Dalam uji ini, larutan asam nitrat pekat ditambahkan dengan hati-hati ke dalam 2 ml larutan protein. Setelah di campur terjadi endapan putih yang dapat berubah menjadi kuning apabila dipanaskan. Lalu di dinginkan dibawah air kran dan ditambahkan NaOH 10% dengan hati-hati hingga basa, ditandai dengan terjadinya perubahan warna kuning menjadi kuning tua kemudian jingga. Reaksi yang terjadi ialah nitrasi pada inti benzena yang terdapat pada molekul protein. Jadi reaksi ini positif untuk protein yang mengandung tirosin, fenilalanin dan triptofan.
4.2 Pembentukan Endapan dengan Asam dan Alkali
Pengendapan protein penting untuk dilakukan dalam usaha memisahkan protein dari larutan atau dari campuran protein, seperti kasein pada susu. Ada empat tingkat struktur dasar protein, yaitu struktur primer, sekunder, tersier dan kuarter. Struktur primer menunjukan jumlah, jenis dan urutan asam dalam molekul protein. Oleh karena ikatan antar asam amino ialah ikatan peptida, maka struktur primer protein juga menunjukan ikatan peptida yang urutannya diketahui. Pada rantai polipeptida terdapat banyak gugus >C=O dan gugus >N-H. Kedua gugus ini dapat berkaitan satu dengan yang lain karena terbentuknya ikatan hidrogen antar atom oksigen dan gugus >C=O dengan hidrogen dari gugus >N-H, apabila ikatan hidrogen ini terbentuk antara gugus-gugus yang terdapat dalam satu rantai polipeptida, akan terbentuk struktur heliks (berpilin). Ikatan hidrogen juga dapat terjadi antara dua rantai polipeptida atau lebih dan akan membentuk konfigurasi yaitu bentuk rantai sejajar yang berkelok-kelok dan disebut struktur lembaran berlipat (pleated sheet structure). Ikatan jenis ini tergolong dalam struktur sekunder protein. Struktur tersier menunjukan kecenderungan polipeptida membentuk lipatan atau gulungan, dan dengan demikian membentuk struktur yang lebih kompleks. Struktur ini dimantapkan oleh adanya beberapa ikatan antara gugus R pada molekul asam amino yang membentuk protein. Beberapa jenis ikatan tersebut misalnya ikatan elektrostatik, ikatan hidrogen interaksi hidrofobik antara rantai samping nonpolar, interaksi dipol-dipol dan ikatan disulfida. Struktur kuarterner menunjukan derajat persekutuan unit-unit protein. Sebagian besar protein globular terdiri atas beberapa rantai polipeptida yang terpisah. Rantai polipeptida ini berinteraksi membentuk persekutuan. Dalam praktikum ini, larutan yang bersifat asam akan mendonorkan proton sedangkan pada larutan yang bersifat basa akan mendonorkan OH-. Ion proton serta ion OH- yang ditambahkan dalam larutan protein dapat menggangu struktur tersiernya yang diakibatkan oleh ikatan elektrostatik. Jika ikatan elektrostatik terganggu maka protein dapat terdenaturasi. Protein yang terdenaturasi dapat dicirikan dengan terbentuknya gumpalan atau endapan. Jika konsentrasi protein dalam larutan kecil atau asam dan basa yang digunakan bersifat lemah atau konsentrasi encer maka akan terbentuk koloid putih. Pada praktikum ini, dengan penambahan HCl yang bersifat asam, maka akan terdapat ion H+ yang berlebih. HCl tergolong asam kuat. Dari hasil praktikum menunjukan adanya kekeruhan dan adanya endapan di awal dan setelah dipanaskan kemudian didiamkan. Asam asetat tergolong dalam asam lemah. Hal ini terjadi karena asam asetat tidak dapat terionisasi sempurna. Hal ini dapat diketahui dari harga Ka asam asetat yaitu 1,8 x 10-5. Artinya setiap 0,1 molar asam asetat hanya menghasilkan ion H+ sebanyak 10-3 M. Oleh sebab itu, penambahan asam asetat dalam larutan protein juga dapat menyebabkan denaturasi protein dalam jumlah yang lebih sedikit. Hasil dari penambahan asam asetat glasial pada percobaan tidak tampak adanya perubahan. Hal ini terjadi karena asam asetat yang ditambahkan tidak cukup banyak sehingga belum mampu untuk mendenaturasi protein yang terdapat dalam larutan. NaOH tergolong basa kuat. Dalam hasil pengamatan praktikum, menunjukan adanya hasil endapan setelah dilakukan pemanasan. Sedangkan setelah didiamkan, tidak nampak adanya perubahan. Hal ini kemungkinan terjadi karean NaOH yang ditambahkan tidak cukup, sehingga belum mampu untuk mendenaturasikan protein yang terdapat dalam larutan.