KATA PENGANTAR

Pertama – tama penulis memanjatkan puji dan syukur kepada Tuhan Yang Maha
Esa karena atas limpahan rahmat dan karunia-Nya penulis diberikan kesehatan dan
kesempatan sehingga bisa menyelesaikan makalah biokimia ini tepat waktunya.

Tak lupa penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada berbagai pihak yang
telah membantu dalam penulisan makalah ini yang tidak dapat penulis sebutkan satu –
persatu sehingga makalah ini dapat terselesaikan tepat waktunya.

Didalam makalah ini penulis menyadari banyak terdapat kekurangan. Oleh karena
itu kritik dan saran yang membangun sangat penulis harapkan agar menjadikan makalah
ini lebih baik lagi. Penulis berharap semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi kita
semua. Amiiin.

Penulis

1
 BAB I
PENDAHULUAN
Latar belakang

Proteolisis biasanya dikatalisis oleh enzim seluler yang disebut protease. Protease
adalah enzim yang berperan dalam reaksi pemecahan protein. Enzim ini akan
mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis, yaitu rekasi yang melibatkan unsur air pada ikatan
spesifik substrat. Protease merupakan enzim yang sangat kompleks, mempunyai sifat
fisika-kimia dan sifat-sifat katalitik yang sangat bervariasi, enzim ini dihasilkan secara
ekstraseluler oleh mikroorganisme dan mempunyai peranan yang sangat penting dalam
metabolisme sel dan keteraturan dalam sel.

Protease adalah enzim yang menghidrolisis ikatan peptida pada molekul protein
yang menghasilkan peptida atau asam amino. Protein terdiri atas molekul asam amino
yang bervariasi jumlahnya, berkisar antara 10 sampai ribuan yang berfungsi sebagai unit
penyusun polimer protein yang terangkai melalui ikatan peptida. Protein yang memiliki
lebih dari 10 asam amino disebut polipeptida, sedangkan istilah protein ditujukan bagi
polimer asam amino dengan jumlah di atas 100 (Suhartono, 1989).

Protease berperan dalam sejumlah reaksi biokimia seluler. Selain diperlukan

untuk degradasi protein nutrien, enzim protease terlibat dalam sejumlah mekanisme
patogenisitas, proses koagulasi darah, proses sporulasi, diferensiasi, sejumlah proses
pasca translasi protein dan mekanisme ekspresi protein ekstraseluler (Rao, dkk., 1998).

2
 Berdasarkan cara kerjanya, Palmer (1981) membagi menjadi dua, yaitu 1)
proteolisis terbatas, yang memecah hanya satu atau beberapa ikatan peptida tertentu dari
sebuah protein target. Contohnya adalah perubahan prohormon menjadi hormon. 2)
Proteolisis tak terbatas, yaitu mendegradasi protein menjadi asam amino penyusunnya.
Dilihat dari letak pemutusan ikatan peptida, protease dibedakan menjadi endopeptidase
atau proteinase (EC 3.4.21-99) dan eksopeptidase (EC 3.4.11-21). Endopeptidase
memutuskan ikatan peptida yang berada di dalam rantai protein sehingga dihasilkan
peptida dan polipeptida, sedangkan eksopeptidase menguraikan protein dari ujung rantai
sehingga dihasilkan satu asam amino dan sisa peptida.

Eksoprotease memecah protein dari ujung rantai polipeptida baik dari ujung
amino atau karboksi substrat sehingga menghasilkan asam amino dan sisa peptida
sedangkan endoprotease memotong ikatan polipeptida protein pada bagian dalam
sehingga menghasilkan sejurnlah peptida. Kedua golongan protease tersebut masing-
masing dapat dipilah lebih lanjut berdasarkan spesifisitas substratnya. Eksopeptidase
3
yang rnemotong rantai polipeptida dari ujung karboksil bebas disebut sebagai
karboksipeptidase dan yang memotong dari ujung asam amino dikenal sebagai
aminopeptidase. Protease juga mampu menghidrolisis protein yang pada ujung amino
atau karboksi diganti dengan pteroil atau gugus asil, protease ini dikelompokkan sebagai
peptidase omega. Penggolongan endopeptidase lebih kompleks dibandingkan
eksopeptidase. Keunikan pemotongan endopeptidase sangat khas pada masing-masing
jenis endopeptidase. Sebagian endopeptidase memotong ikatan peptida berdasarkan jenis
asam amino tertentu pada atau yang berdekatan dengan situs pemotongan, sebagian
enzim memotong ikatan polipeptida secara acak (Ward, 1983).

