Anda di halaman 1dari 20

BIOKIMIA

TAHAP SINTESIS PROTEIN

KELOMPOK 4 DAN 5

ANNISA AZ ZAHRA B1A017109


UTAMI SARI DEWI B1A017121

FITRI AMBARWATI B1A017124

NURBAITY SEPTI K B1A017129

ENDANG TRIYANI B1A017131

NORITA RAHMADONA B1A017133

NURIDHA AUDINIA S. B1A017135

IVAN RIADI B1A017138

GALUH SEKAR I. B1A017140

RHEZA PALEVA B1A017141

AHNISA MUSTADHAFINA B1A017144

ALISA SWANDANI B1A017145

ANNANDA NURANISAH B1A017146

YASENIA RIZQI W. B1A017148

DWI SITI SEPTIANI B1A017149

ARLINA SETYONINGTYAS B1A017150

APRIYANTI B1A017151

FATMA KURNIATI B1A017152

DHEA NUR K. B1A017155

RIO KENNY B1A017157


SINTESIS PROTEIN

Sintesis protein adalah suatu proses kompleks yang memerlukan lebih


dari 100 komponen. Selama sintesis protein, masing-masing mRNA
ditranslasi membentuk rantai polipeptida. Proses ini memerlukan peran
sejumlah besar protein dan RNA, termasuk tRNA, aminoasil-tRNA
sintase, ribosom dan faktor-faktor protein.

Prinsip Dasar Transkripsi dan Translasi


Gen menyediakan instruksi untuk membuat protein spesifik. Akan
tetapi, gen tidak membangun protein secara langsung. Jembatan antara
DNA dan sintesis protein adalah asam nukleat RNA. RNA mirip dengan
DNA secara kimiawi, hanya saja RNA mengandung gula ribosa sebagai
pengganti deoksiribosa dan mengandung basa bernitrogen urasil sebagai
pengganti timin.
Dengan demikian, setiap nukleotida di sepanjang untai DNA
mengandung A, G, C, atau T sebagai basanya, sedangkan setiap
nukleotida disepanjang untai RNA mengandung A, G, C, atau U sebagai
basanya. Molekul RNA biasanya terdiri atas satu untai tunggal.
Dalam RNA atau DNA, monomer adalah keempat tipe nukleotida,
yang berbeda dalam kandungan basa benitrogen. Gen umumnya memiliki
panjang yang mencapai ratusan atau ribuan nukleotida; masing-masing
gen mengandung sekuens basa spesifik.
Setiap polipeptida dari suatu protein juga mengandung
monomer-monomer yang tertata dalam urutan linear tertentu (struktur
primer protein), namun monomer-monomernya merupakan asam amino.
Dengan demikian, asam nukleat dan protein mengandung
informasi yang tertulis dalam dua bahasa kimiawi yang berbeda. Ini
membutuhkan dua tahap utama dari DNA ke protein, yaitu transkripsi
dan translasi.

