Gambar 1. Skema jalur biosintesis metabolit sekunder (Verma dan Sudhir, 2015).
Metabolit sekunder dapat diatur menjadi tiga kelompok utama: terpenoid, fenil-
propanoid, dan senyawa yang mengandung nitrogen. Ada 3 jalur biosintesis metabolik
sekunder yang utama (diluar biosintesa sukrosa dan asam amino) adalah (Cheng dan
Schmidt, 2017):
1) Jalur asam shikimat yang mengarah pada biosintesis fenilpropanoid
2) Jalur asam mevalonat dan MEP / DOXP (2-C-metil-D-erythritol 4-fosfat / 1-
deoksi-D-xilulosa 5-fosfat) yang mengarah pada biosintesis terpenoid; dan
3) Jalur malonat asetat yang mengarah ke biosintesis asam lemak dan polketida.
Untuk golongan alkaloid, glikosida sianogen, dan glukosinolat dibiosintesis dari asam amino.
Namun, banyak jalur lain yang juga terlibat dalam sintesisnya.
1. Jalur Asam Shikimat
Proses pembentukan asam sikimat : Dibentuk pleh penggabungan PEP dan Eritrosit-4-
posfat. Prekusor : Asam Krosmik. Produk : Jalur asam sikimat merupakan jafur
alternatif menuju senyawa asam amino aromatik, utamanya L-fenilalanin. L-tirosina. dan
L-triptofan. Jalur ini berlangsung dalam mikroorganisme dan tumbuhan, tetapi tidak
berlangsung dalam hewan. Prekusor untuk jalur ini adalah asam krosmik yang
mekanismenya sebagai berikut (Cheng dan Schmidt, 2017):
Gambar 2. Jalur asam shikimat
Arah pembentukan akhir senyawa jalur ini adalah fenilpropanoid. Fenilpropanoid
adalah senyawa fenolik, artinya mengandung fenol (gugus hidroksil pada cincin
aromatik). Ada dua rute biosintesis fenilpropanoid: jalur asam shikimic, yang terjadi
pada sebagian besar tanaman (tetapi tidak pada hewan), dan jalur asam malonat (asam
propanedioat), yang terjadi pada jamur dan bakteri(Cheng dan Schmidt, 2017).
2. Jalur Asam Mevalonat
Proses pembentukan asam mevalonat: Penggabungan 3 molekul asetil-KoA.
Kemudan zat antara enam-karbon yang pirofosforilasi, kemudian didekarboksilasi, dan
akhirnya didehidrasi untuk membentuk isopentenyl diphosphate (IPP). Prekusor :
Isopentenyl diphosphate (IPP). Produk : Terpenoid (atau terpen) di biosintesis dari
asetil-KoA atau zat antara glikolitik yang terbentuk dari perpaduan lima unit karbon
isoprena. Biosintesis terpenoid dari metabolit primer terjadi melalui dua jalur (Cheng dan
Schmidt, 2017):
1. Jalur asam mevalonat (atau HMG-CoA reduktase) dalam sitosol adalah jalur
utama yang terjadi dalam sitosol dan mengarah pada biosintesis triterpen, sterol, dan
banyak sesquiterpen; dan
2. Jalur 2-C-metil-D-eritritol 4-fosfat / 1-deoksi-D-xilulosa 5-fosfat ( Jalur MEP /
DOXP) dalam plasma non-mevalonik terjadi pada plastid dan mengarah pada
biosintesis monoterpen, beberapa seskuiterpen, diterpen, dan karotenoid.
Gambar 3. Jalur Asam Mevalonat
3. Jalur Malonat Asetat
Pembentukan Malonat asetat : Jalur asetat dimulai melalui karboksilasi asetil-
Koenzim A (CoA) dengan CO2 menggunakan ATP dan koenzim biotin untuk
membentuk malonil-KoA. Prekusor : Malonyl co-A.Produk: Jalur ini untuk asam
lemak dan biosintesis polyketide aromatik sebagai kerikut (Cheng dan Schmidt, 2017):
a. Untuk polyketide aromatik, merupakan proses perluasan rantai membentuk ester
poli-β-keto. Pembentukan rantai poli-ß-keto dapat digambarkan sebagai sederet
reaksi Claisen, keragaman melibatkan urutan ß-oksidasi dalam metabolisme asam
lemak. Jadi, 2 molekul asetil-KoA dapat ikut serta datam reaksi Claisen membentuk
asetoasetil-KoA, kemudian reaksi dapat berlanjut sampai dihasilkan rantai poli-ß-
keto yang cukup. Siklisasi ester poli-β-keto mengarah pada pembentukan fenolat
sederhana. Contohnya adalah phloroglucinol, trihydroxybenzene.
b. Untuk asam lemak, gugus karbonil direduksi sebelum penambahan gugus malonil.
Sintesis asam lemak melibatkan fatty acid synthase (FAS). Asetil-KoA dan malonil-
KoA dikonversi menjadi tioester yang terikat pada FAS dan kemudian membentuk
asetoasetil-ACP. Reaksi reduksi, dehidrasi, dan reduksi terjadi untuk menghasilkan
asil-ACP yang panjangnya meningkat dua karbon dibandingkan dengan asetil-KoA
awal. Sebagai hasilnya, asam lemak jenuh dan tak jenuh, prostaglandin (asam lemak
C20 termodifikasi), tromboxan, dan leukotrien.