Telaah Jurnal

Genetic Associations with Gestational Duration and

Spontaneous Preterm Birth

Oleh:

Syahnas Ya Rahma 04084821719236

Pembimbing:

dr. H. Adenan Abadi, Sp.OG. (K)

BAGIAN OBSTETRIK DAN GINEKOLOGI

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SRIWIJAYA

RSUP Dr. MOHAMMAD HOESIN PALEMBANG

2017
 TELAAH KRITIS JURNAL

1. Judul Jurnal
“Genetic Associations with Gestational Duration and Spontaneous Preterm Birth”
2. Gambaran Umum
A. Pendahuluan
Kelahiran preterm (didefinisikan sebagai lahir sebelum 37 minggu) mempengaruhi
9,6% dari kehamilan di Amerika Serikat 1 dan lebih dari 15 juta kehamilan di seluruh dunia
setiap tahun. Ini adalah penyebab utama kematian pada neonates dan anak-anak di bawah
2,3
usia 5 tahun. Mayoritas kelahiran prematur timbul dengan spontan, onset idiopatik
kontraksi uterus atau pecah ketuban janin. 4 Sebuah penelitian telah menunjukkan pengaruh
genetik dalam durasi kehamilan dan risiko kelahiran prematur. 5 Misalnya, 30 sampai 40%
dari variasi dalam waktu lahir dan pada risiko kelahiran prematur muncul dari faktor
genetik yang sebagian besar tapi tidak eksklusif berada dalam genom ibu. 6-10
Kelahiran prematur, dan durasi kehamilan secara umum, adalah fenotip yang rumit
yang dipengaruhi oleh genom ibu dan janin. Definisi kelahiran prematur sebagai sifat
dikotomis berdasarkan keputusan yang agak sewenang-wenang pada usia kehamilan 37
minggu, daripada waktu kelahiran untuk tingkat kedewasaan janin tertentu atau sebagai
sifat terus-menerus, membatasi interpretasi data dan mengurangi statistik kekuatan untuk
mendeteksi hubungan. 11 Oleh karena itu, kita diuji untuk hubungan genetik dengan durasi
kehamilan (sifat kuantitatif) serta kelahiran prematur (sifat dikotomis). Sampai saat ini,
studi asosiasi genomewide individu (lihat Glosarium) kelahiran prematur spontan telah
mencakup sekitar 1000 kasus ibu atau in-fants dengan kelompok kontrol dengan ukuran
yang sama. Tidak ada lokus repetisi dengan signifikansi genomewide yang dilaporkan. 12-
14
Untuk mengatasi sampel ukuran, kami melakukan penemuan genomewide dalam kohort
besar perempuan keturunan Eropa dan diuji asosiasi yang diidentifikasi dalam penemuan
ditetapkan untuk replikasi dalam tiga set data Nordic.
B. Bahan dan Metode
Partisipan
Kami melakukan dua tahap penelitian asosiatif genomewase untuk menemukan dan
meniru lokus genetik yang terkait dengan durasi kehamilan dan risiko kelahiran prematur.
Perempuan dalam kumpulan data penemuan adalah peserta dalam program penelitian
23danMe, perusahaan genomik dan bioteknologi pribadi. Semua wanita memberikan
persetujuan tertulis dan menjawab survei secara online sesuai dengan protokol subjek
manusia yang disetujui oleh Layanan Review Etis dan Independen (www .eandireview
.com). Wanita keturunan Eropa yang tidak terkait yang melaporkan sendiri persalinan
gestasional kelahiran pertama mereka yang hidup secara langsung dimasukkan dalam
analisis. Wanita dengan indikasi medis untuk kelahiran prematur mereka tidak
diikutsertakan; Mereka yang tidak menentukan indikasi medis disertakan untuk
mengoptimalkan ukuran sampel. Status kelahiran prematur ditentukan berdasarkan
dichotomi-zasi durasi kehamilan (preterm, <37 minggu; term, ≥37 minggu).
Ekstraksi DNA dan genotip adalah dibuat oleh National Genetics Institute. Kami
membatasi analisis terhadap 43.568 wanita dengan lebih dari 97% keturunan Eropa,
sebagaimana ditentukan melalui analisis keturunan lokal. 15 Genotipe data diperhitungkan
terhadap referensi tipe haplo fase 1 dari 1000 Genomes Project.16 Kami menggunakan
regresi linier untuk menguji hubungan genetic tunggal-marker dengan durasi kehamilan
dan regresi logistik untuk menguji hubungan tersebut dengan kelahiran prematur atas dasar
diperhitungkan dosis alel (yaitu, jumlah alel yang diharapkan, seperti dilansir program
imputasi). Kami termasuk sebagai kovariat usia ibu dan lima komponen utama untuk
memperhitungkan struktur populasi sisa (yaitu, perbedaan frekuensi alel antara
subpopulasi). Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) ke daerah asosiasi (atau lokus)
dengan mengidentifikasi SNP dengan asosiasi P <1,0 × 10 -4 dan kemudian
mengelompokkan SNP ini ke daerah jika mereka berdekatan satu sama lain (<250 kb ).
SNP dengan nilai P terkecil di setiap wilayah dipilih sebagai indeks SNP. Daerah dengan
sug-gestive signifikansi (P <1,0 × 10 -6) diuji dalam tahap replikasi. bukti replikasi lokus
putatif.
Tingkat signifikansi masing-masing lokus terkoreksi dengan jumlah efektif independen
SNP 18 yang diuji di lokus dan jumlah lokus yang diuji di set replikasi data (Tabel S6
dalam Lampiran Tambahan). Sebuah asosiasi dianggap direplikasi jika nilai P dari SNP
yang paling sangat terkait kurang dari ambang signifikansi dan memiliki penemuan dan
replikasi nilai P gabungan kurang dari 5.0 × 10 -8. Kami juga melakukan tes hubungan
yang diperoleh dari 4090 bayi dan hubungan genetik ibu 3184 ibu dari tiga replikasi set
yang memenuhi kriteria inklusi (lihat bagian yang menjelaskan metode replikasi di
Lampiran Tambahan) untuk mengevaluasi semua asosiasi yang diamati didorong oleh
varian dalam genom maternal atau varian genom janin

