Jurnal Natural

Vol. 12, No. 2, 2012

HIV Genotype Analysis

from HIV Infected Patients in East Java Area
Yulia Sari Ismail1, Soetjipto2, Eddy Bagus Wasito3, Nasronudin4

1
Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Syiah Kuala,
Darussalam, Banda Aceh
2
Departemen Biokimia Kedokteran, Fakultas Kedokteran, Universitas Airlangga, Surabaya
3
Departemen Mikrobiologi Kedokteran, Fakultas Kedokteran, Universitas Airlangga, Surabaya
4
Lembaga Penyakit Tropis (Institute of Tropical Disease), Universitas Airlangga, Surabaya

Abstract: Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) has been known to cause Acquired Immune
Deficiency Syndrome (AIDS) disease and has been alaso divided into several subtypes (A, B, C, D, F, G,
H, J, K) and Circulating Recombinant Form (CRF). Different characteristics of subtype of the virus and
its interaction with host can affect the severity of the disease. This study was aimed to analyze HIV-1
genotypes circulating in HIV/AIDS patients from the East Java region descriptively. Information from
this research was expected to complement the data of mocular epidemiology of HIV in Indonesia.
This study used blood plasma from patients who had been tested to be HIV positive who were
seeking treatment or are reffered to the Intermediate Care Unit of Infectious Disease (UPIPI) Dr. Soetomo
Hospital Surabaya from various area representing the East Java regions. Plasma was separated from
blood samples by centrifugation for use in the the molecular biology examination including RNA
extraction, nested PCR using specific primer for HIV gp120 env gene region, DNA purifying, DNA
sequencing, and homology and phylogenetic analysis.
Based on the nucleotide sequence of the HIV gp120 env gene, it was found that the most
dominant genotypes in East Java belonged to one group of Circulating Recombinant Form (CRF), namely
CRF01_AE and CRF3x_01B, which has been also found in Southeast Asia. In the phylogenetic tree,
most of HIV samples (30 samples) were in the same branch with CRF01_AE and CRF3x_01B, except
one sample (HIV40) was in the same branch with subtype B.

Keywords: HIV, AIDS, molecular biology examination, genotype

PENDAHULUAN A2, A3, A4, B, C, D, F1, F2, G, H, J, dan K

Penyakit AIDS (Acquired Immune
Deficiency Syndrome) merupakan salah satu jenis
penyakit yang paling ditakuti di dunia saat ini.
Penyakit yang menyebabkan menurunnya
kekebalan tubuh seseorang ini disebabkan oleh
kuman HIV (Human Immunodeficiency Virus).
Situasi epidemi HIV/AIDS di dunia terus
mengkhawatirkan. Prevalensi kasus AIDS di
Jawa Timur sebesar 9.80 per 100.000 populasi,
dengan jumlah kumulatif 3540 kasus di provinsi
tersebut. Kini peringkat Jawa Timur sebagai
daerah dengan jumlah kasus dan penyebaran
HIV/AIDS naik dari urutan ketiga menjadi urutan
kedua di bawah DKI Jakarta (Depkes RI, 2010).
Telah diketahui ada dua jenis HIV yaitu
HIV-1 dan HIV-2. Penyebab utama AIDS di
dunia saat ini mayoritas adalah HIV-1. Jenis ini
dibagi atas tiga kelompok yaitu grup M (main),
grup O (outlier) dan grup N (new/non-M, non-O).
Grup M tersebar luas dan merupakan penyebab
tersering epidemi HIV/AIDS di seluruh dunia.
Grup M dibagi atas beberapa subtipe yang hingga
saat ini telah dikenali beberapa subtipe yaitu A1,
(Taylor et al, 2008). Antara suatu subtipe dengan
subtipe lainnya dapat terbentuk rekombinan yang
disebut CRF (Circulating Recombinant Form)
dan hingga sekarang telah ditemukan 43 CRF
(Lihana et al., 2009).
Atas dasar semakin tingginya prevalensi
penyakit AIDS di masyarakat yang disebabkan
oleh HIV ini, maka diperlukan pemeriksaan
genotipe DNA agar dapat dilakukan usaha yang
lebih efisien sehingga pencegahan dan
pemberantasan penyakit AIDS dapat lebih
berhasil. Untuk itu diperlukan diagnosis
penderita AIDS yang tepat dan kemudian
dilakukan pemeriksaan genotipe virus penginfeksi
tersebut untuk usaha/tindakan pencegahan
selanjutnya.
Informasi genetik ini akan memberikan
tambahan yang kuat untuk data standar
epidemiologi untuk menentukan pola penyebaran
virus. Epidemiologi molekuler menyokong
epidemiologi klasik dalam hal sumber impor
virus diketahui dengan mengkonfirmasi genotipe
virus yang didapat dengan genotipe virus yang
telah diketahui beredar dalam suatu negara.

