RQA

REKAYASA GENETIKA

Kelompok 9:
1. Ika Airin Nur Rohmadhani (140341606536)
2. Mifroatin Nur Jannah (140341600263)

Arti rekayasa genetika (genetic engineering) yang dikutip dari tiga sumber:
1. Rekayasa genetika adalah manipulasi sifat genetik suatu organisme dengan cara
mengintroduksi atau mengeliminasi gen-gen tertentu.
2. Rekayasa genetika adalah manipulasi genetic dalam sel untuk menghasilkan suatu sifat
yang dikehendaki yang biasanya disebut teknologi rekombinan DNA.
3. Rekayasa genetika adalah teknik mengubah konstitusi genetik sel atau individu dengan
cara pemindahan selektif, insersi atau dengan modifikasi gen balik yang individual
maupun yang berupa perangkat gen.
Pada rekayasa genetika terdapat manipulasi materi genetik dengan cara
menambah/menghilangkan gen tertentu. Berbagai fenomena genetik alami jika dicermati
dapat menjadi model alami dari teknik rekayasa genetika contohnya crossing over, gene pick
up, transduksi, dll. Fenomena ini terjadi pemutusan, penyambungan, serta perpindahan
bagian materi genetik yang dapat mengakibatkan penambahan atau perpindahan suatu
gen/beberapa gen.
PROSES REKAYASA GENETIKA
Teknik dalam rekayasa genetika meliputi teknik vektor, injeksi mikro, fusi protoplas,
elektoporasi, teknik kopresipitasi kalsium pospat, endositosis, proyektil mikro.
Transfer Vektor
Yaitu memasukan suatu gen ke sel baru dengan menggunakan pembawa (carrier)
khusus yang memanfaatkan proses alami seperti pada transfer DNA oleh bakteri dan virus.
Vektor yang digunakan adalah plasmid, bakteriofage dan cosmid. Secara kimiawi vektor-
vektor tersebut adalah molekul DNA. Sebagai vektor suatu molekul DNA harus memiliki
sifat-sifat yang harus dimiliki DNA seperti di bawah ini:
1. Molekul DNA mampu melekukan replikasi sendiri maupun replikasi segmen DNA yang
diinsersikan bebas dari replikasi kromosom sel inang dengan cara membuahi suatu “ori”
2. Molekul DNA harus mengandung sejumlah tapak pemutusan enzim retrisi khusus yang
bermanfaat untuk insersi segmen-segmen DNA.
3. Molekul DNA harus membuhai suatu penenda yang dapat dimanfaatkan.
4. Molekul DNA harus mudah terbebas kembali ari sel inang.
Selain sifat-sifat itu ada pula sifat lain yang diharapkan (Old dan Primrose, 1989)
1. Betar molekul rendah
2. Adanya kemampuan untukmemberikan sifat fenotip yang dipilih dengan segera pada sel
inang.
1. Plasmid
Plasmid terbentuk secara alami invitro. Plasmid terdapat pada E. coli (plasmid RSF
2124 merupakan derifat dari plasmid ColE1). Plasmid-plasmid itu terdapat pada E.coli
(plasmid RSF2124 merupakan derivat dari plasmid CoE1).
2. Bakteriofag
Bakteriofag yang banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan pada E.coli
adalah fag ƛ. Seluruh gen fag ƛ sudah diidentifikasi dan dipetakan urut-urutan genom secara
keseluruhan sudah diketahui. Seluruh derivat fag ƛ yang digunakan sebagai vektor transfer
sudah direkayasa sehingga hanya siklus titik saja. Derivat-derivat fag ƛ lebih dari 100 derivat
yang dimanfaatkan sebagai vektor dibuat dengan cara membuang berbagai bagian kelompok
gen di daerah tengah.

