Anda di halaman 1dari 7

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PANGAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN


PROGRAM STUDI TEKNOLOGI PANGAN
UNIKA SOEGIJAPRANATA
SEMARANG

ELEKTROFORESIS SDS PAGE DAN


KUANTITATIF PROTEIN
Monica Novelia P. Gianto 16.I1.0010
Kelompok C3

Abstrak

1. TUJUAN PRAKTIKUM AccuRuler RGB prestained protein


Tujuan praktikum kali ini yaitu untuk ladder, SDS PAGE sample buffer, tank
mengidentifikasi profil protein sampel buffer, stain solution (Coomasie Brilliant
berdasarkan berat molekulnya dengan Blue R), dan destain solution.
alat SDS PAGE, mengukur berat
molekul protein dari hasil SDS PAGE, 3.2. Metode
dan mengetahui profil protein yang telah 3.2.1.Persiapan Gel dan Elektroforesis
diketahui berat molekulnya. Mula-mula glass plate dibersihkan
dengan alkohol 75% pada kedua sisi
2. TINJAUAN PUSTAKA hingga tidak meninggalkan kotoran.
Selanjutnya, karet penyangga (silicone
3. MATERI METODE rubber seal) dipasangkan pada kaca yang
3.1. Materi direkatkan dengan klip. Setelah
3.1.1. Alat terpasang, dilakukan pemeriksaan pada
Alat-alat yang digunakan dalam pemasangan kaca dengan penuangan
praktikum ini adalah eppendorf, mikro etanol 95% dan didiamkan beberapa
pipet, mikro tip, filter paper, sarung saat. Apabila terjadi kebocoran,
tangan, gelas beaker, biometra Sodium pemasangan karet terhadap kaca diulangi
Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel kembali hingga tidak terjadi kebocoran.
Electrophoresis, fixing box, stain, Selama menunggu pengecekan,
penggaris, scanner dan destain box. dilakukan pembuatan stacking gel dan
3.1.2. Bahan running gel. Jika kebocoran glass plate
Bahan yang digunakan dalam praktikum tidak terjadi, larutan running gel
ini adalah alkohol 75%, alkohol 95%, dimasukkan ke dalam glass plate secara
ethanol 95%, acrylamide, 1,5M Tris HCl perlahan hingga batas yang ditentukan
pH 8,8; 0,5M Tris HCl pH 6,8; (3/4 bagian). Setelah pengisian, pastikan
aquabidest (DDH2O), SDS (Sodium tidak ada gelembung udara yang
Docecyl Sulfate), APS (Ammonium terbentuk. Jika terbentuk gelembung,
Persulfate ((NH4)2S2O8), TEMED, dapat ditambahkan alkohol 95%. Setelah