23
 HIV Genotype Analysis
from HIV Infected Patients in East Java Area
(Yulia Sari Ismail, dkk)
Penelitian ini diharapkan dapat
memberikan kontribusi data mengenai jenis
genotipe HIV di Jawa Timur, sehingga mata
rantai penularan penyakit HIV/AIDS dapat lebih
dikendalikan baik di tingkat nasional, regional
maupun global. Jenis genotipe virus HIV ini
dapat juga dilaporkan kepada WHO untuk
melengkapi data epidemiologi molekuler virus
HIV yang telah ada di WHO.
Genom HIV terdiri atas gen yang
menyandikan protein struktural virus di antaranya
yang utama adalah gen gag, pol dan env. Sekuens
env cukup tinggi variasinya. Berbagai grup dan
subtipe HIV yang berbeda secara genetik telah
dikarakterisasi berdasarkan sekuens dari gen env.
Sehingga, env adalah daerah sasaran utama untuk
mempelajari genotipe yang terkait dengan
epidemiologi, sebagaimana ia dapat menyediakan
informasi tentang semua sirkulasi genotipe di
suatu wilayah geografis tertentu (Pieniazek,
1998). Dalam penelitian ini dipakai gen env
gp120 HIV-1 sebagai targetnya karena
mempunyai regio yang tinggi variabilitasnya (V)
dan regio yang konstan (C).
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui
secara deskriptif genotipe HIV-1 yang bersirkulasi
pada pasien HIV/AIDS dari wilayah Jawa Timur.
Secara khusus tujuan penelitian ini adalah sebagai
berikut :
1. Menganalisis genotipe HIV yang paling
dominan di Jawa Timur.
2. Menganalisis kekerabatan (phylogenetic
analysis) HIV di Jawa Timur.
MATERI DAN METODE
Karena yang dikaji dalam penelitian ini
adalah tipe virus HIV, maka sampel darah
diambil hanya dari pasien yang telah positif
terinfeksi virus HIV yang berobat ke Unit
Perawatan Intermediate Penyakit Infeksi (UPIPI)
RS Soetomo dan belum mendapat terapi ARV.
Pasien dipilih secara acak dari berbagai daerah
asal untuk mewakili beberapa daerah di Jawa
Timur.
Pengambilan sampel darah dilakukan
oleh tenaga medis RSUD Dr. Soetomo yang
sudah terlatih. Darah sampel ± 3 ml ditampung
dalam tabung vacutube EDTA (untuk mencegah
pembekuan). Kemudian sampel darah dibawa
dalam cool box yang telah diberi icepack/es batu
menuju laboratorium Hepatitis/AIDS Lembaga
Penyakit Tropis (Tropical Disease Center/TDC)
dalam waktu maksimal 6 jam setelah diambil. Di
laboratorium, tabung sampel tersebut disentrifus
untuk memisahkan plasma dari darah. Plasma
yang diperoleh dipindahkan ke dalam microtube 2
ml lalu disimpan di suhu -80°C hingga saat
digunakan.
24
Pengumpulan sampel darah dilakukan
terus hingga jumlahnya minimal mencukupi
sesuai perhitungan statistik, dan pada akhirnya
diperoleh sampel darah dari 46 pasien. Selain
mengambil sampel darahnya, juga dikumpulkan
data lain dari pasien seperti umur, jenis kelamin,
asal daerah, stadium penyakit, jumlah CD4,
riwayat penyakit lain, grup infeksi, dan
sebagainya.
Selanjutnya dilakukan ekstraksi RNA
virus HIV dari plasma darah yang sudah
dikumpulkan menggunakan reagen QIAamp Viral
Mini Kit dari Qiagen. Dalam penelitian ini yang
menjadi gen target adalah env gp120. Untuk itu
RNA HIV harus diubah dulu menjadi DNA
dengan proses reverse trancription. Dengan
menggunakan reagen OneStep RT-PCR dari
QIAGEN dapat dilakukan proses reverse
trancription dan amplifikasi PCR dalam satu
tahap. Proses PCR putaran pertama (first round
PCR) ini menggunakan primer khusus HIV yaitu
ED5 forward dan ED12 reverse (Foley et al,
2001; Delwart et al, 1995). Dari proses first
round PCR diperoleh amplikon berukuran 1200
bp. Untuk meningkatkan spesifitas gen yang
dicari dan juga karena ukuran amplikon ini cukup
besar sehingga dikuatirkan menyulitkan proses
sekuensing DNA nantinya, maka dilakukan
nested PCR. Terhadap produk PCR hasil first
round PCR dilakukan second round PCR dengan
reagen GoTaq Green dari Promega sebagai
mastermix PCR menggunakan primer ES7x
forward dan E125 reverse (Foley et al, 2001;
Delwart et al, 1995) sehingga menghasilkan
amplikon berukuran 300 bp. Proses PCR
dilakukan berkali-kali untuk optimasi mencari
suhu annealing yang tepat sehingga dihasilkan
produk PCR yang baik. Terkadang proses PCR
juga diulang terhadap sampel yang memberikan
hasil negatif. Untuk melihat hasil PCR dilakukan
elektroforesis sampel produk PCR pada gel
agarose 2%, kemudian diamati dengan UV
transiluminator (gelombang pendek = 254 nm).
Gambaran pita-pita DNA pada gel difoto
menggunakan kamera digital.
Sebelum melakukan sekuensing DNA,
maka produk PCR harus dimurnikan dulu. Proses
pemurnian dilakukan menggunakan reagen
QIAquick Purification Kit dari Qiagen. Apabila
sampel hasil second round PCR memberikan
hasil positif maka produk PCR tersebut yang
dipakai untuk proses sekuensing, namun bila hasil
second round PCR negatif maka yang dipakai
untuk sekuensing adalah produk first round PCR.
Terkadang ada juga pita DNA sampel yang tidak
terlihat positif atau terlalu tipis pada first round
PCR namun akan muncul setelah dilakukan
second round PCR. Sebelum dimurnikan,
produk-produk PCR yang positif/jelas pitanya di-
elektroforesis. Setelah itu di bawah sinar UV
 HIV Genotype Analysis
from HIV Infected Patients in East Java Area
(Yulia Sari Ismail, dkk)
gelombang panjang (365 nm) gel yang hasil elektroforegramnya tidak baik. Dari
mengandung pita DNA target dipotong, kemudian sampel-sampel HIV yang telah berhasil di-
gel tersebut dilarutkan dengan buffer-buffer yang sekuensing itu dilakukan analisis homologi dan
terdapat dalam kit QIAquick Purification pembuatan pohon filogenetiknya.
sehingga didapat DNA murni.
DNA yang telah dimurnikan tersebut
lalu di-label dengan primer ES7x menggunakan HASIL DAN PEMBAHASAN
proses PCR khusus untuk labelling. Setelah
mendapat label, DNA dipresipitasi sesuai Dalam penelitian ini diperoleh sampel
prosedur standar untuk sekuensing. Kemudian dari 46 penderita yang positif terinfeksi Human
DNA siap dimasukkan ke mesin sekuensing ABI Acquired Immunodeficiency Virus (HIV) yang
Prism 310 Genetic Analyzer untuk dirunut urutan berobat atau dirujuk ke RSUD Dr. Soetomo
nukleotidanya. Hasil dari sekuensing ini berupa Surabaya dari beberapa daerah di wilayah Jawa
elektroferogram yaitu diagram yang menunjukkan Timur. Karakteristik epidemiologis dan klinis
puncak-puncak yang mewakili suatu nukleotida. subjek penelitian dapat dilihat dalam tabel 1.
Terkadang ada sampel yang menghasilkan Dari ke-46 pasien yang positif terinfeksi
gambar elektroferogram yang bagus dengan HIV yang menjadi subjek dalam penelitian ini
puncak-puncak yang jelas, namun ada juga terdiri atas 30 orang laki-laki (65.22%) dan 16
sampel yang elektroferogramnya jelek. Pada orang perempuan (34.78%). Umur pasien
beberapa sampel perlu dilakukan sekuensing berkisar antara 19 tahun hingga 56 tahun dengan
ulang untuk mendapatkan elektroferogram yang rerata 34.39 tahun. Umur pasien laki-laki dalam
bagus. Dari 46 sampel didapat 31 sampel yang kisaran 19 tahun sampai dengan 54 tahun, dengan
menghasilkan elektroferogram yang cukup baik. rerata 34.47 tahun. Pasien perempuan
Sisa sampel yang lain ada yang hasil PCR-nya mempunyai kisaran umur dari 25 tahun sampai
negatif sehingga tidak mungkin dilanjutkan ke dengan 56 tahun, dengan rerata 34.25 tahun.
proses sekuensing, dan ada pula sampel yang

