yang bermuatan
negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda) sedangkan molekul-
molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif
(katoda) (Klug & Cummings, 1994). Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di
dalam medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif
(anode). Makin besar ukuran molekulnya, makin rendah laju migrasinya. Berat
molekul suatu fragmen DNA dapat diperkirakan dengan membandingkan laju
migrasinya dengan laju migrasi fragmen-fragmen molekul DNA strandar (marker)
yang telah diketahui ukurannya. Visualisasi DNA selanjutnya dilakukan di bawah
paparan sinar ultraviolet setelah terlebih dulu gel direndam di dalam larutan etidium
bromid.
Menurut Susanto (2012), faktor-faktor yang mempengaruhi elektroforesis adalah:
1. Kosentrasi gel, semakin tinggi kosentrasi agarosa maka semakin padat sehingga
sukar untuk dilewati molekul-molekul DNA.
2. Voltase, semakin tinggi teganggan listrik yang diberikan, maka semakin vepat
pergerakan molekul DNA.
3. Temperatur, jika temperatur tinggi maka akan cepat memproses migrasinya
protein dan sebaliknya, jika temperatur rendah maka akan memperlambat proses
migrasinya.
4. Ukuran molekul DNA, jika molekul yang berukuran lebih kecil maka akan
bergerak melewati gel karena hambatan yang akan di hadapi tidak lebih banyak
dibandingkan molekul yang lebih besar.
5. Konformasi DNA, molekul yang memiliki bentuk elips atau fibril akan lebih
cepat bergerak dibandingkan yang berbantuk bulat laju migrasi DNA ditentukan
 oleh konformasi DNA dari yang paling cepat yaitu covalentely closed, open
sircular dan linier.
Menurut Birren & Lai (1993), elektroforesis gel memiliki beberapa
komponen yang terdiri dari:
1. Comb : digunakan untuk membentuk well pada gel agarosa.
2. Tray : digunakan untuk sebagai cetakan gel agarosa.
3. Chamber : digunakan sebagai wadah gel agarosa.
4. Sumber listrik : digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis.
Larutan yang digunakan dalam praktikum elektroforesis gel agarosa menurut
menurut Faatih (2009) yaitu :
1. Loading dye, digunakan sebagai pemberat (Bromophenol blue sebagai penanda
jalannya elektroforesis, xylene cyalol sebagai penanda awal jalannya
elektroforesis.
2. Larutan buffer TAE 1X (tris-base sebagai penyeimbang pH, asam asetat glasial
sebagai elektrolit dan EDTA, digunakan untuk menginaktifkan enzim perusak
DNA yaitu DNAase).
3. EtBr (Editium Bromid), digunakan sebagai pewarna yang menyisip pada pasang
basa yang akan menunjukan posisi fragmen-fragmen dengan ukuran berbeda.
Berdasarkan jenis analisisnya fungsi elektroforesis setelah tervisialisasi di UV
transsilluminatordibagi menjadi tiga yaitu fragmen pita bentuk monomorfik,
polimorfik, dan smear. Pita monoformik dan pita poliformik termasuk dalam clear.
Pita monomorfik adalah pita yang terdapat pada beberapa DNA uji sehingga tidak
memiliki variasi. Pita polimorfik adalah gambaran pita DNA yang muncul pada
ukuran tertentu. Sedangkan jika terjadi smear berarti menandakan kontaminasi DNA
hasil isolasi oleh sisa hasil ekstraksi DNA (Fatchiyah, 2011). Hasil yang didapat dari
praktikum elektroforesis gel agarose adalah clear (tampak).
Tahapan elektroforesis diawali dengan pengenceran TBE 10x menjadi TBE
1x dengan menggunakan prinsip pengenceran. Selanjutnya pembuatan gel agarosa,
secara umum pembuatan gel agarosa dilakukan dengan cara mencampurkan bubuk
agarosa dengan konsentrasi 2% kemudian dilarutkan dengan larutan TBE 1x dan
dihomogenkan menggunakan microwave sampai mendidih selama tiga kali.
Pengulangan sebanyak tiga kali tersebut bertujuan agar serbuk agarosa benar-benar
larut dan mengurangi penguapan berlebihandandidiamkansampaihangat. Lalularutan
tersebut ditambahkan etidium bromida 2µL yang berfungsi mewarnai DNA dengan
cara menyisipke dalambasa nitrogen. Agarosa yang telah jadi kemudian dituangkan
ke dalam cetakan yang telah disiapkan dengan combnya dan ditunggu sampai
mengeras. Bubuk agarosa yang digunakan sebanyak 0,8 gram dan larutan TBE 1x
sebanyak 40 mL berperan untuk memudahakan migrasi dan fragmen DNA
berdasarkan ionik (Magdelin, 1992). Setelah gel mengeras, gel dimasukkan ke dalam
ruang elektroforesis dan dilakukan penambahan running buffer. Penambahan running
buffer bertujuan untuk mempermudah pergerakan gel saat dilakukan pemanasan
(Gardner et al., 1991). Selanjutnya yaitu mencampurkan DNAsampel 5 µLdengan
loading dye 1 µL yang memiliki fungsi membantu sampel turun ke dalam well dan
memonitor berapa lama proses elektroforesis telah berlangsung karena memiliki
pewarna bromofenol biru (Magdeldin, 1992). Setelah itu dilakukan penuangan
campuran loading dye dengan produk DNA pada sumur (well) yang telah dibentuk
pada gel selama 60 menit dengan pengaturan voltage 80 V dan 100 mA. Sedangkan
untuk marker dituang pada sisi ujung (atas dan bawah) sumur yang ada. Pemindahan
dilakukan dengan menggunakan mikropipet dan harus dilakukan secara hati-hati agar
campuran DNA dengan loading dye tidak meluber ke bagian sumuran yang lain.
DNA memiliki muatan negatif sehingga diharapkan akan bergerak menuju kutub
positif (Martin, 1996). Kemudian DNA sampel divisualisasikan dengan UV
transluminator dan hasil diinterpretasi.
Interpretasi hasil yang diperoleh dari praktikum elektroforesis gel agarosa adalah
clear (tampak). Hal tersebut dikarenakan dipengaruhi oleh faktor-faktor yang
mempengaruhinya termasuk didalamnya komponen-komponen yang dikandungnya.
Cara kerja alternatif metode elektroforesis adalah sebagai berikut (Suryo,
1984):
1. Ektraksi enzim
Setelah sampel dibersihkan ditempatkan didalam mortal dan diberi
pengestraksebanyak ± 200(tergantung dari banyaknya, sedikitnya sampel atau besar
kecilnyasampel) kemudian smpel digerus hingga halus. Penggerusan dilakukan pada
kondisidingin (± 4 0C) dan dilakukan didalam meja pendingin. Agar suhu tetap
konstan.Hasil gerusan tersebut dimasukkan kedalam tabung eppendrof dan
kemudiandilakukan sentrifuse dengan kecepatan 2000 rpm selama 20 menit.
Supernatan yangdidapat dipisahkan dari endapan yang selanjutnya dimasukkan
dalam tabungeppendof yang disimpan dalam lemari pendingin (freezer) dalam suhu
sekitar 70 0C.
2. Pembuatan gel
Cara pembuatan gel adalah dengan melarutkan gel bubuk yang khusus digunakan
untuk elktroforesis pada erlenmeyer, kemudian di cetak pada cetakan khusus yang
telah disediakan dan ditunggu hingga kering. Dalam pembuatan agar, proporsi
campuran antara agar dan pelarutnya harus sesuai, karena kalau tidak maka
substratnya tidak akan dapat berjalan
3. Penempatan sampel
Gel dilepaskan dari cetakan gel dengan cara mengiris keliling tepi gel dengan
menggunakan pisau. Bagian ujung gel diiris atau dibuat sumuran dengan cetakan khusus kira
2 cm dari salah satu tepi yaitu dari arah katoda yang sebagai penyimpan ekstrak enzim.
Ekstar enzim yang akan diuji dikeluarkan dari freezer dan dibiarkan sebentar hingga
mencair. Pengambilan ekstrak enzim dilakukan dengan cara mencelupkan kertas saring
berukuran 6 x 15 mm ke ekstrak enzim atau dengan pipet mikro. Potongan kertas saring
yang telah berisi ekstrak enzim diletakkan dengan posisi tegak lurus ke celah irisan gel. Jarak
anatra celah 1-1.5 mm. Sebagai indikator adanya pergerakan maka celah irisan gel tersebut
diberikan sedikit biru brom
 IV. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan pengamatan dan pembahasan di atas, maka dapat diambil

