Anda di halaman 1dari 23

BIOLOGI SEL dan MOLEKULER

OLEH

Nama : Betty Roris Yulianti Hutagalung


Kelas : II-B
NIM : P0 7534017070
Dosen : Musthari, S.Si., M.Biomed

JURUSAN ANALIS KESEHATAN


2017/2018
INTRON

Intron adalah urutan nukleotida yang terdapat dalam gen antara ekson. Urutan
nukleotida ini tidak mengkode untuk protein, dan itu berarti intron tidak harus penting untuk
proses sintesis protein. Ketika untai RNA messenger (mRNA) dibuat melalui transkripsi
DNA pada gen, urutan nukleotida intron dikecualikan.
Pengecualian dari urutan intron dari untai mRNA terjadi melalui proses yang disebut
RNA splicing; bisa juga melalui cis-splicing ketika hanya ada satu intron digabungkan
dengan gen, trans- splicing terjadi ketika ada dua atau lebih intron terkait dengan gen.
Sehelai mRNA matang, yang siap untuk kode untuk protein, yang dibentuk setelah
mengeluarkan intron dari untai. Karena kedua DNA dan RNA mengandung urutan non-
coding ini, istilah intron bisa disebut sebagai urutan nukleotida non-coding DNA dan urutan
yang sesuai dalam RNA.
Hal ini penting untuk melihat bahwa RNA ribosom (rRNA) dan RNA transfer (tRNA)
mengandung gen dengan intron, tetapi mereka akan dihapus ketika gen diekspresikan.
Dengan kata lain, intron melalui transkripsi, tetapi tidak melalui translasi. Oleh karena itu, ini
disebut urutan translasi DNA. Fungsi langsung dari intron ini sedikit tidak jelas, namun
diyakini bahwa ini penting untuk dibentuk untuk diversifikasi, protein namun terkait dari
sebuah gen tunggal. Ditambahkannya Intron-dimediasi dari ekspresi gen telah diterima
sebagai fungsi penting lain intron.

EKSON

Ekson adalah urutan nukleotida gen yang diekspresikan, dan mereka ditemukan di
kedua sisi intron. Dalam istilah sederhana, dapat dinyatakan bahwa ekson benar-benar dasar
dalam ekspresi gen atau dalam sintesis protein. Polipeptida untai dibentuk berdasarkan urutan
nukleotida dalam ekson. Ketika molekul mRNA matang terbentuk melalui transkripsi DNA
dan kemudian splicing RNA terjadi, itu adalah koleksi ekson.
Hampir semua gen memiliki urutan nukleotida awal yang membedakannya sebagai
gen dari DNA atau untai RNA utama, yang dikenal sebagai Open Reading Frame (ORF); dua
ORFs menandai ujung dari gen dimana ekson berada. Walaupun kedengarannya bahwa ekson
selalu dinyatakan dalam gen, ada beberapa yang tidak. Ada kasus di mana urutan intron
mengintervasi ekson tersebut, menyebabkan mutasi, dan proses ini dikenal sebagai
exonization.
Apa perbedaan antara Intron dan Ekson?

1. Keduanya urutan nukleotida gen, tetapi ekson yang paling sering diekspresikan saat
intron diam.
2. Ekson ditemukan di kedua ujung gen sementara intron selalu ditemukan di dalam gen.
3. Ketika mutasi terjadi, intron kadang-kadang memberikan kontribusi nukleotida tetapi
biasanya tidak sebaliknya.
4. Baik DNA dan RNA mengandung intron dan ekson, tetapi RNA matang hanya
mengandung ekson dan intron tidak.
5. Fungsi segera ekson adalah untuk mengekspresikan gen sementara tidak jelas untuk
intron.
PROSES SPLICING

Splicing RNA merupakan pemotongan intron untuk menggabungkan exon dalam


peristiwa transkripsi. Sebelum membahas lebih jauh tentang splicing, saya akan mengulang
penjelasan tentang intron dan exon pada gen makhluk hidup.

Gen merupakan sandi genetik yang menyimpan informasi yang menentukan sifat
tertentu dari makhluk hidup. Gen terdiri atas bagian yang akan diekspresikan yang disebut
exon dan bagian yang tidak diekspresikan yang disebut intron. Bagin exon nantinya akan
ditranskripsikan menjadi RNAm, sedangkan intron terletak di antara exon, sehingga harus
dipotong agar tercipta RNAm yang runtut.

