BIOSINTESIS PROTEIN

1. Transkripsi
Transkripsi adalah proses menyalin data yang terdapat pada rantai sense (3′–>5″)
DNA. Proses ini terjadi di dalam inti sel dimulai dengan pembukaan rantai DNA oleh
enzim helikase. Setelah itu penempelan enzim polimerase pada daerah promotor sekuen
gen menyebabkan enzim polimerase mulai aktif menyalin kode genetik pada rantai sense
DNA hingga bagian triplet basa nitrogen yang mengandung informasi untuk
mengehentikan proses menyalin.
Transkripsi terdiri atas tiga tahap yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi:
1. Inisiasi (Permulaan)
Inisiasi dimulai dari promoter yaitu daerah DNA yang merupakan tempat melekatnya
RNA polimerase. Promoter mencakup titik awal (start point) transkripsi yaitu adanya
nukleotida yang menunjukkan dimulainya sintesis protein (kodon start). Promoter
berfungsi untuk menentukan tempat dimulainya transkripsi dan menentukan satu
rantai DNA yang akan digunakan sebagai cetakan.
2. Elongasi (Pemanjangan)
Elongasi terjadi saat RNA bergerak di sepanjang DNA ,pilinan ganda Dnterbuka
secara berurutan. Enzim RNA polimerase menambahkan nukleotida dari molekul
RNA yang seddang tumbuh disepanjang rantai DNA, Setelah sintesis RNA selesai,
rantai DNA terbentuk kembali dan molekul RNA bru terlepas dari cetakkannya
3. Terminasi (Pengakhiran)
Proses transkripsi akan berhenti setelah sampai pada terminator. Terminator adalah
urutan DNA yang berfungsi menghentikan transkripsi atau biasa disebut kodom
terminasi.
Hasil dari proses transkripsi adalah mRNA dengan kode pasangan yang terdapat pada
rantai sense DNA. Rantai RNA yang mengandung kode ini disebut pula dengan kodon.
Jadi mRNA adalah kodon. Setelah proses transkripsi selesai maka m-RNA akan segera
bergerak meningggalkan inti sel menuju sitoplasma untuk melakukan proses selanjutnya
(translasi).

Transkripsi pada Prokariotik

• Transkripsi dalam sel prokariotik memiliki empat tahap, yaitu pengikatan, inisiasi,
elongasi dan terminasi.
• Dalam sel prokariotik, hanya ada satu jenis RNA polimerase yang mensintesis semua
kelas RNA. RNA polimerase ditemukan pada Escherichia coli (E-coli) terdiri dari dua
subunit α dan dua subunit β dan faktor sigma.
• Ketika faktor sigma ini mengikat ke urutan promotor DNA mengakibatkan
pembukaan untak DNA heliks ganda sehingga inisiasi berlangsung

Transkripsi pada Eukariotik

• Transkripsi dalam sel eukariot juga memiliki empat tahap yang sama seperti pada
prokariota yaitu pengikatan, inisiasi, elongasi dan terminasi.
 • Dalam sel eukariotik, ada tiga jenis RNA polimerase untuk mengkatalisis sintesis
untai RNA dari template DNA. RNA ini dilambangkan sebagai I, II, III, dan berbeda
dari lokasi dan jenis RNA yang mensintesis mereka.
• Pada sel-sel eukariotik, transkrip mRNA primer di proses sebelum dilepaskan dari
nukleus sebagai molekul-molekul mRNA matang.
• Pada awalnya kebanyakan transkrip primer eukariotik (pre-mRNA) adalah mosaik
dari daerah daerah pengkode (ekson) dan daerah-daerah bukan pengkode (intron).
• Sebelum mRNA meninggalkan nukleus untuk menjadi mRNA sitoplasmik yang
matang, daerah-daerah bukan pengkode harus disingkirkan secara tepat, dan ekson-
ekson harus disambungkan.
• Sebagai tambahan, sebuah nukleotida guain yang tidak bisa disambungkan ( disebut
cap atau topi/tudung) dilekatkan ke ujung 5’, sedangkan serangkaian nukleotida
adenin ( disebut ekor poli-A) nukleotida guanine dilekatkan keujung 3’ mRNA.

