Nama : Eka Putri Nurlailiyah

NIM : 150332608297

Latihan Soal untuk Video 1 dan 2

Video 1
1. PCR itu kepanjangan dari apa? Dan apa fungsinya?
2. Sebutkan bahan-bahan yang diperlukan pada PCR dan masing-masing apa
fungsinya?
3. Dalam PCR setiap siklus terdiri dari 3 proses, proses apa saja dan apa fungsinya
masing-masing?
4. Namun dalam pelaksanaannya, PCR ada 7 tahapan, apa saja dan apa fungsinya
masing-masing?
5. Jika 1 mikrogram DNA di PCR sebanyak 30 siklus, berapa produk DNA target
yang dihasilkan?
Jawab :
1. PCR merupakan kepanjangan dari Polymerase Chain Reaction, sebagai teknik
untuk memperbanyak / replikasi fragmen DNA spesifik. Hanya diperlukan satu
fragmen DNA untuk menghasilkan jutaan hingga milyaran salinan fragmen DNA.

2. Bahan-bahan yang diperlukan pada PCR yaitu :

 Template DNA : berisi target yang akan diamplifikasi / diperbanyak
 25mM MgCl2 : sebagai kofaktor esensial untuk taq DNA polymerase
 Taq DNA Polymerase : enzim yang membantu mengkatalisasi polimerisasi
deoksinukleotida menjadi untai DNA
 Primer 1 dan 2 : primer adalah urutan untai DNA tunggal yang dirancang
untuk menentukan lokasi fragmen DNA target. Diperlukan dua primer
untuk mengamplifikasi fragmen DNA target. Satu primer akan menempel
pada bagian awal dan primer lainnya pada bagian akhir.
 2mM dNTP mix : campuran nukleotida, sebagai blok untai DNA yang
baru
  10x PCR buffer : menciptakan lingkungan untuk aktivitas optimum taq
DNA polymerase

3. Tiga proses dari setiap siklus :

Tahap peleburan atau denaturasi : Pada tahap ini (berlangsung pada suhu
tinggi, 94–96 °C) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi
untaian tunggal. Biasanya pada tahap awal PCR, tahap ini dilakukan agak lama
(sampai 5 menit) untuk memastikan semua untai DNA terpisah. Pemisahan ini
menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat ("patokan")
bagi primer. Durasi tahap ini selama 1–2 menit.
Tahap penempelan atau annealing : Primer menempel pada bagian DNA
templat yang komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu antara
45–60 °C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat menyebabkan
tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di sembarang tempat.
Durasi tahap ini selama 1–2 menit.
Tahap pemanjangan atau elongasi : Suhu untuk proses ini tergantung dari
jenis DNA polimerase yang dipakai. Dengan Taq-polimerase, proses ini
biasanya dilakukan pada suhu 76 °C. Durasi tahap ini biasanya 1 menit.

4. Tujuh tahap PCR :

Tahap 1 : Denaturasi awal, 94°C, 5 menit
Dalam langkah ini sample dipanaskan hingga 94-96°C selama 5 menit dengan
tujuan utamanya untuk mengaktifkan taq DNA polymerase.
Tahap 2 : Denaturasi 94°C, 30 detik
Dalam langkah ini untai ganda dari fragmen DNA terbuka menjadi fragmen
untai tunggal.
Tahap 3 : Penempelan, 62°C, 30 detik
Dalam langkah ini ikatan hidrogen terbentuk antara primer dan templat DNA.
Tahap 4 : Perpanjangan, 72°C, 30 detik
Untai DNA yang baru disintesis dibelakang primer 1 dan primer 2.

Tahap 5 : Ulangi tahap 2,3, dan 4, 30 siklus

Dua fragmen dari target DNA telah disintesis setelah 3 siklus. Jumlah dari DNA
target akan bertambah secara eksponensial.

Jumlah siklus 30
Jumlah DNA target 1073741764
 Hanya dibutuhkan waktu selama 4 jam untuk menciptakan milyaran salinan dari
fragmen DNA target.
Tahap 6 : Perpanjangan akhir, 72°C, 5 menit
Langkah ini dimaksudkan untuk meyakinkan bahwa sisa untai tunggal sudah
sepenuhnya diperpanjang.
Tahap 7 : Simpan pada suhu 4°C selama waktu yang tidak terbatas
Sampel siap digunakan untuk eksperimen selanjutnya. Penyimpanan pada 4°C
untuk membatasi aktivitas taq polymerase.

5. Jika 1 mikrogram DNA di PCR sebanyak 30 siklus, produk DNA target yang
dihasilkan sebanyak 1073741764.

Video 2:
6. Dalam pelaksanaannya, seluruh bahan yang digunakan dalam PCR ditaruh dalam
wadah yang berisi es. Mengapa?
7. Untuk memastikan bahwa PCR berhasil, apa yang dilakukan setelah PCR, dan
apa buktinya bahwa PCR itu berhasil?
Jawab:
6. Seluruh bahan untuk PCR diletakkan dalam wadah berisi es yang bertujuan untuk
mencegah tiap-tiap bahan tidak bereaksi terlebih dahulu sebelum dimasukkan ke
dalam alat PCR.
7. Untuk memastikan bahwa PCR berhasil dilakukan proses elektroforesis yaitu
untuk memisahkan asam deoksiribonukleat, asam ribonukleat, dan protein dengan
muatan listrik. Pada saat elektroforesis berlangsung, protein akan bergerak dari
elektroda negatif ke elektroda positif sampai pada jarak tertentu pada gel agarose
tergantung pada berat molekulnya. Semakin rendah berat molekulnya semakin
jauh pula jarak protein bergerak dengan kata lain mobilitasnya tinggi. Sebaliknya,
semakin tinggi berat molekulnya semakin dekat jarak protein bergerak dan
mobilitasnya rendah. Lalu gel agarose diUV untuk melihat band atau pita protein
yang terbentuk. Bukti bahwa proses PCR berhasil adalah terbentuknya band atau
pita protein yang terseparasi dengan baik.