Gma 5

Saray Martínez González
Trabajo de fin del master: Tutor: Juan Carlos Álvarez Merino

“Genética y Evolución” Cotutor: María Saiz Guinaldo
Granada
2015
ÍNDICE
1. ABSTRACT ............................................................................................................ 7
2. OBJETIVOS ......................................................................................................... 98
3. INTRODUCCIÓN ................................................................................................ 10
3.1 LA MITOCONDRIA: generalidades ..................................................... 10
3.2 GENOMA MITOCONDRIAL HUMANO ............................................. 10
3.2.1 Organización y estructuraEstructura y organización del ADN
mitocondrial ............................................................................. 10 Formatted: Font: Times New Roman
3.2.2 Secuencia de referencia de ADN mitocondrial humano .. 14
3.3 CARACTERISTICAS DEL ADNmt HUMANO Formatted: Font: Times New Roman
3.32.13 Herencia del ADN mitocondrial humano..................... 15 Formatted: Normal, Indent: Left: 0"
3.32.24 Alto número de copias.................................................. 16
3.32.35 Tasa de mutación del ADN mitocondrial ..................... 16
3.32.46 Heteroplasmia............................................................... 17 Formatted: Font: Times New Roman, Font color:
Custom Color(RGB(13,13,13))
3.43 ADNmt Y GENÉTICA DE POBLACIONES ............................................. 19
3.43.1 Polimorfismos del ADN mitocondrial .......................... 19
3.43.2 Haplogrupos ................................................................... 20
3.5 APLICACIONES DEL ADNmt Formatted: Font: Times New Roman, Italic, Font
color: Custom Color(RGB(13,13,13))
3.64 BASES DE DATOS DE ADNmt .................................................................... Formatted: Font: Times New Roman, Font color:
Custom Color(RGB(13,13,13))
3.64.1 Clasificación de las bases de datos.....................................
3.64.2 Bases de datos .................................................................... Formatted: Indent: Left: 0.49", First line: 0.49"
3.75 REINO DE GRANADA ................................................................................. Formatted: Font: Times New Roman, Italic, Font
3.75.1 Introducción .......................................................................
3.75.2 Territorio del Reino Nazarí de Granada ............................. Formatted: Font: Times New Roman, Italic, Font
3.75.3 Una época de prosperidad ..................................................
Formatted: Normal, Indent: Left: 0.49", First line:
3.75.4 La edad dorada nazarí (S.XIV) .......................................... 0.49", Line spacing: single, Tab stops: Not at 6.3"
3.75.5 Decadencia y caída del Reino ............................................
4. MATERIALES Y MÉTODOS .............................................................................. 28
4.1 PROTOCOLO GENERAL .................................................................... 29
4.2 ANÁLISIS GENÉTICO MOLECULAR................................................. 29
4.2.1 MuestrasProtocolo general de trabajo .......................... 29
4.2.2 Proceso de eExtracción del ADN ................................. 30
4.2.3 Proceso de cCuantificación del ADN ...............................
4.2.4 Proceso de amplificación del ADNPurificación del producto
de PCR ..............................................................................
4.2.5 Purificacion del producto de PCRSecuenciación del ADN
mitocondrial ......................................................................
4.2.6 Purificación del producto de Ssecuenciación ...................
4.2.7 Purificacion del producto de secuenciaciónElectroforesis
capilar ...............................................................................
4.2.8 Electroforesis capilar
Formatted: Font: (Default) Calibri, 16 pt, Bold, Font
Formatted: Normal, Line spacing: single, No bullets

or numbering, Tab stops: Not at 6.3"
Formatted: List Paragraph, Numbered + Level: 1 +

Numbering Style: 1, 2, 3, … + Start at: 1 + Alignment:
4.
Left + Aligned at: 0.25" + Indent at: 0.5"
................................................................................................................ 5 .
ABSTRACT .................................................................................................................. 7 Formatted: Font: Times New Roman, Bold, Font
5. OBJETIVOS 8
6. INTRODUCCIÓN 10 Formatted: Indent: Left: 0.5", Line spacing: single,
No bullets or numbering, Tab stops: Not at 6.3"
3.1 LA MITOCONDRIA: generalidades 10
3.2 GENOMA MITOCONDRIAL HUMANO 10 Formatted: Indent: Left: 0.5", Line spacing: single,
3.2.1 Estructura y organización del ADN mitocondrial 10 Tab stops: Not at 6.3"
3.2.2 Secuencia de referencia de ADN mitocondrial humano

3.2.3Herencia del ADN mitocondrial humano
3.2.4 Alto número de copias
3.2.5 Tasa de mutación del ADN mitocondrial
3.2.6 Heteroplasmia Formatted: Font color: Custom Color(RGB(13,13,13))
3.3 ADNmt Y GENÉTICA DE POBLACIONES
3.3.1 Polimorfismos del ADN mitocondrial
3.3.2 Haplogrupos Formatted: List Paragraph, Indent: Left: 0", Line
3.4 BASES DE DATOS DE ADNmt spacing: single, Tab stops: Not at 6.3"
3.4.1 Clasificación de las bases de datos Formatted: Font color: Custom Color(RGB(13,13,13))
3.4.2 Bases de datos Formatted: Indent: Left: 0.5", Line spacing: single,
3.5 REINO DE GRANADA Tab stops: Not at 6.3"
3.5.1 Introducción
3.5.2 Territorio del Reino Nazarí de Granada Formatted: List Paragraph, Indent: First line: 0", Line
3.5.3 Una época de prosperidad spacing: single, Tab stops: Not at 6.3"
3.5.4 La edad dorada nazarí (S.XIV) Formatted: Indent: Left: 0.5", Line spacing: single,
3.5.5 Decadencia y caída del Reino No bullets or numbering, Tab stops: Not at 6.3"
4. MATERIALES Y MÉTODOS Formatted: Normal, Indent: Left: 0.49", No bullets or
4.3 PROTOCOLO GENERAL numbering
4.4 ANÁLISIS GENÉTICO MOLECULAR
Formatted: Font: Times New Roman, Bold, Font
4.4.1 Protocolo general de trabajo color: Custom Color(RGB(49,132,155))
4.4.2 Extracción del ADN
Formatted: Numbered + Level: 1 + Numbering Style:
4.4.3 Cuantificación del ADN 1, 2, 3, … + Start at: 7 + Alignment: Left + Aligned at:
4.4.4 Purificación del producto de PCR 0.49" + Indent at: 0.74"
4.4.5 Secuenciación del ADN mitocondrial
4.4.6 Purificación del producto de secuenciación
9. ANÁLISIS ESTADÍSTICO DEL ADN MITOCONDRIAL
RESULTADOS
10. ...................................................................................................................... 6.
ABREVIATURAS
ADN Ácido desoxirribonucléico

ADNmt ADN mitocondrial
ARN Ácido ribonucleico
ATP Adenosíntrifosfato
BSA BovineSerumAlbumin (Albúmina Sérica Bovina)
CE Capilar Electrophoresis (electroforesis capilar)
CODIS Combined DNA IndexSystem (Sistema Combinado de Índice de ADN)
CRs Secuencia de Referencia de Cambridge
dNTPs desoxiribonucleósido 5’-trifosfato
DTR DyeTerminatorRemoval
DTT Ditiotreitol 
EDTA Ácido EtilenDiaminoTetracético
EMPOP Base de datos poblacional de ADNmt del European DNA ProfilingGroup
FBI Federal Bureau of Investigation (Buró Federal de Investigación de los Estados
Unidos)
Fw Forward
gl Grados de libertad
HV1 Región hipervariable 1 del ADNmt
Kb Kilobases
MME Membrana mitocondrial externa
MMI Membrana mitocondrial interna
min Minutos
ml Mililitros
mM Milimolar
NCBI National Center for Biotechnology Information
pb pares de bases
PCR Reacción en cadena de la polimerasa
RCC Región control completa
RFLPs Fragmentos de restricción de longitud polimórfica
RSRS Secuencia de Referencia Sapiens Reconstruida
SNP Polimorfismo de un solo nucleótido
r.p.m. Revoluciones por minuto
SDS Dodecil Sulfato Sódico
TBE Tris-Bórico-EDTA
μl Microlitro
VR1 Región variable 1
VR2 Región variable 2
A mis padres,
A mi abuelo
Agradecimientos
Ésta es una de las partes más difíciles de escribir del proyecto, quiero agradecer que me han
aportado algunas personas de una forma u otra, sin ellas no hubiera sido podido realizar
este trabajo.
A José Antonio Lorente, Juan Carlos Álvarez y María Saiz Guinaldopor la confianza
depositada en mí para formar parte de su equipo de investigación. Gracias José por darme
la oportunidad de entrar en tu grupo, de otro modo no podría haber realizado uno de mis
grandes sueños. Gracias Juan Carlos director de este trabajo, por depositar tu confianza en
mi persona y por poner todos los medios disponibles a mi alcance. Gracias María por
permitirme trabajar y aprender contigo y adentrarme en el mundo de la genética forense, por
mostrarme tu amistad y valiosos consejos.
A todos los que forman parten del Departamento de Medicina legal,Toxicología y

Antropología Física de la Universidad de Granada, en especial a mis compañeras de
laboratorio, a todas les debo algo porque durante estos meses cada uno de ellas me han
ayudado de alguna forma, María y Nati, gracias por estar conmigo día a día trabajando y
mostrarme vuestro ayuda y comprensión.
A mis amigos, en especial a mis grandes amigas, “Mis florecillas”, Cristina, Inma, y Laura,
por escucharme, aconsejarme, comprenderme y apoyarme tanto en los momentos
gratificantes como en los difíciles. Por ser la parte de la familia que uno escoge. A mi
pequeña Maite porque la distancia nunca ha sido problema para tener su apoyo y su
cariño.A Ale por estar dispuesto a escucharme, tranquilizarme y a disfrutar conmigo, por
estar ahí día a día. A Javi por confiar siempre en mí, escucharme, alegrarme y poder contar
con el siempre que lo he necesitado. A mis compañeros demáster porque durante este año,
siempre han estado apoyándome y animándome.
A mi familia, que siempre se preocupa de cómo me va, por su amor, por sus palabras de
alientoy por soportar mis largas ausencias.
A mis padres, José y Montse, por confiar en mí, por vuestro cariño, porque siempre estáis
apoyándome, sin dejarme retroceder y dándome el apoyo necesario para seguir hacia
delante y no rendirme nunca en alcanzar mis metas. Por ser mi ejemplo de constancia,
perseverancia y esfuerzo. Gracias por estar siempre y por poder contar con vosotros para
todo.
A mi hermana y mi cuñado, Delaya y Álvaro, por estar siempre a mi lado, por saber
aguantarme en los momentos difíciles, por su paciencia,por su ayuda incondicional y por
hacerme ver que en todo momento debía hacer aquello que me gustase, por ello hoy estoy
aquí.
A mis abuelos, por transmitirme sus valores y su filosofía de vida, en especial a mi abuelo
Antonio, “Mi sheriff”, por creer siempre que podría llegar a donde quisiera en la vida y
porque sé que estés donde estés, siempre estarás conmigo ayudándome a seguir adelante.
Gracias a todos
Abstract
7
Acuarela de la sala de las dos hermanas. Granada. La Alhambra. (EduardGerhardt)
2 Objetivosvos Formatted: Tab stops: 2.77", Left + Not at 2.95" +

5.91"
8
1. Caracterización de las líneas mitocondriales a través de la secuenciación de la región
control completa del ADN mitocondrial de muestras del Reino de Granada.
2. Obtener los parámetros de interés en genética poblacional a partir de los datos

calculados.
3. Calcular los diferentes haplogrupos de ADNmt presentes en la población de estudio.
4. Estudiar las relaciones existentes entre los haplogrupos encontrados en la población

caracterizada con su posible origen.
5. Comparar la población de estudio con poblaciones que han influido en la estructura

genética actual de la zona geográfica estudiada.
Formatted: Tab stops: 2.77", Left + Not at 2.95" +

5.91"
9 8
Acuarela de la sala de la justicia. Granada. La Alhambra. (Trevor Haddon).
3 Introducciónn
3.1 LA MITOCONDRIA: generalidades
Las mitocondrias son orgánulos intracelulares cilíndricos y alargados, que presentan
un tamaño similar al de las bacterias, pero es variable según su origen y estado metabólico
(miden aproximadamente 1 x 2 μm). Están presentes en prácticamente todas las células
eucariotas, hay aproximadamente 2000 mitocondrias por célula, aunque las células con
mayor actividad metabólica tienen un mayor número en comparación con las de menor
actividad [1].
En cuanto a su estructura, se encuentran rodeadas por una membrana externa (MME)
y una membrana interna (MMI), que separan el espacio intermembranal [2]. La membrana
mitocondrial externa, lisa, se encuentra en contacto con el citoplasma, mientras que la
membrana mitocondrial interna, muy plegada, presenta invaginaciones hacia la matriz
mitocondrial, denominadas crestas mitocondriales.
La función de estos orgánulos se basa en suministrar la mayor parte de la energía
necesaria para la actividad celular; ya que, sintetizan ATP a expensas de glucosa, ácidos
grasos y aminoácidos por medio de la fosforilación oxidativa [2,3].
En relación al origen de las mitocondrias, actualmente, se acepta la teoría
endosimbionte presentada por Lynn Margulis en el año 1967, según la cual, las mitocondrias Formatted: Highlight
son descendientes de las bacterias aeróbicas que, de alguna forma, sobrevivieron a la

endocitosis y se incorporaron en el citoplasma [4,5]. Más tarde, el descubrimiento de los
genomas mitocondriales y los resultados de reconstrucción filogenética apoyaron esta
hipótesis endosimbionte, la cual podría dar explicación al hecho de que las mitocondrias
posean su propio material genético, el ADN mitocondrial (ADNmt) y su maquinaria para
expresarlo. Sin embargo, no son genéticamente autosuficientes ya que gran parte de sus
proteínas funcionales y estructurales están codificadas por genes presentes en el núcleo
celular [6].
3.2 GENOMA MITOCONDRIAL HUMANO Formatted: Font: 16 pt, Italic, Font color: Custom
Color(RGB(75,172,198))
3.2.1 Organización y estructura

