¿Cuáles son las ventajas de construir de abajo hacia arriba?

La variedad química densa es una ventaja. Al igual que las superficies de los componentes
celulares contienen muchas características por unidad de área, una superficie química compleja
se puede usar como un bloque de construcción y, en principio, su orientación y posición se
pueden controlar. Por el contrario, los métodos de arriba hacia abajo funcionan con materiales
con poca diversidad química. Una segunda ventaja es la inmensidad de la escala química. Incluso
un picomole de material es casi 10 12 copias. Por lo tanto, uno puede imaginar producir
componentes complejos que forman motivos estructurales bien definidos organizados en
grandes áreas en dos dimensiones o volúmenes en tres dimensiones.

SINTESIS PROTEINAS

Formación de proteínas a partir de aminoácidos precursores mediante un proceso elaborado

de síntesis de proteínas. Transferencia de aminoácidos de transporte a ARN ribosómico y
enlace con péptidos.

La proteómica ascendente es un método común para identificar proteínas y caracterizar sus

secuencias de aminoácidos y modificaciones postraduccionales mediante digestión proteolítica
de proteínas antes del análisis por espectrometría de masas. [1] [2] El flujo de trabajo
alternativo principal utilizado en la proteómica de alto rendimiento se llama proteómica
descendente y no utiliza la digestión proteolítica. Esencialmente, la proteómica de abajo hacia
arriba es un medio para determinar la composición proteica de una muestra dada de células,
tejidos, etc. [3]

En la proteómica de abajo hacia arriba, las proteínas se pueden purificar primero mediante un
método como la electroforesis en gel que produce una o unas pocas proteínas en cada
digestión proteolítica. Alternativamente, el extracto de proteína cruda se digiere directamente,
seguido de una o más dimensiones de separación de los péptidos mediante cromatografía
líquida acoplada a espectrometría de masas, una técnica conocida como proteómica de
escopeta. [4] [5] Al comparar las masas de los péptidos proteolíticos o sus espectros de masas
en tándem con los pronosticados a partir de una base de datos de secuencias o un péptido
espectral anotado en una biblioteca espectral de péptidos, se pueden identificar péptidos y
múltiples identificaciones de péptidos ensambladas en una identificación de proteínas.

SINTESIS ACIDOS NUCLEICOS

Síntesis de material nucleico ARN, ADN de azúcares fosfato y nucleídos adenosina, guanina,
citosina y timina de abajo hacia arriba

Una propiedad clave de las nanoestructuras biológicas es el reconocimiento molecular, que

conduce al autoensamblaje y a la creación de plantillas de estructuras atómicas y
moleculares. Por ejemplo, es bien sabido que dos cadenas complementarias de ADN se
emparejarán para formar una doble hélice. El ADN ilustra dos características del
autoensamblaje. Las moléculas tienen una fuerte afinidad entre sí y forman una estructura
predecible cuando se asocian.

Los objetivos estáticos clave de la nanotecnología del ADN son utilizar el ADN como andamiaje
para cristalizar macromoléculas biológicas artificialmente para cristalografía ( 2 ) y organizar los
componentes de la nanoelectrónica ( 4 ). La primera, y probablemente la segunda, de estas
aplicaciones implica el ensamblaje del ADN en redes periódicas.
Fig. Fig.22 ilustra dos matrices 2D diferentes que han sido producidos por las moléculas de DX
( 8 ). En la Fig. Fig.22 una , la unidad de repetición es de 2 unidades DX, y en la Fig. Fig.22 b , que
es de 4 unidades DX. La unidad B * en la Fig. Fig.22 una y la unidad D * en la Fig. Fig.22 btienen
círculos en sus centros, representando otra hélice que se dirige desde el plano. Esta hélice
adicional puede servir como un marcador topográfico para microscopía de fuerza atómica. Las
dimensiones de cada componente son aproximadamente 4 × 16 nm. Por lo tanto, las hélices
adicionales producen características similares a bandas cada 32 nm en la matriz AB *, y cada 64
nm en la matriz ABCD * ( 8 ).