Exon dan intron

Intron banyak ditemukan pada organisme multiseluler dan sangat sedikit pada
organisme uniseluler. Hal ini mengindikasikan bahwa gen-gen organisme multiseluler
memiliki pengaturan yang lebih komplek dibandingkan uniseluler. Intron dapat tersusun atas
10 hingga 1000 nuleotida.
Bagaimana intron dipotong?
Gen akan ditranskripsikan menjadi RNAm terlebih dahulu untuk membentuk
protein. Gen yang mengandung intron akan ditranskripsikan menjadi pre-RNAm yang harus
menjalani splicing agar terbentuk RNAm matang. Proses splicing membutuhkan bantuan dari
RNSsn (RNA small nucllear) dan protein-protein tertentu.

Proses pemotongan intron oleh spliceosome


RNAsn dan kompleks protein akan bergabung membentuk spliceosome yang akan
memotong intron. Spliceosome akan mengikat ujung 5' dan 3' dari intron, membentuk
lengkungan dan kemudian memotong intron tersebut. Hilangnya intron akan membuat exon
bersatu sehingga pre-RNAm berubah menjadi RNAm yang siap diranslasikan menjadi
protein.

Seberapa pentingnya proses splicing?


Proses splicing sangat penting karena apabila intron tidak dipotong maka gen tidak
dapat membentuk protein yang berfungsi. Pemotongan intron-pun harus berjalan dengan
sempurna, karena bila sampai bagian exson ikut terpotong dapat menyebabkan kesalahan
pembacaan RNAm yang menyebabkan terciptanya protein yang salah.
Seperti diketahui bahwa asam amino disandi oleh triplet nukleotida yang disebut
kodon pada RNAm. Misalnya saja satu exon memiliki urutan nukleotida UUUAGA dan exon
lain memiliki urutan nukleotida UAAGGC. Apabila kedua exon tersebut disatukan dengan
benar akan membentuk RNAm UUUAGAUAAGGC. Namun apabila terjadi kesalahan pada
pemotongan intron sehingga ada salah satu nukleotida exon yang terpotong maka akan
menghasilkan RNAm dengan urutan yang berbeda sehingga translasinya akan menghasilkan
protein yang berbeda pula.

DNA dan RNA

Pengertian DNA dan RNA

DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) adalah sejenis
biomolekul yang menyimpan dan menyandi instruksi-instruksi genetika setiap organisme dan
banyak jenis virus berupa asam nukelat yang didalamnya terdapat sel makhluk hidup. DNA
terdiri dari materi yang membentuk kromosom-kromosom dan informasi genetik yang
tersimpan dalam tubuh makhluk hidup.

Sedangkan RNA (ribonucleic acid) atau asam ribonukleat adalah molekul polimer
yang terlibat dalam berbagai peran biologis dalam mengkode, dekode, regulasi, dan ekspresi
gen. RNA merupakan makromolekul yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur
informasi genetik.
Perbedaan DNA dan RNA

 Basa nitrogen yang terkandung dalam DNA disusun oleh purin yang berasal dari
susunan Guanin (G) dan Adenin(A) serta pirimidin yang berasal dari susunan
Cytocine(C) dan Timin (T). Sedangkan basa nitrogen RNA disusun oleh purin Guanin
(G) dan Adenin(A), serta Pirimidin Uracyl (U) dan Cytocine(C).
 DNA mempunyai rantai panjang dan ganda berpilin (double helix), sedang RNA
mempunyai rantai tunggal dan pendek.
 DNA dapat dijumpai di kloroplas, mitokondria, dan nukleus. Sedangkan RNA dapat
dijumpai di ribosom (r-RNA), sitoplasma (t-RNA), dan di nukleus (m-RNA)
 DNA mempunyai peranan mewariskan sifat serta mensintesis protein. Sedangkan
RNA mempunyai peranan hanya untuk mensintesis protein.
 Komponen gula yang menyusun DNA adalah Deoksiribosa sedangkan gula yang
menyusun RNA adalah Ribosa.
 Jenis basa nitrogen dari DNA adalah Purin (adenin dan guanin), gugus fosfat dan
Pirimidin (sitosin dan timin), sedangkan RNA adalah Purin (adenin dan guanin) dan
Pirimidin (sitosin dan urasil)
 DNA adalah gugus asam amino rantai ganda, sedangkan RNA adalah gugus asam
amino rantai pendek.
 Bentuk DNA umumnya lebih panjang dengan bentuk membulat, Sedangkan RNA
lebih pendek dengan bentuk yang lebih tipis.
 kadar DNA bersifat statis / tidak berubah karena tidak dipengaruhi aktivitas sintesis
protein maupun aktivitas genetis., sedangkan kadar RNA dapat berubah karena
adanya aktivitas sintesis protein.
 Bentuk DNA menyerupai pita spiral ganda, sedangkan RNA berbentuk pita tunggal.

