1, Agustus 2014 : 1 - 8
MOKHAMAD IRFAN
ABSTRAK
Aspek kesuburan tanah ditandai oleh baiknya sifat biologi tanah. Salah satu unsur yang penting dari
sifat biologi tanah adalah populasi bakteri yang terdapat di dalamnya. Penelitian ini telah dilaksanakan
pada bulan Februari sampai dengan Mei 2013 di PT. Tambang Hijau dan Laboratorium Patologi,
Entomologi dan Mikrobiologi Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau. Penelitian ini
bertujuan untuk mengetahui jumlah populasi bakteri yang berada di perkebunan kelapa sawit lahan
gambut pada tingkat kedalaman tanah 0 cm (permukaan tanah), 25 cm, 50 cm, 75 cm dan 100 cm,
selain itu penelitian ini juga bertujuan menganalisis morfologi bakteri tanah secara makroskopis
maupun mikroskopis. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah observasi. Metode
pengambilan sampel yang digunakan adalah metode komposit, yaitu menggabungkan 9 anak sampel
tanah yang diambil dari 9 titik sampel pada petak tanah yang sama secara diagonal. Hasil penelitian
menunjukkan jumlah populasi bakteri tertinggi pada permukaan tanah perkebunan kelapa sawit umur
6 tahun yaitu 1,06x106 CFU, sedangkan populasi bakteri pada permukaan tanah perkebunan kelapa
sawit umur 3 tahun yaitu 1,16 x 105 CFU. Hasil pemurnian biakan didapatkan 12 isolat murni yang
seluruhnya merupakan bakteri gram negatif, 7 isolat berbentuk coccus dan 5 berbentuk bacil. Perlu
dilakukan penelitian lanjutan tentang identifikasi bakteri hingga tingkat spesies.
Kata Kunci: Isolasi bakteri tanah, populasi bakteri, kelapa sawit lahan gambut
1
Isolasi Enumerasi Bakteri Tanah Gambut (Mokhamad Irfan)
BAHAN DAN METODE yang berisi larutan garam fisiologis steril (NaCl
0,85%) dengan volume 9 ml. Sampel tanah
Pengambilan Sampel yang telah dilarutkan dengan NaCl 0,85%
Pengambilan sampel dilakukan kemudian dihomogenkan menggunakan vortex
dengan cara komposit yaitu menggabungkan dan diberi label pada tabung reaksi 10-1.
sampel tanah yang didapatkan dari beberapa Tabung reaksi pengenceran 10-1 diambil 1 ml
titik yang berbeda dengan kedalaman yang menggunakan pipet volume kemudian
sama. Lokasi pengambilan sampel dilakukan dimasukkan ke tabung reaksi yang berisi 9 ml
di lahan perkebunan kelapa sawit umur larutan NaCl steril dan dihomogenkan. Proses
tanaman 3 tahun dengan luas lahan 25 ha dan ini dilakukan sampai mendapatkan
lahan perkebunan kelapa sawit umur tanaman pengenceran 10-5.
6 tahun dengan luas lahan 30,15 ha. Setiap
areal diambil 9 anak sampel yang kemudian Isolasi bakteri dan Perhitungan Jumlah
dikompositkan berdasarkan kedalaman yang Koloni
sama yaitu sampel tanah permukaan, Larutan tanah dan NaCl 0,85% pada
kedalaman 25 cm, 50 cm, 75 cm, dan 100 cm seri pengenceran 10-2-10-5 diteteskan pada
sehingga didapat 5 sampel tanah. Tanah yang media padat Nutrient Agar (NA) dalam cawan
diambil sebagai sampel adalah tanah yang petri sebanyak 0,5 ml kemudian diratakan
berada di sekitar piringan tanaman kelapa menggunakan batang penyebar. Setiap
sawit. Lokasi sampel yang diambil tanahnya pengenceran diulang dua kali. Kemudian
dibersihkan dari seresah, kemudian bor tanah cawan petri diinkubasi dalam posisi terbalik
gambut yang disiapkan disemprot dengan selama 3-4 hari dengan suhu 370C.
