Elektroforesis Gel Agarosa

Oleh :
Nama : Farhan Ibnu Zamil
NIM : B1A017059
Rombongan : III
Kelompok :E
Asisten : Indrawati

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2018
 HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Gambar Hasil Elektroforesis

Keterangan Gambar:

1. Pita DNA yang tervisualisai

Hasil elekroforesis yang dilakukan adalah clear. Namun, tidak terlihat jelas
karena konsentrasi DNA kurang/Sedikit
B. Pembahasan

Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada

pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik
isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk,
ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul (Titrawani, 1996).
Elektroforesis adalah teknik pemisahan suatu molekul dalam suatu campuran dibawah
pengaruh medan listrik. Molekul yang larut tersebut bergerak dengan kecepatan yang
ditentukan oleh rasio muatan dan masa (Tribowo, 2011). Metode standar yang
digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA
adalah elektroforesis gel agarose. Teknik ini sederhana, cepat terbentuk, dan mampu
memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya secara akurat,
dibanding dengan densitas gradient sentrifugasi (Maniatis et al., 1982).
Prinsip dasar teknik ini adalah bahwa DNA, RNA atau protein dapat dipisahkan
oleh medan listrik. Prinsip kerja elektroforesis DNA ialah laju migrasi molekul
diasarkan oleh jenis muatan, makin besar ukuran molekulnya makin rendah laju
migrasinya. Berat molekul suatu fragmen DNA dapat diperkirakan dengan
membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi fragmen-fragmen molekul DNA
standar yang telah diketahui ukuranya. Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan
pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang
bergerak menuju kutub positif (anode), sedangkan partikel-partikel bermuatan positif
(kation) akan bergerak menuju kutub negatif (anode) (Klug & Cummings, 1994).
Molekul DNA untai ganda linear, yanag diletakkan pada salah satu ujung gel, bergerak
melalui matriks gel pada kecepatan yang berbanding terbalik terhadap log jumlah asam
basa. Molekul yang lebih besar bergerak lebih lama karena terjadi gesekan lebih besar
(Watson, 2007).
Menurut Wolfe (1995), faktor-faktor yang mempengaruhi elektroforesis
diantaranya:
a. Ukuran molekul DNA
DNA yang berukuran lebih kecil akan cepat bergerak melewati gel dibandingkan
dengan molekul DNA yang lebih besar. Hal ini karena hambatan yang dihadapi tidak
lebih banyak dibandingkan dengan molekul yang berukuran lebih besar.
b. Konsentrasi gel
 Tingginya konsentrasi agarosa menyebabkan kaku gel sehingga sukar untuk
dilewati molekul-molekul DNA. Konsentrasi agarosa yang lebih tinggi memudahkan
pemisahan DNA yang berukuran kecil, konsentrasi agarosa yang lebih rendah
memudahkan pemisahan DNA dengan ukuran yang lebih besar, konsentrasi gel
biasanya berkisar antara 1-2%.
c. Densitas muatan (kepadatan muatan)
Molekul dengan densitas muatan tinggi akan bergerak lebih cepat bergerak
dibandingkan dengan molekul dengan densintas rendah.
d. Voltase
Semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan, semakin cepat pergerakan
molekul DNA.
e. Larutan buffer elektroforesis (pH)
Buffer yang memilki kadar ion tinggi akan meyebabkan kenaikan konsentrasi
listrik sehingga mempercepat migrasi DNA.
f. Suhu
Suhu yang tinggi akan menyebabkan DNA terdenaturasi.
g. Konformasi DNA (bentuk DNA)
Konformasi DNA juga dapat mempengaruhi proses migrasi, urutan bentuk DNA
dari yang migrasi cepat ke migrasi lambat ialah, close sirkuler (plasmid), open sirkuler
(plasmid, terbuka oleh enzim restriksi), linier dan DNA super coild (berpilin).
Elektroforesis terdiri ada beberapa komponen yaitu sisir (comb), letakan (tray),
wadah (chamber), dan power supply. Sisir berfungsi untuk membuat sumuran pada gel
agarosa. Letakan berfungsi untuk mencetak gel agarosa. Wadah digunakan sebagai
wadah gel agarosa. Power supply berfungsi sebagai sumber listrik yang menjadi
sumber energy dari elektroforesis (Birren & Lai, 1993).
Larutan yang digunakan dalam praktikum elektroforesis gel agarosa mempunyai
fungsi dan peranan masing-masing. Gel agarosa dapat memisahkan sampel dengan
ukuran 200 basa sampai 50 kilo basa (Watson, 2007). Etidium Bromida yang berfungsi
untuk meningkatkan daya flouresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas. Bahan
lain yang digunakan yaitu akuades sebagai pelarut, EDTA sebagai penonaktif enzim
DNAse , dan TAE sebagi buffer (Birren & Lai, 1993).
Terdapat dua macam analisis elektroforesis berdasarkan fungsinya, yaitu analisis
kuantatif dan analisis kualitatif. Anlaisis Kualitatif dilakukan untuk mengetahui ada
