Coupled Transcription and Translation in Prokaryotes

Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan. Hal

ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah
dari ujung 5` ke ujung 3’. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membran inti,
sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada
eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan. Pasangan antara transkripsi dan translasi
memfasilitasi sangat cepat dan efisien "turn-on” dan “turn-off” dari ekspresi gen yang
diamati pada prokariot. Genom pada prokariot sangat kecil dibanding eukariot sehingga
transkripsi harus berlangsung cepat demi efisiensi waktu.

Transcription, RNA Processing and Transport and Translation in Eukaryotes

Pada eukariot transkripsi terjadi tidak bersamaan dengan translasi. Dengan adanya
membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat terjadinya transkripsi dan translasi,
transkripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma. Waktunya pun tidak
dapat terjadi secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan translasi, harus
merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses transkripsi dan translasi pada
eukariotpun lebih kompleks daripada prokariot. Proses mRNA dari derivate gen primer
sebagai berikut:
1. Pembelahan precursor mRNA (pre-mRNA) menjadi molekul mRNA yang lebih kecil
dengan diikuti oleh leader sequence dan menghapuskan intron.
2. Penambahan secara enzimatik 7-metil guanosin (mRNA caps) pada ujung 5’
3. Penambahan 200 basa nukleotida pada sequen yang banyak adenine (poly-A-Tails)
pada ujung 3’ dari molekul
4. Pembentukan suatu komplek dengan protein spesifik
Setiap gen transkrip dapat melakukan beberapa atau seluruh tipe proses tersebut.
Sebagian besar RNAs non ribosomal disintesis oleh sel eukariot yang memuat molekul yang
sangat besar dengan ukuran sekitar 10S sampai 200S, atau panjangnya sekitar 1.000-50.000
base pairs. RNA ini disebut heterogenous nuclear RNA, yang disingkat dengan hnRNA.
Sekarang nampak jelas bahwa tidak semua hnRNA benar-benar pre-mRNA. Proses yang
cepat dari pembentukan molekul raksasa hnRNA atau pre-mRNA di nucleus segera
mengakibatkan (1) bagian terbesar dari non ribosomal RNAyang disintesis di nucleus dengan
cepat terdegradasi (sekitar 30 menit) dan (2) formasi dari molekul mRNA yang lebih kecil
ditransport menuju sitoplasma. Meskipun, ini belum jelas antara semua, sebagian besar, atau
hanya bagian dari molekul hnRNA yang disintesis di nucleus dari sel eukariot, faktanya
adalah molekul pre-mRNA.
Bukti definitif untuk proses pre-mRNA dalam pembentukan mRNA eukariotik telah
diperoleh dalam kasus gen transkripsi β-globulin dari tikus. Pada fenomena ini, sebuah 15S
hnRNA (pre-mRNA, yang panjangnya 1200-1500 nukleotida) diproses menuju 9S
(panjangnya sekitar 600 nukleotida) dari β-globulin mRNA (Gardner, 1984).
Bukti yang identik untuk proses hnRNA atau pre-mRNA pada formasi dari molekul
mRNA matang sekarang tersedia dari banyak gen transkripsi eukariotik yang lain. Proses ini
sering melibatkan penghilangan noncoding intervening sequances atau intron yang lokasinya
antara sequence terkode (disebut exons).
Sebagai tambahan, mRNA dari beberapa virus eukariotik yang telah diketahui
mengandung leader sequence (sequence dari ujung 5’ ke kodon inisiasi translasi dari
mRNAs) yang telah digambarkan di potongan DNA yang tidak bersebelahan dengan gen
structural. Beberapa mungkin berbeda, faktanya mengandung potongan leader yang identik.
Potongan leader ini nampaknya bersambungan dengan ujung 5’ dari gen transkripsi selama
proses berlangsung. Hal ini dipercaya bahwa potongan leader ini harus dikaitkan pada
regulasi dari translasi.
Translasi pada eukariot terlihat berkorelasi atau analog dengan translasi pada
prokariot, kecuali (1) grup amino dari methionyl-tRNAimet (inisiasi tRNA) tidak terbentuk.
(2) sebagian besar mRNAs eukariot dibelajari melalui monogenic, seperti hanya 1 spesies
polipeptida yang tertranslasi dari dari setiap mRNA. Pada prokariot, banyak mRNAs adalah
polygenic, dua atau lebih polipeptida yang berbeda disintesis dari segmen yang tidak saling
tumpang tindih dari sebuah mRNA tunggal.
Sintesis dari satu protein eukariot, protein sutra fibroin, dapat divisualisasikan
menggunakan mikroskop electron menggunakan teknik yang dikembangkan oleh O. L.
Miller, B. A. Hamkalo, dan rekan-rekan. Fibroin tidak dilipat ke arah permukaan ribosom
sebagai polipeptida lain yang berada pada kondisi biasanya. Sebagai hasilnya, timbul rantai
polipeptida dari pemanjangan, dapat terlihat perlekatan ribosom dari satu pindaian dari ujung
polisome raksasa menuju ujung yang lain.
Removal of Intron Sequences by RNA Splicing
Sebagian besar gen sel eukariot mengandung lebih banyak daerah nonkodon (intron)
yang memisahkan daerah kodon (exons). Exon harus bergabung dengan nukleotida tunggal
dan kodon tersebut harus diterjemahkan dengan tepat. Ada satu urutan pendek yang
mengandung intron, yaitu “TACTAAC box”. Sisa adenin pada urutan ke-6 pada “TACTAAC
box” mempunyai peranan penting dalam proses penyambungan RNA seperti pra-mRNA
mengiris: snRNAs, snRNPs, dan spliceosome