2. Pre-Translasi
Saat proses transkripsi selesai, mRNA yang terbentuk dari proses transkripsi berbeda
antara sel prokariotik dan sel eukariotik. Pada sel prokariotik, mRNA yang terbentuk
tidak melalui tahap modifikasi lanjut sebelum ditranslasi. Proses transkripsi dan translasi
juga dapat berlangsung secara bersamaan karena tidak ada modifikas dari mRNA
tersebut. Pada sel eukariotik hasil transkripsi dari mRNA dinamakan pre-mRNA, dimana
pre-mRNA akan dimodifikasi lebih lanjut sebelum memasuki proses translasi pada
ribosom. Dalam banyak kasus, beberapa interior dari mRNA dipotong, dan bagian yang
tersisa dipisahkan bersama. Modifikasi inilah yang memproduksi molekul mRNA yang
siap untuk proses translasi.
Perubahan Masing-Masing Ujung mRNA
Setiap masing-masing ujung dari pre-mRNA dimodifikasi sebelum meninggalkan
nukleus. Ujung 5‟ mendapatkan penambahan “topi” setelah transkripsi dari nukleotide
ke 20 hingga 40, yaitu bentuk modifikasi dari nukleotida guanin (G). Pada ujung 3‟dari
molekul premRNA juga dimodifikasi, ebuah enzim menambahkan 50 hingga 250
nukeleotida adenin (A) yang akan membentuk poly-a tail. Modifikasi “topi” maupun
poly-A tail ini memiliki beberapa fungsi, yaitu (1) untuk memfasilitasi keluarnya mRNA
dari nukleus, (2) menjaga molekul mRNA dari degradasi oleh enzim hidrolitik, (3)
modifikasi ini membantu ujung 5‟ untuk menempel pada ribosom saam mRNA sampai
ke sitoplasma.

Gambar 3. RNA processing: penambahan topi 5’ dan polyA-tail

(sumber: http://www.nature.com)
Pemisahan Gen dan RNA Splicing
Salah satu tahap dari proses RNA dalam sel eukariotik adalah penghilangan jumlah
porsi yang besar dari molekul RNA yang telah disintesis, seperti “cut-paste” yang
disebut dengan RNA splicing.

Gambar 4. RNA processing

(sumber: http://www.nature.com)
Urutan nukelotida DNA yang dikode untuk polipeptida eukariotik biasanya tidak
kontinyu, melainkan terbagi menjadi beberapa segmen. Segmen noncoding dari asam
nukleat yang terletak diantara segmen coding dinamakan entervening sequences, atau
introns. Bagian yang lain dinamakan exons. Exons inilah yang biasanya akan ditranslasi
kedalam urutan asam amino, kecuali pada bagian UTR. Exon adalah urutan RNA yang
akan dibawa meninggalkan nukleus.
Saat pembuatan transkripsi primer, enzim RNA Polimerasi II mentranskripsi baik
bagian exon maupun intron dari DNA, namun RNA yang memasuki sitoplasma adalah
RNA yang telah dimodifikasi. Bagian introns dipotong, dan bagian exons bergabung
yang membentuk rutan koding molekul RNA yang kontinyu. Proses ini dinamakan
dengan RNA splicing.
Proses RNA splicing terjadi saat ada sinyal untuk melakukan proses tersebut, adalah
sebuah nukleotida pendek pada ujung masing-masing intron. Partikel kecil tersebut
dinamakan small nuclear ribonucleoproteins, yang disingkat dengan snRNPs (dibaca
snurps), yang mengenali daerah splicing. Beberapa dari molekul snRNPs yang berbeda
bergabung dengan protein tambahan untuk membentuk pemasangan yang lebih besar
yang disebut dengan spliceosome. Spliceosome berinteraksi dengan beberapa daerah
tertentu sepanjang intron, yang akan mengakibatkan lepasnya intron yang kemudian akan
terdegradasi, dan kemudian menyambung exon yang sebelumnya diapit oleh intron.
 Gambar 5. snRNPs dan spliceosomes dalam splicing pre-mRNA
(sumber: http://www.nature.com)