Arreglos ensamblados a partir de moléculas DX. ( a ) Una matriz de dos componentes. Dos
moléculas DX (A y B *) se ilustran esquemáticamente ( una parte superior ). Las dos hélices se
dibujan como rectángulos y los extremos adhesivos complementarios están representados por
formas geométricas. A es una molécula DX convencional, pero B * contiene una horquilla de
ADN que sobresale del plano. Debajo de estas moléculas hay una matriz que muestra los dos
componentes que se unen para formar un plano. ( b ) Una matriz de cuatro componentes. Las
mismas convenciones se aplican como en a . Esta matriz utiliza cuatro mosaicos, A, B, C y D *,
donde A, B y C son moléculas DX convencionales y D * contiene una horquilla. Las rayas están
separadas por dos veces la distancia vista en a .

Winfree ( 11) sugirió que es posible programar extremos adhesivos para producir ensamblajes
algorítmicos, al igual que los bordes de colores de los azulejos de Wang; estos azulejos forman
un mosaico en el que cada borde de azulejo se apoya en otro con el mismo color. Los conjuntos
apropiados de mosaicos Wang se pueden ensamblar para realizar operaciones computacionales
y definir patrones con una complejidad mucho mayor que su número total, ahorrando así el
costo de producir un gran número de mosaicos diferentes. Recientemente, la viabilidad de este
enfoque ha sido demostrada en una dimensión con moléculas de triple cruce, en el que se
ejecutó un prototipo acumulativo O exclusiva de cálculo ( 12 ), como se muestra en la
Fig. Fig.3.3. Los valores booleanos de entrada y salida de cada paso de este cálculo están
representados por los extremos adhesivos, por lo que esta es una prueba más estricta del
autoensamblaje que la formación de una red periódica. El mismo extremo adhesivo en un lado
de los cuadros de respuesta rojos representa 0, independientemente de si está en un cuadro
correcto o incorrecto para una posición particular. A pesar de la buena fidelidad general, se
detectaron algunos errores en este experimento.

figura 3

Un cálculo XOR acumulativo. La operación XOR toma dos entradas booleanas y produce un 0 si
son iguales y un 1 si son diferentes. Se muestra en una son azulejos de entrada azul, X i que
representan 0 o 1, de acuerdo con la presencia de un sitio de enzima de restricción
particular. Estos han sido ensamblados en un orden particular en b . Los azulejos rojos
en un contienen las cuatro posibilidades booleanas como extremos pegajosos en sus hélices
inferiores. La entrada está conectada a la salida a través de los mosaicos verdes C1 y C2. Al final
del autoensamblaje, una hebra que recorre todo el sistema se liga, conectando así la entrada a
la salida. Se lee por restricción parcial, seguida de un gel desnaturalizante, muy parecido a una
reacción de secuenciación.
Hasta la fecha, el componente biomimético más exitoso utilizado para el autoensamblaje ha sido
el propio ADN ( 1 ). Las dobles hélices de ADN lineal parecen tener una utilidad limitada, pero se
pueden diseñar moléculas sintéticas que formen estructuras ramificadas estables, lo que lleva a
una mayor complejidad estructural. Moléculas de ADN ramificados se pueden combinar por
cohesión “pegajosa de composición”.

SINTESIS MEMBRANA

Aglomeración de los lípidos fosfolípidos desde las estructuras organizadas de la membrana que
hacen posible la vida.