Selain bakteriofag yang digunakan sebagai vektor, salah satunya adalah M 13. Materi
genetik pada M 13 berupa DNA unit tunggal. Jika M 13 menginfeksi suatu sel bakteri, DNA
unting tunggal bereplikasi menghasilkan suatu model DNA unting ganda yang disebut RF
(Replikasi Form). Molekul RF setara dengan plasmid dan DNA asing dapat diinsersikan ke
tapak-tapak pemutusan enzim retriksi tunggal yang ada pada genom. Susunan dari molekul
RF terdiri dari suatu unting tunggal (+) yang mengandung satu unting segmen DNA yang
diinsersikan. Klon DNA unting tunggal yang di hasilkan oleh M 13 dapat digunakan untuk
pengurutan DNA atau sebagai templet untuk perubahan urut-urutan klon akibat mutasi.
3. Kosmid (cosmid)
Kosmid adalah vektor yang dibangun di laboratorium memanfaatkan urutan cos dan
fag ƛ yang berguna untuk pegumpulan kromosom ke dalam kepala fag dan memanfaatkan
pula urut-urutan (bagian tengah kosmid) untuk fungsi resistensi terhadap antibiotik serta
replikasi. Kosmid dirakit dan plasmid dan fag ƛ, contoh plasmid yang digunakan Pbr322.

