Anda di halaman 1dari 11

Journal Reading

Acquisition and Transmission of Streptococcus pneumoniae Is


Facilitated during Rhinovirus Infection in Families with
Children

Oleh :

Disusun Oleh:
Asma Azizah G99162122/F-9
Gita Puspaningrum G99162122/F-7

Pembimbing :
dr. Ismiranti Andarini, Sp.A., M.Kes

KEPANITERAAN KLINIK SMF / BAGIAN ILMU KESEHATAN ANAK


FAKULTAS KEDOKTERAN UNS / RSUD Dr. MOEWARDI
SURAKARTA
2017
Acquisition and Transmission of Streptococcus pneumoniae Is
Facilitated during Rhinovirus Infection in Families with
Children

Akuisisi dan Transmisi Streptococcus pneumoniae difasilitasi oleh


Infeksi Rhinovirus pada Keluarga dengan Anak-anak

PENDAHULUAN
Rhinovirus adalah penyebab utama pada infeksi saluran pernapasan atas dan
bawah pada anak dan dewasa. Setengah dari semua infeksi saluran pernapasan
pada anak disebabkan oleh rhinovirus. Streptococcus pneumoniae merupakan
penyebab penting penyakit otitis media akut, pneumonia, meningitis, dan sepsis.
Kolonisasi pneumokokus pada nasofaring lebih umum ditemukan pada anak
dibandingkan pada orang dewasa. Penyakit tersebut lebih sering ditemukan pada
87% anak yang mengalami sedikitnya satu kali pada 2 tahun pertama kehidupan.
Kolonisasi nasofaring dengan pneumokokus dipengaruhi oleh pejamu,
mikroba, dan faktor lingkungan seperti jumlah saudara, tempat penitipan anak,
status sosioekonomi, pengobatan antimikrobial, dan vaksinasi. Pada umumnya,
penggantian kolonisasi stabil tipe pneumokokus dengan tipe baru pada infeksi
saluran pernapasan bisa meningkatkan perkembangan infeksi pneumokokus.
Meskipun S. pneumoniae ditemukan stabil secara genetik selama 35 hari, bakteri
tersebut juga dapat bereaksi terhadap perubahan lingkungan dengan cara
rekombinasi genetik.
Infeksi rhinovirus dan S. pneumoniae secara bersamaan merupakan hal
umum pada anak. Sebanyak 32% anak dengan pneumokokus positif terdeteksi
rhinovirus dengan cara pengambilan sampel sputum anak dengan pneumonia
yang didapat dari masyarakat (community acquired pneumonia). Sebanyak 24-
36% anak dengan rhinovirus positif ditemukan pada nasofaring dan / atau cairan
telinga tengah dari semua anak dengan otitis media akut dan pneumokokus. Pada
hasil studi kohort, sebanyak 50% dari kasus otitis media akut yang dialami oleh
anak di bawah umur 2 tahun dipengaruhi oleh infeksi rhinovirus. Sementara itu,
studi ekologi mendeskripsikan bahwa terdapat hubungan sementara antara
infeksi rhinovirus pada komunitas dengan infeksi pneumokokus invasif pada
anak di bawah 5 tahun. Akan tetapi, peran infeksi rhinovirus dalam penyebaran
pneumokokus belum jelas digambarkan.
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi perolehan dan penyebaran
pneumokokus pada infeksi saluran pernapasan atas pada keluarga dengan anak
kecil. Penelitian ini didesain untuk fokus pada interaksi rhinovirus-pneumokokus
berdasarkan asumsi bahwa mayoritas infeksi saluran pernapasan atas pada
musim gugur disebabkan oleh rhinovirus. Tiga minggu sejak timbulnya gejala
pada kasus awal merupakan periode waktu yang cukup untuk memantau gejala,
penyebaran virus, dan kolonisasi pneumokokus di antara anggota keluarga.
Metode viral and bacterial typing ditambah dengan penggunaan keseluruhan
sekuens genom sebagai bagian dari isolat pneumokokus bertujuan untuk
mengkonfirmasi bahwa infeksi pneumokokus ditularkan antar anggota keluarga.
Hasil dari penelitian ini menemukan bahwa perolehan infeksi pneumokokus dari
masyarakat dan penyebaran dalam keluarga diperantarai oleh infeksi rhinovirus.

