Mekanisme kerja morfin secara molekuler masih belum sepenuhnya dipahami.

Aktivasi
reseptor opioid diperkirakan mencetuskan coupling/penggabungan protein G. Hal ini akan
menyebabkan inhibisi aktivitas adenylyl cyclase, penutupan kanal ion Ca2+, pembukaan kanal
ion K+, serta aktivasi phosphokinase C (PKC) dan phospholipase C-β(PLCβ). Menutupnya
kanal ion Ca2+ akan menghambat pelepasan neurotransmiter oleh neuron presinaps.
Sedangkan pembukaan kanal ion K+ akan memicu hiperpolarisasi yang menghambat neuron
postsinaps. Mekanisme inilah yang diperkirakan menyebabkan efek morfin, termasuk efek
analgesik.[1,9,10]
Selain pada SSP, morfin juga bekerja pada sistem gastrointestinal. Efek yang ditimbulkan
berupa spasme spinkter Oddi dan penurunan gerakan peristaltik. Pada otot polos sistem
kemih dapat terjadi spasme. Morfin juga menyebabkan vasodilatasi yang memicu
hipotensi, flushing, mata merah, dan berkeringat. Pada sistem endokrin, morfin mampu
menghambat sekresi adrenocorticotropic hormone (ACTH), kortisol, dan luteinizing
hormone (LH). Sementara itu, produksi hormon lainnya justru meningkat, misalnya
prolaktin, growth hormone (GH), insulin, dan glukagon.[2,3]