BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Autoklaf
Autoklaf adalah suatu bejana yang dapat ditutup, yang diisi dengan uap
panas dengan tekanan tinggi. Suhu didalamnya dapat mencapai 1150C hingga
1250C dan tekanan uapnya mencapai 2-4 atm. Alat tersebut merupakan ruang uap
berdinding rangkap yang diisi dengan uap jenuh bebas udara dan dipertahankan
pada suhu serta tekanan yang ditentukan selama periode waktu yang dikehendaki.
Waktu yang diperlukan untuk sterilisasi tergantung pada sifat bahan yang
disterilkan, tipe wadah dan volume bahan. Kondisi yang baik digunakan untuk
sterilisasi adalah pada 15 Psi dan temperatur 1210C selama 15 menit. Agar
penggunaan autoklaf efektif, uap harus dapat menembus setiap alat yang
disterilkan. oleh karena itu, autoklaf tidak boleh terlalu penuh, agar uap air benar-
benar menembus semua area dan tersalurkan secara merata pada setiap sisinya.
2.1.1. Prinsip Kerja Autoklaf
Pada prinsipnya, sterilisasi autoklaf menggunakan panas dan tekanan dari
uap air. Biasanya untuk mensterilkan media menggunakan temperatur 1210C
dengan tekanan 2 bar selama 15 menit. Alasan mengapa digunakan temperatur
1210C karena pada saat itu menunjukkan tekanan 2 bar yang akan membantu
membunuh mikroorganisme dalam suatu benda. Tekanan pada atmosfer di keting-
gian di permukaan laut air mendidih pada temperatur 1000C, sedangkan autoklaf
yang diletakkan pada ketinggian yang sama, menggunakan tekanan 2 bar maka air
akan mendidih pada temperatur 1210C.Pada saat sumber panas dinyalakan, air yang
ada didalam autoklaf lama kelamaan akan mendidih dan uap air yang terbentuk
akan mendesak udara yang mengisi autoklaf secara keseluruhannya.
Setelah semua udara dalam autoklaf diganti dengan uap air, katup uap
ditutup sehingga tekanan udara dalam autoklaf naik. Pada saat tercapai tekanan dan
temperatur yang sesuai, maka proses strerilisasi dimulai dan timer mulai
menghitung waktu mundur. Proses sterilisasi selesai, sumber panas dimatikan dan
tekanan dibiarkan turun perlahan hingga tercapai tekanan normal pada sesaat akan
vacum buka perlahan penutup autoklaf karena dikhawatirkan akan ada hentakan,

3
 4

2.1.2. Komponen Autoklaf

Pada autoklaf terdapat beberapa fungsi komponen yang sering
dioperasikan. Komponen-komponen yang terlibat pada alat sterilisasi autoklaf.
Bejanana tekanan, tekanan dalam bejana melibatkan beberapa perhitungan yang
digunakan untuk menghitung ketebalan dinding yang dibutuhkan. Desain sistem
penahanan tekanan yang kompleks melibatkan lebih dari penerapan perhitungan
tersebut, untuk hampir semua bejana tekan. Standar ASME menetapkan persyaratan
untuk desain dan pengujian. Sebelum dioperasikan, bejana tekan akan diuji pada
tekanan yang dinilai di bawah pengawasan standar ASME. Hal ini untuk memeriksa
kebocoran serta bukti kelemahan atau kekurangan dalam pengelasan tersebut.
Ruang Air Ruangan ini merupakan tempat air yang akan diuapkan /
direbus sehingga mendidih dan menjadi uap. Pada ruangan air ini juga terdapat
heater yang harus terendam air sehingga tidak terjadi ledakan atau proses
superheated. Ruangan uap berada diatas ruang air, berguna untuk menampung uap
air yang terbentuk akibat proses pemanasan. Ruangan ini pula yang menjadi tempat
penyimpanan peralatan yang akan disterilkan. Elemen pemanas merupakan
lempengan yang dapat memberikan panas sehingga dapat mendidihkan air sampai
menjadi uap dengan merubah energi listrik menjadi kalor yang terjadi pada sistem.
Katup uap digunakan untuk mengeluarkan uap atau udara yang terjebak
di dalam autoklaf sehingga saat dioperasikan hanya terdapat uap air di dalamnya
sehingga dapat digunakan sebagai pendinginan autoklaf dengan cara mengeluaran
tekanan uap yang berada pada ruang uap. Katup pengaman (safety relief valve)
merupakan katup yang berfungsi sebagai pengaman autoklaf apabila terjadi sesuatu
hal yang tidak sesuai atau melebihi batas tekanan yang telah ditentukan dengan
membuang uap air berlebih. Termometer digunakan sebagai sensor untuk mengukur
temperatur autoklaf sehingga besarnya temperatur dapat dibaca.Pressure gauge
digunakan untuk mengetahui besarnya tekanan yang terjadi di dalam autoklaf.
2.1.3. Autoklaf Berdasarkan Sumber Pemanasan
Berdasarkan sumber pemanasannya, autoklaf dibagi menjadi dua yaitu
sumber pemanasan dari listrik dan sumber pemanasan dari gas. Sumber Pemanasan
Gas adalah Autoklaf yang sederhana menggunakan sumber uap dari pemanasan air
 5

