Sumber :
https://www.google.co.id/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=0CC
AQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.csun.edu%2F~cmalone%2Fpdf360%2FCh16%2C17rDNA.pdf&ei=
Q9NhVf6jC8m_uASbioCAAQ&usg=AFQjCNFrpBeA3tIQEMtjBmdbMYjgbgWMNw&sig2=Io0TTWJGlogl
by7hgTIikg&bvm=bv.93990622,d.c2E diunduh pada 24 Mei 2015
Bima Indra
9. Genom bakteri..
a. Supercoil
b. berkondensasi dengan bakteri pada…
Jawab : A. Supercoil, pada IT NFZ gen prokariot dan eukariot slide ke 8, disebutkan kalo
genom bakteri itu terdiri dari kromosom sirkular, terkondensasi dengan cara supercoiling
10. Transduksi bakteri dilakukan dengan cara..
a. Bacteriophage
b. kontak langsung
c. free DNA
Jawab :A. Bacteriophage. Pada IT gen prokariot dan eukariot NFZ, slide ke 10,
disebutkan kalo transduksi terjadi melalui bacteriophage.
Adinda Kinanti
13. Dalam penelitian, her 2/neu merupakan membrane sel manner yang berperan..
a. antibody monoclonal
b. resisten jaringan
c. enzim jaringan
d. substrat
14. Antibodi sekunder yang digunakan pada penelitian adalah antibody her2/neu..
a. antihuman
b. rabbit-antimouse
c. antimouse
d. mouse-antirabbit
Pembahasan:
Sumber: jurnalmka.fk.unand.ac.id/index.php/art/article/download/213/208
15. Penggunaan substrat dan Dab pd penelitian:
a. membentuk antibody-antigen
b. …..
c. Membentuk warna merah
d. Memberi warna coklat
Pembahasan: penggunaan substrat dan DAB akan memunculkan warna coklat
Sumber: fit.uii.ac.id/files/snimed/2014/003.pdf
18. Pemanfaatan sifat totipotensi pada tumbuhan pembuatan tumbuhan transgenic untuk memperoleh..
a. anakan ungggul dalam jlmh besar dan cepat
b. anakan seragam dalam jumlah besar dan cepat
Pembahasan :
Transgenik adalah tanaman yang telah direkayasa bentuk maupun kualitasnya melalui penyisipan gen
atau DNA binatang, bakteri, mikroba, atau virus untuk tujuan tertentu. Organisme transgenik adalah
organisme yang mendapatkan pindahan gen dari organisme lain. Gen yang ditransfer dapat berasal dari
jenis (spesies) lain seperti bakteri, virus, hewan, atau tanaman lain.
Transgenik umumnya diambil dari organisme yang memiliki sifat unggul tertentu.
Jadi, tanaman transgenik ini untuk memperoleh anakan yang unggul
Elisabeth Stefanny
19. Pemanfaatan hewan transgenic di dunia medis:
1. disease model
2. pharm animal
3. xenotransplantation
a. 1,2
b. 1,3
c. 2,3
d. 1,2,3
Pembahasan : IT SNA “Transgenic Animal” Slide 47-50
Medical Application :
1. Xenotransplantation
Transplant organs may soon come from transgenic animals.
2. Nutritional supplements and pharmaceuticals
Products such as insulin, growth hormone, and blood anti-clotting factors may soon be or have
already been obtained from the milk of transgenic cows, sheep, or goats. The first transgenic cow
(Rosie ) produced human protein-enriched milk at 2.4 grams per liter. This transgenic milk is a more
nutritionally balanced product than natural milk and could be given to babies or the elderly with
special nutritional or digestive needs. A transgenic cow exists that produces a substance to help
human red cells grow
3. Human gene therapy
Human gene therapy involves adding a normal copy of a gene (transgene) to the genome of a person
carrying defective copies of the gene. Finland produced a calf with a gene that makes the substance
that promotes the growth of red cells in humans.
Disease Models
• Animals genetically manipulated to
exhibit disease symptoms so that they
can study the affects it has on the body &
effective treatment can be studied.
