Anda di halaman 1dari 15

REPRODUKSI VIRUS DNA DAN RNA

OLEH :

NUR FITRIANA MUH. ALI

P1506214012

MATA KULIAH VIROLOGI


PRODI BIOMEDIK KONS. MIKROBIOLOGI
PASCASARJANA UNIVERSITAS HASANUDDIN
2015
MEKANISME REPLIKASI DAN EKSPRESI GEN VIRUS

Gambar 1.1 Jenis-jenis famili virus yang menginfeksi manusia. +: pita sense; -: pita antisense;
: pita ganda; C: jumlah kapsomer
Virus ssRNA

Terdapat 3 kelompok virus RNA yang memiliki mekanisme replikasi dan ekspresi

gen berbeda.

Kelompok pertama yaitu picorna dan togavirus yang memiliki genom RNA+ pita

tunggal dengan 2 fungsi. Pertama genom RNA berfungsi sebagai mRNA. Setelah

menginfeksi sel dan mengirim genom RNA ke sitoplasma, maka genom RNA mengikat

ribosom sel dan langsung ditranslasi (Gambar 1.1). Semua genom picornavirus

langsung ditranslasi, sedangkan hanya sebagian genom togavirus langsung ditranslasi.

Kedua genom RNA berfungsi sebagai template untuk sintesis komplemennya.

Sintesis pita komplemen memerlukan protein yang dihasilkan dari translasi

genom RNA virus (Gambar 1.1). baik pada picornavirus dan togavirus menyintesis pita

RNA komplemen. Pita RNA komplemen (disebut juga pita RNA -) akan menyintesis pita

RNA+. Pada Togavirus terdapat 2 bentuk pita RNA+ hasil sintesis dari pita RNA-, yaitu

pita RNA+ kecil yang tidak tertranslasi dan pita RNA+ lengkap. Pita RNA+ kecil akan

ditranslasi menghasilkan protein untuk pengemasan anakan virus. Pita RNA+ lengkap

langsung dikemas menjadi anakan virus.

Pada picornavirus terdapat 1 bentuk pita RNA+, yaitu pita RNA+ lengkap. Pita

RNA+ lengkap ini langsung dikemas menjadi anakan virus. Produk protein hasil

translasi pita RNA+ pada picornavirus dan togavirus adalah protein tunggal. Protein

tunggal ini kemudian mengalami pemotongan, sehingga menghasilkan sejumlah

polipeptida yang sesuai dengan jumlah dan jenis protein pada virion infektif.
Gambar 15.7 Mekanisme replikasi dan ekspresi gen picornavirus (kiri) dan togavirus

(kanan)

Kelompok kedua adalah orthomyxovirus, paramyxovirus, bunyavirus, arenavirus,

dan rhabdovirus. Kelompok ini memiliki genom RNA- pita tunggal. Orthomyxovirus,

bunyavirus, dan arenavirus memiliki genom monofragmen. Paramyxovirus dan

rhabdovirus memiliki genom multifragmen. Setelah menginfeksi sel, maka virion akan

mengirim genom RNA- dan protein virion ke sitoplasma. Dengan bantuan protein virion,

genom RNA- menyintesis pita komplemennya (Gambar 1.2). Pita RNA+ ini berperan

sebagai mRNA (disebut mRNA+) dan kemudian ditranslasi menghasilkan protein

tunggal dan kemudian mengalami pemotongan menjadi beberapa protein yang

berperan dalam proses produksi anakan. Produksi anakan virus dimulai dengan proses

sintesis RNA+ dari RNA- induk. Proses ini memerlukan enzim yang dihasilkan dari

proses translasi mRNA virus.


Setelah menghasilkan pita RNA+, maka pita RNA+ berperan sebagai template

untuk sintesis pita RNA+ (juga memerlukan enzim virus hasil translasi). Pita RNA+ ini

berbeda dengan pita mRNA+. Selanjutnya pita RNA+ dikemas menjadi anakan virus.

Gambar 1.2 mekanisme replikasi dan ekspresi orthomyxovirus dan paramyxovirus

Kelompok ketiga adalah retrovirus. Karakteristik genom retrovirus adalah

monofragmen diploid (2 fragmen RNA, tetapi ukuran dan urutan sama). Setelah

menginfeksi sel, genom RNA berperan sebagai template untuk sintesis DNA virus.

