Anda di halaman 1dari 14

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

PENGENALAN SITUS BIOINFORMATIKA NCBI DAN PENGGUNAANNYA DALAM


MEMAHAMI PROSES EKSPRESI GEN

Oleh:
Nabila Fatin Aisiah
M0614026
S1 Farmasi 2014

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam


Universitas Sebelas Maret
Surakarta
2016
LAPORAN BIOLOGI MOLEKULER
PERCOBAAN 2
PENGENALAN SITUS BIOINFORMATIKA NCBI DAN PENGGUNAANNYA DALAM
MEMAHAMI PROSES EKSPRESI GEN

I. Tujuan
1. Dapat menelusuri identitas suatu gen berdasarkan sekuen nukleotida menggunakan
gene bank database.
2. Dapat memahami prinsip ekspresi gen yang meliputi transkripsi dan translasi serta
regulasinya.
3. Dapat mengidentifikasi bagian gen yang berperan sebagai promoter, coding
sequence (CDS), intron dan ekson, start dan stop kodon, serta regulating element.
4. Dapat memahami bagaimana suatu gen yang sama dapat menghasilkan protein yang
berbeda.

II. Dasar Teori


Semua makhluk hidup memiliki materi genetik untuk mempertahankan
kelangsungan struktur, sifat, fungsi dan aktivitas-aktivitas kimia dalam selnya. DNA
merupakan salah satu jenis asam nukleat yang berperan sebagai materi genetic yang
menurunkan sifat tertentu dari satu generasi ke generasi turunannya. Materi ini
mengarahkan pembentukan protein dan RNA tertentu yang penting dalam sel makhluk
hidup. DNA juga mengatur pertumbuhan dan pembelahan sel, termasuk informasi
untuk diferensiasi sel sehingga terbentuk tumbuhan, hewan, manusia dan
mikroorganisme lainnya. Begitu pentingnya DNA ini sehingga disebut sebagai molekul
utama kehidupan (Wirahadikusumah, 1985).
DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik secara lengkap yang
diperlukan untuk mencirikan struktur semua protein dan RNA tiap-tiap spesies
organisme, untuk membuat program pada saat yang tepat dan menempatkan biosintesis
sel dan jaringan secara teratur, untuk menentukan aktivitas organisme sepanjang siklus
hidupnya, dan untuk menentukan kekhususan organisme tertentu. DNA alami terdiri
dari dua rantai anti parallel dalam suatu rangkaian heliks ganda. Basa A-T dan G-T
yang saling komplementer tersusun berpasangan melalui ikatan hydrogen pada heliks
(Lehninger, 1982).
DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan
phospat. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang
tersusun heliks ganda, dimana basa nitrogen dan kedua benang polinukleotida saling
berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida
yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. Ikatan-ikatan
fosfat itu sangat kuat dan dikenal sebagai ikatan ikatan ester kovalen, atau ikatan
fosfodiester. Residu fosfat ( PO4-) sepanjang rantai ini bersifat asam, sehingga diberi
nama asamnukleat (Goodenough. 1988).
DNA akan mengalami denaturasi dan renaturasi. Jika suatu larutan yang
mengandung DNA dipanaskan atau diberi alkali kuat, maka hubungan hydrogen
menjadi labil dan putus. Dua pita spiral dari molekul DNA itu membuka. Proses ini
disebut denaturasi DNA. Jika larutan tersebut kemudian didinginkan kembali atau
dinetralisis secara perlahan-lahan maka terbentuklah pasangan-pasangan basa itu
kembali. Peristiwa ini dinamakan renaturasi (Jack, 1995).
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) adalah institusi yang
konsen dalam sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat
database yang dapat diakses secara umum, merangsang riset biologi terkomputasi,
mengembangkan software penganalisis data genome dan menyebarkan informasi
biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik
tentang proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Adapun situs
akses NCBI adalah : www.ncbi.nlm.nih.gov (Artanti, 2016).
Bioinformatika merupakan kajian yang memadukan disiplin biologi molekul,
matematika dan teknik informasi (TI). Ilmu ini didefinisikan sebagai aplikasi dari alat
komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi
molekul. Biologi molekul sendiri juga merupakan bidang interdisipliner, mempelajari
kehidupan dalam level molekul. Mula-mula bidang kajian ini muncul atas inisiatif para
ahli biologi molekul dan ahli statistik, berdasarkan pola pikir bahwa semua gejala yang
ada di alam ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi dari data-data yang ada.
Pada bidang Bioinformatika, data-data atau tindak-tanduk gejala genetika menjadi inti
pembentukan simulasi. Pada saat ini, Bioinformatika ini mempunyai peranan yang
sangat penting, diantaranya adalah untuk manajemen data-data biologi molekul,
terutama sekuen DNA dan informasi genetika. Perangkat utama Bioinformatika adalah
software dan didukung oleh kesediaan internet (Jordan, 1999).

