PENGENALAN ALAT DAN PERSIAPAN BAHAN

Ida Farida1)

drh. Bhintarti S.Hastari,M.Biomed2), Festy Aulyaur Rahmah,S.Si2)

Nugroho Adi Maulana3) ,Indhina Reihannisha3)

1)
Mahasiswa Jurusan Biologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Negeri Islam Syarif Hidayatullah
Jakarta

2)
Dosen Praktikum Biologi Molekuler

3)
Asisten Dosen Biologi Molekuler

Email : Idaalfarida@gmail.com

03 Oktober 2014

ABSTRAK

Dalam melakukan praktikum dibutuhkan alat yang dapat memfasilitasi kelancaran pekerjaan di dalam
sebuah laboratorium. Pengenalan alat dibutuhkan agar praktikan dapat memahami fungsi, prinsip kerja
serta aplikasi dari peralatan-peralatan yang ada, sehingga praktikan dapat menentukan alat yang tepat
untuk mendukung praktikum yang akan dilakukan. Peralatan yang akan dibahas untuk praktikum
pengenalan alat biologi molekuler diantaranya Mikropipet, Sentrifuga, Spektrofotometer, Elektroforesis,
Transiluminator UV, Thermocycler. Mikropipet digunakan untuk mengambil cairan dalam satuan mikroliter
(µL). Sentrifuga digunakan untuk fraksinasi atau pemisahan beberpa komponen berdasarkan berat
molekulnya. Spektrofotometer digunakan untuk mengukur kuantitas dan kemurnian DNA, baik DNA rantai
ganda maupun tunggal, pada panjang gelombang tertentu. Elektroforesis digunakan untuk
memvisualisasikan protein atau materi genetic dengan menggunakan prinsip migrasi partikel bermuatan
dibawah pengaruh arus listrik. Transiluminator UV digunakan untuk memvisualisasikan hasil pergerakan
DNA/RNA pada gel hasil elektroforesis dengan menggunakan sinar UV. Thermocycler digunakan untuk
proses amplifikasi DNA.
kata kunci: Alat, laboratorium, molekuler