Una estrategia de abajo hacia arriba que conduce a una mejor comprensión del diseño
de la membrana y del transporte de la membrana es centrarse en algunos componentes
y características de las membranas biológicas. Al combinar estos componentes y
características, podemos explotar, o imitar, la tremenda capacidad de la naturaleza para
el transporte selectivo de membranas. El término membranas biomiméticas se usa a
menudo para describir tales esfuerzos (Helix-Nielsen, 2012; Nielsen, 2009a). Los
ejemplos recientes de biomiméticos de membrana de abajo hacia arriba incluyen
dispositivos de registro de bajo ruido para la investigación de canales iónicos (Mayer et
al., 2003), membranas de copolímero de lípidos y tribloques independientes (Gonzalez-
Perez et al, 2009; Hansen et al, 2009a; Hansen et al., 2009b; Nardin et al. 2000; Rein a
at, 2011), inmovilización de enzimas (Trau y Renneberg, 2003) y membranas de
extracción de gases (Romero et al, 2006). En este tipo de desarrollo es importante
conocer los descriptores morfológicos, como la cantidad y las propiedades intrínsecas
de los anfifilos (tipos lipídicos o copoliméricos en bloque) que forman la membrana, el
espesor de equilibrio y la cobertura. También es importante la estabilidad frente a las
perturbaciones mecánicas (por ejemplo, las respuestas viscoelásticas a los cambios en
las diferencias de presión hidrostática o osmótica), la velocidad de regeneración y la
facilidad con la que los péptidos o proteínas funcionales pueden ser adsorbidos /
incorporados (Pszon-Bartosz a at, 2011 Rossi & Chopineau, 2007) y, una vez
incorporadas, cómo interactúan las proteínas con la matriz anfifílica (Andersen et al,
1998; Nielsen et al. 1998; Nielsen, 2009b). Quizás la parte más desafiante del desarrollo
de la membrana biomimética de abajo hacia arriba es entender la interacción entre la
membrana de espesor <5 nm y su soporte.
ESTRUCTURAS INORGÁNICAS BIOLÓGICAS

Madre de perla (nácar)

95% aragonito inorgánico (plaquetas gruesas 200-500 nm) + Biopolímero orgánico

Nanogranos deformables

La exquisita selectividad de las moléculas biológicas complementarias ofrece una posible vía
para controlar la formación de estructuras complejas basadas en bloques de construcción
inorgánicos, como las nanopartículas metálicas o semiconductoras. Los complejos de ADN
oligómero-nanocristal, por ejemplo, se han examinado como bloques de construcción para
estructuras más complejas de dos y tres dimensiones ( 17 , 18 ). Las proteínas marcadas con
nanocristales también se han utilizado para marcar sustratos biomoleculares con mayor
sensibilidad ( 19 , 20 ). Las monocapas autoensambladas se han utilizado para moldear la
organización de los nanocristales y, en algunos casos, unir covalentemente los nanocristales
semiconductores a las superficies metálicas

Para desarrollar las interacciones de las moléculas biológicas para los materiales inorgánicos, la
selección biológica se ha utilizado con el objetivo de sintetizar materiales inorgánicos
tecnológicamente importantes para servir como bloques de construcción para nuevos
materiales. Debido a que la naturaleza no ha tenido la oportunidad de producir interacciones
biomoleculares con algunos de los materiales deseados, AMB y sus colaboradores ( 25 )
utilizaron la visualización de fagos para seleccionar secuencias peptídicas, y Brown ( 26 ) usó
polipéptidos repetitivos mostrados en la superficie de la bacteria Escherichia colipara unir
selectivamente a partículas metálicas.

FORMACIÓN DE CRISTALES

La nucleación depende de la concentración de P T y la composición.

Los defectos reducen la energía superficial por la nucleación.

La dirección del crecimiento depende de la nanoestructura.

También se ha demostrado la agregación específica dirigida por enlaces de hidrógeno entre

nanocristales, utilizando pares de bases de ADN modificados con alcanotiol, uracilo y 2,6
diaminopiridina ( 24). Sólo se puede lograr una especificidad de unión muy modesta entre la
molécula biológica y el sustrato inorgánico a través de estas químicas de injerto. Estos enfoques
muestran potencial para el control y la colocación de nanopartículas, pero no han explotado la
composición atómica y el reconocimiento específico del plano que una biomolécula puede
exhibir para una fase inorgánica o el control y regularidad nanoestructurales que las
biomoléculas imponen típicamente en las fases cristalinas y orientaciones cristalográficas.