BAB I

PENDAHULUAN
Unsur-unsur kimia pada sel hidup mengalami berbagai proses dan reaksi. Pada setiap
reaksi kimia organik dibutuhkan katalisator untuk mempercepat reaksi kimia. Enzim memiliki
fungsi sebagai biokatalisator yaitu mempercepat proses suatu reaksi kimia tanpa ikut terlibat
dalam reaksi tersebut. Maksudnya, enzim tidak ikut berubah menjadi produk melainkan akan
kembali ke bentuk asalnya setelah reaksi kimia selesai. Enzim mengubah molekul awal zat,
substrat, menjadi hasil reaksi yang molekulnya berbeda dari molekul awal (produk).

Enzim merupakan zat yang paling menarik dan penting di alam. Pertama, sangat penting
untuk menyadari bahwa enzim bukanlah benda hidup. Mereka benda mati, sama seperti mineral.
Tapi juga tidak seperti mineral, mereka dibuat oleh sel hidup. Enzim adalah benda tak hidup
yang diproduksi oleh sel hidup.

Oleh karena itu, enzim sudah tidak diragukan memiliki peran yang sangat penting dalam
kehidupan. Tidak hanya dalam kehidupan manusia, tetapi bagi hewan dan tumbuhan. Bahkan
bisa dikatakan bahwa enzim berperan penting dalam kelangsungan alam ini. Respon terhadap
perubahan konsentrasi substrat merupakan mekanisme penting dalam homeostasis sel.
Pengaturan ini disebut pengaturan pasif. Pengaturan tersebut hanya mampu merespon perubahan
variabel lingkungan yang terbatas.

Komponen utama enzim adalah protein sehingga sintesis enzim sangat terkait dengan
proses ekspresi genetik. Oleh sebab itu, pengaturan sintesis enzim pada dasarnya adalah
pengaturan ekspresi genetik. Konsentrasi sebagian besar enzim dipengaruhi oleh faktor
fisiologis, hormonal atau diet. Konsentrasi enzim mencerminkan keseimbangan antara kecepatan
sintesis dan degradasi enzim. Faktor yang mempengaruhi kecepatan sintesis enzim adalah
induksi dan represi gen yang mengkode enzim atau laju degradasi mRNA yang dihasilkan gen
tersebut.

Di dalam proses metabolism enzim terdapat aturan system yang disebut regulasi. Dimana
regulasi adalah aturan energi yang ada di dalam tubuh makhluk hidup untuk dapat hidup
seimbang, mempertahankan keadaan teratur, konservasi energi, dan sebagai respon terhadap
perubahan lingkungan. Pengaturan ini dilakukan dengan tujuan menjamin supaya enzim hanya
bekerja ketika dibutuhkan, sehingga reaksi enzimatis berjalan secara sangat terkoordinasi satu
sama lain.
 BAB II

KAJIAN PUSTAKA

Mekanisme Biosintesa Enzim

2.1 Pengaturan Sintetis Enzim

Komponen utama enzim adalah protein sehingga sintesis enzim sangat terkait
dengan proses ekspresi genetik. Oleh sebab itu, pengaturan sintesis enzim pada dasarnya
adalah pengaturan ekspresi genetik. Terdapat dua macam pengaturan sintesis enzim, yaitu
pengaturan positif dan pengaturan negatif. Pengaturan positif meningkatkan laju sintesis
enzim, sedangkan pengaturan negatif menurunan laju sintesis enzim. Pengaturan positif
terjadi ketika pengikatan protein regulator pada DNA meningkatkan laju transkripsi,
sebaliknya pengaturan negatif terjadi ketika pengikatan protein regulator mencegah
proses transkripsi. Protein regulator pada pengaturan positif sintesis enzim disebut
activator, sedangkan protein regulator pada pengaturan negatif disebut repressor.

2.1.1 Enzym Induction (Induksi Enzim)

Enzyme induction adalah sintesis enzim sebagai respon terhadap suatu sinyal
(molekul inducer). Enzim yang disintesis dengan mekanisme ini disebut inducible
enzyme. Molekul inducer adalah suatu substansi dengan berat molekul rendah dan dapat
berupa substrat atau senyawa yang sekerabat (analog) dengan substrat.(Gambar 7)

Gambar 7. Perubahan konsentrasi enzim repressible pada saat penambahan repressor (arginin)
 Mekanisme pengaturan sintesis enzim telah banyak dipelajari pada bakteri dengan
menggunakan model operon (dikemukakan oleh Francois Jacob dan Jackues Monod,
1961). Operon terdiri atas serangkaian gen struktural yang mengkode protein yang
terlibat dalam suatu proses metabolisme tertentu. Situs operator ialah sekuen DNA yang
mengatur transkripsi gen struktural dan gen regulator yang mengkode protein yang
mengenali daerah operator. Pada banyak bakteri, gen-gen struktural yang menentukan
sintesis enzim dalam suatu lintasan metabolik tertentu ditempatkan menurut urutan sesuai
dengan rangkaian reaksi pada lintasan tersebut. Hal ini menunjukkan bahwa urutan reaksi
pada lintasan metabolik dikendalikan oleh kromosom.