Karena eukariota tidak memiliki enzim, maka untuk menyintesis RNA menjadi DNA

diperlukan enzim transkriptase-balik virus (Gambar 1.3). Mekanisme sintesis DNA dari

RNA meliputi (1) pengikatan kompleks tRNA dan transkriptase-balik dengan genom

RNA. (2) Salah satu pita RNA diploid berperan sebagai template untuk sintesis DNA

komplemennya (terjadi hibrid RNA-DNA sementara) dan dikopling dengan digesti RNA

diploid oleh ribonuklease virus. (3) Pita DNA berperan sebagai template untuk sintesis

pita DNA komplemennya, sehingga dihasilkan DNA pita ganda. DNA pita ganda
ditranslokasi ke nukleus dan berintegrasi dengan genom inang. Genom DNA virus

ditranskripsi menghasilkan genom RNA lengkap dan molekul RNA pendek yang

kemudian ditranslasi menghasilkan poliprotein. Poliprotein dipotong menjadi protein-

protein individual. Genom RNA lengkap dikemas menjadi anakan virus dengan bantuan

protein-protein individual.

Gambar 1.3 Mekanisme replikasi dan ekspresi retrovirus

Virus dsRNA

Genom RNA pita ganda multifragmen reovirus ditranskripsi di dalam kapsid

(sedikit terbuka) oleh polimerasi virus. Hasil transkripsi adalah 10 pita mRNA+ dan

kemudian dikeluarkan dari kapsid. mRNA+ memliki 2 fungsi, yaitu sebagai mRNA yang

langsung ditranslasi menghasilkan protein virus dan sebagai template untuk sintesis

genom RNA pita ganda.


Gambar 1.4 mekanisme replikasi dan ekspresi reovirus

Virus DNA

Virus DNA dapat dikelompokan menjadi 4 kelompok. Kerlompok pertama adalah

Papovirus, adenovirus, dan herpesvirus. Genom virus kelompok ini ditranskripsi dan

direplikasi di dalam nukleus sel. Oleh karena itu dapat menggunakan enzim inang.

Herpesvirus memerlukan 3 siklus transkripsi untuk mengemas anakan virus (Gambar

1.4). Kelompok kedua adalah poxvirus. Pada poxvirus transkripsi terjadi di sitoplasma.

Proses transkripsi memerlukan enzim virus. Kelompok ketiga adalah parvovirus. Virus

terasosiasi-adeno memerlukan adenovirus atau virus herpes simpleks untuk

perbanyakannya. Tanpa virus penolong, genom hanya terintegrasi ke genom inang

tetapi tidak terekspresikan. Kelompok keempat adalah virus hepadna. DNA virus

terlebih dulu ditutup-sirkuler dengan bantuan enzim polimerase virus (semula genom

berbentuk sirkuler terbuka). Setelah itu DNA virus ditranskripsi menghasilkan 2 kelas
molekul RNA, yaitu mRNA dan RNA genomik (Gambar 1.5). mRNA ditranslasi

menghasilkan protein virus. RNA genomik ditranskrip menghasilkan DNA genomik

dengan bantuan enzim transkriptase-balik. Selanjutnya DNA genomik dikemas

menghasilkan anakan virus.

Gambar 1.4 Mekanisme replikasi dan ekspresi herpesvirus

Gambar 1.5 mekanisme replikasi dan ekspresi virus hepadna


Berikut ini mekanisme replikasi spesifik pada setiap family virus:

A. Virus DNA

Parvoviridae

Merupakan virus ssDNA. Transkripsi dan replikasi genom terjadi di di inti sel,

protein non strukturan menumpuk di inti sel dan virion juga terletak di inti sel. Proses

traknskripsi ssDNA oleh DNA polymerase seluler menjadi dsDNA. dsDNA selanjutnya

menjadi template untuk transkripsi mRNA oleh DNA dependent RNA Polymerase II

seluler. Sequen terminal palindromic 3’ berfungsi sebagai self-primer untuk memulai

sintesi +DNA.

Papovaviridae

1. Papillomavirus

Papillomavirus sangat tropik terhadap sel-sel epitel kulit dan membrane mukosa.