alkohol 90%. Selanjutnya bor ditekan ke dalam Metode yang digunakan untuk
tanah, lalu tanah yang berada dalam bor menghitung jumlah koloni adalah metode
diambil menggunakan spatula. Sampel tanah cawan hitung. Cawan yang dipilih dan dihitung
yang diambil dimasukkan ke dalam botol adalah cawan petri yang mengandung koloni
sampel dan ditutup rapat kemudian diberi label antara 30-300. Jika tidak ada, maka dipilih
kemudian dibawa ke laboratorium. yang mendekati 300. Prinsip dari metode ini
adalah jika sel mikroba yang masih hidup
Pengukuran pH Sampel ditumbuhkan dalam media, maka mikroba
Pengukuran pH dilakukan tersebut akan berkembang biak dan
menggunakan pH meter dengan rasio 1:5. membentuk koloni yang dapat dilihat langsung
Sampel tanah ditimbang seberat 10 g dan kemudian dihitung tanpa menggunakan
kemudian dimasukkan ke dalam botol mikroskop. Rumus menghitung jumlah koloni
pengocok yang berisi aquades 50 ml. Setelah adalah sebagai berikut (Omar et al., 1996) :
itu botol dikocok dengan mesin pengocok
selama 30 menit kemudian disuspensi 1 1
menggunakan pH meter. 𝐽𝑢𝑚𝑙𝑎ℎ𝑘𝑜𝑙𝑜𝑛𝑖 𝑚𝑙 = × ×𝑗𝑢𝑚𝑙𝑎ℎ𝑘𝑜𝑙𝑜𝑛𝑖𝑑𝑎𝑙𝑎𝑚𝑐𝑎𝑤𝑎𝑛
𝑣𝑜𝑙.𝑠𝑎𝑚𝑝𝑒𝑙 𝑓𝑎𝑘𝑡𝑜𝑟𝑝𝑒𝑛𝑔𝑒𝑛𝑐𝑒𝑟𝑎𝑛
Pengenceran Sampel
Sampel tanah sebanyak 1 g ditimbang
kemudian dimasukkan ke dalam tabung reaksi
Pewarnaan gram bertujuan untuk
Pemurnian Biakan Murni membedakan bakteri menjadi dua kelompok
Isolat bakteri yang didapat harus yakni, bakteri Gram positif dan bakteri Gram
dimurnikan untuk mendapatkan biakan murni negatif. Bakteri yang digunakan yaitu bakteri
karena koloni yang tumbuh dalam cawan petri yang berumur kurang dari 20 jam.
masih terdapat beberapa koloni. Pemurnian
bakteri tanah gambut dilakukan dengan cara Identifikasi Bakteri
penggoresan agar menggunakan teknik Identifikasi bakteri tanah gambut
goresan sinambung. Jarum ose yang telah dilakukan secara mikroskopis dan
dipijarkan hingga merah kemudian didinginkan makroskopis. Pengamatan makroskopis
lalu digunakan untuk mengambil koloni bakteri bertujuan untuk mengamati morfologi koloni
dalam cawan petri. Jarum ose yang telah yang tumbuh pada media NA yaitu meliputi
digunakan untuk mengambil bakteri pengamatan bentuk koloni, tepi koloni,
digoreskan setengah di lempengan agar, permukaan koloni, dan warna koloni.
kemudian lempengan diputar 180o lalu Pengamatan mikroskopis bertujuan untuk
digoreskan kembali pada permukaan mengamati pewarnaan Gram dan bentuk sel
lempengan agar yang tersisa (Waluyo, 2008). bakteri tanah gambut.
Pewarnaan Gram
2
Jurnal Agroteknologi, Vol. 5 No. 1, Agustus 2014 : 1 - 8
Tabel 1. pH Tanah Gambut pada Kebun Kelapa Sawit Umur 3 dan 6 Tahun
Kedalaman pH tanah kebun kelapa sawit pH tanah kebun kelapa sawit
Tanah umur 3 tahun umur 6 tahun
0 cm 3,73 3,83
25 cm 3,63 3,79
50 cm 3,97 3,64
75 cm 4,05 3,41
100 cm 4,48 3,41
Rataan pH 3,97 3,62
Pada perkebunan kelapa sawit yang bakteri yang tumbuh pada pengamatan di
berumur 3 tahun dapat dilihat bahwa pada cawan petri.
kedalaman 0 dan 25 cm pH tanah Secara keseluruhan populasi bakteri
menunjukkan semakin masam yaitu pada terbanyak berada pada permukaan tanah (0
kedalaman 0 cm pH tanah 3,73 dan pada cm) dibanding dengan kedalaman 25, 50, 75
kedalaman 25 cm berkurang menjadi 3,63, dan 100 cm. Alexander (1977) cit. Ardi (2009)
sedangkan pada kedalaman 50 cm, 75 cm dan mengatakan bahwa secara umum populasi
100 cm pH tanah menunjukkan bahwa mikroorganisme terbesar terdapat di lapisan
semakin dalam tanah maka semakin tinggi pH horizon permukaan. Hasil penelitian ini
tanahnya. Pada Tabel 1. dapat dilihat pada didukung oleh penelitian Nurjanna (2001)
kedalaman 50 cm memiliki pH tanah 3,97, bahwa jumlah populasi bakteri asal tambak
pada kedalaman 75 cm pH tanah menjadi 4,05 tanah gambut pada kedalaman 0-10 cm lebih
dan pada kedalaman 100 cm menjadi 4,48. tinggi daripada kedalaman 100-110 cm.
