Transkripsi

Pada transkripsi di eukariotik, gen kromosom yang terdiri dari DNA tetap berada di
dalam inti sel, sedangkan protein disintesis dalam sitoplasma. Oleh karena itu, satu untai
DNA yang disebut untai indera digunakan sebagai templat untuk sintesis untaian
komplementer RNA, disebut mRNA atau pre-messenger RNA (jika memerlukan pemrosesan
sebelum penerjemahan). Untaian transkrip (sense) dari kedua gen yang berbeda tidak selalu
berada pada strand yang sama. Namun, untuk gen yang hanya satu untai biasanya
ditranskripsi. mRNA kemudian membawa informasi genetik dari tempat sintesisnya di dalam
nukleus ke tempat sintesis protein, ribosom di sitoplasma. Sintesis mRNA (atau pre. MRNA)
dalam nukleus dan selanjutnya ke sitoplasma dapat didokumentasi dengan 'percobaan
pelabelan nadi’.

Eksperimen pengejaran nadi dilakukan dengan salah satu antara (1) mengendapkan
sel dan media radioaktif atau (2) menambahkan banyak sekali prekursor nonradioaktif
sehingga encerkan prekursor radioaktif ke konsentrasi yang dapat diabaikan. Bukti kuat untuk
perantara RNA dalam sintesis protein juga dihasilkan dari penelitian pada sel-sel E. coli yang
terinfeksi fag T2. Protein fag terbukti disintesis pada ribosom yang ada dalam sel sebelum
infeksi. Spesifisitas menentukan urutan asam amino polipeptida bukan bagian integral dari
struktur ribosom. E. Volkín dan L Astrachan menunjukkan bahwa ada ledakan besar dari
sintesis RNA tak lama setelah infeksi fag T2 dan ini berlangsung pendek (setengah
kehidupan hanya beberapa menit) molekul RNA memiliki komposisi nukleotida seperti DNA
fag T2 dan tidak seperti DNA inang. Sesaat setelahnya, molekul RNA yang tidak stabil itu
saling melengkapi dengan segmen untaian DNA dalam kromosom fag. Banyak molekul
mRNA fag yang berbeda kini telah diisolasi dan ditunjukkan untuk mengarahkan sintesis
protein fag spesifik dengan sintesis protein in vitro.

RNA polimerase yang bergantung pada DNA yang mengkatalisis transkripsi biasanya
merupakan protein multimerik yang kompleks. RNA polimerase E. coli, memiliki berat
molekul sekitar 490.000 dan terdiri dari enam polipeptida. Dua di antaranya identik, dengan
demikian enzim tersebut mengandung lima polipeptida yang berbeda. Salah satu subunit ini,
faktor sigma, hanya terlibat dalam inisiasi transkripsi dan tidak memiliki fungsi sebagai
katalis. Molekul RNA polimerase lengkap yang disebut "holoenzyme," mengandung 2 alpha-
polipeptida. Setelah inisiasi sintesis rantai RNA, faktor-σ dilepaskan dan rantai elongasi
dikatalisis oleh apa yang disebut enzim inti. Fungsi sigma adalah untuk mengenali dan
mengikat RNA polimerase ke tempat inisiasi yang benar, pada inti polimerase DNA. Inti
RNA polymerase (sigma absen) akan mengkatalisasi sintesis RNA dari templat DNA secara
in vitro, tetapi, dengan demikian lakukan, itu dimulai di situs acak pada kedua untai DNA.
Holoenzyme (hadir sigma), di sisi lain, memulai in vitro hanya di situs yang digunakan in
vivo.
 SOFTFILE

INISIASI RANTAI RNA

RNA polimerase eukariotik tidak dapat dimulai transkripsi sendiri. Kelima polimerase
RNA eukariotik membutuhkan assis-faktor transkripsi protein untuk memulai sintesis rantai
RNA. Faktor-faktor transkripsi ini harus mengikat ke daerah promotor dalam DNA dan
membentuk suatu kompleks inisiasi yang tepat sebelum RNA polimerase akan mengikat dan
memulai transkripsi. Berbagai faktor promotor dan transkripsi digunakan oleh RNA
polymerases.