• They hope this will help them find a cure
for the different diseases and cancers.
– The OncoMouse® or the Harvard mouse,
carrying a gene that promotes the
development of various human cancers.
Siti Thania
21. Perhatikan pernyataan di bawah ini:
1. Bioteknologi dapat meningkatkan kualitas pangan
2. Konvensional lebih cepat diterima masyarakat daripada biotek
3. Biotek dikhawatirkan akan menjadi bahan polutan
Pernyataan yang menunjukkan kekurangan biotek adalah..
a. 1 dan 3
b. 1 dan 2
c. 2 dan 3
d. 1, 2, 3
22. Griffith berhasil mengidentifikasi DNA sebagai materi genetik mencit penyebab pneumonia pada mencit
karena :
a. Suatu zat dari sel bakteri pathogen dapat ditransfer ke non pathogen
b. Sel bakteri pathogen yang dipanaskan sampai mati menyebabkan pneumonia
c. Selubung polisakarida bakteri menyebabkan pneumonia
d. Bakteriofag menyuntikkan DNA ke bakteri pathogen
Pembahasan :
Percobaan Griffith
Percobaan I terhadap dua varietas bakteri Streptococcus pneumoniae: smooth strain dan Rough strain
smooth strain yang mensekeret polisakarida merupakan pathogen yang menyebabkan pneumonia pada
mencit
Rough strain yang tidak mensekret polisakarida tidak menyebakan pneumonia
Kesimpulan sementara: kemungkinan yang menyebabakan pneumonia adalah polisakarida yang disekret
Percobaan II
Smooth strain yang didihkan hingga mati dan tersisa polisakaridanya saja tidak menyebabkan
pneumonia (polisakarida tidak menyebabkan pneumonia)
Smooth strain yang sudah didihkan hingga mati dan dicampur dengan rough strain dapat menyebakan
pneuomonia
Kesimpulan : suatu zat dari smooth strain (bakteri pathogen) dapat ditansfer ke rough strain (bakterin
on pathogen), kemampuan inidinamai transformasi.
(sumber: http://biology.clc.uc.edu/courses/bio104/dna.htm)
23. Model replikasi DNA yang dibuktikan melalui eksperimen menggunakan nukleotida berlabel isotop
berat nitrogen dirancang oleh..
a. Hershey and chase
b. Meselson and stahl
c. Walkins and frankin
d. Watson and crick
Pembahasan : IT Central Dogma (Struktur Fungsi dan Replikasi DNA)- SN 2013 slide 26.
24. Penyebab MDR pada kasus?
a. Drug abuse
b. Irrational therapy
Pembahasan :
MDR (multi drug resistance) terjadi ketika suatu bakteri sudah kebal terhadap lebih dari satu
antibiotic.Melimpahnya antiobiotik untuk therapy pada manusia, juga pada hewan ternak dan bahkan ikan,
menyebabkan bakteri-bakteri pathogen yang terseleksi menjadi kebal terhadap banyak obat. (sumber:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2839888/)
Archita
25. Kenapa kalau lagging strand gabisa dikopi cap nya?
a. Karena gaada insiator
b. Krn gaada telomerase
Pembahasan:
Pertama-tama kita bahas dulu apa itu lagging strand. Lagging strand adalah sintesis untaian DNA
berlawanan dengan pembukaan garpu replikasi, dilakukan secara tahap demi tahap (diskontinu) dan
karenanya membentuk fragmen yang disebut okazaki fragmen. Kalo lagging strand kan arahnya
berlawanan sama pembukaan garpu replikasi, sehingga polimerisasi untaian DNA baru bisa dilakuin
kalo DNA cetakannya membuka seiring dgn membukanya garpu replikasi. Akibatnya si lagging strand
akan disintesis secara diskontinu dan karenanya butuh primer lebih dari 1 untuk tiap fragmennya. Nah
ini gambarnya
Jadi, kalo menurut yang aku baca di IT, ujung dari kromosom atau telomere itu gabisa dicopy
pada lagging strand karena udah gaada primer yang tersedia lagi. Jadi itulah kenapa, tapi karena
dipilihan adanya karena gaada inisiator, kita anggep aja primer itu inisiator hehehehe
Sumber: IT Replikasi DNA – SN – 2015 slide 41
26. Di antara komponen kimiawi di bawah ini yang tidak dibutuhkan atau tidak termasuk dalam komposisi
reaksi reagen PCR adalah..