TRANSKRIPSI
Transkripsi adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA. Kedua
asam nukleat menggunakan bahasa yang sama, dan informasi hanya
ditranskripsi, atau disalin, dari satu molekul menjadi molekul lain. Selain
menjadi cetakan untuk sintesis untai komplementer baru saat replikasi
DNA, untai DNA juga bisa berperan sebagai cetakan untuk merakit
sekuens nukleotida RNA komplementer.
Untuk gen pengode protein, molekul RNA yang dihasilkan
merupakan transkrip akurat dari instruksi pembangun protein yang
dikandung oleh gen. molekul RNA transkrip bisa dikirimkan dalam
banyak salinan. Tipe molekul RNA ini disebut RNA duta (messenger
RNA, mRNA) karena mengandung pesan genetik dari DNA ke
mekanisme penyintesis protein sel.
Transkripsi menghasilkan 3 macam RNA yaitu mRNA, tRNA, dan
rRNA.
mRNA (RNA messengger)
mRNA (RNA messengger) fungsinya membawa informasi DNA
dari inti sel ke ribosom. Pesan-pesan ini berupa triplet basa yang ada pada
mRNA yang disebut kodon. Kodon pada mRNA merupakan komplemen
dari kodogen (agen pengode), yaitu urutan basa-basa nitrogen pada DNA
yang dipakai sebagai pola cetakan. Peristiwa pembentukan mRNA oleh
DNA di dalam inti sel, disebut transkripsi.
tRNA (RNA transfer)
tRNA (RNA transfer) fungsinya mengenali kodon dan
menerjemahkan menjadi asam amino di ribosom. Peran tRNA ini dikenal
dengan nama translasi (penerjemahan). Urutan basa nitrogen pada tRNA
disebut antikodon. Bentuk tRNA seperti daun semanggi dengan 4 ujung
yang penting, yaitu:
1. Ujung pengenal kodon yang berupa triplet basa yang disebut
antikodon.
2. Ujung perangkai asam amino yang berfungsi mengikat asam
amino.
3. Ujung pengenal enzim yang membantu mengikat asam amino.
4. Ujung pengenal ribosom.
rRNA (RNA Ribosom)
rRNA (RNA Ribosom) fungsinya sebagai tempat pembentukan
protein. rRNA terdiri dari 2 sub unit, yaitu: 1) Sub unit kecil yang
berperan dalam mengikat mRNA. 2) Sub unit besar yang berperan untuk
mengikat tRNA yang sesuai.
Transkripsi terjadi di dalam sitoplasma dan diawali dengan
membukanya rantai ganda DNA melalui kerja enzim RNA polimerase.
Sebuah rantai tunggal berfungsi sebagai rantai cetakan atau rantai sense,
rantai yang lain dari pasangan DNA ini disebut rantai anti sense.
Tidak seperti pada replikasi yang terjadi pada semua DNA,
transkripsi ini hanya terjadi pada segmen DNA yang mengandung
kelompok gen tertentu saja. Oleh karena itu, nukleotida nukleotida pada
rantai sense yang akan ditranskripsi menjadi molekul RNA dikenal
sebagai unit transkripsi.

A. SINTESIS PROTEIN PADA PROKARIOT


Penggabungan mRNA, subunit 30S dan formilmetionil tRNA
membentuk kompleks inisiasi 30S. Pembentukan kompleks ini
memerlukan GTP (guanosin trifosfat) dan beberapa protein yang disebut
faktor inisiasi (IF). IF-3 dapat berikatan dengan 30S. Tetapi ikatan
tersebut distabilkan oleh IF-1 dan IF-2. Setelah ketiga faktor inisiasi
berikatan dengan subunit 30S, mRNA dan amino asil tRNA yang pertama
bergabung dengan rangkaian tersebut secara acak. Asam amino yang
digabungkan pertama adalah N-formil metionin (fMet). IF-2 berperan
dalam mengikatkan fMet-tRNAMet pada kompleks inisiasi 30S, dalam
pengikatan tersebut diperlukan molekul GTP.

Setelah kompleks inisiasi 30S terbentuk selanjutnya subunit 50S


bergabung membentuk kompleks inisiasi 70S. Pada pembentukan
kompleks inisiasi ini IF-1 dan IF-3 terlepas dari kompleks. Pembentukan
kompleks ini dilakukan dengan menggunakan hasil hidrolisis GTP yang
terjadi waktu IF-2 terlepas dari kompleks. Hidrolisis GTP mendorong
pelepasan IF-2 dan dapat menghambat pembentukan kompleks inisiasi
70S, IF-2 yang terlepas dapat digunakan kembali dalam pembentukan
kompleks inisiasi 30S yang lain. Setelah tahapan ini terbentuk kompleks
inisiasi 70S siap melakukan proses pemanjangan (elongasi) polipeptida.
B. SINTESIS PROTEIN PADA EUKARIOT

1. Transkripsi

a. Inisiasi

Prometer suatu gen mencakup titik mulai suatu transkripsi


(nukleotida tempat dimana terjadinya sintesis RNA), dan umumnya
membentang dari beberapa lusin pasangan basa yang menuju ke hilir
dari titik mulai. Selain berperan sebagai situs pengikatan RNA
polimerase dan menentukan dimana transkripsi dimulai, prometer
menentukan manakah diantara kedua untai helix DNA yang
digunakan sebagai cetakan.

