Anda di halaman 1dari 32

RINGKASAN MATERI

GENETIKA MIKROBA

Kelompok 2

NAMA : NADIA RAHMI (1806203010026)


SITI ZUHRA (1806203010015)
MAULINDA YANI (1806203010022)
KELAS :B
PRODI : MAGISTER PENDIDIKAN BIOLOGI
MK : MIKROBIOLOGI

PROGRAM PASCASARJANA
PRODI MAGISTER PENDIDIKAN BIOLOGI
UNIVERSITAS SYIAH KUALA
BANDA ACEH
2019
Review Buku:Prescott, L.M. 2002. Prescott-Harley-Klein: Microbiology 5th
Edition. USA: The McGrawth-Hill Companies.
GENETIKA MIKROBA
A. DNA Sebagai Bahan Genetik
Karya awal Fred Griffith pada 1928 pada transfer virulensi patogen
Streptococcus pneumoniae (Gambar 11.1) menetapkan penelitian yang pertama
kali menunjukkan bahwa DNA adalah bahan genetik. Griffith menemukan bahwa
jika ia merebus bakteri virulen dan menyuntikkan mereka menjadi tikus, tikus tidak
terpengaruh dan pneumokokus tidak bisa pulih dari binatang. Ketika ia disuntikkan
kombinasi membunuh bakteri virulen dan regangan nonvirulent hidup, tikus mati;
Selain itu, ia bisa memulihkan bakteri virulen hidup dari tikus mati. Griffith disebut
perubahan ini nonvirulent bakteri menjadi virulen patogen transformasi.

Oswald T. Avery dan rekan-rekannya yang kemudian menemukan konstituen


yang di panas yang membunuh virulen pneumokokus adalah bertanggung jawab
untuk transformasi Griffith's. Peneliti ini selektif menghancurkan konstituen dalam
ekstrak murni virulen pneumokokus, menggunakan enzim yang akan
menghidrolisis DNA, RNA atau protein. Transformasi dari bakteri nonvirulent
diblokir hanya jika DNA hancur, menunjukkan bahwa DNA membawa informasi
yang diperlukan untuk transformasi.

Bakteri S. pneumonia tipe alami mempunyai bentuk sel bulat yang diselubungi
oleh senyawa berlendir yang disebut kapsula. Sel tipe alami membentuk koloni
mengilat yang dikenal sebagai koloni halus. Sel tipe alami semacam ini bersifat
virulen, artinya dapat menyebabkan kematian pada mencit yang di injeksi dengan
sel yang masih hidup. Selain itu diketahui ada starin mutan S. pneumonia yang
kehilangan kemampuan untuk membentuk kapsula sehingga sel-selnya berukuran
kecil dan akan membentuk koloni yang kasar. Sel mutan semacam ini bersifat
avirulen, artinya tidak dapat menyebabkan kematian pada mencit yang diinjeksi
oleh sel mutan.
Gambar 11.1 Percobaan Transformasi Griffith's. (a) tikus meninggal karena pneumonia
ketika disuntikkan dengan strain patogen S pneumokokus, yang memiliki sebuah kapsul
dan bentuk koloni tampak halus. (b) tikus selamat ketika disuntikkan dengan strain
nonpathogenic R pneumokokus, yang tidak memiliki sebuah kapsul dan bentuk kasar
koloni. (c) injeksi dengan panas yang membunuh strain pneumokokus S tidak ada
pengaruhnya. (d) injeksi dengan regangan R hidup dan regangan S panas yang membunuh
memberikan tikus radang paru-paru, dan hidup S ketegangan pneumokokus dapat diisolasi
dari tikus mati.

Eksperimen Griffith menunjukkan bahwa sel-sel yang avirulen dapat


mengalami transformasi (perubahan) menjadi sel yang virulen. Hal ini dibuktikan
dengan :
1. Menginjeksi mencit menggunakan sel-sel tipe alami yang masih hidup (sel tipe
S). Diketahui kemudian bahwa injeksi dengan sel tipe S yang hidup
menyebabkan kematian mencit.
2. Menginjeksi mencit menggunakan sel-sel tipe R yang hidup. Injeksi semacam
ini ternyata tidak menimbulkan kematian mencit.
3. Menginjeksi mencit menggunakan tipe S yang sudah mati. Injeksi semacam
ini ternyata tidak menimbulkan kematian mencit.
4. Mencampurkan sel-sel tipe S yang sudah mati dengan sel-sel tipe R yang
masih hidup dan injeksi ke dalam mencit. Hasil eksperimen menunjukkan
bahwa injeksi dengan sel campuran semacam ini menyebabkan kematian
mencit.
5. Mengisolasi S. pneumonia dari mencit yang sudah mati tersebut dan
memperoleh sel-sel tipe S dan sel-sel tipe R yang hidup. Hal ini memberikan
indikasi bahwa pencampuran sel tipe S yang mati dengan sel tipe R yang hidup
telah menyebabkan perubahan (transformasi) sel tipe R yang hidup menjadi sel
tipe S yang hidup.