Tabel 1. Karakteristik epidemiologis dan klinis subjek penelitian yang positif terinfeksi HIVdi wilayah
Jawa Timur
Karakteristik Jumlah (orang) Persentase (%)
Gender
Laki- laki (umur 19-54 tahun; rerata 34.39) 30 65.22
Perempuan (umur 25-56 tahun; rerata 34.25) 16 34.78

Daerah asal
Surabaya 25 54.35
Madura 4 8.70
Gresik 4 8.70
Sidoarjo 2 4.35
Pasuruan 2 4.35
Madiun 2 4.35
Bojonegoro 2 4.35
Banyuwangi 2 4.35
Kediri 1 2.17
Tuban 1 2.17
Lumajang 1 2.17

Faktor risiko
Penasun 3 6.52
Homoseksual 2 4.35
Heteroseksual 41 89.13

Derajat penyakit
Stadium I 7 15.22
Stadium II 0 0
Stadium III 29 63.04
Stadium IV 10 21.74

25
 HIV Genotype Analysis
from HIV Infected Patients in East Java Area
(Yulia Sari Ismail, dkk)
Subjek dalam penelitian berasal dari
beberapa daerah di wilayah Jawa Timur yang
berobat atau dirujuk ke RSUD Dr. Soetomo
Surabaya dari beberapa daerah di wilayah Jawa
Timur seperti terlihat dalam tabel 1. Pasien
dipilih secara acak dari berbagai daerah asal
untuk mewakili beberapa daerah di Jawa Timur.
Surabaya merupakan daerah asal yang paling
dominan dari keseluruhan subjek penelitian
yaitu 25 orang (54.35%). Subjek lainnya
berasal dari daerah yang meliputi Madura (4
orang), Gresik (4 orang), Sidoarjo (2 orang),
Pasuruan (2 orang), Madiun (2 orang),
Bojonegoro (2 orang), Banyuwangi (2 orang),
Kediri (1 orang), Tuban (1 orang) dan
Lumajang (1 orang).
Penularan penyakit HIV/AIDS dapat
terjadi melalui berbagai metode transmisi
penyakit, atau yang biasa disebut faktor risiko,
yaitu pengguna narkotika suntik (penasun),
perilaku heteroseksual atau hubungan seks
bebas, seks sesama jenis atau homoseksual, dari
ibu hamil kepada janin, transfusi darah, dan
penyebab yang tidak diketahui. Berdasarkan
data yang diperoleh dalam penelitian ini, faktor
risiko yang paling dominan adalah
heteroseksual yaitu 41 kasus atau 89.13%,
sedangkan faktor risiko lainnya yaitu penasun
hanya 3 kasus dan homoseksual hanya 2 kasus
(tabel 1). Sebagaimana dalam laporan yang
dikeluarkan Komisi Penanggulangan AIDS
Nasional (KPAN) dalam simposium
internasional di Padalarang, Jawa Barat pada 21
Oktober 2011 diungkapkan bahwa perilaku
heteroseksual atau seks bebas kini menjadi
penyebab utama dalam penyebaran HIV/AIDS
di Indonesia. Pada tahun 2006, kecenderungan
transmisi HIV/AIDS di Indonesia didominasi
oleh penggunaan jarum suntik dengan 54.42%
penyumbang kasus HIV/AIDS yang
terlaporkan, sementara seks bebas atau
heteroseksual 38.5%. Kondisi yang sebaliknya
ternyata yang terjadi pada tahun 2011 dimana
faktor risiko pengguna jarum suntik menurun
menjadi 16.3%, sedangkan faktor risiko
heteroseksual mencapai 76.3%. Hal ini berarti
mayoritas penularan HIV/AIDS di Indonesia
melalui seks bebas atau heteroseksual, demikian
juga tampaknya yang terjadi di wilayah Jawa
Timur.
Dalam tabel 1 juga dapat dilihat
karakteristik klinis penderita HIV/AIDS yang
menjadi subjek penelitian ini. Penderita dengan
manifestasi klinis stadium I berjumlah hanya 7
orang, penderita stadium III berjumlah 29
orang, dan penderita stadium IV berjumlah 10
orang. Pada penelitian kali ini tidak ditemukan
penderita dengan stadium II. Tampak bahwa
pasien HIV/AIDS di RSUD Dr. Soetomo
Surabaya masih didominasi oleh pasien stadium
26
lanjut daripada pasien stadium awal. Hal ini
mungkin disebabkan masih kurangnya
kesadaran atau keberanian masyarakat untuk
memeriksakan diri sejak dini, sehingga mereka
baru berobat ke rumah sakit ketika kondisi
penyakitnya sudah berat. Perlu adanya usaha
pemerintah dan semua pihak untuk mengatasi
masalah ini, misalnya dengan penyuluhan dan
pemeriksaan gratis ke seluruh lapisan
masyarakat.
Karena yang dikaji dalam penelitian ini
adalah tipe virus HIV, maka sampel darah yang
diambil hanya dari pasien yang telah positif