El genoma humano está constituido, en su mayor parte, por el genoma nuclear,
localizado en el núcleo de cada célula; y por el genoma mitocondrial, que se encuentra dentro
de la mitocondria. El genoma nuclear es muy complejo, está formado por 26 000 genes,
mientras que el genoma mitocondrial es muy simple, formado solo por 37 genes [7]. Ambos
poseen características diferentes y son útiles en múltiples aplicaciones tanto en genética
10
forense como en antropología molecular. Formatted: Font: Times New Roman
Genoma nuclear Genoma mitocondrial
Figura 1: Comparación de la organización del genoma nuclear y mitocondrial. Fuente propia. Formatted: Font: Times New Roman
Formatted: Font: Times New Roman, 12 pt
En cuanto a su estructura, el ADNmt se caracteriza por ser una molécula de doble

hebra, circular y cerrada. En las células humanas está presente en múltiples copias; pueden
contener desde cientos a miles de moléculas de ADN mitocondrial [8–11].
La molécula de ADN mitocondrial humano presenta un tamaño de aproximadamente
16 569 pb (~ 16,6kb) [12,13], pero puede variar debido a pequeñas inserciones o deleciones.
Un ejemplo que podemos destacar, encontrado al analizar las secuencias; es la repetición de
dinucleótidos en las posiciones 514 a 524, que en la mayoría de los individuos es
ACACACACAC o (AC)5 pero se ha observado que varían de (AC)3 a (AC)7 [14,15].
Sus dos cadenas son complementarias y antiparalelas. Éstas presentan una proporción
muy diferente de bases: la cadena pesada (o H de “heavy”) del ADN codifica 2 ARNs
ribosomales, 14 ARNs de transferencia y 12 polipéptidos y tiene una elevada proporción de
bases purínicas (guanina y adenina). Por otro lado, la cadena ligera (o L, de “light”) contiene
solamente información para 8 ARNs de transferencia y un polipéptido (ND6) y es rica en
bases pirimidínicas (citosina y timina).
11
En relación a la organización del ADNmt, podemos decir que se encuentra dividido en dos Formatted: Indent: Left: 0", Space After: 12 pt
regiones, una región codificante y una no codificante:
La región no codificante del genoma, denominada región control, es la Formatted: Indent: Left: 0", First line: 0.49", Space
After: 12 pt, Bulleted + Level: 1 + Aligned at: 0.25" +
responsable de la regulación del ADNmt. Contiene fundamentalmente los promotores de la Indent at: 0.5"
transcripción de ambas cadenas, el origen de replicación de la cadena pesada y secuencias de

regulación [12]. Por su aspecto en microscopía electrónica durante la replicación del ADNmt,
ha sido también llamada Asa de desplazamiento (D-Loop). El D-Loop es la región del
genoma donde tiene lugar la separación inicial, o desplazamiento de las dos hebras de ADN
durante la replicación [16,17].
ARNtPro
ARNtPhe ARNtThr
OH
Citocromo b
ARNr 12s ARNtGlu
ARNtVal
Genes ARN ribosomal ND6

ARNr16s
ARNtLeu Genes ARN transferente
Genes del complejo I (NADH- ND5

ND1 deshidrogenasa
ARNtIle Genes del complejo III, coenzima Q - ARNtLeu

ARNtSer
citocromo c reductasa
ARNtMet ARNtHis
ARNtGly
Genes del complejo IV citocromo c oxidasa
ND2 ND4
ARNtTrp
Genes ATP sintasa
ARNtAla
ARNtAsp
Región control
ARNtCys
ARNtTyr ND4L
ARNtArg
ARNtGly
Citocromo-oxidasa II
Citocromo-oxidasa III
ARNtLys
ARNtSer Citocromo-oxidasa II
ARNtLeu
Figura 2: Ilustración del Genoma mitocondrial humano. Se observa la cadena pesada (H) representada mediante la
línea exterior y la cual contiene una mayor cantidad de residuos de A y G que la cadena ligera (L). Fuente propia.
12
Formatted: Indent: Left: 0", Space After: 12 pt
 La región codificante, que representa el 90% del genoma mitocondrial, contiene 37 Formatted: No bullets or numbering
genes, altamente empaquetados. Éstos se corresponden con dos ARN ribosómicos (rARN)
componentes de los ribosomas mitocondriales (ARNr 12S y 16S), 22 ARNs de transferencia
(ARNt) necesarios para la traducción dentro del orgánulo, y 13 polipéptidos [12,18] muchos
de los cuales son subunidades de complejos multiméricos localizados en la membrana
mitocondrial interna y que se encargan de catalizar la fosforilación oxidativa y participar en
la producción de ATP [19]. Los 13 polipéptidos codificados por el ADNmt incluyen 7 de las
48 subunidades del complejo I (ND1-6 y ND4L), 1 de las 11 subunidades del complejo III
(citocromo b), 3 de las 13 subunidades del complejo IV (COXI-III) y 2 de las 14 subunidades
del complejo V (ATPasa 6 y 8) [20].
Se estableció una nomenclatura para referirse a las posiciones en el genoma siguiendo
un criterio arbitrario, así: la posición 1 se encuentra en una región intermedia de la región
control y se continúa en sentido 5’ – 3’ hasta la posición 16 569 [6].
16024 16365 73 340 440 560
HVI HV2 HV3
342 pb 137pb 268pb
Figura 3: Región control completa: posiciones de las tres regiones hipervariables dentro de la región control..
Fuente propia.
De modo que, la región control se extiende desde la posición 16 024 hasta la 16 569 y
desde la 1 hasta la 576 y es muy polimórfica. Dentro de ésta región, distinguimos dos
regiones hipervariables bien caracterizadas, y conocidas como la región hipervariable I, HVI,
(16 024-16 365) y la región hipervariable II, HVII (73-340) [21], y una tercera región
hipervariable, menos utilizada, HV3, (440-560) [22]. Además, existen otras regiones que
presentan menor grado de variabilidad conocida como región variable 1 (VR1), que se
localiza desde la posición 16 366 hasta la 71 y la región variable 2 (VR2) que se encuentra
13
entre las posiciones 341 y 576 [6].
3.2.2 Secuencia de referencia de ADN mitocondrial humano

La primera vez que se secuenció el ADNmt humano fue en el año 1981, en el
laboratorio de Frederick Sanger en Cambridge, Inglaterra [12]. Durante muchos años se
utilizó esta secuencia original “Anderson” o Secuencia de Referencia de Cambridge (CRs)
[23] como secuencia de referencia para comparar con las nuevas secuencias.
La secuencia de 1981 se derivó principalmente de un solo individuo de ascendencia
europea; sin embargo, también contenía algunos HeLa y secuencias de la especie bovina para
llenar los vacíos resultantes de procedimientos de secuenciación de ADN [12].
Debido a posibles errores en la secuencia, en el año 1999 ésta secuencia original fue
resecuenciada (rCRs), por un equipo dirigido por Richard Andrews [18]. La revisión se basó
en una nueva secuenciación de la misma muestra, se corrigieron 11 errores de la secuencia
original y señalaron la ocurrencia de 7 polimorfismos raros [18]. Los errores consistían en
substituciones de bases debidas a la contaminación de la muestra en la primera secuenciación,
siendo el caso más problemático el de la posición 3107 de CRs, en el que se había insertado
accidentalmente una citosina, añadiendo así 1 pb al número total que resultaba ser 16 558.
Además, se presentaban 7 posiciones de nucleótidos, que presentaban polimorfismos raros:
263A, 311-315CCCCC, 750A, 1438A, 4769A, 8860A y 15 326A, los cuales son propios del
haplogrupo europeo H al que pertenecía la muestra original [24].
Tabla 1: Comparación de las diferencias de nucleótidos observadas entre CRs y rCRs,
Región de ADN CRs revisada

Posición nucleotídica CRsoriginal Observaciones
mitocondrial (rCRs)
3106-3107 16S rRNA CC C Error
3423 ND1 G T Error
4985 ND2 G A Error

9559 COIII G C Error
11335 ND4 T C Error
13702 ND5 G C Error
14199 ND6 G T Error
14272 ND6 G C Error (Secuencia

bovina insertada)
14365 ND6 G C Error (Secuencia
bovina insertada)
14
14368 ND6 G C Error
14766 Cyt b T C Error (Secuencia

bovina insertada)
A pesar de los errores observados, al no encontrar cambios en la región control, tanto

la secuencia original Anderson [12] y la secuencia de referencia de Cambridge revisada [18]
eran idénticas en las regiones HV1 y HV2.
Por otro lado, en el año 2012, Doron Behar propuso una nueva secuencia de ADN
mitocondrial denominada RSRS (Reconstructed Sapiens Reference Sequence), es decir
Secuencia de Referencia Sapiens Reconstruida. Esta nueva secuencia ancestral engloba todos
los genomas mitocondriales a partir del Homo neanderthalensis [25]. Sin embargo, esta
nueva secuencia no ha conseguido imponerse a la rCRs, que la cual sigue siendo la más
ampliamente utilizada [26].
3.3 CARACTERISTICAS DEL ADNmt HUMANO
3.3.1 Herencia del ADN mitocondrial humano

Desde hace años se conoce que el ADNmt tiene un patrón de herencia materna;
mediante el cual la madre trasmite su genoma mitocondrial a todos sus hijos, pero solamente
las hijas lo pasarán a todos los miembros de la siguiente generación y así sucesivamente. De
modo que durante la fecundación, la pequeña cantidad de ADNmt del espermatozoide no
penetra en el óvulo, o no llega a perdurar. Por ello, el genoma mitocondrial del cigoto
procede en su totalidad del óvulo materno.
Formatted: Font: Not Bold
Figura 4: Herencia del ADN mitocondrial. A diferencia delADN nuclear (a la izquierda),

15materno (derecha).Fuente propia.
el ADN mitocondrial se hereda por linaje
La primera evidencia de esta herencia uniparental se demostró en el año 1972 [27], en
el género de ranas Xenopus. Fue a partir de entonces, cuando esta teoría comenzó a ganar
popularidad y numerosos estudios demostraron que no había evidencias de transmisión del
ADNmt paterno en una amplia gama de especies [28–31].
En el año 1980, Giles, observó por primera vez en humanos que la progenie
presentaba siempre la misma variante materna mediante el análisis de polimorfismos RFLPs
[28]. Más tarde, otros estudios confirmaron que las mitocondrias del esperma son
selectivamente destruidas en el oocito y que el ADNmt paterno es marcado mediante
ubiquitinación durante la espermatogénesis para su destrucción posterior en el oocito [32,33].
3.3.2 Alto número de copias

Si lo comparamos con el ADN nuclear, el ADN mitocondrial presenta un alto número Formatted: Highlight
de copias por célula. El ADN nuclear se encuentra en dos copias por célula en organismos
diploides, mientras que un oocito maduro se estima que tiene miles de mitocondrias y más de
100 000 copias de ADN mitocondrial [34]. En células somáticas esta cantidad varía de 200 a
1700 copias de ADNmt dependiendo del tipo de tejido [9]. Esta característica permite que sea
mucho más sencillo obtener ADN mitocondrial de una muestra que obtener ADN nuclear, lo
que le confiere una gran utilidad en muestras de restos mínimos y/o antiguos.
3.3.3 Tasa de mutación del ADN mitocondrial

El ADNmt, presenta como característica, la gran facilidad que tiene para acumular
mutaciones. Diferentes estudios comparativos entre las secuencias de ADN de varios
organismos han demostrado que la velocidad de sustitución nucleotídica durante la evolución
ha sido de 5 a 10 veces mayor en los genomas mitocondriales que en los nucleares [35], pero
parece que esta diferencia no se da a lo largo de toda la molécula [36].
(Esta alta tasa de mutación)Esto se debe a que no está recubierto por histonas (las Formatted: Highlight
cuales desempeñan una función protectora del ADN nuclear), no dispone de un sistema de Formatted: Highlight
reparación del ADN, no presenta intrones (lo que aumenta la probabilidad de que las
mutaciones afecten a las secuencias codificantes) y se encuentra altamente expuesto a los
radicales libres de oxígeno generados por la fosforilación oxidativa [16]. Esta peculiaridad
hace que el ADN mitocondrial sea muy útil para diferentes estudios en genética evolutiva y
genética forense [35].
La tasa de evolución varía en función de la frecuencia con la surgen nuevas
16
mutaciones en la molécula y la probabilidad de que estas nuevas mutaciones se fijen en la
población (tasa de fijación). Para estimar la tasa de mutación del ADNmt pueden utilizarse
diferentes aproximaciones: a través del estudio de pedigríes o a través del estudio de la
filogenia. Para entender las diferencias existes en cada una de los tipos de aproximación, hay
que considerar que existen posiciones dentro de la región control conocidas como “puntos
calientes de mutación” cuya tasa de mutación es 4 o 5 veces mayor que la media [37].
Pero hay que destacar que la tasa de mutación no es igual en todas las regiones del
ADN mitocondrial, ya que la región control se caracteriza por presentar una tasa de mutación
más elevada que la región codificante, donde la tasa de mutación estimada es de 2-4%
[38,39]. Los primeros estudios realizados sugieren datos cercanos a una tasa de mutación en
el ADNmt de uno de cada treinta generaciones [40,41], pero a pesar de la herencia materna y
de la ausencia de recombinación, las mutaciones posibilitan que se puedan encontrar una o
más diferencias en la secuencia de ADNmt en la rama materna de una familia. Se ha
estimado que entre dos individuos de origen europeo no relacionados por vía materna, hay
una media de 8 diferencias en la secuencia de su ADNmt [42].
3.3.4 Heteroplasmia
Se denomina heteroplasmia a la presencia de diferentes subpoblaciones de ADNmt en
una mitocondria, célula, tejido, órgano o individuo [43,44]. Se produce debido(a causa) a la Formatted: Highlight
tasa de error de la polimerasa y a la aparente carencia de mecanismos de reparación

implicados con la alta tasa mutacional, los cuales(que) dan lugar a una alta hipervariabilidad Formatted: Highlight
entre la población humana [45,46].