yang ditambahkan ke dalam autoklaf. Pemanasan air dapat menggunakan kompor

atau api bunsen. Autoklaf sederhana ini, tekanan dan temperatur diatur dengan
jumlah panas dari api. Kelemahan autoklaf ini adalah perlunya penjagaan dan
pengaturan panas secara manual selama proses sterilisasi dilakukan. Tetapi autoklaf
ini juga memiliki keuntungan, bentuknya sederhana, harga relatif lebih murah
dibandingkan autoklaf yang menggunakan listrik dan tidak tergantung dengan
aliran listrik serta lebih cepat dibandingkan dengan autoklaf listrik yang seukuran.
Autoklaf yang menggunakan sumber pemanasan listrik alatnya lebih bagus. Alat
Autoklafnya dilengkapi dengan timer dan thermostat. Bila pengatur otomatis ini
berjalan dengan baik maka akan memudahkan pada proses pemanasannya.
2.1.4. Autoklaf Berdasarkan Sistem Kerja
Autoklaf bisa ditinggalkan untuk melakukan pekerjaan yang lainnya.
Kelemahannya apabila salah satu pengatur tidak bekerja, maka pekerjaan persiapan
media akan sia-sia dan kemungkinan mengakibatkan kerusakan total pada autoklaf.
Berdasarkan sistem kerjanya terdapat tiga jenis autoklaf, gravity displacement,
prevacuumatau high vaccum, dan steam- flushpressure-pulse. Perbedaan ketiganya
terletak pada bagaimana udara dihilangkan dari dalam autoklaf.
Gravity displacement autoclave berdasarkan prinsip udara dalam ruang
autoklaf dipindahkan hanya berdasarkan gravitasi. Prinsipnya adalah
memanfaatkan keringanan uap dibandingkan dengan udara, sehingga udara terletak
di bawah uap. Cara kerjanya dimulai dengan 9 memasukan uap melalui bagian atas
autoklaf sehingga udara tertekan ke bawah. Secara perlahan, uap mulai semakin
banyak sehingga menekan udara semakin turun dan keluar melalui saluran di bagian
bawah autoklaf, selanjutnya suhu meningkat dan terjadi sterilisasi. Autoklaf ini
dapat bekerja dengan cakupan suhu antara 121-134 °C dengan waktu 10-30 menit.
Autoklaf prevacuum atau high vacuum dilengkapi pompa yang
mengevakuasi hampir semua udara dari dalam autoklaf. Cara kerjanya dimulai
dengan pengeluaran udara. Proses ini berlangsung selama 8-10 menit. Ketika
keadaan vakum tercipta, uap dimasukkan ke dalam autoklaf. Akibat kevakuman
udara, uap segera berhubungan dengan seluruh permukaan benda, kemudian terjadi
peningkatan suhu sehingga proses sterilisasi berlangsung sesuai temperaturnya .
 6

