Kelas C
Nama Kelompok 1 :
1. Kadek Lia Pramita 1809511093
2. Windy Kartika Sari 1809511094
UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR
2019
Kata Pengantar
Puji syukur kami panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena dengan rahmat dan
hidayah-Nya kami dapat menyelesaikan makalah yang berjudul “Proses Metabolisme Asam
Nukleat Kaitannya Berhubungan dengan Sintesa Protein” Meskipun banyak rintangan dan
hambatan yang kami alami dalam proses pengerjaannya, tapi kami berhasil menyelesaikannya
dengan baik.
Penulis
ii
DAFTAR ISI
iii
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Metabolisme merupakan suatu proses reaksi kimia yang terjadi di dalam tubuh makhluk
hidup dan terjadi juga pada tingkat seluler. Metabolisme terbagi menjadi 2 proses yaitu
anabolisme (pembentukan) dan katabolisme (penguraian). Anabolisme adalah merupakan
reaksi yang membentuk senyawa organik dari molekul-molekul tertentu.Sedangkan
katabolisme adalah reaksi yang menguraikan senyawa organik. Proses metabolisme ini tidak
hanya terjadi pada pembentuk informasi genetik (asam nukleat), tetapi juga terjadi pada
protein.
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit monomernya
mononukleotida.Asam nukleat itu sendiri terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan
yang sangat penting dalam biosintesis protein.Metabolime asam nukleat meliputi formasi
polimerisasi dari nukleotida menjadi struktur makromolekul yaitu DNA (deoksiribonukleat)
& RNA (ribonukleat).
Sintesis protein (disebut juga biosintesis protein) adalah proses pembentukan
partikel protein dalam molekuler yang didalamnya melibatkan sistesis RNA yang
dipengaruhi oleh DNA.Dalam proses sintesis protein, molekul DNA adalah sumber
pengkodean asam nukleat untuk menjadi asam amino yang menyusun protein tetapi tidak
terlibat secara langsung dalam prosesnya.
2
BAB II
PEMBAHASAN
Asam nukleat merupakan suatu polinukleotida, yaitu polimer linier yang tersusun dari
monomer-monomer nukleotida yang berikatan melalui ikatan fosfodiester.Fungsi utama
asam nukleat adalah sebagai tempat penyimpanan dan pemindahan informasi genetik.
Informasi ini diteruskan dari sel induk ke sel anak melalui proses replikasi. Sel memiliki dua
jenis asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid/DNA) dan asam
ribonukleat (ribonucleic acid/RNA).(Marks Dawn, et al., 2000).
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unitmonomernya
mononukleotida.Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup danbertugas untuk menyimpan
dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkaninformasi ini secara tepat untuk
mensintesis protein yang khas bagi masing-masingsel. Asam nukleat, jika unit-unit
pembangunnya deoksiribonukleotida , disebut asamdeoksiribonukleotida (DNA) dan jika
terdiri- dari unit-unit ribonukleaotida disebutasam ribonukleaotida (RNA).
RNA (Ribonukleaotida)
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul yang
berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik. RNA sebagai penyimpan
informasi genetik misalnya pada materi genetik virus, terutama golongan retrovirus. RNA
sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada proses translasi untuk sintesis protein.
RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim ( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-
nya sendiri atau molekul RNA lain.RNA merupakan rantai tunggal polinukleotida.
Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul yang
dinamakan nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan prekursor dasar untuk sintesis
DNA.Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat membentuk suatu nukleotida atau
ribonukleotida.RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA
merupakan polimer yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA.
3
DNA (deoxyribonucleic acid)
4
Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai
lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini
dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh
ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen
rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat
satu sama lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai
diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.
Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarak antara
kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. Dengan perkataan lain,
kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu dibaca dari arah 5’ ke 3’, maka
rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. Jadi, kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan
arah (antiparalel).
2. Jalur Salvage:
Sintesis nukleotida dengan daur ulang dari basa bebas atau nukleosida yg dilepaskan dari
pemecahan asam nukleat. Disini PRPP akan diubah menjadi purin-ribonukleotida. Contohnya
Adenin + PRPP jadi adenilat + Ppi.
5
2.3 Protein
Protein (akar kataprotos dari bahasa Yunani yang berarti “yang palingutama”) adalah senyawa
organik kompleks berbobot molekul tinggi yangmerupakan polimer dari monomer-monomer asam
amino yang dihubungkansatu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung
karbon,hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting
dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau submit enzim. Jenis protein lain berperan
dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan
sendi sitoskleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, system
kendali dalam bentuk hormone, sebagai komponen penyimpangan (dalam biji) dan juga
transportasi hara.Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino
bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).Protein juga
merupakan salah satu dari biomolekul raksasa selain polisakarida, lipid, dan polinukleotida yang
merupakan penyusun utama makhluk hidup.