a. Tap polymerase
b. ddNTP
c. MGCl2
d. DNA template
Pembahasan:
Sumber: IT PCR dr. Zen Hafy 2015 slide 8
Menurut slide dari dr. Zen, yang dibutuhkan dalam PCR adalah reagen buffer, MgCl2, dNTP, primer,
DNA polymerase, dan template DNA. Sedangkan ddNTP adalah reagen yang khusus dibutuhkan dalam
proses sequencing.
IT Sequencing dr. Zen Hafy 2015 slide 11
27. Panjang atau besar fragmen DNA yang dihasilkan dalam suatu proses PCR ditentukan mutlak oleh
komponen:
a. Pasang primer
b. Jumlah DNA template
c. Jumlah siklus PCR
d. Jumlah dNTP
Pembahasan:
Sumber: Modul Praktikum PCR tahun ajaran 2014/2015
Seperti yang ditulis, primer bertindak sebagai pembatas fragmen DNA target yang menentukan
panjang ataupun besar fragmen DNA yang akan diamplifikasi, sedangkan DNA yang dihasilkan
tentunya mengikuti fragmen template DNA yang diamplifikasi.
Nah, kalau ditanya banyaknya DNA yang dihasilkan tergantung apa, maka jawabannya adalah jumlah
siklus
Sumber: IT PCR dr. Zen Hafy 2015 slide 11
Seperti yang dapat dilihat di slide diatas, amplifikasi DNA dalam proses PCR bertambah sesuai
dengan 2 dipangkatkan banyaknya siklus (amplifikasi eksponensial).
IT PCR dr. Zen Hafy 2015 slide 26
1. Pada tahap denaturation, reaksi PCR terjadi pada suhu tinggi (± 94oC) sehingga DNA utas ganda
terdenaturasi atau terpisah menjadi dua utas tunggal.
2. Tahap awal sintesis sekuen spesifik DNA secara in vitro dimulai pada tahap annealing, dimana
primer akan menempel pada sekuen komplementer utas tunggal DNA cetakan (DNA template).
Sintesis DNA ini berlangsung dari arah 5’ ke 3’. Agar sintesis DNA dapat berlangsung dengan
baik maka dalam reaksi tersebut diperlukan adanya enzim DNA polymerase, misalnya Taq
(Thermus aquaticus) polymerase dan MgCl2, sementara kebutuhan energi dan nukleotida
terpenuhi dari dNTPs (terdiri dari : dTTP, dGTP, dATP dan dCTP). Reaksi sintesis DNA pada tahap
ini tergantung pada suhu annealing dari primer yang digunakan. Suhu annealing primer tersebut
ditentukan diantaranya dari ukuran panjang primer dan kandungan basa (G+C) dari primer
yang digunakan. Misalnya primer yang terdiri dari 24-30 pasang basa, dapat bekerja dengan
3. Pada tahap extension, umumnya terjadi pada suhu 72oC, proses sintesis yang telah dimulai dari
tempat penempelan primer, terus berlanjut sampai bertemu dengan sintesis DNA yang dilakukan oleh
primer lainnya dengan arah yang berlawanan pada komplemen utas DNA template, sehingga
terbentuklah DNA utas ganda yang baru.
Sintesis DNA tersebut akan terus berlanjut melalui ketiga tahapan tersebut di atas secara
berulang. Pada akhirnya maka akan diperoleh produk PCR, berupa sekuen DNA yang diinginkan
dalam jumlah yang berlipat ganda, yakni sebanyak 2n (n = banyaknya siklus PCR yang digunakan).
Selanjutnya, produk PCR yang diperoleh dapat disimpan pada suhu 4oC, sampai saatnya tiba untuk
dianalisis lebih lanjut.