1
running gel mengeras, stacking gel 3.2.2. Kuantitatif Protein
ditambahkan diatasnya hingga mencapai Gel hasil SDS PAGE di scan terlebih
batas permukaan. Setelah itu comb dahulu untuk mendapatkan gambar
dipasangkan pada stacking gel dan digital. Setelah didapatkan gambar gel,
ditunggu hingga mengeras. Setelah gel dilakukan pengukuran jarak pita protein
mengeras, karet penyangga dilepas dan yang terbaca dari marker protein dengan
rangkaian glass plate dipindahkan ke rumus pencarian Rf. Setelah
dalam alat elektroforesis. Setelah mendapatkan nilai Rf, angka tersebut
dipasangkan dengan rapat, tank buffer dimasukkan ke dalam persamaan regresi
ditambahkan pada bagian dalam alat linear dengan rumus 𝑦 = 𝑎𝑥 + 𝑏 dengan
hingga penuh. Semua perangkat y = Log BM; x = Rf; BM = anti log y.
kemudian dipasangkan dan Setelah mendapatkan persamaan regresi
disambungkan dengan power supply, linear, dilakukan pengukuran jarak
mesin dinyalakan, dan dilihat apakah protein dari sampel pada gel, dan dicari
dapat bekerja dengan baik atau tidak. nilai Rf-nya. Nilai ini dimasukkan ke
Jika dapat bekerja dengan baik, mesin dalam persamaan regresi linear sebagai
dimatikan kemudian diatur kondisi arus x. Berat molekul sampel kemudian
pada 400 mA dan tegangan 180 volt digunakan untuk pencarian profil
selama 30 menit, atau hingga sampel protein. Analisis data dilakukan secara
mencapai running gel. Sampel yang akan bioinformatika dengan mengakses
digunakan untuk elektroforesis Protein Data Bank pada The Universal
diinkubasi terlebih dahulu didalam Protein Research
waterbath (air mendidih) selama 5 (http://www.uniprot.org/). Dalam
menit. Sampel yang dimasukkan ke website tersebut, dibagian search, ketik
dalam elektroforesis sebelumnya nama organisme yang akan dicari, pada
dihitung jumlahnya (v) berdasarkan kloter C adalah cow’s milk, kemudian
perbandingan dengan konsentrasi (M) klik “search”. Setelah masuk ke hasil
masing-masing sampel. Kemudian pencarian, pada tabel dapat terlihat ikon
running dijalankan hingga pewarna pensil, lalu diklik kemudian di bagian
sudah mencapai bagian bawah gel. sequences, pilihan “mass” diberi tanda
Power supply dimatikan, kabel dicabut, centang. Setelah itu klik “save” dibagian
dan penutup dibuka. Kemudian glass kiri atas atau bagian kanan bawah. Lalu
plate dibuka secara perlahan serta gel pada tabel hasil pencarian akan muncul
dipindahkan kedalam stain solution berat molekulnya (mass). Nama protein
kemudian didiamkan pada shaker sekitar dicari dengan melihat berat molekulnya
30 menit. Setelah itu, stain solution (BM pada haspeng satuannya masih kilo
dibuang dan diganti dengan destain dalton, sedangkan pada uni-prot
solution selama 4 jam – 1 malam. satuannya dalton sehingga BM perlu
Destain solution diganti sebanyak 3-4 dikali 1000 agar sama dengan BM pada
kali atau hingga warna biru pada tabel). Pencarian diurutkan berdasarkan
background gel hilang dan pita protein BM paling rendah atau besar dengan
dapat terlihat jelas. mengklik panah atas/bawah. Hasil

2
pencarian dicari yang paling mendekati
dengan BM hasil pengamatan setelah itu Elektroforesis adalah teknik pemisahan
nama proteinnya (protein names) dicatat. campuran berdasarkan pergerakan
partikel koloid bermuatan dengan
4. HASIL PENGAMATAN pengaruh medan listrik. Cara tersebut
Tabel 1. Perhitungan Rf protein ladder biasanya digunakan pada analisa virus,
gel asam nukleat, enzim, dan protein.
Berdasarkan tabel diatas, dapat dilihat Prinsip kerjanya yaitu gaya tarik
bahwa BM(kDA) yang dihasilkan elektrostatis, dimana biomolekul
secara berurutan yaitu 180;130;100;75; bermuatan diletakkan pada medan
dan 65. Panjang pita (cm) yang listrik sehingga akan bergerak bebas
dihasilkan yaitu 2,5; 2,9; 3,3; 3,7; dan menuju elektroda (anoda dan katoda)
4,2. Log (BM) yang dihasilkan yaitu yang menjadi lawan muatannya dalam
2,2553; 2,1139; 2,000; 1,8571; dan suatu matrix. Matriks adalah penyangga
1,7993. Rf yang diperoleh yaitu 0,6098; berpori pada saat terjadi pemisahan
0,7073; 0,8049; 0,9024; dan 1,0244 molekul, sehingga dalam memilih matriks
Tabel 2. Hasil pengukuran berat harus disesuaikan dengan molekul yang
molekul dan profil protein inget dipisahkan. Matriks juga dapat
Berdasarkan hasil percobaan, setiap menahan panas akibat adanya arus listrik
kelompok mempunyai panjang pita (Dolnik, 1997). Umumnya matriks yang
yang berbeda-beda. Rentang panjang digunakan adalah gel polyacrylamide.
pita yaitu 2,1 cm – 3 cm. Oleh karena Polyacrylamide struktur seperti spons yaitu
itu, hasil pada Rf, Y (Log BM), dan BM struktur ikatan silang dan ukuran porinya
(kDa) yang didapatkan berbeda-beda seukuran dengan banyak molekul protein.
juga. Ketiga hal diatas juga Dalam mendeteksi molekul yang
menyebabkan hasil profil protein yang terseparasi dalam gel dapat digunakan
tidak sama antar kelompok. autoradiografi atau pewarnaan,

