Anda di halaman 1dari 7

LAPORAN PRAKTIKUM

KIMIA KOMPUTASI

Modul 3

Nama: Asep Ramdani

NPM: (11161010)

Kelas: 3 FA 1

SEKOLAH TINGGI FARMASI BANDUNG

PROGRAM PENDIDIKAN STRATA 1

PROGRAM STUDI FARMASI

2019
VISUALISASI STRUKTUR
MAKROMOLEKUL

I. Tanggal
28 Februari 2019
II. Tujuan
- Mahasiswa mampu menampilkan struktur makromolekul (preotein) secara visual
- Mahasiswa mampu menampilkan struktur 3D ligan yang berikatan dengan
makromolekul
III. Perangkat yang digunakan
Perangkat yang digunakan dalam visualisasi struktur makromolekul ini
menggunakan perangkat komputer dan software (perangkat lunak) yaitu
menggunakan:
- Software Visual Molecular Dynamics (VMD)
IV. Prosedur
 Pada modul 3 tentang visualisasi struktur makromolekul
 Menampilkan struktur kompleks protein

Buka software VMD

File New molecule

Untuk mencari browse


letak file protein

Akan menampilakan Struktur


Load kompleks protein pada 3D
display
 Menampilkan struktur protein

Klik Graphics pada


representations
VMD

Ubah “all” menjadi Text box selected


“protein” atom

Coloring method Drawing method


“secondary structure” “NewCartoon”

 Menampilkan Ligan

Windows Graphical Windows pada sebelumnya


untuk menampilkan struktur
Representations protein

Untuk menambah
representasi baru
Create Rep

Klik Reset Tab Selection Tab Draw Style

Keyword“Doubl Value “Double Coloring Method Drawing Method


e klik resname” klik IZP” “Element” “Licorice”

Apply
 Menampilkan Permukaan protein dan Ligan

Windows Graphical Windows pada sebelumnya


untuk menampilkan struktur
Representations protein

Untuk menambah
Create Rep
representasi baru

Hapus teks dan isi Text box selected


dengan “protein” atom

Menampilkan visualisasi
Coloring Method Drawing Method Material
permukaan dengan
“ColorID” “Surf” berbagai jenis material,
ex :- Transparent (tembus
pandang)

V. Hasil
 Modul 3 Visulisasi Struktur Makromolekul
 Tampilan 3r8g awal (Struktur kompleks Protein)
 Tampilan 3r8g (protein saja)

 Tampilan 3r8g (Protein dengan ligan)

 Tampilan 3r8g (Ligan)


 Tampilan 3r8g (permukaan transparan protein)

 Tampilan permukaan 3r8g ( matterials diffuse )

 Tampilan permukaan 3r8g ( matterials glass 1)


 Tampilan permukaan 3r8g ( matterials glass 2)

 Tampilan permukaan 3r8g ( matterials glass 3)

 Tampilan permukaan 3r8g ( matterials translucent)