REGULASI EKSPRESI GEN PADA PROKARIOTIK

Genetika Senin

Nama : Amalia A. W dan Nabilla Gezy

Bakteri E. Coli merupakan bakteri yang hidup di berbagai kondisi lingkungan, seperti
usus manusia, sungai tercemar, danau, kolam dan sebagainya. Bersangkutan dengan hal ini,
adaptasi dari bakteri dan prokariota lainnya tergantung pada kemampuan mereka untuk
"menghidupkan" dan "mematikan" ekspresi set spesifik gen dalam menanggapi tuntutan
spesifik dari lingkungan. Dalam artian organisme ini memiliki kemampuan untuk melakukan
regulasi atau pengaturan terhadap ekspresi spesifik dari gen dalam responnya terhadap kondisi
lingkungan.
Ekspresi gen dapat diatur atau diregulasikan pada beberapa tingkat yang berbeda,
seperti transkripsi, proses mRNA, translasi, dan pemfungsian enzim. Bagaimanapun, regulasi
transkripsi adalah hal yang paling penting dalam mengkontrol ekspresi gen, terutama pada
prokariot. Pada umumnya, mekanisme regulasi terbagi menjadi dua kategori umum. Pertama,
mekanisme meliputi aktif dan non-aktif secara berturut-turut dari ekspresi gen terhadap
perubahan lingkungan. Kedua, mekanisme regulasi meliputi apa yang disebut preprogrammed
circuit of gene expressions.

Induksi Dan Represi

Gen-produk tertentu, seperti tRNA molekul, molekul rRNA, protein ribosom,
komponen RNA polimerase (polipeptida), dan enzim lainnya mengkatalisasi metabolisme
yang sering disebut sebagai sel yang memiliki fungsi membantu pada hampir semua sel hidup.
Gen yang menentukan produk jenis ini terus-menerus diekspresikan dalam kebanyakan sel.
Gen tersebut dinyatakan paling mendasar dan sering disebut constitutive genes

Seperti kebanyakan prokariot lain, E. coli mampu tumbuh dengan beberapa karbohidrat
sebagai energi. Keberadaan karbohidrat seperti glukosa dan laktosa mempengaruhi
pertumbuhan bakteri tersebut. E. coli tumbuh secara pesat jika ada laktosa. Meskipun galaktosa
juga bisa digunakan sebagai energi untuk pertumbuhan. Saat E. coli yang awalnya berada di
media yang tidak mengandung laktosa kemudian dipindah ke media yang mengandung laktosa,
bakteri ini akan mensintesis enzim yang dibutuhkan untuk penggunaan laktosa. Proses
pengaktifan ekspresi gen ini disebut induksi. Gen yang ekspresinya menagtur kejadian ini
disebut indusibel gen. Sedangkan enzimnya disebut indusibel enzim. Induksi mengubah
kecepatan sintesis enzim, tidak mengubah aktifitas dari molekul enzim yang sudah ada.
Mekanisme pengaturan telah berkembang pada E.coli dimana sintesis enzim dari
biosintesis triptofan dinonaktifkan, hal itu terjadi ketika triptofan telah tersedia di lingkungan
eksternal. Proses "menonaktifkan" ekspresi seperangkat gen tersebut disebut represi. Sebuah
gen yang ekspresinya telah dinonaktifkan dengan cara ini dikatakan direpresi, ketika
ekspresinya diaktifkan, gen jenis ini dikatakan telah direpresi. enzim yang merupakan
komponen dari anabolik (biosybthetic) jalur sering kalah pada represi (yang represible).
Represi, seperti induksi, terjadi pada tingkat transkripsi. Represi tidak harus bingung dengan
hambatan umpan balik, di mana mengikat suatu produk akhir untuk cemara enzim dalam jalur
biosintesis menghambat aktivitas enzim (tetapi tidak mempengaruhi sintesis)..