a. Iac Operon
Agar laktosa dapat digunakan oleh bakteri, laktosa harus dihidrolisis terlebih dulu
menjadi galaktosa dan glukosa dengan enzim β-galaktosidase. Gen struktural untuk β-
galaktosidase (lacZ) terletak bersebelahan dengan gen untuk permease yang
bertanggung jawab terhadap pengambilan laktosa ke dalam sel (lacY) dan untuk
thiogalaktosida transasetilase (enzim untuk detoksifikasi senyawa toksik yang juga
dapat masuk melalui permease) (lacA). Ketiga gen struktural tersebut besama dengan
promoter lac (daerah tempat pelekatan RNA polimerase pada saat inisiasi transkripsi)
dan operator lac (daerah pengaturan) sangat berkaitan erat membentuk lac operon.
b. Pengaturan Negativ Iac Operon
Ketika E. coli dikulturkan pada media yang mengandung laktosa (tanpa/sedikit
glukosa) dengan kondisi yang sesuai, sintesis β-galaktosidase, galaktosida permease
dan thiogalaktosida transasetilase meningkat 100-1000 kali. Namun, ketika laktosa
(inducer) dihilangkan, sintesis ketiga enzim tersebut menurun seketika. Mekanisme
peningkatan sintesis enzim yang ditingkatkan oleh adanya inducer disebut induksi,
sedangkan enzim yang disintesis disebut inducible enzyme.
Sedikit molekul β-galaktosidase di dalam sel sebelum induksi akan mengubah laktosa
menjadi allolaktosa yang kemudian memicu transkripsi gen lac operon, sehingga
allolaktosa disebut inducer. Suatu analog laktosa (isopropylthiogalactoside/IPTG)
yang bukan merupakan substrat β-galaktosidase dan mampu menginduksi lac operon
disebut gratuitous inducer. Penambahan laktosa atau IPTG kedalam media bakteri
yang mengandung sedikit sumber karbon menyebabkan induksi enzim lac operon.
Sejumlah kecil laktosa atau IPTG dapat masuk kedalam sel tanpa permease. Molekul
LacI repressor baik yang melekat pada lokus operator maupun yang terdapat bebas
dalam sitosol memiliki afinitas tinggi terhadap inducer. Pengikatan inducer ke
molekul repressor yang melekat pada operator menyebabkan perubahan konformasi
molekul repressor sehingga molekul repressor terdisosiasi dari DNA karena
afinitasnya terhadap operator menurun 103 kali (Kd sekitar 10–9 mol/l). Apabila
RNA polimerase telah melekat pada promoter, transkripsi segera dimulai
c. Pengaturan positif Iac Operon
 Ketika E. coli dikulturkan pada media yang mengandung laktosa dan glukosa sebagai
sumber karbon, bakteri tersebut pertama akan memetabolisme glukosa kemudian
berhenti tumbuh sebentar sampai lac operon terinduksi untuk menyediakan
kemampuan memetabolisme laktosa. Meskipun laktosa tersedia sejak awal
pertumbuhan bakteri, sel tersebut tidak menginduksi enzim yang diperlukan untuk
katabolisme laktosa sampai glukosa habis.

2.1.2 Enzim Repression

Enzyme repression adalah penghentian sintesis enzim sebagai respon terhadap

keberadaan suatu molekul (repressor). Enzim yang disintesis dengan mekanisme ini
disebut repressible enzyme. Enzim yang bersifat repressible umumnya terlibat dalam
jalur biosintesis dan hanya disintesis ketika molekul hasil sintesis jalur tersebut tidak
tersedia. Enzim yang bersifat repressible merupakan produk gen yang bersifat repressible.

a. Trp operon
trp operon terdiri dari 5 gen struktural yang mengkode enzim untuk biosintesis
triptofan. Bagian operator tumpang tindih dengan bagian promoter. Gen dalam
operon ditranskripsi ketika sel kekurangan triptofan. Gen trp repressor mengkode Trp
repressor yang secara alami bersifat inaktif, sehingga tidak dapat menempel pada trp
operator. Ketika triptofan tidak tersedia, Trp repressor tetap bersifat inaktif, sehingga
trp operon ditranskripsikan untuk menghasilkan enzim yang digunakan untuk
biosintesis triptofan.
Ketika triptofan tersedia, enzim untuk biositesis triptofan tidak diperlukan sehingga
ekspresi gen tersebut harus dihentikan. Triptofan akan menempel pada Trp repressor,
sehingga menyebabkan Trp repressor berada dalam konformasi aktifnya. Trp
repressor yang aktif mampu berikatan dengan operator sehingga menghentikan
transkirpsi trp operon. Dalam hal ini, triptofan disebut co-repressor dan mekanisme
pengaturan ini disebut pengaturan negatif karena terikatnya repressor mencegah
transkripsi.

