Penyebab yang jarang pada keratitis ini adalah infeksi
parasit Acanthamoeba. Acanthamoeba adalah amoeba yang hidup bebas, bisa ditemukan hampir diseluruh dunia di tanah dan di air. Hampir semua manusia pernah terpapar Acanthamoeba, namun hanya sedikit yang mengalami infeksi . membersihkan lensa kontak dengan air keran, penggunaan lensa kontak saat berenang, atau mandi, mengalami trauma kecil di kornea dan kontak dengan air yang terkontaminasi bisa meningkatkan risiko manifestasi keratitis acanthamoeba. Acanthamoeba akan masuk melalui cornea yang terluka, atau mengalami inokulasi yang difasilitai oleh lensa kontak. Kedua hal ini menyebabkan infeksi melalui trauma mekanik. Kemudian acanthamoeba akan mensekresikan protein sitolitik ke epitel kornea untuk penetrasi lebih dalam.