Normalmente se considera que todos los individuos son heteroplásmicos a algún nivel,
ya que es casi improbable que todos los genomas mitocondriales dentro de un individuo,
tejido o incluso de una célula sean iguales [35,47,48]. La heteroplasmia puede observarse en
diferentes formas:
1. Un individuo puede presentar más de un tipo de ADNmt en un solo tejido.
2. Un individuo puede tener un tipo de ADNmt en un tejido y otro en otro tipo de tejido.
3. Un individuo puede ser heteroplásmico en un tejido y homoplásmico en otro tejido [49].
Existen dos tipos de heteroplasmias, de longitud y de secuencia [43,50,51]. Las
heteroplasmias de secuencia ocurren cuando en una posición determinada de la secuencia del
ADNmt hay más de una base, por ejemplo la existencia de C/T. Por otro lado, la
heteroplasmia de longitud se manifiesta como la variación en el número de bases existentes
en un fragmento homopolimérico de poli C; y son características en las posiciones 16 184-16
17
193 en HV1 y 303-310 en HV2 [52,53].
Figura 5: Presencia de heteroplasmia de secuencia. Fuente propia
Cuando una célula heteroplásmica se divide, la herencia mitocondrial de las células Formatted: Font: 8 pt
hijas es una cuestión de azar. Tras varios ciclos de división, el ADNmt puede derivar hacia el
mutante puro o hacia el normal puro (homoplasmia) en un proceso conocido como
segregación replicativa. Este proceso puede suceder durante la replicación de la célula
somática o durante la proliferación de las células germinales femeninas.
Formatted: Underline
Formatted: Not Highlight
Formatted: Not Highlight
Figura 6: Posiciones de la secuencia del genoma mitocondrial donde se puede observar heteroplasmia de longitud.
Imagen tomada y modificada de Butler, … (REF) 2012.
18
3.4 ADNmt Y GENÉTICA DE POBLACIONES Formatted: Font: 16 pt
Hay varias características de ADNmt que lo convierten en una herramienta útil para la
investigación en genética de poblaciones. La primera y más importante es su estricta herencia
materna [38,54–57]. Otro atributo del ADNmt es que las moléculas de ADNmt no sufren
recombinación, de manera que las mutaciones son la única fuente de diversificación genética
[37]. En relación con los estudios de genética de poblaciones, la tasa de mutación elevada de
ADNmt es importante porque conduce a una fijación de polimorfismos de nucleótido único
(SNPs) en y entre las poblaciones [35,58]. La variación en los perfiles de mutación del
ADNmt es muy importante en los estudios filogeográficos de dispersiones humanas e
interacciones, ya que permiten determinar el origen geográfico del genoma matrilineal de un
individuo.
La caracterización del ADNmt en poblaciones humanas, en los últimos años ha
ayudado a aclarar cuestiones centrales sobre la evolución humana [59], siendo muy útil como
herramienta filogenética [55,60–64]. Las variaciones presentes en el ADN mitocondrial
pueden contribuir para la construcción de árboles filogenéticos o varios árboles alternativos
dispuestos en red [65–68], que describen la relación entre secuencias individuales. La
estructura de este árbol contiene información demográfica que, junto con una tasa de
mutación calibrada para la secuencia en estudio, puede ser utilizada para estimar la datación
de eventos prehistóricos. Actualmente aporta datos muy significativos en los estudios
relacionados con la caracterización genética e inferencia del origen e historia demográfica de
poblaciones antiguas y modernas de diferentes continentes.
3.43.1 Polimorfismos del ADN mitocondrial

El término polimorfismo fue descrito por Ford en 1940 como la presencia en una
población de dos o más formas alélicas discretas, de las que la de menor frecuencia no puede
mantenerse soólo por mutación recurrente. Por lo tanto, se asume que un locus es polimórfico
cuando el alelo más común para este locus tiene una frecuencia inferior al 99%.
La mayor parte de los polimorfismos del ADNmt son sustituciones puntuales, aunque,
también se han descrito deleciones e inserciones de una o varias pares de bases [52,69].
Los métodos para medir la variación del ADNmt han progresado en su capacidad para
separar los linajes maternos no relacionados y estrechamente relacionados. Los primeros
estudios con ADN mitocondrial en la década los 80 se realizaron por el análisis mediante
19
“RFLP” usando cinco o seis enzimas de restricción [70]. Rápidamente, se incorporaron un
mayor número de enzimas (12 o 14), aumentando con ello la resolución de la técnica (RFLPs
de alta resolución) [38,54,71,72]. A principios de los 90, el análisis de secuencia de ADNmt a
partir de porciones de la región de control comenzó a ser altamente aceptado.
Finalmente con la introducción de la PCR [73] empezó a ganar importancia la
secuenciación del ADNmt, posibilitando una nueva aproximación al estudio molecular de las
poblaciones humanas. La resolución proporcionada por los nuevos análisis de secuenciación
permitió realizar una disección más detallada de los tipos mitocondriales individuales.
Inicialmente, los análisis se centraron en la región control o D-loop mitocondrial,
ampliándose posteriormente a otras regiones no codificantes del genoma mitocondrial.
La combinación de ambos procedimientos, RFLPs y la secuenciación de las regiones
hipervariables, ha proporcionado ,buenas estimaciones filogenéticas, que han sido
posteriormente confirmadas mediante la secuenciación del genoma mitocondrial completo
[70]. De esta forma, los estudios filogeográficos del ADNmt humano han revelado una
correlación significativa entre los linajes del ADNmt y los orígenes geográficos de las
poblaciones humanas. Estos linajes se establecen sobre la base de grupos de secuencias de
ADNmt individuales (o haplotipos) relacionadas, conocidos como haplogrupos.
3.43.2 Haplogrupos
El análisis molecular de las secuencias de ADN mitocondrial ha revelado que la
variación de las mismas se ha acumulado secuencialmente a partir de algunos linajes
fundadores, durante el proceso de colonización humana de las regiones geográficas, por lo
cual es posible establecer grupos de secuencias que se pueden asociar geográfica o
étnicamente [74]. A partir del análisis filogenético de los linajes mitocondriales, se ha
observado que los individuos a menudo se agrupan en haplogrupos. Se define haplogrupo
como la agrupación de haplotipos que comparten ciertas sustituciones diagnósticas y que
presentan un origen común. Algunos de ellos pueden ser definidos por los polimorfismos de
un solo nucleótido [75,76] y son específicos para los Africanos, Europeos, Asiáticos o
Amerindios [77].
Estos haplogrupos fueron definidos originalmente a finales de los años 80 y principios
de los 90 mediante la agrupación de las muestras con patrones iguales o similares cuando se
sometieron a una serie de enzimas de restricción que se utilizaron para separar los distintos
tipos de ADN mitocondrial de poblaciones diversas de todo el mundo.
20
En 1996, Torroni muestra que existe una correlación entre los haplogrupos definidos
por RFLPs y las secuencias para HVI y HVII. Así, Wallace y Torroni [78] propusieron una
nomenclatura que identifica los clústeres principales designándolos con una letra mayúscula
(Ej.: A, B, C, D, H, I, L, U, V). Los clústeres se dividen en sub-clústeres que se designan por
su letra correspondiente seguida de un número (Ej.: L2). Las subdivisiones al nivel siguiente
se realizan alternando letras minúsculas y números (Ej.: U5a1b).
De este modo se definió que los haplogrupos A, B, C, D, E, F, G y H estaban
típicamente asociados con poblaciones asiáticas, mientras que la mayoría de las poblaciones
nativo americanas pertenecen a los haplogrupos A, B, C, y D, siendo el más frecuente en los
grupos étnicos mesoamericanos el A [79,80]. Los haplogrupos L0, L1, L2 y L3 son
exclusivamente africanos, y los haplogrupos H, I, J, K, T, U, V, W, y X están típicamente
asociados con poblaciones europeas [75], siendo el haplogrupo mayoritario en la población
española, el haplogrupo H [81,82].
Figura 7: Expansión de las poblaciones humanas siguiendo la distribución de haplogrupos de ADNmt. Fuente
propia
21
Basándose en la teoría del reloj molecular [83–85] se estableció que la historia de la
migración humana tendría su origen en África, continente en el que el Homo sapiens pudo
surgir hace unos 150 000-200 000 años con el primer haplogrupo africano específico, L0
[60,86], y fue evolucionando dando lugar a la aparición de los linajes L1, L2 y L3.
En el nordeste de África, L3 habría generado dos nuevos linajes, M y N, los cuales
marcarían la salida del hombre moderno fuera de África, y por tanto, constituirían los
antecesores de todos los linajes de ADNmt de Europa, Asia, América y Oceanía. Se estima
que estos linajes pudieron haber colonizado Eurasia hace unos 65 000 años. Mientras que en
Europa, N daría lugar a los haplogrupos H, I, J, U, K, T, U, V, W y X; en Asia, M y N
originarían un diverso rango de haplogrupos. Finalmente, a partir de N surgirían A, B, F, C,
D, y el haplogrupo G a partir de M [60,75,87–89].
3.5 APLICACIONES DEL ADNmt Formatted: Font: 16 pt, Italic, Font color: Accent 5
Formatted: Left, Indent: First line: 0", Line spacing:
single, Widow/Orphan control, Adjust space between
Latin and Asian text, Adjust space between Asian text
Las características que presenta el DNAmt permite que pueda ser muy útil en and numbers
diferentes campos: Formatted: Normal

Formatted: Justified
 Criminalística: La utilización del análisis DNAmt con fines identificativos surgió a
principio de los años 90. La primera opción utilizada suele ser el análisis de STRs
autosómicos, pero normalmente en las investigaciones criminales las evidencias que
se obtienen no suelen estar en condiciones óptimas o son muestras muy pequeñas. En
estos casos es difícil obtener un perfil de marcadores autosómicos de DNA nuclear y
por lo tanto el ADN mitocondrial es una buena alternativa.
Los polimorfismos de ADNmt pueden ser utilizados para las comparaciones
entre un sospechoso y una muestra. Se considera que cuando un sospechoso posee un
haplotipo de ADNmt diferente al de la muestra biológica, presenta probabilidad de
exclusión. En cambio no se puede considerar una inclusión mediante el estudio de
DNAmt, ya que todos los familiares pertenecientes al mismo linaje materno
comparten el mismo haplotipo y se encontrarían inexcusablemente implicados [6].
 Maternidad y hermandad: El ADN mitocondrial presenta especial interés en el Formatted: List Paragraph, Justified, Line spacing:
1.5 lines, Bulleted + Level: 1 + Aligned at: 0.25" +
estudio de parentesco entre familiares relacionados por vía materna, cuando no se Indent at: 0.5"
cuenta con familiares de primer grado y se ha de recurrir al estudio de familiares Formatted: Font: Not Bold
lejanos o bien cuando se ha de realizar identificación de restos óseos contando con Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
parientes maternos, donde habitualmente la cantidad de ADN nuclear esperada es baja
22
o muy baja [6]. Este estudio del ADNmt complementa el análisis de polimorfismos Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
del ADN nuclear, proporcionando información adicional. Formatted: Font: (Default) Times New Roman
 Evolución y genética de poblaciones: Destaca por sus aplicaciones en Antropología Formatted: Font: Times New Roman
Física o Biológica. La caracterización del ADNmt en poblaciones humanas, tanto Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
Formatted: List Paragraph, Justified, Space Before:
actuales como antiguas, en otros primates, y en fósiles del género Homo, ha ayudado 0 pt, After: 0 pt, Line spacing: 1.5 lines, Bulleted +
Level: 1 + Aligned at: 0.25" + Indent at: 0.5", No
a lo largo de los años a aclarar cuestiones centrales de la evolución humana [59]. widow/orphan control, Don't adjust space between
Latin and Asian text, Don't adjust space between
El ADNmt se puede usar para el cálculo de los polimorfismos genéticos de la Asian text and numbers
población, estimando las distancias genéticas entre individuos, y construyendo un
Formatted: Font: Times New Roman
árbol filogenético [55,60–64]. Se puede trazar el ancestro de un grupo particular de Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
personas y encontrar relaciones genéticas entre las poblaciones, reconstruyendo así, la Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
historia genealógica y demográfica de la población. Además estos estudios son muy Formatted: Font: Times New Roman
útiles para conocer la historia de las migraciones de poblaciones humanas.
 Estudios asociados a enfermedades: El estudio del DNAmt puede ayudar a asociar
Formatted: Font: 12 pt, Not Bold
las enfermedades con haplogrupos o incluso con haplotipos particulares, para así Formatted: Font: Times New Roman, 12 pt
poder realizar un perfecto diagnóstico de los pacientes a la hora de realizar un panel
de marcadores genéticos . Formatted: Font: Times New Roman, 12 pt
Se ha demostrado por ejemplo, que el haplogrupo mitocondrial J es un factor Formatted: Font: Times New Roman
protector frente al desarrollo de la artrosis de rodilla y de cadera. Otros estudios
proporcionan información sobre el efecto protector de los clústeres UK y TJ sobre la
enfermedad de Parkinson [90], mientras que, parece ser que el clúster HV y el Formatted: Font: Not Bold
haplogrupo H otorga una mayor predisposición a algunas enfermedades Formatted: Font: Not Bold
neurodegenerativas como el Parkinson y el Alzheimer [91,92]. Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
Además, también se ha encontrado relación entre los haplogrupos y la
Formatted: Indent: Left: 0.5", First line: 0.44"
probabilidad de padecer diferentes tipos de cáncer (mama, colorectal y tiroideo) [93]
o incluso la asociación de los haplogrupos con el envejecimiento [94]. Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
Formatted
3.4 3.6 BASES DE DATOS DE ADN MITOCONDRIAL Formatted: No bullets or numbering

