Anda di halaman 1dari 63

Desain Obat Rasional

Strategi Temukan Aktif


Senyawa

• modifikasi struktur obat yang ada ( analog


sintetik)
• skrining sistematis
• Aplikasi / menggunakan informasi
biologis
• Strategi rasional (rasional Drug Design)
Desain Obat Rasional

• Computer-Aided Drug Desain (CADD)


• Struktur Berbasis Obat Desain
• Desain Obat cerdas
• kemajuan dalam

farmakologi / biokimia / molekul biologi dan biologi sel dan


metode perhitungan memungkinkan
desain obat rasional.
• Persyaratan: Patofisiologi dan target harus diketahui
Metode Baru Dalam Obat
Kimia
• Struktur Kegiatan kuantitatif hubungan (QSAR) (60-an)

• Molekul Pemodelan / Komputer


Dibantu / Assisted Obat Desain (CADD) (80-an)

• Struktur-Aided Design / De novo-Desain (80-an)

• Kombinasi Kimia dan HTPS (awal 90-an)

• Genom- und Proteom Penelitian (akhir 90-an)


penemuan dan Pengembangan
Penemuan meliputi:
• Konsep
• mekanisme
• pengujian kadar logam

• Screening (HTS)
• identifikasi hit
• Hit untuk memimpin (evaluasi dan optimasi terbatas hit untuk mengidentifikasi petunjuk
yang menjanjikan)

• memimpin

• optimasi memimpin (optimasi lebih luas)


Hit dan Lead
• Pukulan" adalah senyawa kimia yang menghasilkan hasil dalam tes
biokimia pendahuluan menunjukkan bahwa manfaat senyawa (layak,
Pantas) studi lebih lanjut sebagai bagian dari proyek penemuan obat.

• Petunjuk" adalah senyawa yang telah dipilih dari kelompok


senyawa hit berdasarkan kualitas seperti
intensitas efek biokimia yang terjadi ketika senyawa hadir
(khasiat), atau tidak adanya efek kebetulan (spesifisitas).

http://www.asischem.com/Drug-Discovery-Basics.aspx (2013/01/10, 4.05)


penemuan dan Pengembangan

• Penemuan juga meliputi:


- in vivo bukti dari konsep pada hewan
- bersamaan (seiring, bersamaan)
demonstrasi indeks terapeutik
• Pengembangan dimulai ketika keputusan dibuat untuk
menempatkan molekul dalam Tahap I uji klinis
Penemuan dan Pengembangan

• Waktu dari konsepsi untuk persetujuan obat baru


biasanya 10-15 tahun
• Sebagian besar molekul gagal
sepanjang jalan

• Biaya diperkirakan membawa ke pasar obat


sukses sekarang $ 800 juta !!
(Dimasi, 2000)
Proses Penemuan Obat
Hari ini
Hipotesis
Etablishment dari Sistem
fisiologis
Uji Molekul

Primer Tes

Biologi Biokimia Seluler

Molekuler
Hipotesis
(Genomics) Senyawa Hit
Penyaringan
awal
+
Sumber Molekul Natural
kimia
Products Synthetic
Hipotesis
Chemicals Combichem
Biologicals

Target Identifikasi dan


Validasi
Proses Penemuan Obat - II

Hit Memimpin
Evaluasi
Kimia
sekunder
- properti
- Mekanisme fisik
aksi
- dalam
- dosis Respon metabolisme vitro
Senyawa Hit
awal

Awal Evaluasi Pertama Di Tes


Sintetis Vivo
- analisis - PK, khasiat,
toksisitas
- analog pertama
Proses Penemuan Obat - III

Memimpin Optimasi

Potensi Selektivitas

Farmakologi
Sifat Fisik PK Beberapa Dalam
Pembangunan
Model Vivo kronis Calon (dan
Metabolisme
Oral Bioavailabilitas sintetis Dosis Awal Tox Backup)
Kemudahan Skalabilitas

Phil Bourne, bourne@sdsc.edu


http://www.sdsc.edu/pb -> Program -> Pharm 202
tetap Serendipity
• Seringkali molekul ditemukan / disintesis untuk satu indikasi dan kemudian
berubah menjadi berguna bagi orang lain

- Tamoxifen (KB dan kanker)