Tabel 1. Klasifikasi enzim protease

Ket : a menunjukkan pembukaan cincin residu asam amino pada rantai

polipeptida. Cincin yang padat mengindikasikan terminal asam amino,
tanda bintang menandakan penghambatan terminal asam amino. Tanda
panah menunjukkan sisi aktif enzim (Rao, dkk., 1998).

4
 Berdasarkan komponen sisi aktifnya protease dipilah menjadi empat grup
(Whitaker, 1994 dan Rao, dkk., 1998). Grup pertama yaitu protease serin
(E.C.3.4.16 dan E.C.3.4.21) yang memiliki residu serin pada sisi aktifnya. Grup
kedua adalah protease sistein (E.C.3.4.18 dan E.C.3.4.22) yang mempunyai gugus
SH pada sisi aktifnya. Grup ketiga yaitu protease asam (E.C.3.4.23) yang
memiliki residu asam aspartat pada sisi aktifnya. Grup terakhir adalah protease
metal (E.C.3.4.17 dan E.C.3.4.24) yaitu yang aktivitasnya tergantung pada ikatan
yang kuat pada kation divalen.

Protease serin merupakan endopeptidase. Golongan protease serin

memiliki asam amino serin pada sisi katalitiknya. Jika asam amino serin ini
dimodifikasi dengan memfosforilasi gugus –OH asam amino serin tersebut maka
aktivitas enzimatik akan lenyap (Sadikin, 2002). Golongan ini terdiri dari dua
kelompok yang berbeda. Kelompok kimotripsin yang meliputi enzim-enzim
mamalia dan kelompok subtilisin yang meliputi enzim bakteri. Struktur dari kedua
kelompok ini berbeda tetapi memiliki geometri sisi aktif yang sama (Ward, 1985).
Contoh protease serin adalah tripsin, kimotripsin dan elastase (Fersht, 1985).
Protease sistein, sifat katalitik kelompok enzim ini ditentukan oleh asam
amino sistein. Enzim ini tidak akan hilang aktivitasnya dengan fosforilasi tetapi
akan hilang kemampuan katalitiknya dengan alkilasi. Contoh enzim ini adalah
bromelin, papain dan katerpin (Sadikin, 2002). Protease jenis ini mempunyai
aktivitas optimal pada pH netral, dan sangat dipengaruhi oleh logam pengkelat.
Protease sistein dibagi menjadi dua golongan berdasarkan spesifitasnya.
Klostipain, yang dihasilkan oleh Clostridium histolitycum menunjukkkan
spesifitas yang kuat terhadap asam amino utama karboksil pada situs pemutusan,
sedangkan protease sterptokal memperlihatkan spesifitas terhadap substrat-
substrat sintetik dari insulin peroksida (Ward, 1985).
Protease aspartat, enzim ini memiliki urutan asam amino yang kaya akan
aspartat dan glutamat. Asam aspartat diperlukan keberadaanya ditempat interaksi
dengan molekul. Jika aspartat di tempat tersebut diubah menjadi amida maka sifat
katalitik enzim akan hilang. Protease aspartat sering disebut juga protease
karboksil, karena memerlukan gugus karboksil bebas dalam residu asam amino