2.2 Pengaturan Degradasi Enzim

Enzim didegradasi melalui jalur yang sama dengan jalur degradasi protein. Pada
sel hewan, sebagian besar enzim didegradasi melalui jalur ubiquitin proteasome.
Proteasome terdiri dari 30 subunit polipeptida yang terangkai menjadi bentuk silinder
kosong. Sisi aktif proteolitik proteasome menghadap sisi dalam silinder sehingga
mencegah degradasi protein selular yang lain. Protein yang akan didegradasi ditandai
melalui proses ubiquitination, yakni pelekatan satu atau lebih molekul ubiquitin secara
kovalen. Ubiquitination dikatalis oleh keluarga enzim E3 ligase. Jalur ubiquitin
proteasome bertanggungjawab atas pengaturan degradasi selektif protein selular yang
tidak sempurna/rusak. Selektivitas sistem ubiquitin proteasome disebabkan baik karena
keragaman enzim E3 ligase maupun kemampuannya untuk membedakan konformasi
protein target. Sintesis enzim merupakan proses yang terdiri dari banyak tahap dan
umumnya memerlukan waktu lama (jam) untuk meningkatkan konsentrasi enzim sampai
cukup. Sebaliknya, perubahan aktivitas katalitik enzim dapat diselesaikan dalam waktu
cepat (detik). Perubahan konsentrasi enzim digunakan untuk adaptasi jangka panjang,
sedangkan perubahan aktivitas katalitik enzim sangat sesuai untuk merespon fluktuasi
metabolit yang bersifat cepat dan sementara.

3.1 Pengaturan Langsung

Pengaturan langsung aktivitas katalitik enzim dapat terjadi dengan mengubah

konsentrasi substrat atau reaktan. Apabila konsentrasi subtrat bertambah, maka laju reaksi
meningkat sampai tercapai nilai pembatas (kejenuhan), sedangkan apabila produk
menumpuk, laju reaksi menurun. Selain itu, konsentrasi koenzim dan kofaktor juga dapat
memberikan pengaruh terhadap pengaturan aktivitas enzim di dalam sel.

Tipe pengaturan ini dapat juga disebabkan oleh adanya penggolongan enzim di
dalam sel, yakni enzim dapat terikat pada berbagai struktur internal, terutama membran
dan makromolekul, sehingga enzim dan substrat tidak berada dalam kontak langsung.
Pada beberapa mikrobia, enzim proteolitik (perombak protein) yang sangat spesifik
menguraikan enzim lain yang tidak lagi dibutuhkan untuk reaksi-reaksi metabolik.

3.2 Modivikasi kovalen reversible

Pengaturan aktivitas enzim dapat dilakukan dengan memodifikasi molekul enzim

melalui pengikatan suatu gugus secara kovalen. Pengaturan ini tidak mengubah laju
ekspresi gen, tetapi mempengaruhi enzim pertama dari suatu rangkaian reaksi biosintesis.
Pengikatan gugus tersebut merupakan suatu proses yang reversible dan dikatalis oleh
enzim khusus. Gugus yang biasa digunakan untuk memodifikasi molekul enzim antara
lain fosforil, adenilil, uridilil, metil, dan adenosine diphosphate ribosyl. Pada sel
mamalia, gugus yang biasa digunakan adalah gugus fosforil. Fosforilasi (penambahan
gugus fosforil) merupakan proses reversible yang dikatalis oleh enzim protein kinase,
sedangkan hidrolisis gugus fosforil dikatalis oleh enzim protein fosfatase. Protein kinase
dapat dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu protein kinase kelas I yang memindahkan
fosfat terutama ke gugus hidroksil residu serin atau treoinin enzim target, sedangkan
kelas II memindahkan fosfat ke residu tirosin. Baik aktivitas protein kinase maupun
protein fosfatase memiliki pengaturan tersendiri untuk menghindari proses yang secara
termodinamik tidak produktif .

Fosforilasi dan defosforilasi merupakan proses yang selektif, tidak semua enzim
dan gugus hidroksil pada permukaan enzim menjadi target fosforilasi. Perubahan
frekuensi fosforilasi (penambahan gugus fosforil) dan defosforilasi (pelepasan gugus
fosforil) merupakan mekanisme pengaturan aktivitas enzim. Fosforilasi dan defosforilasi
menyebabkan perubahan fungsional suatu enzim selama aktivitas enzim tersebut
diperlukan. Ketika aktivitas enzim tidak diperlukan lagi, enzim tersebut dapat diubah
kembali menjadi bentuk awalnya sehingga siap untuk merespon rangsangan berikutnya.
Oleh karena itu, fosforilasi dan defosforilasi dapat digunakan untuk pengaturan jalur
metabolisme secara cepat dan reversible sesuai dengan kebutuhan sel.

Kemampuan fosforilasi dan defosforilasi untuk mengubah struktur dan fungsi

enzim disebabkan karena sifat gugus fosforil yang memiliki muatan besar dan cenderung
untuk membentuk jembatan garam diantara residu-residu arginil. Fosforilasi umumnya
terjadi pada asam amino yang terletak jauh dari sisi katalitik enzim, tetapi sangat
menentukan struktur 3 dimensi protein, sehingga fosforilasi dapat memiliki pengaruh
yang dramatis terhadap konformasi enzim dan efisiensi katalitiknya. Selain itu, fosforilasi
juga dapat mengubah letak enzim di dalam sel, kerentanan terhadap degradasi proteolitik,
atau responsifitasnya terhadap ligand allosterik. Dengan demikian fosforilasi mampu
mempengaruhi efisiensi katalitik maupun mengubah enzim menjadi inaktif.

