PROSES REPLIKASI DNA

Bentuk DNA adalah untai ganda dan berdasarkan asumsi awal yang telah dibuktikan bahwa proses
replikasi DNA terjadi melalui proses replikasi semikonservatif maka kedua untai pada DNA
digunakan sebagai template untuk pembentukan DNA baru. Berikut proses replikasi DNA
berlangsung:
1. Awal replikasi berlangsung yaitu pada daerah “origin of replication”. Daerah ini kemudian
akan dikenali oleh enzim helicase yaitu enzim yang berperan dalam pemisahan untai ganda
DNA. Ezim ini akan bergerak sepanjang untai ganda DNA sehingga proses replikasi terus
berlangsung. Hasilnya, diperoleh dua untai tunggal yang saling terpisah yang selanjutnya
disebut sebagai “template”. Perlu diingat bahwa pembukaan rantai DNA oleh enzim helicase
bukanlah proses denaturasi.
2. Kedua untai DNA yang telah membuka distabilkan oleh suatu protein agar tidak saling
menyatu kembali. Protein tersebut dikenal sebagai “Single-strand DNA binding protein”.
3. Oleh karena untai DNA ini berasal dari untai ganda maka proses replikasi berlangsung pada
kedua untai tersebut. Sehingga satu untai dikenal sebagai “leading strand” dan untai yang lain
adalah “lagging trand”.
4. Untuk memudahkan, untai ganda DNA dianggap berada pada posisi horizontal. Jika untai
bagian atas bertindak sebagai “leading strand” maka untai bawah bertindak sebagai “lagging
strand”. Pada untai “leading strand” arah ujung DNA dari kanan ke kiri adalah 5’ ke 3’ dan
pada untai “lagging strand” arah ujung DNA dari kanan ke kiri adalah 3’ ke 5’.
5. Pada untai “leading strand”, sintesis DNA baru berlangsung secara kontinyu (karena arah
sintesis DNA baru pada “Leading strand” searah dengan arah pembukaan template) dari arah
5’ ke ujung 3’ atau bergerak di sepanjang untai “leading strand” dari ujung 3’ ke ujung 5’.
6. Pada untai “lagging strand”, sintesis DNA baru berlangsung secara tidak kontinyu atau
bertahap (karena arah sintesis “lagging strand” berlawanan arah dengan arah pembukaan
template) dari arah 5’ ke ujung 3’ atau bergerak di sepanjang untai “lagging trand” dari ujung
3’ ke ujung 5’.
7. Perpanjangan pada “leading strand” oleh DNA polymerase III berlangsung sejalan dengan
pembukaan untai DNA oleh helikase.
8. Perpanjangan pada “lagging strand” diawali dengan penempelan RNA primer dengan bantuan
primase lalu diikuti perpanjangan oleh DNA polymerase III. Oleh karena kondisi yang
demikian, maka pada untai “lagging strand” terbentuk fragmen-fragmen DNA yang dipisahkan
oleh RNA primer. Fragmen DNA ini disebut sebagai fragmen Okazaki dengan panjang sekitar
100 sampai 200 nukleotida. RNA primer ini kemudian diganti dengan dengan DNA oleh enzim
polymerase I dan selanjutnya enzim ligase akan menggabungkan antarfragmen Okazaki
membentuk satu untai DNA tunggal.
9. Enzim yang berfungsi untuk pemanjangan DNA baru adalah enzim DNA polymerase III yaitu
dengan mengatur pembentukan ikatan fosfodiester antara dua nukleotida yang berdekatan
sehingga akan terjadi pemanjangan untai DNA. Nukleotida-nukleotida (fosfat-gula-basa) yang
berada di sekitar untai DNA akan ditambahkan oleh enzim polimerase III satu demi satu ke
ujung DNA yang baru. Perlu diingat bahwa sifat enzim DNA polymerase III hanya
menambahkan nukleotida mulai dari 5’ ke 3’ sehingga arah DNA baru yang terbentuk adalah
5’ ke 3’.
10. Sebagai contoh, jika templatenya dari arah 3’ ke 5’ dan terdapat nukleotida dengan timin
sebagai basanya maka Timin tersebut akan memanggil dATP. Kemudian OH dari 3’ akan
menyerang fosfat dari 5’ pada posisi alfa dan melepaskan pirofosfat serta terbentuk ikatan
fosfodiester baru pada untai DNA baru.
11. Selain mampu melakukan pemanjangan atau polimerisasi DNA, enzim DNA polimerase
mempunyai aktivitas nuclease yaitu eksonuklease (pembuangan nukleotida dari ujung
polinukleotida jika terjadi kesalahan dalam penambahan nukleotida).
12. Juga dikenal enzim topoisomerase yang berperan dalam me”rileks”kan rantai DNA yang
“knotty” atau kusut saat pembukaan rantai DNA oleh helikase berlangsung.