Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

TUGAS PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA

“DESAIN PRIMER”

Oleh,

NAMA : ABNER AMADEUZ WISAKSONO

NIM : 31160019

PROGAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS BIOTEKNOLOGI

UNIVERSITAS KRISTEN DUTA WACANA

YOGYAKARTA

2018
Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

LANGKAH KERJA DESAIN PRIMER

1. Buka situs NCBI (National Center of Biotechnology Information), kemudian

ketikkan nama organisme dan gen spesifiknya.

2. Ubah settingan dari “All Databases” menjadi “Gene” untuk mempersempit dan
memperspesifikkan pencarian.
Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

3. Maka akan muncul hasil pencarian seperti ini :

4. Pilih salah satu Gene yang tersedia, contohnya “Escherichia coli str. K-12 substr.
MG 1655” maka akan muncul tampilan seperti ini :
Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

5. Kemudian pilih opsi ”GenBank”

6. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :

Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

7. Kemudian pilih opsi FASTA untuk melihat urutan genom pada organisme tersebut

8. Kemudian salin seluruh urutan genom.

Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

9. Buka software Primer3

10. Kemudian urutan genome yang telah disalin dipindahan kedalam kolom di Primer3
Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

11. Untuk membuat primer, terlebih dahulu harus mengatur angka minimal, optimal, dan
maksimal pada parameter temperatur dan GC%

12. Parameter temperatur dan GC% diubah, setelah diubah, klik pada opsi “Pick Primer”
untuk membuat primernya.
Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

13. Hasil dari primer yang telah dibuat

14. Bagian Primer Forward (Left Primer) disalin

Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

15. Buka situs BLAST pada NCBI dan pilih “Nucleotide BLAST”

16. Masukkan Primer Forward dalam kolom yang tersedia

17. Pada bagian “Program Selection” pilih “Highly Similar Sequences” dan klik
“BLAST”
Abner Amadeuz Wisaksono / 31160019

18. Hasil BLAST