ANALISIS STATISTIK

UJI REPLIKASI

Untuk menguji untuk replikasi, kami menggunakan data dari 8.643 ibu dan 4090 bayi yang
17
dikumpulkan dari tiga studi lahir Nordic, di mana sampel dari kelahiran prematur
diperkaya dan sampel dari kelahiran yang post-term atau preterm–term ( 37 sampai 38
minggu kehamilan) dikeluarkan (Tabel S1 dan Gambar S2 dalam Lampiran Supplemen-
tary, tersedia dengan teks lengkap artikel ini di NEJM.org). Genotip pada sampel dari
penelitian ini dilakukan dengan menggunakan variasi SNP array, seperti yang dijelaskan
sebelumnya.17 berpartisipasi keturunan non-Eropa diidentifikasi dan dikeluarkan dengan
menggunakan analisis compo-komponen-pokok. Kami melakukan uji genomewide
menggunakan referensi haplotype yang di ekstrak dari fase 1 dari 1000 Genomes Project.16

Kami menguji asosiasi genetika single-marker di setiap kumpulan data replikasi dengan
menggunakan metode yang serupa dengan yang digunakan pada tahap penemuan. Kami
menggunakan metode varians varians fixed-effect untuk menghitung ulang nilai P replikasi
setelah penyesuaian faktor inflasi genom (yang digunakan untuk mengukur kelebihan false
positive rate) dalam analisis gabungan dari tiga kumpulan data Nordik. Di antara SNP yang
memiliki asosiasi dengan signifikansi sugestif genomewide (P <1,0 × 10 -6) dalam tahap
penemuan atau SNP di dekat disequilibrium linkage (r 2> 0.80), orang-orang yang
menunjukkan hubungan signifikan (dan dalam arah yang sama ) dalam tes replikasi
dianggap sebagai statistic.
Kami menggunakan Katalog GWAS,19 database dari semua studi asosiasi genomewide
diterbitkan yang dihasilkan oleh kolaborasi antara National Human Genome Research
Institute dan Bioinformatics Institute Eropa, untuk memeriksa SNP yang terkait dengan
durasi kehamilan atau kelahiran premature dikaitkan dengan sifat-sifat lainnya
sebelumnya. Selain itu, kami menggunakan GTEx,20 database, yang menyimpan informasi
tentang genotipe dan tingkat ekspresi gen spesifik jaringan, untuk menentukan apakah
salah satu SNP terlibat dapat mempengaruhi ekspresi gen spesifik jaringan. Kami
memeriksa apakah beberapa varietas independen pada lokus tertentu mempengaruhi waktu
kelahiran dengan menggunakan analisis bersyarat dan gabungan. 21 Kami memperkirakan
fraksi fenotip varian yang dijelaskan oleh semua SNP 22 dengan cara genomewide analisis
sifat kompleks (GCTA) 23 atau SNP signifikan genetik-skor. 24 Deskriptif dari analisis ini
diberikan dalam bagian yang menjelaskan statistik lainnya dan bioinformatika analisis
dalam Lampiran Tambahan

