Dasar yang paling pertama dipelajari dalam Teknik biologi molekuler yaitu mengenai isolasi asam

nukleotida, dimana isolasi tersebut dibagi lagi menjadi isolasi DNA dan isolasi RNA. Isolasi DNA
sendiri dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak,
dan karbohidrat pada DNA tersebut dengan prisnsip utamanya ada tiga yakni penghancuran (lisis),
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta dilakukan juga
pemurnian DNA. Penggunaan DNA untuk analisis atau memanipulasi mengharuskan DNA
diisolasi terlebih dahulu dan dimurnikan sampai batas tertentu. Sehingga diperoleh DNA dari sel
dengan metode pecah sel yang paling halus untuk mencegah DNA terpecah-pecah oleh
gesekan/gerakan mekanis. Jika DNA dari organel spesifik atau partikel virus diperlukan, yang
terbaik untuk mengisolasi organel atau virus sebelum mengekstraksi DNA-nya, karena pemulihan
jenis DNA tertentu dari campuran biasanya cukup sulitsehingga diperlukan tingkat kemurnian
yang tinggi, DNA mungkin akan tunduk pada ultrasentrifugasi gradien densitas melalui sesium
klorida, yang sangat berguna untuk persiapan DNA plasmid. ada beberapa hal yang perlu
diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan DNA tanpa adanya
kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua
spesies metode yang dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan fungsi molekul DNA.

1. Lisis

Tahap yang palinga pertama dalam Teknik isolasi DNA adalah proses penghancuran (lisis)
pada membran dan dinding sel. Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara
yakni salah satunya dengan menggunakan metode freezing-thawing dan atau penghancuran
dengan menggunakan bahan kimiawi seperti penggunaan detergen dengan melarutkan lipid
pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel.

2. Ekstraksi

Pada tahapan ekstraksi DNA menggunakan chelating agent seperti ethylenediamine

tetraacetic acid (EDTA) yang dapat berperan menginaktivasi enzim DNase yang dapat
mendenaturasi DNA yang sudah diisolasi, EDTA menginaktivasi enzim nuklease dengan cara
mengikat ion Mg dan Ca yang dibutuhkan sebagai kofaktor enzim DNAse.

Selanjutya adalah isolasi RNA, metode yang digunakan untuk isolasi RNA sama dengan yang
dijelaskan di atas untuk DNA; Namun, untuk molekul RNA relatif pendek dan karena kurang
mudah rusak oleh geser/gerakan, sehingga gangguan pada sel bisa lebih kuat. Namun, RNA juga
sangat rentan terhadap pencernaan oleh RNase yang bersifat endogen dalam berbagai konsentrasi
dalam tipe sel tertentu dan secara eksogen pada jari. Karena itu, sarung tangan harus dipakai dan
deterjen yang kuat harus dimasukkan dalam media isolasi untuk denaturasi segera setiap RNase.

Selain isolasi, ada juga Teknik lain dalam memisahkan DNA yaitu elektroforesis pada gel
agarosa atau poliakrilamida dimana Teknik tersebut merupakan cara paling umum untuk
memisahkan molekul DNA berdasarkan ukuran. Teknik ini dapat digunakan secara analitis atau
preparatif dan dapat bersifat kualitatif atau kuantitatif. Fragmen besar DNA seperti kromosom juga
dapat dipisahkan dengan modifikasi elektroforesis yang disebut elektroforesis gel medan
berdenyut (PFGE). Metode termudah dan paling banyak diterapkan adalah elektroforesis dalam
gel agarose horisontal, diikuti dengan pewarnaan dengan etidium bromida. Pewarna ini berikatan
dengan DNA melalui penyisipan di antara pasangan basa yang ditumpuk (interkalasi) dan
menunjukkan fluoresensi oranye / merah yang kuat ketika diterangi dengan sinar ultraviolet. Gel
agarose dapat digunakan untuk memisahkan molekul yang lebih besar dari sekitar 100 bp. Ketika
elektroforesis digunakan secara preparatif, potongan gel yang mengandung fragmen DNA yang
diinginkan secara fisik dihilangkan dengan pisau bedah. DNA dapat diambil dari fragmen gel
dengan berbagai cara. Ini mungkin termasuk menghancurkan dengan batang kaca dalam volume
kecil dari bufer, menggunakan agarase untuk mencerna agarosa sehingga meninggalkan DNA,
atau dengan proses elektroelusi. Dalam metode yang terakhir, potongan gel disegel dalam panjang
tabung dialisis yang mengandung meter dan kemudian ditempatkan di antara dua elektroda dalam
tangki yang mengandung lebih banyak tabung. Berlalunya arus listrik antara elektroda
menyebabkan DNA bermigrasi keluar dari potongan gel, tetapi tetap terperangkap dalam tabung
dialisis dan karenanya dapat dipulihkan dengan mudah.