Anda di halaman 1dari 3

Teknik-Teknik Dasar dalam Bioinformatika

Jika tertarik dengan bioinformatika, mungkin sajian ini bisa menjelaskan bagaimana penggunaan
tools-toolsnya dapat membantu penyelesaian masalah terkait biologi molekuler.

Bioinformatics Database
Tiga sekuens database primer adalah GenBank (NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) dari
Amerika Serikat, sekuens database nukleotida (EMBL) (http://www.ebi.ac.uk) dari Inggris, dan
BankData DNA Jepang (http://www.ddbj.nig.ac.jp). Ini adalah situs acuan untuk data sekuens
mentah, namun setiap entri telah dianotasi secara ekstensif dan memiliki fitur tabel untuk
menekankan pentingnya properti dari setiap sekuens. Ketiga database ini saling bertukar data
setiap hari. (Westhead ,et al., 2001).

BLAST dan FASTA menyediakan pencarian sekuens database yang sangat cepat. Tidak seperti
pemrograman dinamis, keduanya tidak menjamin untuk menemukan kemungkinan yang terbaik
pada setiap sekuens database, namun pada prakteknya efek dari kecepatan selalu minimal.
BLAST dan FASTA beroperasi dengan pertama kali melokasikan rentangan pendek dari huruf
yang cocok (word) yang dapat diperluas pada alignment yang lebih luas (Westhead, et al., 2001).

Protein Data Bank


Database struktural menyimpan data mengenai struktur protein. Sumber primer untuk data
struktur protein adalah Protein Data Bank (PDB) yang tersedia pada URL berikut
http://www.pdb.org/ . Ini adalah arsip data struktural tunggal tingkat dunia yang dibuat oleh
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RSCB), di Universitas New Jersey di
Rutgers (Westhead, et al., 2001).
Mesin pencarian yang terspesialisasi, disediakan oleh grup database struktur makromolekul pada
Institut bioinformatika Eropa (EBI: http://msd.ebi.ac.uk) dan juga oleh kolaborasi riset untuk
bioinformatika struktural (RSCB: http://www.rcsb.org/pdb). Kedua alat ini dapat digunakan
untuk mengambil data struktur pada format PDB (Westhead, et al., 2001).

Mesin Pencarian BLAST


Jika kita menemukan sekuens protein atau DNA/RNA pada suatu catatan laboratorium (lab log),
dan kita ingin merunut, darimana asal sekuens tersebut. Bisa juga kasus yang kita jumpai lain
lagi. Misal kita bekerja di lab bioteknologi skala besar, dan kita bekerja di divisi
bioinformatiknya. Alhasil, orang biologi molekuler datang ke kita dan meminta supaya dicarikan
sekuens yang baru saja mereka sekuensing ini dari organisme apa dan fungsinya apa. Apa yang
harus kita lakukan? Mudah, gunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tools). Fungsi dari
toolbox ini adalah untuk menemukan dari organisme apa sekuens itu berasal, dan apa fungsinya.
Ia bekerja dengan cara mencari homologi terbesar antara sekuens yang kita miliki, dengan
sekuens di database genbank. Bagaimana prosedur kerjanya?
1. .Masukkan sekuens yang kita miliki ke teks editor, lalu kita copy
2. Setelah dicopy, lalu buka link http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
3. Kemudian, arahkan kursor ke arah ‘Basic Blast’, dan kita pilih ‘nucleotide BLAST’ untuk
mencari sekuens DNA, dan ‘protein BLAST’ untuk sekuens protein.
4. Paste sekuens pada box ‘FASTA’.
5. Di Bagian ‘search set’, ubah Database ke others (nr) jika kita yakin sekuens yg dimiliki bukan
berasal dari ‘human’ atau ‘mouse’.
6. Biarkan yang lain default
7. Lalu klik ‘BLAST’
8. Maka Pada layar akan diberikan output

Pada output, akan diberikan jejeran sekuens berdasarkan prioritas. Sekuens yang paling homolog
akan ditaruh di bagian atas, dan yang paling tidak homolog ditaruh di paling bawah. Keterangan
di layar sudah sangat lengkap, baik dari organisme apa, maupun fungsinya apa.

