JANE LIONARDY

170116033
KP A – KELOMPOK 9

PRAKTIKUM BIOMOLEKULER
Polymerase Chain Reaction (PCR)

1A 1B 1C 2A 2B 2C 3A 3B 3C –T M -P 4A 4B 4C 5A 5B 5C 6A 6B 6C

7A 7B 7C 8A 8B 8C –T M -P 9A 9B 9C 10A 10B 10C 11A 11B 11C

Gambar. Hasil Elektroforesis KP- A pada Gel Agarosa 1%

Keterangan:
M : Marker
1A 5A 9A : Sampel dengan suhu annealing 55,8℃
1B 5B 9B : Sampel dengan suhu annealing 58,8℃
1C 5C 9C : Sampel dengan suhu annealing 62,2℃
2A 6A 10A : Sampel dengan suhu annealing 56,3℃
2B 6B 10B : Sampel dengan suhu annealing 59,6℃
2C 6C 10C : Sampel dengan suhu annealing 63,3℃
3A 7A 11C : Sampel dengan suhu annealing 57,1℃
3B 7B 11B : Sampel dengan suhu annealing 60,2℃
3C 7C 11C : Sampel dengan suhu annealing 64,2℃
4A 8A : Sampel dengan suhu annealing 58,1℃
4B 8B : Sampel dengan suhu annealing 61,6℃
4C 8C : Sampel dengan suhu annealing 64,2℃
-T : Kontrol negatif tanpa template
-P : Kontrol negatif tanpa primer
 JANE LIONARDY
170116033
KP A – KELOMPOK 9

Pada hasil elektroforesis KP-A kelompok 9, terdapat tiga band yang terbentuk, dimana
pada ketiga band terdapat smear. Variasi suhu annealing yang digunakan adalah 55,8ºC,
58,5ºC, dan 62,2ºC. Pada band dengan suhu annealing 55,8ºC dan 58,5ºC , band yang terbentuk
cukup terang, dimana hal ini menandakan konsentrasi DNA yang terkandung cukup tinggi
sehingga dihasilkan band yang berpendar. Pada kedua band juga terdapat smear, dimana
menandakan terdapat DNA yang terdegrasi selama proses PCR berlangsung. Menurut Prayitno
dan Nuryandani (2011) pita smear pada bagian bawah pita DNA genomik merupakan molekul
dengan bobot bervariasi yang berasal dari degradasi DNA. Smear mengindikasikan bahwa
DNA genomik yang diisolasi sudah tidak utuh lagi, kemungkinan terpotong-potong saat
ekstraksi berlangsung (Sisharmini, dkk. 2001). Smear tersebut merupakan DNA yang
terdegradasi pada proses isolasi, karena enzim endonuklease (Anam, 2010). Sedangkan untuk
band dengan suhu annealing 62,2ºC memiliki band yang tidak terlalu berpendar seperti kedua
band sebelumnya, dimana menandakan band tersebut memiliki konsentrasi DNA yang cukup
rendah sehingga ketika dilakukan visualisasi, band tidak berpendar. Kemudian pada band
ketiga ini terdapat smear tipis yang terbentuk. Akan tetapi smear yang terbentuk tidak seperti
smear yang terbentuk dikedua band sebelumnya, sehingga menandakan degradasi DNA yang
terjadi tidak terlalu banyak. Apabila melihat hasil PCR yang diperoleh dapat disimpulkan
bahwa suhu annealing yang optimum untuk reaksi ini adalah sekitara 62-64ºC hal ini dikarekan
pada suhu annealing tersebut terbentuk band dan memiliki smear yang sangat tipis sehingga
dapat dikatakan reaksi PCR berjalan dengan baik.. Tahap annealing merupakan tahap yang
penting karena merupakan tahap dimana menempelnya primer dan template sehingga jika
bukan pada suhu optimum maka keduanya tidak akan menempel sempurna. Jika suhu terlalu
tinggi kan menyebabkan gagalnya amplifikasi karena tidak terjadinya penempelan primer,
dimana hal ini terjadi pada wheel 4C, dimana tidak terdapat band yang terbentuk. Dan jika
suhu terlalu rendah akan menyebabkan primer menempel pada sisi lain dari genom yang
menyebabkan DNA yang terbentuk memiliki spesifitas yang rendah, dimana hal ini
menyebabkan template tidak menempel secara sempurna sehingga ada yang terdegrasi pada
saat proses berjalan, dan membentuk smear pada hasil PCR.