MAKLAH KIMIA MEDISINAL I

“KIMIA KOMPUTASI”

Nama : Tifany Shalia

Npm : 2017210216
Kelas :B
Absen : 51

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS PANCASILA
JAKARTA
2019
 PENDAHULUAN

Sejak dahulu kimia terkenal sebagai bidang ilmu pengetahuan yang berlandaskan pada
eksperimen karena semua penjelasan ilmia yang dipaparkan selalu dilandaskan pada hasil
percobaan. Pemahaman kimia ataupun teori - teori baru juga timbul setelah melakukan
pengamatan terhadap hasil – hasil percobaan. Begitu pula bidang fisika, semua teori - teori baru
timbul setelah melakukan pengamatan terhadap hasil - hasil percobaan.

Seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan, ilmu fisika mengalami pengembangan

yang cukup pesat. Banyak teori - teori yang baru ditemukan, seperti penemuan bahwa partikel
dapat bersifat seperti gelombang atau sebaliknya gelombang dapat bersifat seperti partikel, sampai
pada penemuan mekanika kuantum dengan persamaanya yang terkenal adalah persamaan
Schrbdinger. Persamaan yang dihasilkan tersebut merupakan jantung bagi kebanyakan ilmu
modern. Namun persamaan tersebut hanya berlaku bila suatu partikel berukuran kecil dan
memiliki energi yang kecil pula.

Sejak saat itu, pemahaaman ilmu kimia tidak hanya terjadi karena pengamatan hasil - hasil
percobaan, tetapi juga berdasarkan pengembangan teori mekanika kuantum. Melalui teori
mekanika kuantum sifat - sifat dari suatu atom ataupun molekul dapat diramalkan tanpa harus
melalui proses percobaan. Akan tetapi, penyelesaian persamaan mekanika kuantum tidaklah
mudah jika hanya menggunakan kalkulator tangan. Seiring dengan perkembangan ilmu komputer,
maka kemampuan dari suatu computer dapat dimanfaatkan untuk menyelesaikan persamaan
mekanika kuantum. Hal ini menyebabkan terlahirnya subbidang baru dalam ilmu kimia yaitu
subbidang kimia komputasi yang merupakan bagian penting dalam perkembangan ilmu
pengetahuan di bidang kimia.

Subbidang kimia komputasi berkembang begitu pesat, seiring dengan perkembangan

zaman yang telah memasuki era serba digital. Alasan lain subbidang ini berkembang demikian
pesat adalah karena penerapannya dapat membantu desain, kajian teoritis dan pemodelan secara
in silico. Dalam kimia komputasi, penelitian dilakukan dengan menggunakan hasil kimia teori dan
eksperimen yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat - sifat
molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem molekul yang kemudian
dapat diterapkan pada sistem kimia nyata.
 Perkembangan eksperimen computer mengubah secara substansial hubungan tradisional
antara teori dan eksperimen. Simulasi computer membutuhkan suatu metode yang akurat dalam
memodelkan sistem yang dikaji. Sistem sering dapat dilakukan dengan kondisi yang sangat mirip
dengan eksperimen sehingga hasil perhitungan kimia komputasi dapat dibandingkan secara
langsung dengan eksperimen di laboratorium. Jika hal ini terjadi, maka simulasi bersifat sebagai
alat yang sangat berguna, bukan hanya untuk memahami dan menginterpretasi data eksperimen
dalam tingkat mikroskopik, tetapi juga dapat mengkaji bagian yang tidak dapat dijangkau secara
eksperimen, seperti reaksi pada kondisi tekanan yang sangat tinggi, atau reaksi yang melibatan gas
berbahaya.
 TINJAUAN PUSTAKA

I. DEFINISI

Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori
yang diterjemahkan ke dalam program computer untuk menghitung sifat - sifat molekul
dan perubahannya. Kimia komputasi dapat pula melakukan simulasi terhadap sistem -
sistem besar (atau banyak molekul protein gas, cairan, padatan, dan kristal cair) dan
menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Contohnya sifat - sifat molekul
yang dihitung antara lain adalah struktur atom, energi dan selisih energi, muatan,
momen dipol, kereaktifan, frekuensi getaran dan besaran spektroskopi lainnya.
Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar
bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (contoh : proses
denaturasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat - sifat makroskopik (seperti
kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom dan molekul.