Model Operon
Induksi dan represi ekspresi gen dapat dilakukan dengan mekanisme yang sama.
Mekanisme ini sebagai awalnya diusulkan oleh Jacob dan Monod, yang disebut sebagai sistem
kontrol negatif. Model operon berhubungan dengan regulasi gen yang mengkode enzim yang
dibutuhkan untuk penggunaan laktosa pada E. coli. Transkripsi dari satu set gen yang
berdekatan diatur oleh dua elemen. Salah satu elemen disebut regulator gen, mengkode protein
yang disebut repressor. Pada kondisi yang cocok, repressor berikatan dengan elemen kedua
yang disebut operator. Letak operator selalu berdekatan dengan struktur gen yang dimana
ekspresinya diatur. Ketika represor berikatan dengan operator, transkripsi tidak dapat terjadi.
Hal ini karena ikatan antara represor dan operator menghalangi RNA polymerase untuk
berikatan dengan sisi promoter. Kesatuan unit dari gen, operator, dan promoter inilah yang
disebut operon. Mengikat atau tidaknya represor pada operator, ditentukan oleh ada atau
tidaknya molekul efektor. Transkrip mRNA membawa informasi yang mengkode seluruh
operon. mRNA dari operon mengandung lebih dari satu struktur gen sehingga disebut
poligenik.
Karena hasil dari gen regulator, represor bertindak dengan menon-aktifkan transkripsi
gen struktural, maka model operon yang diajukan oleh Jacob dan Monod disebut sebagai sistem
kontrol negatif. Pada sistem kontrol positif, hasil dari gen regulator mengaktifkan transkripsi.

Lac, Operon yang Terinduksi.

Jacob dan Monod mengusulkan sebuah model operon sebagai hasil dari studi mereka
yaitu lac operon dari E.coli. Lac operon terdiri dari sebuah promoter, tiga gen structural yaituz,
y,dan a yang mengkode enzim β-galaktosidase, β-galaktoside permease, dan β-galaktoside
transacetylase dan sebuah operator, dimanaβ-galaktoside permease berfungsi untuk
memopalaktosa kedalam sel dan β-galaktosidase memecahnya menjadi glukosa dan galaktosa.

Seperti operon yang lain, lac operon memiliki promoter, operator, dan gen struktural.
Hanya saja gen struktural pada lac operon adalah z, y, dan a yang mengkode β-galaktosidase,
β-galaktosid permease, β-galaktoside transacetylase. β-galaktosid permease memompa laktosa
ke dalam sel. Sedangkan β-galaktosidase memecahnya menjadi glukosa dan galaktosa. Gen
regulator lac mendesain gen i untuk mengkode represor yang panjangnya 360 asam amino. Jika
tidak ada penginduksi, represor berikatan dengan sekuen operator lac dan mencegah RNA
polimerase untuk berikatan dengan promoter. Promoter lac mengandug dua komponen
fungsional yang berbeda. Yang pertama yaitu sisi yang berikatan dengan RNA polimerase dan
sisi yang berikatan dengan protein lain yang disebut catabolite activator protein (CAP).

Trp, Operon Yang Terrepresi

Operon yang bersifat menekan atau represif yang paling banyak diketahui adalah trp
(triptofan) operon dari E. Coli. Charles Yanofsky dkk telah menganalisis dengan detail
mengenai perkumpulan dari 5 struktur gen dan sekuen-sekuen berurutan yang bekaitan dengan
pengaturan dari trp operon. Pengaturan transkripsi dari trp operon terjadi seperti pada diagram
gambar 14.2. Penekan dari trp operon adalah hasil atau produk dari gen trpR, yang tidak terkait
erat dengan trp operon.

RNA polimerase akan mengikat daerah promoter dan merekam struktur gen-gen dari
operon karena ketidakhadiran dari triptofan (co-repressor). Namun kehadiran triptofan (co-
repressor atau repressor kompleks) akan mengikat daerah promoter dan mencegah pengikatan
RNA polimerase pada promoter. Sekuen operator dari trp operon sepenuhnya terletak atau
terbentang dalam daerah promoter.