Hal ini diduga karena pada kedalaman 50 cm Tingginya jumlah populasi bakteri di
hingga 100 cm adanya pasir palsu permukaan tanah atau rizosfer diduga karena
(pseudosand). Menurut Batubara (2009) pasir pada permukaan tanah memiliki syarat tumbuh
palsu terbentuk karena adanya pemanasan yang cocok untuk pertumbuhan bakteri.
akibat pembakaran sehingga tanah gambut Menurut Mariana (2013) tingginya populasi
menjadi kehilangan kelembaban dan timbul bakteri di permukaan tanah disebabkan oleh
sifat penolakan terhadap air serta sifat kering sistem perakaran tumbuhan yang
tidak baik. memungkinkan ketersediaan substrat dan
suplai makanan sehingga metabolit akar
2. Jumlah Bakteri tanaman akan meningkatkan nutrisi di dalam
Data pada Tabel 2. dapat dilihat tanah yang berpengaruh terhadap populasi
bahwa jumlah bakteri pada tanah gambut di bakteri tanah. Hal yang sama juga dinyatakan
perkebunan kelapa sawit berumur 6 tahun Gibson (1987) cit. Purwaningsih et al., (2004)
lebih banyak daripada jumlah bakteri tanah bahwa keadaan mikrobiologi tanah pada
gambut yang berada di perkebunan kelapa daerah perakaran sangat ditentukan oleh
sawit umur 3 tahun. Pada perkebunan kelapa aktivitas metabolisme dan senyawa metabolit
sawit umur 6 tahun jumlah bakteri terbanyak yang dilepaskan tanaman melalui akar.
terdapat pada permukaan tanah (0 cm) yaitu Golongan mikroba Transient juga
1,06 x 106 Colony Forming Unit (CFU). Jumlah mempengaruhi jumlah populasi bakteri di
bakteri paling sedikit pada kedalaman 75 cm permukaan tanah. Menurut Sutedjo et al.
dan 100 cm yaitu 1,08 x 104 CFU. Pada (1991) mikroba transient adalah organisme
perkebunan kelapa sawit 3 tahun jumlah tanah yang diinokulasi di dalam tanah dengan
bakteri terbanyak terdapat pada permukaan disengaja (inokulasi leguminosa) maupun
tanah (0 cm) yaitu 1,16 x 105 CFU, sedangkan dengan tidak disengaja (unsur-unsur penyakit
jumlah bakteri paling sedikit terdapat pada hewan dan tanaman) akan tetapi keberadaan
kedalaman 100 cm yaitu tidak ditemukannya organisme di dalam tanah hanya sementara.
3
Isolasi Enumerasi Bakteri Tanah Gambut (Mokhamad Irfan)
Selain itu, lebih rendahnya populasi makanan untuk menjadi energi. Agus dan
bakteri pada kedalaman 25-100 cm dibanding Subiksa (2008) juga berpendapat bahwa
dengan permukaan tanah diduga karena pada dalam keadaan jenuh air atau anaerob
kedalaman 30 cm telah terdapat muka air menyebabkan rendahnya perkembangan biota
tanah sehingga menyebabkan suplai oksigen pengurai. Golongan bakteri yang dapat
menjadi berkurang. Menurut Utomo (2000) berkembang dalam keadaan ini adalah bakteri
kondisi gambut yang selalu tergenang dan anaerob yaitu bakteri yang tidak menggunakan
sedikitnya intensitas cahaya yang masuk ke udara bebas untuk hidupnya. Menurut Hartatik
dalam tanah menyebabkan kondisi oksigen et al. (2011) kondisi anaerob akan
tanah gambut semakin dalam akan semakin menyebabkan dekomposisi kayu-kayuan kaya
rendah. Menurut Dwidjoseputro (2005) oksigen lignin menghasilkan asam-asam fenolat
dari udara bebas sangat penting untuk sehingga kemasaman akan meningkatkan
pernapasan bakteri aerob, karena proses kemasaman gambut.
pernapasan bertujuan untuk membongkar zat
Kedalaman Perkebunan Kelapa Perkebunan Kelapa Sawit
Tabel 2. Jumlah Bakteri Per Gram Tanah Tanah Sawit Umur 3 Tahun Umur 6 Tahun
Gambut pada Perkebunan Kelapa 0 cm 1,16 x 105 CFU 1,06 x 106 CFU
25 cm 4,40 x 104 CFU 7,80 x 104 CFU
Sawit Umur 3 dan 6 Tahun
50 cm 3,00 x 103 CFU 1,16 x 104 CFU
75 cm 2,00 x 103 CFU 1,08 x 104 CFU
100 cm Tidak tumbuh 1,08 x 104 CFU
4
Jurnal Agroteknologi, Vol. 5 No. 1, Agustus 2014 : 1 - 8
5. Pewarnaan Gram dan Pengamatan Y tidak dapat terekstraksi (Pelczar dan Chan,
Bentuk Sel 1986).
