Kedudukan Pengadilan Pajak hanya diatur dalam penjelasan Pasal 27 ayat (1) UU No. 48
Tahun 2009 tentang Kekuasaan Kehakiman yang menentukan bahwa Pengadilan Pajak
merupakan pengadilan khusus di bawah salah satu lingkungan peradilan yang berada
dibawah Mahkamah Agung sebagaimana dimaksud pasal 25 Undang-Undang Kekuasaan
Kehakiman.
Terkait dengan terminologi pengadilan khusus, Pasal 1 angka 8 UU No. 48 Tahun 2009
menentukan bahwa “Pengadilan Khusus adalah pengadilan yang mempunyai
kewenangan untuk memeriksa, mengadili dan memutus perkara tertentu yang hanya
dapat dibentuk dalam salah satu lingkungan badan peradilan yang berada di bawah
Mahkamah Agung yang diatur dalam undang-undang”. Artinya bahwa pengadilan
khusus tidak diperbolehkan untuk dibentuk di luar ke-empat badan peradilan yang
berada di bawah Mahkamah Agung. Adapun jenis pengadilan khusus dapat dilihat dalam
penjelasan Pasal 27 ayat (1) UU No. 48 Tahun 2009 yakni “Yang dimaksud dengan
“pengadilan khusus” antara lain adalah pengadilan anak, pengadilan niaga, pengadilan
hak asasi manusia, pengadilan tindak pidana korupsi, pengadilan hubungan industrial
dan pengadilan perikanan yang berada di lingkungan peradilan umum, serta pengadilan
pajak yang berada di lingkungan peradilan tata usaha negara”.
Keterkaitan antara Pengadilan Pajak dengan peradilan tata usaha negara adalah dapat
ditinjau dari 2 (dua) sudut tolak ukur, yakni:
Penteapan atau suatu keputusan dalam bidang perpajakan akan melahirkan sengketa
pajak sebagaimana dimaksud dalam Pasal 1 angka 5 UU No. 14 Tahun 2002. Hal tersebut
juga senada dengan Pasal 1 angka 10 UU Undang-Undang Nomor 51 Tahun 2009
tentang Perubahan Kedua Atas Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1986 tentang Peradilan
Tata Usaha yang menentukan bahwa “Sengketa Tata Usaha Negara adalah sengketa
timbul dalam bidang tata usaha negara antara orang atau badan hukum perdata dengan
badan atau pejabat tata usaha negara, baik di pusat maupun di daerah, sebagai akibat
dikeluarkannya keputusan tata usaha negara, termasuk sengketa kepegawaian
berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku”.