Formatted: Font: 16 pt
3.64.1 Clasificación de bases de datos
En las bases de datos se almacena de modo ordenado y coherente la información
obtenida, importante en la estimación de la frecuencia esperada de los haplotipos de ADNmt
que se observan en los casos cuando la secuencia de ADNmt de un sospechoso coincide con
la de una muestra de una prueba. Permiten interpretar y dar un valor estadístico a la prueba
del ADN, siempre que se encuentren perfectamente clasificadas y reguladas [95].
23
Debido a la acumulación de datos de ADN, en la actualidad, en genética forense, se
pueden clasificar de las bases de datos en base a su contenido y su finalidad:
 Clasificación según el contenido: las bases de datos solo pueden contener resultados y
datos, es decir, solo se consideran bases de datos aquellas que en un soporte de papel
o informático, contienen letras y números que identifican a una persona de entre todas
las demás.
 Clasificación según su finalidad: pueden ser generales (comprenden a toda una
población o país), profesionales (archivo biológico que incluye a profesionales de
riesgo), judiciales o forenses: forenses criminales (acumulan datos de personas que
han sido condenadas o procesadas) y forenses civiles (identificación de personas
desaparecidas).
El ascendente número de secuencias de ADNmt poblacionales que se han ido
incorporando a la literatura y a las bases de datos, ha permitido mejorar nuestro conocimiento
sobre la filogenia mundial del ADNmt, pero dicha cantidad de información también ha
supuesto una serie de obstáculos para los laboratorios a la hora de su manejo. La
interpretación de las secuencias de ADNmt puede ser complicada, y tanto las etapas de
secuenciación como de documentación de los datos obtenidos pueden ser importantes fuentes
de errores [96–99].
Actualmente existen bases de datos de más de 1000 individuos no relacionados que
han sido recopiladas de varios grupos de población [42,100–103]. Unas de ellas son bases de
datos activas y otras muchas en desarrollo.
3.64.2 Bases de datos
A. Base de datos de ADNmt del FBI

El FBI de Estados Unidos ha desarrollado una base de datos de poblaciones de ADN
mitocondrial, denominada CODISmt [102], muy útil en la resolución de crímenes y en la
identificación de los restos de personas desaparecidas. CODISmt contiene 4839 perfiles
forenses de ADN mitocondrial de 14 poblaciones diferentes como Afroamericanos (1148
secuencias), Caucásicos (1655) e Hispanos (686), Koreanos (182), Pakistaníes (8) y
Japonenes (163) entre otros [24].
B. EMPOP (EDNAP mtDNAPopulationDatabase) Formatted: Justified

24
La base de datos EMPOP(EDNAP mtDNA Population Database),Esta base de Formatted: Font: Not Italic
datos,[102]ha reunido a miles de secuencias de ADN mitocondrial y ha construido una base

de datos ADNmt de alta calidad, la cual proporciona cuyo objetivo principal es ofrecer una
colección de haplotipos de la región control mitocondrial a la comunidad científica [104].
La base de datos está diseñada de manera que intenta evitar la adición de perfiles Formatted: Normal
erróneos en la medida de lo posible e intenta cubrir todas las poblaciones del mundo, donde
la mayoría de los perfiles incluidos pertenecen a poblaciones de países del oeste de
Europa[103]. Actualmente almacena 5173 secuencias forenses repartidas de la siguiente Formatted: Font: Times New Roman
forma[104]: 4476 haplotipos del oeste de Europa, 162 haplotipos del este de Asia, 187 Formatted: Font: Times New Roman
haplotipos del sureste de Asia y 348 haplotipos de África.
C. DNAmt Manager
Esta base de datos Ccontiene 9294 secuencias de la región de control del ADNmt
agrupados en cinco subconjuntos: África (1496), de Eurasia occidental (3673), de Asia
oriental (2326), de Oceanía (114), y se mezcla (1685). Muchas de estas secuencias son
compartidas entre las bases de datos del FBI y EMPOP y por tanto no son de haplotipos
"únicos" de individuos no relacionados [105].
D. MitoVariome
Se trata de una base de datos que se compone de más de 5000 secuencias humanas Formatted: Justified, Indent: First line: 0.49"
completas de ADN mitocondrial [106]. Los datos se han obtenido desde GenBank,
MITOMAP y MTDB, de modo que proporciona asignación de haplogrupo propocionada por Commented [MSG1]: q significan estas siglas?
SNPs, utilizando la posición de nucleótidos y la anotación de genes correspondientes a las de

rCRS [9].
E. PhyloTree
Muchas aplicaciones requieren un conocimiento altamente detallado acerca de la
relación filogenética de variantes del ADN mitocondrial. La resolución filogenética de la
diversidad de ADNmt humano mundial ha mejorado en gran medida por los avances en
secuenciación de genomas completos de ADN mitocondrial. Para facilitar la información
para el uso de la variación de ADNmt, se ha construido una filogenia integral actualizada de
la variación de ADN mitocondrial humano, basada en datos de codificación y de la región
control, incluyendo la nomenclatura del haplogrupo universal, y proporcionando referencias a
los documentos consultados. PhyloTreeRecoge ha recopilado información de 55
25
publicaciones basadas en las variaciones en la secuenciación del ADN mitocondrial completo
para la realización de una versión actualizada y completa de un árbol filogenético . Para los
casos en los cuales la información relativa a un mismo haplogrupo, phylotree elaboró una
filogénia comparando el número máximo de secuencias de ADNmt disponibles del
haplogrupo en particular, para obtener una imagen a tamaño real actualizada. Además
utilizaron otras secuencias de ADNmt completo publicados, los cuales no han sido
incorporados en los esquemas filogenéticos[64].
F. GOBASE Formatted: Justified
Se trata de una base de datos, queFfue creada para abordar cuestiones específicas
sobre los orígenes evolutivos y la bioquímica de los orgánulos, así como la relación entre la
estructura del genoma y las funciones además de otras cuestiones de biología comparativa
[107,108]. Proporciona datos sobre la secuencia, estructura secundaria del ARN e
información bioquímica y taxonómica sobre la mitocondria y el cloroplasto . La versión 6
(2002) presenta secuencias analizadas y comentadas derivadas de GenBank[108] y contiene
más de 130 000 secuencias mitocondriales, de las cuales 408 pertenece a genomas completos,
un aumento del 37% con respecto a la versión anterior. Esta base de datos utiliza un sistema
java para la verificación de datos de la población denominado GoPOP [109].
G. HmtDB
Es un recurso bioinformático destinado a apoyar la genética de poblaciones y los
estudios de enfermedades mitocondriales, gracias a un nuevo enfoque basado en SNPs y la
estimación de la variabilidad de aminoácidos. Contiene más de 17.000 genomas
mitocondriales humanos. Se compone de 24 cuadros que almacenan secuencias del genoma
mitocondrial humano y sus datos característicos tales como geográfica, étnica y / o de la
población y la información lingüística, así como información acerca de la fuente de la que se
extrajo el ADN y el método utilizado para extraer y la secuencia de la misma[105].
H.G. HvrBase++ Formatted: Justified
Es una base de datos, la cual comprende 13 873 secuencias de la región hipervariable

I (HVRI) y 4940 secuencias de la región hipervariable II (HVRII) e incluye 1376 genomas
mitocondriales completos. HvrBase ++ se centra en los aspectos de la genética de
poblaciones y recoge información de datos, como los grupos étnicos y las lenguas habladas
por cada individuo [110].
26
3.53.7 REINO DE GRANADA Formatted: Font: 16 pt
Formatted: Indent: Left: 0", Hanging: 0.49", Outline
numbered + Level: 2 + Numbering Style: 1, 2, 3, … +
Start at: 7 + Alignment: Left + Aligned at: 0.49" +
3.74.1 Introducción Indent at: 0.99"
La dinastía Nazarí se formó en el S. XII debido a una situación histórica y unas
circunstancias políticas que se produjeron tras un proceso de declive y desestructuración de
Al-Andalus (derrota de las Navas de Tolosa, 1212), que precipitó la caída de las principales Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
ciudades del Guadalquivir [111,112]. La dinastía Nazarí Ffue la última dinastía musulmana Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
que dominó el Reino de Granada desde el año 1238 hasta Enero del año 1492 [113,114].. Su
caída dio lugar al final de Al-Andalus.
El creador del Reino de Granada fue La fundacióndel Reino Nazarí de Granada en el
siglo XIII no habría sido posible sin una personalidad como la de su fundador, el emir
Muh ̣ammad Ibn Yusuf Nars Ibn I (m. 1273), que hasta el año 1232 había sido solo señor de
Arjona y el cual en poco tiempo, logró extender su autoridad a Jaén, Porcuna, Córdoba,
Guadix y Baza. Fue conocido como “hijo del rojo”, el cual dio lugar al nombre de la alcazaba
que escogió como residencia en Granada: “La Roja”, “La Alhambra” [115].
3.74.2 Territorio del Reino Nazarí de Granada

En el año 1236, la conquista cristiana de Córdoba, provoca la aclamación de
Muhammad I por parte de los habitantes de Granada, la cual queda a partir de ese momento
como capital del nuevo reino [115]. Ésta ocupó durante generaciones el lugar de centro rector
del reino como capital, sede y corte de los al-Ahmares. Era un centro comercial y cultural de
primer orden, que llegó a contar con aproximadamente 165 000 habitantes y del que
actualmente se conservan importantes conjuntos urbanísticos [116].
Años mas tarde se producen expansiones territoriales, que son determinantes en la
configuración, política y geográfica del Reino nazarí: Málaga y Almería, con sus respectivas
comarcas. Además comprendía la zona meridional de la provincia de Jaén y parte de la
provincia de Cádiz [114]. Esta configuración geográfica facilitaba la relación con los pueblos
norteafricanos y mediterráneos y quedó oficializada con la firma del célebre Tratado de Jaén
en 1246 con Castilla. Se establecía así “el acta de nacimiento del emirato granadino”, que se
mantendría durante 260 años, prolongando la existencia de la historia de Al-Andalus.. Formatted: Not Strikethrough
Formatted: Normal, Justified, Indent: First line: 0.49",
Line spacing: 1.5 lines, No widow/orphan control,
Don't adjust space between Latin and Asian text, Don't
adjust space between Asian text and numbers
27
Figura 8: Mapa territorio del Reino Nazarí de Granada. Fuente propia
3.74.3 Una época de prosperidad

El 20 de enero de 1273, al caer de un caballo, murió Muhammad I, dejando como
heredero a Si el emir Muh ̣ammad I había sido el artífice del establecimiento de un nuevo
Estado en al-Andalus, a su hijo Muh ̣ammad II (1273-1302) el cual(que) logró la pacificación Formatted: Highlight
del reino, la alianza con los mariníes y el recrudecimiento de la guerra contra Castilla Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
Not Bold, No underline
centrada principalmente en la posesión de Gibraltar. se debe el mérito de apuntalar y
desarrollar los logros conseguidos por su padre y de organizar este incipiente emirato,
dotándolo de estructuras administrativas propias. Posteriormente, su hijo Muhammad III,
conocido como erudito, poeta y constructor de la Gran Mezquita de la Alhambra, gobernó Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
Not Bold, No underline, Font color: Auto
desde el año 1302 a 1309 y , fue reconocido como señor de Ceuta. y se preocupó de dotar a
la Alhambra de unas dependencias apropiadas para una ciudad palatina.En Marzo de 1309
Nasr destronó a su hermano y accedió al trono en un momento de crisis que no consiguió
resolver, incluso incrementándola debido a las batallas por el dominio del estrecho de
Gibraltar.
3.74.4 3La edad dorada nazarí (S.XIV)

En el siglo XIV, el Reino Nazarí alcanza su máximo esplendor. con la llegada al trono
28
de Isma‘il I, sobrino de Nasr, por lo que se se da un cambio de rama familiar reinante dentro Formatted: Highlight
de la dinastía nazarí, dando además un otro giro a la política granadina.