Fosforilasi dan defosforilasi merupakan pengaturan aktivitas enzim sebagai

respon terhadap sinyal fisiologis spesifik. Pengaturan tersebut melibatkan beberapa
protein dan ATP dibawah kendali syaraf dan hormonal secara langsung. Baik protein
kinase maupun protein fosfatase dapat berubah dari bentuk inaktif menjadi aktif akibat
pengikatan second messenger atau modifikasi kovalen fosforilasi dan defosforilasi.
Salah satu contoh penting pengaturan fosforilasi adalah pada glikogen fosforilase
yang mengkatalis reaksi pemecahan glikogen menjadi glukosa dalam otot dan hati.
Glikogen fosforilase terdapat dalam dua bentuk, bentuk yang lebih aktif adalah bentuk
yang terfosforilasi pada gugus hidroksil residu serin. Pada Gambar 8

Gambar 8. Pengaturan aktivitas glikogen fosforilase dengan modifikasi kovalen.

 Fosforilasi dan defosforilasi digunakan sebagai mekanisme pengaturan aktivitas enzim
karena memiliki beberapa kelebihan, yaitu 1. Bersifat reversible sehingga enzim dapat dengan
cepat diubah menjadi bentuk aktif atau inaktif. 2. Tidak memerlukan banyak energi karena tidak
melibatkan sintesis enzim atau protein inhibitor. 3. Cepat sehingga waktunya dapat disesuaikan
dengan kebutuhan fisiologis sel. 4. Efeknya dapat diperbesar secara cepat melalui kinase
cascade.

3.3 Feedback Inhibition

Feedback inhibition merupakan suatu mekanisme penghambatan aktivitas enzim

pertama dalam jalur biosintesis oleh produk akhir jalur tersebut. Reaksi pertama dalam jalur
biosintesis menghasilkan produk intermediet yang digunakan oleh enzim berikutnya sebagai
substrat. Dengan demikian, penghambatan aktivitas enzim pada reaksi pertama dapat
menghindarkan sel dari penggunaan persediaan energi dan pembentukan produk intermediet
yang tidak diperlukan.

Pada contoh berikut (Gambar 9), biosintesis Z dari prekursor A dikatalis oleh
serangkaian enzim (E1 – En). Konsentrasi Z yang tinggi menghambat perubahan A menjadi B.
Penghambatan terjadi karena Z mampu terikat pada enzim 1 (E1) pada sisi selain sisi katalitik.
Pengikatan Z pada E1 menyebabkan perubahan konformasi yang menurunkan efisiensi
katalitiknya. Dalam contoh ini, Z adalah modulator negatif/inhibitor E1.

Gambar 9. Skema mekanisme feedback inhibition pada suatu jalur biosintesis.

Pada jalur biosintesis yang bercabang, reaksi awal menyebabkan sintesis beberapa
produk. Pada contoh berikut(Gambar 10), baik Y maupun Z disintesis dari prekursor yang sama
(A) melalui jalur yang berbeda. Akumulasi Y menyebabkan penghambatan pada enzim 3* (E3*)
yang mengkatalis perubahan C menjadi D. Di sisi lain, akumulasi Z menyebabkan penghambatan
pada enzim 3 (E3) yang mengkatalis perubahan C menjadi E. Penghambatan tersebut
menyebabkan C terakumulasi karena tidak digunakan untuk reaksi berikutnya. Akumulasi C
selanjutnya menghambat enzim 1 (E1) yang mengkatalis reaksi pertama dalam jalur tersebut.
Mekanisme penghambatan ini tetap memungkinkan sintesis suatu produk akhir dari suatu
cabang meskipun sintesis produk akhir yang lain dari cabang yang berbeda dihambat.
Pengaturan ini disebut sequential feedback inhibition.
 Feedback inhibitor umumnya berupa molekul kecil yang merupakan building block
makromolekul dan umumnya menghambat reaksi pertama suatu jalur biosintesis. Mekanisme
multiple feedback loop menyediakan pengaturan lain yang lebih kompleks. Pada contoh berikut
(Gambar 6), produk B yang terakumulasi menghambat perubahan S1 menjadi S2, sehingga
menghambat sintesis ketiga produk lainnya (A, C, D). Namun, umumnya setiap produk akhir
hanya menghambat aktivitas katalitik secara parsial. Pengaruh penghambatan aktivitas enzim
oleh 2 atau lebih produk akhir yang lebih besar dari pengaruh individualnya disebut cooperative
feedback inhibition.

Karena struktur molekul produk akhir suatu jalur metabolisme berbeda dengan struktur
molekul prekursor yang digunakan, produk akhir akan mengikat enzim pada sisi selain sisi aktif.
Pengikatan tersebut diperantarai ikatan nonkovalen sehingga bersifat reversible, sehingga
apabila konsentrasi produk akhir berkurang kecepatan reaksi akan meningkat. Enzim yang
memiliki sifat tersebut disebut enzim allosterik. Enzim allosterik mampu merespon secara cepat
dan reversible terhadap fluktuasi konsentrasi produk akhir suatu jalur biosintesis di dalam sel.

