Oleh:
Nabila Fatin Aisiah
M0614026
S1 Farmasi 2014
I. Tujuan
1. Dapat menelusuri identitas suatu gen berdasarkan sekuen nukleotida menggunakan
gene bank database.
2. Dapat memahami prinsip ekspresi gen yang meliputi transkripsi dan translasi serta
regulasinya.
3. Dapat mengidentifikasi bagian gen yang berperan sebagai promoter, coding
sequence (CDS), intron dan ekson, start dan stop kodon, serta regulating element.
4. Dapat memahami bagaimana suatu gen yang sama dapat menghasilkan protein yang
berbeda.
2. Bahan
a. Sekuen DNA
Atgaaggaaactgttcaagttcgtggacttcagtctcctgctctacttcccgtctgaggacttaaagaagcat
ggtgccaccgtgctcaccgcgcagactcctgaatttcttcgtaccacggtggcacgagtggcgcctgggtg
gcatccttaagaagaaggggcatcatgaggcagagggacccaccgtaggaattcttcttccccgtagtact
ccgtctcattaagcccctggcacagtcgcatgccaccaagcacaagatcctaattcggggaccgtgtcagc
gtacggtggttcgtgttctaggccgtgaagtacctggagttcatctcggaatgcatcatccaggtggcacttc
atggacctcaagtagagccttacgtagtaggtccatctgcagagcaagcatcccggggactttggtgctgat
gcccagagacgtctcgttcgtagggcccctgaaaccacgactacgggtcggggccatgaacaaggccct
ggagctgttccggaaggacatggccccggtacttgttccgggacctcgacaaggccttcctgtacccctcc
aactacaaggagctgggcttccagggctagggaggttgatgttcctcgacccgaaggtcccgatc
b. Accession
NM_005368.2
IV. Cara Kerja
1. Di buka situs NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov hingga tampil laman seperti ini,
kemudian di klik pada menu BLAST.
2. Muncul tampilan pilihan program BLAST. Dipilih blastn (Nucleotide blast) untuk
mencari gen suatu sekuen nukleotida dari database nukleotida.
b. Pembahasan
Pada percobaan ini dilakukan pengenalan terhadap situs bioinformatika NCBI
dan penggunaannya dalam memahami proses ekspresi gen. Prinsip kerja dari
praktikum ini ialah dengan membandingkan sekuen nukleotida yang dimiliki
dengan database sekuen nukleotida untuk didapatkan identitas dari nukleotida yang
kita ragukan tersebut baik nama gen dan spesies penghasil dari sekuen lengkapnya.
Pada praktikum ini, digunakan situs bioinformatika NCBI. NCBI (National
Centre for Biotechnology Information) merupakan institusi yang konsen terhadap
sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI merupakan server yang
memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Database terus
menerus diperbarui sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut
DNA, protein, senyawa aktif dan taksonomi. Di samping database, NCBI juga
menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian
conserve domain dan lain sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank data gen,
protein dan literatur khususnya di bidang kesehatan. Pada NCBI, terdapat program
BLAST (Basic Local Alignment Tool) yang merupakan suatu alat pencari untuk
menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang
dimiliki melalui perbandingan sekuen pada gen bank DNA.
Terdapat 5 program utama dari BLAST yaitu:
1. Nucleotide blast (blastn)
Program untuk membandingkan sekuen nukleotida yang kita miliki dengan
database sekuen nukleotida.
2. Protein blast (blastp)
Membandingkan suatu sekuen asam amino yang dimiliki dengan database
sekuen protein
3. Blastx
Membandingkan produk translasi konsep 6-frame protein nukleotida
(translated nucleotide) yang dimiliki dengan database sekuen protein
4. Tblastn
Membandingkan sekuen protein yang dimiliki dengan database sekuen
nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. Tblastx
Membandingkan suatu trnaslasi 6 frame dari nukleotida.
Ekspresi gen merupakan proses penerjemahan informasi genetik menjadi
protein. Pada proses ekspresi gen terjadi perubahan gen menjadi mRNA yang
disebut transkripsi dan perubahan mRNA menjadi protein yang disebut translasi.
(Chen, 1999).
(Orphanides, 2002).
Transkripsi merupakan tahap awal proses sintesis protein dimana molekul RNA
disintesi pada DNA template. Proses ini terjadi di kromosom. Proses ini
membutuhkan enzim DNA polimerase yang menempel pada daerah promoter.
Terdapat 3 tahapan proses transkripsi yaitu dimulai dari inisiasi. Inisiasi dimulai
setelah enzim RNA polimerase menduduki daerah promoter dimana dimulai dengan
pembentukan kompleks promoter terbuka, terjadi penggabungan beberapa
nukleotida awal dan perubahan konformasi RNA polimerase karen sturktur sigma
lepas dari kompleks holoenzim.