Laju transkripsi trp operon di daerah yang tidak terdapat/ditemukan triptofan bersifat
lebih cepat 70 kali lipat daripada yang terjadi di daerah yang terdapat triptofan. Pada mutan
trpR yang tidak dapat membuat represor, laju sintesis enzim tryptophan biosynthetic (produk
dari struktur gen trp operon) masih menurun sekitar 10 kali lipat dengan penambahan triptofan
ke medium. Penurunan ini disebabkan regulasi tingkat kedua dari ekspresi trp operon yang
disebut redaman atau attenuation. Attenuation ini terjadi oleh penghentian tryptophan-
mediated dari transkripsi di wilayah trpL (leader mRNA) dari operon.
Kontrol Positif dari Operon lac oleh CAP dan AMP siklik
Kehadiran glukosa telah lama dikenal untuk mencegah induksi operon lac, serta operon
lainnya yang mengendalikan enzim yang terlibat dalam katabolisme karbohidrat (misalnya
operon arabinosa dan galaktose). Fenomena ini disebut represi katabolisme (atau efek glukosa)
yang menunjukkan bahwa glukosa yang dimetabolisme di saat ini dalam preferensi untuk lain
disebut sumber energi kurang efisien.

Represi katabolit pada operon lac dilakukan melalui kontrol positif transkripsi oleh
protein regulator yang disebut CAP dan molekul efektor yang disebut cAMP. Baik CAP
maupun cAMP ini harus berikatan pada sisi ikatan promoter lac agar operon bisa terinduksi.
Jika cAMP tidak ada, maka CAP tidak akan mengikat. Sehingga cAMP disini berperan sebagai
molekul efektor yang menentukan transkripsi operon lac. cAMP ini diperlukan dalam jumalh
yang cukup untuk membuat CAP berikatan. Selain itu, kehadiran glukosa juga mempengaruhi
ikatan tersebut. Kontrol positif oleh gabungan CAP dan cAMP ini dapat terjadi bila terdapat
glukosa. Jika tidak terdapat glukosa, maka transkripsi dari operon lac tidak akan pernah
melebihi 2 persen.

Regulasi kompleks Operon ara

Operon Arabinose (ara) dari E. Coli berisi tiga struktur gen (araB, araA, dan ara D)
yang dikode tiga enzime yang terlibat dalam katabolisme arabinose. Tiga gen tersebut di
transkripsikan oleh mRna yang diinisiasi pada PBAD (transport aktif arabinose kedalam sel yang
dikeluarkan oleh gen araE, araF, dan araG. Gen ini terletak disamping operon araBAD ).
Protein pengatur utama dari operon ara ( protein araC) diproduksi dari transkripsi yang
terinisiasi pada suatu promoter (pc) yang berjarak 100 pasang nukleotida dari PBAD, tetapi
memiliki arah transkripsi yang berlawanan. Protein araC berperan sebagai regulator negatif(
represor) dari transkripsi struktur gen araB, araA, araD dari promoter PBAD ketika tidak
mengandung arabinose dan siklus AMP (cAMP). Ketika terdapat arabinose dan cAMP, maka
ia akan bertindak sebagai regulator positif (aktivator).
 Repression operon ara bergantung pada pengikatan protein araC pada araO2, (O untuk
operator, dan 2 karena operator ara kedua yang teridentifikasi) dilokasi 211 pasang nukleotida
ke bagian hulu (relative ke arah transkripsi dari PBAD) dari tempat pengikatan protein araC di
aral (Operator ara O1 yang mengontrol transkripsi gen regulator araC yang diinisiasi dari Pc).
Protein araC harus diikat (sebagai dimer) pada kedua tempat aral dan taraO2 , dan protein-
protein ini kemudian saling mengikat membentuk DNA loop.

Ketika struktur loop (Flg. 14.8c) terbentuk, ia harus menghalangi atau mengganggu
dengan mengikat RNA polimerase pada perbatasan promoter (PBAD) dari operon. Dengan
adanya arabinose dan cAMP, operon ara diinduksi, dimana terkadang arabinose-araC yang
kompleks dan kompleks CAMP-CAP harus membuka loop dengan berikatan di sisi aral. Ini
menyebabkan RNA polimerase berikatan di PBAD dan menginisiasi transkripsi dari struktur gen
ara.