5. PEMBAHASAN
Pada pratikum kali ini digunakan metode
SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate
SDS PAGE (Sodium dodecyl sulfate –
Polyacrylamide Gel Electrophoresis)
Polyacrylamide Gel Electrophoresis).
yaitu metode untuk memisahkan rantai Tujuan metode ini adalah untuk
polipeptida pada protein berdasarkan memisahkan protein berdasarkan berat
kemampuan untuk bergerak dalam arus molekulnya serta mengetahui profil
listrik dengan menggunakan protein tersebut. Metode SDS PAGE adalah
polyacrylamide sebagai pemisah. SDS salah satu metode elektroforesis untuk
akan membentuk kompleks bersama memisahkan protein dengan menggunakan
protein dan bermuatan negative. SDS matriks penyangga polyacrylamide gel dan
adalah deterjen anionic yang dapat detergen SDS (sodium dodecyl sulfate)
(Davis, 994). Sebelum dilakukan separasi
melapisi protein , sebagian besar
protein dengan SDS-PAGE, dilakukan
sebanding dengan BM nya, dan dapat
preparasi sampel dari hasil praktikum
mendenaturasi protein. isolasi protein sebelumnya. Isolat protein

3
dimasukkan ke dalam tabung eppendorf pemeriksaan pada pemasangan kaca
sebanyak 0,1 gram dan ditambahkan dengan penuangan etanol 95% dan
sample buffer (dengan perbandigan sampel didiamkan beberapa saat. Apabila terjadi
: buffer, 1 : 3). Penambahan sample buffer kebocoran, pemasangan karet terhadap
berfungsi dalam denaturasi protein pada kaca diulangi kembali hingga tidak terjadi
isolat, struktur protein yang kompleks kebocoran. Kebocoran ini dapat saja terjadi
dapat berubah menjadi lebih sederhana, saat glass plaste rusak (chipped),
sehingga pergerakan molekul melalui pemasangan spacer pada glass plate yang
matrix gel lebih mudah. Sample buffer tidak sejajar, maupun gasket (karet) yang
umumnya mengandung 10% glycerol, 1% sudah rusak, kotor, maupun tidak dipasang
SDS, 10 mM Tris-Cl pH 6.8, 1 mM ethylene secara benar (Bio-rad Laboratories, 2016).
diamine tetraacetic acid (EDTA), agen Selama menunggu pengecekan, dilakukan
reduksi dithiothreitol (DTT) atau 2- pembuatan stacking gel dan running gel.
mercaptoethanol, serta 0.05 mg/ml Jika kebocoran glass plate tidak terjadi,
bromophenol blue. Glycerol berperan larutan running gel dimasukkan ke dalam
dalam memberikan massa jenis agar glass plate secara perlahan hingga batas
sample dapat bergerak menuju stacking yang ditentukan (3/4 bagian). Running gel
gel yang dikelilingi buffer elektroda. Tris- adalah sebagai gel pemisah, yang berfungsi
HCl berfungsi sebagai buffer untuk untuk memisahkan protein berdasarkan
mencegah kerusakan dan aktivasi protein berat molekulnya.
karena protein sangat sensitif terhadap
perubahan pH yang sempit. Sedangkan
peran dari SDS, DTT, dan pemanasan Pratikum ini menggunakan sistem
adalah untuk mendenaturasi isolat protein. kontinus, yaitu menggunakan 2 gel
SDS (anionic detergent) akan memberi terpisah, stacking gel di bagian atas dan
muatan negatif pada protein sehingga running gel dibawahnya dengan gel buffer
struktur 2 dan 3 dimensi dari protein dapat dan tank buffer yang berbeda. Stacking gel
terpecah. Oleh karena itu diperlukan adalah gel yang memiliki pori besar, sedikit
reagen yang lebih kuat untuk kandungan akrilamid, dan ber-pH 6,8,
mendenaturasi beberapa struktur tersier berfungsi untuk mensejajarkan protein
dan kuartener yang memiliki ikatan dengan berat molekul berbeda pada suatu
disulfida (kovalen), seperti DTT atau 2- pita tipis sebelum masuk ke separating gel.
mercaptoethanol untuk memecah ikatan Sehingga berat molekul besar tidak dapat
disulfida (-S-S-) protein. Proses ini harus merusak (clog) pori pada bagian atas
dilakukan supaya pada gel, pita protein running gel sebelum protein dengan berat
dapat terbaca dengan baik. Oleh karena itu molekul kecil masuk. Saat elektroforesis
proses ini sangat penting (Garfin, 2003). terjadi protein akan begerak diantara
leading ion dan terminating ion hingga
mencapai running gel. Running gel adalah
Dalam melakukan metode SDS PAGE, gel yang memiliki pori lebih kecil, tinggi
mula-mula glass plate dibersihkan dengan kandungan akrilamid, dan ber-pH 8,8.
alkohol 75% pada kedua sisi hingga tidak Maka akan terjadi perubahan pH dari pH
meninggalkan kotoran. Selanjutnya, karet 6,8 menjadi pH 8,8. Hal ini menyebabkan
penyangga (silicone rubber seal) protein menjadi terminating ion dan
dipasangkan pada kaca yang direkatkan terbebas. Setelah itu maka molekul protein
dengan klip. Setelah terpasang, dilakukan dapat bergerak pada separating gel

