BAHAN AJAR I : MATA KULIAH

BAKTERIOLOGI
Oleh: Prof. Dr. Dirayah Rauf Husain, DEA.

Mata Kuliah : Bakteriologi

Kode Mata Kuliah / SKS : 357 H 113
Semester : Awal
Program Studi : Biologi
Mata Kuliah Prasyarat : Mikrobiologi Umum
Dosen Penanggung Jawab : Prof. Dr. Dirayah R. Husain, DEA.
Tim Dosen : 1. Dr. Nur Haedar, Msi.
2. Dr. Zaraswati Dwiyana, Msi.
3. Dr. Fachrudin, Msi.
Mahasiswa mampu memahami, mengembangkan dan
menerapkan pengetahuan dan keterampilan dalam mengkaji
Sasaran Belajar :
Bakteri terkait peranan dan pemanfaatannya dalam berbagai
aspek kehidupan
Mata kuliah ini membahas tentang batasan dan prinsip dasar
dalam pengelompokan bakteri, Archaebacteria, Struktur sel
Bakteria, Pertumbuhan dan Reproduksi Bakteria, Diferensiasi
Deskripsi Mata
: Kuliah dan Mekanisme Pertahanan Bakteri, Metabolisme Bakteria,
DNA dan Ekspessi gen pada Bakteria, Identifikasi dan
Karakterisasi bakteria, Peran dan keterlibatan bakteri dalam
berbagai bidang industri dan lingkungan.

1. PENDAHULUAN
a) GarisBesar Materi Pokok Bahasan I:

Pokok bahasan pertama ini terkait pada pengelompokan utama bakteri berdasarkan habitat
dan perilakukannya pada berbagai lingkungan fisik dan kimiawinya serta keterkaitannya
dengan organisme lain sebagai habitatnya.

b) Sasaran Pembelajaran:

Mahasiswa mampu mendiskripsikan batasan dan prinsip dasar dalam pengelompokan bakteri
dan menerapkannya dalam pengelompokan bakteri.

1
 c) Perilaku Awal:

Mahasiswa mampu membedakan kelompok bakteri berdasarkan lingkungan hidup dan

peranannya pada lingkungan terkait.

d) Manfaat Pokok Bahasan:

Setelah mahasiswa mengikuti dan memahami materi bahasan ini maka mampu membedakan
dan menguraikan dasar-dasar pengelompokan bakteri dan peranannya yang terkait.

e) Urutan Pembahasan:
Pendahuluan secara berurutan meliputi:

- Definisi dan batasan Bakteri

- Kepentingan mempelajari Bakteri
- Klasifikasi dan Nomenklatur Bakteri
- Distribusi dan Habitat Bakteri

f) Petunjuk Belajar:

Pada materi bahasan pertama ini sebagai pemahaman awal yang diharapkan pada mata
kuliah ini adalah mahasiswa mendiskripsikan tentang Batasan dan kepentingan mempelajari
Bakteri. Selanjutnya melakukan klasifikasi dan pengelompokan berdasarkan karakter yang
telah diuraikan untuk menemukenali peranan bakteri terkait.

2. PENYAJIAN MATERI BAHASAN

a. Uraian Materi bahasan
I. Pendahuluan

1.1. Batasan bakteri

Pertanyaan sering muncul adalah terkait mikroorganisme renik adalah Apa itu dan
dimana saja Bakteri dapat ditemukan ?
Bakteri merupakan organism kecil, yang dapat ditemukan hamper di semua tempat.
Keberadaannya dapat ditemukan pada tempat tertentu seperti pada luka yang infeksi,
makanan yang rusak (daging atau susu), namun oragnisme tersebut sering terabaikan karena
ukurannya yang sangat kecil, berupa organism uniselluler yang autonome. Berdasarkan tipe
selnya, bakteri termasuk organism Prokariot karena bahan herediternya/kromosom tersebar

2
dalamsitoplasmaselolehketiadaanmembrannukleus.PerbedaanutamaantaraselProkariotdanEuk
ariottercantumdalamTabel 1.

Tabel 1.1.PerbedaanutamaantaraselProkariotdanEukariot

SelEukariot SelProkariot

- Kromosomnyaterkemasdidalamsuatu - Tidakmemilikimembran nucleus,

kantong yang
dikelilingimembranganda yang
disebutmembran nucleus
- Kromosomnyaberupasuatustruktur
yang kompleks.DNAnyadiasosiasi-
kansebagai protein yang disebuthiston
- Sel-selmembelasecara mitosis
danmeosis
- Dindingselbilaadastrukturnyadapatber
upasellulosaataukitin,
tidakpernahditemukanpeptidoglikan
- Memilikimitokhondria,
kloroplaspadasel-sel yang
berfotosintesa
- Ribosomnyaada 2 tipe:
besarterdapatdalampitoplasma,
sedang yang kecildalammitokondria
- Bilamemilikiplagellestrukturnyakomp
leks
sehinggakromosomberkontaklangsungdengansi
toplasmadandisebutnukleoid
- Strukturkromosomrelatifsederhana, terdapat
DNA ekstrakromosomanpadabakteridisebut
plasmid
- Pembelahanseltidakmelibatkan mitosis
maupunmeosis
- Dindingselbilaadaterdiridaripeptidoglikan,
tidakpernahmemilikisellulosaataukitin
- Tidakpernahmemilikimitokhondriaataukloropla
s
- Ribosomnyamemilikiukuran yang sama
- Bilamemilikiplagellastrukturnyasederhana