Tabel Perbedaan DNA dan RNA

Agar dapat memahami perbedan DNA dan RNA dengan lebih mudah, berikut ini tabel
perbedaan DNA dan RNA,

Perbedaan DNA RNA


Bentuk rantai panjang , ganda, dan berpilin (double rantai pendek, tunggal, dan tidak
heliks) berpilin
Fungsi Mengendalikan faktor keturunan dan sebagai Mengendalikan sintesis protein
materi genetik (bahan baku) untuk sintesis
protein sintesis protein.
Letak Berada dalam nukleus, kloroplas, Berada dalam nukleus, sitoplasma,
mitokondria kloroplas, mitokondria
Komponen Gula Deoksiribosa Ribosa
Ukuran Panjang Pendek
Jenis Basa Purin (adenin dan guanin) gugus fosfat. dan Purin (adenin dan guanin) dan
Nitrogen Pirimidin (sitosin dan timin) Pirimidin (sitosin dan urasil)
Kadar Tetap, tidak dipengaruhi oleh aktivitas Berubah-ubah sesuai sesuai
sintesis protein. dengan jumlah sintesis protein
yang dibutuhkan.
Keberadaannya Permanen. Periode pendek karena mudah
terurai.

Fungsi DNA

 Membawa materi genetika dari generasi ke generasi berikutnya


 Mengontrol kehidupan secara langsung maupun tidak
 Sebagai auto katalis atau penggandaan diri
 Sebagai heterokatalis atau melakukan sintetis terhadap senyawa lain.
Fungsi RNA

 Sebagai penyimpan informasi


 Sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena
berlaku untuk organisme hidup

DNA tersusun atas rantai ganda (double helix) sedangkan RNA hanya berupa rantai
tunggal. Apakah yang dimaksud dengan rantai ganda (double helix) itu? Maksudnya adalah
seperti gambar berikut ini.

Double helix DNA

DNA dapat ditemukan dalam nukleus, mitokondria, dan kloroplas. DNA sel eukariotik
terbungkus dalam membran inti sehingga tercipta struktur nukleus, sedangkan DNA sel
prokariotik tidak terbungkus membran inti sehingga TIDAK terdapat NUKLEUS, hanya
terdapat bagian dimana DNA tersebut berkumpul yang disebut nukleosom.

Struktur DNA
DNA tersusun atas molekul nukleotida yang saling sambung-menyambung menjadi
struktur yang sangat panjang. Bahkan bila rantai DNA dalam satu sel manusia direntangkan
dapat sangat mencapai jarak antara bumi dan bulan. Nukleotida adalah molekul yang tersusun
atas gula deoksiribosa, fosfat, dan basa nitrogen. Basa nitrogen akan terikat pada atom C
nomor 1 gula deoksiribosa, sedanagkan fosfat akan terikat pada atom C nomor 5 pada gula
tersebut. Struktur nukleotida adalah sebagai berikut.
Basa nitrogen penyusun DNA dapat digolongkan menjadi kelompok purin dan
pirimidin. Basa nitrogen yang masuk golongan purin adalah adenin (A) dan guanin (G),
sedangkan basa nitrogen yang masuk golongan pirimidin adalah sitosin (C) dan timin (T).
Ketika membentuk DNA, adenin selalu berikatan dengan timin melalui tebentuknya 2 ikatan
hidrogan. Sedangkan guanin akan berikatan dengan sitosin melalui terbentuknya 3 ikatan
hidrogen.

Ikatan antar basa nitrogen

Oleh karena jumlah ikatan hidrogen yang berbeda inilah, proses pemisahkan A-T lebih
mudah daripada pemisahkan G-C. Proses pemisahan DNA ini biasanya diaplikaikan dalam
teknologi PCR (Polimerase Chain Reaction) yang akan saya jelaskan di lain kesempatan.
Karena tersusun atas banyak molekul nukleotida, DNA disebut sebagai polinukleotida.
DNA makhluk hidup memiliki jumlah A-T dan G-C yang berbeda-beda.

Struktur RNA
RNA memiliki struktur tunggal, tidak ganda seperti DNA. RNA terbentuk atas gula
ribosa, fosfat, dan basa nitrogen. (ingat bahwa gula pembentuk DNA adalah deoksiribosa).
Struktur dari molekul RNA adalah sebagai berikut.
Struktur RNA dan DNA

Basa nitrogen RNA juga digolongkan menjadi purin ydan pirimidin. Purin tersusun
atas adenin (A) dan guanin (G), sedangkan pirimidin tersusun atas sitosin (C) dan urasil (U).
Basa nitrogen timin pada DNA digandtikan oleh urasil pada RNA.