Untuk melihat hasil amplifikasi DNA tersebut, maka produk PCR yang diperoleh dimigrasikan
pada gel agarose (elektroforesis). Umumnya, hasil amplifikasi DNA dengan PCR ini dipengaruhi
beberapa faktor, yaitu: kualitas dan kuantitas DNA, temperatur annealing primer, kualitas dan
konsentrasi primer, konsentrasi MgCl2, dNTP, enzim DNA polymerase, dan jumlah siklus PCR
yang digunakan.
Teknik PCR dapat diaplikasikan diantaranya untuk : Isolasi dan penggandaan fragmen DNA dari
gen tertentu, penggandaan DNA untuk cloning, penggandaan cDNA, diagnosa kelainan genetik, infeksi
penyakit, jenis kelamin, penggunaan marker DNA dan merupakan tahapan kerja dalam sekuensing.
Oleh sebab itu, teknik PCR ini dapat dimanfaatkan dalam bidang-bidang: Biologi Molekuler dan
Bioteknologi, Pertanian, Kehutanan, Peternakan, Perikanan Kelautan, Kedokteran, Industri dan
Lingkungan.
Pembahasan :
Real-Time PCR (Quantitative Real time Polymerase Chain Reaction atau Q-PCR) merupakan suatu
metode analisa yang dikembangkan dari reaksi PCR. Teknik ini digunakan untuk mengamplifikasi
(memperbanyak) sekaligus kuantifikasi (menghitung) jumlah target molekul DNA hasil amplifikasi
tersebut. Real time PCR memungkinkan dilalukan deteksi dan kuantifikasi (sebagai nilai absolut dari
hasil perbanyakan DNA atau jumlah relatif setelah dinormalisasi terhadap input DNA atau gen-gen
penormal yang ditambahkan) sekaligus terhadap sequens spesifik dari sampel DNA yang dianalisis.
Pada analisa PCR konversional deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir reaksi dan
pengamatan keberadaan DNA hasil amplifikasi dilakukan di gel agarose setelah dilakukan proses
elektroforesis. Sedangkan analisa menggunakan Real Time PCR memungkinkan untuk dilakukan
pengamatan pada saat reaksi berlangsung, keberadaan DNA hasil amplifikasi dapat diamati pada grafik
yang muncul sebagai hasil akumulasi fluoresensi dari probe(penanda). Pada Real Time PCR pengamatan
hasil tidak lagi membutuhkan tahap elektroforensis, sehingga tidak lagi dibutuhkan gel agarose dan
penggunaan Ethidium Bromide (EtBr) yang merupakan senyawa karsinogenik. Cara kerja dari Real Time
mengikuti prinsip umum reaksi PCR, utamanya adalah DNA yang telah diamplifikasi dihitung setelah
diakumulasikan dalam reaksi secara real time sesudah setiap siklus amplifikasi selesai.
Sumber : https://www.academia.edu/5114925/TEKNIK_ANALISIS_BIOMOLEKULER
IT DNA Analysis – ZH (2014)
31. Pada hasil sekuensing DNA tidak ada okazaki fragment krn..
a. Tidak adanya enzim primase
b. Tidak adanya enzim ligase
c. Tidak adanya lagging strand
d. Ada dna polymerase
Pembahasan :
Fragmen Okazaki hanya disintesis di untai lamban (lagging strand)
Untuk memperpanjang untai baru DNA yang satu lagi ke arah wajib 5’-3’, DNA pol III harus
bekerja di sepanjang untai cetakan yang satu lagi ke arah yang menjauhi garpu replikasi. Untai DNA yang
memanjang ke arah ini disebut untai lamban (lagging strand)*. Kebalikan dengan untai maju, yang
diperpanjang terus-menerus, untai lamban disintesis secara tersendat-sendat, sebagai rangkaian dari
segmen-segmen. Segmen-segmen untai lamban ini disebut fragmen Okazaki (Okazaki fragment).