4. Vektor ulang-alik (Shuttle vectors)

Vektor ulang alik atau shuttlr vectors adalah vektor pengklon yang dapat bereplikasi
di dalam dua atau lebih mahkluk hidaup inang.
3. Injeksi mikro, fusi protoplas, elektroporasi, kopresipitasi kalsium fosfat dan
endositosis, serta proyeksi mikro
Pada injeksi mikro menggunakan jarum mikroskopis, untuk memasukkan DNA
melalui membran sel sasaran, termasuk ke dalam inti sel. Pada fusi protoplas terjadi pelarutan
dua membran sel dari sel-sel yang berbeda sehingga dua sel dapat di gabung menjadi satu,
misalnya fusi antara sel sel-sel yang di kultur dengan protoplas bakteri yang mengandung
DNA eksogen. Fusi protoplas, suatu sistem transformasi yang memanfaatkan liposom yang
tersusun dari suatu lipida kationik. Pemanfaatan liposom sebagai suatu sistem transformasi
atau transfeksi yang disebut sebagai lipofeksi (lipofection).
Pada teknik eletroporasi menggunakan listrik untuk menciptakan lubang kecil di
membran sel yang akan dimanfaatkan untuk pemindahan DNA ke dalam sel. Berkenaan
dengan elektroporasi informasi dari Old dan Primrose menyebutkan bahwa pada pendedahan
singkat kejutan listrik berkekuatan antara 4000-8000 V, sel-sel memperoleh DNA eksogen
dan larutan sekitar (tampaknya melalui lubang-lubang yang terbentuk sesaat pada membran
plasma) dengan kejutan listrik akan meningkatkan frekuensi efisien transformasi.
 Pada teknik kopresipitasi kalsium fosfat dan endositosis tampaknya butir-butir
kopresipitas kalsium fosfat dan DNA masuk ke dalam sel melalui endositosis fagositosis.
Pada teknik ini merupakan cara umum memasukkan suatu DNA ke dalam sel-sel mamalia.
Pada teknik proyeksi mikro, DNA ataupun RNA ditembakkan ke dalam sel, teknik ini
merupakan suatu cara yang sama sekali baru untuk memasukkan asam nuklet ke dalam sel
tumbuhan memanfaatkan kecepatan tinggi. Pada teknik proyeksi mikro membutuhkan kultur
sel ataupun perlakuan jaringan resipien.
Prosedur Dasar Teknologi DNA Rekombinan
Urutan proses yang menjadi prosedur dasar pada teknik DNA rekombinan yang
diperantai vektor akan dikemukakan lebih lanjut.
1. Pembuatan fragmen DNA dengan bantuan enzim nuklease retriksi yang mengenal dan
memotong molekul DNA pada urut-urutan nukleotida yang spesifik
2. Segmen-segmen digabung ke molekul DNA lain dengan bantuan vektor. Vektor dapat
bereplikasi secara otonom sehingga memfasilitasi manipulasi dan identifikasi molekul
DNA yang baru terbentuk.
3. Vektor yang sudah terinsersi segmen DNA ditransfer ke suatu sel inang. Molekul DNA
rekombinan direplikasi menghasilkan berlusin-lusin yang disebut klon-klon.
4. Segmen-segmen DNA yang diklon dapat diambil dari sel inang.
5. Sel-sel inang yang mengandung DNA rekombinan mewariskan kepada seluruh sel
turunan, menghasilkan suatu populasi sel-sel identik yang semua membawahi urut-urutan
yang dklon.
6. Secara potensial, DNA diklon dapat ditranskripsikan, RNA-d ditranslasikan serta produk-
produk gen diisolasi dan di kaji.
Peran Enzim Endonuklease Retriksi
Pada teknik DNA rekombinan, molekul DNA rekombinan tidak dapat dibentuk tanpa
bantuan enzim endonuklease retriksi. Enzim itu memang dapat memootng molekul DNA
unting ganda pada urutan pasangan nukleotida spesifik yang dikenal sebagai tapak retriksi.
Enzim endonuklease dibagi menjadi 2 kelompok atau tipe. Tipe I akan mengenali suatu
urutan pasangan nukleotida yang spesifik pada DNA dan selanjutnya memotong DNA pada
suatu tapak tidak spesifik jauh dari ururtan tadi. Enzim endonuklease retriksi II juga
mengenal suatu urutan pasangan nukleotida spesifik pada DNA, tetapi tipe ini memotong
DNA justru di dalam urrutan tadi. Oleh karena itu, pemotongan DNA selalu pada urutan yang
sama (tapak yang sama), maka enzim endonuklease retriksi II sangat bermanfaat untuk
pembentukan molekul DNA rekombinan.
 Enzim endonuklease retriksi juga sudah diisolasi dari sejumlah besar strain bakteri
yang berbeda. Oleh karena itu tiap enzim memotong DNA pada suatu urutan pasangan
nukleotida yang spesifik untuk enzim yang bersangkutan, jumlah potongan yang dibuat
enzim pada suatu molekul DNA tertentu tergantung pada jumlah berapa kali urutan
pengenalan ditemukan pada DNA. Pada beerapa kasus, enzim yang berbeda mengenal dan
memotong urutan pasangan nukleotida yang sama. Enzim yang semacam itu disebut sebagai
isochizemer.
Seleksi Klon rekombinan
Southern mengembangkan suatu metode untuk mendeteksi fragmen-fragmen di
dalam sel agarose yang komplementer dengan urutan RNA atau DNA tertentu. Metode ini
dikenal sbagai Southern Blotting yang kemudian dikembangkan untuk menganalaisa RNA
dan protein yang dikenal denngan Nothern dan Western bblotting. Bagan teknik Southern
blotting ditunjukkan pada Gambar 10.
Pada intinya, teknik blotting ini mentransfer makro molekul dari gel yang berarti
mereka telah dipisahkan secara elektroforesis ke permukaan suatu membran. Sekali
ditranfermasi, makro molkeul ini akan atau dapat difiksasi secara permaneen pada membran.
Membran ini relatif mudah ditanganii dan dapat dipakai untuk berbagai macam teknik
analisis. Sebagai akibatnya, membran ini juga luass pemakainnya dalam mendeteksi dan
menganalisis asam dan protein.
Manfaat Rekayasa Genetika
Manfaat rekayasa genetika dapat dilihat dalam kaitannya dengan analisis genetik ,
diagnosis molekuler atas penyakit manusia, terapi gen, sidik jari DNA, serta bioteknologi.
Analisis Genetik
Dewasa ini , para ahli genetika menggunakan teknik-teknik DNA reombinan untuk
kepentingan analisis genetik. Teknik-teknik itu memungkinkan pengdaan suatu kumpulan
klon yang meliputi keseluruhan klon, demikian pula memungkinkan pemetaan genetik
maupun fisik yang lengkap, serta memungkinkan penetapan ururtan nukleotida dari
keseluruhan kromosom. Peta fisik yang dihasilkan memperlihatkan seluruh gen pada genom
yang ditandai oleh urrutan nukleotida, tanpa pula memperhatikan mutan bahkan sering tanpa
dukungan pengetahuan awal tentang memperhatikan mutan bahkan sering tanpa dukungan
pengetahuan awal tentang fungsi atau fenotip dari gen-gen yang dipetakan . Atas dasar
informsi peta semacam itu, kerja selanjutnya dapat dimulai dari tingkkat nukleotida hingga ke
tingkat fenotip.
 Terkait dengan analisis genetik itu, ingga saat ini sudah dilaksanakan proyek-proyek
genom untuk beberapa makhluk hidup. Tabel 4 berikut memeperlihatkan ukuran genom
beberapa makhluk hidup hasil proyek genom.

