MODUL 7

VARIASI FENOTIP DAN GENOTIP

PJ: Faridl, Igretia; Co-PJ: Tera, Indira

A. Teori Dasar
Setiap mikroorganisme membutuhkan protein dalam menjalankan keseluruhan
masa pertumbuhan sel. Protein di dalam sel makhluk hidup dihasilkan dari rangkaian
proses sintesis asam nukleat dan sintesis protein. Seluruh informasi mengenai struktur
dan fungsi dari protein dalam setiap makhluk hidup tersimpan dalam urutan materi
genetik, yaitu DNA. Urutan DNA pada setiap makhluk hidup akan memandu sel
melakukan replikasi DNA, transkripsi, dan translasi. Dalam meregulasi sintesis protein,
dilakukan dua pendekatan utama, yaitu pendekatan regulator positif dan regulator
negatif. Regulator positif adalah activator, protein aktivator akan berikatan dengan
activator-binding site pada DNA dan menstimulasi ekspresi gen. Kontrol negatif
dilakukan oleh repressor yang mencegah terjadinya ekspresi gen. Rangkaian proses
tersebut beserta regulasinya dapat menentukan variasi genotip dan fenotip dari makhluk
hidup. Genotip merupakan informasi genetik yang ada pada DNA, sedangkan fenotip
adalah karakteristik spesifik yang dapat diamati dari makhluk hidup.
Variasi yang terjadi pada bakteri dapat bersifat sementara maupun permanen.
Pada umumnya variasi yang terjadi akibat faktor-faktor lingkungan dan tidak
melibatkan restrukturasi DNA bersifat sementara. Variasi ini dapat merubah
karakteristik bakteri baik secara morfologi maupun fisiolofi dan akan hilang segera
setelah faktor lingkungan yang memengaruhinya hilang. Sebagai contoh Escherichia
coli pada fasa stasioner dalam kultivasi batch akan berbentuk kokoid (coccoidal).
Peristiwa semacam ini dikenal sebagai involusi. Reinokulasi E. coli tersebut kedaam
medium segar akan mengembalikan struktur bentuk bakterinya menjadi batang.
Variasi bakteri yang melibatkan alterasi pada DNA umumnya bersifat
permanen. Variasi ini terjadi akibat adanya mutasi. Variasi semacam ini dapat terjadi
secara spontan akibat kesalahan replikasi DNA atau karena pengaruh agen fisika atau
kimia. Terdapat dua jenis mutasi, yaitu point mutation dan frameshift mutation.
Perbedaannya ada pada jumlah basa yang berubah. Berdasarkan pengaruhnya, mutasi
dapat dibagi menjadi dua, yaitu mutasi pada tingkat gen dan tingkat organisme

B. Pendahuluan
 Teori singkat mengenai variasi fenotip dan genotip pada bakteri.
 Aplikasi dari keberadaan variasi fenotip dan genotip pada bakteri.

C. Tujuan
1. Menentukan variasi fenotip dari Serratia marcescens pada suhu inkubasi 25oC dan
35oC.
2. Menentukan lama pendedahan sinar UV yang efektif untuk menyebabkan
perubahan fenotip permanen pada Serratia marcescens.
 3. Menentukan keberadaan mutan bakteri Staphylococcus aureus yang resisten
terhadap antibiotik streptomycin.

D. Cara Kerja
1. Variasi Fenotip
Kultur Serratia marcescens
 Diinokulasi pada medium NA dalam cawan petri dengan teknik 4-way
streak
 Diinkubasi pada temperatur 25oC dan 35oC selama 24 jam
 Dicatat dan
didokumentasikan
warna koloni yang
tumbuh dari kedua
perlakuan
Koloni Tunggal Serratia
marcescens
 Dicuplik masing-
masing dan
diinokulasi ke dua slant NA di tabung reaksi dengan metode streak
 Diinkubasi masing-masing pada temperatur 25oC dan 35oC selama 24 jam
 Dicatat dan didokumentasikan warna koloni yang tumbuh dari seluruh
perlakuan
Hasil pengamatan

2. Isolasi Mutan & Ilustrasi Variasi Genotip

Kultur cair Serratia marcescens
 Dilakukan pengenceran berseri hingga 10-6
 Diinokulasikan kultur pengenceran 10-6 sebanyak 0,1 mL medium NA
dalam cawan petri dengan metode spread
 Didedahkan dengan sinar UV selama 0, 40, 60 dan 80 detik
 Diinkubasi pada temperatur 25oC selama 24 jam
 Diamati dan didokumentasikan pertumbuhan koloni
Hasil Pengamatan