Istilah kimia komputasi terkadang juga diartikan sebagai ilmu komputer dan
kimia. Oleh karena itu, para kimiawan komputasi dituntut untuk dapat
mengembangkan liardware maupun software dalam meningkatkan kemampuan
komputer untuk menyelesaikan permasalahan kimia. Computer juga harus
dikembangkan agara dapat mengubah data hasil perhitungan computer menjadi data
yang dapat divisualisasikan (seperti bentuk molekul) sehingga hasil yang ada dapat
lebih mudah dipahami oleh para kimiawan lainnya.

Istilah kimia teori dapat didefinisikan sebagai deskripsi matematika untuk

kimia. Sedangkan istilah kimia komputasi biasanya digunakan ketika metode
matematika dikembangkan dengan cukup baik untuk dapat digunakan dalam program
computer. Perlu dicatat bahwa kata “tepat” atau “sempurna” tidak muncul disini,
karena sedikit sekali aspek kimia yang dapat dihitung dan ditetapkan secara tepat
sempurna. Hampir semua aspek kimia dapat digambarkan dalam skema komputasi
kualitatif atau kuantitafi hampiran (tidak sempurna, mendekati tepat)
 Kimia komputasi kini menjadi salah satu bidang dengan pertumbuhan tercepa
dalam bidang kimia. Walaupun terdapat spesialis dalam bidang ini, penerapan teknik -
tekniknya oleh kimiawan dalam percobaan semakin meningkat sejalan dengan
berkembangnya kemampuan manusia dalam bidang pembuatan software dan teknologi
digital.

II. PEMBAGIAN METODE

Tiga metode kimia komputasi yang paling sering digunakan adalah ab initio,
semiempiris dan mekanika molekul. Metode ini dibedakan berdasarkan kemampan
perhitungan melalui kimia komputasi.
1. Metode ab initio
Istilah ab initio yang berarti “prinsip awal” digunakan untuk menerangkan
bagaimana persamaan Schrodinger diselesaikan. Dalam teori ab initio,
pendefinisian Hamiltonian dan pembentukkan fungsi gelombang dilakukan secara
fungsional. Secara umum, perhitungan ab initio kualitatif memberikan hasil yang
sangat baik dan dapat meningkatkan hasil kuantutatif yang akurat sebagai molekul
yang lebih kecil.
Keuntungan dari metode ini adalah dapat menyelesaikan persamaan
Schrodinger secara praktis dan dapat diprediksi keakuratan dan kesalahannya serta
hasil metode ini memiliki akurasi yang menyaingi banyak teknik eksperimental.
Metode ini juga dapat digunakan untuk memprediksi sifat sistem kimia yang
melibatkan jumlah atom yang kecil
Kerugian dari metode ab initio adalah memerlukan perangkat computer
yang canggih (memiliki CPU, memori dan ruang disk yang besar sehingga
memerlukan biaya yang banyak.
2. Semi empiris
Perhitungan semiempirik ditetapkan dengan struktur atom yang sama
sebagai perhitungan HP yang memiliki Hamiltonian dan fungsi gelombang.
Panjang HF diselesaikan secara iterative, pendekatan dilakukan terhadap penyusun
matriks fack atau dalam penyederhanaan pada pernyataan energi atom. Pendekatan
lain dari metode semiempirik adalah hanya mempertimbangkan electron valensi.
 Electron dalam (core) dihitung sebagai fungsi tolakan core dengan energi tolakan
inti.
Untuk mengkoreksi kesalahan metode ini digunakan parameter untuk
memperkirakan nilai yang dihilangkan agar diperoleh hasil data percobaan atau
perhitungan ab initio. Keuntungan dari perhitungan semi empiric adalah jauh lebih
cepat dari perhitungan ab initio, dan kerugian dari perhitungan semiempirik adalah
hasilnya tidak bisa menentu dan sedikit sidat yang dapat diprediksi dengan baik.
Jika molekul yang dihitung mirip dengna molekul dalam database yang digunakan
untuk parameterisasi metode, maka hasilnya mungkin sangat baik.
Mampu melakukan perhitungan untuk sistem kimia yang lebih besar
3. Mekanika molekul
Merupakan suatu metode empiris yang digunakan untuk menyatakan energi
potensial dari molekul sebagai fungsi dari variable geometri. Pada metode ini,
molekul digambarkan sebagai kumpulan atom yang berinteraksi dengan atom yang
lain dengan fungsi analitik sederhana didasarkan pada persamaan mekanika klasik.
Parameter yang digunakan dalam perhitungan energi diturunkan dari basis dara
struktur yang diperoleh secara eksperimen dan atau metode mekanika kuantum.
Metode mekanika molekul dikembangkan untuk mendeskripsikan struktur
dan sifat – sifat molekul sesederhana mungkin. Bidang aplikasi metode ini meliputi
molekul yang tersusun oleh ribuan atom, molekul organik, olionukleotida, peptide
dan sakarida. Sistem kimia yang terdiri dari jutaan atom, masih mungkin dianalisis
menggunakan metode mekanika molekul.