Tabel 4
Ukuran genom beberapa makhluk hidup hasil proyek genom
Makhluk Hidup Ukuran Genom (pb)
E.coli 4 x 106
Saccharomyces cerevisiciae 1 x 106
Arabidopsis thalia 1 x 106
Caenorhabditis olegaus 1 x 106
D.melanogaster 1,65 x 106
Mus musculus 3 x 106
H.sapiens 3,2 x 106

Diagnosis Molekular Atas Penyakit Manusia

Teknologi DNA rekombinan sudah terbukti menjadi suatu alat yang sangat sensitif
dan teliti untuk mendeteksi kelinan-kelainan genetik. Pemanfaatan urutan DNA yang diklon
memungkinkan pengamatan langsung terhadap genotip dari pada pengamatan atas suatu
produk gen yang beum dikenal atau yang tidak terekspresi. Sebagai contoh deteksi molekuler
dapat dilakukan atas Thelessemia dan Sickle cell anemia.
Terapi Gen
Kemampuan mengisolasi dan mengklon gen-gen spesifik manusia yang pada
mulanya ddikembangkan sebagai suatu kegiatan penelitian, sekarang sedang digunakan
dalam bidang kedokteran secara operasional untuk menangani kelainan-kelainan menurun,
dan cara yang diitempuh adalah mengamati gen cacat dengan sainan gen normal. Proses
semacam itu disebut dengan terpi gen. Beberapa metode sudah dikembangkan untuk
memasukkan gen ke dalam sel manusia, termasuk pemanfaatan vektor virus maupun fusi sel
dengan vesikula buatan yang mengandung urutan DNA yang diklon, transfer kimiawi yang
mendorong pengangkutan gen melewati membran sel jika sudah dilakukan.
Panduan terapi gen sudah disusun dan mencakup beberapa yaitu sebagai berikut:
a. gen harus diisolasi dan ditransfer
b. cara transfer gen yang efektif harus ada
c. jaringan target harus dapat tercapai, sebagai contoh percobaan terapi gen yang pertama
menggunakan sel-sel darah putih
d. terapi gen tidak boleh menyakiti pasien dan sudah tidak ada cara yang efektif