4
dengan kecepatan berbeda (molekul kecil
bergerak lebih cepat) dan terpisah
Setelah pengisian, pastikan tidak ada
berdasarkan berat molekulnya (Garfin,
gelembung udara yang terbentuk, karena
2003).
menurut Magdeldin (2012) polimerisasi
acrylamide yang baik dilakukan pada
kondisi tanpa udara (O2), karena
Running gel terdiri dari Acrylamide, tris HCl
gelembung-gelembung tersebut dapat
pH 8,8, ddH2O, SDS (Sodium Dodecyl
membuat terjadinya pembelokan arah pita
Sulfate), APS (Amonium Persulfat), dan
protein yang terbentuk, menyebabkan
TEMED. Gel poliakrilamid terdiri dari
gangguan aliran listrik saat proses
akrilamid dan bis-akrilamid yang berfungsi
elektroforesis, serta mengganggu proses
untuk memisahkan sampel protein,
staining setelah elektroforesis. Hal ini
sehingga dapat menyaring molekul dan
dapat dihindari dengan menuangkan gel
meningkatkan pemisahan (Stryer, 2000).
dari sisi luar sandwich gel atau pada salah
Lehninger (1982) menambahkan gel juga
satu sisi spacer glass plate dengan
menjaga molekul yang telah terpisah
perlahan untuk mencegah gel
supaya tidak berdifusi terlalu cepat ke
memerangkap udara (Bio-Rad
dalam fase cair. Tris-HCl berfungsi sebagai
Laboratories, 2016). Jika terbentuk
buffer untuk mencegah kerusakan dan
gelembung, dapat ditambahkan alkohol
aktivasi protein karena protein sangat
95%.
sensitif terhadap perubahan pH yang
sempit. Lalu, ddH2O adalah air distilasi yang
berfungsi sebagai pelarut (Garfin, 2003).
Setelah running gel mengeras, stacking gel
SDS (anionic detergent) akan memberi
ditambahkan diatasnya hingga mencapai
muatan negatif pada protein sehingga
batas permukaan. Setelah itu comb
struktur 2 dan 3 dimensi dari protein dapat
dipasangkan pada stacking gel dan
terpecah. Sehingga protein yang
ditunggu hingga mengeras. Comb atau sisir
bermuatan positif akan tertarik
adalah alat yang berfungsi untuk
menyebabkan protein bergerak menuju
membentuk sumur pada gel sebelum
elektroda positif (Edy Susanto, 2010).
terjadi polimerisasi (pengerasan) gel,
Ammonium persulfate (APS) berperan
sehingga memudahkan dalam
dalam inisiator pengaktifan poliakrilamida,
memasukkan sampel. Semakin banyak dan
sehingga akan bereaksi dengan molekul
tebal gerigi sisir makan semakin banyak
poliakrilamida lainnya membentuk rantai
pula sampel yang dapat dimasukkan
polimer yang panjang. Kemudian TEMED
(Hames, 1998). Setelah gel mengeras, karet
berfungsi sebagai katalisator reaksi
penyangga dilepas dan rangkaian glass
polimerisasi akrilamid menjadi gel
plate dipindahkan ke dalam alat
poliakrilamid sehingga dapat digunakan
elektroforesis. Setelah dipasangkan dengan
dalam pemisahan protein. Penambahan
rapat, tank buffer ditambahkan pada
SDS, APS, dan TEMED harus dilakukan
bagian dalam alat hingga penuh. Tank
secara berurutan agar dapat terjadi
Buffer bersama dengan buffer tris-HCl akan
polimerisasi secara sempurna (Yepyhardi,
bekerja sama pada gel untuk
2009). Sedangkan stacking gel mempunyai
menggerakkan protein pada stacking gel
komposisi yang sama seperti running gel
(Magdeldin, 2012). Semua perangkat
hanya saja tris HCl yang digunakan
kemudian dipasangkan dan disambungkan
merupakan tris HCl pH 6,8.

