 O que é?

Coleção de genomas dos microrganismos que vivem em um

nicho específico e o próprio grupo de microrganismos, como
bactérias, fungos ou archaea, é chamado de microbiota

 Dr. Joshua Lederberg, usou o termo "microbioma" para

descrever um sistema ecológico de microrganismos
comensais, simbióticos e talvez patogênicos que residem no
corpo humano
 Nos últimos 15 anos, o microbioma vem ganhando cada vez
mais interesse na comunidade de pesquisa.
 Os cientistas começaram a descobrir a heterogeneidade e a
complexidade do microbioma e como esses microrganismos
que compartilham nosso espaço corporal podem afetar nossa
saúde de várias maneiras.
Projeto Genoma Projeto Microbioma
Humano Humano
1990-2003 (HMP)
2008-2016
 80 instituições de pesquisa multidisciplinar
 Em torno de153 milhões de dólares
 O grupo estudou 242 voluntários saudáveis (129 homens e 113
mulheres),
 tecidos de 15 lugares
no corpo masculino e
de 18 no corpo feminino
(vagina, boca, nariz,
pele e intestino)
 Catálogos de mais de
5 milhões de genes de
micróbios.
• Cavidade oral
 Estômago
Outros
 Intestino delgado 30%
 Intestino grosso
 Trato genito-urinário
Trato gastrointestinal
 Trato respiratório 70%
 Pele
 Olhos
Trato gastrointestinal
Pele, trato respiratório, trato genito-urinário e outros
• Colonização ocorre durante o
parto
• Microbiota vaginal ≈ microbiota
do recém nascido
• Cesariana x parto normal 
recém-nascidos tem microbiota
distinta
• Primeiro ano de vida  microbiota simples e “instável”
• Após primeiro ano  estabilização, semelhante ao adulto
• uma redução gradual do número de microrganismos
aeróbios e anaeróbios facultativos e um aumento nas
espécies anaeróbias obrigatórias
 Microbiota Estado
Idade Higiene
materna hormonal
Dieta Exercício Genética Remédios

Microbiota

Consequências

Estado nutricional Doenças locais

Comportamento Doenças sistêmicas
Susceptibilidade a doenças
1. Desenvolvimento do sistema imune

2. Regulação energética
• Degradação de carboidratos complexos
• Ativação da assimilação de nutrientes
• Síntese de vitaminas

3. Proteção contra patógenos invasores

• Competição por nutrientes
• Competição por sítios de ligação
• Produção de antibióticos
• Produção de bacteriocinas
• Estudos com camundongos “germ-free”, sem
microbiota
• Animais “germ-free”:
• Número alterado de diversas células do sistema imune
• Estruturas linfóides alteradas
• Baço, linfonodos e Placas de Peyer mal desenvolvidos
• Número de células B produtoras de IgA reduzido
• Níveis de IgA e IgG secretadas reduzido
• Perfil de citocinas alterado
• Desenvolvimento de tolerância oral reduzido

• Efeito da microbiota é drástico mas não

surpreende  maior fonte de antígenos para o
sistema imune
• Observação de que animais “germ-free” precisam
consumir mais calorias

• Microbiota  metabolismo de fibras da dieta 

transformação em ácidos graxos  fontes de
energia

• Modulação da expressão de lipases importantes

para o metabolismo de lipídios

• Modulação da absorção de ácidos graxos em

adipócitos
• Observações sobre o efeito de antibióticos na susceptibilidade a
infecções
• Colite pseudomembranosa:
• Causada por Clostridium difficile
• Tratamento com antibióticos de amplo espectro, clindamicina,
cefalosporinas
• Modelos animais:
• Camundongos tratados com antibióticos
• Aumento da susceptibilidade a infecções entéricas
 COMMENSALS