terinfeksi virus HIV yang berobat ke Unit
Perawatan Intermediate Penyakit Infeksi
(UPIPI) RSUD Dr. Soetomo dan belum
mendapat terapi ARV. Keseluruhan pasien
yang menjadi subjek penelitian ini telah
diperiksa antibodi terhadap HIV menurut
prosedur standar bagi pasien di UPIPI RSUD
Dr. Soetomo, yaitu dengan pemeriksaan
antibodi menggunakan 3 macam rapid test kit
yaitu Oncoprobe, Triline dan SD HIV 1/2.
Penggunaan tiga macam pemeriksaan seperti itu
dimaksudkan untuk menghindari kesalahan
dalam pembuatan diagnosis, mengingat
diagnosis terinfeksi HIV merupakan diagnosis
yang berdampak sangat luas, tidak hanya
terhadap penderita namun juga terhadap
lingkungan sekitarnya maupun demi upaya
pengendalian yang dilakukan pemerintah.
Deteksi DNA HIV dengan
menggunakan teknologi PCR merupakan
metoda pilihan untuk diagnosis infeksi HIV
pada keadaan dimana deteksi antibodi
memberikan hasil yang negatif atau masih
meragukan (Panteleeff, 1999). Pada
pemeriksaan PCR dalam penelitian ini
digunakan pasangan-pasangan primer yang
telah digunakan dan dipublikasikan dalam
jurnal internasional (Foley et al, 2001; Delwart
et al, 1995). Dari 46 sampel HIV yang berasal
dari pasien yang positif terinfeksi HIV tersebut,
pada pemeriksaan PCR terhadap gen env
penyandi protein gp120 HIV didapatkan hasil
pemeriksaan PCR positif sebanyak 34 sampel.
Pada sampel dengan pemeriksaan antibodi
terhadap HIV positif dan pemeriksaan PCR HIV
positif, pada tubuh penderita tersebut masih
mengandung RNA HIV, sehingga masih
mempunyai potensi untuk menularkan virus
HIV tersebut. Proses PCR dilakukan berkali-
kali untuk optimasi mencari suhu annealing
(penempelan primer) yang tepat sehingga
dihasilkan produk PCR yang baik. Terkadang
proses PCR juga diulang terhadap sampel yang
memberikan hasil negatif. Pada sampel yang
hasil PCR-nya negatif dengan penggunaan
pasangan primer dalam penelitian ini,
kemungkinan terjadi perubahan/mutasi urutan
 HIV Genotype Analysis
from HIV Infected Patients in East Java Area
(Yulia Sari Ismail, dkk)
nukleotida pada tempat melekatnya primer,
sehingga primer tidak bisa melekat yang
berakibat hasil PCR yang negatif. Pasangan
primer dalam penelitian ini merupakan
pasangan primer yang apabila dipakai PCR dan
dapat memberikan amplifikasi nukleotida yang
positif, maka setelah dilakukan sekuensing,
urutan nukleotida yang didapat akan dapat
digunakan untuk mengetahui genotipe HIV.
Untuk mengetahui genotipe HIV, urutan
nukleotida yang didapat pada penelitian ini
kemudian dibandingkan dengan urutan
nukleotida yang sudah dipublikasi.
DNA HIV hasil amplifikasi PCR ini
selanjutnya dimurnikan dan dilakukan
sekuensing dengan menggunakan mesin
sekuenser ABI-310. Hasil dari sekuensing ini
berupa elektroferogram yaitu diagram yang
menunjukkan puncak-puncak yang mewakili
suatu nukleotida. Dalam penelitian ini,
terkadang ada sampel yang menghasilkan
gambar elektroferogram yang bagus dengan
puncak-puncak yang jelas, namun ada juga
sampel yang elektroferogramnya jelek. Pada
beberapa sampel perlu dilakukan sekuensing
ulang untuk mendapatkan elektroferogram yang
bagus. Dari 34 sampel yang menghasilkan PCR
positif didapat 31 sampel yang menghasilkan
elektroferogram yang cukup baik. Sisa sampel
yang lain ada yang hasil PCR-nya negatif
sehingga tidak mungkin dilanjutkan ke proses
sekuensing, dan 3 sampel yang PCR-nya positif
tetapi hasil sekuensing elektroferogramnya jelek
atau tidak dapat dibaca. Dari hasil sekuensing
yang diperoleh, kemudian dilakukan analisis
molekuler untuk mengetahui genotip HIV dan
homologi urutan nukleotida yang didapat.
Untuk mengetahui genotipe HIV, urutan
nukleotida hasil sekuensing yang diperoleh
dalam penelitian ini dibandingkan dengan
urutan nukleotida genotipe HIV lain yang telah
dipublikasi (Robertson, 1995; Antunes, 2003;