3.4 Enzim Allosterik

Allosteric berasal dari kata Yunani, 'allo' berarti lain dan 'steric' berarti tempat atau sisi.
Sehingga allosterik berarti sisi lain, dan enzim allosterik adalah enzim yang memiliki 2 sisi
pengikatan, satu sisi untuk substrat dan sisi yang lain untuk molekul efektor/modulator.
Aktivitas sisi aktif enzim allosterik dapat dimodulasi oleh efektor/modulator pada sisi selain sisi
aktif. Modulator yang meningkatkan kecepatan reaksi dan afinitasnya terhadap substrat disebut
modulator positif/activator, sedangkan yang menurunkan kecepatan reaksi dan afinitasnya
terhadap substrat disebut modulator negatif/inhibitor. Pada umumnya pengikatan modulator
allosterik menginduksi perubahan konformasi sisi aktif enzim. Perubahan tersebut dapat
berpengaruh pada efisiensi katalitik suatu enzim, afinitas terhadap substrat atau keduanya.
Dengan demikian enzim allosterik umumnya berupa enzim multisubunit dengan satu atau lebih
sisi aktif setiap subunit.

Seringkali modulator enzim allosterik adalah substratnya sendiri, sehingga substrat dan
modulatornya identik. Enzim allosterik yang demikian disebut allosterik homotropic. Namun,
apabila modulatornya adalah molekul lain selain substrat, maka disebut allosterik heterotropic.
Enzim allosterik umumnya memiliki lebih dari 1 sisi pengikat modulator. Sisi pengikat tersebut
spesifik terhadap modulatornya. Enzim allosterik dengan beberapa modulator umumnya
memiliki sisi pengikatan spesifik yang berbeda untuk setiap modulator. Pada enzim allosterik
homotropic, sisi aktif dan sisi pengaturannya sama.

Pengaturan Dengan Proteolitik

Beberapa protein disintesis dan disekresikan dalam bentuk prekursor tidak aktif yang
disebut proprotein. Proprotein enzim disebut proenzim atau zymogen. Proteolisis selektif
terhadap suatu proenzim atau zymogen melalui pemotongan bertahap akan membentuk enzim
yang aktif. Pemotongan spesifik menyebabkan perubahan konformasi yang menyingkap sisi aktif
enzim. Mekanisme pengaturan ini dapat dilakukan di luar sel karena tidak memerlukan ATP
untuk mngubah zymogen menjadi enzim aktif. Karena mekanisme ini bersifat irreversible, maka
diperlukan mekanisme lain untuk menginaktifkan enzim. Protease diinaktifkan dengan protein
inhibitor yang mengikat secara kuat pada sisi aktif enzim. Sintesis dan sekresi enzim protease
dalam bentuk inaktif melindungi jaringan asal (misalnya pankreas) dari autodigestion seperti
pada pancreatitis. Selain mensintesis dan mensekresikan zymogen, pankreas juga mensintesis
trypsin-inhibitor protein yang terikat kuat pada sisi aktif tripsin sehingga mencegah
autodigestion. Selain itu, enzim yang diperlukan dalam sementara tetapi cepat juga disintesis
dan disekresikan dalam bentuk inatif. Hal ini dikarenakan proses sintesis enzim baru dan
sekresinya memerlukan waktu lama sehingga tidak cukup cepat untuk mencegah konsisi
patofisiologis seperti perdarahan.

Pengendalian Yang Berkaitan Dengan Energi

Ligan pengatur yang terlibat dalam reaksi-reaksi yang berkaitan dengan energi ialah
adenilat, seperti adenosin trifosfat (ATP) atau nukleotida purin / pirimidin. Beberapa enzim
sensitif terhadap konsentrasi mutlak ATP, adenosin difosfat (ADP), atau adenosin monofosfat
(AMP); enzim yang lain sensitif terhadap perbandingan antar dua dari ketiga nukleotida
tersebut. Pada umumnya enzim yang berperan dalam pembentukan energi dihambat oleh
muatan energi yang tinggi (misalnya, konsentrasi ATP yang tinggi), sedangkan beberapa enzim
biosintetik yang penting justru dirangsang. Pengaturan semacam itu sangat penting untuk
menyeimbangkan produksi dan penggunaan energi.

Mekanisme Regulasi Enzim

Enzim merupakan biokatalisator yang berperan menjalankan proses reaksi di dalam

tubuh. Keberadaan enzim akan menentukan berjalannya proses reaksi. Sehingga enzim sangat
berperan penting dalam kelangsungan reaksi di dalam tubuh. Adapun berbagai reaksi enzimatis
tidaklah berjalan secara mekanis begitu saja, tanpa ada pengendaliannya. Misalnya saja bila
suatu metabolisme di dalam sel sudah mencapai kuantitas yang mencukupi maka reaksi
tersebut harus dihentikan, sehingga diperlukanlah sebuah pengaturan untuk menghentikannya,
atau biasa disebut sebagai regulasi.