HOST
PATHOGENS

Immune responses
Disease
 O sequenciamento de microbioma possibilita que a medicina
avance em precisão, personalização e prevenção.
 Um sequenciamento de microbioma traz a identificação
inequívoca de centenas ou milhares de microrganismos de
uma só vez.
 Conhecendo o papel destes microrganismos, os médicos
podem dar diagnósticos mais acurados, e em alguns casos até
prever como determinados indivíduos vão reagir a tratamentos
com antibióticos
 O mapeamento de microrganismos permite também identificar
se existe propensão ao desenvolvimento de determinadas
doenças, como diabetes, aterosclerose, artrite, ou câncer de
cólon
 1. Comunicação com o cérebro: Parkinson e Alzheimer
- Universidade College London: 8 mil pacientes com doença de
Parkinson e 46 mil pessoas saudáveis
 identificaram a prisão de ventre entre os sintomas prévios
dessa doença neurológica.
 Bacs poderiam destruir neurônios intestinais
- Centro de Pesquisa de Doença de Alzheimer de Wisconsin:
constataram uma diminuição de bactérias dos filos Firmicutes e
um aumento de Bacteroidetes no microbioma de pacientes com
demência
 1. Comunicação com o cérebro: Parkinson e Alzheimer
- Universidade College London: 8 mil pacientes com doença de
Parkinson e 46 mil pessoas saudáveis
 identificaram a prisão de ventre entre os sintomas prévios
dessa doença neurológica.
 Bacs poderiam destruir neurônios intestinais
- Centro de Pesquisa de Doença de Alzheimer de Wisconsin:
constataram uma diminuição de bactérias dos filos Firmicutes e
um aumento de Bacteroidetes no microbioma de pacientes com
demência
 2. Micro-organismos por trás do ganho exagerado de peso
- Evidências mais recentes apontam para uma presença maior de
bactérias do filo Firmicutes em relação às do filo Bacteroidetes em
pessoas obesas em comparação a indivíduos com peso dentro do
padrão considerado normal.
3. Efeito em alergias e problemas de pele
- Pesquisa feita na Coreia com pessoas com acne, mostrou que a
ingestão de leite fermentado enriquecido com lactoferrina foi capaz
de reduzir a produção de sebo e, consequentemente, melhorou a
inflamação na pele dos participantes
4. Diminuição no risco de câncer
- artigo publicado no European Journal of Immunolgy, especialistas do
Instituto Nacional do Câncer (EUA), defendem que já é possível
reconhecer a influência de prebióticos, probióticos e transplante fecal
na abordagem terapêutica dos diferentes tipos de câncer.
 Refere-se a todos os microorganismos que habitam o trato
gastrintestinal humano
 Um grande número de espécies microbianas diversas reside
no trato gastrintestinal, e a disbiose da microbiota intestinal -
desequilíbrios na composição e função desses micróbios
intestinais - está associada a doenças que variam de distúrbios
gastroenterológicos à distúrbios neurológicos, respiratórios,
metabólicos, hepáticos e doenças cardiovasculares
 Um catálogo integrado do metagenoma microbiano fecal
humano, baseado em dados de 1200 pessoas nos Estados
Unidos, China e Europa, identificaram um agregado de 9,9
milhões de genes microbianos através de microbiomas fecais
 Visa ao restabelecimento do
equilíbrio da flora bacteriana
 1958 – realizado em cavalos
 2013 - The New England
Journal of Medicine –infecção
por Clostridium difficile 
tratamento com transplante
de fezes  mais eficiente que
a Vancomicina
 No Brasil o procedimento é feito por colonoscopia
 Centro de Transplante de Microbiota Fecal no Hospital das Clínicas,
da UFMG, em Belo Horizonte.
 Algumas iniciativas globais estão dirigidas para o
desenvolvimento de uma abordagem integrada e sistemática
para modificar o ambiente intestinal através de intervenções
nutricionais.
 Cell Host & Microbe (2015) – comparou amostras fecais de
pacientes com doença de Chron iniciando terapia com nutrição
enteral ou anticorpos anti anti-TNFa
 Uso de antibiótico: aumentou a disboese e diminui a imflamação
- Aumentou o número de fungos
 Dieta: teve efeitos independentes e rápidos na composição da
microbiota, distinta de outras alterações induzidas pelo estressor e
efetivamente reduziu a inflamação
 As duas abordagens principais no estudo da diversidade
microbiana incluem as análises dependentes e
independentes de cultura, que são consideradas
complementares na caraterização da diversidade.
 Atualmente apenas 1% dos microrganismos é detectado por
meio de cultura em placas em condições seletivas. Assim
sendo, a análise independente de cultura é a responsável pela
caraterização do maior número de espécies não cultivadas
 Os métodos tradicionais de análise da diversidade de
bactérias envolvem a caracterização de culturas puras isoladas
em laboratório
 O isolamento em meio de cultura necessita de um meio cuja
composição satisfaça as necessidades metabólicas dos
microrganismos.
 Possibilitam a identificação, quantificação e taxonomia das
técnicas moleculares,
 Permitem inferir acerca da capacidade de sobrevivência dos
microrganismos em ambientes específicos, como a aderência
às células intestinais de acordo com o pH, ou as interações da
microflora com infeções entéricas e extra-digestivas
 As análises independentes de cultura permitem ter acesso a
uma maior diversidade da comunidade microbiana de uma
amostra
 As técnicas moleculares têm-se mostrado bastante eficientes
na identificação e caracterização de taxa presentes nas
comunidades.
 Atualmente, as técnicas de sequenciamento são amplamente
aplicadas ao estudo da diversidade microbiana.
 Análise genômica do DNA microbiano extraído diretamente das
amostras
 O prefixo grego meta significa transcendente, ou seja significa
que esta abordagem vai para além das análises genômicas
aplicadas em microrganismos cultivados
 As análises metagenômicas utilizando técnicas de
sequenciamento de primeira geração consistem no isolamento de
DNA proveniente de uma amostra, fragmentação e clonagem
desse DNA em um vetor adequado, inserção dos clones em um
hospedeiro bacteriano, e screening das células transformadas.
 Os clones podem ser avaliados quanto à presença de marcadores
filogenéticos
 Também podem ser testados quanto à expressão de fenótipos ou
características específicas, tais como atividades enzimáticas ou a
produção de antibióticos.
 PCR (Polymerase Chain Reaction)

 Em 2003 foi proposto o Código de Barras de DNA, pelo

investigador Paul Hebert da Universidade de Guelph, em
Ontário, Canadá, como forma de identificar espécies
conhecidas e descobrir novas espécies, utilizando variações
em sequências curtas (800 pares de bases) de DNA
 consiste na identificação de organismos, possibilitando o
diagnóstico de espécies com base em pequenas sequências de
DNA
 Este método é relativamente rápido, fiável e de baixo custo, e
permite identificar os organismos de forma objetiva e rigorosa,
em diferentes estágios do seu desenvolvimento, na presença
ou ausência de estruturas morfológicas distintivas mesmo
quando os organismos se encontram fragmentados
 permitirá propor novas formas de investigação e identificação
de um maior número de microrganismos de forma ainda mais
precisa, aumentando assim, a eficiência no tratamento de
certas patologias e corroborar os estudos do microbioma
animal humano.