Tras ser asesinado por su primo, Muhammad b. Ismail, gobernador de Algeciras, el Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
trono pasó a manos de su hijo Muhammad IV, que tenía solo 10 años de edad. Debido a su
Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
poca edad, quedó bajo la tutela del que fuera visir de su padre. Aprovechando la situación de Not Bold, No underline, Highlight
enesmitad existente entre el visir y ´Utman b. Abi l-Ula, lo cual casi da lugar a una guerra Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
civil en Granada, Alfonso XI se apoderó de alguna plaza y castillos en la frontera. Ante estos Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
acontecimientos Muhammad IV solicitó ayuda a los meriníes y se hizo con Cabra y Priego,
pero a su regreso de Gibraltar a Granada sufrió una emboscada y fue asesinado por dos hijos Not Bold, No underline
de ´Utman b. Abi l-Ula. Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
De este cambio sería heredero su hijo Yusuf I, hijo menor del sultán Ismail I, fue al
ser proclamado emir en 1333, con tan sólo 15 años de edad, y su reinado fue uno de los más Not Bold, No underline
fructíferos, ya que tuvo un gran apogeo político, cultural y económico.. Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
El reinado de Yusuf I fue, uno de los más fructíferos.Se caracterizó por la firma de
pacíficos tratados con los reinos de su tiempo, tanto cristianos (Castilla y Aragón) como Not Bold, No underline

musulmanes (el meriní de Fez); también por contar con grandes poetas áulicos y visires, entre Not Bold, No underline
̣ (m. 1374); y, sobre todo, por sus
los que despuntó el gran humanista lojeño Ibn al-Jatib
grandes construcciones tanto en la propia Granada como en el perímetro de la Alhambra.
Posteriormente, Muh ̣ammad V sucedió a su padre tras su muerte, protagonizando el
reinado más esplendoroso de toda la dinastía. Yusuf II hijo de Muh ̣ammad V sucedió el trono
y contribuyó al enriquecimiento cultural del Reino de Granada, pero murió asesinado por
Muhammad VI, su hijo menor, que ocupó el trono sin corresponderle. Para ello encarceló a Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
su hermano mayor, Yusuf, en el castillo de Salobreña durante diecisiete años.
El principio de la decaída del reino de Granada se da con Muhammad VII, sucesor de Not Bold, No underline
Yusuf III, al cual arrebató el trono su primo Muhammad VIII.Hacia el S.XV, con el sultán Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
Muhammad VII (1392-1408) se reemprendió la ofensiva contra Castilla. Este hecho debilitó
su ejércitoque junto con la creciente estabilidad cristiana y su aumento de recursos y
población, produjo una leve pero constante deriva en el Emirato Nazarí.
En 1417 con la llegada al trono de Muhammad IX, se rompe de nuevo la línea de Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,
sucesión. Éste formó alianza con los reyes de Aragón y Navarra desencadenando una guerra
contra Castilla. Not Bold, No underline
3.74.5 Decadencia y caída del reino
29
Esta dinastía tuvo un total de 20 sultanes o emires granadinos. Muley Hacén (que dió
nombre al pico más alto de Sierra Nevada), el Zagal y Boabdil (conocido como “el Rey
Chico”), fueron los últimos soberanos de la dinastía nazarí. Los tres se vieron implicados en
la llamada "Guerra de Granada", que abarcó desde 1481 (con la toma de la plaza de Zahara,
cerca de Ronda) hasta principios de 1492, cuando Boabdil entregó Granada a los Reyes
Católicos. Este hecho puso fin a más de 260 años de reinado nazarí [117].
Figura 8: Mapa territorio del Reino Nazarí de Granada. Fuente propia Formatted: Underline
30
Litografía de acuarela del patio de los leones. La Alhambra, Granada. (Parcerisa, F. J.).
4 Materiales y
métodos
4.1 PROTOCOLO GENERAL DE TRABAJO
Una vez conocidaos las características y peculiaridades del los conceptos básicos del
ADNm,tasí como y su útil las características de los fragmentos del ADN que se utilizan
enaplicación en Genética Forense y Antropología Molecular, es necesario saber es destacable
indicar que las estructuras de ADNmt se pueden extraer a través de muestras de piel, uñas,
sangre, saliva, cabellos, huesos…, dientes…
El procedimiento analítico en el laboratorio, siempre sigue unos unas pautas o pasos
comunes:
a. Proceso de extracción del ADN.
b. Cuantificación del ADN extraído.
c. Amplificación del ADN
d. Proceso de electroforesis
e. Análisis de los resultados
Extracción Cuantificación Purificación Estimación de

Amplificación Secuenciación Comparación
del ADN de la del ADN del ADN la frecuencia
de RCC de RCC con CRs
muestra extraído amplificado de haplotipos
Figura 9: Proceso de evaluación de una muestra de ADNmt. Fuente propia Formatted: Underline
Se varían Llos protocolos se varían en los distintos pasos en función del tipo, calidad
y cantidad de la muestra.
Formatted: Normal, Line spacing: single
4.2ANÁLISIS GENÉTICO MOLECULAR
4.2.1 Muestras
Para el desarrollo de este trabajo se ha procedido al análisis de marcadores de ADN
mitocondrial en muestras no emparentadas, con fines genético-poblacionales.
Para la realización de los estudios poblacionales se han utilizado muestras de Formatted: Indent: Left: 0", First line: 0.49", Tab
stops: Not at 0.15" + 0.5"
empleado67 individuos de la provincia de Granada, 58 individuos de la provincia de Málaga
y 60 individuos de la provincia de Almería. Todos los donantes fueron informados del
32
propósito de este estudio, aceptaron su participación y firmaron un consentimiento informado
según la guía ética de la declaración de Helsinki.
Formatted: Indent: Left: 0", Tab stops: Not at 0.15" +
0.5"
4.2.2 Proceso de extracción del ADN
Se tomaron muestras del epitelio bucal de todos los individuos mediante hisopos Formatted: Indent: First line: 0.49"
estériles de algodón. El ADN se obtuvo obtivo mediante extracción orgánica con

fenol:cloroformo:alcohol isoamílico, ya que es el método más utilizado en los laboratorios de
genética forense, sobre todo para ADN que pueda estar parcialmente dañado, en pequeñas
cantidades o con una elevada concentración de sustancias contaminantes. El protocolo es el
siguiente:
1. Se cortacon un bisturíestérilla cabeza completa de algodón del hisopo y se introduce
en un tubo eppendorf de rosca.
2. Se añadea cada una de las muestras 300 μl de buffer de extracción (10 mM Tris, 100
mMNaCl, 39 mM DTT, 10 mM EDTA, 2% SDS), 7,5 μl de proteinasa K (10 mg/ml) y
12 μl de DTT.
3. Se deja incubar a 56ºC toda la noche (18-24 horas), para conseguir la rotura de las
membranas celulares y la liberación del ADN.
4. Una vez terminada la incubación, se elimina el hisopo de algodón con una punta de
pipeta.
5. En la campana extractora, se añaden 300 μl de fenol/cloroformo/alcoholisoamilico
24:25:1 (saturado con 10 mM Tris, pH 8, 1 mM EDTA, Sigma) a cada muestra.
6. Se agita hasta conseguir una emulsión lechosa y se centrifuga en una microcentrífuga
3 minutos a máximarevolucion (13000 rpm).
7. Una vez separadas la fase fenólica y clorofórmica se recupera la fase acuosa o fenólica
que es la contiene al ADN y se transfiere a un tubo Amicon-100 (Microcon YM-100,
Millipore) al cual previamente se le ha añadido 100 μl de agua estéril.
8. Se centrifuga a 2500 rpm durante 20 minutos.
9. Se elimina el filtrado y se añaden 200 μl de agua estéril para limpiar la membrana,
volviendo a centrifugar a 2.500 rpm durante 20 minutos.
10. Por último se añaden 100 μl de agua estéril, resuspendiendo varias veces con la pipeta,
se invierte el filtro en un tubo limpio y se centrifuga a 3500 rpm durante 5 minutos.
11. Descartamos el filtro y cerramos el tubo.
Formatted: Indent: First line: 0"
33
4.2.3 Proceso de cuantificación del ADN
Una vez que se ha realizado la extracción de ADN, en mayor o menor cantidad y más
o menos purificado, se debe comprobar la integridad y la cantidad del mismo. Se ha realizado Commented [MSG2]: Es mejor que pongas esta imagen
en la cuantificación de la ampli o la comprobación de la
mediante la separación por electroforesis en geles de agarosa al 0,8%, utilizando el colorante amplificación
Gel Red para teñir el gel y comparando las muestras con los distintos controles según la Formatted: Font: Times New Roman
Formatted: Normal (Web), Justified, Indent: Left:
intensidad de la fluorescencia que emiten al someterlos a luz ultravioleta. 0.5", Line spacing: 1.5 lines
Es importante determinar correctamente la concentración del ADN ya que, tanto un Formatted: Normal (Web), Justified, Line spacing:
1.5 lines
defecto como un exceso de ADN en la reacción de PCR pueden dar lugar a resultados
Formatted: Justified, Indent: First line: 0.49", Line
negativos o a problemas a la hora de interpretar de los resultados. spacing: 1.5 lines
Formatted: Justified, Line spacing: 1.5 lines

Formatted: Justified, Line spacing: 1.5 lines
Formatted: Font: 11 pt, Bold
Figura 10: Gel de agarosa al 0,8%. Formatted: Widow/Orphan control, Adjust space
between Latin and Asian text, Adjust space between
Asian text and numbers
4.2.4 Proceso de amplificación del ADN Formatted: Font: 11 pt, Italic, No underline
En este trabajo se ha llevado a cabo Lla amplificación de las muestras se ha llevado a Formatted: Font: 11 pt, Italic
Formatted: Left, Indent: Left: -0.25", Bulleted + Level:
cabo mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa o PCR (Polymerase Chain Reaction) 1 + Aligned at: 0.25" + Indent at: 0.5"
[118]. En todas las reacciones realizadas, se han amplificado un control positivo, con el cual Formatted: Font: 11 pt, Italic, No underline
podemos (para verificar que la reacción de amplificación ha sido correcta, ) y un control Formatted Table
negativo, (para poder descartar posibles contaminaciones [119], además, todas ellas se han
Formatted: Font: 10 pt, Font color: Custom
llevado a cabo dentro de la campana de Color(RGB(49,132,155))
flujo laminar. Formatted: Font: 10 pt
). La amplificación por PCR de ADNmt se hace generalmente con 34 a 38 ciclos. Algunos Formatted: Font: 10 pt, Font color: Custom
Color(RGB(49,132,155))
protocolos para muestras de ADN que están altamente degradadas piden 42 ciclos [111].En Formatted: Font: 10 pt
este proyecto, se han utilizado las siguientes condicionespara realizar el trabajo: Formatted: Font: 10 pt, Font color: Custom
Color(RGB(49,132,155))
Tabla 2x: Cebadores empleados en la amplificación Color(RGB(49,132,155))
La amplificación se ha llevado a cabo utilizando los siguientes primers: Formatted: Font: 10 pt
A1 (Cebador directo)L15997 5’-CACCATTAGCACCCAAAGCT-3’
H17 (Cebador inverso) 5’-CCCGTGAGTGGTTAATAGGGT-3’
L165555(Cebador directo) 5’-CCCACACGTTCCTTAAAT-3’
Color(RGB(49,132,155))
34
H619 (Cebador inverso) 5’-GGTGATGTGAGCCCGTCTAA-3’
Formatted: Left
Tabla 3X: Componentes del kit de amplificación Formatted: Font: 11 pt, Bold
COMPONENTE CANTIDAD Formatted: Font: 11 pt

Máster Mix 7,5 μl
Cebador 0,3 μl
H2O (estéril) 5,9 μl
ADN (1-3ng) 1 μl
Volumen final 15 μl
Formatted: No Spacing, Indent: Left: 0.49",

Widow/Orphan control, Adjust space between Latin
and Asian text, Adjust space between Asian text and
numbers
Formatted: No Spacing, Widow/Orphan control,

La amplificación se ha llevado a cabo en un termociclador 2720 [AppliedBiosystems]. Las Adjust space between Latin and Asian text, Adjust
space between Asian text and numbers
condiciones de PCR se resumen en el siguiente gráfico:
Formatted: No Spacing, Indent: Left: -0.1",
Widow/Orphan control, Adjust space between Latin
and Asian text, Adjust space between Asian text and
numbers
35
Figura 10: Condiciones de amplificación. Fuente propia Formatted: Underline
Condiciones de amplificación: Formatted: No underline
La amplificación se ha llevado a cabo en un termociclador 2720 [Applied Biosystems].Las

condiciones utilizadas fueron: 95ºC durante 11 minutos, seguidos de 36 ciclos de 95ºC
durante 10 segundos, 60ºC durante 30 segundos y 72ºC durante 30 segundos.
Esta amplificación selectiva requiere alguna información previa acerca de las secuencias que Formatted: Indent: First line: 0"
flanquean el ADN blanco. Sobre la base de esta información se diseñan dos oligonucleótidos
(primers)de alrededor de 15 a 25 pares de bases de longitud. Estos oligonucleótidos actúan
como cebadores para la síntesis in vitro de ADN la cual está habitualmente catalizada por una
36
Figura 10: Condiciones de amplificación

enzima llamada Taq polimerasa.
Dicha enzima, la cual permite el perfeccionamiento de la técnica, se aísla de una bacteria
termófila, denominada Thermus Aquáticus. Esta enzima puede resistir a temperaturas de
95ºC, necesarias para la separación de las dos hebras de ADN y permite manejar
temperaturas de alineamiento y amplificación que dejan margen para manejar la astringencia
de la reacción y así acceder únicamente a las secuencias de ADN especificas para la sonda
utilizada.
La reacción se realiza cuando se mezclan el templado de ADN, dos iniciadores apropiados
(primers), la polimerasa Taq, DNTPs y el buffer. Una vez mezclados se inician los ciclos, en
los cuales se permite la desnaturalización del ADN, alineamientos de los iniciadores y la
síntesis exponencial de los productos de amplificación (extensión):
1. Desnaturalización: Para que comience la reacción es necesario que las moléculas de Formatted: Indent: Left: 0", First line: 0"
doble cadena se desnaturalicen por calor; la temperatura, entre 92-95ºC, rompe los puentes de
hidrogeno que mantiene unidas las dos cadenas complementarias y se separan entre si como
cadenas sencillas de ADN que servirán de moldes para la amplificación.
2. Hibridación: Es la fase de “annealing” o de emparejamiento. Una vez que el ADN
está desnaturalizado, dos tipos de moléculas cebadoras (primers), cuyas secuencias son
complementarias a los extremos de las secuencia a amplificar en el ADN, hibridan
específicamente con las secuencias presentes en las moléculas de ADN molde
desnaturalizadas anteriormente. La temperatura de fusión o annealing depende de varios
factores y es relativamente específica para cada primer, por lo que varia entre 60-40ºC. Una
vez hibridadas las moléculas de los cebadores al ADN molde se generan cortos fragmentos
de ADN de doble banda que sirven como puntos de partida para la posterior polimerización.
3. Extensión: Durante este paso la Taq polimerasa incorpora nucleótidos en el extremo
3' del primer utilizando como molde la cadena de ADN previamente desnaturalizada. La
temperatura a la que se lleva a cabo este paso suele ser de 72ºC ya que es la temperatura a la
que la Taq polimerasa alcanza su máxima actividad. Normalmente una extensión de 20
segundos es suficiente para fragmentos menores de 500 pb, y 40 segundos para fragmentos
por encima de 1.2Kb.
Formatted: Font: Times New Roman, Underline
Formatted: Font: Times New Roman, 11 pt, Italic,
Una vez finalizada la reacción de amplificación se han comprobado mostodas las la Underline

reacciones ón mediante la migración electroforética de los productos amplificados en geles
Formatted: Font: Times New Roman, No underline
de agarosa al 2% teñidos con Gel Red. De esta manera se ha comprobado es posible saber si
Formatted: Font: Times New Roman, 11 pt, Italic,
Underline
37
Figura 11: Gel de agarosa al 2%.. Fuente propia.