III. Alat dan Bahan


1. Alat
Komputer 1 buah
Jaringan internet 1 buah
Kabel olor 1 buah
Charger 1 buah

2. Bahan
a. Sekuen DNA
Atgaaggaaactgttcaagttcgtggacttcagtctcctgctctacttcccgtctgaggacttaaagaagcat
ggtgccaccgtgctcaccgcgcagactcctgaatttcttcgtaccacggtggcacgagtggcgcctgggtg
gcatccttaagaagaaggggcatcatgaggcagagggacccaccgtaggaattcttcttccccgtagtact
ccgtctcattaagcccctggcacagtcgcatgccaccaagcacaagatcctaattcggggaccgtgtcagc
gtacggtggttcgtgttctaggccgtgaagtacctggagttcatctcggaatgcatcatccaggtggcacttc
atggacctcaagtagagccttacgtagtaggtccatctgcagagcaagcatcccggggactttggtgctgat
gcccagagacgtctcgttcgtagggcccctgaaaccacgactacgggtcggggccatgaacaaggccct
ggagctgttccggaaggacatggccccggtacttgttccgggacctcgacaaggccttcctgtacccctcc
aactacaaggagctgggcttccagggctagggaggttgatgttcctcgacccgaaggtcccgatc

b. Accession
NM_005368.2
IV. Cara Kerja
1. Di buka situs NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov hingga tampil laman seperti ini,
kemudian di klik pada menu BLAST.

2. Muncul tampilan pilihan program BLAST. Dipilih blastn (Nucleotide blast) untuk
mencari gen suatu sekuen nukleotida dari database nukleotida.

3. Setelah tampilan muncul, dimasukkan sekuen nukleotida query yang dicari,


kemudian dipilih setting data base “Others”, kemudian dipilih program
“megablast” dan di klik tombol BLAST
4. Akan muncul hasil dengan lebih dari satu sekuen yang bersesuaian dengan sekuen
yang dimasukkan.

5. Dipilih accession yang sesuai yaitu NM_005368.2


6. Muncul hasil blastn yang terdiri dari informasi-informasi seperti locus, definition,
summary, features, CDS, mRNA, exon dan nukleotid origin.

V. Hasil dan Pembahasan


a. Hasil
1. Locus: NM_005368
2. Definisi: Homo Sapiens myoglobin (MB), transcript variant 1, mRNA
3. Summary:
Gen ini mengkodekan anggota dari superfamili globin dan diekspresikan dalam
otot rangka dan jantung. Kode protein ini merupakan haemoprotein yang
berperan dalam penyimpanan oksigen intraseluler dan difusi oksigen transeluler
terfasilitasi. Setidaknya terdapat 3 varian transkrip alternatif yang dilaporkan
mengkodekan protein yang sama.
4. Features
CDS: 81.. 545
Exon: 1.. 175
176.. 398
399.. 1078
Origin: Promoter: GACA 141
Start kodon: ATG 154
Stop kodon: TAG 543

61 tgtcttcttc agactgcgcc atggggctca gcgacgggga atggcagttg gtgctgaacg


121 tctgggggaa ggtggaggct gacatcccag gccatgggca ggaagtcctc atcaggctct
181 ttaagggtca cccagagact ctggagaagt ttgacaagtt caagcacctg aagtcagagg
241 acgagatgaa ggcgtctgag gacttaaaga agcatggtgc caccgtgctc accgccctgg
301 gtggcatcct taagaagaag gggcatcatg aggcagagat taagcccctg gcacagtcgc
361 atgccaccaa gcacaagatc cccgtgaagt acctggagtt catctcggaa tgcatcatcc
421 aggttctgca gagcaagcat cccggggact ttggtgctga tgcccagggg gccatgaaca
481 aggccctgga gctgttccgg aaggacatgg cctccaacta caaggagctg ggcttccagg
541 gctaggcccc tgccgctccc acccccaccc atctgggccc cgggttcaag agagagcggg
601 gtctgatctc gtgtagccat atagagtttg cttctgagtg tctgctttgt ttagtagagg

