Lantai tiga memiliki tema oganisasi sosial dan pola pemukiman yang menyimpan koleksi berupa peralatan

sehari-hari, perhiasan, prasasti, benda-benda religi, benda-benda simbol kekuasaan, pakaian, dan lain-lain.
Gambaran kehidupan masyarakat pun dapat terlihat dari segi pemukimannya. Lantai ketiga merupakan
Ruang Organisai Sosial & Pola pemukiman. Hampir sama dengan ruangan rumah adat yang ada di gedung
lama, Ruangan ini juga menampilkan berbagai macam rumah adat beserta penjelasan tata letaknya. Selain
itu di ruangan ini juga ada beberapa relief yang menggambarkan kehidupan & tatanan sosial masyarakat
pada zaman kerajaan dahulu. Di Ruangan ini juga terdapat berbagai macam meja & kursi milik peninggalan
orang Belanda & berbagai macam model kapal yang pernah digunakan oleh para pelaut zaman dahulu.

Lantai empat merupakan ruang yang menyimpan koleksi emas dan keramik. Sumber koleksi banyak berasal
dari penggalian arkeologis, hibah kolektor sejak masa Hindia Belanda dan juga pembelian. Koleksi keramik
dan koleksi etnografi Indonesia di museum ini terbanyak dan terlengkap di dunia. Museum ini merupakan
museum pertama dan terbesar di Asia Tenggara. Untuk mencapai lantai empat, anehnya tidak dibuat
eskalator sehingga hanya bisa dicapai dengan menggunakan lift. Tidak kurang 35 kilogram emas yang
meliputi perhiasan, benda-benda upacara, dan mata uang yang kebanyakan berasal dari Khasanah
Wonoboyo, yang merupakan ruang pamer yang berisi koleksi hasanah emas yang merupakan hasil
penemuan sekitar tahun 1990 di beberapa daerah di Jawa Tengah dan merupakan temuan arkeologis paling
spektakuler abad 20 di Indonesia, dipamerkan di sini. Sementara untuk koleksi keramik, mirip seperti di
Ruang Keramik Gedung Lama. Saya malah ga paham apa bedanya. Sayangnya untuk tujuan keamanan, di
sini pengunjung tidak boleh mengambil foto.