HASIL

STUDI DATA SETS

Dalam kumpulan data penemuan, dari 43.568 wanita yang telah diidentifikasi melalui
23danMe, 37.803 (86,8%) telah menyampaikannya dalam jangka waktu (37 sampai 42
minggu), 3331 (7,6%) sebelum jangka waktu (<37 minggu), dan 2434 (5,6%) setelah
jangka waktu> 42 minggu) (Tabel S1 dan S2 dan Gambar S1 pada Lampiran Tambahan).
Usia ibu sangat terkait dengan durasi gestasi (P = 2,3 × 10 -41) (Tabel S3 dalam Lampiran
Tambahan). Dalam tiga studi kelahiran Nordic.

PENELITIAN TERHADAP IBU

Uji asosiasi single-marker dilakukan pada 15.635.593 SNPs (lihat bagian Metode dalam
Lampiran Tambahan). Ringkasan Hasil statistik dari 10.000 SNP teratas telah disimpan di
gudang GeneStation (www.genestation.org/analysis/gwas/Zhang_2017/penemuan), dan
ringkasan statistik kumpulan data lengkap tersedia berdasarkan permintaan dari 23andMe.
Penulis yang bersangkutan memegang salinan hasil ringkasan statistik dari kumpulan
lengkap SNPs. Hasil uji disesuaikan dengan faktor inflasi genom (Gambar S3 dalam
12
Lampiran Tambahan). Sehubungan dengan durasi kehamilan, lokus diidentifikasi
dengan asosiasi P <1,0 × 10 -6, dari yang memiliki asosiasi P <5.0 × 10 -8 (Gbr. 1A, dan
Tabel S5 dan S6 di Supplemen- Lampiran). Sehubungan dengan kelahiran prematur.

Panel A menunjukkan 12 lokus yang terkait dengan durasi kehamilan dengan “signifikansi
sugestif” (P <1,0 × 10 -6, oranye), 4 di antaranya terkait dengan “signifikansi genomewide”
(P <5.0 × 10 -8, di merah). Panel B menunjukkan 5 lokus yang memiliki hubungan dengan
2
kelahiran prematur dengan signifikansi sugestif (dalam oranye), di antaranya memiliki
3
hubungan signifikan genomewide (berwarna merah). atas lokus yang terkait dengan
durasi kehamilan (EBF1, EEFSEC, dan AGTR2) juga dikaitkan dengan kelahiran prematur.
Nama dari 6 lokus yang direplikasi disorot dalam huruf tebal.

5 lokus diidentifikasi dengan asosiasi P <1,0 × 10 -6, 2 yang memiliki asosiasi P <5.0 × 10
-8 (Gambar. 1B). Dari 17 lokus ini, 3 atas yang dikaitkan dengan durasi kehamilan (EBF1,
EEFSEC, dan AGTR2) juga dikaitkan dengan kelahiran prematur, sehingga sama sekali,
14 lokus independen dipilih untuk replikasi. Dalam tes serupa dalam subkelompok peserta
penemuan yang secara eksplisit diperiksa “pengiriman spontan” dalam kuesioner, hasilnya
sama dengan yang diperoleh dari data set penelitian (Tabel S7 dalam Lampiran Tambahan).

UJI REPLIKASI
Di antara kandidat 14 lokus, 6 secara signifikan direplikasi: EBF1, EEFSEC, dan
AGTR2, yang dikaitkan dengan kedua durasi kehamilan dan kelahiran prematur, dan Wnt4,
ADCY5, dan RAP2C, yang memiliki hubungan yang signifikan dengan durasi kehamilan
tapi tidak dengan prematur kelahiran (Tabel 1, dan Tabel S8 dan S9 pada Lampiran
Tambahan). Selain itu, menunjukkan signifikan (P <0,05) adalah asosiasi antara lokus
BOLA3 dengan durasi kehamilan dan asosiasi antara TEKT3 dan TGFB1 lokus dengan
kelahiran prematur.