METODE
Populasi Penelitian
Tiga puluh satu keluarga dengan minimal dua anak diikutkan dalam
penelitian ini berdasarkan studi kohort Steps to The Healthy Development and
Wellbeing of Children. Penelitian dilakukan antara Juli 2011 dan Maret 2012.
Orang tua diinstruksikan untuk mendapatkan sampel swab hidung di rumah
dengan kedalaman 2-3 cm dari kedua lubang hidung menggunakan swab berbiak
sintetis (Copan, Brescia, Italia). Sejak onset pertama gejala infeksi saluran
pernafasan pada anggota keluarga manapun, orang tua mengambil sampel
hidung dari setiap anggota keluarga selama tiga minggu, dengan frekuensi
pengambilan sampel sebanyak dua kali setiap minggunya. Sampel dikirim ke
klinik penelitian di tabung kering. Setiap gejala dicatat dalam buku harian setiap
hari. Penelitian ini disetujui oleh Komite Etika di distrik Barat Daya Finlandia.
Informed consent tertulis dari peserta penelitian telah diterma.

Deteksi Virus
Rhinovirus, Enterovirus, dan respiratory syncytial virus (RSV) dideteksi
dengan multipleks, quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction
(RT-qPCR). Rhinovirus dityping berdasarkan sekuensi gen di daerah VP4/2.

Deteksi Antigen Pneumokokus


Tes antigen pneumokokus dilakukan dengan mariPOC (ArcDia
International Ltd, Turku, Finland), secara otomatis, Sistem uji antigen
multianalisis berdasarkan deteksi fluoresensi pada dua foton yang tereksitasi.

Kultur Bakteri
Kultur bakteri dilakukan untuk semua sampel (n = 228) dari subyek
dengan setidaknya satu antigen S. pneumoniae ditemukan positif selama masa
follow-up. Kami sebelumnya telah melaporkan bahwa sampel nasal swab
yang dikirim dari rumah dan disimpan dalam buffer RTI yang cocok untuk
kultur bakteri. Spesies bakteri dikultur dan diidentifikasi. Isolat pneumokokus
dilakukan stereotype metode standar seperti penelitian sebelumnya dan
ditampilkan dalam suplemen data online.

Sekuensing Genom
16 isolat pneumokokus dipilih untuk sekuens genom keseluruhan dari 3
keluarga dengan minimal 2 anggota keluarga dikolonisasi oleh S. pneumoniae
lebih dari sekali selama follow up. Sekuensing genom dari DNA bakteri
dilakukan di Novogene Bioinformatics Technology Co., Beijing, China dengan
HiSeq TM2000. Analisis data sekuensing ditampilkan dan dideskripsikan pada
suplemen data online.

Perolehan dan Transmisi Pneumococcal


Di setiap keluarga, perolehan pneumonia komunitas didefinisikan sebagai
kejadian pertama kolonisasi pneumokokus (dideteksi dengan tes antigen, kultur,
atau keduanya) pada keluarga yang dilakukan follow up. Tidak termasuk
keluarga yang sejak sampel hari pertama sudah terbukti adanya infeksi
pneumokokus.
Tingkat perolehan pneumonia komunitas pada anak didefinisikan sebagai
jumlah kejadian dimana anak yang terinfeksi pneumonia, memaparkan
pneumokokus ke dalam keluarga.

Analisis Statistik
Analisis statistic dilakukan dengan SPSS 21.0 (IBM Corp., Armonik, NY)
atau R 3.1.3 (R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria).
Variabel kategorikal dibandingkan menggunakan tes Chi-square. Tes Mann-
Whitney U digunakan untuk membandingkan variabel kontinyu. Nilai P
ditentukan dengan mengambil nilai dependen di antara sampel berulang dari
individual yang sama. Nilai <0.05 menunjukkan signifikan secara statistik. Rasio
dari akuisita komunitas dengan transmisi keluaga dengan CI 95% ditentukan
dengan regresi Poisson.