Dalam semua kasus, inisiasi transkripsi melibatkan pembentukan lokal membuka

segmen DNA, menyediakan untai DNA yang bebas berfungsi sebagai template untuk sintesis
untaian RNA komplementer. Pembentukan segmen DNA untuk memulai transkripsi
melibatkan interaksi beberapa faktor transkripsi dengan urutan spesifik dalam promotor untuk
unit transkripsi. Promotor lain yang diakui oleh RNA polymerase II mengandung beberapa,
tetapi tidak semua komponen ini. Unsur terpelihara yang paling dekat dengan tempat awal
transkripsi disebut kotak TATA; ia memiliki consensus urutan TATAAAA (5’ ke 3’ pada
untai nontemplate) dan berpusat di tentang posisi -30. Kotak TATA memainkan peran
penting dalam menentukan posisi tran titik awal skrip. Elemen kedua yang dilestarikan
disebut kotak CAAT, biasanya terjadi di dekat posisi -80 dan memiliki urutan konsensus
GGCCAATCT.

TFIID adalah faktor transkripsi basal pertama yang berinteraksi dengan promotor,
mengandung TATA-binding protein (TBP), dan beberapa TBP kecil protein terkait. Lalu,
TFIIA bergabung dengan kompleks, diikuti oleh TFIIB. TFIIF pertama kali berasosiasi
dengan RNA polimerase II, dan kemudian TFIIF dan RNA polimerase II bergabung bersama
kompleks inisiasi transkripsi bersama. TFIIF berisi dua subunit, yang salah satunya memiliki
aktivitas pengurai DNA itu. Dengan demikian, TFIIF mungkin mengkatalisasi pelepasan
DNA yang terlokalisasi diperlukan double helix untuk memulai transkripsi. TFIIE kemudian
bergabung dengan inisiasi kompleks, berikatan dengan DNA di bagian hilir dari transkripsi
titik awal. Dua faktor lain, TFIIH dan TFIIJ, bergabung dengan kompleks setelah TFIIE,
tetapi lokasi mereka di kompleks tidak diketahui. TFIIH memiliki helicase aktivitas dan
perjalanan dengan RNA polimerase II selama pemanjangan, terlepas untaian di wilayah
transkripsi ("gelembung transkripsi").
 Promotor gen yang ditranskripsi oleh polimerase I dan III sangat berbeda dari yang
digunakan oleh polimerase II, bahkan meskipun terkadang mengandung beberapa elemen
regulasi yang sama. Promotor RNA polimerase I adalah bipartit, dengan perpanjangan urutan
inti dari sekitar -45 hingga +20, dan elemen kontrol hulu memanjang dari -180 hingga sekitar
-105. Kedua daerah memiliki urutan yang sama, dan keduanya kaya akan GC. Menariknya,
promotor sebagian besar gen ditranskripsi oleh RNA polimerase III terletak di dalam unit
transkripsi, hilir dari titik awal transkripsi, bukan dari hulu seperti pada unit tran ditulis oleh
RNA polimerase I dan II.

Elongasi Rantai RNA dan Penambahan dari 5-Methyl Guanosine Caps

RNA polimerase pada eukariotik mengkatalisasi pemanjangan rantai RNA dengan

cara yang sama mekanisme sebagai RNA polimerase prokariota. Studi tentang struktur kristal
berbagai RNA polimerase miliki memberikan gambaran yang baik tentang fitur utama dari
enzim penting ini. Meskipun RNA polimerase bakteri, archaea, dan eukariota memiliki
substruktur yang berbeda fitur utama dan mekanisme aksi sangat mirip.

Di awal proses perpanjangan, 5’ ujung pre-mRNA eukariotik dimodifikasi dengan

penambahan topi 7-metil guanosin (7-MG). Tutup 7-MG dikenali oleh faktor protein terlibat
dalam inisiasi terjemahan dan juga membantu melindungi rantai RNA yang tumbuh dari
degradasi oleh nukleasi. Gen eukariotik hadir dalam kromatin terorganisir ke dalam
nukleosom. RNA polimerase II mampu bergerak melewati nukleosom dengan bantuan
protein kompleks yang disebut FACT, yang menghilangkan dimer histone H2A/H2B dari
nukleosom meninggalkan histone "Hexasomes". Setelah polimerase II bergerak melewati
nukleosom, FACT dan protein aksesori lainnya membantu mengatur kembali dimer histone,
memulihkan struktur nukleosom. Juga, kita harus perhatikan bahwa kromatin yang
mengandung gen yang secara aktif ditranskripsi memiliki struktur yang kurang kompak
daripada chromatin yang mengandung gen tidak aktif.