Autoklaf steam-flush pressure-pulse menggunakan aliran uap dan

dorongan tekanan di atas tekanan atmosfer dengan rangkaian berulang. Waktu
siklus pada autoklaf ini tergantung pada benda yang disterilisasi. Penurunan
tekanan pada autoclave tidak dimaksudkan untuk membunuh mikroorganisme,
melainkan meningkatkan suhu dalam autoclave. Suhu yang tinggi inilah yang akan
membunuh mikroorganisme. Suhu dan tekanan tinggi yang diberikan kepada alat
dan media yang disterilisasi memberikan kekuatan-kekuatan yang lebih besar untuk
membunuh sel dibanding dengan udara panas. Biasanya untuk mensterilkan media
digunakan suhu 121oC dan tekanan 15 lb/in2 selama 15 menit. Alasan digunakan
suhu 121oC atau 249,8oF karena air mendidih pada suhu tersebut jika digunakan
tekanan 15 psi. untuk tekanan 0 psi pada ketinggian dipermukaan laut air mendidih
pada suhu 100oC, sedangkan untuk autoclave yang diletakkan diketinggian sama.
Pengunakan tekanan 15 psi maka air akan mendidih pada suhu 121oC.
Kejadian ini hanya berlaku untuk dipermukaan laut, jika dilaboratorium terletak
pada ketinggian tertentu, maka pengaturan tekanan perlu disetting ulang. Misalnya
autoclave diletakkan pada ketinggian 2700 dari permuakaan laut, maka tekanan
dinaikkan menjadi 20 psi supaya tercapai suhu 121oC untuk mendidihkan air.
Autoclave ditujukan untuk membunuh endospora, yaitu sel resisten yang
diproduksi oleh bakteri, sel ini tahan terhadap pemanasan, kekeringan dan
antibiotik. Pada spesies yang sama, endospora dapat bertahan pada kondisi
lingkungan yang dapat membunuh sel vegetatif bakteri tersebut. Endospora dapat
dibunuh pada suhu 100oC, yang merupakan titik didih air pada tekanan atmosfer
normal. Pada suhu 121oC, endospora dapat dibunuh dalam waktu 4-5 menit, dimana
sel vegetatif bakteri dibunuh hanya dalam waktu 6-30 detik pada suhu 60oC.
2.1.5. Aplikasi dan Cara Penggunaan
Sterilisasi menggunakan autoklaf merupakan cara yang paling baik karena
uap air panas dengan tekanan tinggi menyebabkan penetrasi uap air ke dalam sel-
sel mikroba menjadi optimal sehingga langsung mematikan mikroba. Kelebihan
metode ini yaitu metode sterilisasi yang paling sering dipakai dan efektif, waktu
siklus sterilisasi lebih pendek dari pada panas kering atau siklus kimia. Kekurangan
metode ini yaitu membutuhkan sumber panas yang terus menerus,membutuhkan
 7

