I.

ALUR PENELITIAN DI LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER

CLEAN RUANGAN
ROOM EKSTRAKSI

RUANG RUANGAN
ELFOR MESIN
VCR
Sebuah laboratorium molekuler harus dirancang sehingga ada
kemungkinan kontaminasi minimal. Hal ini dicapai dengan membuat area terpisah
untuk tugas-tugas yang berbeda yang terlibat dalam melakukan pengujian
molekuler dan mengikuti panduan ketat ketika berpindah dari satu ruangan ke
ruangan lain. . Idealnya laboratorium molekuler harus dibagi menjadi empat
ruangan yang terpisah.

1. Clean room

Di area ini, reagen PCR disimpan. Sangat penting untuk menjaga ruang/ area
ini bebas dari bahan biologis apapun ( termasuk DNA/RNA extrak , sampel,
bahan cloning dan PCR ). Prosedur yang dilakukan di daerah ini termasuk
persiapan dan aliquating dari stok reagen dan persiapan campuran reaksi sebelum
penambahan asam nukleat klinis (yang terjadi di ruang ekstraksi asam nukleat
atau pada putaran kedua PCR bersarang, di mesin PCR kamar. Aliquoting primer
dan pereaksi lainnya dianjurkan untuk meminimalkan konsekuensi
apapun.Kontaminasi dan mengurangi downtime pengujian. Jenis peralatan yang
dibutuhkan di area ini termasuk lemari es, komputer, freezer, rak untuk
persediaan, disinfektan, mikropipet dan tip, saldo, alat pengukur seperti gelas dan
pipet, vortex, berbagai macam rak, saldo, mesin es, bak cuci microwave oven dan
APD .

2. Ruangan Ekstraksi

Ekstraksi asam nukleat dari sampel klinis harus dilakukan didaerah dimana
PCR produk dan stok bahan cloning belum ditangani. Di ruangan ini tempat
sampel di proses dimana langkah reverse transcriptase RT-PCR dilakukan dan
dimana DNA d ekstraksi atau DNA cloning dan control positif ditambahkan ke
campuran reaksi PCR (sebelumnya disiapkan diruang persiapan reagen). Jenis
peralatan yang dibutuhkan di daerah ini termasuk komputer, mikropipet, pipet
transfer, pipet serologis, sentrifugal, rak berbagai macam, wadah untuk
mentransfer sampel ke dalam, sentrifugal, lemari es dan mungkin freezer, lemari
biologis dengan filtrasi udara HEPA laminar-aliran, mati-udara kotak dengan
lampu UV opsional, disinfektan, sink, dan PPE.

3. Ruangan Mesin PCR

Ruang ini adalah area dimana mesin PCR ditempatkan.Mungkin juga

mengandung area penahanan dimana untuk PCR bersarang.Campuran reaksi
putaran kedua adalah di inokulasi dengan produk reaksi utama. DNA cloning
tidak boleh dibawa kedaerah ini .

Reaksi amplifikasi siap ditambahkan ke cyclers termal di sini dan produk

PCR (amplikon) terdeteksi. Ruang PCR harus berisi dua area kerja fungsional:
area pra-amplifikasi (pra-PCR) dan pasca amplifikasi (pasca-PCR). Kedua bidang
ini idealnya berada di kamar yang benar-benar terpisah. Jika ada ruang terbatas
maka pembuatan stasiun kerja terpisah dapat diterima selama persediaan dan
peralatan dikhususkan untuk setiap area dan TIDAK PERNAH dipertukarkan
antara kedua area tersebut. Kap aliran laminer harus digunakan untuk melakukan
persiapan bersih.

Jenis peralatan yang dibutuhkan di area PCR meliputi komputer, mikropipet,

microtubes, microcentrifuge, berbagai macam rak, vortex, disinfektan, blok panas,
thermocyclers.

4. Ruang Analisa

Adalah ruangan dimana manipulasi pasca PCR dilakukan misalnya agarose

gel (elektroforesis produk).Sistem pendeteksi PCR elfor ini adalah area yang
terkontaminasi dan oleh karena itu tidak ada reagen, peralatan, jas laboratorium,
dll.