DASAR TEORI

Alat merupakan salah satu pendukung dari
pada keberhasilan suatu pekerjaan di laboratorium.
Sehingga untuk memudahkan dan melancarkan
berlangsungnya praktikum pengetahuan mengenai
penggunaan alat sangat diperlukan (Hafsah,2009).
Pengenalan alat merupakan langkah pertama
sebelum kita melakukan percobaan atau penelitian
1
Dengan pengenalan alat-alat laboratorium. Kita sentrfugator. Ada dua tipe baling-baling pada
dapat mengetahui berbagai macam alat yang sentrifugator (Cheesbrough, 2005).
terdapat di Laboratorium. Selain itu kita juga dapat
Spektrofotometri sinar UV digunakan untuk
meminimalisir resiko kesalahan kerja pada saat
mengukur tingkat kemurnian DNA hasil isolasi.
melakukan percobaan mikrobiologi. Alat-alat
Spektrofotometri merupakan metode analisis yang
laboratorium mempunyai cara dan prinsip kerja
didasarkan pada absorpsi radiasi elektromagnet.
yang berbeda. Setiap pengguna harus mengikuti
Keuntungan utama pemilihan metode
hal-hal tersebut agar dalam menggunakan alat-alat
spektrofotometri bahwa metode ini memberikan
laboratorium tidak terjadi kerusakan alat ataupun
metode sangat sederhana untuk menetapkan
hal-hal yang berbahaya.
kuantitas zat yang sangat kecil.
Para peneliti sering menggunakan bahan
MATERI DAN METODE
tertentu dengan ukuran sangat kecil, untuk itu
diputuhkan mikropippet untuk mempermudah Praktium dilakukan di Laboratorium
pekerjaan. Mikropipet terdiri dari ukuran 20 µL, Biologi Dasar Pusat Laboratorium Terpadu (PLT)
100 µL, 1000 µL. Gunakan tip yang baru untuk Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah
setiap sample yang berbeda untuk menghindari Jakarta pada tanggal 03 Oktober 2014 pada jam
kontaminasi. (Biotechnology Laboratorium- 13.00-16.00 WIB.
University Of California Davis, 2002). Pipet yang
Bahan yang digunakan dalam praktikum
biasa dipakai saat ini adalah pipet yang terbuat
ini adalah alat-alat biologi molekuler. Alat yang
dari plastik atau glass yang didesain untuk
digunakan alat alat tulis dan kamera.
mengukur single volume atau beberapa volume
berbeda. Saat ini banyak laboratorium sudah Cara kerja dalam praktikum ini pertama
menggunakan pipet otomatis yang ukurannya menyiapkan alat tulis untuk mencatat prinsip dan
sudah diset sehingga lebih mudah untuk digunakan cara kerja alat-alat yang akan digunakan.
(Cheesbrough, 2005). Kemudian Metode yang digunakan pada
praktikum ini melihat peragaan dari dosen tentang
Sentrifugator dapat mengendapkan partikel-
alat-alat yang akan digunakan dalam biologi
partikel dalam sebuah larutan. Semakin besar
molekuler.
kekuatan sentrifugalnya , maka pengendapannya
menjadi semakin cepat dan efektif. Pengendapan HASIL DAN PEMBAHASAN
terjadi saat kita memberikan kecepatan
Pengenalan alat biologi molekuler sangat
tertentu,dan hal ini tergantung jari-jari dari
penting untuk memahami prinsip kerja dari
2
masing-masing alat yang akan digunakan.dalam
praktikum Biologi Molekuler.
Mikropipet Prinsip kerja Masukkan Tip
bersih ke dalam Nozzle / ujung mikropipet dan
tekan Thumb Knob sampai hambatan pertama /
first stop. Masukkan tip ke dalam cairan sedalam
3-4 mm. Tahan pipet dalam posisi vertikal
kemudian lepaskan tekanan dari Thumb Knob
maka cairan akan masuk ke tip lalu pindahkan
ujung tip ke tempat penampung yang diinginkan
dan tekan Thumb Knob sampai hambatan kedua /
second stop atau tekan semaksimal mungkin.
Jika ingin melepas tip putar Thumb Knob searah
jarum jam dan ditekan maka tip akan terdorong
keluar dengan sendirinya berfungsi mendorong tip
keluar. Mikropipet (micropipet) adalah suatu alat
yang digunakan untuk memindahkan cairan dalam
jumlah kecil secara akurat. Penggunaan pipet gelas
seperti pipet ukur dan pipet gondok tidak
mempunyai akurasi yang tinggi untuk volume
kurang dari 1 ml (Daisy,1994).
Sentrifuga Dengan kekuatan yang melebihi
gaya gravitasi, sentrifugator dapat mengendapkan
partikel-partikel dalam sebuah larutan. Semakin
besar kekuatan sentrifugalnya , maka
pengendapannya menjadi semakin cepat dan
efektif. Pengendapan terjadi saat kita memberikan
kecepatan tertentu,dan hal ini tergantung jari-jari
dari sentrfugator. Ada dua tipe baling-baling pada
sentrifugator, yaitu : fixed-angle danswing-
out. Pemisahan partikel pada tipe fixed-angle
terjadi lebih cepat dan pengaplikasian kekuatan
sentrifugal yang besar lebih mudah dilakukan pada
tipe ini dibanding swing-out type. Kemudian, saat
menggunakan baling-baling yang tipeswing out ,
panjang tabung tidak boleh melebihi jari-jari
sentrifugator karena dapat terjadi kerusakan saat
alat dinyalakan (Cheesbrough, 2005).
Spektrofotometer Prinsip kerja
spektrofotometer adalah bila cahaya
(monokromatik maupun campuran) jatuh pada
suatu medium homogen, sebagian dari sinar
masuk akan dipantulkan, sebagian diserap dalam
medium itu, dan sisanya diteruskan. Nilai yang
keluar dari cahaya yang diteruskan dinyatakan
dalam nilai absorbansi karena memiliki hubungan
dengan konsentrasi sampel.