Terdapat beberapa jenis RNA dalam sel makhluk hidup. Jenis-jenis RNA adalah sebagai
berikut.
RNA duta (RNA d) atau messenger RNA (RNA m)
RNA d dibentuk dalam nukleus dan akan dikeluarkan menuju sitolasma sebagai pembawa
informasi dari DNA untuk membentuk protein tertentu. Dalam RNA d terdapat rangkaian 3
basa nitrogen yang disebut kodon, yang akan berpasangan dengan antikodon pada RNA t.

RNA transfer (RNA t)


RNA t terletak pada sitoplasma dan akan membawa asam amino khusus sebagai bahan
pembentuk protein. Antikodon pada RNA t akan berpasangan dengan kodon pada RNA d.
Setelah terbentuk ikatan kodon dan antikodon, asam amino akan dilepaskan sebagai bahan
baku protein.

RNA ribosom (RNA r)


RNA r merupakan struktur yang membentuk organel ribosom tempat terjadinya pembentukan
prtein. Ribosom terbentuk dari gabungan antara RNA r dengan protein-protein tertentu.
Perbedaan DNA dan RNA

Molekul DNA

 Terdapat dalam nukleus, mitokondria, dan kloroplas


 Berupa rantai ganda
 Kadarnya tidak dipengaruhi oleh kecepatan sintesis protein
 Basa nitrogennya adalah adenin (A), guanin (G), sitosin (C), dan timin (T)
 Gula penyusunnya adalah deoksiribosa, yaitu ribosa yang kekurangan satu atom
oksigen.

Molekul RNA

 Terdapat dalam nukleus, sitoplasma, dan ribosom


 Strukturnya berupa rantai tunggal
 Kadarnya dipengaruhi kecepatan sintesis protein
 Basa nitrogennya adalah adenin (A), guanin (G), sitosin (C), dan urasil (U)
 Gula penyusunnya adalah ribosa.

Sintesis Protein

Pada uraian mengeni DNA telah disebutkan bahwa DNA berfungsi sebagai
heterokatalis (mensintesis molekul lain). Uraian berikut merupakan salah satu contoh fungsi
DNA tersebut. DNA yang terletak di dalam nukleus merupakan suatu cetakan kode genetik
yang menghasilkan informasi genetik. Kode genetik disusun oleh urutan basa nitrogen (A, T,
G, dan C). Dalam sintesis protein, kode-kode genetik dalam DNA disalin menjadi mRNA.
Proses ini disebut transkripsi.
Proses ini diawali dengan melekatnya RNA polimerase pada molekul DNA sehingga
sebagian rantai double helix DNA membuka. Akibatnya, salah satu rantai DNA yang
membuka tersebut mencetak RNA. Rantai DNA yang mengandung kode-kode genetik
(kodon) dan dapat mencetak mRNA disebut rantai sense. Rantai DNA yang tidak mencetak
mRNA disebut rantai antisense. Misalnya urutan basa N pada rantai DNA terdiri atas TAC,
GCT, CGA, dan CTA maka urutan basa N pada rantai mRNA yaitu AUG, CGA, GCU, dan
GAU. Perhatikan susunan DNA dan RNA berikut.
susunan DNA dan RNA

Setelah disalin, mRNA keluar dari nukleus menuju sitoplasma. mRNA tidak dapat
mengenali suatu asam amino secara langsung. Oleh karena itu, diperlukan tRNA untuk dapat
membaca kode-kode yang dibawa mRNA. Di dalam sitoplasma banyak terdapat tRNA, asam
amino dan enzim amino asil sintetase. Asam amino tersebut diaktifkan menggunakan ATP
(Adenosin Trifosfat) dan enzim amino asil sintetase sehingga dihasilkan Amino asil
Adenosin monofasfat (AA-AMP) dan fosfat organik.
Selanjutnya Aminoasil Adenosin monofosfat diikat oleh t-RNA dan dibawa ke ribosom.
Setiap tRNA memiliki tiga basa N dan asam amino, tiga basa N tRNA akan berpasangan
dengan tiga basa N mRNA yang sesuai. mRNA merupakan susunan kodon yang panjang.
Setiap tRNA akan menerjemahkan tiga basa.
Setelah tRNA pertama melepaskan diri, datang tRNA selanjutnya, begitu terus-menerus
sampai kodon pada mRNA habis. Asam amino yang terbentuk selama penerjemahan oleh
tRNA akan membentuk suatu ikatan. Bagian basa N pada tRNA yang menerjemahkan kode
yang dibawa mRNA disebut antikodon.
Sementara itu, tiga bagian basa N pada mRNA tersebut di atas yang memiliki kode untuk
menspesifikasikan asam amino disebut kodon. Proses penerjemahan kode yang dibawa
mRNA oleh tRNA disebut translasi. Asam amino-asam amino akan berjajar membentuk
urutan sesuai dengan kode yang dibawa mRNA sehingga terbentuklah protein. Protein
tersebut merupakan enzim yang berfungsi mengatur metabolisme sel.

