Waktu: Selasa (9-11) dan Kamis (7-9)

Tempat: 9308 (Selasa) dan 2104 (Kamis)

Dosen: Ihsanawati Lia D. Juliawaty

Rino R. Mukti Yana M. Syah
 Kuliah ini membahas dasar-dasar:
 spektroskopi absorpsi,
 spektroskopi sinar ultraviolet dan tampak,
 spektroskopi inframerah (IR),
 spektroskopi resonansi magnet inti (NMR),
 spektroskopi massa (MS),
 difraksi sinar-X (XRD),
 penerapan data-data spekstroskopi tersebut
dalam identifikasi dan elusidasi struktur molekul
 Memahami metode difraksi sinar-X untuk
penentuan struktur tiga dimensi protein
 Elusidasi Struktur 3D protein
 Pengristalan protein
 Simetri dan kristal protein
 Prinsip difraksi sinar-X
 Evaluasi data sinar-X
 Messerschmidt, A, X-ray Cyrystallography of
Biomicromolecules: A practical guide, Wiley-VCH,
Weinheim, 2007
 Drenth, J, Principles of Protein X-ray
Crystallography, Springer, New York, 1994
 Woolfson, MM, An introduction to X-ray
crystallography, 2nd Ed, Cambridge University
Press, 1997
 Methods in enzimology, vol 114, 115, 276, dan
277
 www-structmed.cimr.cam.ac.uk/course.html
 Tugas (10%) dari nilai setiap dosen
 Ujian (Bersama Dr. Rino R. Mukti)
Pada waktu selain waktu perkuliahan
Jumat 12 Februari 2016
Waktu (tentative) 16:00-18:00
Struktur Protein
Protein channel: porin
Protein channel: aquaporin
Protein channel: aquaporin
(monomer)
Protein channel: aquaporin
(tetramer)
 Protein channel: aquaporin
(electron density dari data difraksi sinar-X)
 Ada tiga teknik utama:
[1] Berdasarkan homologi urutan asam
amino & struktur (Comparative
modeling)

[2] Prediksi Ab initio (de novo)

[3] Melalui eksperimen dengan teknik

(X-ray crystallography, NMR, Cryo-EM)
λ = 300 nm λ = 10 nm
λ = 10 Å λ=1Å
 Teknik penentuan struktur:
XRD vs NMR
1. Sampel sama-sama harus murni, dalam jumlah besar,
dan homogen tetapi sampel XRD dalam bentuk kristal
tunggal
2. XRD mendapatkan data “kaku” sedangkan data NMR
(sampel berbentuk larutan) memberikan gambaran
kedinamisan suatu protein termasuk perubahaan
konformasi atau loop/bagian tertentu suatu protein
karena pengaruh ligan/substrat/inhibitor
3. XRD menghasilkan data beresolusi atomik 1Å untuk
ukuran molekul yang tidak terbatas, sedangkan NMR
menghasilkan data 2Å dengan ukuran molekul <30 kDa
Struktur XRD vs NMR
 Teknik penentuan struktur:
XRD vs CryoEM
1. Sampel CryoEm tidak murni, dalam jumlah sedikit dan
dibekukan sebelum ditembak elektron
2. CryoEM mendapatkan data yang lebih dinamis
dibandingkan XRD sehingga datanya mirip hasil NMR
3. XRD menghasilkan data beresolusi atomik 1Å untuk
ukuran molekul yang tidak terbatas, sedangkan CryoEM
menghasilkan data 5Å dengan ukuran molekul tidak
terbatas dan juga bisa untuk heterogen/compleks
molekul atau organisme (virus)
4. Alat CryoEM jauh lebih mahal dan lebih rumit
pemeliharaannya
Struktur XRD vs CryoEM
 Penyiapan sampel murni
 Pembuatan kristal
 Pengumpulan data kristalografi
 Pembuatan dan penyelesaian
model struktur
 Analisis struktur
 Kenapa kristal?

Larutan Amorphous Kristal

Perbedaan fisik: posisi atom-atom dalam larutan, amorf dan kristal

 Kristal protein

Perulangan atom-atom
pembentuk suatu motif
molekul dalam satu
unit sel
1 unit sel berisi 1 atau
lebih molekul yang
sama
Prinsip Kristalisasi Protein
Teknik Kristalisasi
1. Batch system
 Batch

Kristal protein hasil pengamatan di bawah mikroskop

2. Vapor diffusion

Sitting-drop
Hanging-drop
Hanging and Sitting drops

Kristal protein hasil pengamatan di bawah mikroskop

Pembuatan Kristal

ROBOT
Pengamatan Kristal
Pengamatan Kristal
“Mounting” Kristal
Difraksi sinar-X
Penentuan Struktur Protein
dengan difraksi sinar-X
Protein murni

Data difraksi
Difraksi sinar-X