Three Distinct Types of RNA Splicing

Terdapat 3 tipe pemotongan intron pada proses transkripsi RNA, yaitu:
 Intron precursor tRNA dipotong tepat saat pembelahan inti dan reaksi ligasi yang
dikatalisis oleh enzim endonuklease.
 Intron pada Tetrahymena precursor rRNA dipindah ke reaksi spesifik dan molekul RNA
itu yang berfungsi sebagai medianya.
 Intron dari hnRNA digabungkan melalui dua tahap reaksi yang dipengaruhi kompleks
partikel ribonukleoprotein yang disebut “spliceosomes”.
Banyak gen mengandung sejumlah besar intron (mis., Gen coliagen ayam α2
mengandung lebih dari 50 intron), yang mengarah ke pertanyaan dari urutan beberapa intron
dihapus. Untuk gen tertentu yang telah dipelajari, intron dieksisi dalam disukai, tapi tidak
tetap, agar. intron lainnya telah ditemukan untuk menjalani jalur alternatif splicing mengarah
ke mRNA yang menghasilkan protein yang berbeda (yaitu, dengan beberapa umum dan
beberapa urutan asam amino yang berbeda). Akhirnya, salah satu intron pada gen sitokrom b
mitokondria ragi termasuk bagian dari urutan coding untuk protein, sebuah "RNA maturase",
yang bertanggung jawab dalam pemotongan intron kedua dari gen transkrip. Hal ini
menunjukkan mekanisme yang menarik untuk mengatur ekspresi gen pada tingkat
pengolahan intron.

tRNA PRECURSOR SPLICING: AKTIVITAS NUCLEASE DAN LIGASE YANG

UNIK
Reaksi splicing prekursor tRNA telah dikerjakan secara rinci dalam ragi Saccharomyces
cerevisiae. Eksisi intron dari prekursor tRNA ragi terjadi dalam dua tahap. Pada tahap I,
endonuklease splicing membran nukleus membuat dua pemotongan tepat di ujung intron.
Kemudian, pada tahap II ligase splicing bergabung dengan dua bagian tRNA untuk
menghasilkan bentuk molekul tRNA yang matang. Spesifisitas untuk reaksi-reaksi ini berada
dalam fitur tiga dimensi dari prekursor tRNA.