HASIL
Subyek Penelitian dan Gejala Klinis
Dua keluarga dieksklusikan karena sampel yang hilang setelah dua kali
pengambilan sampel sehingga hanya tersisa 29 keluarga dengan 128 subyek
penelitian. Rata-rata jumah anak dalam satu keluarga adalah 2.4. Vaksin
konjugat ten-valent pneumococcal mencakup 39% anak pada penelitian ini.
Vaksin tersebut adalah vaksin yang disosialisasikan oleh Finnish National
Vaccination Program pada bulan September 2010. Sejumlah 742 sampel usap
hidung dikumpulkan saat follow up dengan rata-rata 26 sampel tiap keluarga
(range 15-36) dan 5.8 sampel tiap subyek (range 3-7). Median durasi antara
waktu pengumpulan sampel adalah 4 hari. Mayoritas sampel (78%)
dikumpulkan antara bulan September 2011 dan Oktober 2011.
Pada hari pertama pengumpulan sampel, 44 subyek (28 anak dan 16
dewasa) memiliki gejala infeksi saluran pernapasan, yaitu pilek, batuk, nyeri
tenggorokan, dan/atau wheezing, dengan atau tanpa demam. Gejala klinis
penyakit tersebut ditemukan pada 81% subyek selama tiga minggu follow up.
Tidak ada subyek yang masuk rumah sakit.

Penemuan Rhinovirus
Pada pengumpulan hari pertama, subyek yang memiliki gejala klinis flu
terbukti 64% (28/44) telah terinfeksi rhinovirus. Sebanyak 13% (10/79) subyek
penelitian tanpa gejala sakit terbukti positif infeksi rhinovirus. Selama periode
waktu 3 minggu, sebanyak 67% (86/128) subyek penelitian (84% anak
dibandingkan dengan 47% dewasa, P<0.001) terbukti positif rhinovirus
setidaknya terkena satu kali. Terdapat satu keluarga yang tidak terdeteksi
rhinovirus selama follow up. Pada anak dan dewasa, infeksi rhinovirus lebih
sering ditemukan pada subyek dengan gejala klinis flu saat waktu pengambilan
sampel dibandingkan dengan subyek tanpa gejala klinis flu (65% vs 17% dan
27% vs 9%, secara berturutan). Median viral copy number (interquartile range)
adalah 4.8 (3.4-6.1) dalam pencatatn kopi atau usap. Rhinovirus ditemukan lebih
tinggi pada sampel yang diambil pada minggu pertama follow up dibandingkan
dengan sampel yang dikumpulkan pada 2 minggu terakhir follow up (5.3 [3.8-
6.6] vs. 4.5 [3.2-5.4] log of copies/swab; P<0.001).
Rhinovirus ditemukan pada 205 (28%) sampel dari total 742 sampel usap
hidung. Rhinovirus dengan 27 tipe yang berbeda dalam 3 spesies telah dideteksi
pada 146 sampel; 12 tipe spesies A (74 sampel), 3 tipe spesies B (63 sampel),
dan 12 tipe spesies C (9 sampel). Lebih dari satu tipe rhinovirus yang dapat
dideteksi pada 12 keluarga.