SNPS YANG TERLIBAT

Dalam lokus yang direplikasi ini, ada SNPs yang telah dilaporkan dikaitkan dengan
19
ciri kompleks lainnya (Tabel S6 dan S10 di Lampiran Tambahan). Tiga SNP
(rs10934853, rs2999052, dan rs2687729) pada lokus EEFSEC dikaitkan dengan kedua
durasi kehamilan dan kelahiran prematur (Tabel S8 dan S9 dalam Lampiran Supple-
mentary). Alel yang terkait dengan durasi yang lebih lama kehamilan juga telah dikaitkan
25
dengan peningkatan risiko kanker prostat (rs10934853-A), penurunan risiko hypo-
spadias (rs2999052-C), 26 dan usia saat menarche (rs2687729 -G). 27,28 Pada lokus Wnt4,
lima SNP yang signifikan dalam dekat ketidak seimbangan yang terkait dengan durasi
29
kehamilan sebelumnya telah ditemukan terkait dengan endometriosis, kanker ovarium,
30 31
dan tulang kepadatan mineral. Alel Wnt4 yang kami amati dikaitkan dengan
peningkatan kehamilan durasi telah diidentifikasi sebelumnya sebagai alel risiko
endometriosis, kanker ovarium, dan kepadatan mineral tulang yang rendah (Tabel S10
dalam Lampiran Tambahan). Menurut database GTEx, beberapa SNP di empat lokus
direplikasi (EBF1, EEFSEC, Wnt4, dan ADCY5) dapat mempengaruhi utusan Tingkat
ekspresi RNA dari gen terdekat 20 (Tabel S11 dan S12 dalam Lampiran Tambahan).
SNP pada lokus ADCY5 telah dikaitkan dengan berat badan lahir 32 dan sifat-sifat
33
glukosa darah. SNP Baru-baru ini, sebuah analisis telah mengungkapkan di ADCY5,
Wnt4, dan EBF1 lokus yang terkait dengan berat lahir 34 SNP di ADCY5 dan Wnt4 lokus,
tampak mempengaruhi berat lahir melalui genom janin. Tak satu pun dari SNP ini berada
di dekat disequilibrium dengan SNP menunjukkan hubungan yang signifikan dengan
durasi kehamilan, sedangkan SNP pada lokus EBF1 (rs7729301) tampaknya
mempengaruhi berat lahir melalui efek ibu, dan alel (G) yang dikaitkan dengan berat lahir
rendah dikaitkan dengan durasi gestasi yang lebih pendek (Tabel S8 dan S10 pada
Lampiran Tambahan).
MATERNAL ATAU FETAL GENETIK

Kami kemudian menguji hubungan antara SNPs dengan durasi gestasi dan
kelahiran pra-kelahiran pada sampel bayi (Tabel S13 dan S14 di Lampiran Tambahan).
Kami mengamati asosiasi yang sama dengan sampel ibu, dan dengan arah yang sama,
namun dengan ukuran efek yang lebih kecil (Tabel S15 di Lampiran Supplemen). Efek
ukuran yang diperkirakan dari sampel bayi tersebut sangat terkait dengan efek ukuran yang
diperkirakan dari sampel ibu (r 2 = 0,95) dan approxi--kira setengah ukuran efek tersebut,
sebuah temuan yang mendukung teori bahwa Efek yang diamati pada bayi disebabkan oleh
berbagi satu alel ibu dengan keturunan (Gambar S4 di Suplementary Appen-dix). Selain
itu, analisis asosiasi bersama di ibu pasang -infant menunjukkan hubungan yang signifikan
secara eksklusif dengan genotipe ibu tetapi tidak dengan genotipe janin, yang juga
menunjukkan asal ibu asosiasi genetik yang diamati (Tabel S16 dalam Lampiran
Tambahan). Estimasi varians fenotipik yang dijelaskan oleh semua SNP umum pada ibu
(frekuensi alel minor,> 0,01) kira-kira 17% untuk durasi gesta dan 23% untuk kelahiran
prematur, yang ditransformasikan menjadi heritabilitas tanggung jawab penyakit yang
mendasarinya ( Tabel S18 dalam Lampiran Tambahan). Temuan untuk mendeteksi hetero-
geneity allelic, efek dominasi, persentase vari-ance dijelaskan, dan analisis set dan
pengkayaan gen ditetapkan di bagian dengan menggaris bawahi analisis statistik dan
bioinformatika lainnya dalam Lampiran Supplementary.