Autokataliting Splicing
Metabolisme terjadi melalui rangkaian reaksi enzim katalis. Enzim yang sangat
penting ini umumnya adalah protein, kadang-kadang polipeptida tunggal dan kadang-kadang
heteromultimer kompleks. Kadang-kadang, enzim membutuhkan kofaktor nonprotein untuk
menjalankan fungsinya. Ketika ikatan kovalen diubah, biasanya diasumsikan bahwa reaksi
dikatalisis oleh enzim. Penemuan 1982 oleh Thomas Cech dan rekan kerjanya bahwa intron
dalam prekursor rRNA Tetrahymena thermophila dikeluarkan tanpa keterlibatan aktivitas
katalitik protein apa pun. Namun, sekarang ditetapkan bahwa aktivitas splicing yang
mengeksisi intron dari prekursor rRNA ini adalah intrinsik bagi molekul RNA itu sendiri.
Selain itu, kegiatan splicing atau autocatalytic telah terbukti terjadi pada prekursor rRNA dari
beberapa eukariota yang lebih rendah dan dalam sejumlah besar prekursor rRNA, tRNA, dan
mRNA dalam mitokondria dan kloroplas dari banyak spesies berbeda. Dalam kasus banyak
intron ini, mekanisme splicing sendiri sangat mirip dengan yang digunakan oleh prekursor
Tetrahymena rRNA (Gambar 1). Bagi yang lain, mekanisme self-splicing mirip dengan
mekanisme splicing yang diamati dengan prekursor mRNA nukleus, tetapi tanpa keterlibatan
spliceosome.
Eksisi autokatalitik intron dalam prekursor tetrahymena rRNA dan intron lainnya
tidak memerlukan sumber energi eksternal dan tidak ada aktivitas katalitik protein.
Mekanisme splicing melibatkan serangkaian transfer ikatan fosfoester, tanpa ikatan hilang
atau diperoleh dalam proses. Reaksi ini membutuhkan nukleosida guanin atau nukleotida
dengan gugus 3-OH bebas (GTP, GDP, GMP, atau guanosin semuanya berfungsi) sebagai
kofaktor plus kation monovalen dan kation divalen. Persyaratan untuk G-3՛ -OH adalah
mutlak, tidak ada basa lain yang dapat disubstitusi dalam kofaktor nukleosida atau
nukleotida. Intron dieksisi dengan cara dua transfer ikatan fosfoester dan intron yang dieksisi
kemudian dapat diedarkan dengan cara transfer ikatan fosfoester lain.
Sirkularisasi autokatalitik intron yang dieksisi menunjukkan bahwa self-plicing dari
prekursor rRNA ini terutama berada, jika tidak sepenuhnya, dalam struktur intron itu sendiri.
Agaknya, aktivitas autokatalitik tergantung pada struktur sekunder intron atau setidaknya
struktur sekunder molekul prekursor RNA. Struktur sekunder dari RNA splicing sendiri ini
harus membawa gugus reaktif ke dalam penjajaran dekat untuk memungkinkan terjadinya
ikatan ikatan fosfoester. Karena transfer ikatan fosfoester splicing sendiri berpotensi reaksi
reversibel, degradasi intron yang dieksisi dengan cepat atau ekspor rRNA yang disambung ke
sitoplasma dapat mendorong splicing ke arah depan.
Perhatikan bahwa reaksi splicing autokatalitik bersifat intramolekul dan karenanya
tidak tergantung pada konsentrasi. Selain itu, prekursor RNA mampu membentuk pusat aktif
di mana kofaktor guanosin-3 -OH mengikat. Splicing autokatalitik prekursor rRNA ini
menunjukkan bahwa situs katalitik tidak terbatas pada protein; Namun, tidak ada aktivitas
trans katalitik seperti untuk enzim, hanya aktivitas katalitik cis. Beberapa ilmuwan percaya
bahwa splicing RNA autokatalitik mungkin merupakan peninggalan dari dunia berbasis RNA
awal.

Gambar 1 diagram mekanisme splicing sendiri dari prekursor Tetrahymena thermophila

rRNA dan sirkulasi berikutnya dari intron yang dieksisi.