Beberapa tahun kemudian (1952), Alfred D. Hershey dan Martha Chase


melakukan beberapa eksperimen yang menunjukkan bahwa bahan genetik yang
diwariskan, bukan mantelnya. Proses penelitian sebagai berikut: E.
coli ditumbuhkan pada media yang diberi radioisotope S 35 sebagai penanda
protein (mantel virus) dan P 32 sebagai penanda DNA bakteriofage T2
diinfeksikan pada E. coli , sehingga menggunakan unsur-unsur pada sel inang
untuk m enyusun kromosom dan m antel, termas uk juga radioisotop yang telah
diabsorbsi bakteri. Terdapat 2 macam fage, yaitu yang mengandung S35 pada
mantel dan yang me ngandung P32 pada kromosom fage menginfeksi bakteri yang
ditumbuhkan pada media biasa tanpa radioisotop Dari bakteri yang diserang fage
bertanda S 35 tidak diperoleh virus ber-radioisotop, sedang yang diserang fage
bertanda P 32 diperoleh virus ber-radioisotop. Hal ini menandakan bahwa DNA-
lah yang diwariskan pada generasi berikutnya.
Gambar 11.3 Percobaan Hershey-Chase. () Ketika E. coli dijangkiti FAG T2 yang
mengandung 35S protein, sebagian besar radioaktivitas tetap di luar sel inang. (b) Ketika
FAG T2 yang mengandung 32P DNA dicampur dengan host bakteri, DNA radioaktif
disuntikkan ke dalam sel dan phages dihasilkan. Dengan demikian DNA membawa
informasi genetik virus.

Ahli biologi telah lama mengakui hubungan antara DNA, RNA dan protein
(Gambar 11.4), dan pengakuan ini telah menuntun sejumlah besar penelitian selama
dekade. DNA tepatnya disalin selama sintesis atau replikasi. Ekspresi dari
informasi yang dikodekan dalam urutan base DNA dimulai dengan sintesis RNA
salinan urutan DNA yang membuat gen. Gen adalah DNA segmen atau urutan yang
kode polipeptida, rRNA atau tRNA. Meskipun DNA memiliki dua untai
komplementer, hanya template untai disalin pada setiap titik tertentu DNA. Jika
kedua untai DNA yang ditranskripsi, dua mRNAs yang berbeda akan menghasilkan
dan menyebabkan kebingungan genetik. Jadi urutan sesuai dengan gen terletak
hanya di salah satu dari dua untai DNA komplementer. Gen yang berbeda dapat
dikodekan pada untai yang berlawanan. Proses sintesis diarahkan DNA RNA
disebut transkripsi karena urutan base DNA sedang ditulis ke RNA urutan base.
RNA yang membawa informasi dari DNA dan mengarahkan sintesis protein adalah
messenger RNA (mRNA). Tahap terakhir dari ekspresi gen adalah terjemahan atau
sintesis protein. Informasi genetik yang berupa urutan nukleotida mRNA
diterjemahkan dan mengatur sintesis protein. Jadi urutan asam amino, protein
adalah refleksi dari urutan dasar dalam mRNA. Pada gilirannya urutan nukleotida
mRNA adalah salinan pelengkap sebagian dari DNA genom.

Gambar 11.4 hubungan antara DNA, RNA, dan


sintesis Protein. Kerangka kerja ini kadang disebut
Dogma pusat.

B. Struktur Asam nukleat


Asam nukleat merupakan polimer, molekul yang sangat besar yang terdiri dari
unit yang lebih kecil berulang kali. Unit-unit kecil yang polimer yang dibuat
dikenal sebagai monomer. Dalam kasus asam nukleat, monomer yang disebut
nukleotida. Asam Amino: Salah satu senyawa sekitar dua lusin kimia dari protein.
Nukleotida ini dapat dikombinasikan untuk membentuk asam nukleat dua jenis
(Gambar 11.5a). Asam deoksiribonukleat (DNA) berisi 2 '-deoxyribonucleosides
(Gambar 11.5b) adenin, guanin, sitosin dan Timin. Asam ribonukleat (RNA) terdiri
dari ribonucleosides adenin, guanina, sitosin dan Urasil (bukannya Timin). Dalam
kedua DNA dan RNA, nukleosida bergabung dengan kelompok-kelompok fosfat
untuk bentuk panjang polynucleotide rantai (Gambar 11,5 c). Perbedaan komposisi
kimia antara rantai berada di basis mereka gula dan pirimidin: DNA telah
mengusulkan dan Timin; RNA memiliki ribosa dan Urasil tempat Timin.
Gambar 11.5 komposisi asam nukleat. (a) diagram yang menunjukkan hubungan berbagai
komponen asam nukleat. Kombinasi Purin atau pirimidin dasar dengan ribosa atau
mengusulkan memberikan nukleosida (ribonucleoside atau deoxyribonucleoside).
Nukleotida berisi nukleosida dan satu atau lebih asam fosfat molekul. Asam nukleat hasil
ketika nukleotida terhubung bersama-sama dalam rantai polynucleotide. (b) contoh
nukleosida — adenosin nukleosida purin dan pirimidin deoxynucleoside 2 '-deoxycytidine.
Karbon nukleosida gula ditunjukkan oleh angka-angka dengan bilangan prima. (c) segmen
jaringan polynucleotide yang menampilkan dua nukleosida, deoxyguanosine dan
thymidine, terhubung dengan phosphodiester hubungan antara 3 ' dan 5 '-carbons
berdekatan mengusulkan gula.