Penemuan virus lainnya


Enterovirus ditemukan pada 5 sampel (satu virus infeksi bersama dengan
rhinovirus) dan sampel virus syncytial pernapasan ditemukan pada 7 sampel
(satu virus koinfeksi dengan rhinovirus). Virus ini tidak diteliti lebih lanjut.
Penemuan S. pneumoniaee
S. pneumoniae ditemukan pada 9 (7%) subyek dari 8 keluarga pada hari
pertama pengumpulan sampel. Sejumlah 38 subyek (46% anak vs. 10% dewasa,
P<0.001) dari 18 keluarga terinfeksi dengan pneumokokus sedikitnya satu kali
selama 3 minggu follow up. Kolonisasi pneumokokus lebih umum ditemukan
pada keluarga dengan tiga atau lebih anak atau anak pada penitipan anak
dibandingkan dengan keluarga dengan dua anak.
S. pneumoniae dideteksi menggunakan tes antigen dan/atau menggunakan
kultur bakteri pada 76 sampel (10%) dari 742 sampel (anak 17% vs. dewasa
2%). Seluruh 228 sampel diuji menggunakan kultur dan ditemukan antigen
positif pneumokokus berbagai waktu selama follow up. Pneumokokus diisolasi
hanya menggunakan kultur ditemukan pada 27 sampel (12%), sedangkan
pengujian menggunakan antigen ditemukan positif pneumokokus sebanyak 71
sampel (31%). Lima sampel ditemukan negatif pneumokokus berdasarkan tes
antigen tetapi positif menggunakan kultur dan 22 sampel positif pneumokokus
menggunakan kedua metode tersebut. Semua strain isolasi pneumokokus yang
dilakukan serotyping berhasil. Tujuh serotype S. pneumoniae (6B, 15A,
15B/C,22F, 23F, 35B, dan 35F) terdeteksi. Tipe 6B merupakan serotype yang
umum ditemukan (18 sampel).

Deteksi infeksi rhinovirus dan S. pneumoniae


Dari subyek dengan infeksi rhinovirus, sebanyak 40% (34/86) ditemukan
telah dikolonisasi oleh S. pneumoniae selama follow up. Pada 20 orang.
rhinovirus terdeteksi lebih dahulu sebelum kolonisasi pneumokokus. Pada
subyek durasi median antara pertama deteksi rhinovirus dan pneumokokus
adalah 8 hari. Pada 11 orang, S. pneumoniaee telah terdeteksi secara bersamaan
dengan rhinovirus dan kolonisasi pneumokokus terdeteksi sebelum infeksi
rhinovirus pada tiga orang. Sejumlah 72% (55/76) ditemukan positif S.
pneumoniae dan positif rhinovirus pada waktu yang sama atau sebelum waktu
pengambilan sampel dibandingkan dengan 35% subyek S. pneumoniaee negatif
(231/666). Secara keseluruhan, terdapat peningkatan awal dan penurunan
berikutnya pada deteksi rhinovirus selama follow up sementara peningkatan
terjadi pada prevalensi kolonisasi pneumokokus.