- Viagra (hipertensi dan disfungsi ereksi)
- Salvarsan (Penyakit tidur dan sifilis)
- interferon Sebuah ( leukemia sel berbulu dan Hepatitis C)

Phil Bourne, bourne@sdsc.edu


http://www.sdsc.edu/pb -> Program -> Pharm 202
Apa yang telah berubah dalam

mengidentifikasi target? Pada prinsipnya

kita tahu semua


target manusia - The
“Druggable Genome”

Phil Bourne, bourne@sdsc.edu


http://www.sdsc.edu/pb -> Program -> Pharm 202
gen manusia

polisakarida lemak asam nukleat protein

Masalah dengan toksisitas, spesifisitas, dan kesulitan


dalam menciptakan inhibitor ampuh
menghilangkan 3 kategori pertama ...
gen manusia

polisakarida lemak asam nukleat protein

protein dengan situs


pengikatan

“Druggable genom” = bagian dari gen yang mengekspresikan protein


mampu mengikat molekul obat-seperti kecil
Berkaitan target druggable
penyakit ...
Analisis Pharm. industri
mengungkapkan:
GPCR
• Lebih dari 400 protein yang
digunakan sebagai target obat
110 keluarga
lain

• analisis urutan protein ini


menunjukkan bahwa
kinase STY
sebagian besar target jatuh
protease Cys
peptidases seng
dalam beberapa keluarga
channel ion-
gen utama:
reseptor protease
SerinPDE
Gated
saluran ion nuklir
enzim P450
(GPCRs, kinase, protease
dan peptidases)
Gambar. 3, Fauman et al.
Contoh Protein Fungsi

hormon
Insulin berikatan dengan reseptor pada membran sel sinyal sel untuk mengambil
glukosa dari darah

Saluran protein
Mengatur gerakan zat melintasi membran plasma. Misalnya The Cystic
fibrosis conductance regulator (CFTR) protein pompa ion melintasi
membran

Mengangkut
hemoglobin ( paling kanan) dalam sel darah merah
mengangkut oksigen ke sel-sel seluruh tubuh

17
Sumber: http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/tutorials/chemistry/page2.html
http://www.cbp.pitt.edu/bradbury/projects.htm
http://www.abc.net.au/cgi-bin/common/printfriendly.pl?/science/news/enviro/EnviroRepublish_1191825.htm
http://www.umass.edu/microbio/chime/
Identifikasi Target Target Validasi

Target Isolasi, Gentechnique


Produksi

Etablishment dari
3D Str. target
Sistem Uji Molekul

Penyaringan
virtual Screening De Novo Desain

Struktur memimpin

optimasi Tidak ada Str 3D. target

Kandidat pharmacophore
Ligan Struktur Berbasis
Desain
Metode eksperimental untuk
mengelusidasi Struktur tiga dimensi dari
protein dengan (Crystall analisis struktur:
X-ray)
kelompok fungsional / elemen struktur
kemungkinan interaksi Posisi di Ligan yang dapat dimodifikasi tanpa
ligan mengambil bagian dalam interaksi
tambahan di situs pengikatan: pengaruh pada reseptor mengikat:
(+ mereka penataan tiga dimensi =
Meningkatkan afinitas dan Pergantian Cocok di posisi ini, Perubahan
pharmacophore) dan situs mengikat,
selektivitas sifat fisikokimia tanpa campur tangan
jenis interaksi antara ligan dan situs
dengan reseptor (Modifikasi dari sifat
pengikatan
farmakokinetik)

Kelompok / unsur Struktur Ligan, yang


tidak menjalani interaksi dengan situs struktur kristal
pengikatan: menghilangkan
X-ray dari ligand Fungsional grup / elemen Struktur
Ligan, yang menjalani tidak ada
Kompleks interaksi tetapi menghalangi satu sama

Proteine- lain: menghilangkan


Perbandingan dengan x-ray Struktur kristal
protein tanpa ligan terikat: Informasi
tentang perubahan konformasi proteines Reseptor terikat (bioaktif)
(diinduksi fit) konformasi ligan

Penilaian setiap interaksi


Binding modus: Orientasi Posisi situs mengikat / di protein
(optimal atau tidak)
ligan dalam tas mengikat dengan yang

informasi yang berguna untuk optimasi lebih lanjut dari ligan (Struktur dibantu Desain untuk memimpin
struktur optimasi)
Membangkitkan Struktur Timbal
Desain berbasis Struktur-