la amplificación ha sido positiva y nos indica si debemos aumentar o disminuir la cantidad de
producto amplificado que emplearíamos se va a emplear en posteriores etapas.
4.2.6 Purificación del producto de PCR

Para eliminar todos aquellos nucleótidos (dNTP’s) y cebadores primers que hayan Formatted: Font: Times New Roman
podido quedar libres en la reacción de amplificación y puedan interferir negativamente en la Formatted: Justified, Indent: First line: 0.49", Line
spacing: 1.5 lines
reacción de secuenciación, se ha de purificar el producto resultante de la amplificación.. Formatted: Font: Times New Roman
Una vez que se ha llevado a cabo la amplificación, para realizar la reacción de Formatted: Font: Times New Roman
secuenciación de amplificaficados, estos deben estar previamente purificados, es decir, libres

de restos de primers, dNTPs, enzimas y demás compuestos utilizados durante la PCR. La
calidad de las secuencias está directamente relacionada con el proceso de purificación
empleado, por lo que este proceso método interfiere directamente en el resultado final. En
este caso, para la purificación se ha utilizado el protocolo de MicroElute® Cycle-Pure Kit:,
técnica que está basado en la utilización de columnas de filtración. estéril
Formatted: Normal (Web), Justified, Indent: First line:
0.49", Line spacing: 1.5 lines
4.2.7 Secuenciación Formatted: Normal
La secuenciación es un conjunto de métodos y técnicas bioquímicas que permiten

determinar el orden de nucleótidos que componen el fragmento de ADNmt que se quiere
estudiara estudiar. Se Para ello se ha utilizado el método de secuenciación de Sanger o
secuenciación ciclíca, que emplea sucesivos ciclos de desnaturalización, hibridación de
cebadorprimer, y polimerización para crear grandes cantidades de producto en una única
reacción, incrementándose linealmente el producto de ADN. El método está basado en la
polimerización del ADN y el uso de dideoxinucleótidos (ddATP, ddCTP, ddTTP, ddGTP),
marcados con un fluorocromo, que sirven como terminadores de la reacción. El sistema más
utilizadoque y que se aplicó en este trabajo fue el desarrollado por AppliedBiosystems,
mediante el kit kit ABI PRISM Big Dye v3.1 [120]. La preparación de la reacción de
secuenciación se llevó a cabo utilizando los siguientes reactivos:
- 2,5μl de producto de PCR purificado.
- 0,52μl de kit de secuenciación BigDye v3.1.
- 2,5μl de buffer_5X.
- 0,7 de DMSO.
- 3μl de cebador primer(directo o inverso).(forward o reverse)
38
Figura 121: Condiciones de la reacción de secuenciación. Fuente propia Formatted: Underline
 - 5,51,5μl de agua estéril. 
El programa utilizado en el termociclador fue: 96ºC durante 1 minuto, Formatted: Font: 8 pt
seguidos de 35 ciclos de 96ºC durante 10 segundos, 50ºC durante 5 segundos y Formatted: Indent: Left: 0.98"
60ºC durante 4 minutos.

Formatted: Font: Times New Roman, 14 pt, Bold
Formatted: Indent: Left: 0.98", First line: 0"
4.2.8Purificación del producto de secuenciación
Formatted: Font: Cambria
Una vez concluido el proceso de secuenciación, se debe purificar el producto, con el
fin de eliminar todos los nucleótidos y terminadores que no han sido incorporados, que
dificultan la interpretación y visualización de los resultados.
Para llevar a cabo el proceso de purificación del producto de secuenciación se ha
utilizado el método de centrifugación mediante columnas DTR o Dye Terminator Removal.
Éstas columnas contienen una resina que permite la eliminación de terminadores de
secuenciación, sales, dNTPs, o proteínas presentes en la reacción de secuenciación [121].
39
Una vez que las secuencias están purificadas se han separado por electroforesis
capilar mediante un secuenciador ABI PRISM 3130® Genetic Analyzer (AB).
Los diferentes fragmentos de ADN se han separado en función del tamaño,
dependiendo de la velocidad de migración de las moléculas cargadas bajo la acción de un
campo eléctrico. La separación se lleva a cabo en un capilar de sílice fundido de pequeño
diámetro y longitud variable. El capilar se encuentra cubierto por poliamida opaca excepto
por una pequeña zona denominada “ventana del capilar” la cual es atravesada por el láser y
permite que las muestras sean excitadas a su paso por la misma.
Finalmente los datos analizados son enviados al ordenador el cual los transforma en
secuencias de ADN. Las secuencias se han visualizado con el programa Sequencing Analysis
(AB), que se encarga de asignar los nucleótidos en cada posición en las secuencias obtenidas.
Posteriormente han sido comparadas con la Secuencia de Referencia de Cambridge revisada
(rCRs) utilizando el programa SeqScape 5.2 (AB).
4.2.10 Análisis estadistico
- Todas los datos de los perfiles genéticos de los individuos que han participado en el
estudio poblacional se han representado en tablas de Excel de forma anónima, es decir
mediante su un código para cada individuo y su perfil genético.
- Cada uno de los polimorfismos encontrados mediante la comparación de las
secuencias con la Secuencia de Referencia de Cambridge revisada (rCRs) utilizando
el programa SeqScape 5.2 han sido introducidos en la aplicación MITOMAP;
disponible en www.mitomap.org/MITOMAP; en la que se ha comprado la frecuencia
con la que se han encontrado los diferentes polimorfismos en base a referencias
bibliográficas.
- En el programa EMPOP; disponible en empop.org; se han analizado los posibles
errores en el recuento de polimorfismos.
- Las frecuencias de los haplotipos encontrados se han calculado mediante hojas de
cálculo, donde se han introducido los diferentes polimorfismos y haplotipos
encontrados en las poblaciones de Granada, Málaga y Almería. Además también han
sido calculadas mediante Arlequin 3.5.2.1. [122].
- Para determinar la subestructura genética de las poblaciónes del Reino de Granada, se
testó la hipótesis de una distribución aleatoria de los individuos entre parejas de
poblaciones mediante un test exacto de diferenciación de la población y el análisis de
40
la varianza molecular (AMOVA) con 10.000 repeticiones experimentales mediante
Arlequin 3.5.2.1. Además, se utilizó STRUCTURE 2.3.4 [123,124]para inferir grupos
de individuos a partir de los datos genéticos de loci no ligados. Para todas las
simulaciones y cálculos, se asumieron los modelos de mestizaje y no mestizaje,
incluyendo información poblacional y asumiendo un modelo de frecuencias alélicas
independientes. Se estableció un periodo de burn-in de 50.000 iteraciones seguido de
100.000 iteraciones adicionales, estimando de 1 a 10 contribuciones (K). Cada carrera
se repitió 10 veces y se calcularon las probabilidades para cada K en cada grupo de
carreras.
- El calculo de los haplogrupos se obtuvo mediante la aplicación on-line: Haplogrep Formatted: Font: Times New Roman
(haplogrep.uibk.ac.at/) basado en Phylotree.org; disponible en www.phylotree.org, en Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt
la cual al introducir los diferentes polimorfismos muestra el haplogrupo al que
corresponde.
cálculoAlmería Formatted: List Paragraph

41
Acuarela del Generalife. Granada. La Alhambra. (EduardGerhardt)
6 Resultados
37
y discusión
H5'36 1,19
H7a2 2,38
L2a1 1,19
H2a2a 15,47
H1b1+16362 1,19
U5a2a1+152 1,19
V+@72 3,57
H20a 1,19
U5a2 1,19
K1a 2,38
H10+(16093) 1,19
J2b1a 2,38
H1+16189 2,38
U4a2 2,38
H5 1,19
H3z 2,38
43
H3v+16093 1,19 Formatted: Font: 12 pt
T2b 2,38 6.1 Análisis de ADN
T2c1+146 1,19
HV4b 1,19 mitocondrial
J1c2e2 2,38 Para este trabajo se ha analizado la
región control completa de un total de 185 muestras, pertenecientes a 67 individuos de la
provincia de Granada, 58 individuos de la provincia de Málaga y 60 individuos de la
provincia de Almería. Todas ellas fueron cuantificadas correctamente, 141 se amplificaron de
manera eficaz, pero finalmente se ha conseguido la secuencia completa de la región control,
de 33 muestras de la población de Granada, 38 muestras de la población de Almería y 13
muestras de la población de Málaga.
Para todas las muestras se ha considerado el rango de posiciones 16024-16569 de
RC1 y 1-560 de RC2.
6.2 Estudio poblacionalHaplotípico

Se han encontrado haplotipos únicos y coincidentes en cada una de las poblaciones.
Se han calculado las posiciones polimórficas (sustituciones) encontradas en las 3
poblaciones, distinguiendo entre transversiones y transiciones, el número de deleciones y el
número de inserciones. También se calcularon los índices de diversidad poblacional (dentro
de cada población): H, diversidad haplotípica y, la capacidad de discriminación y la
probabilidad de coincidencia. Todos los resultados se muestran en la tabla 4 y 5.1,5.2,5.3.
Tabla 4: Estudio haplotípico de las poblaciones
Población Nº de Nº de Nº de Nº de Nº de Nº de Nº de inser. Formatted: Font: Bold

muestras Haplotipos sustit. transic transv. delec. Formatted: Font: Bold
Almería 38 35 77 70 7 3 8
Formatted: Font: Bold
Granada 33 29 70 66 4 3 9 Formatted: Font: Bold
Málaga 13 13 33 29 4 2 4 Formatted: Font: Bold
GMA 84 7465 111 97 14 4 10 Formatted: Font: Bold

En la población de Almería se encontraron un total de 88 polimorfismos diferentes, y Formatted: Font: Bold

Formatted: Highlight
de ellos los mas frecuentes observados fueron las sustituciones T16519C (9,93%), A73G
(5,82%), A263G (10,95%), y las inserción -315.1C (10,95%).
En la población de Granada se encontraron un total de 82 polimorfismos diferentes, y
de ellos los mas frecuentes observados fueron las sustituciones T16126C (2,22%), T16519C
44
(7,96%), A73G (4,77%), T152C (3,18%), A263G (12,10%), y las inserciones -309.1C
(7,32%) y -315.1C (11,46%).
En la población de Málaga se encontraron 39 polimorfismos, entre los cuales más
frecuentes fueron las sustituciones T16311C (5,26%), T16519C (9,47%), A73G (6,31%),
A263G (13,68%) y la inserción -315.1C (13,68%).
En GMA se encontraron un total de 124 polimorfimos siendo los mas frecuentes
T16519C (9,93%), A73G (5,82%), A263G (10,95%), y las inserción -315.1C (10,95%) al Formatted: Font color: Yellow
igual que en las poblaciones individuales.
Tabla 5.1: Estudio haplotípico de la población de Almería
HAPLOTIPOS N F Formatted: Font: Bold
A38, A52 1 2 0,05263 Formatted Table
A15, A16, A28 1 3 0,07894 Formatted: Font: Bold
Haplotipos únicos 33 1 0,02631 Formatted: Font: Bold
Total de individuos 38
Probabilidad de coincidencia 0,03185
Diversidad Haplotípica 0,9786
Capacidad de discriminación 92,10%
Tabla 5.2: Estudio haplotípico de la población de Granada
HAPLOTIPOS N F Formatted Table
G12, G21, G64, G67 1 4 0,1212 Formatted: Font: Bold

G35, G54 1 2 0,0606
Haplotipos únicos 27 1 0,0303
Diversidad Haplotíipica 0,9365
Tabla 5.3: Estudio haplotípico de la población de Málaga
Haplotipos unicosúnicos 13 1 0,0769 Formatted: Font: Bold
Total de individuos 13 Formatted: Font: Bold

45
Diversidad Haplotíipica 1
Capacidad de discriminación 100%
Tabla 5.4: Estudio haplotípico de GMA Formatted: Indent: First line: 0", Line spacing: single
G12, G21, G64, G67 1 4 0,1212

G35, G54 1 2 0,0606
Haplotipos únicos 27 1 0,0303
Diversidad Haplotípica 0,9365
Formatted: Font color: Auto
En la tabla 6 se muestra el nombre de la muestra (A=Almería, G=Granada,

M=Málaga), el número de individuos que comparten el haplotipo (N), la frecuencia de cada
haplotipo, los haplotipos (polimorfismos) que se han obtenido para cada una de las
poblaciones y los haplogrupos a los que pertenece cada una de ellas.
Tabla 6: Haplogrupos y haplotipos para cada población
MUESTRA N FRECUENCIA HAPLOGRUPO POLIMORFISMO Formatted Table

