TUGAS BIOINFORMATIKA

6 MEI 2019
Membuat primer xynB Bacillus subtilis

Langkah kerja mencari daerah conserve:

1. Membuka website NCBI

https://www.ncbi.nlm.nih.gov

2. Pada kolom pencarian ketik “xynB” dan setting diubah dari “All Database” menjadi
“Gene”
3. Kemudian klik “search” dan akan dihasilkan tampilan seperti berikut. Klik hasil
keempat.

4. Akan muncul hasil seperti berikut. Kemudian klik “FASTA”

5. Hasil FASTA kemudian di BLAST dengan mengklik “Run Blast”

6. Kemudian akan dihasilkan tampilan seperti berikut. Lalu klik “BLAST”

7. Akan dihasilkan hasil seperti berikut ini.

8. Buka di tab baru. Website NCBI Multiple Sequence Alignment

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/msaviewer/
9. Kemudian klik “Upload”

10. Akan ditampilkan hasil seperti berikut ini.

11. Masukkan nomor RID yang diperoleh dari hasil BLAST sebelumnya di kotak yang
disediakan. Kemudian klik “upload” tunggu hingga tombol berubah warna menjadi
abu-abu lalu kemudian klik “close”
12. Kemudian akan dihasilkan hasil seperti berikut ini. Daerah berwarna abu-abu
merupakan daerah yang memilki kesamaan basa nukleotida, sedangkan yang berwarna
merah merupakan daerah yang memiliki perbedaan dalam basa nukleotida. Cari daerah
abu-abu yang cukup panjang untuk dijadikan sebagai sekuen primer.

13. Diperoleh daerah abu-abu yang digunakan sebagai desain primer.

Untuk daerah sekuen primer forward diambil sekitar 415 hingga 539 bp
Daerah sekuen primer forward:
TATTTATTAAATATGTTATGGGATCACCGTATTGATCGGCACTCATTTGGAGGAATTGTTATACAGGAA
TATTCTGATAAAGAGCAAAAATTAATCGGTAAACCAAAAGTTATATTTGAAGGAAC
Untuk daerah sekuen primer forward diambil sekitar 1048 hingga 1185 bp
Daerah sekuen primer reverse:
ACGAATGAATTAGGTTCATTGACTCAAGCGCCAAATCATTTACGATTATTCGGTCATGAATCATTGACC
TCGACATTTACTCAGGCATTTGTAGCCAGACGTTGGCAAAGTCTCCATTTTGAAGCGAAACTGCTGTT
Langkah Kerja Untuk Desain Primer xynB

1. Membuka website Primer3Plus

https://primer3plus.com
2. Kemudian klik “Run Primer3Plus”

3. Akan dihasilkan tampilan seperti berikut ini

4. Masukkan sekuen primer forward dan reverse yang telah diperoleh dari hasil Multiple
Sequence Aligment sebelumnya. Untuk desain primer forward, centang pada “pick
right primer” dihilangkan, dan begitu juga sebaliknya untuk desain primer rever,
centang pada “pick left primer”. Kemudian pada tab Advanced Setting, lakukan setting
parameter. Pada “Max-Poly-X” masukkan angka 3.
5. Kemudian klik “pick primer”
6. Akan dihasilkan tampilan seperti berikut ini.
Primer Forward : CCGTATTGATCGGCACTCAT

Primer Reverse : GGCGCTTGAGTCAATGAACC