atau tidaknya kontaminasi (protein/RNA). Analisis Kuantatif dilakukan untuk
mengukur pita DNA. Jika disandingkan dengan hasil, hasil analisis kualitatif yang
dilakukan pada hasil elektroforesis pada praktikum ini adalah kualitas DNA yang
kurang baik karena pita DNA yang tidak terlihat jelas yang disebabkan oleh kurangnya
konsentrasi DNA.
Prosedur kerja elektroforesis dimualai dengan pembuatan 250 mL larutan bufer
TAE 1x dengan cara mencampurkan 5 mL TAE 50x ke dalam 245 mL akuades serta
gel agarosa 1% dengan cara menimbang agarosa 0,2 g untuk dilarutkan ke dalam 20
mL bufer TAE 1x dan dididihkan hingga larut sempurna. Kemudian diisiapkan baki
elektroforesis, dan di tiap ujung baki elektroforesis dilekatkan selotip. Setelah itu,
dipasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki dengan posisi hampir menyentuh
dasar baki adar menghalikan sumuran pada gel agarosa. Suhu larutan agarosa diperiksa
dengan cara menempelkan erlenmeyer ke tangan, jika suhunya sudah turun hingga
sekitar 60ºC, larutan agarosa dituangkan ke dalam baki elektrofesis dan dibiarkan
hingga larutan berubah menjadi gel yang padat. Setelah gel agarosa memadat sisir
diambil dengan hati-hati, selotip dilepaskan dari ujung-ujung baki. Kemudian baki
yang telah berisi gel agarosa dimasukkan ke dalam tangki elektroforesis yang telah
diisi dengan sisa larutan buffer TAE 1x. Setelah itu disiapkan sekitar 5 cm kertas
parafilm di dekat tangki elektroforesis. Kemudian dimasukkan 10 μL sampel DNA dan
2 μL loading dye 6x ke dalam sumuran gel dengan cara mencampurkan kedua bahan
tersebut terlebih dahulu secara merata pada kertas parafilm untuk menghomogenkan
larutan tersebut. Larutan yang telah dihomogenkan kemuadian dimasukan kedalam
sumuran pada gel agarosa. Dibuat catatan mengenai nomor sumuran dan jenis sampel
DNA yang dimasukkan. Kemudian kabel dari sumber arus dihubungkan ke tangki
elektroforesis, pastikan kabel yang tersambungkan ke kutub negatif berada di dekat
sumuran, sedangkan kabel yang tersambung ke kutub positif berada jauh dari sumuran.
Setelah itu sumber arus dinyalakan, voltase dan waktu running diatur hingga diperoleh
angka 70 V dan 45 menit dengan cara menekan tombol yang sesuai pada sumber arus.
Elektroforesis dijalankan (dilakukan running) dengan cara menekan tombol run pada
sumber arus. Elektoforesis akan berhenti apabila waktu yang ditetapkan sudah habis,
yang ditandai oleh adanya bunyi alarm. Sumber arus dimatikan dan baki diangkat dari
tangki elektroforesis. Kemudian gel agarosa dimasukkan ke dalam larutan EtBr selama
2 menit, kemudian dipindahkan ke larutan MgSO4 selama 1 menit. Setelah itu gel
dikeluarkan dan diletakkan di atas UV transiluminator untuk memvisualisasikan hasil
dari elektroforesis itu sendiri, pita-pita DNA yang tervisualisasi kemudian diamati.
 Berdasarkan praktikum yang telah dilaksanakan didapatkan bahwa
elektroforesis gel agarosa menghasilkan clear, yang berarti elektroforesis berhasil.
Namun, hasil tidak terlihat jelas, hal tersebut diakibatkan oleh konsentrasi DNA yang
kurang/sedikit. Selain itu ada kemungkinan kualitas DNA yang sudah berkurang
karena diakibat kan oleh kurangnya ketelitian saat melakukan prosedur kerja
elektroforesis.
Terdapat dua metode elektroforesis, yaitu elektroforesis dengan menggunakan
agarosa dan sebagai alternatif dapat menggunakan poliakrilamida. Poliakrilamida
memiliki kapasitas resolusi yang lebih tinggi, tetapi gel poliakrilamida dapat
memisahkan DNA hanya dalam rentang ukuran DNA yang sempit. Jadi gel
poliakrilamida dapat memisahkan DNA satu sama lainnya yang berbeda ukurannya
hanya beberapa atau bahkan satu pasang basa saja tetapi pada molekul yang berukuran
beberapa ratus pasang basa saja (dibawah 1000 pasang basa). Gel agarosa memiliki
resolusi yang lebih rendah tetapi dapat memisahkan DNA yang berukuran sampai
puluhan kilo pasang basa.
 DAFTAR REFERENSI

Klug, W. S. & Cummings, M. R., 2002. Essentials of Genetics. 4th Edition. New
Jersey: Prentice Hall.
Maniatis, T., Fritsch, F. E. & Sambrook, J., Molecular Cloning: A Laboratory Manual.
New York: Cold Spring Harbor Laboratory.
Titrawani, 1996. Biodiversiti Kodok Genus Rana Ditijau dari Morfologi, Kariotip dan
Pola Protein di Kodya Sawahlunto. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Tribowo, Y., 2011. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.
Watson, G. D., 2007. Pharmaceutical Analysis: A textbook for Pharmacy Students and
Pharmaceutical Chemists. 2nd Edition. United Kingdom: Churchill Living
Stone.
Wolfe, S. L., 1995. Intoduction to cell and molecular biology. Belmont: Wardworth
Publishing Company.