Dimana regulasi adalah aturan energi yang ada di dalam tubuh makhluk hidup untuk
dapat hidup seimbang, mempertahankan keadaan teratur, konservasi energi, dan sebagai
respon terhadap perubahan lingkungan. Dalam sel-sel tubuh, supaya kerja enzim tidak tumpang
tindih maka diperlukan pengaturan kerja enzim. Pengaturan ini dilakukan dengan tujuan
menjamin supaya enzim hanya bekerja ketika dibutuhkan, sehingga reaksi enzimatis berjalan
secara sangat terkoordinasi satu sama lain. Pengaturan aktivitas enzim inilah yang disebut
sebagai regulasi enzim.

Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia
atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. Contoh koenzim mencakup NADH, NADPH dan
adenosina trifosfat. Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa oleh
NAD atau NADP+, gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A, formil, metenil, ataupun gugus
metil yang dibawa oleh asam folat, dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina.
Beberapa koenzim seperti riboflavin, tiamina, dan asam folat adalah vitamin. Oleh karena
koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim, adalah dapat dikatakan koenzim merupakan
substrat yang khusus, ataupun substrat sekunder. Sebagai contoh, sekitar 700 enzim diketahui
menggunakan koenzim NADH. Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi
dalam sel. Contohnya, NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat, dan S-
adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase.

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI KERJA ENZIM

Ada empat faktor yang mempengaruhi kerja enzim yaitu temperatur, PH, konsentrasi
dan inhibitor.

1. Temperatur
Karena enzim tersusun dari protein maka enzim sangat peka terhadap temperatur.
Temperatur yang terlalu tinggi dapat menyebabkan denaturasi protein. Temperatur terlalu
rendah dapat menghambat reaksi. Pada umumnya, temperatur optimum enzim adalah 30 –
40 0C. Kebanyakan enzim tidak menunjukkan reaksi jika suhu turun sampai sekitar 00C,
namun enzim tidak rusak. Jika suhu normal kembali, maka enzim akan aktif kembali. Enzim
tahan pada suhu rendah, namun dapat rusak di atas suhu 500C.
2. Perubahan PH
Enzim juga sangat terpengaruh oleh pH. Perubahan pH dapat mempengaruhi perubahan pH
dapat mempengaruhi perubahan asam amino kunci pada sisi aktif enzim sehingga
menghalangi sisi aktif bergabung dengan subtratnya. pH optimum yang diperlukan berbeda
– beda, tergantung pada jenis enzimnya.
Konsentrasi Enzim dan Substrat
Agar reaksi berjalan optimum, maka perbandingan jumlah antara enzim dan substrat harus
sesuai. Jika enzim terlalu sedikit dan substrat terlalu banyak, reaksi akan berjalan lambat
dan bahkan ada substrat yang terkatalisasi. Semakain banyak enzim, reaksi akan semakin
cepat.
3. Inhibitor Enzim
Seringkali kerja enzim dihambat oleh suatu zat yang disebut Inhibitor. Jika inhibitor
ditambahkan ke dalam campuran enzim dan substrat, kecepatan reaksi akan turun. Cara
kerja inhibitor ini adalah berikatan dengan enzim dan membentuk kompleks enzim –
inhibitor yang masih mampu atau tidak mampu berikatan dengan substrat.Ada dua jenis
inhibitor yaitu inhibitor kompetitif dan inhibitor nonkompetitif.
- Inhibitor Kompetitif
Pada penghambatan ini, zat – zat penghambatan mempunyai stuktur yang mirip dengan
substrat. Dengan demikian baik substrat maupun zat penghambat berkompetisi atau
bersaing untuk bergabung dengan sisi aktiv enzim. Jika zat penghambat lebih dulu
berikatan dengan sisi aktif enzim, maka substrat tidak dapat lagi berikatan dengan sisi
aktif enzim.
- Inhbitor Non kompetitif
Pada penghambatan ini, substrat sudah tidak dapat berikatan dengan kompleks enzim –
inhibitor, karena sisi aktif enzim berubah.
1. Mekanisme Kerja enzim
Enzim bekerja dengan cara bereaksi dengan molekul substrat untuk menghasilkan
senyawa intermediat melalui suatu reaksi kimia organik yang membutuhkan energi
aktivasi lebih rendah, sehingga percepatan reaksi kimia terjadi karena reaksi kimia
dengan energi aktivasi lebih tinggi membutuhkan waktu lebih lama. Sebagai contoh:
X + C → XC (1)
Y + XC → XYC (2)
XYC → CZ (3)
CZ → C + Z (4)
Untuk dapat bekerja terhadap suatu zat atau substrat harus ada hubungan atau
kontak antara enzim dengan substrat . Enzim merupakan ukuran yang lebih besar
daripada substrat, oleh karena itu tidak semua bagian enzim berhubungan dengan
substrat. Tempat atau bagian enzim mengadakan hubungan dengan substrat
disebut sisi aktif (active side). Hubungan hanya dapat terjadi bila bagian aktif
mempunyai ruang yang tepat menampung substrat . Apabila substrat mempunyai
bentuk lain, tidak dapat ditampung pada bagian aktif enzim. Hubungan atau kontak
antara enzim dengan substrat menyebabkan terjadi kompleks enzim-substrat.
Komplek ini merupakan komplek yang aktif dan bersifat sementara dan akan terurai
lagi apabila reaksi yang diinginkan terjadi .
Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara, yang kesemuaannya menurunkan ΔG‡
- Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan
transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi
keadaan transisi ketika ia terikat dengan enzim.)
- Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan
menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan
keadaan transisi.
- Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan substrat sementara
waktu untuk membentuk kompleks Enzim-Substrat antara.
- Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat bersama pada
orientasi yang tepat untuk bereaksi. Menariknya, efek entropi ini melibatkan
destabilisasi keadaan dasar, dan kontribusinya terhadap katalis relatif kecil.