Khamdi, 2009), kemudian dianalisis dan dibuat
pohon filogenetik. Urutan nukleotida hasil
sekuensing yang diperoleh dari sampel
penderita HIV/AIDS ini dipakai untuk
mengetahui adanya variasi genetik ataupun
mutasi pada DNA HIV hasil PCR dalam
penelitian ini.
Telah dikemukakan bahwa identifikasi
HIV-1 yang berbeda dalam env menyebabkan
HIV dikelompokkan menjadi : M, N dan O.
Kelompok M adalah yang paling sering
dijumpai dan terbagi menjadi 9 subtipe/genotipe
berdasarkan keseluruhan genom yang secara
geografis berbeda (Robertson, 1995; Antunes,
2003; Khamdi, 2009), yaitu subtipe A, B, C, D,
F, G, H, J dan K. Subtipe HIV ini selanjutnya
dibagi lagi menjadi subsubtipe, yaitu antara lain
A1, A2, F1 dan F2 (Antunes, 2003).
27
Dikemukakan bahwa subtipe HIV yang berbeda
dapat berbeda pula pada efek transmisi
(penularannya), timbulnya resistensi obat
maupun perogresifitas penyakit.
Telah dikemukakan pula bahwa
prevalen terbanyak adalah subtipe B (ditemukan
di Amerika Utara dan Eropa), A dan D (Afrika),
C (Afrika dan Asia). Subtipe tersebut
membentuk cabang dalam pohon genetik yang
menggambarkan keturunan dari kelompok M
dari HIV-1. Koinfeksi dengan subtipe yang
berbeda menyebabkan peningkatan circulating
recombinant forms (CRFs). Pada tahun 2000,
dibuat analisis global subtipe prevalen, yaitu:
47.2% infeksi di seluruh dunia adalah subtipe C,
26.7% adalah subtipe A/CRF02_AG, 12.3%
adalah subtipe B, 5.3% adalah subtipe D, 3.2%
adalah CRF_AE, dan sisanya 5.3% terdiri dari
subtipe lain dan CRFs (Osmanov, 2000).
Sebagian besar penelitian HIV-1 berfokus pada
subtipe B, sedangkan sedikit yang lainnya
berfokus pada subtipe lain (Perrin , 2003).
Dari sekuens nukleotida HIV yang
diperoleh dan sudah siap dianalisis (sebanyak
31 dari 34 sekuens yang diharapkan), dilakukan
analisis molekuler filogenetik nukleotida HIV
tersebut dan disusun pohon filogenetik dengan
program komputer Clone Manager 6 Version
6.00, bersama 128 nukleotida HIV dengan
berbagai subtipe referensi yang sudah
dipublikasikan sebelumnya
(http://www.hiv.lanl.gov). Hasil yang
diperoleh, ternyata HIV dari penderita
HIV/AIDS dalam penelitian ini sebanyak 30
sampel terletak dalam satu kelompok
Circulating Recombinant Forms (CRFs), dan
terutama CRF01_AE dan CRF3x_01B yang
berasal dari Thailand dan Malaysia. Sedangkan
1 sampel, yaitu sampel HIV40 terletak dalam
satu kelompok percabangan dengan subtipe B.
Apakah satu sampel ini merupakan satu subtipe
baru atau subtipe yang sama namun mengalami
mutasi/delesi, perlu diteliti dan dianalisis lebih
lanjut.
Hasil analisis molekuler hasil 31
sekuensing HIV dari penelitian ini dilihat
homologinya dalam bentuk multiple alignment
nukleotida sepanjang 300 nukleotida. Hasil
analisis molekuler dalam rangka menentukan
subtipe HIV dalam bentuk pohon filogenetik
dari nukleotida sepanjang 300 nukleotida (gen
env gp120 regio V3) dari 31 sampel hasil
penelitian ini dan subtipe HIV (A, B, C, D, F,
G, H, I, J dan K) maupun berbagai CRF yang
telah dipublikasikan, dalam bentuk suatu pohon
filogenetik dari subtipe HIV ditampilkan pada
gambar 1.
 HIV Genotype Analysis
from HIV Infected Patients in East Java Area
(Yulia Sari Ismail, dkk)
Ref.04_cpx.CY.94.CY032.AF049337
Ref.04_cpx.GR.91.97PVCH.AF119820
Ref.04_cpx.GR.97.97PVMY.AF119819
Ref.C.BR.92.BR025_d.U52953
Ref.31_BC.BR.04.04BR142.AY727527
Ref.31_BC.BR.02.110PA.EF091932
Ref.C.ET.86.ETH2220.U46016
Ref.07_BC.CN.05.XJDC6431_2.EF368372
Ref.07_BC.CN.05.XJDC6441.EF368370
Ref.07_BC.CN.97.97CN001.AF286226
Ref.C.IN.95.95IN21068.AF067155
Ref.08_BC.CN.97.97CNGX_6F.AY008715
Ref.08_BC.CN.98.98CN006.AF286229
Ref.C.ZA.04.SK164B1.AY772699
Ref.H.BE.93.VI991.AF190127
Ref.H.BE.93.VI997.AF190128
Ref.H.CF.90.056.AF005496
Ref.18_cpx.CM.97.CM53379.AF377959
Ref.18_cpx.CU.99.CU14.AY586541