Beberapa bagian tertentu dari promoter sangat pentung untuk


pengikatan RNA polimerase. Pada bakteri, RNA polimerase sendiri
secara spesifik mengenali dan berikatan dengan promoter. Pada
eukariota, sekelompok protein disebut faktor transkripsi
(transcrition factor) memediasi pengikatan RNA polimerase dan
inisisasi transkripsi.

DNA kromosom eukariot membentuk kompleks dengan histon


dan protein-protein lain sebagai kromatin. Peran protein-protein ini
menjadikan DNA bisa diakses oleh faktor transkripsi. Setalah faktor
transkripsi tertentu meleket ke prometer, RNA polimerase II dapat
berikatan dengan promoter. Keselurahan kompleks faktor transkripsi
dan RNA polimerase II yang terikat ke promoter disebut kompleks
inisiasi ranskripsi (transcrition initiation complex). faktor
transkripsi dan suatu sekuens DNA promoter yang sangat penting,
disebut KOTAK TATA (tata box), dalam pembentukan kompleks
inisiasi pada promoter eukariot.

Interaksi antara RNA polimerase II dan faktor transkripsi pada


eukariota merupakan contoh nilaipenting interaksi protein-protein
dalam mengontrol transkripsi eukariota. Begitu polimerase melekat
erat ke DNA promoter, kedua untai DNA membuka ditempat itu, dan
enzim mulai mentraskripsi untai cetakan.
b. Elongasi

Ketika RNA polimerase bergerak disepanjang DNA, enzim


tersebut terus membuka untiran heliks ganda, mengekspos sekitar
10-20 basa DNA dalam satu waktu untuk perpasangan dengan
nukleotida DNA. RNA polimerase menambah nukleotida ke ujung 3’
RNA yang sedang tumbuh sambil terus menyusuri heliks ganda
setelah gelombang sintesis RNA yang maju ini, molekul RNA baru
akan melepaskan diri dari cetakan DNA nya, dan heliks ganda DNA
terbentuk kembali. Transkripsi berlangsung dengan laju sekitar 40
nukleotida per detik pada eukariota.

Satu gen tunggal dapat di transkripsikan secara bersamaan oleh


beberapa molekul RNA polimerase yang saling mengikuti bagaikan
konvoitruk. RNA yang sedang tumbuh terlepas dari setiap polimerase,
dengan panjang setiap untai baru mencerminkan seberapa jauh enzim
telah bergerak pada cetakan dari titik mulai. Pengelompokan banyak
molekul polimerase yang mentranskripsi suatu gen secara bersamaan
akan meningkatkan jumlah mRNA yang ditranskripsi dari gen
tersebut, yang membantu sel membuat protein yang dikodekan dalam
jumlah besar.
c.terminasi

Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari


daerah promoter berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi
selesai, rantai DNA menyatu kembali seperti semula dan RNA
polymerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas dan
terbentuklah mRNA yang baru. Pada sel prokariotik, RNA hasil
transkripsi dari DNA, langsung berperan sebagai mRNA.
Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode protein pada
sel eukariotik, akan menjadi mRNA yang fungsional (aktif) setelah
melalui proses tertentu terlebih dahulu. Dengan demikian, pada rantai
tunggal mRNA terdapat beberapa urut-urutan basa nitrogen yang
merupakan komplemen (pasangan) dari pesan genetik (urutan basa
nitrogen) DNA. Setiap tiga macam urutan basa nitrogen pada
nukleotida mRNA hasil transkripsi ini disebut sebagai triplet atau
kodon.

2. Translasi

Inisiasi Translasi Pada Eukariot

• Pada eukaryot, kodon inisiasi adalah metionin molekul tRNA


inisiator disebut tRNAiMet .

• Ribosom bersama tRNAiMet dapat menemukan kodon awal


berikatan dengan ujung 5’ (tudung), kemudian melakukan
pelarikan (scanning) transkrip kearah hilir (dengan arah 5’ ke 3’)
sampai menemukan kodon awal.