3D-Struktur Situs Binding

Membangkitkan 3D-Struktur Situs Binding


di Komputer

Mencari ligan cocok di Data Bank Pembangunan ligan di situs pengikatan dari
of Compound (Screening atom atau fragmen molekul: De novo desain
Elektronik)

Struktur Timbal baru


De novo Ligan Desain
metode

• lokasi fragmen
• koneksi fragmen
lokasi fragmen
• Tentukan lokasi yang diinginkan dari atom atau
fragmen kecil dalam situs aktif GRID (Goodford et.
Al.) GREEN (Itai et. Al.) PETUNJUK (Kellogg et. Al.)
lokasi fragmen
fragmen Connection

• Mulailah dengan fragmen diposisikan sebelumnya dan menemukan


“linker” atau “perancah (Rangka / platform)” untuk menghubungkan
orang-orang fragmen dan menahan mereka dalam orientasi yang
diinginkan

Dean, Lewis et. Al. Peringatan


(Bartett et. Al.) HOOK (Hubbard
et. Al.)
fragmen Connection
Ligan ligan Berbasis
Desain
Pharmacophore Berbasis
ligan Desain
• Dengan tidak adanya struktur tiga dimensi
(3D) dari reseptor

• Ketika struktur 3D tersedia baik


pharmacophore berdasarkan dan SBLD
teknik dapat diterapkan.
Pharmacopore
• Paul Ehrlich (1900): “kerangka molekul yang
membawa (phoros) fitur penting yang
bertanggung jawab untuk obat (pharmacon)
aktivitas biologis”
• Sekarang: pengaturan 3D fitur yang
memungkinkan molekul untuk menunjukkan
aktivitas biologis tertentu

Dror, O. et al., Memprediksi Interaksi Molekuler di silico:


I. Sebuah Panduan untuk pharmacophore Identifikasi dan Aplikasi untuk Obat Desain,
2004
Pharmacopore
Pharmacopore Pengurangan

• metode langsung : menggunakan kedua ligan dan


informasi reseptor.

• metode tidak langsung : hanya menggunakan koleksi


ligan yang telah
eksperimen diamati untuk berinteraksi dengan reseptor
tertentu.

Dror, O. et al., Memprediksi Interaksi Molekuler di silico:


I. Sebuah Panduan untuk pharmacophore Identifikasi dan Aplikasi untuk Obat Desain,
2004
Pharmacopore Pengurangan
• Keuntungan : kemampuan untuk menunjukkan beragam rangkaian
senyawa yang berpotensi memiliki aktivitas biologis yang diinginkan,
tetapi yang memiliki perancah kimia yang sama sekali berbeda
(Rangka / Punggung).

• Mencegah ledakan memimpin . yang biasanya


menghasilkan satu set molekul yang sangat mirip dengan
memimpin aslinya.

Dror, O. et al., Memprediksi Interaksi Molekuler di silico:


I. Sebuah Panduan untuk pharmacophore Identifikasi dan Aplikasi untuk Obat Desain,
2004
Metode tidak langsung untuk pharmacophore
Identifikasi
1. Input: Ligan kumpulan data dimana
Model pharmacophore akan dibangun dipilih.

2. Cari konformasional: mengatasi


fleksibilitas dari ligan masukan

3. Ekstraksi Fitur: Fitur yang


diekstrak dari ligan masukan: atom (misalnya karbon,
nitrogen), kelompok topologi (misalnya fenil dan heterosiklik
cincin) atau kelompok fungsional (misalnya hidrogen ikatan
donor)
Metode tidak langsung untuk pharmacophore
Identifikasi
4. Struktur Representasi: Kombinasi
dari fitur untuk mewakili struktur.
5. Pola Identifikasi: Fitur-fitur
diekstrak dari molekul ligan yang berbeda cocok dan calon
pharmacophore diusulkan.