Ref.27_cpx.CD.97.97CDKTB49.AJ404325
Ref.27_cpx.FR.04.04CD_FR_KZS.AM851091
Ref.01_AE.TH.90.CM240.U54771
Ref.01_AE.TH.93.93TH051.AB220944
Ref.33_01B.MY.05.05MYKL007_1.DQ366659
Ref.33_01B.MY.05.05MYKL045_1.DQ366662
Ref.34_01B.TH.99.OUR2478P.EF165541
HIV20
HIV38
HIV5
HIV25
HIV6
HIV30
HIV14
HIV15
HIV18
HIV26
HIV33
HIV29
HIV42
HIV12
HIV16
HIV37
HIV2
HIV3
HIV1 Sampel
HIV43
HIV10
HIV45
HIV4
HIV17
HIV35
HIV21
HIV34
HIV27
HIV13
HIV23
Ref.05_DF.BE.93.VI961.AF076998
Ref.05_DF.ES.99.X492.AY227107
Ref.05_DF.BE.x.VI1310.AF193253
Ref.12_BF.AR.97.A32879.AF408629
Ref.12_BF.AR.99.ARMA159.AF385936
Ref.12_BF.UY.01.01UYTRA1020.AY781128
Ref.17_BF.AR.02.AR02_ARG1139.EU581825
Ref.17_BF.BO.02.BO02_BOL119.EU581827
Ref.17_BF.PE.02.PE02_PCR0155.EU581828
Ref.F1.BE.93.VI850.AF077336
Ref.F1.FI.93.FIN9363.AF075703
Ref.F1.BR.93.93BR020_1.AF005494
Ref.39_BF.BR.03.03BRRJ103.EU735534
Ref.39_BF.BR.03.03BRRJ327.EU735536
Ref.39_BF.BR.04.04BRRJ179.EU735535
Ref.F1.FR.96.MP411.AJ249238
Ref.F2.CM.95.MP255.AJ249236
Ref.F2.CM.95.MP257.AJ249237
Ref.F2.CM.02.02CM_0016BBY.AY371158
Ref.F2.CM.97.CM53657.AF377956
Ref.K.CD.97.EQTB11C.AJ249235
Ref.K.CM.96.MP535.AJ249239
Ref.B.NL.00.671_00T36.AY423387
HIV40
Ref.B.FR.83.HXB2_LAI_IIIB_BRU.K03455 Sampel
Ref.B.TH.90.BK132.AY173951
Ref.B.US.98.1058_11.AY331295
Ref.03_AB.BY.00.98BY10443.AF414006
Ref.03_AB.RU.97.KAL153_2.AF193276
Ref.28_BF.BR.99.BREPM12313.DQ085872
Ref.28_BF.BR.99.BREPM12609.DQ085873
Ref.28_BF.BR.99.BREPM12817.DQ085874
Ref.29_BF.BR.99.BREPM11948.DQ085871
Ref.29_BF.BR.01.BREPM16704.DQ085876
Ref.40_BF.BR.04.04BRRJ115.EU735538
Ref.40_BF.BR.04.04BRSQ46.EU735540
Ref.40_BF.BR.05.05BRRJ200.EU735539
Ref.42_BF.LU.03.luBF_05_03.EU170155
Ref.14_BG.ES.00.X605.AF450096
Ref.14_BG.ES.00.X623.AF450097
Ref.BG.DE.01.9196_01.AY882421
Ref.15_01B.TH.96.M169.DQ354120
Ref.15_01B.TH.99.99TH_MU2079.AF516184
Ref.15_01B.TH.99.99TH_R2399.AF530576
Ref.D.TZ.01.A280.AY253311
Ref.D.UG.94.94UG114.U88824
Ref.10_CD.TZ.96.96TZ_BF061.AF289548
Ref.10_CD.TZ.96.96TZ_BF071.AF289549
Ref.21_A2D.KE.91.KNH1254.AY945737
Ref.D.CD.83.ELI.K03454
Ref.21_A2D.KE.99.KER2003.AF457051
Ref.D.CM.01.01CM_4412HAL.AY371157
Ref.13_cpx.CM.04.04CM_632_28.DQ845387
Ref.13_cpx.CM.02.02CM_A1394.DQ845388
Ref.13_cpx.CM.96.1849.AF460972
Ref.A1.AU.03.PS1044_Day0.DQ676872
Ref.A1.KE.94.Q23_17.AF004885
Ref.A1.RW.92.92RW008.AB253421
Ref.A1.UG.92.92UG037.AB253429
Ref.35_AD.AF.05.05AF026.EF158043
Ref.35_AD.AF.05.05AF094.EF158040
Ref.02_AG.CM.99.pBD6_15.AY271690
Ref.02_AG.NG.x.IBNG.L39106
Ref.19_cpx.CU.99.CU29.AY588971
Ref.19_cpx.CU.99.CU38.AY588970
Ref.19_cpx.CU.99.CU7.AY894994
Ref.37_cpx.CM.00.00CMNYU926.EF116594
Ref.37_cpx.CM.97.CM53392.AF377957
Ref.22_01A1.CM.01.01CM_0001BBY.AY371159
Ref.36_cpx.CM.00.00CMNYU1162.EF087995
Ref.36_cpx.CM.00.00CMNYU830.EF087994
Ref.A2.CD.97.97CDKTB48.AF286238
Ref.A2.CY.94.94CY017_41.AF286237
Ref.16_A2D.KE.91.KNH1271.AY945736
Ref.16_A2D.KR.97.97KR004.AF286239
Ref.09_cpx.CI.00.00IC_10092.AJ866553
Ref.09_cpx.GH.96.96GH2911.AY093605
Ref.J.CD.97.J_97DC_KTB147.EF614151
Ref.J.SE.93.SE7887.AF082394
Ref.J.SE.94.SE7022.AF082395
Ref.11_cpx.CM.95.1816.AF492624
Ref.11_cpx.CM.96.4496.AF492623
Ref.11_cpx.CM.97.MP818.AJ291718
Ref.G.KE.93.HH8793_12_1.AF061641
Ref.G.PT.x.PT2695.AY612637
Ref.20_BG.CU.99.Cu103.AY586545
Ref.20_BG.ES.99.R77.AY586544
Ref.24_BG.CU.03.CB471.AY900575
Ref.23_BG.CU.03.CB347.AY900572
Ref.23_BG.CU.03.CB118.AY900571
Ref.24_BG.CU.03.CB378.AY900574
Ref.43_02G.SA.03.J11223.EU697904
Ref.43_02G.SA.03.J11243.EU697907
Ref.43_02G.SA.03.J11456.EU697909
Ref.G.BE.96.DRCBL.AF084936
Ref.G.NG.92.92NG083.U88826
Ref.06_cpx.AU.96.BFP90.AF064699
Ref.06_cpx.GH.03.03GH173_06.AB286851
Ref.06_cpx.EE.01.EE0359.AY535659
Ref.32_06A1.EE.01.EE0369.AY535660
Ref.25_cpx.CM.06.06CM_BA_040.EU693240
Ref.25_cpx.SA.03.J11233.EU697906
Ref.25_cpx.SA.03.J11451.EU697908