 Struktur DNA

DNA terdiri atas dua utas benang polinukleotida yang saling berpilin
membentuk heliks ganda (double helix). Model struktur DNA itu pertama kali
dikemukakan oleh James Watson dan Francis Crick pada tahun 1953 di Inggris.
Asam deoksiribonukleat adalah molekul yang sangat besar, biasanya terdiri dari
dua rantai polynucleotide digulung bersama-sama untuk membentuk nm heliks
ganda dua 2.0 diameter (Gambar 11,6). Masing-masing rantai berisi Sintesa purin
dan pirimidin deoxyribonucleosides bergabung dengan jembatan phosphodiester
(Gambar 11,5 c). Dua berdekatan mengusulkan gula dihubungkan oleh molekul
asam fosfat esterified 3′hydroxyl satu gula dan 5 '-hidroksil yang lain. Sintesa purin
dan pirimidin basis yang melekat pada 1 '-karbon mengusulkan gula dan
memperluas ke tengah-tengah silinder yang dibentuk oleh dua rantai. Mereka
ditumpuk di atas satu sama lain di pusat, satu pasangan basa 0,34 setiap nm. Purin
adenin (A) selalu dipasangkan dengan pirimidin timin (T) oleh dua ikatan hidrogen.
Guanina Purina (G) pasangan dengan sitosin (C) oleh tiga ikatan hidrogen (Gambar
11,7). Ini AT dan GC pasangan basa berarti bahwa dua untai dalam heliks ganda
DNA komplementer. Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu
adenin (A) dan guanin (G), serta basa pirimidin yaitu sitosin atau cytosine (C) dan
timin (T). Ikatan antara gula pentosa dan basa nitrogen disebut nukleosida.

Inspeksi dari angka 11.6a, b, menggambarkan bentuk B DNA (mungkin bentuk


yang paling umum dalam sel), menunjukkan bahwa dua untai tidak diposisikan
secara langsung berlawanan satu sama lain dalam heliks silinder. Oleh karena itu,
ketika untai twist tentang satu sama lain, lebar besar alur dan alur kecil sempit
dibentuk oleh tulang punggung. Setiap pasangan basa berputar 36° di sekitar
silinder sehubungan dengan pasangan yang berdekatan sehingga ada 10 pasang
basis per pergantian heliks spiral. Tiap giliran Helix memiliki panjang vertikal 3.4
nm. Heliks tangan kanan — yaitu, rantai berbelok berlawanan ketika mereka
mendekati sebuah penampil yang memandang sumbu longitudinal. Mendapatkan
dua antiparallel atau berjalan dalam arah yang berlawanan sehubungan dengan
orientasi. Salah satu ujung setiap helai memiliki 5 '-hidroksil terkena kelompok,
sering dengan fosfat terpasang, sedangkan ujung lainnya memiliki grup 3 '-
hidroksil. Jika ujung heliks ganda diperiksa, ujung 5 ' satu helai dan akhir 3 ' yang
lain yang terlihat. Ke arah yang diberikan satu untai adalah berorientasi 5 ' 3 ' dan
yang lain, 3 ' untuk 5 ' (Gambar 11.6b).
Gambar 11.6 struktur DNA beruntai ganda. (a) model ruang-mengisi bentuk B DNA
dengan basis pasang, alur utama, dan alur kecil yang ditampilkan. Tulang punggung fosfat
kelompok, ditampilkan dalam warna, spiral di sekitar bagian luar Helix. (b) representasi
diagram heliks ganda dua. Tulang punggung terdiri dari mengusulkan gula (S) bergabung
dengan fosfat (P) di jembatan phosphodiester. Panah di bagian atas dan bawah rantai
menunjukkan di 5 ' 3 ' arah. Pita-pita tersebut mewakili memdapatkan fosfat gula. (c)
Pandangan akhir heliks ganda dua menunjukkan luar tulang punggung dan dasar ditumpuk
di tengah silinder. Di atas gambar ribosa oxygens cincin berwarna merah. Pasangan basa
terdekat, pada pasangan basa, disorot dalam putih.

 Struktur RNA
Molekul RNA mempunyai bentuk yang berbeda dengan DNA. RNA memiliki
bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita RNA merupakan polinukleotida
yang tersusun atas banyak ribonukleotida. Tiap ribonukleotida tersusun atas gula
ribosa, basa nitrogen, dan asam fosfat. Basa nitrogen RNA juga dibedakan menjadi
basa purin dan basa pirimidin. Basa purinnya sama dengan DNA tersusun atas
adenin (A) dan guanin (G), sedangkan basa pirimidinnya berbeda dengan DNA
yaitu tersusun atas sitosin (C) dan urasil (U).
Selain berbeda kimiawi DNA, Asam ribonukleat biasanya satu terdampar
daripada ganda terdampar seperti kebanyakan DNA. RNA untai dapat kumparan
kembali pada dirinya sendiri untuk membentuk struktur berbentuk jepit rambut
dengan pasangan basa komplementer dan heliks organisasi. Sel berisi tiga jenis
RNA-messenger RNA, ribosomal RNA dan transfer RNA — yang berbeda satu
sama lain dalam fungsi, situs sintesis sel-sel eucaryotic, dan struktur.
 Organisasi DNA dalam sel
Meskipun DNA ada sebagai heliks ganda dalam sel-sel procaryotic dan
eucaryotic, organisasi yang berbeda dalam jenis dua sel. Heliks ganda dua ini
melingkar lebih lanjut memutar ke supercoiled DNA dan dikaitkan dengan dasar
protein tetapi tidak dengan histones menemukan dikomplekskan dengan DNA
eucaryotic hampir semua. Protein histone ini muncul untuk membantu mengatur
bakteri DNA ke dalam struktur chromatin yang melingkar.
Dasar protein kaya dalam asam amino lisin dan/atau arginin. Ada lima jenis
histones dalam eucaryotic sel: H1, H2A, H2B, H3 dan H4. Delapan molekul histone
(dua masing-masing dan H2A, H2B, H3, H4) membentuk sebuah ellipsoid tentang
11 nm panjang dan 6,5 ke 7 nm diameter. Kompleks histones ditambah DNA
disebut nucleosome. Histone H1 muncul untuk mengasosiasikan dengan daerah
linker untuk membantu lipat DNA menjadi lebih kompleks Kromatin struktur.

C. Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus
melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA
sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I.
Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu
pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses
replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi
berantai polimerase (PCR).
Replikasi atau perbanyakan asam nukleat dilakukan dengan dua cara yaitu
replikasi dan transkripsi. Kedua proses tersebut digunakan satu utasan asam nukleat
sebagai modelnya.Dalam proses replikasi perbanyakan satu molekul asam nukleat
dilakukan dengan menggunakan dirinya sebagai model cetakan. Menurut pada ahli,
ada tiga model replikasi DNA yaitu :

1. Model konservatif, Double helix parental tetap utuh, disampingnya dicetak


molekul DNA baru
2. Model semikonservatif, Dua pita spiral dari double helix memisahkan diri,
tiap pita tunggal dari double helix parental ini berlaku sebagai cetakan
(template) untuk membentuk pita pasangan yang baru.
3. Model dispersif, Kedua pita dari double helix parental putus dibeberapa
tempat kemudian dibentuk segmen-segmen DNA baru Selanjutnya
potongan-potongan DNA parental dan DNA baru bersambungan dan
menghasilkan dua double helix baru.

Gambar 11.10 Replikasi DNA


Semiconservative. Garpu
replikasi DNA menampilkan
sintesis untai dua keturunan.
Baru disintesis helai berada
dalam merah marun. Setiap
salinan berisi satu untai baru
dan satu untai lama. Proses ini
disebut semiconservative
replikasi.
Replikasi pola agak berbeda di prokariotik dan eukariotik. Sebagai contoh,
ketika kromosom DNA melingkar E. coli disalin, replikasi dimulai pada satu titik,
asal. Sintesis terjadi di garpu replikasi, tempat di mana DNA beruntai helai
dibatalkan dan individu direplikasi. Dua buah garpu replikasi pindah ke luar dari a
sampai meniru keseluruhan replicon, bahwa sebagian dari genom yang berisi asal
dan direplikasi sebagai unit. Ketika garpu replikasi bergerak di sekitar lingkaran,
struktur yang berbentuk seperti (theta) huruf Yunani adalah membentuk (Gambar
11,11). Akhirnya, karena kromosom bakteri replicon tunggal, garpu bertemu di sisi
lain dan dua kromosom terpisah yang dirilis.

Enzim yang berfungsi untuk pemanjangan DNA adalah enzim DNA


polimerase (DNA polymerase). Pada saat nukleotida-nukleotida berjejer dengan
basa-basa komplementer di sepanjang untaian pola cetakan DNA, nukleotida-
nukleotida ini ditambahkan oleh polimerase satu demi satu ke ujung baru tumbuh
dari untai DNA yang baru. Laju pemanjangannya kurang lebih 500 nukleotida per
detik pada bakteri dan 50 nukleotida per detik pada sel-sel manusia.
Fakta yang tidak boleh diabaikan yakni, DNA bersifat antipararel yang memiliki
untaian DNA ujung 3’→ 5’ dan 5’→ 3’. Dengan kenyataan ini, maka replikasi
berjalan dengan sistem dua arah (bidirectional replication).

Pola berbeda replikasi DNA terjadi selama E. coli konjugasi dan reproduksi
virus, seperti lambda FAG. Dalam mekanisme bergulir lingkaran (Gambar 11.12),
satu untai sobek dan akhir 3′hydroxyl gratis diperpanjang oleh replikasi enzim.
Sebagai 3′end adalah diperpanjang sementara titik tumbuh gulung sekitar template
yang melingkar, ujung 5 ' untai dipindahkan dan bentuk ekor everlengthening. Ekor
beruntai tunggal dapat dikonversi ke bentuk beruntai ganda oleh pelengkap strand
sintesis. Mekanisme ini terutama berguna untuk virus karena memungkinkan
produksi cepat, terus-menerus banyak salinan genom dari acara inisiasi tunggal.
Gambar 11,11 Bidirectional replikasi. Replikasi genom bakteri melingkar. Dua buah
garpu replikasi bergerak di sekitar DNA membentuk berbentuk theta zat antara. Baru
replikasi DNA beruntai ganda adalah merah.
Gambar 11.12 pola lingkaran bergulir replikasi. Ekor singlestranded, sering terdiri dari
lebih dari satu salinan genom, yang dihasilkan dan dapat dikonversi ke bentuk beruntai
ganda oleh sintesis Strand komplementer.

 Mekanisme replikasi DNA

Replikasi DNA begitu penting bagi organisme, banyak upaya telah


mengabdikan untuk memahami mekanisme. Replikasi E. coli DNA ini mungkin
paling difahami dan menjadi fokus perhatian di bagian ini. Proses dalam sel-sel
eucaryotic dianggap serupa. DNA helikase merupakan enzim yang memecah DNA
helix ganda dengan ikatan hidrogen antara basa komplementer. DNA helikase
bertanggung jawab untuk membongkar DNA helix ganda. Enzim menempel pada
DNA asal replikasi, yang merupakan tempat di mana proses replikasi DNA dimulai.
Ketika helikase bergerak di sepanjang untai, garpu replikasi bergerak sepanjang di
belakangnya. Proses replikasi DNA dapat dibagi kedalam tahapan:
a) Pengenalan titik ORI (titik awal replikasi)

Titik awal replikasi dinamakan Ori, dapat dikenali oleh enzim DNA yang
dihasilkan oleh gen DNA (pada E.coli) Terdapat berbagai jenis DNA dan jenis Ori
pada berbagai organisme, sehingga satu jenis DNA dari satu organisme belum
tentu dapat bereplikasi pada organisme lain, karena tidak cocok Ori dengan DNA.
Penguraian pilinan heliks ganda:

1. Memutuskan ikatan hidrogen antara basa-basa dari utasan yang berpasangan,


memisahkan kedua utasan pada heliks ganda
2. Mencegah utasan tunggal yang terbentuk berpasangan kembali membentuk
heliks ganda
3. Melindungi dari kerusakan akibat enzim nuklease yang banyak terdapat dalam
sel.
4. Semua pekerjaan ini dilakukan oleh enzim helikase, girase DNA, dan protein
SSB (single strand Binding protein)

Helikase merupakan Kelompok protein yang berfungsi menghilangkan ikatan


hidrogen heliks ganda dan memisahkan menjadi utas tunggal. Jenis-jenis helikase
lain:

– Helikase I berperan dalam replikasi plasmid

– Helikase II, III.

Girase menghilangkan tegangan superheliks: Enzim ini merupakan


topoisomerase tipe II berfungsi untuk menghilangkan tegangan pada superheliks
positif dengan cara membuka pilinan kearah negatif. Girase disusun oleh 2 jenis
subunit protein yaitu: Sub unit A oleh gen gyr A dan Sub unit B oleh gen gyr B

Protein SSB melindungi utas tunggal: Kelompok protein khusus menempel


dan berasosiasi dengan DNA utas tunggal, melindungi DNA dari serangan
nuklease, yang dapat menghalangi transkripsi.Peran utamanya: Menstabilkan dan
melindungi utas tunggal yang terbentuk selama replikasi DNA, perbaikan DNA dan
rekombinasi.
b) Sintesis rantai polinukleotida baru
Proses penggabungan mononukleotida menjadi rantai, enzim yang berperan :
 Polimerase RNA
 Polimerase DNA
 Ligase

c) Inisiasi Sintesis oleh polimerase RNA atau primase

Proses replikasi semua fragmen okazaki diawali oleh RNA primer.


Selanjutnya polimerase DNA memperpanjang rantai yang sudah ada. RNA primer
dibentuk oleh primase.

d) Sintesis perpanjangan rantai oleh polimerase DNA

Bertanggung jawab atas proses sintesis DNA baru dengan cara


membentuk ikatan fosfodiester yang merangkaikan C ke 5 satu nukleotida terhadap
C ke 3 dari nukleotida lain.

e) Penyambungan berbagai fragmen okazaki menjadi satu rantai


polinukleotida utuh.

Enzim ligase yang berperan untuk menyambung dua ujung rantai


polinukleotida menjadi rantai yang lebih panjang. Ligase terdapat dimana-mana
didalam sel dan bentuk berbeda-beda sesuai sumber energi yang dimanfaatkan.
Gambar 11.15 Replikasi DNA bakteri. Diagram umum sintesis DNA dalam E. coli di garpu
replikasi. Pangkalan dan pasang basis yang diwakili oleh baris yang membentang ke luar
dari helai. RNA primer adalah warna emas.
Gambar 11,16 sebuah model hipotesis untuk aktivitas di garpu replikasi.
Keseluruhan proses ini digambarkan dalam lima tahap dengan hanya satu siklus
replikasi yang ditunjukkan untuk kepentingan kejelasan. Dalam prakteknya, enzim-
enzim ini berfungsi secara bersamaan dan lebih dari satu putaran replikasi dapat
terjadi secara bersamaan; sebagai contoh, RNA primer dapat disintesis pada waktu
yang sama seperti DNA adalah direplikasi. (1) DNA gyrase, helicases dan protein
mengikat DNA beruntai tunggal (SSBs) bersantai DNA untuk menghasilkan
hamparan beruntai tunggal. (2 primosome) mensintesis primer RNA. (3 replisome)
memiliki dua DNA polimerase III kompleks. Satu polimerase terus salinan untai
terkemuka. Lagging untai loops di sekitar polimerase lain sehingga kedua untai
dapat direplikasi secara bersamaan. Ketika DNA polimerase III pertemuan fragmen
Okazaki selesai, itu rilis lagging strand. (4) DNA polimerase saya menghapus RNA
primer dan mengisi kesenjangan dengan DNA komplementer. (5) DNA ligase segel
nick dan bergabung dengan dua fragmen.

D. Kode genetik
Kode genetik adalah urutan basa nukleotida dalam asam nukleat (DNA dan
RNA) yang mengkode rantai asam amino dalam protein. DNA terdiri dari empat
basa nukleotida: adenin (A), guanin (G), sitosin (C) dan timin (T). RNA
mengandung nukleotida adenin, guanin, sitosin dan urasil (U).
 Pembentukan kode genetik

20 asam amino biasanya hadir dalam protein, harus ada setidaknya 20 kata-kata
kode yang berbeda di linear, tunggal untai DNA. Kode harus terkandung dalam
beberapa urutan nukleotida empat yang umumnya ditemukan di urutan DNA linier.
Hanya ada 16 kemungkinan kombinasi (42) dari empat nukleotida jika hanya
pasang nukleotida dianggap, tidak cukup untuk kode untuk semua 20 asam amino.
Oleh karena itu sebuah kata kode, atau kodon, harus melibatkan setidaknya
nukleotida kembar tiga meskipun ini akan memberikan 64 kemungkinan kombinasi
(43), lebih banyak minimum 20 diperlukan untuk menetapkan asam amino yang
umum.

Codons sebenarnya ditemukan di awal 1960-an melalui eksperimen yang


dilakukan oleh Marshall Nirenberg, Heinrich Matthaei, Philip Leder dan Har
Bambang Khorana. Pada tahun 1968 Nirenberg dan Khorana bersama hadiah Nobel
Robert W. Holley, orang pertama urutan asam nukleat (phenylalanyl-tRNA).