FUNGSIONAL bukti yang melibatkan Wnt4

35
Lokus Wnt4 berimplikasi endometrium sebagai penentu kelahiran prematur.
Fungsi Wnt4 sangat penting untuk desidualisasi dari endometrium dan implantasi kehamila
berikutnya. 36 Menggunakan RNA sequencing, kami mengkonfirmasi induksi besar Wnt4
mantan pression dengan desidualisasi, karena kami mendeteksi ada transkrip per juta
sebelum desidualisasi in vitro dan 29,5 transkrip per juta setelah desidualisasi.
Kami menggunakan katalog disimpulkan urutan mengikat preferensi.37 untuk
memprediksi transkripsi faktor-faktor, pengikatan yang akan diubah oleh varian terlibat
pada lokus Wnt4. Kami memprediksi bahwa timidin (T) alel dari rs3820282 (r 2 = 0,94
dengan rs56318008 indeks SNP) dalam intron pertama Wnt4 akan mengubah pengikatan
reseptor estrogen (ESR1). Alel ini menciptakan setengah situs yang hampir sempurna
untuk ESR1 (Gambar 2A). Nilai pengayaan yang diturunkan dari microarray pengikat
protein, yang mengevaluasi kekuatan ikatan alel-spesifik, adalah 0,46 (menunjukkan ikatan
kuat) untuk alel ini, sedangkan alel alternatif, residu sitosin (C), adalah 0,09 (menunjukkan
tidak mengikat). Temuan ini adalah konsisten dengan pengamatan bahwa ESR1 mampu
38
mengikat lokus ini dalam konteks seluler. Kami mengkonfirmasikan adanya tanda
H3K4me3 dan domain terbuka kromatin tumpang tindih rs3820282 dalam line-sel stroma
endometrium diawetkan, yang menunjukkan bahwa kromatin lebih lokus ini mungkin
diakses dan aktif dalam sel-sel ini (Gbr. 2A). (H3K4me3 adalah modifikasi histon yang
ditemukan di daerah promoter aktif, dan sebuah domain kromatin terbuka menunjukkan
bahwa wilayah dapat diakses oleh faktor transkripsi.) Dengan menggunakan uji pergeseran
mobilitas elektroforesis, kita menghilangkan pengikatan ESR1 yang ditingkatkan ke T alel
rs3820282 (Gambar 2B). Secara kolektif, data ini menunjukkan bahwa hubungan antara
durasi kehamilan dan lokus Wnt4 didorong oleh modulasi pengikatan ESR1 melalui
rs3820282.
Panel A menunjukkan bagaimana alel rs3820282 T menciptakan tempat pengikat yang
kuat untuk reseptor estrogen 1 (ESR1). Logo urutan motif pengikat ESR1 menunjukkan
preferensi pengikatan DNA ESR1. Nukleotida tinggi di atas garis putus-putus
menunjukkan basis DNA yang disukai oleh ESR1, sedangkan basa di bawah garis putus-
putus tidak disukai. Sumbu y menunjukkan energi bebas relatif dari ikatan untuk masing-
masing nukleo-pasang pada setiap posisi. Ketinggian masing-masing nukleotida dapat
diartikan sebagai perbedaan energi bebas dari rata-rata (ΔΔG) dalam satuan konstanta gas
(R) dan suhu (T). Urutan terletak di promotor Wnt4 ditunjukkan langsung di bawah sumbu
x, dengan alel T untuk rs3820282 di bagian bawah. Alel T mengubah urutan dari C (paling
tidak disukai) menjadi T (paling disukai). Dalam screen shot Juru Bicara UCSC Genom
yang digambarkan di bawah grafik, varian rs3820282 tumpang tindih sinyal kuat yang
diperoleh dari pengujian untuk kromatin yang dapat diakses oleh transposase dengan
sequencing throughput tinggi (ATAC seq, teknik yang digunakan dalam biologi
molekuler untuk mempelajari akses kromatin) dan sinyal H3K4me3 (tanda kimia hadir
pada histone H3 yang merupakan indikasi dari promotor aktif) dalam sel-sel stroma
desidua pada lokus Wnt4. Garis vertikal merah menunjukkan posisi rs3820282. Grafik
ungu di bawah tangkapan layar menunjukkan lokasi ekson WNT4 (kolom), daerah yang
tidak diterjemahkan (empat persegi panjang), dan intron (garis horisontal), dengan tanda
panah menunjukkan adanya di-rection transkripsi. Panel B menunjukkan validasi
eksperimental alel-dependent pengikatan ESR1 untuk rs3820282 pada elektroforesis
mobilitas pergeseran assay (EMSA), dengan panah yang menunjukkan alel-dependent
pengikatan ESR1 (bawah panah) dan “supershift” pro-Tein-DNA Kompleks yang
disebabkan oleh pengikatan antibodi ESR1 ke kompleks (panah atas).
Kami mengidentifikasi dan mereplikasi enam lokus genomik maternal yang
dikaitkan dengan gestasional dengan baik durasi dan gen yang terkandung di mana fungsi
mapan konsisten dengan peran dalam waktu kelahiran. Tiga dari lokus ini juga dikaitkan
dengan kelahiran prematur dengan signifikansi genom. EBF1, yang mengkode faktor-sel
B 1, adalah penting bagi pembangunan-sel B normal,39 dan studi asosiasi genomewide
telah terlibat dalam kontrol tekanan darah,40,41 karotis-arteri ketebalan intima -Media,42
hipospadia,26 dan risiko metabolik.43 Masih harus ditentukan apakah EBF1
menganugerahkan efeknya pada waktu lahir melalui mekanisme kehamilan spesifik atau
dengan berkontribusi pada karakteristik kardiovaskular atau metabolik yang lebih umum
yang mempengaruhi usia kehamilan. Sebagai tambahan, hubungan antara lokus dan durasi
gesta ini dapat menjelaskan efek lokus ini pada berat lahir, seperti yang dilaporkan oleh
Horikoshi et al. 34