Pada Tabel 4. menunjukkan bahwa Selain itu Pelczar dan Chan (1986)
seluruh isolat merupakan bakteri gram negatif. juga menjelaskan bahwa warna merah pada
Menurut Pelczar dan Chan (1986) mekanisme sel bakteri gram negatif juga disebabkan oleh
pewarnaan gram berdasarkan pada struktur sedikitnya kandungan peptidoglikan pada
dan komposisi dinding sel bakteri. Bakteri dinding sel. Peptidoglikan bakteri gram negatif
gram negatif memiliki dinding sel yang tipis mempunyai ikatan silang yang jauh kurang
dan komposisi lipid yang tinggi yaitu 11-22%. ekstensif dibandingkan dengan yang dijumpai
Sedangkan bakteri gram positif memiliki pada dinding bakteri gram positif. Hal ini
dinding sel yang tebal dan hanya memiliki menyebabkan pori-pori pada peptidoglikan
kandungan lipid sebesar 1-4%. bakteri gram negatif tetap cukup besar
Bakteri gram negatif memiliki sekalipun setelah perlakuan etanol sehingga
kandungan lipid yang tinggi dan dinding sel memungkinkan terjadi ekstraksi UK-Y. Pada
yang tipis sehingga ketika mendapat perlakuan bakteri gram positif, setelah perlakuan etanol,
alkohol pada proses pewarnaan gram kompleks UK-Y terperangkap di dalam
menyebabkan terekstraksinya lipid sehingga dinding, yang tampaknya mengurangi diameter
memperbesar daya rembes (permeabilitas) pori-pori pada peptidoglikan dinding sel.
dinding sel. Hal ini menyebabkan warna Ungu Pada Tabel 4. juga dapat dilihat
Kristal-Yodium (UK-Y) terekstraksi sehingga bahwa bentuk sel isolat bakteri yang diamati
organisme gram negatif kehilangan warna memiliki bentuk sel coccus dan bacil. Menurut
tersebut. Sedangkan warna ungu pada bakteri Dwijoseputro (2005), bakteri memiliki bentuk
gram positif setelah mendapat perlakuan sel batang (coccus), bulat (bacil), dan bengkok
pewarnaan gram dikarenakan oleh rendahnya (spiril). Bentuk sel bakteri sangat penting
kandungan lipid pada dinding sel sehingga dalam mencirikan morfologi suatu spesies
lipid menjadi terdehidrasi selama perlakuan (Pelczar dan Chan, 1986).
alkohol. Ukuran pori-pori mengecil,
permeabilitasnya berkurang dan kompleks UK-
5
Isolasi Enumerasi Bakteri Tanah Gambut (Mokhamad Irfan)
6
Jurnal Agroteknologi, Vol. 5 No. 1, Agustus 2014 : 1-8
7
Isolasi Enumerasi Bakteri Tanah Gambut (Mokhamad Irfan)
----
8
Volume 5 Nomor 1, Agustus 2014 PRINT ISSN 2087-0620
ONLINE ISSN 2356-4091
ISOLASI DAN ENUMERASI BAKTERI TANAH GAMBUT DI PERKEBUNAN KELAPA SAWIT PT.
TAMBANG HIJAU KECAMATAN TAMBANG KABUPATEN KAMPAR
Mokhamad Irfan ...................................................................................................................................... 1-8
PENGARUH PEMBERIAN MYOINOSITOL DAN ARANG AKTIF PADA MEDIA SUB KULTUR
JARINGAN TANAMAN ANGGREK (Dendrobium SP)
Pebra Heriansyah, Trinop Sagiarti, Rover ....................................................... 9-16
PERTUMBUHAN DAN HASIL KEDELAI (Glycine max (L.) Merill) DENGAN PEMBERIAN
RHIZOBIUM DAN PUPUK UREA PADA MEDIA GAMBUT
(Growth and yield of soybean (Glycine max (L.) Merill) with application of rhizobium and nitrogen
fertilizer on peat media)
Indah Permanasari, Mokhamad Irfan, Abizar .......................................................................................... 29-34