6
2. Tahap Transkripsi
Tahap transkripsi adalah tahapan dimana DNA akan membentuk RNA dengan menguraikan
kode genetik yang berasal dari DNA. Pada tahap ini akan menghasilkan 3 jenis RNA, yaitu:
mRNA
tRNA
rRNA
Tahap ini dapat berlangsung di dalam sitoplasma dengan diawali proses pembukaan
rantai ganda yang dimiliki oleh DNA dengan bantuan enzim RNA polimerase.
Pata tahap ini terdapat rantai tunggal yang bertugas sebagai rantai sense, sedangkan rantai
lain yang berasal dari pasangan DNA dinamakan rantai anti sense. Tahap transkripsi sendiri
terbagi atas 3 tahap, yaitu tahap inisiasi, elongasi dan terminasi.
Pada saat proses replikasi terdapat daerah yang disebut sebagai pangkal replikasi, lalu
pada proses transkripsi juga dikenal nama promoter yang merupakan wilayah DNA yang
7
digunakan sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk melakukan transkripsi. Terdapat
proses dimana RNA kemudian akan melekat dengan promoter, kemudian promoter akan
mengikat kumpulan protein yang kemudian proses ini disebut sebagai faktor transkripsi. Dari
sini, RNA polimerase, promoter dan faktor transkripsi akan disebut sebagai kompleks inisiasi
transkripsi. Dimana selanjutnya RNA polimerase akan bertugas membuka rantai ganda yang
dimiliki oleh DNA.
Tahap Pemanjangan
Ketika RNA polimerase suah membuka rantai ganda DNA, maka RNA tersebut akan
menyusun uraian nukleotida-nukleotida RNA dengan ketentuan arah 5′ ke 3′. Pada tahap ini,
RNA akan mengalami pemanjangan diri seiring dengan proses pembentukan pasangan DNA
dengan basa nitrogen.
Pada RNA tidak memiliki yang namanya basa pirimidin timin (T), akan tetapi memiliki
urasil (U). Maka dari itu, RNA kemudian akan membentuk pasangan basa urasil dengan bantuan
adenin yang terdapat pada rantai DNA. Dalam rantai RNA terdapat 3 jenis basa, yaitu guanin,
sitosin dan adenin, dimana nantinya 3 basa ini akan berpasangan dengan basa komplemen yang
sudah ditetapkan sesuai dengan aturan pasangan basa. Pada tahap ini, adenin nantinya akan
berpasangan dengan urasil, sedangkan guanin akan berpasangan dengan sitosin.
Tahap Akhir
Setelah tahap transkripsi selesai, rantai DNA akan menyatu kembali seperti semula, lalu
RNA polimerase akan lepas dari rantai DNA. RNA yang terlepas dari DNA tersebut kemudian
akan membentuk RNA m yang baru.Di dalam sel prokariotik, RNA hasil dari transkripsi akan
berperan aktif sebagai RNA m. Akan tetapi, RNA yang dihasilkan dari transkripsi kode akan
menjadi RNA m yang akan aktif setelah melalui tahap tertentu. Dari sini dapat disimpulkan
bahwa pada rantai tunggal RNA m memiliki beberapa urutan basa nitrogen. Tiap 3 jenis urutan
dari basa nitrogen yang terdapat pada nukleotida RNA m hasil dari transkripsi akan disebut
sebagai kodon atau triplet.
8
3. Tahap Translasi
Translasi adalah proses menerjemahkan kode kodon yang berasal dari RNA m untuk
menjadi asam amino yang nantinya akan membentuk protein. Masing-masing urutan dari basa
nitrogen yang berbeda nantinya akan diterjemahkan menjadi asam amino yang berbeda pula.
Contohnya disini adalah asam amino fenilalanin yang merupakan terjemahan dari kodon UUU
(3 basa urasil), asam amino glisin (CGC), asam amino serin (UCA) dan asam amino triptofan
(UGG).
9
2.5 Hubungan Metabolisme Asam Nukleat dan Sintesa Protein
Dalam proses biosintesis protein molekul DNA berperan sebagai cetakan bagi
terbentuknya RNA, sedangkan molekul RNA kemudian mengarahkan urutan asam amino dalam
pembentukan molekul protein yang berlangsung dalam ribosom. Dengan demikian aliran
informasi genetika dalam sel sebagai berikut:
Transkripsi Translasi
Untuk memahami lebih lanjut fungsi RNA dalam sintesis protein, berikut akan dibahas tiga jenis
RNA yaitu rRNA ( ribosomal RNA), mRNA (messenger RNA) dan tRNA (transfer RNA).