6. Scoring: Para calon pharmacophore


adalah peringkat dan yang tertinggi mencetak dilaporkan kepada
pengguna.
Keselarasan / Overlay

Senyawa Yang Telah dioptimasi Dibuka PADA software


Penemuan Studio (DS)

Struktur Yang dijadikan memimpin dipilih senyawa


Dan Struktur lainnya dioverlay (Program dg DS)

Keseluruhan Struktur Yang Telah


ditumpangtindihkan Disimpan dlm Bentuk
file “. sd ”, Berubah Menjadi
Database .
Prosedur Analisis Farmakofor
alat Fitur pharmacophore umum Dari Program DS

set pelatihan Memilih

Pilih Fitur umum pharmacophore Generation

Parameter Menentukan Fitur: HBA (. H-Bond accep), HBD (H-Bond Donor), hidrofobik, cincin
aromatik, terionisasi positif Dan terionisasi negatif, Lalu berjalan.

Analisis data
Pelatihan Set COX-2 Inhibitor
Hasil Analisis Fitur Farmakofor

Fitur fitur Farmakofor Dari Senyawa 1. Refecoxib, 2. Celexocib, Dan 3. valdecoxib)

Hijau Akseptor hidrogen Obligasi; Aqua-Accent : Titik hidrofobik;


Jeruk : RA (Ring Aromatik)
Analisis Jarak Interfitur
Farmakofor
Data Hasil Studi
Pemodelan Farmakofor Dari inhibitor COX-2 (Training set)

Tidak ada Hypo Total biaya Biaya Δ (Null Sebuah- Total) rms deviasi Korelasi (r) fitur

1. 87,6768 54,492 1,4665 0.899288 HBA HY HY RA

2. 88,1098 54,0592 1,4414 0.904316 HBA HY HY RA

3. 88,2666 53,9024 1,44269 0.904323 HBA HY RA RA

4. 88,8614 53,3076 1,4151 0.910252 HBA HY HY RA


5. 90,3172 51,8618 1,49556 0.897941 HBA HY RA RA

6. 90,3898 51,7792 1,56924 0.883822 HBA HY HY RA

7. 91,1807 50,9883 1,64238 0.870386 HBA HY HY RA

8. 92,0981 50,0709 1,62194 0.875758 HBA HY HY RA

9. 92,4647 49,7043 1,51745 0,89796 HBA HY HY RA

10. 92,5477 49,6213 1,70047 0.860043 HBA HY RA RA

Sebuah Biaya Null: 142,169; biaya tetap (nilai ideal) = 68,4328 Config = 13,4901 (<17)
b HBA, Akseptor hidrogen Ikatan; HY, Gugus hidrofobik ,; RA, cincin Aromatik JIKA Hari

1. Nilai Korelasi gede


2. Nilai rmsd: Kecil
3. Selisih ANTARA Nilai Null biaya Dan gede biaya tetap (menunjukkan bahwa Terdapat Korelasi antar Senyawa Yang dianalisis
DENGAN probabilty sebesar 75-90%)
Mencari Pertandingan ligan dalam Compound Data Bank (Virtual
Screening, Electronic Screening, Data Base Mining, di silico
Screening, Screening di computro, Docking Study)

A. Pilih Bank Data


• Eksperimental mapan data bank:
- Cambridge Kristal database
- Database protein dengan Brookhaven
• Data teoritis mapan Bank: Bank Membangkitkan 3D-data
dari Bank 2D-data (misalnya ACD (Tersedia Chemicals
Directory))
a) Hanya satu konformasi akan genereted
b) Beberapa konformasi akan genereted ((c) Variasi
konformasi selama docking)
Mencari Pertandingan ligan dalam Compound Data Bank (Virtual
Screening, Electronic Screening, Data Base Mining, di silico
Screening, Screening di computro, Docking Study)

B. Karakterisasi situs pengikatan (interaksi poin)


C. Docking dari Ligan:
• program lama: Ligan kaku - kaku Receptor Docking
• program baru: fleksibilitas conformative diperhitungkan
D. Scoring, berdasarkan:

• sterik saling melengkapi

• kimia pelengkap
• energi interaksi dihitung
F. Pembelian / Sintesis Senyawa
G. Uji Biologis
4. Dari Struktur Lead untuk Aktif
Senyawa (I) CH 3

HAI

Sasaran terapi

memimpin Penemuan

RSA
Optimasi memimpin
desain obat
Calon klinis

Obat komersial

Gepard, Metode modern di Penemuan Obat WS05 / 06


Yang Properti fisikokimia harus
Sebuah Senyawa aktif memiliki?