Tahap-tahap dalam siklus replikasi virus tergantung pada faktor-faktor spesifik yang

terdapat dalam status diferensiasi berikutnya dari sel epitel. Ketergantungan kuat

replikasi virus pada status diferensiasi sel inang ini, meyebabkan sulitnya

perkembangbiakan Papillomavirus in vitro.

Genom semua jenis HPV mengandung sekitar delapan Open Reading Frames

(ORFs) yang ditranskripsi dari hanya satu untai DNA (ssDNA). Para ORF's

diklasifikasikan menjadi tiga bagian fungsional, yaitu : bagian awal (E) adalah wilayah

yang mengkodekan protein (E1-E7) yang diperlukan untuk replikasi virus, dan bagian

akhir (L) adalah wilayah yang mengkode protein struktural (L1-L2) diperlukan untuk
perakitan virion, dan sebagian besar wilayah non-coding disebut sebagai Long Control

Region (LCR) yang mengandung unsur-unsur cis yang diperlukan untuk replikasi virus

dan transkripsi.

2. Polio Virus

Virion terdiri dari molekul ssRNA polaritas positif yang dikelilingi oleh kapsid

ikosahedral terdiri dari empat protein, VP1, VP2, VP3 dan VP4. Setelah inisiasi sukses,

genom virus mRNA diterjemahkan ke dalam protein tunggal besar yang merupakan

prekursor untuk semua protein virus. Sementara RNA virus polio adalah mRNA

diterjemahkan menjadi protein, dan mRNA virus ini memiliki dua sifat yang sangat

berbeda dari mRNA seluler.

Virion RNA virus polio memiliki protein VPG pada ujung 5 dan mengandung ekor

poli (A) pada ujung 3. VPG secara kovalen melekat pada uridin (VPG-UUU) dan

berfungsi sebagai primer untuk sintesis (-) strand. Daerah yang sangat terstruktur 5

UTR (untranslated region) mengatur proses translasi dan replikasi RNA. Dua daerah

fungsional yang hadir dalam 5 UTR yaitu elemen panjang yang terlibat dalam inisiasi

cap-independen pada proses translasi, dan elemen pendek struktur terminal dari ujung

5 (the cloverleaf RNA) yang terlibat dalam replikasi RNA virus. Cloverleaf RNA

membentuk kompleks terner dengan dua protein yaitu uncleaved virus protease

polimerase prekursor 3CD dan PCBP (Poly (rC) Protein Binding). PCBP adalah protein

host yang mengatur stabilitas dan ekspresi beberapa mRNA seluler. Replikasi virus

terjadi seluruhnya di dalam sitoplasma. Pengolahan awal poliprotein menghasilkan tiga

polipeptida prekursor besar, disebut P1, P2 dan P3. Pengolahan lebih lanjut dari P1

menghasilkan protein struktural VP1, VP2, VP3 dan VP4, sedangkan P2 dan P3
menghasilkan semua protein nonstruktural, termasuk polimerase (3DPol), protease

(2APro dan 3CPro) dan VPG-3B, genome- yang terkait protein. Protein virus polio

3DPol mengkatalisis generasi dari kedua produk (-)negative dan (+)posistif sense.

Setelah virus telah menerjemahkan RNAnya untuk menghasilkan protein yang

diperlukan dan mereplikasi genomnya, selanjutnya adalah tahap pengemasan molekul

RNA yang baru ke dalam kapsid.

Adenoviridae

Proses replikasi adenovirus diawali dengan proses transkripsi RNA dalam urutan

temporal yang tepat dan dikendalikan oleh 9 promotor terpisah yang disambung dengan

beberapa cara alternative. Berdasarkan program yang kompleks tetapi sesuai dengan

perintah. Sekitar selusin protein non structural awal ditranslasi sebelum genom dapat

direplikasi. Replikasi DNA virus menggunakan protein virus sebagai primernya, virus

mengkode DNA polymerase. DNA berikatan dengan protein dan factor-faktor seluler

memproses dari kedua ujungnya dengan mekanisme pemisahan strand. Selama

replikasi DNA, transkripsi unit akhir disajikan sehingga menghasilkan protein structural

yang terbuat dari agregat. Penghentian sintesis DNA sel terjadi relative awal dalam

siklus replikasi virus, sedangkan sintesis RNA seluler dan sintesis protein mengalami

penurunan selama paruh siklus kedua.