Multiple Sequence Alignment


Bayangkan, jika lab biologi molekular memberikan kita sekuens, yang bukan hanya berasal dari
satu sampel, tapi dari banyak sampel. Kita tidak tahu, apakah sekuens yang ada dari semua
sampel itu homolog atau tidak. Ada cara lain, selain kita memasukkan semuanya satu per satu ke
dalam BLAST. Yaitu dengan cara Multiple Sequence Alignment (MSA). Cara ini secara prinsip,
adalah menjejerkan kesemua sekuens (harus lebih dari satu), dan dicari seberapa persen
homologinya. Caranya adalah sebagai berikut:

1. Input kesemua sekuens ke dalam teks editor. Setiap sekuens harus berdempetan, dan setiap
sekuens harus memiliki header yang dimulai dengan ‘>’, yang menandakan format FASTA. Lalu
save file, dan diberi nama.
2. Lalu buka program khusus untuk MSA, seperti Clustal X (telah tersedia versi Windows, Linux,
dan Mac).
3. Pada menu Clustal X, pilih menu ‘file’, kemudian ‘load sequences’ untuk memuat sekuens yang
baru kita simpan sebelumnya.
4. Setelah sekuens dimuat, makan pilih menu ‘aligment’, kemudian ‘do complete alignment’ untuk
melakukan MSA.
5. Setelah selesai, maka hasil dari MSA bisa disimpan.
6. File output MSA bisa dibuka kembali di Editor sekuens seperti Bioedit atau CLC Free
workbench.
Phylogenic Three
Jika, kita memiliki sekuens lebih dari dua spesies yang berbeda, dan kita ingin mengetahui
seberapa jauh kekerabatan mereka. Maka kita dapat menggunakan program phylogenic tree
(pohon filogenik). Program ini mencari jauhnya kekerabatan, berdasarkan kesamaan nenek
moyang dari spesies tersebut. Input yang diberikan dapat berupa sekuens protein atau DNA.
Adapun caranya adalah sebagai berikut:

1. Input sekuens tersebut sesuai dengan prosedur MSA diatas. Kemudian, program ClustalX akan
memberikan output berupa file .phy.
2. File .phy tersebut harus dibuka di program phylogenic tree. Dalam contoh ini kita gunakan
program treeviewX.
3. Untuk membuka file .phy, pilih di menu bar ‘file’, kemudian ‘open’
4. Pohon filogenik akan dapat kita lihat.

Mendesain Primer PCR (Polymerase Chain Reaction)


Misalkan, Peneliti Biologi Molekuler memberikan sekuens virus yang baru saja mereka
sekuensing. Mereka meminta supaya dibuatkan desain primer PCR, yang akan digunakan untuk
mendeteksi keberadaan virus di sampel secara akurat. Untuk informasi apakah PCR tersebut,
bisa diklik disini. Bagaimana caranya?

1. Input sekuens kedalam teks editor, hilang header FASTA ‘>’


2. Buka link http://molbiol-tools.ca/PCR.htm pada web browser. Disitu terdapat beberapa tipe
toolbox desain primer. Namun kita akan menggunakan Primer3: www primer tool, yang
beralamat di http://biotools.umassmed.edu/bioapps/primer3_www.cgi . Klik ke link tersebut.
3. Pada interface, paste sekuens nukleotida pada boks.
4. Pada bagian ‘sequence id’, berikan nama primer tersebut.
5. Seting lain biarkan dalam keadaan default
6. Klik ‘pick primer’, dan tunggu beberapa saat.
7. Pada tampilan, akan diberikan display primer yang telah disusun. Primer yang terbaik akan
ditampilkan di paling atas, sementara Primer tambahan akan diberikan dilayar bagian bawah.

Referensi
Jika tertarik untuk mengkaji lebih lanjut, bisa mengunjungi web blog kami disini
Sementara itu, jika ingin mempelajari dasar-dasar bioinformatika lebih lanjut, bisa mencoba
membaca buku 'Bioinformatics for Dummies' karangan Claverie dan Notredamme.