peralatan (sterilisator uap yang harus dipelihara dengan cermat agar tetap berfungsi
dengan baik), membutuhkan ketaatan waktu, suhu dan tekanan secara teliti, dan
sukar menghasikan paket kering kerena gangguan prosedur sering terjadi. Siklus
sterilisasi yang berulang-ulang dapat menyebabkan bopeng dan mengumpulan sisi
instrument yang tajam. Bahan-bahan plastik tidak tahan suhu tinggi
Autoklaf terbukti lebih ekonomis dan efektif digunakan dalam proses
sterilisasi, terdapat beberapa bahan yang tidak dapat disterilisasi menggunakan
autoklaf. Bakteri yang ada akan dibunuh secara paksa oleh pemanasan. Berikut ini
beberapa bahan yang digolongkan dalam bahan yang dapat dan tidak disterilisasi
menggunakan autoklaf. Bahan yang dapat disterilisasi menggunakan autoklaf,
media kultur dan lauran stok untuk agen infeksius, kuktur dari suatu penyakit
tertentu dan peralatan yang digunakan dalam prosesnya, peralatan padatan berupa
kaca, limbah dari organisme hidup dan alat untuk proses sterilisasi.
Bahan yang tidak dapat disterilisasi dengan menggunakan autoklaf,
material yang mengandung zat tertentu, zat volatil, senyawa terklorinasi, senyawa
kimia yang bersifat korosif, material yang terkontaminasi dengan agen kemoterapi,
senyawa radioaktif, Plastik. Hal yang mempengaruhi waktu sterilisasi menggu-
nakan autoklaf, tujuan penggunakan autoklaf untuk sterilisasi atau dekontaminasi,
pesyaratan manufakturing pada peralatan, defia atau bahan yang akan disterilisasi
menggunakan autoklaf, bentuk bahan yang disterilisasi, volume cairan yang
disterilisasi, bentuk dan ukuran peralatan atau bahan yang disterilisiasi, konduktor
termal yang terdapat pada bahan atau alat, viskositas dari cairan, densitas dari
cairan, posisi kontak antara bahan atau peralatan yang disterilisasi dengan autoklaf.
2.1.6. Cara Penggunaan Autoklaf
Autoklaf dilakukan pengecekan jumlah air yang dimasukkan kedalam
autoklaf sehingga memenuhi jumlah air yang telah ditentukan yang dapat dilihat
melaui tanda batas pada bagian dalam autoklaf. Air yang digunakan merupakan air
hasil destilasi, untuk menghindari terbentuknya kerak dan karat yang dapat merusak
autoklaf. Peralatan dan bahan yang akan disterilisasi dimasukkan terlebih
dahuludibungkus menggunakan kertas perkamen atau bahan yang dapat ditembus
uap, dan kemudian dimasukkan ke dalam autoklaf menggunakan keranjang sebagai
 8

wadah. Autoklaf ditutup dengan rapat lalu kencangkan baut pengaman agar tidak
ada uap yang keluar dari bibir autoklaf. Klep pengaman jangan dikencangkan
terlebih dahulu. Autoklaf dinyalakan, dilakukan pengaturan waktu sesuai alat.
Autoklaf ditunggu sampai air mendidih sehingga uapnya memenuhi
kompartemen autoklaf dan terdesak keluar dari klep pengaman. Kemudian klep
pengaman ditutup dan tunggu sampai selesai. Penghitungan waktu 15 menit dimulai
sejak tekanan mencapai 2 atm. Sterilisasi panas basah ini terbukti mampu
menghilangkan residu antibiotik pada susu sapi, terutama pada residu antibiotik
streptomisin dan antibiotik tetrasiklin. Hal ini efektif karena pada sterilisasi panas
basah menggunakan tekanan 1 atm kedap udara, sehingga terjadi koagulasi protein
bakteri. Sterilisasi panas basah dapat juga sering digunakan untuk mensterilkan
media pertumbuhan atau kultur bakteri sebelum digunakan pengujian mikrobiologi.
Autoklaf merupakan instrumen penting untuk mencegah infeksi
berbahaya bahan. Hal ini baik menguntungkan dan juga berbahaya jika pengguna
tidak tahu bagaimana mencegah kerusakan yang mungkin terjadi. Instrumen ini
dapat menyebabkan luka bakar yang serius karena uap panas tidak ditoleransi oleh
tubuh manusia. Untuk mencegah cedera yang dapat disebabkan oleh autoklaf Anda
harus mengikuti langkah-langkah. Autoklaf dibersihkan dan pastikan bahwa tidak
ada item bentuk aktivitas sebelumnnya yang tertinggal di dalam, sebelum
mengaktifkan mesin, anda harus membersihkan saringan. Mesin diaktikan seperti
instruksi dari pabriknya karena autoclave berbeda biasanya memiliki prosedur
aktivasi yang berbeda tergantung pada tipe dan jenis yang digunakan.
Glassware harus ditempatkan pada plastik atau rak untuk mencegah kontak
langsung dengan bagian bawah mesin. Pastikan bahwa plastik yang digunakan
tahan panas. Autoklaf ditutup dengan sangat rapat ketika siap untuk menjalankan
mesin, kendurkan sekrup cairan sebelum Anda memulai proses autoklaf. Periksa
status autoklaf sebelum membukanya. Pastikan bahwa autoklaf telah dimatikan,
Perlahan-lahan membuka tutup karena mungkin uap keluar dan melukai. Perawatan
autoklaf, Pastikan listrik selalu stabil agar arus yang masuk pada alat konstan dan
tidak terjadi lonjakan arus sewaktu waktu. Air yang digunakan selalu minimal
aquadest agar tidak ada mineral yang sebagai pengotor yang akan merusak
 9