• Pada eukariotik, faktor inisiasi translasi yang diperlukan adalah


eIF-1, -2, -3, -4, -5, dan -6 (huruf e adalah singkatan dari
eukariotik).

• Faktor eIF-3 mengubah sub unit kecil ribosom eukariotik (40S)


menjadi suatu bentuk yang siap untuk menerima aminoasil-tRNA
pertama.

• Setelah aminoasil-tRNA yang pertama melekat dengan bantuan


eIF-2, terbentuklah kompleks 43S.

• Selanjutnya, dengan bantuan eIF-4, mRNA melekat ke kompleks


43S membentuk kompleks 48S. Akhirnya, faktor eIF-5 membantu
sub unit besar (60S) untuk melekat pada kompleks 48S sehingga
dihasilkan kompleks 80S yang siap untuk melakukan translasi
mRNA.
• Faktor eIF-6 adalah suatu faktor anti asosiasi yang mencegah sub
unit 60S untuk berasosiasi dengan subunit 40S sebelum terbentuk
kompleks inisiasi.

• Faktor eIF-4F adalah suatu faktor yang melekat pada struktur


tudung pada ujung 5’.

• Faktor ini terdiri atas 3 bagian, yaitu eIF-4E, eIF-3, dan


poly[A]-binding protein, faktor eIF-4G menarik sub unit 40S ke
mRNA sehingga menstimulasi inisiasi translasi.
a. Inisiasi

Komponen-komponen Molekular Translasi

Dalam proses translasi, sel menerjemahkan pesan genetik dan


membangun polipeptida sesuai pesan tersebut. Pesan itu merupakan
serangkaian kodon disepanjang molekul mRNA, dan sang penerjemah
tersebut RNA transfer (transfer RNA, tRNA). Fungsi tRNA adalah
mentransfer asam amino dari kumpulan asam amino di sitoplasma ke
ribosom. Sel menjaga suplai ke 20 asam amino dalam sitoplasmanya,
dengan menyintesis sendiri dari senyawa-senyawa lain atau
mengambil dari larutan disekelilingnya. Ribosom menambahkan
setiap asam amino yang dibawa kepadanya oleh tRNA ke ujung rantai
polipeptida yang sedang tumbuh.

Molekul-molekul tRNA tidak sepenuhnya identik. Kunci


penerjemahan pesan genetik menjadi sekuens asam amino spesifik
adalah setiap tipe molekul tRNA mentranslasi kodon mRNA tertentu
menjadi asam amino tertentu. Ketika suatu molekul tRNA tiba di
ribosom, molekul tersebut membawa suatu asam amino spesifik pada
salah satu ujungnya. Pada ujung lain tRNA terdapat suatu triplet
nukleotida yang disebut antikodon (anticodon), yang berpasangan
basa dengan kodon komplementer pada mRNA. Contoh kodon
mRNA UUU , yang ditranslasi sebagai asam amino fenilalanin. tRNA
yang berpasangan dengan kodon ini melalu ikatan hidrogen memiliki
AAA sebagai anti kodon dan pembawa fenilalanin di ujung lain.
Ketika seutas molekul mRNA bergerak melalui ribosom, fenilalanin
akan ditambahkan ke rantai polipeptida setiap kali kodon UUU
disajikan untuk translasi. Kodon demi kodon, pesan genetik di
translasikan ketika tRNA meletakkan asam amino dalam urutan yang
tertera, dan ribosom menggabungkan asam amino itu menjadi seutas
rantai. Molekul tRNA merupakan penerjemah karena dapat membaca
kata asam nukleat (kodon mRNA) dan menerjemahkannya menjadi
kata protein (asam amino).

Translasi bersifat sederhana dari segi prinsip, namun bersifat


kompleks dari segi kimiawi dan mekanismenya, terutama dalam sel
eukariot. Dalam translasi akan terpusat perhatian pada versi yang
tidak terlalu rumit dari proses tersebut, yaitu translasi yang terjadi
pada bakteri.