Mioglobin terdiri dari 8 α-helikal (biru) yang membungkus bagian tengah yang
mengandung heme (merah) yang mampu mengikat berbagai ligan termasuk
oksigen, karbon monoksida dan oksida nitrat (Ordway, 2004).
Pada praktikum didapatkan gen Homo Sapiens myoglobin dari hasil input data
sekuen dan perbandingannya dengan database dimana nilai query nya sebesar 50%.
Nilai query coverage menunjukkan presentasi dari panjang nukleotida yang selaras
dengan database yang terdapat pada BLAST. Data yang didapatkan dari hasil terdiri
dari Locus yang menunjukkan informasi mengenai nama sekuen pada genBank
yang terdiri dari nama sekuen, panjang sekuen molekul dan bentuk molekulnya.
Didapatkan pula hasil berupa definition yang menunjukkan deskripsi dari sekuen
tersebut dimana pada praktikum ini didapat gen Homo Sapiens myoglobin (MB),
transcript variant 1, mRNA.
Selanjutnya terdapat features yang menunjukkan catatan mengenai ciri-
ciri/karakter sekuen. Pada feature terdapat informasi CDS yaitu daerah locus
sequence untuk mencari promotor, start kodon dan stop kodon. Promotor pada
sekuen ini ialah GACA yang terdapat pada 141. Start kodon ATG berada pada
posisi 154 dan stop kodon TAG pada posisi 543. Didapat pula informasi exon yang
menunjukkan urutan nukleotida yang diekspresikan yang berada di sisi intron
dimana pada gen ini terdapat 3 daerah exon yaitu 1.. 175; 176.. 398; 399.. 1078.
Intron sendiri merupakan bagian pada gen yang membedakan gen manusia dan gen
bakteri dimana saat ekspresi berlangsung, intron harus dihilangkan terlebih dahulu.
Intron adalah urutan nukleotida yang terdapat dalam gen antara ekson dan urutan ini
tidak mengkode untuk protein.
Pada informasi summary, menjelaskan secara singkat mengenai gen yang
didapat dimana gen ini merupakan gen pengkode superfamili globin dan
diekspresikan di otot rangka dan jantung. Merupakan haemoprotein yang berperan
dalam penyimpanan oksigen intrasel dan difusi oksigen transeluler terfasilitasi
dimana setidaknya terdapat 3 varian transkrip yang mengkodekan protein yang
sama.
VI. Kesimpulan
Dapat dilakukan penelusuran identitas gen berdasarkan sekuen nukleotida
menggunakan gen bank database dimana didapatkan gen Homo Sapiens
myoglobin dengan nilai query cover sebesar 50%. Pada daerah CDS, didapatkan
promoter GACA pada urutan basa nitrogen 141, start kodon ATG pada daerah 154
dan stop kodon TAG pada urutan basa nitrogen 543. Exon merupakan urutan
nukleotida yang diekspresikan yang berada di sisi intron sedangkan intron
merupakan nukleotida yang tidak dapat diekspresikan sehingga harus di hilangkan
selama proses ekspresi gen manusia.
Pada proses ekspresi gen terjadi proses transkripsi yaitu perubahan gen
menjadi mRNA dengn bantuan enzim DNA polimerase dan dilanjutkan dengan
perubahan mRNA menjadi protein yang disebut dengan proses translasi dimana
masing-masing proses terdiri dari tahap inisiasi dari promoter, elongasi yang
dimulai setelah menemukan start kodon dan terminasi bila telah mencapai stop
kodon.
VII. Daftar Pustaka
Artanti, Anif. 2016. Petunjuk Praktikum Biologi Molekuler. Surakarta: Universitas
Sebelas Maret
Chen, T., Hongyu, George M. 1999. Modeling Gene Expression With Differential
Equations. Pacific Symposium of Biocomputing.
Goodenough, Ursula. 1988. Genetics. Jakarta : Erlangga
Jack, R.C. 1995. Basic Biochemical Laboratory and Computing. New York:
Oxford University Press.
Lehninger, A.L. 1982. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta: Erlangga.
Ordway, G., Daniel J. 2004. Myoglobin: an Essential Hemoprotein in Straited
Muscle. The Journal of Experimental Biology. No. 207: 3441-3446
Orphanides, G., Danny R. 2002. A Unified Theory of Gene Expression. Cell Press.
Vol. 108 : 439-451
Wirahadikusumah, M. 1985. Biokimia, Protein, Enzim dan Asam Nukleat.
Bandung: Penerbit ITB.
Surakarta, 5 April 2016
Mengetahui,
Praktikan
Asisten Praktikum
(Nabila Fatin A)
( )