Represi Prophage Lambda Selama Fase Lisogeni

Ketika bakteriofag seperti bakteri lambda berada pada profage di dalam sel lisogenik,
gen-gen seperti yang mengontrol replikasi DNA, morfogenesis, dan pe-lisis-an sel inang, tidak
diekspresikan. Gen C1 yang mengkode represor, memiliki dimer atau tetramer yang mengikat
dua wilayah operator yang mengontrol transkripsi ketika fase litik yaitu OL dan OR, sehingga
overlap dengan sekuen promoter dimana ada RNA polimerase yang akan menginisiasi
transkripsi dan menyebabkan RNA polimerase tidak bisa berikatan dengan kedua promoter.
Hal ini memungkinkan gen fag tetap melakukan transmisi dari sel inang dan tidak memasuki
fase litik.

Kontrol Operon trp Oleh Redaman

Level kedua dari regulasi operon trp adalah redaman atau pelemahan, dan sekuen
dengan trpL yang mengontrol redaman adalah peredam atau pelemah atau attenuator.
pelemahan terjadi dengan kontrol dari terminasi transkripsi hampir di akhir lead sekuen
mRNA. Terminasi "prematur" ini terjadi hanya ketika ada triptofan bermuatan tRNAtrp dan
menghasilkan sekuen utama 140-nukleotida.
Daerah attenuator memiliki sekuen pasangan nukleotida yang identik dengan sinyal
terminasi transkripsi yang ditemukan pada ujung operon pada kebanyakan bakteri. Sinyal ini
berisi palindrom GC dan diikuti beberapa pasang basa AT. Transkripsi pada sinyal terminasi
ini menghasilkan RNA yang berpotensial membentuk ikatan hidrogen “hairpin” yang
strukturnya diikuti beberapa U dan menyebabkan perubahan pada RNA polimerase yang
menghasilkan ikatan hidrogen pasangan basa DNA-RNA yang lebih lemah.
Bagaimana bisa ada/tidaknya triptofan berpengaruh?

1. Transkripsi dan translasi berpasangan pada prokariot sehingga apa yang terjadi pada
translasi, berimbas pada transkripsi.
2. Sekuen utama nukeotida-162 dari operon trp berisi sekuen pasangan basa yang
dapat membentuk struktur alternate seconary dimana diantara duanya akan
membentuk “hairpin”. Jika pasangan basa dari hairpin dan alternate seconary
membentuk pasangan basa, maka attenuator transkripsi terminasi tidak bisa
terbentuk
3. Sekuen utama mengandung AUG yang merupakan kodon inisiasi translasi, 13
kodon asam amino, dan kodon terminasi translasi UGA
4. Sekuen peptida peptida awal mengandung dua triptofan. Pada saat triptofan tersedia
dalam jumlah sedikit atau tidak ada, maka jumlah tRNAtrp (tRNA yang membawa
asam amino triptofan) juga akan berkurang. Keadaan ini menyebabkan ribosom
yang melakukan translasi peptida awal akan berhenti pada daerah kodon triptofan
yang pertama sehingga terjadi penumpukan ribosom pada daerah ini. Ribosom yang
menumpuk pada sekuens kodon triptofan pertama menyebabkan penghambatan
 pembentukan hairpin sehingga tidak ada terminasi transkripsi oleh RNA
polimerase.

Penghambat Umpan Balik dan Enzim Alosterik

Feedback inhibition atau end product inhibition berarti adanya konsentrasi yang cukup
dari produk akhir alur biosintesis ( seperti histidin atau triptofan ) yang secara berkala
dihasilkan pada penghambatan enzim pertama alur tersebut. Sebenarnya hal ini sama dengan
represi, yaitu menghambat sintesis enzim. Enzim sensitif-Feedback inhibition terbukti
memiliki sisi pengikatan produk akhir selain sisi pengikatan substrat. Ketika mengikat produk
akhir, beberapa enzim melakukan perubahan dalam konformasi yang disebut transisi alosterik
yang mengurangi afinitasnya terhadap substrat.