b. Pembahasan
Pada percobaan ini dilakukan pengenalan terhadap situs bioinformatika NCBI
dan penggunaannya dalam memahami proses ekspresi gen. Prinsip kerja dari
praktikum ini ialah dengan membandingkan sekuen nukleotida yang dimiliki
dengan database sekuen nukleotida untuk didapatkan identitas dari nukleotida yang
kita ragukan tersebut baik nama gen dan spesies penghasil dari sekuen lengkapnya.
Pada praktikum ini, digunakan situs bioinformatika NCBI. NCBI (National
Centre for Biotechnology Information) merupakan institusi yang konsen terhadap
sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI merupakan server yang
memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Database terus
menerus diperbarui sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut
DNA, protein, senyawa aktif dan taksonomi. Di samping database, NCBI juga
menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian
conserve domain dan lain sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank data gen,
protein dan literatur khususnya di bidang kesehatan. Pada NCBI, terdapat program
BLAST (Basic Local Alignment Tool) yang merupakan suatu alat pencari untuk
menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang
dimiliki melalui perbandingan sekuen pada gen bank DNA.
Terdapat 5 program utama dari BLAST yaitu:
1. Nucleotide blast (blastn)
Program untuk membandingkan sekuen nukleotida yang kita miliki dengan
database sekuen nukleotida.
2. Protein blast (blastp)
Membandingkan suatu sekuen asam amino yang dimiliki dengan database
sekuen protein
3. Blastx
Membandingkan produk translasi konsep 6-frame protein nukleotida
(translated nucleotide) yang dimiliki dengan database sekuen protein
4. Tblastn
Membandingkan sekuen protein yang dimiliki dengan database sekuen
nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. Tblastx
Membandingkan suatu trnaslasi 6 frame dari nukleotida.
Ekspresi gen merupakan proses penerjemahan informasi genetik menjadi
protein. Pada proses ekspresi gen terjadi perubahan gen menjadi mRNA yang
disebut transkripsi dan perubahan mRNA menjadi protein yang disebut translasi.

(Chen, 1999).
(Orphanides, 2002).

Transkripsi merupakan tahap awal proses sintesis protein dimana molekul RNA
disintesi pada DNA template. Proses ini terjadi di kromosom. Proses ini
membutuhkan enzim DNA polimerase yang menempel pada daerah promoter.
Terdapat 3 tahapan proses transkripsi yaitu dimulai dari inisiasi. Inisiasi dimulai
setelah enzim RNA polimerase menduduki daerah promoter dimana dimulai dengan
pembentukan kompleks promoter terbuka, terjadi penggabungan beberapa
nukleotida awal dan perubahan konformasi RNA polimerase karen sturktur sigma
lepas dari kompleks holoenzim.

Dilanjutkan dengan proses elongasi atau perpanjangan nukleotida dimana


setelah RNA polimerase menempel pada promoter maka enzim tersebut akan
bergerak sepanjang rantai DNA dan membuka ikatan heliks. Tahapan selanjutnya
ialah terminasi dimana proses transkripsi akan berhenti apabila telah menemui stop
kodon. RNA selanjutnya akan terlepas dari DNA template menuju ribosom.
Tahapan lanjutan ialah translasi yaitu penerjemahan mRNA menjadi protein.
Setelah sampai pada ribosom, mRNA akan menempel pada subunit kecil ribosom
(30s) lewat ujung 5’. Pada saat bersamaan, tRNA menempel pada subunit besar
ribosom (50s). Pada proses tersebut akan dimulai penerjemahan dari daerah start
kodon yaitu AUG. Kodon start merupakan kode untuk proses perangkaian asam
amino dimulai. Tahapan ini merupakan tahap inisiasi dari proses translasi. Setelah
tahap inisiasi selesai, dilanjutkan dengan penerjemahan kodon triplet dan
penempelan asam amino sehingga membentuk rantai. Penerjemahan kode ini diikuti
pengikatan asam amino sesuai kodon oleh tRNA yang kemudian dibawa ke
kompleks ribosom dan digabungkan dengan asam amino yang telah ada
sebelumnya. Proses ini dinamakan elongasi, dimana akan berlangsung sampai
munculnya kodon stop. Proses elongasi akan berakhir setelah mencapai stop kodon
yaitu UAA, UAG dan UGA dimana stop kodon berfungsi sebagai kode untuk
proses penghentian perangkaian asam amino. Faktor pelepas akan menempel pada
ribosom dan menyebabkan terlepasnya mRNA dari ribosom yang selanjutnya
diikuti pemisahan subunit besar dan kecil dari ribosom. Dihasilakan suatu rantai
polipeptida yang belum fungsional dimana untuk mengaktifkannya harus
dimodifikasi terlebih dahulu di badan golgi.
Pada praktikum, sekuen DNA yang didapatkan memiliki ekspresi gen salah
satunya sebagai myoglobin pada manusia. Sturktur dari mioglobin ialah:

Mioglobin terdiri dari 8 α-helikal (biru) yang membungkus bagian tengah yang
mengandung heme (merah) yang mampu mengikat berbagai ligan termasuk
oksigen, karbon monoksida dan oksida nitrat (Ordway, 2004).
Pada praktikum didapatkan gen Homo Sapiens myoglobin dari hasil input data
sekuen dan perbandingannya dengan database dimana nilai query nya sebesar 50%.
Nilai query coverage menunjukkan presentasi dari panjang nukleotida yang selaras
dengan database yang terdapat pada BLAST. Data yang didapatkan dari hasil terdiri
dari Locus yang menunjukkan informasi mengenai nama sekuen pada genBank
yang terdiri dari nama sekuen, panjang sekuen molekul dan bentuk molekulnya.
Didapatkan pula hasil berupa definition yang menunjukkan deskripsi dari sekuen
tersebut dimana pada praktikum ini didapat gen Homo Sapiens myoglobin (MB),
transcript variant 1, mRNA.
Selanjutnya terdapat features yang menunjukkan catatan mengenai ciri-
ciri/karakter sekuen. Pada feature terdapat informasi CDS yaitu daerah locus
sequence untuk mencari promotor, start kodon dan stop kodon. Promotor pada
sekuen ini ialah GACA yang terdapat pada 141. Start kodon ATG berada pada
posisi 154 dan stop kodon TAG pada posisi 543. Didapat pula informasi exon yang
menunjukkan urutan nukleotida yang diekspresikan yang berada di sisi intron
dimana pada gen ini terdapat 3 daerah exon yaitu 1.. 175; 176.. 398; 399.. 1078.
Intron sendiri merupakan bagian pada gen yang membedakan gen manusia dan gen
bakteri dimana saat ekspresi berlangsung, intron harus dihilangkan terlebih dahulu.
Intron adalah urutan nukleotida yang terdapat dalam gen antara ekson dan urutan ini
tidak mengkode untuk protein.
Pada informasi summary, menjelaskan secara singkat mengenai gen yang
didapat dimana gen ini merupakan gen pengkode superfamili globin dan
diekspresikan di otot rangka dan jantung. Merupakan haemoprotein yang berperan
dalam penyimpanan oksigen intrasel dan difusi oksigen transeluler terfasilitasi
dimana setidaknya terdapat 3 varian transkrip yang mengkodekan protein yang
sama.
VI. Kesimpulan
Dapat dilakukan penelusuran identitas gen berdasarkan sekuen nukleotida
menggunakan gen bank database dimana didapatkan gen Homo Sapiens
myoglobin dengan nilai query cover sebesar 50%. Pada daerah CDS, didapatkan
promoter GACA pada urutan basa nitrogen 141, start kodon ATG pada daerah 154
dan stop kodon TAG pada urutan basa nitrogen 543. Exon merupakan urutan
nukleotida yang diekspresikan yang berada di sisi intron sedangkan intron
merupakan nukleotida yang tidak dapat diekspresikan sehingga harus di hilangkan
selama proses ekspresi gen manusia.
Pada proses ekspresi gen terjadi proses transkripsi yaitu perubahan gen
menjadi mRNA dengn bantuan enzim DNA polimerase dan dilanjutkan dengan
perubahan mRNA menjadi protein yang disebut dengan proses translasi dimana
masing-masing proses terdiri dari tahap inisiasi dari promoter, elongasi yang
dimulai setelah menemukan start kodon dan terminasi bila telah mencapai stop
kodon.
VII. Daftar Pustaka
Artanti, Anif. 2016. Petunjuk Praktikum Biologi Molekuler. Surakarta: Universitas
Sebelas Maret
Chen, T., Hongyu, George M. 1999. Modeling Gene Expression With Differential
Equations. Pacific Symposium of Biocomputing.
Goodenough, Ursula. 1988. Genetics. Jakarta : Erlangga
Jack, R.C. 1995. Basic Biochemical Laboratory and Computing. New York:
Oxford University Press.
Lehninger, A.L. 1982. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta: Erlangga.
Ordway, G., Daniel J. 2004. Myoglobin: an Essential Hemoprotein in Straited
Muscle. The Journal of Experimental Biology. No. 207: 3441-3446
Orphanides, G., Danny R. 2002. A Unified Theory of Gene Expression. Cell Press.
Vol. 108 : 439-451
Wirahadikusumah, M. 1985. Biokimia, Protein, Enzim dan Asam Nukleat.
Bandung: Penerbit ITB.
Surakarta, 5 April 2016
Mengetahui,
Praktikan
Asisten Praktikum

(Nabila Fatin A)
( )

Anda mungkin juga menyukai