Prinsip Umum

Pembicaraan tentang mekanisme yang digunakan untuk mempercepat kecepatan reaksi

melalui 3 contoh yang akan diberikan : katalis asam dan basa pada umumnya, katalis oleh
ion-ion logam, dan katalis oleh enzim yang mengandung piridoksal fosfat.
 - Katalasis Asam-Basa Umum
Reaksi yang kecepatanya berubah-ubah akibat perubahan konsentrasi ion hidrogen atau
konsentrasi ion hidronium dalam larutan, tetapi tidak tergantung pada konsentrasi asam
atau basa lainya yang terdapat dalam larutan, dikatakan dapat mengalami katalisis asam
spesifik atau katalisis basa spesifik. Reaksi yang kecepatanya tergantung pada semua
asam dan basa yang terdapat dalam larutan dikatakan dapat menglami katalisis asam
umum (general acid) atau katalisis basa umum (general base). Mutarotasi glukosa
adalah salah satu rekasi yang tunduk pada katalisis asam-basa umum.
- Peranan Ion Logam
Ion logam melaksanakan peranan katalisi dan struktural yang penting pada protein.
Sebenarnya, lebih dari seperempat dari semua enzim yang dikenal mengandung ion
logam yang berikatan erat atau memerlukan ion logam untuk beraktivitasnya. Fungsi ion
logam ini diselidiki dengan cara fisika, lebih-lebihdengan kristalografi sinar-X,
nuclearmagnetic (ESR). Keterangan ini digabungkan dengan pengetahuan pembentukan
dan kerusakan kompleks logam dan reaksi dalam lingkaran koordinasi ion logam untuk
memberi pengertian tentang peranan ion logam pada reksi yang dikatalisi oleh enzim.
Peranan ion logam pada katalisisIon logam dapat berpartisipasi dalam salah satu dari 4
mekanisme yang dipakai enzim untuk mempercepat kecepatan reaksi kimia : katalisis
asam-asam umum,katalisis kovalen, Mendekatkan pereaksi, dan Mengadakan tekanan
pada enzim atau substrat. Ion logam, seperti proton, adalah asam Lewis atau elektrotil
dan oleh karena itu dapat menerima bagian alam pasangan elektron yang membentuk
ikatan sigma. Ion logam juga dapat dianggap “super acids” karena mereka terdapat pada
larutan yang netral, sering mempunyai muatan posotif yang lebih besar dari pada satu,
dan dapat membentuk ikatan pi. Selain (dan tidak sperti proton) itu, logam dapat
berperan sebagai cetakan 3-dimensi untuk orientasi dan ikatan gugus basa yang
terdapat pada enzim atau substrat. Ion logam juga dapat menerima elektron melalui
ikatan sigma atau pi untuk mengaktifkan elektrofil atau nukleofil (katalis asam-basa
umum). Denagan memberikan elektron, logam dapat mengaktifkan nukleofil atau
berperan sebagai nukleofil itu sendiri. Lingkaran koordinasi logam dapat
mempersatukan enzim dan substrat (pendekatan) atau membentuk distorasi yang
menghasilakan chelate pada enzim atau substrat (tekanan0. suatu ion logam uga dapat
“menyelubungi’ nukleofil dan karena itu mencegah reaksi sampingan yang sebaliknya
mungkin timbul. Akhirnya, pengaturan stereokimia dicapai oleh kemampuan lingkaran
koordinasi logam untuk beerperan sebagai cetakan 3-dimensi untuk mengikat gugus-
gugus reaktif pada orientsi sterik yang sfesisik.

Mekanisme Aksi Enzim

Peningkatan suhu menyebabkan bertambahnya jumlah molekul dengan tingkat energy

yang labih tinggi dari energy aktifasi yang dibutuhkan sehingga labih banyak molekul yang
bereaksi, sedangkan enzim berperan menurunkan tingkat energy aktifasi yang dibutuhkan
dengan demikian akan menyebabkan lebih banyak molekul yang dapat bereaksi.
 Konsep kompleks enzim substrat pertama dikemukakan oleh Emil Fisher, seorang ahli
kimia organic pada sekitar tahun 1884. Bagian enzim terdapat menyatu dengan substrat disebut
dengan sisi aktif (active side). Pada sisi aktif enzim ini substrat di rombak menjadi produk. Jika
sisi aktif ini kaku dan spesifik untuk substarat tertentu reaksi balik tidak akan dapat terjadi
karena struktur molekul senyawa produk sudah berbeda dengan senyawa asalnya tidak “
dikenali “ oleh enzim.