autoklaf. Proses pengurasan air harus selalu dilakukan pada chamber autoclave,
apabila autoklaf telah selesai digunakan, maka air aquadest yang ada di dalam
autoklaf sebaiknya dibersihkan atau dikuras bagian dalamnya menggunakan lap
kering, pastikan air dalam chamber selalu cukup, selalu kalibrasi autoklaf, dan
simpan autoklaf pada tempat yang kering dan bersih dan jauh dari jangkauan.
2.1.7. Cara Kalibrasi Autoklaf
Jika melakukan sterilisasi dengan banyak bahan sampai panci penuh,
maka menggunakan autotape indikator pada bagian bawah, tengah dan atas.
Dengan menempatkan beberapa sensor suhu kalibrator pada sejumlah titik di dalam
autoclave yang telah ditentukan berdasarkan dimensi autoclave, dikondisikan
dengan suhu dan waktu yang ditentukan dan dipantau menggunakan validator.
Proses Heat penetration test sama dengan uji pemerataan tetapi ditambahkan
material yang disterilkan dan dibuktikan dengan menggunakan bioindikator.
Perubahan yang bisa terlihat sesudah proses sterilisasi, pada kontrol positif akan
menunjukkan warna kuning keruh setelah dilakukan proses pemanasan.
Penggunakan bioindikator untuk mendeteksi bahwa autoklaf bekerja
dengan sempurna dapat digunakan mikroba penguji yang bersifat termofilik dan
memiliki endospora yaitu bacillus stearothermophillus. BioIndikator berbentuk
ampul yang mengandung nutrient broth, gula, indikator pH dan spora organisme
apatogenik geobacillus stearothermophilus ATCC 7953. Resistensi thermalnya
adalah spora tersebut semuanya mati apabila dipanaskan dalam uap yang
dimampatkan suhu 1210C, 1 atm selama 15 menit. Pada suhu yang lebih rendah
atau pada waktu yang lebih pendek, spora-spora itu masih dapat bertahan hidup,
setidaknya sebagian dan sebagiannya lagi akan mati dan membusuk.
Ampul ampul tersebut ditempatkan di dalam autoclave. Keberhasilan
proses sterilisasi diperiksa dengan menginkubasi ampul ampul yang telah di
autoclave tersebut. Tidak adanya pertumbuhan G. Strearothermophilus
menunjukkan proses sterilisasi yang memadai. Sebaliknya , adanya pertumbuhan
menunjukkan sterilisai yang kurang memadai dan kurang efektifnya sterilisasi.
Autoklaf akan mempercepat proses karena waktu yang dibutuhkan proses sterilisasi
lebih singkat karena ada bantuan panas dan uap, sehingga panas cepat tercapai.
 10