Herpesviridae (HSV)

Dalam proses replikasi DNA virus herpes, ada tiga lokasi origin yang berperan

dalam replikasi genom DNA HSV yaitu oriL, yang terletak di antara gen UL29 dan UL30,
dan dua salinan dari oriS, yang terletak di dekat kedua ujung US (Boehmer, 1997).

Menariknya, tidak semua gen ini diperlukan untuk replikasi, sehingga replikasi virus

memungkinkan untuk terjadi jika dilakukan penghapusan dari salah satunya. Sebuah

teori menyatakan bahwa tidak semua yang titik origin digunakan secara bersamaan,

mungkin beberapa aktif selama fase litik sementara sisanya aktif selama reaktivasi

infeksi laten. Tujuh produk gen virus yang diperlukan dan untuk replikasi origin spesifik

dari genom virus adalah UL5, UL8, UL9, UL29, UL30, UL42, dan UL52. UL5, UL8, dan

UL52 mengkode DNA helikase-primase, UL30 mengkode DNA polymerase, UL42

mengkode protein pembantu, UL9 mengkode protein pengikat origin, dan UL29

mengkode protein pengikat ssDNA.

Iridoviridae

Ekspresi gen virus dimulai dalam inti, di mana dua peristiwa penting terjadi. Pada

bagian pertama, transkripsi DNA virus awal ke dalam dua kelas yaitu immediate early

(IE) dan delayed early (DE), yang disintesis menggunakan DNA virion sebagai

template. Transkripsi awal diperkirakan mengkodekan protein regulator dan enzim

katalitik utama seperti DNA polymerase virus dan RNA polymerase II (Pol II) seluler.

Selama translasi terjadi di sitoplasma, DNA polymerase virus masuk ke dalam inti sel

dan mensintesis unit menjadi dua kali ukuran unit salinan genom virus, dan ini mewakili

hasil sintesis DNA tahap pertama. DNA virus yang baru disintesis kemudian diangkut ke

dalam sitoplasma di mana siklus lebih lanjut dari replikasi DNA dihasilkan dalam bentuk

struktur concatameric besar yang mewakili hasil sintesis DNA tahap kedua. Kemudian
concatemers dikemas ke dalam virion dan mereka keluar dari sel inang dengan cara

budding atau lisis sel.

B. Virus RNA

Picornaviridae

Replikasi terjadi sepenuhnya di sitoplasma. replikasi RNA

melalui pembentukan RNA komplementer yang bertindak sebagai cetakan untuk proses

sintesis RNA genom yang dikatalisis oleh RNA-dependent RNA polimerase

menghasilkan rasa -RNA. –RNA Ini membentuk template untuk sintesis +RNA, yang

terjadi melalui kompleks multi-stranded intermediate replikatif (RI). Dalam studi

transkripsi in vitro telah menyarankan 2 model replikasi genom yang mungkin terjadi:
Retroviridae

Merupakan ssRNA terdiri dari dua molekul polaritas negatif yang identik.

Replikasi dimulai dengan pemisahan kedua molekul RNA dan pembuatanrantai DNA

dengan cetakan RNA tersebutdengan bantuan reverse transcriptasevirion. Setelah

molekul RNA-DNA terpisah, dibuat rantai DNA komplementerterhadap pasangan DNA

yang sudah ada. DNA serat ganda kemudianmengalami sirkularisasi dan berintegrasi

dengan kromosom hospes. Selanjutnya RNA genom dibuat dengan cetakan DNA yang

sudah terintegrasi pada kromosom hospes.


DAFTAR PUSTAKA

1. Boehmer, P. E., & Lehman, I. R. (1997). Herpes simplex virus dna replication.

Annual Review of Biochemistry, 66(1), 347-384.

doi:10.1146/annurev.biochem.66.1.347

2. Anonim.https://www.qiagen.com/id/products/genes%20and

%20pathways/pathway%20details.aspx?pwid=363

3. Schiffman M, Castle PE, Jeronimo J, Rodriguez AC, Wacholder S. 2007.

Human papillomavirus and cervical cancer. Lancet.;370(9590):890-907.

4. Trevor Williams, et al. 2005. Decade Of Advances In Iridovirus Research

Advances In Virus Research. Vol 65.