3. Penapisan Mutan Resisten

Cawan petri kosong yang steril
 Dituangkan medium NA cair
dari tabung reaksi dan
dimiringkan, ditunggu hingga
memadat
 Diberi tanda “+” pada bagian
medium NA yang tipis, serta
 tanda “-“ pada bagian medium NA yang tebal
 Dituangkan medium NA cair + streptomycin dari tabung reaksi ke bagian
atas medium gradien yang telah memadat, ditunggu hingga memadat
Medium gradien streptomycin
 Diinokulasikan 0,1 mL kultur cair Staphylococcu aureus berumur 24 jam
dengan metode spread
 Diinkubasi pada 30oC selama 48 jam
 Diamati dan didokumentasikan pertumbuhan koloni
Hasil pengamatan

Pembuatan Mutan dan Kontrol

Medium NA+streptomycin dalam cawan petri
 Dibagi menjadi dua bagian
 Diinokulasikan koloni yang tumbuh di bagian “+” medium gradien
streptomycin sebelumnya dengan metode streak di satu sisi
 Diinokulasikan kultur Staphylococcus aureus murni dengan metode streak
di sisi lainnya
 Diinkubasi pada 30oC selama 24 jam
 Diamati dan didokumentasikan pertumbuhan koloni
Hasil pengamatan

Pembagian Kerja
Percobaan Kelompok Ganjil Kelompok Genap
Variasi Fenotip Inkubasi 25oC Inkubasi 35oC
Isolasi Mutan dan Pendedahan UV 0 & 40 Pendedahan UV 60 & 80
Ilustrasi Variasi Genotip detik detik
Penapisan Mutan Dilakukan seluruhnya Dilakukan seluruhnya
Resisten (tidak di-compile) (tidak di-compile)

E. MSDS
Tuliskan nama senyawa, sifat fisika dan kimia, potensi bahaya, handling, serta storage
dari streptomycin.

F. Literatur
1. Jelaskan mengenai diagram di bawah ini (regulasi transkripsi gen, translasi, serta
pengontrolan aktivitas enzim).
 2. Pengertian dan jenis mutasi, serta efek yang dihasilkan dari mutasi tersebut.
3. Mekanisme-mekanisme yang dilakukan oleh mikroba agar resisten terhadap
senyawa antibiotik.
4. Mekanisme mutasi oleh sinar UV.
5. Mekanisme perbaikan kerusakan DNA akibat dimerisasi oleh bakteri.

G. Format Hasil Pengamatan

1. Variasi Fenotip
Tanggal inokulasi :
Tanggal pengamatan :
Medium :
Kultur :
a. Variasi Fenotip Serratia marcescens
Suhu
inkubasi
Gambar Keterangan
awal S.
marcescens
25oC putih/putih & merah/merah*
35oC putih/putih & merah/merah*
*) diisi salah satu

b. Subkultur Variasi Fenotip Serratia marcescens

 Suhu Suhu
inkubasi inkubasi Gambar Keterangan
awal kedua
putih/putih &
25 oC
merah/merah*
25 oC
putih/putih &
35 oC
merah/merah*
putih/putih &
25 oC
merah/merah*
35 oC
putih/putih &
35 oC
merah/merah*
*) diisi salah satu

2. Isolasi Mutan dan Ilustrasi Variasi Genotip

Tanggal inokulasi :
Tanggal pengamatan :
Medium :
Kultur :
Lama pendedahan
Gambar Keterangan*
UV (detik)
0
40
60
80
*) diisi dengan “+” apabila tumbuh koloni berwarna putih, “-“ apabila tumbuh
koloni berwarna selain putih, “±” apabila tumbuh keduanya.

3. Penapisan Mutan Resisten

Tanggal inokulasi :
Tanggal pengamatan :
Medium :
Kultur :
Bagian Medium
Gradien Keterangan* Gambar
Streptomycin
+
Tengah
-
*) diisi dengan “+” apabila ada koloni yang tumbuh atau “-“ apabila tidak ada koloni
yang tumbuh

Bagian Medium NA
Keterangan* Gambar
+ streptomycin
 S. aureus bagian “+”
S. aureus kontrol
*) diisi dengan “+” apabila ada koloni yang tumbuh atau “-“ apabila tidak ada koloni
yang tumbuh

Keterangan: Compile hasil pengamatan dilakukan dengan kelompok satu

meja, kelompok 15 bersama dengan kelompok 14. Data yang di-compile hanya
percobaan variasi fenotip dan isolasi mutan & ilustrasi variasi genotip saja.

H. Ketentuan Daftar Pustaka

Minimal 2 jurnal dan satu buku publikasi setelah 2010