2.2. Nutrisi bagi Mikroba

Sejumlah organisme membutuhkan sejumlah karbon dalam bentuk
senyawa karbon dioksida, tetapi kebanyakan diantarannya juga membutuhkan
beberapa senyawa karbon organik, seperti gula dan karbohidrat. Tumbuhan, alga,
dan beberapa kuman berklorofil membutuhkan karbon dioksida dan mengubahnya
menjadi karbohidrat melalui proses fotosintesis. Ditinjau dari segi nutrisi, semua
organisme yang disebutkan diatas adalah organism ototrof yang memperoleh
energinya dari cahaya maka disebut organisme fotoototrof, dan bila memperoleh
energinya dengan cara mengoksidasi senyawa kimia, maka disebut organisme
kemoototrof. Mikroorganisme yang lain tidak dapat menggunakan karbon dioksida
sebagai sumber karbon dan hidupnya bergantung pada organisme ototrof untuk
memproduksi karbohidrat dan senyawa-senyawa organik lain yang digunakan
sebagai makanan. Organisme yang membutuhkan senyawa-senyawa organik lain
sebagai sumber karbonnya disebut organism heterotrof karena sumber karbonnya.
Organisme yang berfotosintesis dan bakteri yang memperoleh energi dari
oksidasi senyawa organik menggunakan secara khas bentuk karbon yang paling
teroksidasi, CO2 sebagai satu-satunya sumber utama karbon selular. Perubahan
CO2, menjadi unsur pokok sel organik adalah proses reduktif, yang memerlukan
pemasukan bersih energi. Karena itu, di dalam golongan faali ini, sebagian besar
dari energi yang berasal dari cahaya atau dari oksidasi senyawa anorganik yang
tereduksi harus dikeluarkan untuk reduksi CO2 sampai kepada tingkat zat organik.
Semua organisme lain memperoleh karbonnya terutama dari zat gizi
organik. Karena kebanyakan substrat organik adalah setingkat dengan oksidasi
umum sebagai unsur pokok sel organik, zat-zat itu biasanya tidak usah menjalani
reduksi pertama yang berguna sebagai sumber karbon sel. Selain untuk memenuhi
keperluan biosintetik akan karbon, maka substrat organik harus memberikan
keperluan energetik untuk sel itu yang sebagian besar daripada karbon yang
terdapat pada substrat organik memasuki lintasan lintasan metabolisme yang
menghasilkan energi dan akhirnya dikeluarkan lagi dari sel, sebagai CO2 substrat
organik biasanya mempunyai peran gizi yang lengkap. Pada waktu yang bersamaan,
berguna sebagai sumber karbon dan sumber energi yang diproses pada tubuhnya.
 11

Banyak mikroorganisme dapat menggunakan senyawa senyawa organik

tunggal untuk memenuhi keperluan kedua zat gizi tersebut seluruhnya, akan tetapi,
yang lain tidak dapat tumbuh bila hanya diberi satu senyawa organik dan mereka
memerlukan bermacam-macam jumlah senyawa tambahan sebagai zat gizi.
Tambahan zat gizi organik ini mempunyai fungsi biosintetik semata-mata, yang
diperlukan sebagai pelopor unsur-unsur pokok sel organik tertentu yang tidak dapat
disintesis oleh organisme tersebut. Zat itu disebut faktor tumbuh mikroba.
Kebanyakan organisme yang bergantung pada sumber-sumber karbon
organik memerlukan CO2 pula sebagai zat gizi dalam jumlah yang sangat kecil,
karena senyawa ini digunakan dalam beberapa reaksi biosentitik. CO2 biasanya
dihasilkan dalam jumlah banyak oleh organisme yang menggunakan senyawa
organik, persyaratan biosintetik dapat terpenuhi melalui metabolisme sumber
karbon organik dan energi. Sekalipun demikian, peniadaan CO2 sama sekali sering
kali menangguhkan atau menghambat pertumbuhan mikroorganisme pada media
organik, dan beberapa bakteri dan cendawan konsentrasi CO2 yang relatif tinggi di
dalam atmosfer (5-10%) untuk pertumbuhan yang memadai dalam media organik.
Tumbuhan menggunakan nitrogen dalam bentuk garam nitrogen
anorganik seperti kalium nitrat, sedangkan hewan membutuhkan senyawa nitrogen
organik, seperti protein dan produk perurainnya, yakni peptida dan asm-asam amino
tertentu. Beberapa kuman sangat beragam terhadap kebutuhan nitrogen; beberapa
menggunakan nitrogen atmosferik, beberapa tumbuh pada senyawa nitrogen
anorganik, dan yang lain membutuhkan nitrogen dalam bentuk senyawa nitrogen
organik. Belerang adalah komponen dari banyak substansi organik sel.
Belerang membentuk bagian struktur beberapa koenzim dan ditemukan
dalam rantai samping cisteinil dan merionil protein. Belerang dalam bentuk asalnya
tidak dapat digunakan oleh tumbuhan atau hewan. Namun, beberapa bakteri
autotropik dapat mengoksidasinya menjadi sulfat (SO42-). Kebanyakan
mikroorganisme dapat menggunakan sulfat sebagai sumber belerang, mereduksi
sulfat menjadi hidrogen sulfida (H2S). Beberapa mikroorganisme dapat
mengasimilasi H2S secara langsung dari medium pertumbuhan tetapi senyawa ini
dapat menjadi racun bagi banyak organisme. Vitamin adalah senyawa organik
 12