Gambar 11.18 Wooble dan pengkodean. Penggunaan dalam pengkodean untuk


glisin asam amino. (a) inosin (I) adalah nukleosida yang berpasangan basa dengan
Urasil (U), sitosin (C) atau adenin (A). Dengan demikian ICC basis pasangan
dengan GGU, GGC dan GGA dalam mRNA. (b) karena dari yang diproduksi oleh
inosin, dua tRNA anticodons dapat mengenali codons glisin (Gly) empat. ICC
mengakui GGU, GGC dan GGA; CCC mengakui GGG.
E. Struktur Gen
Rekombinasi melibatkan pertukaran DNA dari satu sumber dari lain dan
bertanggung jawab untuk menghasilkan banyak variabilitas genetik yang
ditemukan di virus dan organisme hidup. Gen diberi nama biasanya untuk beberapa
mutan atau diubah fenotipe. Dengan penemuan dan karakterisasi DNA, gen
didefinisikan lebih tepatnya sebagai urutan linear nukleotida atau codons.

Pada awalnya, gen berisi informasi untuk sintesis satu enzim, satu hipotesis
gen-satu enzim. Ini telah dimodifikasi untuk satu polipeptida gen-satu hipotesis
dengan adanya enzim dan protein lain terdiri dari dua atau lebih rantai polipeptida
yang berbeda kode untuk oleh gen terpisah. Segmen yang kode polipeptida tunggal
kadang-kadang juga disebut cistron. Tidak semua gen yang terlibat dalam sintesis
protein; beberapa kode sebaliknya untuk rRNA dan tRNA. Dengan demikian gen
mungkin dapat didefinisikan sebagai urutan polynucleotide bahwa kode untuk
polipeptida, tRNA, atau rRNA. Beberapa ahli genetika menganggapnya sebagai
sebuah segmen dari asam nukleat yang ditranskripsi memberikan produk RNA.
Gen yang kebanyakan terdiri dari urutan diskrit codons yang "dibaca" hanya satu
cara untuk menghasilkan produk tunggal. Itu adalah, kode tidak tumpang tindih
dan ada satu titik awal dengan membaca satu bingkai atau cara di mana nukleotida
dikelompokkan menjadi codons (Gambar 11,19). Kromosom karena itu biasanya
terdiri dari urutan gen yang tidak tumpang tindih satu sama lain (Gambar 11.20a).
Namun, ada pengecualian dari aturan. Beberapa virus seperti FAG X174 memiliki
tumpang tindih gen (Gambar 11.20b), dan bagian dari gen tumpang tindih dalam
genom beberapa bakteri.

Struktur procaryotic dan virus gen sangat berbeda dari yang eucaryotes. Dalam
sistem bakteri dan virus, pengkodean informasi dalam cistron biasanya terus-
menerus (gen beberapa bakteri mengandung intron); Namun, dalam eucaryotic
organisme, gen banyak mengandung pengkodean informasi (exons) terinterupsi
secara berkala oleh noncoding urutan (intron). Menarik pengecualian untuk aturan
ini adalah eucaryotic histone gen, yang kekurangan intron. Karena sistem
procaryotic dan virus yang terbaik ditandai, semakin rinci Deskripsi struktur gen
yang berikut akan fokus pada gen E. coli.

Gambar 11,20 organisasi kromosom pada bakteri dan virus. (a) peta genetik
disederhanakan E. coli. Peta E. coli terbagi menjadi 100 menit. (b) Peta FAG X174
menunjukkan tumpang tindih gen B dengan A, K dengan A dan C, dan E dengan D. Daerah
padat adalah ruang yang terletak di antara gen. Protein A * terdiri dari bagian terakhir dari
protein A dan timbul dari reinitiation transkripsi dalam Gea.

 Kode gen Untuk Protein


Meskipun DNA ganda terdampar, hanya satu helai berisi kode informasi dan
mengarahkan sintesis RNA. Untai ini disebut untai template, dan strand komplemen
dikenal sebagai nontemplate strand (Gambar 11.21). Karena mRNA ini terbuat dari
5 ' 3 '. Akhirnya, polaritas untai DNA template adalah 3 ' untuk 5 '. Oleh karena itu
awal dari gen adalah pada akhir 3 ' untai template (juga akhir 5 ' untai nontemplate).
RNA polimerase pengakuan/mengikat dan situs peraturan yang dikenal sebagai
promoteris yang terletak di awal gen.

Gambar 11.21 struktural gen bakteri. Organisasi gen struktural yang khas dalam bakteri.
Pemimpin dan trailer urutan disertakan Meskipun gen beberapa kekurangan salah satu atau
kedua. Transkripsi dimulai pada posisi 1 dalam DNA, dan nukleotida pertama yang
dimasukkan ke dalam mRNA biasanya GTP atau ATP. Terjemahan dari mRNA dimulai
dengan AUG inisiasi kodon.

Gambar 11.22 bakteri promotor.

F. Mutasi dan dasar kimia


Mutasi Gen adalah perubahan yang terjadi pada gen baik DNA maupun RNA.
Mutasi Gen hanya menyebabkan perubahan sifat individu tanpa adanya perubahan
jumlah dan susunan kromosomnya seperti yang terjadi pada mutasi kromosom.
Mutasi gen disebut juga mutasi kecil atau mutasi titik. Namun begitu tetap saja
mutasi pada gen dapat mengarah pada munculnya alel baru dan menjadi dasar
munculnya variasi-variasi baru pada spesies. Sehingga jika mutasi gen terjadi
secara terus menerus dan berkesinambungan, besar kemungkinan suatu saat akan
meuncul jenis species baru yang sangat berbeda dengan indukannya. Individu yang
mengalami mutasi gen disebut mutan.