rRNA bersama dengan protein merupakan komponen yang membentuk ribosom dalam
sel. Walaupun rRNA ini merupakan komponen utama ribosom, namun perananya dlam sintesis
protein yang berlangsung diribosom belum diketahui. rRNA ini merupakan RNA yang paling
banyak ( ± 80%) dibandingkan dua jenis RNA yang lain dari keselurahan RNA.
mRNA diproduksi dalam inti sel dan merupakan RNA paling sedikit junlahnya (± 5%) dari
keseluruhan RNA dalam sel. Pembentukan mRNA dalam inti sel menggunakan DNA sebagai
molekul cetakan dan susunan basa pada mRNA merupakan komplemen salah satu rantai molekul
DNA. Dengan demikian urutan basa purin dan pirimidin pada mRNA serupa dengan uruten
purin dan pirimidin salah satu rantai molekul DNA, dengan perbedaan basa timin diganti urasil.
mRNA yang terbentuk dalam inti sel kemudian keluar dari inti sel dan masuk kesitoplasma dan
terikat pada ribosom.
10
contoh AUG adalah kodon yang terbentuk dari kombinasi adenin-urasil-guanin, GCU adalah
kodon yang terbentuk dari kombinasi guanin-sitosin-urasil. Oleh karena basa pada RNA ada
empat buah yaitu A,U,C,G, maka akan terdapat 43 kombinasi atau 64 buah kodon. Mengingat
jumlah asam amino hanya 20 buah, maka tidak setiap kodon disediakan bagi satu macam asam
amino. Umumnya beberapa jenis kodon disediakan bagi satu macam asam amino. Hanya
triptopan da n metionin yang mempunyai satu jenis kodon yaitu UGG untuk triptofan dan AUG
untuk metionin.
Tabel kode genetik dapat dilihat pada tabel 3. Pada tabel tersebut terlihat bahwa satu jenis
asam amino mempunyai dua kodon atau lebih (kecuali triptofan dan metionin). Kodon yang
menunjuk asam amino yang sama disebut sinonim, misalnya CAU dan CAC adalah sinonim
untuk histidin. Perbedaan antara sinonim tersebut pada umumnya adalah basa pada kedudukan
ketiga, misalnya GUU,GUA,GUC dan GUG menunjuk asam amino sama yakni valin.
tRNA adalah asam nukleat (terdiri 73-94 nukleotida). Struktur molekulnya berbentuk daun
semanggi (gambar 10.9) yang mempunyai beberapa tonjolan berupa lengan (stem) dan bagian
yang melingkar atau lipatan (loop) yaitu lengan asam amino (1), lengan dan lipatan UH2 atau
dihidro uridin (2), lengan lipatan antikodon (3), lengan ekstra (4), lengan dan lipatan U atau
pseudouridin (5).
11
Ile Thr Asn Ser U
Ile Thr Asn Ser C
A Ile Thr Lys Arg A
Met Thr Lys Arg G
Gambar (10.9) menunjukkan molekul alanin tRNA dan beberapa nukleosida yang tidak
umum seperti : inosin (I), metilinosin(mI), dihidrouridin (UH2), ribotimidin (T), metilguanosin
(mG), dan dimetilguanosin (m2G), pseudouridin ( ). Bagian molekul yang penting dalam
biosintesis protein ialah lengan asam amino ((1) yang mempunyai fungsi mengikat molekul asam
amino tertentu dan lipatan anti kodon (3). Lengan asam amino pada ujung 3 selalu berakhir
dengan tiga molekul nukleotida yang mengandung basa sitosin-sitosin-adenin (C-C-A). Lipatan
antikodon mempunyai fungsi menemukan kodon yang menjadi pasangannya dalam mRNA yang
terdapat dalam ribosom.
12
Gambar 10.9 Struktur t- RNA
1. Aktivasi asam amino merupakan proses perubahan asam amino menjadi amino asil –tRNA
dengan bantuan ATP. Artinya proses biosintesis protein tiap molekul tRNA membawa satu
molekul asam amino masuk kedalam ribosom. Pada sel eukariot tahap aktivasi terjadi di
sitosol (cairan sitoplasma). Pembentukan ikatan asam amino dengan tRNA berlangsung dengan
bantuan enzim amino asil sintetase dan ATP melalui 2 tahap reaksi .
13
Gambar 10.10 Proses Biosintesis Protein (Translasi)
a. Tahap pertama asam amino dengan enzim dan AMP membentuk kompleks aminoasil-
AMP-enzim.
b. Kedua, terjadi reaksi antara kompleks aminoasil-AMP-enzim dengan tRNA. Pada reaksi
ini terbentuk kompleks tRNA-asam amino, sedangkan AMP dan enzim sintetase
dilepaskan kembali.
Reaksinya:
Enzim + Mg2+
14
Enzim + Mg2+
Pada kompleks amino asil tRNA , asam amino berikatan dengan nukleotida adenosin pada
ujung RNA, yaitu pada gugus –OH atom C nomor 3.