EEFSEC, yang mengkode faktor elongasi eukariotik tertentu selenocysteine tRNA-

, berpartisipasi dalam penggabungan selenocysteine ke sele-noproteins. Selenoprotein
melayani fungsi homeostatik seluler kritis dalam mempertahankan pertahanan antioksidan
dan antioksidan, serta memberi respons inflamasi.44 Fungsi-fungsi fisiologis telah
45-47
dikaitkan dengan proses kelahiran dan kelahiran prematur. Selain itu, SNP kami
mengidentifikasi di EEFSEC berada di linkage tinggi disequi-Librium dengan SNP yang
25 26
telah dikaitkan dengan risiko kanker prostat, risiko hypospa-dias, dan usia saat
27
menarche. The identifi-kation dari jalur selenocysteine menunjukkan potensi manfaat
untuk evaluasi lebih lanjut dari peran status selenium mikronutrien ibu risiko prematuritas,
seperti yang disarankan oleh satu studi yang menunjukkan hubungan antara konsentrasi
48
selenium berkurang dan kelahiran prematur. Dalam iklan-disi, Malawi, negara dengan
49
risiko global tertinggi kelahiran prematur, memiliki preva-lence tinggi defisiensi
selenium. 50
Ia telah mengemukakan bahwa AGTR2, yang en-kode angiotensin II reseptor tipe
2, memainkan peran dalam modulasi sirkulasi uteroplasenta dan pelabuhan varian yang
mungkin berkontribusi terhadap risiko preeklampsia. 51,52 Hal ini tidak mungkin bahwa
asso-ciation yang diidentifikasi dengan AGTR2 menunjukkan risiko preeklamsia daripada
kelahiran prematur spontan, karena wanita dengan preeklamsia sebagai alasan untuk
pengiriman mereka dikeluarkan dari studi Nordic dan perempuan mantan - disertakan dari
data penemuan 23andMe yang ditetapkan jika indikasi medis untuk pengiriman dilaporkan.
Wnt4 , yang mengkode jenis MMTV situs integrasi anggota keluarga 4, itu
direplikasi di populasi Nordic. Wnt4 mutasi telah ditemukan pada wanita dengan kelainan
mullerian duct, amenore primer, dan hiperandrogenisme, 53 dan varian umum di Wnt4 ,
yang dalam disequilibrium tinggi dengan SNP indeks kami, berkaitan dengan
29 30 31
endometriosis, kanker ovarium, dan kepadatan mineral tulang. Analisis kami
menunjukkan bahwa T alel dari rs3820282 varian penyebab diduga di populasi Nordic
dikaitkan dengan durasi kehamilan dan pelindung untuk kelahiran prematur. Varian
rs3820282 terletak di domain kromatin aktif dalam intron pertama Wnt4 , dan T alel
menghasilkan sebuah situs ESR1 mengikat kuat dan karena itu mungkin mengubah
regulasi berbasis estrogen dari Wnt4 atau gen yang berdekatan. Peran ditambah sinyal
estrogen sebagai konsekuensi fungsional dari polymor-phism ini lebih didukung oleh
asosiasi daerah yang sama dengan endometriosis dan kanker ovarium, yang keduanya
adalah gangguan hormon-responsif. Akhirnya, prevalensi penduduk endometriosis antara