Berbeda dengan konsep sisi aktif yang kaku dari Fisher, Daniel E. Kosland
mengemukakan konsep bahwa sisi aktif enzim dapat disesuaikan dengan struktur substrata tau
produk setelah molekul-molekul tersebut mendekati sisi aktif enzim. Dengan demikian
penggabungan antara enzim dengan substrat menjadi lebih pas. Konsep ini sering dikenal
sebagai hipotesis “dirangsang agar pas” (induced fit hypothesis).

Tahapan-tahapan energi pada reaksi kimia. Substrat memerlukan energi yang banyak
untuk mencapai keadaan transisi, yang akan kemudian berubah menjadi produk. Enzim
menstabilisasi keadaan transisi, menurunkan energi yang diperlukan untuk menjadi
produk.Sebagai katalis, enzim tidak mengubah posisi kesetimbangan reaksi kimia. Biasanya
reaksi akan berjalan ke arah yang sama dengan reaksi tanpa katalis. Perbedaannya adalah,
reaksi enzimatik berjalan lebih cepat. Namun, tanpa keberadaan enzim, reaksi samping yang
memungkinkan dapat terjadi dan menghasilkan produk yang berbeda.lebih lanjut, enzim dapat
menggabungkan dua atau lebih reaksi, sehingga reaksi yang difavoritkan secara termodinamik
dapat digunakan untuk mendorong reaksi yang tidak difavoritkan secara termodinamik. Sebagai
contoh, hidrolsis ATP sering kali menggunakan reaksi kimia lainnya untuk mendorong
reaksi.Enzim mengatalisasi reaksi maju dan balik secara seimbang. Enzim tidak mengubah
kesetimbangan reaksi itu sendiri, namun hanya mempercepat reaksi saja. Sebagai contoh,
karbonat anhidrase mengatalisasi reaksinya ke dua arah bergantung pada konsentrasi reaktan.

Ikatan antara enzim dan substrat dapat berupa ikatan kovalen , ionik, hydrogen, atau
Van der Waals. Ikatan kovalen dan ionik sangat penting dikaitkan dengan energy aktifasi untuk
suatu reaksi, tetapi banyaknya ikatan hidrogen dan van der waals mempengaruhi orientasi
struktural dari kompleks enzim substrat. Walaupun ikatan kovalen yang kuat terbentuk ,
umumnya ikatan ini diputuskan dengan sangat cepat untuk menghasilkan produk.

Keserluruhan proses katalis enzim

Interaksi ikatan harus :

a. Cukup kuat untuk menahan substrat cukup lama selama reaksi berlangsung.

b. Cukup lemah untuk membuat produk lepas dari enzim

Model sisi aktif enzim

ØModel Lock and key

 Diperkenalkan oleh Emil Fisher th 1890. Model ini mengasumsikan bahwa hanya
substrat dengan bentuk yg cocok dapat berpasangan dengan enzim.

ØModel Induced –fit

Diajukan oleh Daniel Koshland th 1958. Model ini mengasumsikan perubahan

yang kontinu pada struktur sisi aktif enzim, ketika substrat terikat.

Ø Pengikatan Substrat (Induced Fit)

Sisi aktif hampir sesuai dengan bentuk substrat . Pengikatan (binding)

mengubah bentuk enzim (induced fit). Binding akan menahan ikatan kimia dalam
substrat. Binding melibatkan ikatan kimia intermolekuler antara gugus fungsional
substrat dengan gugus fungsional pada sisi aktif. Ikatan kimia pada model ini adalah
Ionik, H-bonding, van der waals

Contoh:Pengikatan Substrat (Induced Fit)

Ikatan Kimia

ØInhibitor Kompetitif (reversibel)

Inhibitor adalah senyawa yang dapat menghambat kerja enzim. Inhibitor

memiliki struktur yang mirip dengan substrat. Inhibitor terikat secara reversibel pada sisi
aktif. Tidak ada reaksi yang terjadi pada inhibitor. Inhibisi bergantung pada kekuatan
ikatan inhibitor dan konsentrasinya. Substrate di blok dari sisi aktifnya. Konsentrasi
substrat yang meningkat, dapat menahan inhibisi.

ØInhibitor Nonkompetitif (reversible)

Struktur inhibitor tidak sama/tdk mirip dengan substrat. Inhibitor terikat secara
reversibel pada sisi alosterik. Terbentuk ikatan intermolekuler. Induced fit merubah
bentuk enzim. Sisi aktif terdistorsi sehingga tidak dikenali oleh substrat. Konsentrasi
substrat yang meningkat tidak dapat menahan inhibisi

ØEnzim alosterik

Enzim alosterik disebut juga enzim pengatur Enzim dengan sisi alosterik sering
muncul pada awal jalur biosintesis biomolekul. Enzim di atur oleh produk akhir dari jalur
biosintesis. Produk akhir terikat pada sisi alosterik dan menginaktifkan enzim. Inhibitor
dapat memiliki struktur yang mirip dengan produk akhir.