Sekuen Temporal dari Ekspresi Gen Selama Infeksi Fag

Satu set gen fag, biasanya disebut gen “awal”, segera diekspresikan setelah terjadi
infeksi. Hasil dari satu atau lebih gen “awal” akan mematikan ekspresi dari gen “awal” dan
mengaktifkan ekspresi dari set gen berikutnya, dan seterusnya hingga dua sampai 4 set gen
akan terlibat. Regulasi pada sekuen ekspresi gen selama infeksi fag terjadi paling utama pada
tingkat transkripsi.
Bakteri yang paling banyak dipelajari adalah fag E. coli T4, T7 dan fag Bacillus subtilis
SP01. Pada sel fag T7 yang terinfeksi gen “awal” di transkripsi oleh RNA polimerase E. coli.
Salah satu gen “awal” mengkode RNA polimerase T7, kemudian mentranskripsi semua gen
“akhir” (mengkode struktur protein, lisosom, dll, dari T7).
Untuk fag subtilis SP01 menunjukkan alur yang lebih kompleks, melibatkan tiga set
gen. Set tersebut adalah gen “awal”, “tengah”, dan “akhir” yang mengacu pada lamanya waktu
mereka mengekspresikan selama siklus reproduksi fag. Gen “awal” SP01 di transkripsi oleh
RNA Polimerase B. subtilis. Salah satu dari produk gen “awal” adalah polipeptida yang akan
mengikat RNA polimerase sel inang, mengubah sifatnya sehingga dapat mentrankripsi gen
“tengah”. Dua dari hasil gen “tengah” merupakan polipeptida yang berasosiasi dengan RNA
polimerase B. subtilis sehingga dapat mentrankripsi gen “akhir” dari SP01
Fag T4 memiliki proses yang lebih kompleks lagi untuk mengekspresikan gen, meliputi
beberapa modifikasi berbeda dari RNA polimerase sel inang. Pada bagteriofag ini

Pertanyaan :
1. Bagaimanakah triptofan dapat berpengaruh dalam pelemahan transkripsi Operon?
Jawab : Operon trp, dikendalikan melalui dua macam mekanisme yaitu : (1) penekanan
(represi) oleh produk akhir ekspresi, dan (2) pelemahan (attenuation). Pengendalian
negatif operon trp dilakukan dengan cara menekan ekspresi gen-gen dalam operon itu
pada saat tersedia triptofan dalam jumlah banyak.
Pada saat triptofan tidak tersedia, atau hanya tersedia dalam jumlah sangat
terbatas, gen trpR hanya menghasilkan aporepresor yang tidak mampu menempel pada
daerah operator sehingga RNA polimerase dapat dengan mudah melakukan transkripsi
gen-gen struktural trpE, D, C, B dan A setelah melewati daerah attenuator. Sebaliknya,
pada saat tersedia triptofan dalam jumlah banyak, aporepresor yang dikode oleh trpR
akan berikatan dengan molekul triptofan (disebut sebagai ko-represor) sehingga terjadi
perubahan struktural pada protein aporepresor menjadi protein represor yang
fungsional. Perubahan struktural tersebut mengakibatkan represor dapat menempel
pada daerah promotor operon trp sehingga RNA polimerase tidak dapat melakukan
transkripsi gen-gen struktural. Tetapi pada awalnya RNA polimerase tetap melakukan
transkripsi sekuens trpL yang kemudian langsung diikuti dengan transalsi transkrip
trpL. Akan tetapi meski trpL dapat ditranskripsi namun proses transkripsi tersebut akan
segera diakhiri karena daerah attenuator mempunyai sekuens terminator transkripsi
sehingga akhirnya RNA polimerase terlepas dari DNA sebelum mencapai gen-gen
struktural trpEDCBA. Hal ini menyebabkan pembentuka struktural sekunder jepit
rambut (hair pin) dan diikuti dengan rangkaian basa U tersebut menyebabkan ikatan
antara transkripsi dengan DNA menjadi tidak stabil sehingga akhirnya transkrip
terlepas dan transkripsi tidak dapat dilanjutkan.