Gambar 1. Pohon filogenetik model neighbour-joining dari sekuen env gp120 sampel HIV dan referensi

28
 HIV Genotype Analysis
from HIV Infected Patients in East Java Area
(Yulia Sari Ismail, dkk)
KESIMPULAN 6. Lihana RW, SA Khamdi, RM Lwembe, JG
Kinyua, JK Muriuki, NJ Lagat, et al. 2009.
Dari hasil penelitian ini berdasarkan urutan HIV-1 subtype and viral tropism
nukleotida dari gen env gp120 HIV dapat
determination for evaluating antiretroviral
disimpulkan bahwa genotipe HIV yang paling
dominan di wilayah Jawa Timur terdapat dalam therapy options : an analysis of archived
satu kelompok Circulating Recombinant Forms Kenyan blood samples. BMC Infectious
(CRFs) yaitu CRF01_AE dan CRF3x_01B yang Disease 9 : 215.
juga banyak terdapat di berbagai negara Asia
Tenggara. Dalam pohon filogenetik, 30 sampel
HIV berada dalam satu percabangan kekerabatan 7. Osmanov S, C Pattou, N Walker, B
dengan subtipe CRF01_AE dan CRF3x_01B, Schwarlander, J Esparza and the WHO-
sedangkan 1 sampel HIV yaitu HIV40 berada UNAIDS Network for HIV Isolation and
dalam satu percabangan kekerabatan dengan Characterization. 2002. Estimated global
subtipe B.
distribution and regional spread of HIV-1
genetic subtypes in the year 2002. J Acquir
DAFTAR PUSTAKA Immune Defic Syndr. 29 : 184-190.