3. Translasi
Translasi adalah proses proses penerjemahan kodon menjadi asam amino dan
menyambungkan setiap asam amino yang sesuai kodon dengan ikatan peptida menjadi
protein. Organel yang aktif melakukan proses penerjemahan kodon adalah ribosom.
Setelah ribosom melekat pada triplet kodon maka t-RNA yang berada di sitoplasma akan
membawakan asam amino yang sesuai pada kodon.
Proses translasi dibagi-bagi menjadi tiga langkah yaitu inisiasi, elongasi, dan
terminasi.
1. Inisiasi

Gambar 6. Proses Inisiasi pada Translasi

Molekul mRNA yang dimodifikasi akan masuk ke proses translasi. Molekul mRNA
mengikat ribosom pada situs tertentu. Ribosom terdiri dua unit, satu subunit kecil dan
satu subunit besar. Ribosom juga memiliki situs khusus untuk pengikatan mRNA dan
dua lokasi untuk mengikat molekul tRNA. Molekul Inisiator tRNA yang mengenali
urutan kodon spesifik pada molekul mRNA dan mengikat urutan yang sama dari mRNA.
Sebuah subunit besar ribosom mengikat kompleks yang baru dibentuk ini. Molekul
inisiator tRNA mengikat dan berada pada lokasi P ribosom meninggalkan yang lain situs
A terikat atau terbuka. Saat molekul tRNA mengenali kodon berikutnya pada molekul
mRNA, menempel ke situs A pada ribosom. Ada pembentukan ikatan peptida yang
menghubungkan asam amino dari tRNA di situs P dengan asam amino dari tRNA terikat
di situs A.

2. Elongasi

Gambar 7. Proses Elongasi pada Translasi

Saat ribosom bergerak sepanjang urutan molekul mRNA, molekul tRNA terikat di
lokasi P tidak terikat atau dilepaskan dan tRNA terikat di situs A akan translokasi ke
situs P dari ribosom tersebut. Translokasi ini membuat situs A ribosom kosong, tetap
begitu sampai molekul tRNA lain mengenali urutan kodon mRNA yang baru dan
mengikat ke posisi terbuka. Proses ini adalah pola yang terus-menerus dengan molekul
tRNA dilepaskan dari tRNA kompleks dan molekul baru mengikat ribosom dan rantai
asam amino tumbuh.

3. Terminasi
Proses translasi pada ribosom dengan menerjemahkan mRNA sampai mencapai
kodon terminasi pada molekul mRNA. Ada pertumbuhan yang berkelanjutan dari rantai
protein selama proses ini, protein ini disebut rantai polipeptida dan dilepaskan dari
molekul tRNA dan ribosom mendapatkan kembali ke subunit besar dan kecil. Rantai
polipeptida yang baru terbentuk mengalami beberapa modifikasi sebelum menjadi
protein yang berfungsi penuh.