Struktur dan fungsi RNA transfer

Seperti mRNA dan tipe-tipe RNA selain, molekul RNA transfer


di transkripsikan dari cetakan DNA. Dalam sel eukariot, tRNA,
seperti mRNA, dibuat didalam nukleus dan harus berpindah dari
nukelus ke sitoplasma, tempat transali terjadi. Pada sel bakteri
maupun eukariota, setiap molekul tRNA digunakan berulang-ulang,
mengambil asam amino yang sesuai dengannya didalam sitosol,
melatakan muatan ini pada rantai polipeptida di ribosom, dan
kemudian meninggalkan ribosom, siap untuk mengambil asam amino
lagi.

Suatu molekul tRNA terdiri dari seutas untai RNA tunggal yang
panjangnya hanya sekitar 80 nukleotida (dibandingkan dengan
sebagian besar molekul mRNA yang panjangnya ratusan nukleotida).
karena keberadaan rentangan basa komplementer yang dapat saling
berikatan hidrogen, untaian tunggal ini dapat menggulung dan
membentuk molekul berstruktur tiga dimensi. Dengan dipipihkan ke
dalam satu bidang untuk menunjukkan perpasangan basa ini, molekul
tRNA terlihat seperti daun semanggi. Perpasangan yang benar antara
tRNA dengan asam amino dilakukan oleh suatu enzim
aminoasil-tRNA sintetase (aminoacyl-tRNA synthetase).

RIBOSOM

Ribosom memfasilitasi perpasangan spesifik antikodon tRNA


dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Ribosom tersusun atas
dua subunit, disebut subunit besar dan kecil. Subunit ribosom terbuat
darI protein dan molekul RNA yang disebut RNA ribosom (ribosomal
RNA), atau rRNA. Pada eukariota, subunit itu dibuat di nukleolus. Gen
RNA ribosom pada DNA kromosom ditranskripsi, dan RNA diproses
serta dirakit dengan protein-protein yang diimpor dari sitoplasma.
Subunit ribosom yang dihasilkan kemudian diekspor melalui pori-pori
nukleus ke sitoplasma. Pada bakteri maupun eukariota, subunit besar
dan kecil bergabung membentuk ribosom fungsional hanya ketika
melekat ke molekul mRNA. Sekitar dua-pertiga massa ribosom terdiri
atas rRNA, yang bisa terdiri atas tiga molekul (pada bakteri) atau
empat (pada eukariota). Karena sebagian besar sel mengandung ribuan
ribosom, rRNA adalah tipe RNA selular yang paling melimpah.
Walaupun ribosom bakteri dan eukariota memiliki Struktur dan fungsi
yang sangat mirip, ribosom eukariota sedikit lebih besar dan memiliki
komposisi molekular yang agak berbeda dari ribosom bakteri.
Perbedaan tersebut sangat bermakna dalam kedokteran. Obat- obatan
antibiotika tertentu dapat menginaktivasi ribosom bakteri tanpa
menghambat kemampuan ribosom eukariot membuat protein.
Obat-obatan ini, termasuk tetrasiklin dan streptomisin, digunakan
untuk memerangi infeksi bakteri. Struktur ribosom mencerminkan
fungsinya yang mempertemukan mRNA dengan tRNA yang
mengangkut untuk mRNA, setiap asam amino. Selain situs pengikatan
untuk mRNA, setiap ribosom memiliki tiga situs pengikatan untuk
tRNA Situs P (P site, situs peptidil-tRNA) menampung tRNA yang
membawa rantai polipeptida yang sedang tumbuh, sedangkan situs A
(A site, situs aminoasil- tRNA) menampung tRNA yang mengangkut
asam amino yang akan ditambahkan berikutnya ke rantai tersebut.
tRNA yang telah melepaskan muatannya meninggalkan ribosom dari
situs E (exit atau E site, tempat keluar). Ribosom menahan tRNA dan
mRNA dalam posisi yang sangat berdekatan dan menempatkan asam
amino baru untuk ditambahkan ke ujung karboksil polipeptida yang
sedang tumbuh. Ribosom kemudian mengkatalisis pembentukan
ikatan peptida. Sembari bertambah panjang, polipeptida melewati
terowongan keluar (exit tunnel) pada subunit besar ribosom. Setelah
selesai dibuat, polipeptida dilepaskan ke sitosol melalui terowongan
keluar. Penelitian terbaru sangat kuat menyokong hipotesis bahwa
rRNA, bukan protein, adalah yang paling bertanggung jawab terhadap
struktur dan fungsi ribosom. Protein-protein ribosom, yang sebagian
besar berada pada posisi eksterior, menyokong perubahan bentuk
molekul rRNA saat melakukan katalisis selama translasi. RNA
ribosom merupakan penyusun utama antarmuka (interface) di antara
kedua subunit sekaligus penyusun situs A dan situs P, dan merupakan
katalis pembentukan ikatan peptida. Dengan demikian, ribosom dapat
dianggap sebagai suatu ribozim yang berukuran raksasa.