1.2. Kenapamempelajaribakteri ?

Salah satualasanutama dan umum mengapakita mempelajari bakteri

adalahuntukmelawanataumemberantaspenyakit.karenadiketahui dialah penyebabnya.
Bakteribanyakmenyebabkanpenyakitmeskipunbanyakjuga diantaranyayang
bermanfaatdalamindustriobat-
obatanataumenguntungkanmanusia.Pencegahandanpengobatanberbagaipenyakitumumnyadid
asarkandarihasilusahaparabakteriologsebagaidokter, dokterhewandanpetani.Bakteriantara lain
bermanfaatuntukproduksiantibiotika, enzim yang

3
memilikikapasitasbiodegradasiataukahbersifatinsektisida, danperanannyayang lain
dalamproduksipertanian.

Gambar 1.1.Percabanganevolusiorganisme

Bakteridapatdigolongkandalam,
duakelompokProkariotyaituArchaebacteriadanEubacteria.Perbedaannyadidasarkanpadaevo
lusi, karakterbiokimiadankemampuanadaptasipadakondisitertentu (Tabel 1.1.)
Misalnyasemuabakteri yang menghasilkanmetanadenganmereduksi gas carbon
adalahtergolongArchaebacteria.Sebaliknyasemuajenisbakteri yang
dapatmelakukanfotosintesaolehadanyapigmenserupaklorofil (chlorophyllian) atau yang
memilikistrukturkimia yang dekatdenganchlorofiltanamanhijaudaunadalahtergolong Eubacteria.Dari
kesamaanterhadapbahanherediternyadapat diamatipada Table 1.2.

1.3. KlasifikasidanNomenklaturBakteri
Bagaimanadapatmembedakantipebakteri yang satudanlainnyadanbagaimana pula
mengkalasifikasinya?
Bakteridapatdibedakanmisalnyaberdasarkanpada:
• Bentuk
• Ukuran
• Struktur

4
 • Aktifitaskimiawi
• Kebutuhanakanelemennutritif
• Bentukenergi yang digunakan
• Kondisifisikuntukpertumbuhan
• Reaksinyaterhadappewarnatertentu (Gram, …..)

Karakteristik Eubacteria Archaea Eukaryotes

Nucleus No No Yes: membrane-bound

Nucleosomes/histones No Yes Yes

Operons/polycistronic
Yes Yes No
mRNAs

Introns No No Yes

TATA Box binding protein No Yes Yes

Yes: mitochondria,
Organelles No No lysosomes, endoplasmic
reticulum etc.

Chromosomes One Circular One Circular More than one

More than one

RNA polymerase One (simple) More than one (complex)
(complex)

N-formyl
Protein initiator amino acid Methionine Methionine
methionine

Protein synthesis sensitivity

Insensitive Sensitive Sensitive
to diphtheria toxin

Peptidoglycan Yes No No

• initiation factors
• ribosomal proteins
Protein synthesis • elongation factors
of Archaea are more similar to those of eukaryotes than
Eubacteria