2. Di dalam ribosom terdapat sebagian dari rantai nukleotida mRNA yang telah siap menerima
tRNA yang membawa asam amino. Tiap molekul aminoasil-tRNA masuk ke dalam ribosom
secara berurutan, membentuk pasangan kodon dan anti kodon yang sesuai. Untuk memulai
biosintesis protein, tRNA yang mempunyai antikodon UAC mengikat formil-metionin dan
masuk ke dalam ribosom menempati bagian dari mRNA yang mempunyai kodon AUG.
Formil metionin ini terbentuk setelah tRNA berikatan dengan metionin, kemudian berikutnya
dengan formil FH2 dengan bantuan enzim formilase.
3. Selanjutnya tRNA kedua yang telah mengikat asam amino, misalnya tRNA-metionin, masuk
kedlam ribosom dan menempati kodon AUG berikutnya. Dengan cara ini formil metionin
yang menjadi asam amino awal membentuk ikatan peptida dengan metionin. Setelah terjadi
ikatan peptida, maka tRNA yang pertama dilepaskan dan keluar dari ribosom. Oleh karena
dalam ribosom hanya dapat ditempati oleh 2 tRNA, maka tRNA ketiga masuk setelah tRNA
yang pertama keluar dari ribosom. Misalnya tRNA yang ketiga ialah tRNA yang mempunyai
anti-kodon CAC dan berpasangan dengan kodon ketiga pada mRNA yaitu GUG. tRNA
ketiga ini mengikat valin dan dengan masuknya tRNA-valin ke dalam ribosom, maka terjadi
ikatan antara metionin –valin. Proses pembentukan ikatan peptida ini berlangsung terus
sesuai dengan kode genetika yang terdapat pada molekul mRNA. Reaksi pembentukan ikatan
peptida antara molekul asam-asam amino ini dapat berlangsung karena ikut sertanya
guanosintrifosfat (GTP) yang berubah menjadi guanosindifosfat (GDP), dengan melepaskan
satu gugus fosfat dan energi.
4. Proses biosintesis protein akan berhenti apabila pada mRNA terdapat kodon UAA, UAG atau
UGA, karena dalam sel normal tidak terdapat tRNA yang mempunyai antikodon
komplementer terhadap ketiga kodon tersebut. Ketiga kodon ini merupakan tanda berhenti
(stop) pada proses pembentikan ikatan peptida. Sebagai ganti tRNA, ada 2 jenis protein yang
dapat mengikat ketiga jenis kodon tersebut. Protein ini berlaku sebagai sebagai faktor-faktor
15
pelepas (releasing factor = RF), ikatan asam amino terakhir dengan tRNA. Kedua jenis
protein ini diberi tanda RF1 dan RF2. RF1 dapat mengadakan ikatan dengan kodon UAA dan
UAG, sedangkan RF2 dengan UAA dan UGA. Terbentuknya ikatan kedua protein tersebut
dengan mRNA dapat mengaktifkan enzim transferase peptidil, sehingga enzim ini dapat
bekerja sebagai katalis dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan terlepasnya asam amino
terakhir dari molekul tRNA.
5. Setelah tahap terminasi, dilanjutkan dengan tahap pelipatan dan pengolahan yang bertujuan
untuk memperoleh sifat aktif dari polipeptida (protein) yang terbentuk. Terbentuknya ikatan
kedua protein tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzim transferase peptidil,
sehingga enzim ini dapat bekerja sebagai katalis dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan
terlepasnya asam amino terakhir dari molekul tRNA.
16
DAFTAR PUSTAKA
Anonim. (2014). Pernah Dengar Viral Nerveus Necrosis (VNN). Melalui:
http://blogs.uajy.ac.id/myovita/2014/05/13/pernah-dengar-viral-nerveus-necrosis-vnn/
Anonim. 2014. “Hubungan DNA dan RNA”. http://www.sridianti.com/hubungan-dna-rna.html
Anonim. 2012. “DNA dan RNA”. http://duniasainsmu.blogspot.com/2012/08/dna-dan-rna.html
Chifdhiyah, Alina Nurul. (2011). Peranan Bio Informatikan dalam Bidang Perikanan. Melalui:
http://fisheriesaqua.blogspot.com/2011/11/peranan-bio-informatika-dalam-bidang.html
Diktat Kuliah Biokimia Universitas Gunadarma
Info kedokteran. 2012. Biologi molekuler : mengenal transkripsi. Melalui:
http://www.infokedokteran.com/biologi-molekuler/biologi-molekuler-mengenal-
transkripsi.html
Info kedokteran. 2012. Artikel kedokteran : proses pembentukan DNA. Melalui :
http://www.infokedokteran.com/biologi-molekuler/artikel-kedokteran-proses-
pembentukan-dna.html
17