perempuan dari Asia, Eropa, atau keturunan Afrika sesuai dengan frequen-badan-T alel
dari rs3820282 (0,49, 0,14, dan 0,01, masing-masing). 54,55
ADCY5 , yang mengkode adenilat siklase tipe 5, dan RAP2C , yang mengkode
anggota dari keluarga onkogen RAS, memiliki asosiasi signifikansi hampir ge-nomewide
dalam tahap penemuan dan berhasil direplikasi (Tabel 1). SNP di ADCY5 lokus telah
dilaporkan associ-diciptakan dengan berat lahir 32 dan tipe 2 diabetes 33 ; Namun, tidak ada
yang di disequilibrium dengan SNP menunjukkan hubungan yang signifikan dengan durasi
kehamilan. SNP rs2747022 di RAP2C wilayah (gen FRMD7 ) itu sebelumnya dilaporkan
terkait dengan persalinan prematur spontan dalam studi Denmark dan Norwegia. 56
(Sampel yang digunakan dalam penelitian ini tumpang tindih dengan sampel replikasi
kami.)
Penelitian kami memiliki keterbatasan mengenai karakteristik penemuan,
kumpulan data, di mana data mengenai durasi kehamilan dalam sampel 23andMe yang
dilaporkan sendiri. Satu studi telah menunjukkan bahwa sekitar 90% dari durasi kehamilan
57
yang dilaporkan oleh ibu setuju dengan catatan medis terkait. Selain itu, semua peserta
dalam penelitian kami adalah dari keturunan Eropa, baik dalam penemuan dan replikasi
data set. Dengan demikian, apakah lokus yang sama terlibat dalam waktu kelahiran di
kalangan perempuan dari para leluhur lainnya tidak pasti.
Studi kami menunjukkan utilitas menggabungkan sampel besar yang memiliki
fenotip yang dilaporkan sendiri dengan tetapi justru studi replikasi berukuran lebih
sederhana fenotif untuk mengungkapkan lokus ibu terkait dengan durasi kehamilan dan
kelahiran prematur. Dengan dasar ini, kami mengantisipasi bahwa penelitian yang lebih
besar dari sampel dengan genotip ibu dan fetal terkait dengan data mengenai durasi
kehamilan akan lebih menyempurnakan kehamilan manusia dan risiko hasil kehamilan
yang merugikan
3. Telaah Kritis

Jurnal yang diakses dari The NEW ENGLAND JOURNAL of MEDICINE ini
merupakan bagian dari kedokteran berbasis bukti (evidence-based medicine) diartikan
sebagai suatu proses evaluasi secara cermat dan sistematis suatu artikel penelitian
untuk menentukan reabilitas, validitas, dan kegunaannya dalam praktik klinis.
Komponen utama yang dinilai dalam critical appraisal adalah validity, importancy,
applicability. Tingkat kepercayaan hasil suatu penelitian sangat bergantung dari desain
penelitian dimana uji klinis menempati urutan tertinggi. Telaah kritis meliputi semua
komponen dari suatu penelitian dimulai dari komponen pendahuluan, metodologi,
hasil, dan diskusi. Masing-masing komponen memiliki kepentingan yang sama
besarnya dalam menentukan apakah hasil penelitian tersebut layak atau tidak
digunakan sebagai referensi.