5
 6

tertentu yang ada di bagian enzim tersebut berinteraksi dengan protein substrat dan
memecahnya. Banyaknya asam amino asam ini juga menerangkan, mengapa protease
golongan ini bekerja pada pH rendah (Sadikin, 2002), yaitu berkisar antara 2-6 dan
memiliki titik isolistrik pada selang pH 3-5. Contoh enzim ini adalah kelompok pepsin
yang meliputi enzim-enzim pencernaan seperti pepsin, kimosin dan renin (Ward,1985).
Protease logam atau metaloprotease, memerlukan adanya logam untuk
aktivitasnya. Enzim ini berperan penting dalam sel-sel fagosit, seperti leukosit dan
makrofag. Enzim ini berperan penting dalam perusakan rawan sendi dalam penyakit-
penyakit sendi (Sadikin, 2002). Kelompok metaloprotease Zn, merupakan salah satu
kelompok protease yang sering ditemukan pada bakteri dan jamur (Ferdian, 2006).
Protease merupakan satu diantara tiga kelompok enzim komersial yang
diperdagangkan dengan nilai mencapai 60% total penjualan enzim yang aplikasinya
sebagai katalisator hayati, digunakan di dalam industri pangan, detergen dan kulit
(Suhartono, 2000). Protease memegang peran utama didalam banyak fungsi hayati, mulai
dari tingkat sel, organ sampai organisme, yaitu dalam melangsungkan reaksi
metabolisme, fungsi regulasi dan reaksi-reaksi yang menghasilkan sistem berantai
(cascade) untuk menjaga normal homeostatis maupun kondisi patofisiologis abnormal
serta proses kematian sel terencana (Rao dkk., 1998).

6
 7

BAB II
PEMBAHASAN

A. Definisi proteolysis
Proteolisis adalah hidrolisis ikatan peptida yang menyatukan protein, menghasilkan
pemecahan protein menjadi komponen kunci, peptida dan asam amino. Proteolisis dapat
terjadi sebagai metode pengaturan proses seluler dengan mengurangi konsentrasi protein,
mengubah protein menjadi bentuk aktif, atau dengan menyediakan asam amino yang
diperlukan untuk mensintesis protein yang berbeda. Proteolisis sering dilakukan oleh
protease, enzim yang mengkatalisis pemecahan protein. Ini juga dapat terjadi sebagai akibat
dari kondisi seluler yang buruk seperti suhu ekstrim, keasaman, atau salinitas, yang
mengganggu molekul dalam ikatan peptida dan menghasilkan ikatan yang pecah.

Angka ini menggambarkan pemecahan ikatan peptida ke dalam asam amino penyusun melalui
hidrolisis ikatan amida.

7
 8

Angka ini menggambarkan hidrolisis ikatan peptida melalui penambahan air.

Proteolisis adalah pemecahan protein menjadi polipeptida atau asam amino yang lebih
kecil. . Tidak terkategori, hidrolisis ikata peptide sangat lambat, membutuhkan waktu ratusan
tahun. Proteolisis biasanya dikatalisis oleh enzim seluler yang disebut protease , tetapi mungkin
juga terjadi oleh pencernaan intra-molekul. PH rendah atau suhu tinggi juga dapat menyebabkan
proteolisis non-enzimatik.

Proteolisis pada organisme melayani banyak tujuan; misalnya, enzim pencernaan

memecah protein dalam makanan untuk menyediakan asam amino bagi organisme, sementara
pengolahan proteolitik dari rantai polipeptida setelah sintesis mungkin diperlukan untuk produksi
protein aktif. Ini juga penting dalam pengaturan beberapa proses fisiologis dan seluler, serta
mencegah akumulasi protein yang tidak diinginkan atau abnormal dalam sel. Akibatnya, dis-
regulasi proteolisis dapat menyebabkan penyakit dan digunakan oleh beberapa racun .

B. Struktur Proteolisis
Proteolysis terjadi ketika ikatan peptide memegang protein bersama-sama dihidrolisis. Ini
sering terjadi melalui katalisis oleh protease, enzim yan terlibat dalam pemceahan protein.
Enzim berinteraksi dengan protein dengn spesifisitas substrat berdaarkan konfirmasi protein
dan residu asam amino yang dilekatinya. Protease berfungsi dalam salah satu dari dua cara:
mereka dapat memutus ikatan mida antara dua asam amino pada terminal amino atu karboksi
( exopeptidases), atau mereka dapat memecah protein dalam substrat (endopeptidase).
Protease dapat dikategorikan ke dalam enam jenis, berdasarkan cra dimana mereka

8
 9

menghidrolisis protein dan residu yang : aspartate, sistein, glutamate, metalo, serin, dan
treonin protease. Kategori yang berbeda menghidrolisis ikatan amida bai melalui reaksi adisi/
eliminasi yang menghasilkam perantara, atau dengan hidrolisis langsung dari ikatan oleh
molekul air terpolarisasi. Protease, dan karena itu proteolysis. Dapat dihambat oleh engikatan
inhibitor ke situs aktif protease, atau melalui pengurungan spasial yang memisahkan mereka
dari substratnya. Penghambatan ini memainkan peran penting dlam pengaturan proses
seluler.