Kemampuan perhitungan metode kimia komputasi bergantung juga pada

kemampuan computer dalam melakukan perhitungan.

III. PEMANFAATAN
Kimia komputasi sangat membantu dan bermanfaat dalam berbagai bidang. Di
bawah in idisebutkan beberapa manfaat kimia komputasi :
 1. Untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi
yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem.
2. Untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di
laboratorium.
3. Untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium.
4. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar
bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. proses denaturasi
protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis)
berdasarkan perilaku di tingkat atom dan molekul.
5. Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi
terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak
molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program
tersebut pada sistem kimia nyata.
6. Dapat menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi
secara signifikan dengan eksperimen.
7. Dapat sebagai alat hitung seperti kalkulator untuk membantu penyelesaian secara
numerik dari persamaan matematika yang menggambarkan sifat sistem, misalnya
dalam penyelesaian perhitungan stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur
yang dapat mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.
8. Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi.
9. Membantu kita mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program tersebut
telah dilengkapi dengan visualisasi dan animasi, seperti program HyperChem,
Gaussian, Turbomol, Rasmol dll.
10. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar
bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (misalnya Proses
denatrasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti
kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom.

Selain dalam penelitian, kimia komputasi juga bermanfaat dalam bidang kesehatan
atau kedokteran. Salah satu contoh penggunaan komputasi adalah dalam bidang
kedokteran, yaitu dalam pencarian obat. Untuk meramalkan aktivitas sejumlah besar calon
obat, seorang praktisi komputasi meniru suasana pengujian aktivitasnya di laboratorium
 basah dengan model-model Kimia (seperti: struktur 3 dimensi calon obat) sebagai
pengganti bahan-bahan laboratorium tersebut. Model-model ini kemudian dinyatakan di
dalam persamaan-persamaan Matematika yang kemudian diselesaikan oleh komputer
dengan kapasitas dan kelajuan yang melebihi kapasitas dan kelajuan manusia. Hasilnya
berupa suatu bilangan bagi tiap calon obat yang dapat dibandingkan satu dengan yang
lainnya. Perbandingan ini merupakan ramalan tingkat aktivitas suatu calon obat relatif
terhadap calon obat lainnya. Demikianlah cara meramalkan aktivitas calon obat dengan
metode komputasi. Dengan demikian, calon-calon obat yang diramalkan akan memberikan
aktivitas yang rendah dapat dihindari.

IV. KELEBIHAN
1. Menghemat penggunaan bahan kimia yang digunakan pada eksperimen kimia
konvensional
2. Dapat menghasilkan informasi yang tidak bisa diselesaikan dengan eksperimen.
3. Dapat menjelaskan beragam sistem kimia dengna kompleksitas yang sangat luas

V. KEKURANGAN
1. Lama waktu perhitungan komputasi tergantung pada metode yang digunakan dan
kemampuan computer yang digunakan
2. Diperlukan peralatan yang canggih dan memadai
3. Diperlukan tenaga ahli pada bidang teknologi dan IT
 PENUTUP

Kimia komputasi adalah salah satu cabang ilmu kimia yang kini menjadi salah satu bidang
dengan pertumbuhan tercepat dalam kimia. Walaupun terdapat spesialis dalam bidang ini,
penerapan teknik-tekniknya oleh kimiawan percobaan semakin meningkat sejalan dengan
meningkatnya kemampuan dan semakin murahnya komputer. Pemodelan kimia komputasi dapat
membantu para kimiawan untuk:
1. Mendesain awal proses reaksi sintesis yang diinginkan
2. Mempelajari dan menjelajahi mekanisme reaksi yang mungkin terjadi dari desain yang
telah dibuat
3. Melakukan simulasi reaksi dalam computer
4. Menentukan sifat-sifat dari molekul pereaksi maupun produk yang dihasilkan.
 DAFTAR PUSTAKA

1. Priyanto, Bayu. Pemodelan Kimia Komputasi [skripsi]. Jakarta : Lembaga Penerbangan

dan Antariksa Nasional
2. Dwi Pranowo, Harno, Kadir Rukman, Abdul. Pengantar Kimia Komputasi. Yogyakarta :
Universitas Gadjah Mada