A8 G12 G21 5 0,0595 H2a2a T16519C, A263G, -309.1C, -315.1C, -309.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G64 G67
A38 A52 5 0,0595 H2a2a T16519C, A263G, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
M31 G35
G54
A15, A16, 3 0,0357 V+@72 C16291T, T16298C, A263G, -309.1C, -309.2C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A28 315.1C
A27, G55 2 0,0238 J2b1a C16069T, T16126C, C16193T, C16278T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A73G, C150T, T152C, A263G, C295T, -
309.1C, -315.1C, T489C
A41, G36 2 0,0238 J1c2e2 C16069T, T16126C, C16278T, C16366T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16519C, A73G, G185A, A188G, G228A,
A263G, C295T, -309.1C, -315.1C, C462T,
T489C, A523DEL, C524DEL
A57 1 0,0119 A2+(64)+16129 C16111T, G16129A, C16223T, C16290T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G16319A, T16362C, C64T, A73G, T146C,
A153G, A235G, A263G, -309.1C, -315.1C,
A523DEL, C524DEL
A29 1 0,0119 H1+16189 A16183C, T16189C, A16293C, T16519C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
46
A263G, -315.1C
G11 1 0,0119 H1+16189 A16183C, T16189C, T16519C, A263G, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
315.1C
A26 1 0,0119 H10+(16093) T16093C, G16129A, T16519C, G121C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A263G, -315.1C
G46 1 0,0119 H1a1 A16162G, T16209C, T16519C, A73G, A263G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
-315.1C
G66 1 0,0119 H1aj1 C16192T, T16519C, A263G, -309.1C, -309.2C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
-315.1C
A10 1 0,0119 H1b1+16362 T16189C, T16356C, T16362C, T16519C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A263G, 315.1C, A523DEL, C524DEL
A47 1 0,0119 H1ba C16270T, T16519C, A263G, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
M18 1 0,0119 H1ba A16051G, C16270T, T16311C, T16519C,
A263G, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G9 1 0,0119 H1e+16129 G16129A, T16519C, T146C, A263G, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G68 1 0,0119 H1e+16129 G16129A, T16519C, T195C, A263G, -309.1C,
-309.2C, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A53 1 0,0119 H1e1a1 T16189C, T16311C, T16519C, A93G, A263G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
-309.1C, -309.2C,
-315.1C
G7 1 0,0119 H1e1a1 C16169T, T16519C, A93G, A200G, A263G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T279C, -315.1C
G51 1 0,0119 H1e1a4 T16311C, C16327T, T16519C, A263G, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
309.1C, -309.2C, -315.1C
M6 1 0,0119 H1e1a6 T16519C, C150T, A263G, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A22 1 0,0119 H20a T16136C, C16218T, C16328A,T16362C,
A249DEL, A263G, T292C, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A59 1 0,0119 H2a2a A16181G, T16519C, A263G, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
M53 1 0,0119 H2a2a 16188G, T16519C, A263G, -315.1C
G14 1 0,0119 H2a2a T16519C, A263G, -309.1C, -309.2C, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A43 1 0,0119 H32 G16145A, T16519C, A73G, T152C, A263G, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
315.1C
A36 1 0,0119 H3v+16093 T16093C, T16519C, T152C, C182T, A263G, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
309.1C, -315.1C, T408A Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A34 1 0,0119 H3z T16136C, T16519C, G207A, A263G, T293C, -
309.1C, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A50 1 0,0119 H3z T16519C, A263G, T293C, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A33 1 0,0119 H5 T16304C, A263G, -309.1C, -315.1C, C456T
A1 1 0,0119 H5'36 T16189C, A263G, -309.1C, -309.2C, -315.1C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
C456T Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A45 1 0,0119 H57 T16519C, C64T, T152C, A263G, -309.1C, -
315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G19 1 0,0119 H6 T16093C, T16362C, A16482G, 239C, A263G, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
309.1C, -315.1C
M8 1 0,0119 H74 T16311C, T72G, A263G, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A3 1 0,0119 H7a2 T16519C, C16176T, T152C, A263G, -309.1C, -
309.2C, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A58 1 0,0119 H7a2 C16176T, T16519C, T152C, A263G, -309.1C, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
315.1C
A51 1 0,0119 HV0 G16129A, T16298C, T72C, A263G, -309.1C, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
309.2C, -315.1C,
-524.1A, -524.2C
G25 1 0,0119 HV0 T16189C, T16298C, T16362C, T72C, A263G, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
315.1C
G49 1 0,0119 HV0 A16220C, T16298C, T16519C, T72C, A200G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A263G,
-309.1C, -315.1C
M23 1 0,0119 HV17 C16111T, T16519C, T152C, A263G, -315.1C, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
524.1A, -524.2C
A40 1 0,0119 HV4b C16069T, T16519C, T152C, A263G, -309.1C, - Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
47
315.1C, A523DEL, C524DEL
A56 1 0,0119 I5a4 G16129A, C16223T, T16311C, G16391A, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16519C, A73G, T199C, T204C, A263G,
T250C, -309.1C, -315.1C, A574C
G69 1 0,0119 I5a4 G16129A, C16223T, T16519C, A73G, T199C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T204C, T250C, A263G, -315.1C, A574C
G29 1 0,0119 J1c1 C16069T, T16126C, T16519C, A73G, G185A, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G228A, A263G, C295T, -309.1C, -315.1C,
C462T, T482C, T489C
A48 1 0,0119 J1c3e C16069T, T16126C, G163690A, A73G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G185A, G228A, A263G, C295T, -309.1C, -
315.1C, C462T, T489C
A42 1 0,0119 J2a1a1a C16069T, T16126C, G16145A, T16231C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
C16261T, T16519C, A73G, C150T, T152C,
T195C, A215G, A263G, C295T, -310.1T,
-315.1C, T319C, T489C, G513A
A25 1 0,0119 K1a C16278T, T16311C, T16519C, A73G, A263G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
-315.1C, C497T
M17 1 0,0119 K1a G16129A, T16224C, T16311C, T16519C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A73G, A263G, -315.1C, C497T, -524.1A, -
524.2C
A6 1 0,0119 L2a1 T16189C, C16278T, C16294T, T16309G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16362C, G163690A, A73G, T146C, C150T
T152C, T195C, A263G, -309.1C, -
315.1C
M2 1 0,0119 L2a1+143 C16223T, C16278T, C16294T, T16309G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G163690A, A73G, G143A, T152C, T195C,
A263G, -309.1C, -315.1C, A523DEL,
C524DEL
G61 1 0,0119 M5a1 G16129A, C16223T, C16291T, T16298C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16362C, T16519C, A73G, A263G, -309.1C, -
309.2C, -315.1C, T489C, -524.1A, -524.2C
A49 1 0,0119 T1 T16126C, A16163G, T16189C, C16294T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16519C, A73G, A263G
A37 1 0,0119 T2b T16126C, C16294T, C16296T, T16304C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16519C, A73G, A263G, -309.1C, -315.1C
M38 1 0,0119 T2b T16126C, C16294T, C16296T, T16304C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16519C, A73G, A263G, -315.1C
G63 1 0,0119 T2b13a A16051G, T16126C, A16146G, C16294T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16304C, T16519C, A73G, T195C, A263G, -
315.1C
A39 1 0,0119 T2c1+146 T16126C, C16292T, C16294T, C16296T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16422C, T16519C, A73G, T146C, A263G, -
315.1C, C518T, A523DEL, C524DEL
G28 1 0,0119 U3 A16343G, A73G, C150T, A263G, -315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G60 1 0,0119 U3 C16260T, A16343G, A73G, C150T, A263G, -
315.1C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G65 1 0,0119 U4a1 C16134T, C16266T, T16325C, T16356C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16519C, A73G, T152C, T195C, A263G, -
315.1C, G499A, -524.1A, -524.2C
A30 1 0,0119 U4a2 T16356C, T16519C, A73G, T195C, A200G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A263G, T310C, G499A, -524.1C, -524.2A, -
524.3C, -524.4A
G33 1 0,0119 U4a2 T16356C, T16519C, A73G, A153G, T195C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A263G, T310C, G499A
G57 1 0,0119 U4a3a A16265G, C16294T, T16356C, T16362C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16519C, A73G, T195C, G247A, A263G, -
309.1C, -315.1C, G499A, -524.1A, -524.2C, -
524.3A, -524.4C, -524.5A, -524.6C
G53 1 0,0119 U5a1+@16192 G16129A, C16256T, C16270T, A16369G, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
48
A73G, A263G, -315.1C
A23 1 0,0119 U5a2 C16192T, C16256T, C16270T, G16526A, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A73G, A263G, -309.1C, -315.1C
A13 1 0,0119 U5a2a1+152 C16114A, C16192T, C16256T, C16270T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
C16294T, T16311C, G16526A, A73G, T152C,
A263G, -309.1C,
-315.1C
G22 1 0,0119 U5b1b1+@16192 A16183C, T16189C, C16270T, T16519C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G71DEL, A73G, C150T, A263G, -309.1C, -
309.2C, -315.1C
G52 1 0,0119 U5b2a1a2 G163690A, T16519C, C150T, A263G, -315.1C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A73G
M46 1 0,0119 U5b2b3 T16224C, C16270T, T16362C, T16519C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A73G, C150T, A263G,
-309.1C, -315.1C, A517T
M19 1 0,0119 U6a T161T72C, A16129G, C16278T, C16290T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A73G, A263G,
-315.1C
M39 1 0,0119 U6a'b'd+16311 T16172C, A16129G, T16311C, A73G, T152C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
G207A, A263G,
-309.1C, -315.1C
M21 1 0,0119 V10a C16261T, T16298C, T16311C, T16362C Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
T16519C, T72C, A263G, -309.1C, -
315.1C
G20 1 0,0119 W C16223T, C16292T, G16346A, T16519C, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
A73G , A189G, T195C, C198T, T204C,
G207A, A263G, -309.1C, -315.1C
G62 1 0,0119 X3a A16182C, A16183C, T16189C, C16223T, Formatted: Font: Not Bold, Font color: Auto
C16278T, T16519C, A73G, T146C, A153G,
C256T, A263G,
-309.1C, -309.2C, -315.1C
En la tabla 7 se muestran todos los polimorfismos encontrados en las diferentes

poblaciones.
Tabla 7: Polimorfismos encontrados en las 3 poblaciones
A16051G A16265G C64T G121C A200G -309.1C T408A G513A

C16069T C16266T G71DEL G143A T204C -309.2C C456T A517T
T16093C C16270T T72G T146C G207A T310C C462T C518T
C16111T C16278T T72C C150T A215G -310.1T T482C A523DEL
C16114A C16290T A73G T152C G228A -315.1C T489C C524DEL
T16126C C16291T A93G A153G A235G T319C C497T -524.1A
G16129A C16292T C182T T239C G499A -524.2C
C16134T A16293C G185A G247A -524.3A
T16136C C16294T A188G A249DEL -524.4C
G16145A C16296T A189G T250C -524.5A
A16146G T16298C T195C C256T -524.6C
A16162G T16304C C198T A263G A574C
A16163G T16309G T199C T279C
C16169T T16311C T292C
T16172C G16319A T293C
C16176T T16325C C295T
A16181G C16327T
A16182C C16328A
49
A16183C A16343G
C16188G G16346A
T16189C T16356C
C16192T T16362C
C16193T C16366T
T16209C G16390A
Formatted: Indent: First line: 0.49"
C16218T G16391A
A16219G A16399G Formatted: Font: Not Bold
A16220C T16422C Formatted: Justified, Indent: First line: 0.49"
C16223T A16482G
T16224C T16519C
T16231C G16526A Formatted: Font: 11 pt
C16256T Formatted: Font: 11 pt
C16260T
C16261T
En la población de Almería se encontraron un total de 88 polimorfismos diferentes, y Formatted: Font: 11 pt
de ellos los mas frecuentes observados fueron las sustituciones T16519C (9,93%), A73G Formatted: Font: 11 pt, Bold, Font color: Custom
Color(RGB(49,132,155))
(5,82%), A263G (10,95%), y las inserción -315.1C (10,95%). Formatted: Font: 11 pt
En la población de Granada se encontraron un total de 82 polimorfismos diferentes, y Formatted: Font: 11 pt, Bold, Font color: Custom
Color(RGB(49,132,155))
de ellos los mas frecuentes observados fueron las sustituciones T16126C (2,22%), T16519C
Formatted: Centered
(7,96%), A73G (4,77%), T152C (3,18%), A263G (12,10%), y las inserciones -309.1C
Formatted Table
(7,32%) y -315.1C (11,46%). Formatted: Font: 11 pt, Bold, Font color: Custom
Color(RGB(49,132,155))
En la población de Málaga se encontraron 39 polimorfismos, entre los cuales más
Formatted: Font: 11 pt, Bold, Font color: Custom
frecuentes fueron las sustituciones T16311C (5,26%), T16519C (9,47%), A73G (6,31%), Color(RGB(49,132,155))
A263G (13,68%) y la inserción -315.1C (13,68%). Formatted: Font: 11 pt, Bold, Font color: Custom
Color(RGB(49,132,155))
6.3 Estructura de la población.
Formatted: Font: 11 pt, Bold, Font color: Custom
Para determinar si el estudio de los polimorfismos permite establecer una Color(RGB(49,132,155))
subestructura de la población de estudio en función de las tres provincias de las que proceden Formatted: Centered
las muestras, se realizaron estudios de AMOVA y STRUCTURE.
Formatted: Font: 11 pt, Not Bold
Formatted: Font: 11 pt, Font color: Accent 5
Fuente de Suma de Componente Porcentaje de Formatted: Font: 11 pt
Diseño d.f
variación cuadrados de varianza fijación Formatted: Font: 11 pt, Not Bold
3 Grupos Entre grupos 2 10,129 0,00907 0,18756 Formatted: Font: 11 pt
Grupo 1: Dentro de los Formatted: Font: 11 pt, Font color: Accent 5