Kode Genetik

Bahwa dalam DNA terdapat empat basa nitrogen meliputi adenin (A), timin (T),
sitosin (C), dan guanin (G). Anda juga telah mengetahui RNA mengandung 4 basa nitrogen
tersebut, tetapi urasil (U) menggantikan timin (T).
Nirenberg dan Matthaei (1960) mengadakan percobaan untuk memecahkan masalah
kode genetik dengan mencampurkan urasil dengan enzim pembentuk RNA. Dari
percampuran ini dihasilkan RNA yang hanya terdiri atas urasil dan dinamakan poli-Urasil
(poli-U). Apabila poli-U dimasukkan ke dalam campuran berbagai asam amino, akan
terbentuk rangkaian fenilalanin, yaitu protein yang terdiri atas satu macam asam amino.
Hal ini merupakan cara manusia pertama kali mampu memecahkan peristiwa
kehidupan melalui tabung reaksi kimia. Sampai saat ini pun manusia terus melakukan
penelitian untuk mengetahui proses-proses yang terjadi dalam sel makhluk hidup. Rumitnya
susunan tubuh makhluk hidup menunjukkan betapa pandainya sang Pencipta. Kita hendaknya
bersyukur kepada Tuhan karena diberi akal sehingga mampu mengungkap rahasia kehidupan.
Kode genetik yang dipakai saat ini yaitu kode yang tersusun oleh 3 basa N yang
disebut kodon triplet. Kodon triplet ini merupakan bagian 3 basa N yang terdapat pada
mRNA. Apabila suatu urutan tiga basa memberikan kode untuk satu asam amino, akan terjadi
43= 64 kemungkinan kombinasi dari basa sehingga dapat memperinci 64 macam kode
genetika.
Asam amino yang dikenal sampai saat ini sebanyak 20 macam. Adanya 64 macam
kodon dan 20 macam asam amino menyebabkan satu asam amino dapat memiliki lebih dari
satu kodon. Kodon yang sesuai untuk setiap asam amino dapat dilihat dalam tabel berikut.
Tabel Kodon Beberapa Asam Amino

Basa Basa Kedua Basa


Pertama U C A G Ketiga
UUU Phe UCU Ser UAU Tyr UGU Cys U
UUC Phe UCC Ser UAC Tyr UGC Cys C
U
UUA Leu UCA Ser UAA Term UGA Term A
UUG Leu UCG Ser UAG Term UGG Tryp G
CUU Leu CCU Pro CAU His CGU Arg U
CUC Leu CCC Pro CAC His CGC Arg C
C
CUA Leu CCA Pro CAA GluN CGA Arg A
CUG Leu CCG Pro CAG GluN CGG Arg G
AUU Ileu ACU Thr AAU AspN AGU Ser U
AUC Ileu ACC Thr AAC AspN AGC Ser C
A
AUA Ileu ACA Thr AAA Lys AGA Arg A
AUG Met ACG Thr AAG Lys AGG Arg G
GUU Val GCU Ala GAU Asp GGU Gly U
GUC Val GCC Ala GAC Asp GGC Gly C
G
GUA Val GCA Ala GAA Glu GGA Gly A
GUG Val GCG Ala GAG Glu GGG Gly G

U = Urasil Ileu = Isoleusin


G = Guanin Met = Methionin kodon start
Ala = Alanin Ser = Serin
Cys = Cystein Tyr = Tyrosin
His = Histidin A = Adenin
Lys = Lysin AspN = Aspargin
Pro = Prolin Gly = Glycine
Tryp = Tryptofan Leu = Leusin
C = Sitosin Phe = Phenylalanin
Term = Kodon terminasi Thr = Threonin
Arg = Arginin Val = Valin
GluN = Glutamin Glu = Glutamat acid
Perbaikan DNA atau DNA Repair

DNA dalam inti sel di tubuh kita bisa mengalami kerusakan dari berbagai agen luar (eksternal
agent) maupun kerusakan secara langsung (spontaneous endogenous processes). Proses kerusakan
DNA oleh agen dapat menimbulkan meliputi : radikal bebas, single & double strand breaks, merusak
residu deoxyribose, menginduksi base alterations misalnya metilasi, perubahan basa karena proses
kimia tertentu. Kerusakan DNA dapat terjadi karena metabolisme seluler, eksposur dengan sinar UV,
radiasi ion, eksposur dengan bahan kimia, kesalahan replikasi.

Perbaikan kerusakan DNA dengan cara aktivasi cek point pada siklus sel, aktivasi program
transkripsi, DNA repair (direct reversal, base excision repair, nucleotide excision repair, mismatch
repair, double strand break repair, homolog recombination), apoptosis.

