“ISOLASI DNA”

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI

Oleh :

1. Afiifa Istamarra

2. Aulia Rahman F

3. Nur Laila F

4. Siti Muawanah

SMAN 1 JEMBER
2010/2011
 ISOLASI DNA
(Ekstraksi DNA)

Ι. Dasar Teori
Genetika adalah ilmu yang mempelajari sifat-sifat keturunan (hereditas) serta
segala seluk beluknya secara ilmiah.senyawa kimia di dalam inti sel (uanine) yang
disebut asam nukleat. Asam nukleat berfungsi sebagai informasi uanine yang mengatur
pemunculan sifat suatu makhluk hidup. Suatu sifat akan dimunculkan melalui
pengendalian enzim-enzim atau senyawa protein lain yang disintesis oleh asam nukleat.
Selain itu dengan adanya asam nukleat segala aktivitas hidup dikendalikan (proses-proses
uanineal dalam tubuh makhluk hidup yang terjadi di dalam setiap sel) melalui
pengendalian enzim-enzim yang disintesis oleh asam nukleat. Fungsi pengendalian dan
pengaturan sintesis protein inilah yang dijadikan dasar untuk menyebut asam nukleat
sebagai substansi genetika (pembawa informasi uanine).
Asam nukleat dibedakan atas DNA (Deoxyribonucleic acid) dan RNA
(Ribonucleic acid). Kedua macam asam nukleat tersebut disusun oleh unit-unit uanineal
yang disebut nukleutida, sehingga asam nukleat dapat dinamakan juga polinukleutida
(polimer nukleutida). Setiap nukleutida terdiri dari gula uanine (gula 5 atom karbon),
gugus fosfat dan basa nitrogen. Basa nitrogen dikelompokkan menjadi dua, yaitu basa
purin (basa nitrogen yang memiliki dua struktur cincin, meliputi basa adenine (A) dan
guanine (G)) dan basa pirimidin (basa nitrogen yang memiliki satu struktur cincin,
meliputi basa timin (T), sitosin (C) dan urasil (U).
Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan dinding sel, yang
dapat dilakukan baik dengan cara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh
maupun dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim. Langkah berikutnya adalah
lisis sel. Bahan-bahan sel yang relatif lunak dapat dengan mudah diresuspensi di dalam
medium bufer nonosmotik, sedangkan bahan-bahan yang lebih kasar perlu diperlakukan
dengan deterjen yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS).
Pada eukariot langkah ini harus disertai dengan perusakan membran nukleus.
Setelah sel mengalami lisis, remukan-remukan sel harus dibuang. Biasanya pembuangan
remukan sel dilakukan dengan sentrifugasi. Protein yang tersisa dipresipitasi
menggunakan fenol atau pelarut organik seperti kloroform untuk kemudian disentrifugasi
dan dihancurkan secara enzimatis dengan proteinase. DNA yang telah dibersihkan dari
protein dan remukan sel masih tercampur dengan RNA sehingga perlu ditambahkan
RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA. Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut
kemudian dimurnikan dengan penambahan amonium asetat dan alkohol atau dengan
sentrifugasi kerapatan menggunakan CsCl .
Teknik isolasi DNA tersebut dapat diaplikasikan, baik untuk DNA genomik
maupun DNA vektor, khususnya plasmid. Untuk memilih di antara kedua macam
molekul DNA ini yang akan diisolasi dapat digunakan dua pendekatan. Pertama, plasmid
pada umumnya berada dalam struktur tersier yang sangat kuat atau dikatakan mempunyai
bentuk covalently closed circular (CCC), sedangkan DNA kromosom jauh lebih longgar
ikatan kedua untainya dan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi. Perbedaan
tersebut menyebabkan DNA plasmid jauh lebih tahan terhadap denaturasi apabila
dibandingkan dengan DNA kromosom. Oleh karena itu, aplikasi kondisi denaturasi akan
dapat memisahkan DNA plasmid dengan DNA kromosom.
II. Teknik Isoalsi DNA

Pendekatan kedua didasarkan atas perbedaan daya serap etidium bromid, zat
pewarna DNA yang menyisip atau melakukan interkalasi di sela-sela basa molekul DNA.
DNA plasmid akan menyerap etidium bromid jauh lebih sedikit daripada jumlah yang
diserap oleh DNA kromosom per satuan panjangnya. Dengan demikian, perlakuan
menggunakan etidium bromid akan menjadikan kerapatan DNA kromosom lebih tinggi
daripada kerapatan DNA plasmid sehingga keduanya dapat dipisahkan melalui
sentrifugasi kerapatan.

1. Tujuan :
• Mengekstraksi DNA dari hati ayam
• Megetahui bentuk dari DNA itu sendiri

2. Alat dan Bahan :

- Hati ayam

- Garam dapur 1/8 sdt

- 1 cup (200 ml) air dingin/ cool water

- 1 sdm sunlight

- Daun papaya yang sudah diuleg/dijus (+ air secukupnya)

3. Prosedur Kerja :
1. Hati ayam + garam (sebagai buffer memberikan suasana ionic) ditambah air
dingin (untuk melarutkan enzim lisosim menjadi tidak aktif)
2. Lalu diuleg (sehalus muungkin)
3. Ditambah 1-2 sdm sunlight (untuk memecah sel)
4. Dimix, tunggu selama 10 menit
 5. Isikan ke mikrotub 1/3 bagian saja
6. Tambah perasan/jus daun papaya (sekitar 1 ml)
7. Kocok secara lembut (stir gently)
8. Tambahkan 70-95 % etanol/isopropanol/alcohol 70-95%A

4. Analisa Hasil Kerja

Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan dinding sel, yang
dapat dilakukan baik dengan cara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh
maupun dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim. Langkah berikutnya adalah
lisis sel. Bahan-bahan sel yang relatif lunak dapat dengan mudah diresuspensi di dalam
medium bufer nonosmotik, sedangkan bahan-bahan yang lebih kasar perlu diperlakukan
dengan deterjen yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat (SDS).

Pada eukariot langkah ini harus disertai dengan perusakan membran nukleus.
Setelah sel mengalami lisis, remukan-remukan sel harus dibuang. Biasanya pembuangan
remukan sel dilakukan dengan sentrifugasi. Protein yang tersisa dipresipitasi
menggunakan fenol atau pelarut organik seperti kloroform untuk kemudian disentrifugasi
dan dihancurkan secara enzimatis dengan proteinase. DNA yang telah dibersihkan dari
protein dan remukan sel masih tercampur dengan RNA sehingga perlu ditambahkan
RNAse untuk membersihkan DNA dari RNA. Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut
kemudian dimurnikan dengan penambahan amonium asetat dan alkohol atau dengan
sentrifugasi kerapatan menggunakan CsCl .
Pada analisa ini, kami melihat adanya suatu pergerakan molekul larutan yaitu
berupa menyerupai serabut-serabut benang pada saat di bawa ke daerah yang lebih
terang. Setelah kami menanyakan kepada guru pembimbing ternyata itu adalah DNA hati
ayam yang terisolasi.
5. Gambar Hasil Kerja