PRE-mRNA SPLICING: snRNAs, snRNPs, DAN SPLICEOSOME

Intron dalam pre-mRNA nukleus dieksisi dalam dua langkah seperti intron dalam
prekursor tRNA ragi dan prekursor Tetrahymena rRNA yang dibahas dalam dua bagian
sebelumnya. Namun, intron tidak dieksisi dengan nukleasi dan ligase splicing sederhana atau
secara autokatalitik, dan tidak diperlukan kofaktor guanosin. Sebaliknya, splicing nukleus
pre-mRNA dilakukan oleh struktur protein RNA yang kompleks yang disebut spliceosom.
Struktur ini dalam banyak hal seperti ribosom kecil. Mereka mengandung satu set molekul
RNA kecil yang disebut snRNA (RNA nukleus kecil) dan sekitar 40 protein berbeda. Dua
tahap dalam splicing premRNA nukleus diketahui (gambar 2). Namun, beberapa detail proses
splicing masih belum pasti.
Lima snRNA, yang
disebut U1, U2, U4, U5, dan
U6, terlibat dalam splicing
nukleus pra-mRNA sebagai
komponen spliceosome.
(SnRNA U3 terlokalisasi dalam
nukleolus dan mungkin terlibat
dalam pembentukan ribosom.)
Pada mamalia, ukuran snRNA
ini berkisar dari 100 nukleotida
(U6) hingga 215 nukleotida
(U3). Beberapa snRNA di ragi
S. cerevisiae jauh lebih besar.
SnRNA ini tidak ada sebagai
molekul RNA bebas. Sebaliknya, mereka hadir dalam kompleks protein-RNA nukleus kecil
yang disebut snRNPs (ribonucleoprotein nukleus kecil). Spliceosom disusun dari empat
snRNP dan faktor splicing protein yang berbeda selama proses splicing.
Setiap snRNAs U1, U2, dan U5 hadir dengan sendirinya dalam partikel snRNP
tertentu. snRNAs U4 dan U6 hadir bersama dalam snRNP keempat; SnRNA U4 dan U6
mengandung dua daerah saling melengkapi antar molekul yang didasarkan pada snRNP U4/
U6. Masing-masing dari empat jenis partikel snRNP mengandung subset dari tujuh protein
snRNP yang ditandai dengan
baik ditambah satu atau lebih
protein yang unik untuk jenis
partikel snRNP tertentu.
Tahap pertama dalam
splicing pra-mRNA nukleus
melibatkan pembelahan pada
situs 5՛ intron splice (↓GU-

Gambar 2 peran yang dipostulatkan dari snRNPs

yang mengandung snRNA dalam splicing nukleus
pre-mRNA.
intron) dan pembentukan hubungan fosfodiester intramolekul antara 5՛ karbon G di lokasi
pembelahan dan 2՛ karbon dari suatu dilestarikan A residu dekat 3՛ ujung intron. Tahap ini
terjadi pada spliceosom lengkap (Gambar 2) dan membutuhkan hidrolisis ATP. Bukti
menunjukkan bahwa U1 snRNP harus mengikat di situs 5՛ splice sebelum reaksi pembelahan
awal. Pengakuan situs pembelahan pada ujung 5՛ intron mungkin melibatkan pasangan basa
antara urutan konsensus di situs ini dan urutan komplementer di dekat 5՛ ujung snRNA U1.
Namun, spesifisitas pengikatan setidaknya beberapa snRNPs untuk sekuens konsensus intron
melibatkan baik snRNAs dan protein snRNP spesifik.
SnRNP kedua yang akan ditambahkan ke kompleks splicing tampaknya adalah
snRNP U2 mengikat pada urutan yang mengandung residu A yang dikonservasi membentuk
titik cabang dalam struktur lariat intron yang disambungkan. Setelah itu, U5 snRNP mengikat
di situs 3 splice, dan snRNP U4/ U6 ditambahkan ke kompleks untuk menghasilkan
spliceosome lengkap (Gambar 2). Ketika situs 5՛ intron splice terpotong pada langkah 1,
snRNA U4 dilepaskan dari spliceosome. Pada langkah 2 dari reaksi splicing, situs 3՛ intron
dibelah, dan dua ekson bergabung dengan 5 sampai 3 hubungan fosfodiester normal mRNA
yang disambungkan sekarang siap untuk diekspor ke sitoplasma dan translasikan pada
ribosom.