Kerusakan DNA diklasifikasikan dalam beberapa cara, yaitu :

• Modifikasi basa:

- Perubahan kimia

- Ikatan kovalen antara basa yang berdekatan

- Kehilangan basa

Intrastrand cross-linking, mencegah replikasi dan transkripsi DNA


Kerusakan DNA tipe tiga

- Kerusakan strand DNA, yang paling hebat yaitu kerusakan double-strand DNA (DSBs)
yang menyebabkan DNA-nya putus.

Pada deaminasi C. C mengalami deaminasi sehingga menjadi U. Maka pada saat


DNA replikasi G diganti A. Setelah replikasi terjadi mutasi (seharusnya G diganti U).
Pasangannya mengalami deaminasi sehingga pasangannya diganti atau dengan merubah U
menjadi C sementara G tetap.
Poin mutation merupakan perubahan 1 basa.

Depurinasi A. Kehilangan A: mutasinya dengan memotong (kehilangan 1 basa) atau


mengganti pasangan yang hilang.

Abnormalitas dari DNA repair bisa menyebabkan cancer dan penuaan.

Beberapa cara untuk repair / memperbaiki :


- Single step reactions, direct reversal (langsung diganti) dengan single enzyme seperti
photolyase atau O-6-methyl-DNA-alkyltransferase.

- Single and multi-step base excision repair mechanisms. (glikosilasis)


- Multi-step reaction

Perbaikan DNA / DNA repair dikelompokkan menjadi 3 cara:

- Damage reversal: langsung digantikan

- Damage removal: dihilangkan

- Damage tolerance: mentoleransi kesalahan

keterangan:

Damage reversal

- Cara mudah untuk memperbaiki DNA

- Enzim yang mereparasi tidak perlu memotong DNA tetapi hanya menggantikan saja (pada
proof reading).

- Photorectivation merupakan contoh damage reversal .

Kalau terjadi kesalahan, misal DNA polymerase melakukan kesalahan sehingga timbul
misincorporated nucleotide sehingga kalau tidak sesuai (misalnya harusnya G dipasang A)
maka akan timbul tonjolan, sehingga proof reading akan mundur karena memiliki
exonuclease activity, membetulkan kesalahan dan selanjutnya maju lagi.

Damage removal

Lebih kompleks karena melibatkan replacing (penggantian) dengan dipotong-potong. Ada


tiga tipe damage removal, yaitu:
• Base excision repair, hanya 1 basa yang rusak dan digantikan dengan yang lain.

• Mismatch repair, penggantian basa yang tidak sesuai yang dilakukan dengan enzim.

• Nucleotide excision repair, memotong pada salah satu segmen DNA yang mengalami
kerusakan.

Base Excision repair

Uracil (U) dipotong (Glycosylase) --> dikeluarkan (phosphodiesterase) --> diganti (DNA
polymerase) dengan C --> ditempelkan (ligase)

Base Excision repair


Nucleotide Excision repair

Kesalahannya pyrimidine dimer (kesalahan 2 basa tetangga), maka yang dilakukan


dengan memotong pada satu tempat tertentu dan dilepas oleh DNA helicase, selanjutnya
DNA polymerase dan DNA ligase bekerja untuk memperbaikinya.

Pada mismatch proofreading karena kesalahan pada kedua strand sehingga harus dipotong-
potong.

Nucleotide Excision repair


Damage tolerance dilakukan bila kesalahan tidak dapat diperbaiki sehingga kesalahan
terpaksa ditoleransi dan yang terpotong adalah kedua strand. Ada 2 cara:

- Homolongous recombination (HR), menggunakan sister kromatid untuk memperbaiki


kerusakan. Pada cara ini tidak akan terjadi delesi.

- Non homologous end joining (NHEJ), bila putusnya tidak sama makan akan diratakan dulu
dengan eksonukleuse, kemudian ada enzim tertentu yang bekerja dan akan menggabungkan.
Tetapi akan terjadi delesi.

Sumber : Molecular Biology of the cell Fifth Edition 2008

PROTEIN YANG BERPERAN DALAM PERBAIKAN DNA (DNA REPAIR)

1. Protein hHR23a

Rad23 keluarga protein, termasuk protein manusia homologs hHR23a dan hHR23b,
merangsang perbaikan eksisi nukleotida dan telah ditunjukkan untuk memberikan hubungan
antara sebuah novel yang ditengahi proteasome degradasi protein dan perbaikan DNA.
Proteasomal mengatur S5a subunit hHR23a struktur protein. Rad 23a berisi empat terstruktur
domain dihubungkan oleh linker fleksibel daerah. Domain tersebut berinteraksi dalam mode
intramolekul, dan dengan menggunakan data coupling dipolar residu dalam kombinasi
dengan Usikan pergeseran kimia analisis. hHR23a konformasi yang tertutup didefinisikan
oleh interaksi N-terminal ubiquitin-seperti domain dengan dua ubiquitin-terkait domain.
Pengikatan S5a subunit proteasomal mengganggu hHR23a interaksi interdomain dan dengan
demikian menyebabkannya untuk mengadopsi konformasi yang dibuka.