1. Antunes R, S Figueiredo, IS Ba’rtolo, M

Pinheiro, L Rosado, et al. 2003. Plasma 8. Panteleeff DD, G John, R Nduati, D Mbori-
samples from a pediatric population ngacha, B Richardson, et al. 1999. Rapid
predominantly infected with HIV type 1 method for screening dried blood samples
subtype G and BG recombinant forms. on filter paper for HIV type 1 DNA. Journal
Journal of Clinical Microbiology. 41 (7) : of Clinical Microbiology. 37 (2) : 350-353.
3361-3367.
9. Perrin L, L Kaiser, S Yerly. 2003. Travel
and the spread of HIV-1 genetic variants.
2. Delwart EL, B Herring, AG Rodrigo, JI
Lancet Infect Dis. 3 (1) : 22-27.
Mullins. 1995. Genetic subtyping of human
immunodeficiency virus using a 10. Pieniazek D, J Baggs, DJ Hu, GM Matar,
heteroduplex mobility assay. Genome AM Abdelnoor, JE Mokhbat, M Uwaydah,
Research. 4 : S202-S216. et al. 1998. Introduction of HIV-2 and
multiple HIV-1 subtypes to Lebanon.
Emerg Infect Dis. 4 : 649-656.
3. Departemen Kesehatan RI. 2010. Laporan
Triwulan I Statistik Kasus HIV/AIDS di
Indonesia. Ditjen PPM & PL.
11. Robertson DL, B Hahn, P Sharp. 1995.
Recombination in AIDS viruses. J Mol
4. Foley B, E Donegan, N Silitonga, FS Evol. 40 (3) : 249-259.
Wignall, MP Busch, EL Delwart. 2001.
Importation of multiple HIV type 1 strains
12. Taylor BS, ME Sobieszczyk, FE
into West Papua, Indonesia (Irian Jaya).
McCutchan, SM Hammer. 2008. The
AIDS Research and Human Retroviruses.
Challenge of HIV-1 Subtype Diversity.
Vol.17, No.17, pp.1655-1659.
New England Journal of Medicine
358;15:1590-602.
5. Khamdi SA, RW Lihana, S Osman, J
Mwangi, J Muriuki, et al. 2009. Genetic
diversity of HIV type 1 along the coastal
strip of Kenya. AIDS Research and Human
Retroviruses. 25 (9) : 919-923.

29