RUANGAN – RUANGAN TAMBAHAN LABORATORIUM BIOLOGI

MOLEKULER
Dalam rangka menjamin kualitas hasil pengujian, tata ruang laboratorium
dibuatsedemikian rupa agar kontaminasi dapat diminimalkan.Laboratorium
biologi molekulerminimal terdiri dari ruang preparasi, ruang kuantitasi DNA,
ruang amplifikasi dan ruangdokumentasi.
 Secara lebih rinci beberapa ruangan yang diperlukan untuk keberhasilan
pelaksanaan pekerjaan/kegiatan di laboratorium biologi molekuler di antaranya
sebagaiberikut:

1. Ruang Bahan Kimia atau Lemari Bahan Kimia

Bahan kimia merupakan bahan-bahan yang banyak ragamnya dalam

laboratoriumbiologi molekuler.Cara dan tempat penyimpanan bahan-bahan
tersebut disesuaikandengan sifat dan masing-masing bahan tersebut.
Bahan kimia yang dapat disimpan padasuhu ruang biasanya diletakkan secara
langsung pada suhu ruang dan pada lemari bahankimia.Tetapi pada beberapa jenis
bahan kimia yang memerlukan penyimpanan padasuhu rendah sekitar 4oC atau -
20oC , maka bahan kimia tersebut perlu disimpan dalamrefrigerator atau dalam
freezer.
Selain bahan kimia yang utuh (masih dalam kemasan/ botol yang asli), ada
pulabahan kimia yang disimpan dalam bentuk stok. Informasi yang lengkap
perludicantumkan pada masing-masing botol larutan stok meliputi: (1) jenis bahan
kimia, (2)konsentrasi stok, (3) tanggal pembuatan dan (4) identitas
pembuat.Lemari tempatpenyimpanan larutan stok harus dipisah dengan lemari
untuk bahan kimia yang masih utuh.

2. Ruang Steril
Berbagai aktivitas yang dilakukan pada kegiatan analisis molekuler
memerlukankondisi sterilitas tinggi untuk mencegah terjadinya
kontaminasi.Ruang sterildipergunakan untuk melaksanakan pekerjaaan yang
memerlukan sterilitas tinggi tersebut.
Jika lokasi terbatas, maka fungsi ruang steril dapat digantikan
denganpenggunaan laminar air flow cabinet. Dalam pemakaiannnya, harus
dipisahkan antaralaminar air flow cabinet untuk pekerjaan yang memerlukan
sterilitas tinggi (misalnya,kultur sel, kultur jaringan, preparasi larutan dan lain-
 lain) dengan laminar air flow cabinetuntuk pekerjaan yang menggunakan mikroba
(bakteri, jamur, virus dan lain-lain) untukmencegah terjadinya kontaminasi.

3. Ruang Kerja dan Meja Kerja (Bench)

Ruang kerja dan meja kerja merupakan suatu tempat yang digunakan
olehpelaksana untuk meletakkan berbagai peralatan utama di laboratorium,
seperti:mikroskop, pH meter, elektroforesis, mesin PCR, sentrifuge, shaker,
inkubator, vortex,rotator, dan lain-lain.
Dalam ruang kerja selalu dilengkapi dengan meja kerja yangdigunakan
untuk mempersiapkan segala pekerjaan di laboratorium, misalnya: penulisanbuku
kerja, persiapan media, pembuatan larutan stok, persiapan reagensia
PCR,persiapan proses elektroforesis, dan sebagainya. Harus diingat, bahwa meja
kerja harusselalu dibersihkan baik sebelum melaksanakan pekerjaan maupun
setelah menyelesaikanpekerjaan.
Kebersihan meja kerja menjadi tanggung jawab seluruh
penggunalaboratorium. Adanya bahan kimia berbahaya yang tertinggal di meja
kerja akan sangatmembahayakan bagi pengguna laboratorium. Gambar 6.16
berikut ini merupakanbeberapa contoh ruang kerjauntuk kegiatan di laboratorium
biologi molekuler, sepertiruang preparasi, ruang ekstraksi dan ruang dokumentasi.

Dalam setiap kegiatan, seorang pelaksana laboratorium biasanya

menggunakanmeja kerja yang terpisah dengan pelaksana yang lain. Hal ini perlu
dilakukan untukmencegah tercampurnya bahan kimia, peralatan yang
dipergunakan, dan memudahkandalam menangani pekerjaan yang dilakukan.

4. Ruang Analisis
Ruang analisis, adalah ruangan yang diperuntukkan bagi penempatan
peralatanlaboratorium yang berguna bagi keperluan analisis. Beberapa peralatan
yang biasanyaditempatkan pada ruang analisis, antara lain: spektrofotometer,
mikroskop, kromatografigas, komputer, Mesin PCR (Thermal Cycler) dan lain-
lain.

5.

5. Lemari Alat

Lemari alat adalah lemari yang dipergunakan untuk penyimpanan berbagai

jenisalat gelas dan peralatan kecil di laboratorium, seperti: gelas ukur, tabung
reaksi, gelasbeaker, Erlenmeyer, cawan petri, pipet, labu takar, corong kaca,
botol-botol sampel, dansebagainya.