Efek Infeksi Rhinovirus pada Perolehan dan Penyebaran S. pneumoniae


Pada penelitian keluarga, terdapat 12 kejadian perolehan pneumokokus pada
masyarakat, termasuk tiga keluarga dimana dua kejadian tersebut terjadi saat
follow up. Pembawa penyakit pertama pada keluarga tersebut selalu anak-anak
dengan orang dewasa pada dua keluarga tersebut ditemukan positif kolonisasi
pneumokokus. Pada anak, nilai perolehan penyebaran penyakit pneumokokus
pada masyarakat adalah 0.49 per bulan (95% CI, 0.29-0.82). Penyebaran
penyakit pneumonia yang didapat dari masyarakat memiliki nilai 4.3 lebih tinggi
(95% CI, 1.4-13.8) jika telah menderita penyakit rhinovirus secara bersamaan
dibandingkan dengan anak yang sebelumnya tidak memiliki penyakit rhinovirus.
Dalam penyebaran penyakit rhinovirus, tercatat bahwa 7 dari 17 keluarga
membawa penyakit pneumokokus selama follow up. Pada anak, angka kejadian
penyebaran penyakit tersebut dalam satu keluarga adalah 1.05 tiap bulan (tiap
satu anggota keluarga). Kejadian penyebaran penyakit pneumokokus dapat
meningkat hingga 3.93 tiap bulan jika menderita penyakit rhinovirus dan 0.27
tiap bulan tanpa menderita penyakit rhinovirus. Jadi, infeksi rhinovirus
meningkatkan 14.8 kali lipat angka kejadian penyebaran penyakit pneumokokus
antara anggota keluarga (95% CI, 3.1-69.6). Pada orang dewasa, angka kejadian
penularan pneumokokus antar anggota keluarga terbukti rendah.
Penelitian lebih lanjut pada adanya gejala penyakit pernapasan, penularan
penyakit pneumokokus antar anggota keluarga dapat dihubungkan dengan gejala
infeksi rhinovirus pada anak (kejadian tiap bulan, 4.77; 95% CI, 3.39-9.54).
Pada penelitian ini, terbukti bahwa tidak adanya hubungan infeksi pneumokokus
antara anak yang positif rhinovirus tanpa menunjukkan gejala penyakit maupun
rhinovirus negatif dengan gejala penyakit pernapasan. Gejala penyakit
pernapasan tidak berhubungan dengan pneumokokus yang didapat dari
masyarakat.
Identifikasi penyebaran pneumokokus dengan metode Whole Genome
Sequencing
Berdasarkan metode serotyping konvensional, terdapat satu atau dua
serotype pneumokokus yang ditemukan di setiap keluarga selama follow up.
Metode whole genome sequencing pada berbagai famili pneumokokus
menunjukkan terdapat sedikit perbedaan antara isolat dengan serotype yang
sama berdasarkan jumlah SNPs dan variasi struktural.
Tiga cluster pneumokokus dapat diidentifikasi dan hampir semua strain
pneumokokus yang diisolasi dari setiap keluarga masuk ke dalam satu cluster
yang sama. Pada setiap anggota keluarga pertama yang terkena penyakit,
terdapat dua serotype yang berbeda, 35F dan 35B. Isolat 35F dari anak kedua
memiliki 3.4 x 10-3 substitusi tiap titik di antara hari ke 4 dan ke 8 yang
menunjukkan aktivitas mutasi yang cepat, rekombinasi genetik, atau
keberagaman S. pneumoniae dalam tubuh pejamu. Anak pertama membawa tipe
pneumokokus yang berbeda (35B) dengan anak kedua berdasarkan metode
serotyping dan whole genome sequencing.
Pada keluarga kedua dengan enam anak (rentang usia 0.4 sampai dengan 12
tahun) dan dua orang dewasa, mayoritas serotype pneumokokus yang
menginfeksi pejamu adalah 6B. Selama follow up, serotype yang berbeda (6B,
15B, dan 6B) terdeteksi pada tiga sampel anak ke enam secara berturutan. Pada
hari kelima, S. pneumoniae 6B diisolasi dari anak kelima dan keenam.
Perbedaan yang terjadi pada genom kedua anak tersebut adalah 1.6 x 10-2
substitusi tiap titik. Setelah 11 hari, perbedaan antara isolat 6B dari keenam anak
tersebut adalah 1.9 x 10-3 substitusi tiap titik.
Pada keluarga ketiga, empat dari lima anggota keluarga terbukti terdapat
kolonisasi serotype 6B. Anak pertama dan kedua merupakan anak kembar
berusia 4 tahun. Sama seperti keluarga kedua, genom pada isolat S. pneumoniae
6B berbeda satu sama lain pada hari ke 8 dan 11 (3.3 x 10 -2 substitusi tiap titik,
tetapi lebih mirip pada hari ke 20 (1.2 x 10-3 substitusi tiap titik) yang