kesimpulan sebagai berikut:
1. Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA
berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya.
2. Prinsip kerja elektroforesis gel agarosa yaitu molekul bermuatan akan
bermigrasi menuju kutub yang berlawanan apaila berada dimedan listrik.
3. Interpretasi hasil elektroforesis setelah tervisialisasi di UV transsilluminator
bisa menghasilkan fragmen pita bentuk monomorfik, polimorfik, dan smear.

B. Saran
Saran untuk praktikum kali ini sebaiknya praktikan lebih teliti, berhati-hati,
serta menggunakan latex dan masker karena banyak zat ataul arutan yang toksik bagi
tubuh.
 DAFTAR REFERENSI

Birren, B. & Lai, E., 1993. Pulsed field ge electrophoresis: a practical guide.San
Diego: Academic Press, Inc.
Faatih, M., 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains &
Teknologi, (10)1:61–67.
Fatchiyah. 2011. Gel Elektroforesis. Malang: Laboratorium Sentral Biologi
Molekuler dan Seluler Departemen Biologi Universitas Brawijaya.

Gardner, E. J., Simmons, J. M. & Snustad, P. D., 1991. Principles of Genetics. 8th
edition. New York: John Wiley & Sons Inc.
Klug, M. R. & CummingS, W. S. 1994. Concepts of Genetics 4th edition. London:
Macmillan.

Magdeldin. 1992. Gel Electrophoresis-Principle and Basics. Croatia : In Tech

Publisher.
Martin, R., 1996. Gel Electrophoresis: Nucleid Acids. Oxford: Bros Scientific
Publisher Ltd.
Suryo., 1984. Genetika. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada Press.
Susanto, A. H. 2012. Bahan Ajar Biologi Molekul. Purwoketo: Fakultas Biologi
Universitas Jenderal Soedirman.