C. Fungsi Proteolisis
Proteolysis memainkan sejumlah peran penting namun beragam dalam tubuh. Dapat
menetral fungsi protein baik dengan memproduksi atau mengeluarkan protein. Proteolysisi
dapat mengatur konsentrasi protein dengan menghilngkan keleihan protein sehingga
fungsinya berkurang atau terganggu proteolysis sering bertanggung jawab untu inakivasi
lengkap protein yang dapat menyebabkan gangguan interaksi protein-protein dan sinyal
kaskade termasuk apoptosis. Sebagai alternatif,protease dapat menghasilkan protein aktif
dengan melakukan modifikasi skala halus pada protein yang tidak berfungsi atau proto, atau
dengan mengubah kedaan fisik atau lokasinya. Contoh peliputi pengaturan pembekuan darah
melalui penghitunggan bekuan oleh plasma dan fibrinolysis, dan aktifasi tripsisn dengan
modifikasi zymogen pra-protease.
Proteolysis juga bertindak sebagai proses pembersihan sel dengan menghapus protein
yang rusak atau tidak perlu protein yang rusak termasuk yang telah retak oleh mekanisma
lain, hanya menyisakan fragmen protein dan protein yang gagal melipat yang secara
fungsional terganggu. Protease akan mendaur ulang asam amino untuk membuat protein baru
atau lebih tepat, atau memindahkan protein ke wilayah baru. Protein yang utuh dan terlipat
dengan benar tidak akan rusak, pada dasarnya berfungsi sebagai fungi control kualitas
seluler. Proteolysis adalah kmpoen kunsi dari pencernaan nutrisi, menghancurkan protein ini,
protein benar0benar dipeca menjadi asam amino. Proteilisis juga merupakan komponen
produksi pangan, dengan protease yang memecah protein susu dalam produksi keju, dan
proteolysis penggerak pH rendah dari aktin dalam fermentasi sosis kering.

9
 10

D. Degradasi
Degradasi protein dalam sel memainkan peran penting, baik oleh modulasi tingkat
intraselular protein tertentu seperti dengan menghapus protein menyimpang. Untuk waktu
yang lama proses degradasi biopolimer telah dianggap lebih dari rasa ingin tahu daripada
mekanisme penting dalam homeostasis seluler. Saat ini diketahui bahwa degradasi protein
tertentu adalah titik kontrol berbagai proses biologis, beberapa yang mendasar sebagai
progresi siklus sel. Ada bukti dalam protein terdegradasi mitokondria dalam kloroplas, dalam
lumen retikulum endoplasma dan endosomes, tetapi dua sistem utama ditandai proteolisis
dalam sitosol dan lisosom. Hal ini diketahui bahwa protein milik membran intraseluler dan
membran plasma cenderung terdegradasi oleh sistem lisosomal. Protein nuklir tampaknya
terdegradasi melalui mekanisme di luar inti lisosomal dan non-lisosomal. Bagian-bagian
sitosol protein dengan tinggi (misalnya, dengan singkat paruh: 10 -120 menit) sering
terdegradasi dalam sitosol oleh salah satu sistem proteolitik yang ada, sementara sebagian
besar paruh protein (24 -72 jam rata-rata) mungkin dibawa ke lisosom. Ada mekanisme yang
berbeda bertanggung jawab untuk pengangkutan protein dari sitosol ke lisosom, sebuah
proses yang umumnya dikenal sebagai autophagy. Protein ekstraseluler juga bisa
terdegradasi dalam lisosom setelah masuk ke dalam interior sel dengan pinositosis atau
fagositosis, endositosis reseptor-mediated untuk membentuk vesikel intraseluler yang
sekering dengan lisosom.