a. Inisiasi

Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah
membawa sandi bagi asam amino yang akan dibuat, serta mengikat
pada bagian inisiator tRNA.
Selanjutnya, molekul besar ribosom juga ikut terikat bersama
ketiga molekul tersebut membentuk kompleks inisiasi.
Molekul-molekul tRNA mengikat dan memindahkan asam amino dari
sitoplasma menuju ribosom dengan menggunakan energi GTP dan
enzim.
Bagian ujung tRNA yang satu membawa antikodon, berupa
triplet basa nitrogen. Sementara, ujung yang lain membawa satu jenis
asam amino dari sitoplasma.
Kemudian, asam amino tertentu tersebut diaktifkan oleh tRNA
tertentu pula dengan menghubungkan antikodon dan kodon (pengode
asam amino) pada mRNA. Kodon pemula pada proses translasi
adalah AUG, yang akan mengkode pembentukan asam amino
metionin.
Oleh karena itu, antikodon tRNA yang akan berpasangan dengan
kodon pemula adalah UAC. tRNA tersebut membawa asam amino
metionin pada sisi pembawa asam aminonya.
a. Elongasi

Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon


sehingga dihasilkan asam amino satu demi satu. Asam-asam amino
yang telah diaktifkan oleh kerja tRNA sebelumnya, dihubungkan
melalui ikatan peptida membentuk polipeptida pada ujung tRNA
pembawa asam amino.
Misalnya, tRNA membawa asam amino fenilalanin, maka
anticodon berupa AAA kemudian berhubungan dengan kodon mRNA
UUU. Fenilalanin tersebut dihubungkan dengan metionin membentuk
peptida. Melalui proses elongasi, rantai polipeptida yang sedang
tumbuh tersebut semakin panjang akibat penambahan asam amino.
3) Terminasi

Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA


bertemu dengan kodon UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian,
rantai polipeptida yang telah terbentuk akan dilepaskan dari ribosom
dan diolah membentuk protein fungsional.
Perbedaan Proses Transkripsi Dan Translasi Pada Prokariotik
dan Eukariotik mekanisme dasar transkripsi dan translasi mirip pada
prokariotik dan eukariotik, namun ada perbedaan penting dalam aliran
informasi genetik pada sel-sel. Sel prokariotik tidak memiliki nukleus,
DNAnya tidak disegregasi dari ribosom dan peralatan penyintesis
protein lain. Ketiadaan segregasi ini memungkinkan translasi mRNA
dimulai saat transkripsi masih berlangsung. Sebaliknya, dalam sel
eukariotik, selaput nukleus memisahkan tempat dan waktu
berlangsungnya transkripsi dan translasi.
Transkripsi terjadi di dalam nukleus, dan mRNA ditranspor ke
sitoplasma, tempat translasi terjadi. Namun sebelum bisa
meninggalkan nukleus, transkrip RNA eukariotik dari gen pengode
protein dimodifikasi dalam berbagai cara untuk menghasilkan mRNA
akhir yang fungsional.
Transkripsi gen eukariotik pengode protein menghasilkan
pre-mRNA, dan pemrosesan lebih lanjut menghasilkan mRNA akhir.
Awal transkrip RNA dari gen apapun, termasuk yang mengodekan
RNA yang tidak ditranslasi menjadi protein, secara umum disebut
transkrip primer ( primary transcript ).