5
dengan power supply, mesin dinyalakan,
dan dilihat apakah dapat bekerja dengan
Sampel yang dimasukkan ke dalam
baik atau tidak. Jika dapat bekerja dengan
elektroforesis sebelumnya dihitung
baik, mesin dimatikan kemudian diatur
jumlahnya (v) berdasarkan perbandingan
kondisi arus pada 10 mA dan tegangan 50
dengan konsentrasi (M) masing-masing
volt selama 30 menit, atau hingga sampel
sampel. Pada bagian sumur paling kiri diisi
mencapai running gel. Kemudian, arus
dengan marker (protein standard). Marker
diganti menjadi 15 mA dan tegangan 100
adalah campuran protein dengan berat
volt selama 90 menit atau hingga sampel
molekul tertentu yang telah diketahui
mencapai dasar gel. Tegangan dan arus
karakteristiknya dan memiliki ikatan
listrik pada proses elektroforesis berperan
kovalen dengan pewarna (Bio-Rad
sebagai tenaga penggerak molekul
Laboratories, 2016). Kemudian, sampel
bermuatan melalui pori matrix. Semakin
yang berada di tabung eppendorf diambil
tinggi tegangan dan arus yang diberikan,
dengan mikropipet dan dimasukkan ke
maka semakin cepat perpindahan molekul
dalam sumur secara perlahan supaya
kearah elektroda yang belainan dengan
sampel tidak menyebar ke dalam gel.
muatannya (ke arah elektroda positif).
Kemudian running dijalankan hingga
Tegangan harus diatur agar tidak sampai
pewarna sudah mencapai bagian bawah
ketinggian untuk menghindari
gel. Power supply dimatikan, kabel dicabut,
meningkatnya suhu pada buffer yang
dan penutup dibuka. Dalam proses
digunakan. Peningkatan suhu dapat
running, terjadi pergerakan sampel dari
menyebabkan matrix gel yang digunakan
stacking gel hingga mencapai separating
meleleh dan merusak struktur sampel.
gel pada kecepatan yang sama. Proses ini
Maka dari itu untuk gel berukuran normal
dibantu dengan buffer pada stacking gel
tegangan listrik yang digunakan kurang dari
berupa tris-HCl pH 6,8 dan juga tank buffer,
8 Volt/cm (jarak antar elektroda) dan arus
sehingga mereka akan bekerja sama
listrik kurang dari 75 mA. Namun,
seperti yang telah dijelaskan sebelumnya.
penggunaan arus yang terlalu kecil pun
tidak baik karena mengakibatkan
pelebaran (broadening) pita protein,
sehingga hasil pita akan terdispersi dan Protein yang terseparasi belum dapat
sulit dianalisa (Magdeldin, 2012). Sampel ditentukan jumlah dan titiknya sehingga
yang akan digunakan untuk elektroforesis harus dilakukan pengikatan cat (dye
diinkubasi terlebih dahulu didalam binding). Metode ini menggunakan suatu
waterbath (air mendidih) selama 5 menit. pewarna yang dapat berikatan dengan
Pemanasan bersama SDS dan agen protein sehingga protein menjadi bewarna
pereduksi berperan dalam denaturasi dan dapat terlihat. Pewarna yang
protein dengan struktur kompleks menjadi digunakan dalam praktikum ini adalah
lebih sederhana seperti yang telah Coomasie Brilliant Blue R250. Meskipun
dikatakan sebelumnya (Garfin, 2003). pewarna ini tidak sesensitiv silver stain
Kemudian sampel yang telah terdenaturasi tetapi pewarna ini mampu berikatan
divortex supaya protein yang mengendap dengan semua protein tanpa spesifitas
pada dasar tabung dapat terhomogenkan. tertentu dan proses pewarnaannya lebih
Selanjutnya sampel tersebut dimasukkan cepat (3 jam) daripada silver stain (6 jam)
(loading) ke dalam elektroforesis. (Neuhoff, 1988). Setelah pewarnaan maka
dapat diketahui bahwa semakin tinggi