E. Sinyal untuk proteolisis.

Dalam semua kasus, sel harus mengenali protein tersebut bahwa untuk satu alasan atau
lainnya harus terdegradasi. Ditemukan proteolitik sinyal yang berbeda:
1. Amino-end aturan (rule N-end ') ketika protein eukariotik disintesis selalu hadir pada
residu metionin amino. Selanjutnya, ini metionin awal dapat dihapus meninggalkan asam
amino lain seperti terminal kepala amino. Dalam ragi telah menunjukkan bahwa
serangkaian asam amino mendestabilisasi asam (terutama dasar, asam dan hidrofobik)
amino dan stabilisator lainnya. Selanjutnya, tampak bahwa protein sitosol paling matang
membawa amino diblokir oleh asetilasi.
2. Urutan PEST: merupakan motif protein yang ditemukan dalam sejumlah besar protein
paruh pendek. Daerah ini ditandai dengan menjadi kaya residu prolin (P), glutamat /

10
 11

aspartat (E / D), serin (S) dan treonin (T) diapit oleh asam amino dasar. Urutan PEST
merupakan enzim kunci dalam kontrol metabolik, faktor transkripsi, protein kinase,
fosfatase dan siklin.
3. Dan kotak kehancuran cyclin: siklin adalah protein yang berhubungan dengan kontrol
siklus sel pada eukariota yang harus terdegradasi untuk sel untuk melanjutkan dari
metafase untuk anafase, itu adalah degradasi yang sangat terkontrol tergantung pada
langkah sebelumnya 'ditandai 'dari yang disebut cyclin polipeptida ubiquitin (lihat di
bawah). Dalam semua siklin terletak urutan sinyal (kotak penghancuran) terdiri dari 9
asam amino (RAALGNISN) hadir antara residu 13 dan 66 dari urutan protein.
4. Alasan KFERQ: urutan peptida diberi label protein sitosol untuk proteolisis lisosomal, ini
menjadi salah satu sinyal menyebabkan protein untuk memasuki lisosom. Urutan ini
membuatnya rentan terhadap degradasi lisosomal dibandingkan protein hadir dalam
kondisi tertentu stres, seperti penarikan serum dalam sel kultur atau jaringan dan
organisme dalam kelaparan.

F. Penghapusan urutan sinyal

Protein yang akan ditargetkan ke organel tertentu atau untuk sekresi memiliki peptida sinyal N-
terminal yang mengarahkan protein ke tujuan akhir. Peptida sinyal ini dihapus oleh proteolisis setelah
transpor melalui membran

G. Sistem proteolisis intraseluler.

a. Lisosom: adalah organel sel yang mengandung berbagai enzim hidrolitik mampu
menurunkan berbagai makromolekul sel. Enzim mereka jatuh ke dalam dua jenis
umum: endoproteases dan exopeptidases (baik seperti aminopeptidase karboksi)
yang bersama-sama mengurangi protein untuk peptida kecil. Karakteristik lisosom
adalah rendahnya pH di dalam, yang semua protease ini sangat aktif.
b. Ubiquitination: beroperasi sebagai degradasi protein pemersatu, yaitu antara protein
menampilkan berbagai sinyal untuk proteolisis tetapi banyak dari mereka
memerlukan sebelum mengikat ubiquitin untuk langkah terakhir terjadi dari
degradasi. Ubiquitin adalah polipeptida dari 76 asam amino yang dikenal hanya
dalam eukariota dan mengikat protein yang akan ditandai untuk degradasi oleh
ikatan isopeptide dengan residu lisin ditentukan. Pengikatan ubiquitin untuk substrat