Gambar diatas mengilustrasikan langkah-langkah sintesis untai lamban. Sementara hanya satu
primer yang dibutuhkan untuk untai maju, setiap fragmen Okazaki pada untai lamban membutuhkan satu
primer sendiri. Sejenis DNA polimerase lain, DNA polimerase I (DNA pol I), menggantikan nukleotida
RNA primer dengan nukleotida versi DNA, menambahkan nukleotida satu demi satu ke ujung 3’ fragmen
Okazaki yang bersebelahan (fragmen 2 pada gambar). Akan tetapi, DNA pol I tidak dapat
menggabungkan nukleotida terakhir dari segmen DNA pengganti ini ke nukleotida DNA pertama pada
fragmen Okazaki yang primernya baru saja digantikan (fragmen I pada gambar). Sejenis enzim lain, DNA
ligase, menyelesaikan tugas ini, menggabungkan tulang punggung gula fosfat dari semua fragmen
Okazaki menjadi untai DNA tak terputus.
*Sintesis untai maju dan untai lamban terjadi secara bersamaan dengan laju yang sama. Untai
lamban dinamai demikian karena sintesisnya sedikit tertunda daripada sintesis untai maju. Masing-masing
fragmen baru pada untai lamban tidak bisa dimulai sebelum ada cukup banyak cetakan yang telah terbuka
pada garpu replikasi.
Sumber : Biologi Campbell Edisi 8 Jilid 1 halaman 341 dan 342
32. Perbedaan utama antara reagen PCR dan reagen sekuensing adalah..
a. DNA polymerase pada PCR
b. Primer tdk ada pd sekuensing
c. DNTP tdk ada pd PCR
d. ddNTP ada pd DNA sekuensing
Pembahasan :
Metode Terminasi Rantai Dideoksi untuk Sekuensing DNA
Fitria Masturah
33. Perbedaan antara fragmen DNA hasil sequencing dan PCR adalah..
a. DNA hasil kopi sama dengan DNA sekuen
b. DNA sequencing jumlah kopi lebih sedikit
c. DNA PCR mengandung dDNTP dengan penanda
d. DNA sekuencing mengandung dNTP
Pembahasan: (Sumber: IT dr. ZEN, DNA Suquencing 2014, PCR 2014)
DNA Sequencing Sanger
Amplifikasi linear (lebih sedikit)
Pada bagian akhir di tiap fragmen DNA yang dihasilkan, terdapat ddNTP yang sudah diberi tanda
Hasilnya adalah fragmen-fragmen DNA dengan panjang yang bervariasi
PCR
Amplifikasi eksponesial (lebih banyak)
Pada fragmen DNA yang dihasilkan hasil, tidak terdapat ddNTP
Baik fragmen DNA hasil sequencing maupun PCR mengandung dNTP
35. Manakah diantara sumber DNA dibawah ini yang dapat digunakan langsung sebagai DNA template pd
sekuensing?
a. DNA hasil PCR
Pembahasan: (sumber: http://seqcore.brcf.med.umich.edu/doc/dnaseq/dnaprep.html)
DNA template pada DNA sequencing dapat berasal dari plasmid dan produk PCR. Sebelum digunakan
sebagai template, agar menjadi template yang bagus, sebaiknya dilakukan isolasi DNA lagi dan pengaturan
jumlah dan konsentrasi DNA.
40. Polimorfisme yang terdapat di region… dari suatu organism akan mengakibatkan stabilisasi mRNA yang
terbentuk.
a. Promoter (5’UTR)
b. Exon
c. Intron
d. 3’UTR
Pembahasan: www.scribd.com dan bantuan dari teman bomb lain
Intron adalah sekuens nukleotida yang tidak akan ditemukan terjemahannya dalam rangkaian asam amino
protein yang dikode oleh suatu gen. Intron termasuk ke dalam non-coding region, selain pseudogen dan
fragmen gen. Jadi mRNA yang dihasilkan akan stabil atau tidak terkena polimorfisme karena intron akan
dibuang, hanya ekson yang masuk ke translasi . selain itu, regulator seperti promoter, operator dan lain-
lain lebih mempengaruhi kecepatan transkripsi.