5
 Tabel 1.2. Kesamaan antara Archaebacteria, Eubacteria dan Eukaryote

Berbagaikaraktertersebutdapat saja
denganmudahdianalisisataudiverifikasimeskipundalamsuatulaboratoriumsederhana.
Semuanyaitusecaraumumdigunakanuntukmengklasifikasi (danmengidentifikasi)
bakteri.Seperti halnya regnum biologis lainnya, bakteri juga memiliki Katagori hirarki –
famili, Genera, Spesies. Bahwa spesies yang cenderung sama atau serupa ditempatkan dalam
suatu genus, dan genus memperlihatkan kesamaan tertentu, dikelompokkan dalam suatu
famili yang sama. Sedangsatuspesiesdapatsajadijadikansubdivisidalam 2 strain ataulebih.
Bahwahalitumenyangkutakanorganisme yang
samanamunmemiliki/memperlihatkansedikitperbedaananatarakeduanya.
Padaumumnyaanggotadarisuatufamiliabakteriakanmemilikistruktur yang similar,
menggunakanbentukenergi yang sama, terpengaruhiataumemilikipengaruh yang
samapadapewarnatertentu. Dalamsuatufamili, spesiesakandikelompokkandalam genera
didasarkanpada:
• Aktifitaskimiawi
• Kebutuhannutritif
• Kondisipertumbuhan
• Bentuk dan ukuran sel dan koloni
Sepertihalnyahewandantumbuhan, setiapspesiesbakterimemilikinamalatin yang
terdiridaridua kata (Binomial). Binomeiniterdiridarinama genus dannamaspesies
(ephitetspesies).
Misalnya: Escherichia coli sistimpenulisannyadicetakdalamhuruf miring
ataudigarisbawahi, nama genus
dimulaidenganhurufbesardannamaspesiesdimulaidenganhurufkecil.
- Nama genus dapatsajadisingkatbilamanatelahdigunakanberkali-kali dalamteks yang
sama, misalnyaEscherichia coliditulidalambentukE. coli
- Namafamilidanordobakteritidakditulisdengangaris miring
tetapiditulisdenganhurufbesarsajapadaawalnya.
- Namafamiliberakhiran–aceae :Enterobacteriacea
- Namaordoberakhiran–ales :Actinomycetales
- Nomenkalaturbakteriditentukanolehbeberapaaturan yang
dikumpulkanolehInternational CommeteeOn Systematic Bacteriology.

6
Keuntungandarisuatu system standar international adalahbersifatpastidanrelatifumumdapat
digunakan.Terdapat beberapapenulisdalam literature
mengabaikanaturanolehkarenaketidaksetujuannyapadaaturanatauperubahan yang dilakukan.

Karakteristik Gram-positive Gram-negative

Thickness of wall thick (20-80 nm) thin (10 nm)

Number of layers 1 2

Peptidoglycan (murein) content >50% 10-20%

Teichoic acids in wall present absent

Lipid and lipoprotein content 0-3% 58%

Protein content 0 9%

Lipopolysaccharide content 0 13%

Sensitivity to Penicillin G yes no (1)

Sensitivity to lysozyme yes no (2)

Table 1.3.KorelasiPengecatan Gram dengankarakterteristikbakteri

(1) A few Gram-negative bacteria are sensitive to natural penicillins. Many Gram-
negative bacteria are sensitive to some type of penicillin, especially semisynthetic
penicillins. Gram-negative bacteria, including E. coli, can be made sensitive to natural
penicillin by procedures that disrupt the permeability characteristics of the
outermembrane.
(2) Gram-negative bacteria are sensitive to lysozyme if pretreated by some procedure that
removes the outer membrane and exposes the peptidoglycan directly to the enzyme.

1.4. Distribusidanbentukkehidupanbakteri

Lingkunganataumiliuadalahsuatupenyusundariekosistim.Lingkunganataumiliu/media
adalahsejumlahkondisiluar yang
mempengaruhisuatumikroorganismeatausekelompokmikroorganisme.Miliunatural
(lingkunganalami) apakahitutanah, danau, sungai,
lautandaerahkedalamandibawahtanahataubiotoplainnya,
7
memilikisejumlahkarakteristikumum.Organisme yang hidup di
tempatsepertiitumemilikiduaperananutama:
- Sintesabahan organic barudenganmenggunakan CO2 dansenyawa organic
selamaterjadinya proses dariproduksi primer
- Dekomposisidarisenyawa organic yang terakumulasitersebut.
BakteridanMyceteschimioheterotropmerupakan decomposer utama material
organic.Sejakditemukannyadaerah hydrothermal (1977) yang dapatmenghasilkan sulfur
hydrogen (H2S) padalautdalammakaanggapanbahwaCyanobakteriadan algae yang
berperansebagaiprodusen primer menjadidiragukan. Setelahditemukanppopulasibesar Sri
Tubicola /Tubiphoradankerangraksasapadadaerah hydrothermal.Pada tempat tersebut
ditemukan bakteri chimiolitho autotrof asal karbon organic yang dibutuhkan oleh organisme
besar tadi.
Bakteri yang ditemukan pada daerah tersebut termasuk dalam genus:
- Thiobaccillus
- Thiomicrospira
- Thiothrix
- Beggiatoa
Mikroorganismetersebutberperananpentingdalamfiksasidari carbon yang
dapatdigunakanolehorganismekonsumen.
Suaturantaimakananlain yang pula ditemukan,
dimanamelibatkanpadatahappertamamikroorganismepemfiksasimetana yang mensuplaibahan
organic untukorganismekonsumen. Bakteri yang mampumenggunakanmetana
(Methylotrophe) adalahmerupakansimbionintrasellulerdarijenisbivalvia di
daerahhidrotermal.Bakteritersebutbergeromboldibagian bronchi
padaselepiteldarijenisbivalviatersebut.Kondisitersebutditemukanpadadaerahteluk Mexico
dekatpantaiOrigon AS.
Padatahun 1990, hal yang samaditemukanjugapadasumber air panashidrotermaldari
air tawar di dasarteluk Baikal yang merupakanteluk paling tuaberumur 25
jutatahundanmerupakanteluk paling dalamdan paling besarvolumenya, terletak di
sebelahtimurRusia. Padatempattersebutditemukanadanyalapisanbakteri yang
berwarnaputihtepatpadabagiantengahataupusatdarisumber air panastersebut yang
terperaturnyasangattinggi.Lapisanbakteriiniberakhirpadabagiantepidaridaerahsumber air
panas, dimanasuhunyajauhlebihrendahditemukanadanyahewan lain seperti; Spons,