cara kerja : Sinar berasal dari dua lampu yang
berbeda, yaitu lampu wolfram untuk sinar Visible
(sinar tampak = 38 – 780nm) dan lampu deuterium
untuk sinar Ultra Violet (180-380nm) pada video
lampu yang besar. Pilih panjang gelombang yang
diinginkan/diperlukan. Kuvet, ada dua karena alat
yang dipakai tipe double beam, disanalah kita
menyimpan sample dan yang satu lagi untuk
blanko. Detektor atau pembaca cahaya yang
diteruskan oleh sampel, disini terjadi pengubahan
data sinar menjadi angka yang akan ditampilkan
pada reader.Yang harus dihindari adanya cahaya
yang masuk ke dalam alat, biasanya pada saat
menutup tenpat kuvet, karena bila ada cahaya lain
3
otomatis jumlah cahaya yang diukur menjadi ini adalah Sinar UV yang dipancarkan akan
bertambah. memendarkan Ethidium bromide (EtBr) yang
menempel pada DNA. Sehingga visualisasi DNA
Elektroforesis DNA merupakan teknik
bisa terlihat lewat pancaran yang berwarna orange
untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan
(Rachmawati, 2011)
ukuran (berat molekul) dan struktur fisik
molekulnya. Posisi molekul yang terpisah pada gel Thermocycler Dengan menggunakan
dapat dideteksi dengan pewarnaan atau teknik polymerase chain reaction (PCR) , setiap
autoradiografi, ataupun dilakukan kuantifikasi materi genetik apapun dapat ditcntukan dengan
dengan densitometer. Elektroforesis untuk tepat dan direplikasi dalam jumlah banyak dengan
makromolekul memerlukan matriks penyangga cara menentukan sepasang primer yang mengapit
untuk mencegah terjadinya difusi karena sekuens DNA yang dikehendaki. Cara kerja PCR
timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan. dimulai dan pengikatan dua oligonukleotida
Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks (primer) yang telah dikeahui komposisinya ke
penyangga yang banyak dipakai untuk pemisahan suatu sekuens target target yang diinginkan.
protein dan asam nukleat (DNA). Bila berada Kemudian, DNA polimerase akan memperpanjang
dalam suatu medan listrik, molekul biologi yang oligonukleotida tersebut. Setiap reaksi akan
bermuatan positif akan bermigrasi ke elektroda diulang setelah tahap denaturasi sehingga
negatif dan sebaliknya. Prinsip inilah yang dipakai terjadilah amplifikasi (penguatan) secara
dalam elektroforesis untuk memisahkan eksponensial. .
molekulmolekul berdasarkan muatannya. Molekul Pada PCR terdapat tiga suhu atau tahapan
DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan inkubasi yang diulangi sebanyak 20-50 kali. Satu
listrik akan bermigrasi melalui matriks gel menuju ulangan dan ketiga tahap inii disebut siklus. Tahap
kutub positif . Makin besar ukuran molekulnya, pertama disebut denaturasi, di mana kedua untai
makin rendah laju migrasinya. Berat molekul molekul DNA target akan terpisah (terdenaturasi)
suatu fragmen DNA dapat diperkirakan dengan oleh pemanasan DNA dengan suhu 94°C untuk
membandingkan laju migrasinya dengan laju memutus ikatan hidrogen di antara basa-basa,
migrasi fragmen-fragmen molekul DNA standar menghasilkan dua untai DNA yang terpisah.
(DNA marker) yang telah diketahui ukurannya Tahap kedua disebut penempelan (annealing), di
mana dua primer akan berhibridisasi menjadi
UV Transilluminators digunakan untuk
sekuens komplementer pada untai tunggal DNA.
menvisualka DNA setelah diloading atau ruuning
Primer-primer yang dimaksud adalah sekuens
dalam DNA elektroforess. Prinsip kerja dari alat
DNA untai tungga] sintetis dan pendek (panjang
4
20-30 basa). Primer-primer dipilih sedemikian Hafsah. 2009.mikrobiologi umum. Makassar
rupa agar satu primer bersifat komplementer
John dan Rachmawati.2011.Chemistry 3A.
dengan salah saW ujung gen yang diinginkan pada
Erlangga. Jakarta
salah satu untai. Sementara itu. primer kedua
bersifat komplementer dengan ujung yang Iainnya Stansfield, W.D., Colome, J.S., Cano, R.J.
pada untai DNA yang satu lagi. Primer akan 2006. Scaum’s easy outline Biologi
membentuk ikatan hidrogen (menempel) dengan Molekuler dan Sel. Jakarta: Erlangga.
sekuens komplementernya sehingga terbentuklah
molekul untai ganda yang stabil. Suhu penempelan
berkisar antara 37-60°C. Pada tahap ketiga, LAMPIRAN
ekstensi atau elongasi. primer akan diperpanjang
oleb DNA polimerase pada suhu 72°C.Ketiga
proses di atas terus berulang sampai didapatkan
untaian DNA yang berlipat ganda. (Stansfield, et
all, 2006)

KESIMPULAN

Berdasarkan praktikum kali ini, alat-alat

laboratorium Biologi Molekuler yang dibahas Sentrifuga
diantaranya adalah mikropipet , sentrifuga,
thermocycler, spektrofotometer, elektroforesis,
dan transiluminator uv yang masing-masingnya
memiliki prinsip kerja yang berbeda.

DAFTAR PUSTAKA

Cheesbrough, Monica. 2005. District Laboratory

Practice in Tropical Countries,ed.vol.2.
Cambridge: Cambridge University Press

Daisy, Ami. 1994. Nama fungsi dan cara kerja alat

alat laboratorium mikrobiologi. Penerbit Elektroforesis

Kanisius: Yogyakarta

5
Mikro Pipet Transiluminator UV

Spektrofotometer

Thermocycler