2. protein MLH 1

Fungsi protein MLH 1

Memperbaiki kesalahan saat replikasi, termasuk dalam mismatch repair (MMR). Protein ini
memiliki 3 domain, yaitu domain PSM, MutS a dan ATP ase.

Mekanisme kerja : MLH1 berikatan dengan PSM2 membentuk kompleks MutL a, MutL a
berikatan dengan MutS a (MSH2-MSH6), kompeks ini mengaktivasi protein lain untuk
memperbaiki kesalahan (membuang sekuen DNA yang keliru & mengganti dengan sekuens
yang benar / removal).
Gangguan patologis protein MLH1
Mutasi pada MLH1 menyebabkan rentan terhadap kanker, yaitu pada usus besar (Hereditary
non-polyposis colorectal cancer (HNPCC)) dan risiko kanker pada rahim, ovarium, payudara,
perut, usus halus dan laring.

3. Protein MSH2

Gen MutS H2 yang disandi oleh MSH2 terletak pada kromosom 2p22-p21, dimulai dari
47.483.767 bp sampai 47.593.877 bp, terdiri dari 16 exon dan 15 intron, 80.098 bp, 110,111
basa, 932 asam amino, berat molekul 104.743 Da.
MSH2 sebagai komponen dari sistem MMR pasca replikasi DNA.
Protein MSH2 memiliki peran ganda dalam DNA repair dan apoptosis.
2 bentuk heterodimer berbeda yaitu MutS α (MSH2-MSh6) dan MutS  (MSH2-MSH3).

Apabila ada kesalahan / kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan :

1. Kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun apabila
kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan untuk
beralih ke pilihan kedua.
2. Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya kesalahan yang fatal
maka akan dimatikan daripada hidup membawa pengaruh yang buruk bagi
lingkungan sekelilingnya. Kemudian sel dengan DNA yang normal akan meneruskan
perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (sintesis) G2 (Gap 2) dan M
(Mitosis).

Proses perbaikan DNA itu harus melibatkan berbagai macam komponen, yang sangat
berperan penting dalam mekanisme perbaikan DNA tersebut. Komponen-komponen yang
terlibat dalam mekanisme perbaikan DNA dapat dijelaskan secara rinci pada penjelasan
berikut ini.

Komponen yang Terlibat dalam Proses DNA Repair

Repair system Enzim/protein Repair sistem Enzim/protein


DNA glycosylase Dam metilase
Base excision AP Endonuklease mismatch MutS,MutL,MutH
DNA Polymerase I Exonuclease
DNA ligase DNA Helicase II
UVrA,UVrB,UVrC SSB Protein
Nucleotid exicion DNA polymerase I DNA plomerase III
DNA Ligase DNA Ligase

Mekanisme DNA repair

Pada dasarnya perbaikan DNA dapat dikelompokkan menjadi 3 yaitu :

1. Demage reversal : penggantian secara langsung, photoreactivation merupakan cara


perbaikan DNA dengan melibatkan pembuangan atau pembalikan DNA yang rusak
oleh sebuah enzim tunggal yang tergantung oleh cahaya. Pada bakteri E. Coli enzim
itu dikodekan oleh gen phr. Adanya kerusakan pada suatu segmen pirimidin (timin
dan sitosin) yang telah berpasangan (dimer) pada suatu struktur DNA, akan
mengaktifkan suatu proses perbaikan dimana suatu kompleks protein enzim
fotoreaktif akan memutuskan ikatan hydrogen tetapi tanpa memutuskan ikatan
fosfodiester antar nukleotida. Perubahan urutan akan diperbaiki dengan pergantian
sesame nukleotida dengan basa pirimidin, dan akan diikuti proses penangkupan
kembali celah yang semula tercipta.
2. Demage removal : proses ini lebih kompleks karena melibatkan replacing atau
penggantian dengan dipotong-potong. Pada excision repair diawali dengan proses
pengidentifikasian ketidaksesuaian sekuen / urutan DNA dalam suatu proses
pengawasan yang dilakukan oleh endonuklease perbaikan DNA. Kompleks enzim
tersebut akan menginisiasi proses pemisahan DNA heliks utas ganda menjadi suatu
segmen utas tunggal. Proses ini akan diakhiri dengan pertautan kembali antara dua
utas tunggal tersebut untuk kembali menjadi bagian dari heliks utas ganda, dengan
perantaraan enzim DNA ligase.
3. Demage tolerance : Mentoleransi kesalahan.Hal ini dilakukan bila kesalahan tidak
dapat diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi dan yang terotong adalah
kedua strand. Mekanisme ini adalah sebentuk replikasi rawan kesalahan (error-phone)
yang memprbaiki kerusakan-kerusakan pada DNA tanpa mengembalikan sekuens
basa awal. Tipe perbaikan ini bisa dipicu oleh kerusakan DNA dalam tingkat tinggi.
Pada bakteri E. Coli, system tersebut diatur oleh gen-gen recA dan umu yang
dihipotesiskan mengubah fidelitas (ketepatan) polymerase DNA setempat. Dalam rose
situ, polymerase melakukan replikasi melewati kerusakan DNA, sehingga
memungkinkan sel untuk bertahan hidup atau sintas. Jika sel tersebut berhasil sintas
melalui seluruh kerusakan DNA, besar kemungkinan sel itu mengandung satu atau
lebih mutasi.