81 391,157 4,82910 99,81244 Formatted: Font: 11 pt
Almería grupos
Grupo 2:
Índice de Formatted: Font: 11 pt, Not Bold
Málaga
Total 83 401,286 4,83818 fijación FST: Formatted: Font: 11 pt, Not Bold
Grupo 3 :
0,00188 Formatted: Font: 11 pt, Font color: Accent 5
Granada
50
Formatted ...
Formatted ...
Formatted ...
Formatted ...
Formatted ...
6.3 Calculo de Haplogrupos Formatted ...
Formatted Table ...
Los haplogrupos determinados mediante el programa Haplogrep, se han detallado en
Formatted ...
las tablas 8, 8.1, 8.2 y 8.3 con sus respectivas frecuencias en cada una de las poblaciones.
Formatted ...
El haplogrupo predominante en GMA, en la población de Almería y en la población Formatted ...
de Granada es el haplogrupo H2a2a. Este haplogrupo es común entre las tres poblaciones, y Formatted ...
es predominante en la población de Armería y en la población de Granada pero en la Formatted ...
Formatted ...
población de Málaga todos los haplogrupos se encuentran en la misma frecuencia.
Formatted ...
Formatted ...
Formatted ...
Tabla 8: Frecuencia de los haplogrupotipos en GMAlas tres poblaciones
Formatted ...
Formatted ...
A2+(64)+1612 H1+16189 H10+(1609 H1a1 H1aj1 H1b1+16362 H1ba Formatted ...
9 3)
1,19% 2,38% 1,19% 1,19% 1,19% 1,19% 2,38% Formatted ...
Formatted ...
H1e+16129 H1e1a1H1e H1e1a4H1 H1e1a6H1e H20aH1e1 H2a2aH20a H32H2
+16129 e1a1 1a4 a6 a2a Formatted ...
2,38% 2,38%2,38% 1,19%2,38 1,19%1,19% 1,19%1,19% 15,47%1,19% 1,19%15
% ,47% Formatted ...
H3v+16093H3 H3zH3v+16 H5H3z H5’36H5 H57H5’36 H6H57 H74H6 Formatted ...
2 093
1,19%1,19% 2,38%1,19% 1,19%2,38 1,19%1,19% 1,19%1,19% 1,19%1,19%
1,19%1, Formatted ...
% 19% Formatted ...
H7a2H74 HV0H7a2 Hv17HV0 HV4bHv17 I5a4HV4b J1c1I5a4 J1c2e2J
1c1 Formatted ...
2,38%1,19% 3,57%2,38% 1,19%3,57 1,19%1,19% 2,38%1,19% 1,19%2,38% 2,38%1, Formatted ...
% 19%
J1c3eJ1c2e2 J2a1a1aJ1c J2b1aJ2a1 K1aJ2b1a L2a1K1a L2a1+143L2a1 M5a1L2 Formatted ...
3e a1a a1+143 Formatted ...
1,19%2,38% 1,19%1,19% 2,38%1,19 2,38%2,38% 1,19%2,38% 1,19%1,19% 1,19%1,
% 19% Formatted ...
T1M5a1 T2bT1 T2b13aT2 T2c1+146T U3T2c1+146 U4a1U3 U4a2U4 Formatted ...
b 2b13a a1
1,19%1,19% 2,38%1,19% 1,19%2,38 1,19%1,19% 2,38%1,19% 1,19%2,38% 2,38%1, Formatted ...
% 19% Formatted ...
U4a3aU4a2 U5a1+@161 U5a2U5a U5a2a1+152U5 U5b1b1+@ U5b2b3
92U4a3a 1+@16192 a2 16192U5a2a U5b2a1a2U5 U5b2a1a Formatted ...
1+152 b1b1+@1619 2 Formatted ...
2
1,19%2,38% 1,19%1,19% 1,19%1,1 1,19%1,19% 1,19%1,19% 1,19%2,3 Formatted ...
9% 2,38%1,19% 8% Formatted ...
U6aU6a U6a’b’d+163 V+@72V+ V10V10 WW X3a
11U6a’b’d+1 @72 Formatted ...
6311 Formatted ...
1,19%1,19 1,19%1,19% 3,57%3,57 1,19%1,19% 1,19%1,19% 1,19%
% % Formatted ...
Formatted ...
Formatted ...
Tabla 8.1: Frecuencias de los haplogrupotipos en la población de Almería Formatted ...
Formatted ...
Formatted ...
51
Formatted ...
Formatted ...
H5'36 H7a2 L2a1 H2a2a H1b1+163 U5a2a1+1 V+@72 H20a U5a2 Formatted: Indent: Left: 0", Hanging: 0.02"
62 52
0,02633 0,0526 0,0263 0,1052 0,0263 0,02631 0,0789 0,0263 0,0263 Formatted Table
596 Formatted: Indent: Left: 0", Hanging: 0.02"
K1a H10+(16093 J2b1a H1+161 U4a2 H5 H3z H3v+1 T2b Formatted: Indent: Left: 0", Hanging: 0.02"
) 89 6093
0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 0,0526 0,0263 0,0263 Formatted: Indent: Left: 0", Hanging: 0.02"
T2c1+1 HV4b J1c2e2 J2a1a1a H32 H57 H1ba J1c3e T1 Formatted: Indent: Left: 0", Hanging: 0.02"
46
0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 0,0263 Formatted: Indent: Left: 0", Hanging: 0.02"
HV0 H1e1a1 I5a4 A2+(64)

+16129
0,0263 0,0263 0,0263 0,0263
Tabla 8.2: Frecuencias de los haplogrupotipos en la población de Málaga Formatted: No underline

Formatted: Font: Not Bold, No underline
K1a H1ba U6a V10a HV17 H2a2a H2a2a T2b U6a'b'd+16311 U5b2b3
0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 0,1 Formatted: Font: Not Bold, No underline
Tabla 8.3: Frecuencias de los haplogrupostipos en la población de Granada Formatted: No underline

Formatted: Font: Not Bold, No underline
H1+161 U5b1b1+@ Formatted: Font: Not Bold, No underline

H1e1a1 H1e+16129 H2a2a H6 W HV0
89 16192 Formatted: No underline
0,0303 0,0606 0,0303 0,2121 0,0303 0,0303 0,0303 0,0606
Formatted Table
U5a1+@161
U3 J1c1 U4a2 J1c2e2 H1a1 H1e1a4 U5b2a1a2
92
0,0606 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 Formatted: Font: Not Bold
U4a3aJ1 M5a1J1 X3aH1a T2b13aH1e U4a1U5b2a H1aj1U5a1

J2b1aU4a2 I5a4 U4a3a
c1 c2e2 1 1a4 1a2 +@16192
0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 Formatted: Font: Not Bold
0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303
M5a1 X3a T2b13a U4a1 H1aj1 I5a4

0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303 0,0303
Formatted Table
52
Formatted: Font: (Default) Times New Roman
Formatted: Right
Acuarela del Patio de los Leones. Granada. La Alhambra. (EduardGerhardt)
Formatted: Right
7 Discusión Formatted: Normal
7 Discusión
7.1 Estudio poblacional genético de polimorfismos del ADNmt
Se determinó la secuencia de ADNmt de la región control de 84 individuos Europeos,

pertenecientes a las poblaciones de Alméria, Granada y Málaga. Se encontró un total de 65
haplotipos de ADNmt diferentes, de los cuales 4 fueron compartidos por mas de una persona.
El estudio de polimorfismos genéticos en las poblaciones de Almería, Granada y Málaga nos
revela que que los polimorfismos que se han encontrado 124 polimorfismos diferentes y que
el haplotipo mas frecuente en fue T16519C, A263G, -315.1C, encontrado en 5 individuos y
el haplotipo T16519C, A263G, -315.1C, -309.1C encontrado también en 5 individuoslos
correspondientes a T16519C, A73G, A263G, y -315.1C se encuentran de manera frecuente
en las 3 poblaciones. El haplotipo T16519C, A263G, -315.1C es especialmente frecuente en
Eurasia occidental y se produce con una frecuencia de 3-4% en muchas poblaciones Europeas
[104,125] . Tras la realización del análisis estadístico en las poblaciones se ha podido
observar que las capacidades de discriminación eran del 92,10% en la población de Almería,
87,87% en la población de Granada y 100% en la población de Málaga. La capacidad
haplotipica de las poblaciones
Poner tb diversidad haplotipica Formatted: Font color: Accent 5
P
ara
pode
r
enten
der
bien
como
se
distri
buye
n los
poli
morfi
smos
en
cada
una
de
las
Figura 132: Distribución de polimorfismos y haplogrupos en las Formatted: Font: Bold, Underline
mues muestas de Málaga. Formatted: Underline
tras de las poblaciones de estudio se han construido arboles filogenéticos indicando los
polimorfismos que dan lugar a cada haplogrupo.
56
57
58
59
Formatted: Indent: First line: 0", Line spacing: single
7.2 Estudio de Haplogrupos
El estudio de los haplogrupos presentes en las poblaciones de Almería, Granada y
Málaga nos revela que el haplogrupo H es el mayoritario en la población del Reino de
Granada con un 46,4%. Aparte de este haplotipo mayoritario, se observan otros haplotipos
que también son frecuentes, como el Haplotipo U con un 16,6%.
El haplogrupo H es el más frecuente en la población Europea. Este haplogrupo ha
debido ser introducido desde Oriente Medio en diferentes sub-haplogrupos, siendo en este
caso el mas frecuente observado el H2a2a con un 15,47 %.
El Haplogrupo U es característico de Eurasia occidental y es descendiente del
macrohaplogrupo R. Entre los sub-haplogrupos observados correspondientes a este
haplogrupo, los máas frecuentes fueron U3, U4a2 y U5b2a1a2 con un 2,38%.
A H HV I J K L M T U V W X
1,19% 46,4% 5,95% 2,38% 8,33% 2,38% 2,38% 1,19% 5,95 16,6% 4,76% 1,19% 1,19%
Figura 142: Gráfico de sectores de haplogrupos presentes en las 3 poblaciones y sus frecuencias.. Fuente propia Formatted: No underline
60
Figura 14: Gráfico de sectores de los sub-haplogrupos del haplogrupo H presentes en las 3 poblaciones y sus
frecuencias.
Figura 15: Gráfico de sectores de los sub-haplogrupos del haplogrupo U presentes en las 3 Formatted: Font: 11 pt
poblaciones y sus frecuencias.
61
62
Acuarela del peinador de la reina. Granada. La Alhambra. (Trevor Haddon).
7 Conclusiones
63
Acuarela del patio de la lindaraja. Granada. La Alhambra. (Trevor Haddon)
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Saray Martínez González

Trabajo de fin del master: Tutor: Juan Carlos Álvarez Merino

Formatted: Normal, Line spacing: single, No bullets

Formatted: List Paragraph, Numbered + Level: 1 +

3.2.2 Secuencia de referencia de ADN mitocondrial humano

ADN Ácido desoxirribonucléico

A todos los que forman parten del Departamento de Medicina legal,Toxicología y

2 Objetivosvos Formatted: Tab stops: 2.77", Left + Not at 2.95" +

2. Obtener los parámetros de interés en genética poblacional a partir de los datos

3. Calcular los diferentes haplogrupos de ADNmt presentes en la población de estudio.

4. Estudiar las relaciones existentes entre los haplogrupos encontrados en la población

5. Comparar la población de estudio con poblaciones que han influido en la estructura

Formatted: Tab stops: 2.77", Left + Not at 2.95" +

son descendientes de las bacterias aeróbicas que, de alguna forma, sobrevivieron a la

3.2.1 Organización y estructura

Genoma nuclear Genoma mitocondrial

Formatted: Font: Times New Roman, 12 pt

En cuanto a su estructura, el ADNmt se caracteriza por ser una molécula de doble

regiones, una región codificante y una no codificante:

transcripción de ambas cadenas, el origen de replicación de la cadena pesada y secuencias de

Genes ARN ribosomal ND6

ARNtLeu Genes ARN transferente

Genes del complejo I (NADH- ND5

ARNtIle Genes del complejo III, coenzima Q - ARNtLeu

16024 16365 73 340 440 560

HVI HV2 HV3

342 pb 137pb 268pb

3.2.2 Secuencia de referencia de ADN mitocondrial humano

Tabla 1: Comparación de las diferencias de nucleótidos observadas entre CRs y rCRs,

Región de ADN CRs revisada

4985 ND2 G A Error

14272 ND6 G C Error (Secuencia

14766 Cyt b T C Error (Secuencia

A pesar de los errores observados, al no encontrar cambios en la región control, tanto

3.3 CARACTERISTICAS DEL ADNmt HUMANO

3.3.1 Herencia del ADN mitocondrial humano

Formatted: Font: Not Bold

Figura 4: Herencia del ADN mitocondrial. A diferencia delADN nuclear (a la izquierda),

3.3.2 Alto número de copias

3.3.3 Tasa de mutación del ADN mitocondrial

tasa de error de la polimerasa y a la aparente carencia de mecanismos de reparación

entre la población humana [45,46].

Figura 5: Presencia de heteroplasmia de secuencia. Fuente propia

3.43.1 Polimorfismos del ADN mitocondrial

diferentes campos: Formatted: Normal

parientes maternos, donde habitualmente la cantidad de ADN nuclear esperada es baja

3.4 3.6 BASES DE DATOS DE ADN MITOCONDRIAL Formatted: No bullets or numbering

3.64.2 Bases de datos

A. Base de datos de ADNmt del FBI

B. EMPOP (EDNAP mtDNAPopulationDatabase) Formatted: Justified

datos,[102]ha reunido a miles de secuencias de ADN mitocondrial y ha construido una base

SNPs, utilizando la posición de nucleótidos y la anotación de genes correspondientes a las de

F. GOBASE Formatted: Justified

H.G. HvrBase++ Formatted: Justified

Es una base de datos, la cual comprende 13 873 secuencias de la región hipervariable

3.74.2 Territorio del Reino Nazarí de Granada

3.74.3 Una época de prosperidad

3.74.4 3La edad dorada nazarí (S.XIV)

de la dinastía nazarí, dando además un otro giro a la política granadina.

Formatted: Font: (Default) Times New Roman, 12 pt,

3.74.5 Decadencia y caída del reino

Formatted: Font: Times New Roman

Extracción Cuantificación Purificación Estimación de