Penilaian PICO VIA (Population, Intervention, Comparison, Outcome, Validity,

Importancy, Applicability)
I. Population
Populasi dalam data penelitian adalah peserta dalam program penelitian
23danMe, perusahaan genomik dan bioteknologi pribadi. Semua wanita
memberikan persetujuan tertulis dan menjawab survei secara online sesuai dengan
protokol subjek manusia yang disetujui oleh Layanan Review Etis dan Independen
(www .eandireview .com). Wanita keturunan Eropa yang tidak terkait yang
melaporkan sendiri persalinan gestasional kelahiran pertama mereka yang hidup
secara langsung dimasukkan dalam analisis. Wanita dengan indikasi medis untuk
kelahiran prematur mereka diekslusikan dalam penelitian ini; Mereka yang tidak
menentukan indikasi medis disertakan untuk mengoptimalkan ukuran sampel.
Status kelahiran prematur ditentukan berdasarkan durasi kehamilan (preterm, <37
minggu; term, ≥37 minggu). Penelitian ini melakukan studi hubungan genomewide
dalam serangkaian sampel penemuan yang diperoleh dari 43.568 wanita keturunan
Eropa yang menggunakan durasi gestasi dan kelahiran prematur (<37 minggu).
Penelitian menggunakan sampel dari tiga set data Nordic (melibatkan total 8.643
perempuan) untuk menguji replikasi dari lokus genomik yang memiliki hubungan
genomewide signifikan (P <5.0 × 10 -8) atau hubungan dengan signifikansi sugestif
(P <1,0 × 10 - 6)

II. Intervention
Penelitian ini tidak dilakukan intervensi pada subjek penelitian ini

III. Comparison
Penelitian ini tidak dilakukan analisis perbandingan

IV. Outcome
Hasil penelitian ini dan replikasi data, empat lokus (EBF1, EEFSEC,
AGTR2, dan Wnt4) secara signifikan terkait dengan durasi kehamilan.
Analisis fungsional menunjukkan bahwa varian terlibat Wnt4 mengubah
mengikat reseptor estrogen. Hubungan antara varian di ADCY5 dan RAP2C
dan durasi kehamilan memiliki arti penting sugestif dalam penelitian ini dan
bukti yang signifikan dari hubungan replikasi; varian ini juga menunjukkan
signifikansi genomewide dalam analisis bersama. Varian umum di EBF1,
EEFSEC, dan AGTR2 menunjukkan hubungan dengan kelahiran prematur
dengan signifikansi genomewide. Sebuah analisis dari ibu dan infant
menyatakan bahwa varian ini dipengaruhi pada tingkat genom ibu

V. Validity
a. Apakah fokus penelitian ini sesuai dengan tujuan penelitian?
Ya sesuai karena metode penelitian ini dapat menjawab tujuan penelitian
ini yaitu hubungan genetik dengan durasi gestasional dan kelahiran prematur
spontan dengan menguji replikasi dari lokus genomik yang memiliki
hubungan genomewide signifikan.
 .

b. Apakah subjek penelitian diambil dengan cara yang tepat?

Ya. Subjek penelitian pada penelitian ini menggunakan data dari 43.568
wanita keturunan Eropa yang menggunakan durasi gestasi dan kelahiran
prematur (<37 minggu). Penelitian menggunakan sampel dari data Nordic
(melibatkan total 8.643 perempuan) untuk menguji replikasi dari lokus
genomik yang memiliki hubungan genomewide

c. Apakah data yang dikumpulkan sesuai dengan tujuan penelitian?

Ya. Data yang dikumpulkan sudah sesuai dengan tujuan penelitian.
Data yang diambil adalah durasi gestasi dan kelahiran prematur (<37
minggu).

d. Apakah penelitian ini mempunyai jumlah subjek yang cukup untuk

meminimalisir kebetulan?
YA. Penelitian ini menggambarkan jumlah sampel yang cukup
untuk dapat merepresentasikan populasi.

e. Apakah analisa data dilakukan cukup baik?

Ya. Analisis sudah dilakukan dengan cukup baik dengan
menggunakan analisis yang sesuai.

VI. Importance
Apakah penelitian ini penting?
Ya. Penelitian ini diperlukan untuk mengetahui pengaruh hubungan genetik
dengan durasi gestasional dan kelahiran prematur spontan. Dalam studi asosiasi
genomewide ini, peneliti menemukan bahwa varian di EBF1 itu, EEFSEC,
AGTR2, Wnt4, ADCY5, dan lokus RAP2C dikaitkan dengan durasi kehamilan
dan varian di lokus EBF1, EEFSEC, dan AGTR2 dengan kelahiran prematur.
Peran sebelumnya dari gen ini dalam perkembangan rahim, nutrisi ibu, dan
kontrol vascular.

VII. Applicable
Apakah penelitian ini dapat diaplikasikan?
Tidak. Dikarenakan keterbatasan data dan fasilitas untuk melakukan
pemeriksaan genetik dan kemungkinan terdapat perbedaan susunan genetik
pada ras Asia dan Eropa.