khusus penting untuk pertumbuhan. Air pada organisme berfungsi untuk membantu
fungsi-fungsi metabolik dan pertumbuhannya. Untuk mikroorganisme, semua
nutrient harus dalam bentuk larutan sebelum dapat memasuki selnya.
Sejumlah besar mineral dibutuhkan untuk fungsi enzim. Ion magnesium
(Mg2+) dan ion ferrum (Fe2+) juga ditemukan pada turunan porfirin yaitu
magnesium dalam molekul klorofil, dan besi sebagai bagian dari koenzim sitokrom
dan peroksidase. Mg2+ dan K+ keduanya sangat penting untuk fungsi dan kesatuan
ribosom. Ca2+ dibutuhkan sebagai komponen dinding sel gram positif, meskipun
ion tersebut bebas untuk bakteri gram negatif. Banyak dari organisme laut
membutuhkan Na+ untuk pertumbuhannya. Dalam memformulasikan medium
untuk pembiakan kebanyakan mikroorganisme, sangatlah penting untuk
menyediakan sumber loga potassium, magnesium, kalsium, dan besi.
Nitrogen merupakan komponen utama protein dan asam nukleat sebagai
unsur penyusunnya, yaitu sebesar lebih kurang 10 persen dari berat kering sel
bakteri. Nitrogen mungkin disuplai dalam bentuk yang berbeda, dan
mikroorganisme beragam kemampuannya untuk mengasimilasi nitrogen. Hasil
akhir dari seluruh jenis asimilasi nitrogen adalah bentuk paling tereduksi yaitu ion
ammonium (NH4+). Banyak mikroorganisme memiliki kemampuan untuk
mengasimilasi nitrat (NO3) dan nitrit (NO2) secara reduksi dengan mengubahnya
menjadi amoniak (NH3). Jalur asimilasi ini berbeda dengan jalur dissimilasi nitrat
dan nitrit. Jalur dissimilasi digunakan oleh organisme yang menggunakan ion ini
sebagai elektron penerima terminal dalam respirasi, proses ini dikenal sebagai
denitrifikasi, dan hasilnya adalah gas nitrogen (N2), yang dikeluarkan ke atmosfer .
Kemampuan untuk mengasimilasi N2 secara reduksi melalui NH3, yang
disebut fiksasi nitrogen, adalah sifat untuk prokariota, dan relatif sedikit bakteri
yang memiliki kemampuan metabolisme ini. Proses tersebut membutuhkan
sejumlah besar energi metabolik dan tidak dapat aktif dengan adanya oksigen.
Kemampuan fiksasi nitrogen pada beragam bakteri yang berevolusi sangat berbeda
dalam strategi biokimia untuk melindungi enzim fixing-nitrogen nya dari
oksigen.Kebanyakan mikroorganisme dapat menggunakan NH4+ sebagai sumber
nitrogen utama, dan banyak organisme memiliki kemampuan untuk mengurainya