Kelarutan dan Penyerapan: sedikit larut, sedikit terserap

Aturan C. Lipinski ini lima: Mol.


massa <500 logP <5

Hyd. donor Bond (NH, OH) <5 Hyd. Mempengaruhi transportasi

akseptor Bond (N, O) <10 melintasi membran

Kurang dari 8 obligasi rotateable


permukaan Polar <140 Å 2

Gepard, Metode modern di Penemuan Obat WS05 / 06


Dari Struktur Lead untuk Senyawa Aktif (II)

Dalam proses optimalisasi struktur mengarah ke aktif klinis


majemuk, molekul akan lebih besar dan lebih lipophil

Berikut sifat-sifat struktur utama yang diinginkan:

Mol. Massa <250


Lipophyli rendah (logP <3) (po)
Kemungkinan rantai samping Baik
Affinity dan selektivitas

Gepard, Metode modern di Penemuan Obat WS05 / 06


Kapan molekul obat-seperti?

“Khas” Pharmaka memiliki sifat folowing:

Mol. Massa <500

Lipophyli di kisaran -2 <logP <5 Sedikit hyd.

donor obligasi (<5) Sedikit hyd. akseptor ikatan

(<10) Setidaknya satu gugus -OH (Kecuali:

Compound psikoaktif)

Gepard, Metode modern di Penemuan Obat WS05 / 06


Dari Struktur Lead untuk Senyawa Aktif (II)

Ex. 1: Inhibitor Angiotensin Converting Enzyme


KARTU AS
angiotensin I Angiotensin II + HL (Hys + Leu)
DRVYIHPFHL DRVYIHPF

Memimpin struktur: Phe-Ala-Pro

Captopril (1977) X-Ala-Pro


Dari Struktur Lead untuk Senyawa Aktif (III)

Somatik ACE (SACE) adalah protein dengan membran-terletak (masih ada


struktur kristal langsung)

Di ACE germinal sebaliknya (TACE) - memiliki homologi urutan tinggi - larut dan
dalam bentuk modifikasi berfungsi untuk Kristalisasi tersebut.

Ini membuka, samping Inhibitor sudah dikenal, Informasi


berbasis struktur
melalui penjelasan mengikat-kantong sekitar zink-Ion.

Lit: KRAcharya Nature Rev. Obat Discov. 2 ( 2003) 891.


Dari Struktur Lead untuk Senyawa Aktif (IV)

Struktur kristal yang tersedia dari TACE Inhibitor (Paten di Tahun)

HAI
COOH

1UZF.pdb Captopril (1977) H


S N

H CH 3

H HAI
COOH

1O86.pdb Lisinopril (1980) N


NH

HO
O

NH 2

H HAI
COOH

1UZE.pdb Enalapril (1980) N


NH

CH 3
HO
O
Dari Struktur Lead untuk Senyawa Aktif (V)

Aktual klinis dan praklinis ACE Inhibitor Trandolapril

(1980)

HAI

PO
CH 3 N

HAI
CH 3

HAI
OH
HAI O CH 3 Fosinopril (1982)

MDL 10.173 praklinis


tetap Serendipity
• Seringkali molekul ditemukan / disintesis untuk satu indikasi dan kemudian
berubah menjadi berguna bagi orang lain

- Tamoxifen (KB dan kanker)


- Viagra (hipertensi dan disfungsi ereksi)
- Salvarsan (Penyakit tidur dan sifilis)
- interferon Sebuah ( leukemia sel berbulu dan Hepatitis C)

Phil Bourne, bourne@sdsc.edu


http://www.sdsc.edu/pb -> Program -> Pharm 202
Dans les champs de l'pengamatan le hasard ne favorise que les
esprits mempersiapkan
Dalam bidang kesempatan pengamatan nikmat hanya pikiran siap . Kuliah,
University of Lille (7 Desember 1854)
Namun……
Bei der Suche nach der Nadel im Heuhaufen ist der
Unterschied zwischen mir und einem normalen
Forscher der, Dass ein normaler Forscher mit der
Suche aufhört . wenn er hat eine Nadel gefunden . ich
aber den ganzen Haufen durchsehe . ob nicht
vielleicht noch

weitere Nadeln darin sind


( Albert Einstein)