Daftar Pustaka
Gardner, E.J., dan Snustad, D.P. 1984. Principle of Genetics 6th edition. NewYork: John
Wiley and Sons.Inc.
Pertanyaan
1. Bagaimana proses pemotongan intron dari nukleor pre-mRNA ?
Jawaban :
Langkah pertama, sebuah potongan yang tepat akan terjadi pada ujung 5’ intron, dan
sambungan 2’-5’ fosfodiester terbentuk diantara posisi karbo 5’ dari daerah
perpotongan dan karbon 2’ dari residu di dekat ujung 3’ intron. Tahap ini terjadi pada
spliceosom komplek dan memerlukan hidrolisis ATP. Exon satu akan menahan
tempat dengan komponan spliceosomnya. Pada langkah kedua, dua exon akan
bergabung dengan ikatan 3’-5’ normal fosfodiester, dan intron yang baru akan
terlepas. Pemotongan snRNA yang mengandung snRNP pada pre-RNA terjadi dalam
dua tahap.
2. Mengapa intron pada prekursor rRNA dari Tetrahymena thermophile dihilangkan
tanpa keterlibatan dari protein lain?
 Jawab: Hal tersebut dikarenakan aktivitas pemotongan yang menghilangkan intron
dari prekursor rRNA adalah intrinsik dari molekul RNA itu sendiri. Pemotongan
nuklear pre-mRNA dilaksanakan oleh struktur RNA atau protein komplek yang
disebut spliceosome. Spliceosome ini berada dalam jalur yang berbeda seperti
ribosom kecil. Spliceosome mengandung kumpulan molekul RNA kecil yang disebut
snRNAs (small nuclear RNAs) dan kumpulan protein yang masih belum dikenal
secara lengkap. Lima snRNAs yaitu U1, U2, U4, U5, dan U6 terlibat dalam
pemotongan pre-mRNA nuclear sebagai komponen dari spliceosome.
3. Apakah peran dari spliceosom dalam jalur ekspresi gen? Apa struktur
makromolekulnya?
Jawab: Spliceosom memotong urutan intron dari transkrip gen nukleus untuk
menghasilkan molekul mRNA yang diterjemahkan pada ribosom dalam sitoplasma.
Spliceosomes adalah struktur makromolekul kompleks yang terdiri dari molekul
snRNA dan protein
4. Komponen intron gen nukleus apakah yang mengkode protein pada eukariota yang
lebih tinggi yang diperlukan untuk eksisi urutan intron yang benar dari transkrip
primer oleh spliceosom?
Jawab: Inti dari nuclear gen penyandi protein eukariota yang lebih tinggi hampir
selalu dimulai (5 ') dengan GT dan berakhir (3') dengan AG. Selain itu, 3 'subterminal
A dalam "TACTAAC" sepenuhnya dilestarikan. A terlibat dalam pembentukan ikatan
selama eksisi intron.
5. Jenis molekul RNA apakah yang terdapat dalam sel prokariotik dan sel eukariotik?
Bagaimana peran RNA pada sel prokariotik dan sel eukariotik?
Jawab: Pada prokariotik dan eukariotik
 mRNA - Messenger RNA: Mengkode urutan asam amino dari polipeptida.
 tRNA - Transfer RNA: Membawa asam amino ke ribosom selama translasi.
 rRNA - Ribosomal RNA: Dengan protein ribosom, membentuk ribosom,
organel yang menerjemahkan mRNA.
Pada eukariota :
 SnRNA merupakan komponen struktural dari spliceosom yang mengeluarkan
urutan intron nonkoding dari transkrip gen nuklir.
 Mikro RNA terlibat dalam regulasi ekspresi gen.