 Mutasi dan Mutagenesis

Mutasi-mutasi bersyarat adalah mereka yang dinyatakan hanya di bawah


kondisi lingkungan tertentu. Sebagai contoh, mutasi mematikan bersyarat pada E.
coli mungkin tidak menyatakan kondisi permisif seperti suhu rendah tapi akan
dinyatakan di bawah kondisi yang ketat seperti suhu tinggi. Dengan demikian
mutan hipotetis akan tumbuh secara normal pada suhu permisif tetapi akan mati
pada suhu tinggi.
Gambar 11.23 gen tRNA dan rRNA. (a) tRNA dari E. coli yang berisi dua molekul tRNA.
Spacer dan tambahan nukleotida pada kedua ujungnya akan dihapus selama pemrosesan.
(b) E. coli ribosomal gen RNA kode untuk produk besar transkripsi yang diurai ke rRNAs
tiga dan satu sampai tiga tRNAs. Segmen rRNA 16, 23S dan 5S diwakili oleh garis biru,
dan tRNA urutan ditempatkan dalam tanda kurung. Tujuh salinan gen ini bervariasi dalam
jumlah dan jenis urutan tRNA.

Mutasi-mutasi biokimia adalah orang-orang yang menyebabkan perubahan dalam


biokimia sel. Karena mutasi-mutasi ini sering menonaktifkan jalur biosynthetic, sering
membuat mikroorganisme tidak dapat tumbuh pada medium kurang pasokan yang cukup
dari produk akhir jalur. Mutan tersebut disebut auxotrophs, sedangkan strain yang dapat
tumbuh pada minimal medium prototrophs. Analisis auxotrophy telah cukup penting dalam
mikroba genetika karena kemudahan auxotroph pilihan dan relatif kelimpahan jenis mutasi
ini.
Mutasi-mutasi terjadi dalam dua cara. (1) spontan mutasi muncul kadang-kadang
dalam semua sel dan mengembangkan dalam ketiadaan setiap agen ditambahkan. (2)
Akibat mutasi, di sisi lain, adalah hasil dari paparan organisme ke beberapa agen fisik atau
kimia yang disebut mutates.
John Cairns dan kolaboratornya telah melaporkan bahwa mutan strain E. coli, yang
mampu menggunakan laktosa sebagai sumber energi dan karbon, mendapatkan kembali
kemampuan untuk melakukan jadi lebih cepat ketika laktosa ditambahkan ke budaya media
sebagai sumber hanya karbon. Laktosa tampaknya menyebabkan mutasi-mutasi yang
memungkinkan E. coli menggunakan gula lagi. Beberapa bakteri kelaparan mungkin akan
dengan cepat menghasilkan beberapa mutasi melalui aktivasi khusus mutator gen. Ini akan
menghasilkan banyak sel-sel bakteri mutan.
Gambar 11,24 mutasi transisi dan Transversion. Kesalahan dalam replication karena basis
tautomerisasi. (a) normally di pasang GC terbentuk ketika kelompok-kelompok keto
berpartisipasi dalam ikatan hidrogen. Sebaliknya, enol Tautomer menghasilkan AC dan GT
basis pasang. (b) mutasi sebagai akibat tautomerisasi selama replikasi DNA. Enolisasi
sementara nama guanina diambil mengarah pada pembentukan pasangan basa di dalam
mutan, dan GC untuk di transisi mutasi terjadi. Proses ini memerlukan dua siklus replikasi.
Mutasi ini hanya terjadi jika tidak normal pasangan basa GT generasi pertama kehilangan
oleh mekanisme perbaikan.
 Mutasi spontan
Mutasi spontan adalah perubahan yang terjadi secara alamiah atau dengan
sendirinya. Diduga faktor penyebabnya adalah panas, radiasi sinar kosmis, batuan
radioaktif, sinar ultraviolet, radiasi dan ionisasi internal mikroorganisme, dan
kesalahan ADN dalam metabolisme. Umumnya replikasi kesalahan terjadi ketika
dasar nukleotida template mengambil bentuk tautomeric yang jarang.
Tautomerisme adalah hubungan antara dua isomer struktural yang berada dalam
kesetimbangan kimia dan mudah berubah menjadi satu sama lain. Basis biasanya
ada dalam bentuk keto. Namun, mereka kadang-kadang dapat mengambil baik
imino enol bentuk atau (Gambar 11.24a). Pergeseran ini tautomeric mengubah
ikatan hidrogen karakteristik pangkalan, memungkinkan Purina untuk Purina atau
pirimidin untuk substitusi pirimidin yang akhirnya dapat menyebabkan perubahan
stabil dari urutan nukleotida (Gambar 11.24b).
Mutasi spontan juga muncul dari frameshifts, biasanya disebabkan oleh
penghapusan segmen DNA yang mengakibatkan kodon berubah membaca bingkai.
Mutasi-mutasi ini umumnya terjadi mana ada hamparan pendek nukleotida sama.
Di lokasi seperti pemasangan template dan untai baru dapat dipindahkan oleh jarak
urutan berulang yang mengarah ke penambahan atau penghapusan pangkalan di
strand baru (Gambar 11,25).