6
konsentrasi protein yang dielektroforesis, sampel pada gel, dan dicari nilai Rf nya.
maka akan semakin jelas dan tebal pita Nilai yang didapat dimasukkan kedalam
yang dihasilkan. Namun, apabila persamaan regresi linear sebagai x. Lalu
konsentrasi protein yang dielektroforesis hasil dari perhitungan diantilog untuk
rendah, pita yang dihasilkan akan tipis didapatkan hasil berat molekul dari protein
Wibowo et al., (2012). Kemudian glass sampel. Berat molekul sampel kemudian
plate dibuka secara perlahan serta gel digunakan untuk pencarian profil protein.
dipindahkan kedalam stain solution Pencarian profil protein dilakukan melalui
kemudian didiamkan pada shaker sekitar website Universal Protein Resource
30 menit. Shaker berfungsi untuk (www.uniprot.org), dimana UniProt adalah
menggoyangkan gel dan pewarna supaya gabungan dari European Bioinformatics
pewarna tetap merata pada seluruh Institute (EMBL-EBI), SIB Swiss Institute of
permukaan gel (Bio-Rad Laboratories, Bioinformatics, dan Protein Information
2016). Setelah itu, stain solution dibuang Resource (PIR). UniProt menyimpan data-
dan diganti dengan destain solution selama data mengenai protein termasuk
4 jam – 1 malam. Destain solution diganti organisme sumbernya, berat molekul,
sebanyak 3-4 kali atau hingga warna biru sekuens, panjang, fungsi, dan masih
pada background gel hilang dan pita banyak informasi lain yang disusun oleh
protein dapat terlihat jelas. Perendaman ilmuan di seluruh dunia (UniProt, 2017).
dengan larutan destaining berfungsi untuk Retension faktor (Rf) adalah faktor
menghilangkan CBB yang tersisa dan yang penghambat untuk memisahkan protein-
tidak berada pada band protein, serta protein pada gel dengan cara menghambat
memperjelas band protein yang terbentuk laju migrasi protein sehingga terjadi
(Anam, 2009). pemisahan yang membentuk pita-pita
pada jarak migrasi yang saling berbeda
karena perbedaan berat molekul. Jarak-
Setelah semua proses SDS-PAGE selesai, jarak migrasi itulah yang merupakan nilai
kemudian dilakukan dokumentasi gel. Rf nya. Sehingga, dengan mencari nilai Rf
Walaupun gel mudah untuk disimpan, dapat kita ketahui berat molekul dari
tetapi dokumentasi secara digital lebih baik masing-masing protein. Hubungan antara
digunakan karena lebih mudah dan nilai Rf dan berat molekul dapat dilihat
sederhana. Untuk proses dokumentasi pada gambar 1.
secara digital, gel yang dihasilkan akan di-
scan dengan scanner. Setelah didapatkan
gambar gel, dilakukan pengukuran jarak
6. KESIMPULAN
pita protein yang terbaca dari marker
protein dengan rumus pencarian Rf (jarak 7. DAFTAR PUSTAKA
perpindahan relatif antara pita dengan 8. KESIMPULAN
pewarna). Setelah didapatkan nilai Rf, 8.1. Hasil Pengamatan
angka tersebut dimasukkan kedalam 8.2. Laporan Sementara
persamaan regresi linier y = a + bx. Lalu 8.3. Plagscan
setelah didapatkan persamaan regresi
linear, dilakukan pengukuran jarak protein

Anda mungkin juga menyukai