Penyimpanan alat-alat gelas yang sudah steril harus dipisahkan

dariperalatan yang belum steril.Biasanya penyimpanan alat gelas dipisahkan
berdasarkanmacam alat, ukuran atau volumenya dan sterilitas alat.
5. Tempat penyimpanan Biakan Mikroba
Seringkali dalam kegiatan yang berkaitan dengan pemakaian bakteri
diperlukanproses penyimpanan mikroba. Untuk penyimpanan mikroba sementara
(dalam waktusingkat), biakan mikroba dalam media padat seringkali disimpan di
kulkas pada suhu 4oC.
Akan tetapi, untuk penyimpanan yang relatif lama, dapat dibuat stok
gliserol 16-20% daribiakan mikroba tersebut dan disimpan pada freezer dengan
suhu hingga -40oC.

Gambar 6.18 Tempat Penyimpanan Biakan Mikroba

6. Ruang Kultur Sel atau Kultur Jaringan
Pada beberapa pekerjaan molekuler yang melibatkan sel atau jaringan
tanamansebagai objeknya, maka diperlukan ruang steril untuk ruang kultur sel
atau jaringantanaman. Ruangan tersebut biasanya dilengkapi dengan rak-rak
kultur dan beberapaperalatan antara lain: termometer ruangan, pengatur suhu,
pengatur cahaya, sehinggadapat disesuaikan seperti kebutuhan objek kultur yang
sedang diteliti.
7. Tempat Pencucian Alat Gelas
Tempat pencucian alat gelas dipergunakan untuk mencuci dan
mengeringkansegala peralatan kotor yang telah dipergunakan dalam pekerjaan
laboratorium.Setiappengguna laboratorium harus membiasakan diri untuk segera
mencuci segala peralatanyang kotor yang telah dipakainya.Tempat pencucian bagi
alat-alat gelas yang telahterkontaminasi mikroba harus dipisahkan dengan tempat
pencucian alat-alat gelas yangtidak terkontaminasi.
Untuk peralatan yang mengandung bahan-bahan kimia
berbahaya(misalnya: fenol, etidium bromide, akrilamid, silver nitrat, dan lain-lain)
sebaiknya dicucipada tempat yang terpisah.
8. Pembuangan limbah
Pembuangan limbah harus diatur sedemikian rupa terutama untuk limbah
yang berbahaya.Limbah fenol etidium bromide, akrilamid, silver nitrat, tidak
boleh dibuangsecara langsung ke tempat pencucian.Limbah semacam ini harus
ditampung terlebihdahulu di suatu tempat atau dalam botol penampungan khusus.
Gel elektroforesis yangmengandung limbah berbahaya, tidak boleh
langsung dibuang ke tempat sampah, tetapiharus dicuci dulu dengan air terlebih
dahulu kemudian dimasukkan ke dalam kantungplastik bersama segala bahan
yang terkontaminasi ( kertas tissue, sarung tangan, danlain-lain). Limbah
berbahaya tersebut hendaknya ditampungdalam tempat khusussebelum
dimusnahkan. (Maftuchah,dkk., 2016).