8
Gastropoda dan organisme lain. Mikroorganisme terutama kimioheterotrop yang
menggunakan sejumlah besar karbon organic yang dibuat oleh produsen primer.
Proses dekomposisi dari bahan-bahan organic dengan membebaskan senyawa
anorganik lebih sederhana disebut mineralisasi.

b. Pembahasan:
Setelah pemaparan materi bahasan tersebut di atas mahasiswa diberi kesempatan
bertanya atau membentuk kelompok diskusi atau kegiatan brain storming dengan tetap berada
dalam kendali atau pengawasan fasilitator untuk tetap berfungsinya expert judments sebagai
nara sumber dari sudut pandang kecakapan (keluasan dan kedalaman) dan filosofi keilmuan
terkait.

c. Penelitian:
Fasilitator menguraikan berbagai contoh penelitian yang telah dan sedang serta
prospective dari berbagai bakteri yang telah diisolasi dan yang sedang dalam rencana
kegiatan penelitian dari berbagai dosen dalam lingkup laboratorium sendiri maupun peneliti
terkait secara nasional maupun internasional. Demikian pula mahasiswa dapat megutarakan
hal-hal terkait yang diperoleh dan diketahuinya dari sumber/media ilmu pengetahuan yang
dapat diaksesnya.

d. Penerapan:
Fasilitator menguraikan tentang Penghiliran/penerapan dari berbagai jenis bakteri
yang telah berhasil diisolasi oleh sumber daya manusia Prodi Biologi maupun yang lainnya
baik dalam bentuk kegiatan mandiri maupun kerjasama antar dan interdisiplin ilmu.
Pemberian contoh jenis bakteri dan produk yang dihasikannya dapat diuraikan secara umum.
Demikianpula mahasiswa dapat megutarakan hal terkait yang diketahuinya.

e. Latihan:
Mahasiswa di dalam kelas melakukan kegiatanberupa menuliskan beberapa kelompok
dan jenis bakteri yang berperan dan terlibat dalam berbagai aspek kehidupan manusia, hewan
dan tumbuhan serta bakteri yang hidup bebas di alam.

9
 f. Tugas Mandiri:
Dapat diberikan dalam bentukmahasiswa menambahkan dengan mencari tambahan
materi terkait materi bahasan ini tentangkelompok dan jenis bakteri yang berperan dan
terlibat dalam berbagai aspek kehidupan manusia, hewan dan tumbuhan. Begitupula
distribusinya di alam yang dilengkapi dengan gambar jenis bakteri dalam bentuk berwarna.

3. PENUTUP
a. Rangkuman
Fasilitator merangkum materi kuliah ini dengan memberikan ringkasan deskriptif
tentang esensi dari materi bahasan dan keterhubungannya dengan materi bahasan sebelumnya
dan berikutnya.

b. Tes Formatif:

Fasilitator memberikan tes formatif untuk mengetahui tingkat penguasaan

pengetahuan yang diperoleh mahasiswa pada materi bahasan ini dengan memberikan
pertanyaan antara lain sebagai berikut:

a. Perbedaan antara bakteri dengan organisme lain berdasarkan struktur selnya.

b. Perbedaan cara hidup dari bakteri dengan organisme lainnya.

c. Umpan Balik:

Mahasiswa dapat mengajukan hal tentang kondisi yang dialami dan

diharapkannya untuk memahami materi bahasan terkait.

4. DAFTAR PUSTAKA

1. Introduction To Bacteria, 1992. Second edition. Paul Singleton. Jhon Willey and Sons, Inc.
New York.

2. Biology of Microorganisms, 2012. Thirteenth edition, Edited by T.D. Brock. Pearson

3. Microbiology: Principle and Explorations, 1999. Edited by. Black, Jacquelin, G. Prentice –
Hall, Inc. Yew Jersey.

4. Microbiology, 2005. Sixth edition.By.Prescott, L.M., Jhon P. Harley; Donald A.

Klein.Mc. Graw Hill.

10
5. Bebagai Publikasi terkait yang dihasilkan oleh dosen yang bersangkutan maupun dari
lintas laboratorium atau Prodi.

11