Ada 3 tipe demage removal yaitu :(a) Base excision repair, hanya 1 basa yang rusak dan
digantikan dengan yang lain. Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deaminasi. Tempat
kerusakan basa tersebut dinamakan dengan”Abasic site” atau “AP site”. Pada E.coli enzim
DNA glycosilase dapat mengenal AP site dan membuang basanya. Kemudian AP
endonuklease membuang AP site dan Nukleotida sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan
bantuan DNA Polymerase I dan DNA Ligase. DNA polymerase I berperan didalam
mensintesis atau menambahkan pasangan basa yang sesuai dengan pasangannya.sedangkan
DNA Ligase berperan dalam menyambungkan pasangan basa yang telah disintesis oleh DNA
polymerase I. (b)Nucleotide excision repair, adalah memotong pada bagian /
salah satu segmen DNA, dari DNA yang mengalami kerusakan. Kerusakan nukleotida yang
disebabkan oleh sinar UV, sehingga terjadi kesalahan pirimidin dimer (kesalahan dua basa
tetangga). Pada E. Coli terdapat protein yang terlibat dalam proses pembuangan atau
pemotongan DNA yang mengalami kerusakan, protein tersebut adalah UVrA, UVrB, UVrC,
setelah protein tersebut mengenali kesalahan, maka nukleotida yang rusak tersebut
dihilangkan (dipotong) sehingga terjadi kekosongan pada segmen untaian nukleotida tersebut.
Selanjutnya untuk mengisi kekosongan tersebut maka RNA polymerase I mensintesis
nukleotida yang baru untuk dipasangkan pada segmen DNA yang mengalami kekosongan
tadi, tentu saja dengan bekerja sama dengan DNA ligase dalam proses penyambungan
segmen DNA tersebut. (c) Mismatch repair. Pada tahap ini yaitu memperbaiki kesalahan-
kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin. Selama replikasi DNA, DNA polymerase
sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang. Polimerase ini mengoreksi setiap
nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada untaian. Dalam rangka
mencari nukleotida yang pasangannya tidak benar, polymerase memindahkan nukleotida
tersebut kemudian melanjutkan kembali sintesis, (tindakan ini mirip dengan mengoreksi
kesalahan pada pengolah kata dengan menggunakan tombol “delete” dan kemudian
menuliskan kata yang benar). Protein-protein lain selain DNA polymerase juga melakukan
perbaikan salah pasang. Para peneliti mempertegas pentingnya protein-protein tersebut ketika
mereka menemukan bahwa suatu cacat herediter pada salah satu dari protein-protein ini
terkait dengan salah satu bentuk dari kanker usus besar. Rupanya cacat ini mengakibatkan
kesalahan penyebab kanker yang berakumulasi di dalam DNA. Pada intinya mekanisme
perbaikan mismatch ini mendeteksi terlebih dahulu pasangan basa yang tidak “cocok
(matched)” atau tidak berpasangan dengan benar. Kesalahan berpasangan basa atau mismatch
dapat terjadi saat replikasi ataupun rekombinasi DNA, dimana untuk memperbaiki basa yang
tidak berpasangan, terlebih dahulu harus diketahui pasangan basa mana yang mengalami
kesalahan basa pada untai DNA. Caranya segmen DNA yang membawa basa yang salah
dibuang, sehingga terdapat celah (gap) di dalam untai DNA. Selanjutnya dengan bantuan
enzim polymerase celah ini akan diisi oleh segmen baru yang membawa basa yang telah
diperbaiki, yang kemudian dilekatkan dengan bantuan enzim ligase.

Anda mungkin juga menyukai