menandakan adanya penularan penyakit tersebut.
DISKUSI
Di dalam penelitian follow-up ini, sampel swab hidung rutin dikumpulkan
dari keluarga yang memiliki anak. Infeksi rhinovirus memfasilitasi perolehan
pneumokokus baik dari komunitas maupun keluarga. Anak-anak dengan infeksi
rhinovirus empat kali lipat lebih mudah terkena pneumokokus dari komunitas
dibandingkan dengan anak-anak tanpa infeksi rhinovirus. Laju transmisi dari
kolonisasi perolehan pneumokokus lebih tinggi pada anak-anak dengan infeksi
rhinovirus. Pada orang dewasa, laju perolehan pneumokokus rendah dan efek
dari rhinovirus pada dewasa tidak dapat didokumentasikan.
Penelitian ini sejalan dengan penelitian klinis sebelumnya, yang
melaporkan hubungan antara infeksi virus respirasi dengan kolonisasi
pneumokokus. Sebuah penelitian longitudinal dengan interval yang lebih lama
menemukan, bahwa virus parainfluenza dan virus influenza meningkatkan
risiko anak-anak terkena pneumokokus baru. Pada penelitian follow up
sebelumnya, transmisi pneumokokus selama rhinovirus menginfeksi saluran
pernapasan atas dilakukan dengan metode kultur bakteri dan virus. Sebagai
tambahan, untuk infeksi rhinovirus, kami mengidentifikasi jumlah saudara
kandung, kolonisasi pneumokokus pada anggota keluarga lain, dan kehadiran di
day care sebagai faktor risiko kolonisasi pneumokokus.
Dalam penelitian ini, perolehan pneumokokus pada keluarga dihubungkan
dengan infeksi rhinovirus secara simtomatis dan asimtomatis atau anak-anak
dengan gejala tapi rhinovirus negatif. Ini membuktikan bahwa respon dari host
kepada virus penting terkait dengan kolonisasi bakteri.
Pada keluarga dengan kolonisasi pneumokokus yang telah diobservasi,
hanya ada 1 stereotipe yang mendominasi, sesuai dengan pengertian transmisi di
dalam keluarga. Karena identifikasi pneumokokus pada tingkat serotipe tidak
menyiratkan klonalitas, keseluruhan sekuensing genom isolat dilakukan pada
tiga keluarga. Konstelasi strain genetik dari keluarga yang sama kebanyakan
hampir identik. Hal ini mendukung hipotesis bahwa strain yang sama biasanya
ditularkan antar anggota keluarga, bukan dari komunitas baru atau pneumokokus
yang sebelumnya tidak terdeteksi selama infeksi virus karena pertumbuhan
bakteri atau peningkatan sekresi hidung. Dalam beberapa kasus, genetik
pneumokokus yang berbeda dari serotipe yang sama diisolasi dari anggota
berbeda dari keluarga yang sama pada tahap awal follow up sementara isolat
yang hampir identik terdeteksi di akhir, menunjukkan transmisi strain yang
kemudian menggantikan strain sebelumnya. Rekombinasi genetik juga bisa
menjelaskan perubahan cepat tersebut.
Ada beragam penyebab rhinovirus yang bisa menyebabkan kolonisasi
bakteri. Infeksi virus dapat mengubah epitel repirasi dan membuatnya lebih
rentan dimasuki bakteri dan berkolonisasi. Ini dapat terjadi karena kerusakan
epitel, oleh upregulasi atau terpaparnya reseptor oleh adhesi bakteri, atau oleh
kerusakan fungsi sel silia. Secara spesifik, infeksi rhinovirus menaikkan adesi
pneumokokus. Lebih jauh, infeksi rhinovirus dapat mengganggu respon imun
innate dan predisposisi host terkena infeksi bakteri. Selain itu, faktor genetik
host yang lemah terhadap kolonisasi bakteri selama infeksi virus. Bayi dengan
berbagai bentuk gen mannose binding lectin cenderung mudah untuk
dikolonisasi pneumokokus selama infeksi rhinovirus.

KETERBATASAN PENELITIAN
Terbatasnya jumlah partisipan, sedikitnya analisis virus respiratori selain
rhinovirus merupakan keterbatasan penelitian ini, padahal virus lain juga dapat
menyebabkan perolehan pneumonia. Keterbatasan lainnya yaitu kami tidak
menganalisis mekanisme interaksi virus-bakteri.

KESIMPULAN
Infeksi rhinovirus simtomatis meningkatkan laju perolehan dan transmisi
pneumokokus pada anak-anak. Kolonisasi pneumokokus pada nasofaring
merupakan tahap pertama yang penting dalam perkembangan koinfeksi
pneumokokus yang disebabkan oleh rhinovirus.