Sidik Jari DNA

RELP sudah digunakan untuk membedakan salinan gen yang normal dari mutan dan
dapat diugunakan sebagai penanda genetik, karena polimorfismee tersebut diwariskan dalam
pola kodominan. Fenotp dari penanda-penanda ini berupa susunan atau deretan fragmen
DNA berbagai ukuran yang ada pada southern blott, sesudah DNA dipotong dengan suatu
enzim endonuklease retriksii. Suatu tipe RELP kedua muncul dan variasi jumlah urutan
berulang tandem. DNA yang ada diantara dua tapak enzim endonuklease retriksi. Urutan
tersebut berasal dari dua hingga dua puluh nukleotida.
Sebagai contoh misalnya GGAAAGGGAAGGGAAGGGAAG, ururtan itu
mengandung suatu penggalan sepanjang 5 nukleotida (GGAAG). Kelompok urutan
semmacam itu tersebar luas pada genom manusia, dan umlah alela pada lokus-lokus tersebut
berkisar antara dua hingga lebih dari dua puluh. Lokus-lokus itu disebut VNTR (Variable
Number Tandem Repeats). Pola pita yang dihasilkan tatkala VNTR dipotong dengan
menggunakan enzim endonuklease retriksi dan divisualisasikan degan southern blotting
itulah yang dikenal dengan sidik jari DNA.
Bioteknologi
Catatan Lain tentang Bioteknologi di Bidang Pertanian
Penelitian dilakuan terutama untuk sifat-sifat yang dikebdalkan oleh gen tunggal.
Misalnya tumbuhan memerlukan nitrogen untuk membuat protein, tetapi mereka tidak dapat
memanfaatkan secara langsung nitrogen dari udara. Perakaran kacang tanah kedelai, dan
semanggi mengandung bakteri bintil akar yang dapat mengubah (memfiksasi) nitrogen di
udara menjadi bentuk yang dapat dimanfaatkan, tetapi perakaran tanaman lain seperti jagung
dan padi harus memperoleh nitrogen dari pupuk atau dari pupuk atau dari produk samping
organisme lain yang meninggalkan nitrogen yang tersedia dari dalam tanah.
Fiksasi nitrogen dikendalikan oleh lebih dari 15 gen yang berbeda dalam sistem
bakteri/tanaman. Banyak diantaranya melibatkan gen-gen yang sampai saat sekarang belum
berhasil diisolasi (dipisahkan). Bahkan walaupun gen-genya dapat dipisahkan, ilmuwan
masih harus mengatasi masalah kesulitan-kesulitan dalam memindahkan gen—gen itu ke
dalam tubuh tanaman budidaya yang penting tersebut (misalnya jagung). Gen-gen itu harus
dietakkan pada sisi/tempat tertentu dalam kromosom tanaman agar dapat berfungsi,
sementara ilmuwan belu menentukan cara bagaimana meletakkan gen yang diinginkan
tersebut ke lokasi yang tepat. Bahkan bila jagung dan tanaman budidaya yang penting
tersebut telah dapat menerima gen pemfiksasi nitrogen, masih tetap belum diketahui
bagaimana caranya mengatur “kerja” dan “tidak kerja”gennya (“on”dan”offnya)
Menciptakan Dasar yang Kokoh Bagi Keberhasilan Pengembangan Rekayasa Genetika
di Indonesia
Dasar yang kokoh bagi pengembangan rekayasa genetika di Indonesia adalah tumbuh
dan berkembangnya ilmu-ilmu murni pendukung. Inilah dasar utama bagi pengembangan
rekayasa genetika ilmu terapan, di samping faktor-faktor lain. Hal itu berarti bahwa ilmu-
ilmu murni dalam genetika, biokimia, biologi molekuler, dan sebagainya harus tumbuh dan
berkembang. Perkembangan ilmu-ilmu murni itu harus ditunjang oleh tenaga-tenaga handal
dan pra sarana yang dibutuhkan.

Pertanyaan dan Jawaban

1. Bagaimana proses injeksi mikro, fusi protoplas, elektroporasi, kopresipitasi kalsium fosfat
dan endositosis, serta proyeksi mikro?
Jawaban: Pada injeksi mikro menggunakan jarum mikroskopis, untuk memasukkan DNA
melalui membran sel sasaran, termasuk ke dalam inti sel. Fusi protoplas, suatu sistem
transformasi yang memanfaatkan liposom yang tersusun dari suatu lipida kationik.
Pemanfaatan liposom sebagai suatu sistem transformasi atau transfeksi yang disebut
sebagai lipofeksi (lipofection). Pada teknik elektroporasi menggunakan listrik untuk
menciptakan lubang kecil di membran sel yang akan dimanfaatkan untuk pemindahan
DNA ke dalam sel. Pada teknik kopresipitasi kalsium fosfat dan endositosis tampaknya
butir-butir kopresipitas kalsium fosfat dan DNA masuk ke dalam sel melalui endositosis
fagositosis. Pada teknik ini merupakan cara umum memasukkan suatu DNA ke dalam sel-
sel mamalia. Pada teknik proyeksi mikro, DNA ataupun RNA ditembakkan ke dalam sel,
teknik ini merupakan suatu cara yang sama sekali baru untuk memasukkan asam nuklet ke
dalam sel tumbuhan memanfaatkan kecepatan tinggi. Pada teknik proyeksi mikro
membutuhkan kultur sel ataupun perlakuan jaringan resipien.
2. Bagaimana hasilnya pada pemotongan DNA jika menggunakan enzim endonuklease
retriksi tipe II?
Jawaban : Enzim endonuklease retriksi tipe II menghasilkan ujung-ujung lancip memiliki
nilai khusus pada pengklonal fragmen-fragmen DNA juga kedua ujung tajam hasil
pemotongan bertemu dalam larutan.