Gambar 11,25 penambahan dan penghapusan. Mekanisme untuk generasi penambahan dan
penghapusan selama replikasi. Arah replikasi ditunjukkan oleh panah besar. Dalam setiap
kasus ada strand slip mengakibatkan pembentukan lingkaran kecil yang stabil oleh
hidrogen ikatan dalam urutan yang berulang, AT peregangan dalam contoh ini. DNA
sintesis meneruskan ke kanan angka ini. (a) jika untai baru slip, tambahan satu t hasil. (b)
slip untai menghasilkan penghapusan (dalam hal ini, kehilangan dua Ts).
G. Deteksi dan isolasi mutan
Gambar 11.30 replika Plating. Penggunaan replika plating di mengisolasi lisin
auxotroph. Mutan yang dihasilkan oleh mengobati budaya dengan mutates. Budaya
yang mengandung jenis liar dan auxotrophs berlapis pada media lengkap. Setelah
koloni dibangunkan, sepotong velveteen steril ditekan pada permukaan plate untuk
menjemput bakteri dari setiap koloni. Kemudian beludru ditekan ke permukaan pelat
lainnya dan organisme yang ditransfer ke posisi yang sama sebagai di piring master.
Setelah menentukan lokasi Lys koloni tumbuh di replika dengan media lengkap,
auxotrophs dapat diisolasi dan berbudaya.
Gambar 11.31 pilihan mutan. Produksi dan langsung pilihan auxotroph revertants. Dalam
contoh ini, lisin revertants akan dipilih setelah pengobatan lisin auxotroph budaya karena
agar-agar berisi minimal media yang tidak akan mendukung pertumbuhan auxotroph.
Gambar 11,32 tes Ames untuk Mutagenicity.

H. DNA Repair
DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan / kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak
normal, radiasi dengan sinar UV, radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia, atau
karena adanya kesalahan dalam replikasi DNA. Mekanisme perbaikan yang
terdapat ditingkat selular secara garis besar disesuaikan dengan jenis kerusakan
yang tentu saja terkait erat dengan jenis factor penyebabnya. Sel-sel menggunakan
mekanisme-mekanisme perbaikan DNA untuk memperbaiki kesalahan-kesalahan
pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan dapat terjadi saat aktivitas selular
normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran untuk berbagai kerusakan:
baik eksternal agent maupun secara spontan.
Gambar 11.33 perbaikan eksisi. Perbaikan eksisi dimer Timina yang telah terdistorsi heliks
ganda dua. Perbaikan endonuklease atau uvrABC endonuklease kode untuk oleh uvrA, B,
dan C gen.

 Mekanisme DNA repair

Pada dasarnya perbaikan DNA dapat dikelompokkan menjadi 3 yaitu :

1. Demage reversal : penggantian secara langsung, photoreactivation merupakan


cara perbaikan DNA dengan melibatkan pembuangan atau pembalikan DNA
yang rusak oleh sebuah enzim tunggal yang tergantung oleh cahaya. Pada
bakteri E. Coli enzim itu dikodekan oleh gen phr. Adanya kerusakan pada suatu
segmen pirimidin (timin dan sitosin) yang telah berpasangan (dimer) pada
suatu struktur DNA, akan mengaktifkan suatu proses perbaikan dimana suatu
kompleks protein enzim fotoreaktif akan memutuskan ikatan hydrogen tetapi
tanpa memutuskan ikatan fosfodiester antar nukleotida. Perubahan urutan akan
diperbaiki dengan pergantian sesame nukleotida dengan basa pirimidin, dan
akan diikuti proses penangkupan kembali celah yang semula tercipta.
2. Demage removal : proses ini lebih kompleks karena melibatkan replacing atau
penggantian dengan dipotong-potong. Pada excision repair diawali dengan
proses pengidentifikasian ketidaksesuaian sekuen / urutan DNA dalam suatu
proses pengawasan yang dilakukan oleh endonuklease perbaikan DNA.
Kompleks enzim tersebut akan menginisiasi proses pemisahan DNA heliks
utas ganda menjadi suatu segmen utas tunggal. Proses ini akan diakhiri dengan
pertautan kembali antara dua utas tunggal tersebut untuk kembali menjadi
bagian dari heliks utas ganda, dengan perantaraan enzim DNA ligase.
3. Demage tolerance : Mentoleransi kesalahan.Hal ini dilakukan bila kesalahan
tidak dapat diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi dan yang
terotong adalah kedua strand. Mekanisme ini adalah sebentuk replikasi rawan
kesalahan (error-phone) yang memprbaiki kerusakan-kerusakan pada DNA
tanpa mengembalikan sekuens basa awal. Tipe perbaikan ini bisa dipicu oleh
kerusakan DNA dalam tingkat tinggi. Pada bakteri E. Coli, system tersebut
diatur oleh gen-gen recA dan umu yang dihipotesiskan mengubah fidelitas
(ketepatan) polymerase DNA setempat. Dalam rose situ, polymerase
melakukan replikasi melewati kerusakan DNA, sehingga memungkinkan sel
untuk bertahan hidup atau sintas. Jika sel tersebut berhasil sintas melalui
seluruh kerusakan DNA, besar kemungkinan sel itu mengandung satu atau
lebih mutasi.
Gambar 11,34 proses perbaikan SOS. Dalam ketiadaan kerusakan, perbaikan gen yang
dinyatakan dalam E. coli pada tingkat rendah karena mengikat lexA menjadi penekan
protein di operator mereka (O). Ketika recA protein mengikat wilayah yang rusak —
misalnya, Timina dimer dibuat oleh radiasi UV-menghancurkan lexA dan gen perbaikan
diungkapkan lebih aktif. Kode gen uvr untuk perbaikan endonuklease atau uvrABC
endonuklease bertanggung jawab untuk perbaikan eksisi.