11
 12

memerlukan serangkaian langkah dikatalisis oleh tiga enzim: pertama yang

diproduksi ubiquitin mengaktifkan enzim untuk E1, maka enzim E2 (protein
pembawa ubiquitin) bertanggung jawab untuk mentransfer diaktifkan ubiquitin dari
E1 sampai substrat terikat pada enzim E3 (ligase ubiquitin-protein). Protein
mengalami degradasi mungkin monoubiquitinadas atau polyubiquitinated.
c. Calpain: adalah keluarga protease kalsium bergantung sehubungan dengan
pengurusan berbagai enzim dan protein sitoskeleton. Pemantauan aktivitas protease
ini ditentukan oleh konsentrasi kalsium dan kehadiran calpastatin (yang untuk saat
ini adalah inhibitor endogen hanya dikenal). Calpain penuh adalah kDa molekul
heterodimeric 80. Monomer yang lebih tinggi adalah 50 domain kDa menyajikan
proteolisis terjadi dan bervariasi menurut calpain, sedangkan monomer adalah 30
kDa subunit regulasi dan dilestarikan dalam semua calpain.
d. 26S: cara sederhana, yang 26S proteasome adalah kompleks multicatalytic dibentuk
oleh 20S proteasome dan 19S dua partikel. Para 20S proteasome adalah struktur
silinder terdiri dari banyak subunit berat molekul rendah dirakit dalam empat cincin,
yaitu tubuh katalis kompleks. 19S partikel masing-masing berisi lima ATPase yang
berbeda dan situs mengikat rantai ubiquitin. Partikel-partikel ini ditempatkan di
ujung kompleks dan dianggap bertanggung jawab untuk mengubah konformasi
protein dan mengarahkan mereka ke proteasome. Dikenal berbagai substrat 26S
proteasome proses seluler yang terkait beragam: proliferasi dan diferensiasi sel,
regulasi metabolisme, kontrol siklus sel, respon stres, dan penghapusan protein
abnormal. Semua substrat, dengan pengecualian dekarboksilase ornithine, yang
memiliki kesamaan kebutuhan akan ubiquitinated sebelum terdegradasi di
proteasome. Dekarboksilase Ornithine adalah tingkat membatasi enzim dalam
sintesis polyamine (kation organik sangat penting untuk kelangsungan hidup sel).
Ketika tingkat intraselular poliamina melebihi 'batas diperbolehkan' mengaktifkan
terjemahan dari inhibitor spesifik disebut antizima, protein ini mengikat
dekarboksilase ornithine diekspos sehingga urutan HAMA hadir di ujung karboksi
dari enzim, sedang, kemudian, diakui oleh 'terowongan degradasi'.

12
 13

BAB III
PENUTUP
Kesimpulan

Proteolisis biasanya dikatalisis oleh enzim seluler yang disebut protease. Protease adalah
enzim yang berperan dalam reaksi pemecahan protein. Enzim ini akan mengkatalisis reaksi-
reaksi hidrolisis, yaitu rekasi yang melibatkan unsur air pada ikatan spesifik substrat. Protease
merupakan enzim yang sangat kompleks, mempunyai sifat fisika-kimia dan sifat-sifat katalitik
yang sangat bervariasi, enzim ini dihasilkan secara ekstraseluler oleh mikroorganisme dan
mempunyai peranan yang sangat penting dalam metabolisme sel dan keteraturan dalam sel.

Proteolisis adalah pemecahan protein menjadi polipeptida atau asam amino yang lebih
kecil. . Tidak terkategori, hidrolisis ikata peptide sangat lambat, membutuhkan waktu ratusan
tahun. Proteolisis biasanya dikatalisis oleh enzim seluler yang disebut protease , tetapi mungkin
juga terjadi oleh pencernaan intra-molekul. PH rendah atau suhu tinggi juga dapat menyebabkan
proteolisis non-enzimatik.

13
 14

DAFTAR PUSTAKA
Kaiser,M, Huber, R, & Ehrmann, M (2013). “Proteolysis”. Brenner’s Encylopedia of Genetics
edisi ke-2. 501-503

Sharmila S, Rebecca LJ, Saduzzaman M. 2012. Immobilization of Plant Protease Using Calcium Alginate
Beads. Journal of Chemical and Pharmaceutical Research. 4(10):

https://books.google.co.id/books?id=h2pODwAAQBAJ&pg=PA94&dq=proteolisis+terbatas+d
an+tak+terbatas&hl=id&sa=X&ved=0ahUKEwi-
kJCm6_rdAhVJVH0KHfaoBcwQ6AEILDAB#v=onepage&q=proteolisis%20terbatas%20dan%2
0tak%20terbatas&f=false

Thomas E Creighton (1993). Protein: Struktur dan Sifat Molekul (edisi ke-2). WH Freeman dan
Perusahaan. hlm. 78–86. ISBN 0-7167-2317-4 .

www.wikipedia.com

14