II. TATA TERTIB DI LABORATORIUM MOLEKULER

1. Mendapat ijin dari kepala Lab. Biologi Molekuler untuk bekerja dalam waktu
yang telah disepakati dengan mempertimbangkan permohonan pengguna dan
ruang lingkup penelitian.
2. Menghubungi Kepala Laboratorium, dimana pengguna akan melakukan kegiatan
penelitiannya dan mengisi log book daftar peneliti dan daftar pemakaian alat.
3. Mengetahui peraturan keselamatan dan peraturan di laboratorium biologi
molekuler.
4. Memahami cara kerja alat/instrumen yang akan digunakan dengan mendapat
bimbingan Kepala Lab./teknisi atau penuntun kerja (buku petunjuk).
5. Dilarang memindahkan alat dan posisi yang telah ditentukan. Pemindahan alat
kecil dapat diatur sepengetahuan Kepala Laboratonium yang bersangkutan.
6. Mencatat kehadiran di Laboratorium pada buku presensi.
7. Mencatat pemakaian alat pada masing-masing buku/log book yang telah
disediakan.
8. Dilarang makan, minum dan merokok di laboratorium.
9. Harus menggunakan alat pelindung diri lengkap
10. Eksperimen yang tidak sah sangat dilarang.
11. Laboratorium harus tetap bersih dan teratur
12. Periksa pemasangan peralatan yang tepat. Jika ada masalah peralatan jangan
digunakan dan informasikan kepada supervisor
13. Setiap kali selesai menggunakan alat, pengguna diharuskan meneliti kelengkapan
alat dan accessories alat terkait, serta membersihkan dan mengembalikannya ke
tempat semula.
14. Jangan bekerja dengan lampu UV.
15. Pengguna fasilitas tidak diperkenankan membawa makanan, minuman dan
merokok di ruang laboratorium. Tas ditempatkan di rak/loker yang telah
disediakan.
16. Selama bekerja di laboratonium pengguna fasilitas diharuskan menggunakan jas
laboratorium dan memperhatikan keselamatan kerja di laboratorium.
17. Pengguna fasilitas harus bertanggungjawab atas kebersihan, kerapian dan
keselamatan tempat kerja yang digunakan dalam laboratonium, termasuk
mematikan Iistrik, kran air, gas setelah selesai bekerja. Untuk menghindari hal-hal
yang tidak diinginkan, pengguna dilarang menggunakan alat-alat selain yang
dibutuhkan.
18. Pengguna fasilitas tidak diperkenankan menyertakan orang lain yang tidak
dimintakan ijin untuk ikut bekerja atau menunggu di ruang laboratonium.
19. Pengguna fasilitas dapat menggunakan bahan kimia di laboratorium atas
pengetahuan dari laboran, dan yang bersangkutan mencatat pemakaian bahan di
log book. Selanjutnya biaya penggantian bahan kimia diselesaikan dengan laboran
pada saat penelitian berakhir.
20. Bagi pengguna fasilitas diharapkan bekerja secara aktif dan kontinyu, apabila
selama 3 bulan tidak melakukan aktivitas penelitian, maka ijin kerja penelitiannya
akan dicabut dan tempat kerjanya akan diberikan kepada pemakai fasilitas yang
lain.
21. Setelah menyelesaikan seluruh kegiatan laboratorium, semua peralatan yang
dipakai dikembalikan ke laboran, dalam keadaan baik dan bersih, membersihkan
tempat kerja, mengambil barang-barang yang tidak diperlukan lagi dari tempat-
tempat penyimpanan, baik itu dari freezer, kulkas ataupun almari bahan dan
menyelesaikannya dengan laboran LAB. BIOLOGI MOLEKULER DAN
SELULER.
22. Bagi para pengguna fasilitas laboratorium LAB. BIOLOGI MOLEKULER DAN
SELULER yang melanggar peraturan/tata tertib yang telah ditetapkan akan
dikenakan sanksi pencabutan ijin kerjanya.
23. Hal-hal lain yang belum tercantum dalam peraturan dan tata tertib di atas dapat
diatur dan dipertimbangkan kembali atas persetujuan kepala laboratorium.
Peraturan ini berlaku sejak tanggal ditetapkan.

Aturan-Aturan Khusus Laboratorium Biologi Molekuler

1. Praktekkan kebijakan rumah tangga yang baik setiap saat. Jangan menyimpan
tabung atau reagen lebih lama dari yang diperlukan. Semua reagen, tabung
reaksi, dll. Harus diberi label yang jelas. Rekaman nomor batch dari semua
reagen batch yang digunakan dalam pengujian individu harus disimpan.
2. Hindari memasuki kamar pra-amplifikasi segera setelah bekerja di ruangan
tempat produk, bahan kloning dan kultur virus ditangani. Jika bekerja dengan
bahan-bahan ini tidak dapat dihindari penggunaan yang bijaksana dari jas
laboratorium yang bersih, sarung tangan dan mencuci tangan diperlukan.
Sarung tangan harus sering diganti.

3. Pastikan bahwa semua peralatan, termasuk kertas, pena dan jas lab
didedikasikan untuk digunakan hanya di laboratorium tertentu, misalnya
mantel laboratorium untuk setiap kamar PCR. Buku kerja yang telah berada di
area yang terkontaminasi tidak boleh dibawa ke area PCR yang bersih.

4. Reagen PCR harus dipilih untuk menghindari pencairan beku berlebihan dan
untuk melindungi pereaksi stok dari kontaminasi.

5. Pulsa tabung centrifuge sebelum membuka reagen. Uncap dan tutup tabung
dengan hati-hati untuk mencegah aerosol.

6. Daerah-daerah bangku di laboratorium PCR harus dibersihkan setiap hari

dengan larutan hipoklorit setelah penggunaan4. Kimia yang divalidasi atau
alternatif yang sesuai mungkin lebih disukai. Area penahan juga dapat
didekontaminasi menggunakan radiasi ultra-violet jika dipasang.

7. Semua anggota staf, pengunjung, dan siswa baru harus dilatih untuk
menggunakan fasilitas PCR. Disarankan bahwa proses induksi formal dibuat
untuk para pekerja laboratorium ini.

8. Untuk reverse transcription (RT) -PCRs, tindakan pencegahan khusus

diperlukan untuk mencegah kontaminasi peralatan, bahan habis pakai dan
reagen dengan RNAses, karena ini akan mengarah pada hasil negatif palsu.

III. ALAT PELINDUNG DIRI

1. Hairnet
2. Jas laboratorium yang bisa disamarkan, sesuai warna yang diinginkan
3. Sarung tangan, perlu diganti secara berkala
4. Sepatu penutup
5. Kacamata