Perbedaan Translasi pada Sel Prokariotik dan Sel Eukariotik

Prokariotik Eukariotik

RNA Polimerase menempel langsung Terdapat transkripsi faktor , berupa

pada DNA di promoter tanpa ada ikatan protein sebagai tempat
dengan protein tertentu. menempelnya RNA polymerase

Subunit Ribosomal : 70S(=unit Subunit Ribosomal : 80S (bervariasi

Svedberg , ukuran berdasarkan dari spesies ke spesies). Terdiri dari
perbandingan sedimentasi). Terdiri dari : bagian besar 60S dan 40S untuk
bagian besar 50S dan bagian kecil 30S. bagian kecil.
 Inisiator : IF 1, IF2, IF3, GTP Inisiator : eIF4A, eIF4E, eIF4G

Faktor Release : Faktor Release :

RF 1 (5’-UAA-3’ & 5’-AG-3’); eRF1
RF 2 (5’-UAA-3’ & 5’-UGA-3’); eRF3 (mengenali stop codon)
RF 3 (Merangsang pelepasan RF 1)

4. Post-Translasi
Proses pasca translasi protein merupakan komponen penting dalam jalur expresi
genom. Polipeptida hasil translasi tidak langsung aktif, untuk menjadi protein aktif atau
fungsional dalam sel maka protein harus diproses.
Ada 3 jenis tipe proses post-translasi diantaranya protein folding, proteolytic cleavage,
chemical modification
Pelipatan (Folding) Protein
 Untuk memperoleh bentuk aktifnya secara biologis, polipeptida harus mengalami
pelipatan menjadi konfirmasi tiga dimensi yang benar.
 Sebelum dan sesudah pelipatan, polipeptida baru dapat mengalami pengolahan
oleh kerja enzimatik untuk melepaskan asam amino penginisiasi, dan mengikat
gugus fosfat, metil, karboksil atau gugus lain pada residu asam amino tertentu.
 Molekul protein yang membantu proses folding adalah Chaperon molekuler yang
berfungsi untuk mengikat dan menstabilkan protein yang belum dilipat (unfolded
protein) sehingga tidak beragregat dengan protein lain.

Proteolytic Cleavage (Pemotongan Proteolitik)

 Pemotongan protein oleh protease ini dapat membuang segmen-segmen dari satu
atau kedua ujung polipeptida.
 Hasil pemotongan dapat berupa fragmen protein aktif yang lebih pendek atau
menjadi fragmen-fragmen protein yang seluruh atau beberapa fragmen protein aktif
 Pemotong proteolitik memiliki dua fungsi pada proses pasca translasi, diantaranya:
 Digunakan untuk membuang potongan pendek dari ujung daerah N dan atau C dari
polipeptida sehingga meninggalkan suatu molekul tunggal yang pendek yang
melipat menjadi protein yang aktif
 Digunakan untuk memotong poliprotein menjadi bagian-bagian dengan semua atau
beberapa diantaranya adalah protein yang aktif

Chemical Modification (Pemotongan Kimia)

 Glikosilasi
Terdapat 2 jenis glikosilasi yaitu N-linked glycosylation dan O-linked
glycosylation
 Phosphorylation
 Fosforilasi memainkan peran penting dalam pengaturan proses selular seperti
siklus sel seperti apoptosis ataupun transduksi sinyal Salah satu contohnnya adalah
kinase cascades dapat terjadi bergantung dengan keberadaan reaksi fosforilasi.
 N-Asetilasi
Proses asetilasi ini membantu kestabilan dari protein, menjaga ujung-N dan
mengatur regulasi dari interaksi DNA-protein pada protein histon.
 Lipidasi
Salah satu bentuk penting dari lipidasi yaitu palmitolasi dimana membentuk ikatan
thioster antara rantai panjang asam lemak dan residu cysteine, N-miristorlasi residu
glisin dimana berperan dalam pentargetan 16 membrane.
 Methylation
Enzim yang bertanggung jawab terhadap proses metilasi ini adalah
methyltransferases walaupun S-adenosyl methionine (SAM) adalah donor utama
dari proses metilasi
 Disulfide Bonding
Ikatan disulfide adalah ikatan kovalen yang terbentuk antara 2 residu cysteine (R-
S-S-R). Ikatan ini berkontribusi pada pelipatan protein hingga struktur sekunder
dari protein.

Gambar 8. Proses Post-Translasi